10 A 154/2019– 114

Rubrum

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Ing. Viery Horčicové a soudců JUDr. Jaromíra Klepše a JUDr. Vladimíra Gabriela Navrátila v právní věci žalobkyně: VÚKV a.s. sídlem Bucharova 1314/8, Praha 5 zastoupena obecným zmocněncem M. K. bytem X proti žalovanému: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy sídlem Karmelitská 529/5, Praha 1 v řízení o žalobě proti rozhodnutí ministra školství, mládeže a tělovýchovy ze dne 16. 7. 2019, č. j. MSMT – 20455/2019 – 3, takto:

Výrok

I. Rozhodnutí ministra školství, mládeže a tělovýchovy ze dne 16. 7. 2019, č. j. MSMT – 20455/2019 – 3 a rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 4. 2019, č. j. MSMT–115/2019–6 se zrušují a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni do třiceti dnů od právní moci tohoto rozsudku náhradu nákladů řízení ve výši 3 000 Kč k rukám obecného zmocněnce M. K.

Odůvodnění

I. Předmět sporu

1. Žalobkyně se podanou žalobou domáhala přezkoumání v záhlaví uvedeného rozhodnutí žalovaného, jímž ministr školství ministra školství, mládeže a tělovýchovy (dále jen „ministr školství“) zamítl její rozklad proti rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 4. 2019, č. j. MSMT–115/2019–6 (dále jen „prvostupňové rozhodnutí“), kterým byla zamítnuta žádost žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací, a prvostupňové rozhodnutí potvrdil.

II. Napadené rozhodnutí

2. Ministr školství v napadeném rozhodnutí nejprve stručně zrekapituloval průběh správního řízení před žalovaným, výrok prvostupňového rozhodnutí a shrnul obsah rozkladu žalobkyně. Následně se zabýval vypořádáním jednotlivých odvolacích námitek.

3. Ministr školství uvedl, že stěžejní otázkou je v dané věci interpretace a aplikace definičních znaků výzkumné organizace stanovených v čl. 2 bodu 83 nařízení Komise (EU) č. 651/2014 ze dne 17. června 2014, kterým se v souladu s články 107 a 108 Smlouvy prohlašují určité kategorie podpory za slučitelné s vnitřním trhem (dále jen „nařízení č. 651/2014“). Spolu se splněním těchto znaků je pak nutno doložit skutečnosti zapisované do seznamu výzkumných organizací stanovené v § 33a odst. 3 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací) (dále jen „zákon o podpoře výzkumu“). Specifikace těchto dokladů je zveřejněna na internetových stránkách žalovaného, jedná se však pouze o doporučení, nikoliv o dokument závazného charakteru.

4. Dále ministr školství uvedl, že žalobkyně se mýlí, pokud zastává názor, že postačuje, pokud si příslušný subjekt ve svých zakladatelských a jiných dokumentech zakotví jako cíl vykonávání činností, které jsou konformní s čl. 2 bodem 83 nařízení č. 651/2014. Naopak dikce tohoto ustanovení obsahuje také pojem „výsledky těchto činností“, který jasně naznačuje, že tento subjekt již musí některou z činností reálně vykonávat. Povinnost prokázat, že nějakou činnost skutečně vykonává, mu pak plyne z § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu. Tyto údaje jsou pak dle § 33a odst. 3 písm. g) téhož zákona jedněmi z údajů, které se o výzkumné organizaci zapisují do seznamu výzkumných organizací. Ministr školství v této souvislost konstatoval, že není důvodný argument žalobkyně, že tento výklad znemožňuje vznik nových výzkumných organizací. Zápis v seznamu není zákonnou podmínkou pro poskytnutí jakékoliv podpory podle zákona o podpoře výzkumu. Také subjekty, které nejsou v seznamu zapsány, mohou získat podporu podle tohoto zákona, pokud splní podmínky pro její poskytnutí.

5. Ministr školství dále uvedl, že ani u jednoho z projektů obsažených v příloze doplnění žádosti žalobkyně o zapsání do seznamu výzkumných organizací označené jako „Přehled recentních projektů“, nelze dospět k závěru, že by se jednalo o kooperativní výzkum na bázi účinné spolupráce, jak tvrdí žalobkyně v rozkladu. U většiny projektů žalobkyně ani nefiguruje a jediné, co lze z předloženého dokumentu vyvodit, je, že třetí subjekty čerpaly dotace na základě dotačních výzev, přičemž je možno identifikovat poskytovatele dotace a projekt, na který byla dotace poskytnuta. Žalobkyně ostatně ani v rozkladu proti prvostupňovému rozhodnutí neuvádí žádné konkrétní skutečnosti, na jejichž základě by bylo možno dovodit, že tyto projekty v případě žalobkyně dokládají naplnění definičních znaků výzkumné organizace. Ministr školství dále konstatoval, že žalobkyni lze přisvědčit, že odůvodnění prvostupňového rozhodnutí v části, v níž se zabývá touto otázkou, vykazuje jisté deficity, ty však nejsou takové intenzity, aby byly způsobilé založit nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí.

6. Dále ministr školství uvedl, že namítá–li žalobkyně, že nelze přijmou tvrzení žalovaného, že projekty, které jsou předmětem obchodního tajemství, nemohou splňovat znaky nezávislého výzkumu a vývoje, je stěžejní, že se jednalo pouze o čtyři projekty. I kdyby proto ministr školství tento závěr žalobkyně akceptoval, nemohl by učinit závěr, že hlavním cílem žalobkyně ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014 je provádění nezávislého výzkumu a vývoje, neboť ani další projekty, na které žalobkyně odkazovala, nebyly způsobilé naplnit znak provádění nezávislého výzkumu a vývoje ve smyslu tohoto ustanovení.

7. Ministr školství dále uvedl, že považuje–li žalobkyně za lichý argument žalovaného, že neuskutečňuje akreditovaný studijní program, neboť vykonávání takových činností v řízení ani netvrdila a ani neprokazovala, tato argumentace byla do odůvodnění prvostupňového rozhodnutí zahrnuta z toho důvodu, že žalobkyně v doplnění své žádosti o zapsání do seznamu výzkumných organizací předložila potvrzení vysokých škol o participaci na veřejném šíření výsledků výzkumu a vývoje formou výuky v rámci systému akreditovaného vysokoškolského vzdělávání. Žalovaný proto nepochybil, pokud se dokumenty předloženými žalobkyní v prvostupňovém rozhodnutí zabýval. Závěry, které žalovaný učinil, jsou také věcně správné, neboť výukové aktivity pedagogů, uváděné v těchto dokumentech nelze bez dalšího připisovat žalobkyni. Tito pedagogové nevykonávali svoji činnost jako reprezentanti žalobkyně. Jednotlivé přednášky uskutečňované žalobkyní pak neprokazují, že by žalobkyně prováděla výuku jako svou primární činnost ve smyslu sdělení Komise Evropské unie – Rámec pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01) (dále jen „sdělení 2014/C 198/01“), a to především z toho důvodu, že toto vzdělávání není součástí státního vzdělávacího systému.

8. Dále ministr školství uvedl, že žalobkyni lze přisvědčit, že národní ani unijní legislativa nevěnuje mnoho pozornosti podrobnostem týkajícím se publikování výsledků nezávislého výzkumu a vývoje. Takový přístup je však v souladu s potřebami výzkumu a vývoje, neboť publikační standardy se vyvíjí, a není proto žádoucí, aby tato oblast byla podrobena přísné regulaci. Tomu odpovídá i § 2 odst. 2 písm. i) zákona o podpoře výzkumu, jež uvádí, že výsledkem výzkumu, vývoje a inovací jsou v základním výzkumu nové vědomosti o základních principech jevů, procesů nebo pozorovatelných skutečností, které jsou publikovány podle zvyklostí v daném vědním oboru. Jelikož zvyklosti v daném oboru prodělávají vývoj a nejsou nijak blíže legislativně upraveny, nelze naopak přisvědčit námitce žalobkyně, že žalovaný své závěry týkající se otázky publikování výsledků vědeckého výzkumu a vývoje v prvostupňovém rozhodnutí neopřel o žádné relevantní právní předpisy. Žalovaný při posuzování publikační činnosti žalobkyně vycházel z Metodiky hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací schválené usnesením vlády ze dne 8. 2. 2017, č. 107 (dále jen „usnesení č. 107“) a z Definice druhů výsledků schválené usnesením vlády ze dne 29. 11. 2017, č. 837 (dále jen „usnesení č. 837“), která je její samostatnou přílohou. Usnesení vlády jsou pro žalovaného jako pro ministerstvo závazná a je jeho povinností se jimi řídit. Tyto dokumenty také odrážejí zvyklosti daného oboru, a jelikož se nejedná o právní předpisy, nedopadá na ně obecný zákaz retroaktivity a žalovaný proto nepochybil, pokud je aplikoval i při posuzování publikací žalobkyně vydaných před datem 1. 1. 2018.

9. Ministr školství dále uvedl, že podobně jako otázka publikace výsledků vědeckého výzkumu a vývoje není právními předpisy upraven pojem „transfer znalostí“. Žalovaný proto k výkladu tohoto pojmu přistoupil na základě čl. 1.3 odst. 15 písm. v) sdělení 2014/C 198/01, který stanoví, že transferem znalostí se rozumí proces, jehož cílem je získávání, shromažďování a sdílení explicitních a implicitních znalostí včetně dovedností a kompetencí v hospodářských i nehospodářských činnostech, jako jsou spolupráce při výzkumu, poradenství, poskytování licencí, zakládání společností typu spin–off, publikace a mobilita výzkumných pracovníků a dalších osob, jež se podílejí na těchto činnostech, a to vzhledem ke skutkovým okolnostem daného případu zejména s přihlédnutím k pojmu „poskytování licencí“. Ministr školství přitom nedospěl k závěru, že by žalovaný pochybil, pokud jako „poskytování licencí“ ze strany žalobkyně nehodnotil ty případy, kdy nedošlo k přijetí nabídky licence třetím subjektem. Takový výklad je zcela ve shodě s účelem a smyslem pojmu „transfer znalostí“, neboť musí být prokázáno, že skutečně k tomuto transferu dochází a nikoliv pouze, že jsou činěny kroky k jeho provedení. Žalobkyně se proto mýlí, pokud namítá, že z existence samotné veřejné nabídky licence lze bez dalšího hovořit o existenci transferu znalostí, jelikož v takovém případě nelze dovodit, že se tyto znalosti dostaly do vědomostní sféry třetích subjektů, což je nutno považovat za esenciální náležitost každého transferu znalostí.

10. V závěru napadeného rozhodnutí ministr školství uvedl, že prvostupňové rozhodnutí přes jisté formální vady splňuje náležitosti stanovené v § 68 správního řádu, žalovaný se v řízení nedopustil porušení základních zásad činnosti správní orgánů, s námitkami žalobkyně se v napadeném rozhodnutí vypořádal přesvědčivě a závěry žalovaného mají oporu v relevantních právních předpisech.

III. Žaloba

11. Žalobkyně v podané žalobě namítala, že se žalovaný dopustil nesprávného výkladu § 33a zákona o podpoře výzkumu, postupoval účelově a překročil meze správního uvážení. Podle § 33a odst. 10 zákona o podpoře výzkumu měl být vydán prováděcí předpis, který měl upravit kritéria splnění podmínek pro zápis výzkumné organizace do seznamu výzkumných organizací a způsob jejich posuzování, podmínky pro změny v zápisu a výmaz ze zápisu. Tento předpis dosud vydán nebyl a nařízení vlády č. 160/2017 Sb., o sbírce listin seznamu výzkumných organizací a způsobu vykazování příjmů z transferu znalostí, kritéria splnění podmínek a způsob jejich posuzování pro zápis neupravuje, neboť upravuje pouze obsah sbírky listin. Žalovaný v řízení postupoval tak, že nahrazoval neexistující prováděcí předpis vlastním výkladem, který jde daleko nad rámec zákona o podpoře výzkumu a nařízení č. 651/2014. Hlavním nedostatkem výkladu aplikovaného žalovaným podle žalobkyně je, že v řízení prověřoval, zda žalobkyně skutečně provádí aktivity výzkumu a vývoje, byť dle zákona o podpoře výzkumu a nařízení č. 651/2014 je součástí znaků výzkumné organizace pouze to, že výkon výzkumu a vývoje je jejím hlavním cílem. Pokud zákon konstatuje, že ten, kdo naplní znaky výzkumné organizace, bude do seznamu zapsán, nelze výkladem dovozovat nutnost splnění dalších kritérií. Takový přístup nelze obhajovat odkazem na povinnost doložit zapisované skutečnosti, protože ty se opět vztahují výhradně k naplnění definičních znaků výzkumné organizace a neobstojí ani argument žalovaného, že použití termínu „výsledek“ jakkoliv svědčí o nutnosti prověřování faktického výkonu činností.

12. Žalovaný podle žalobkyně rovněž zcela zásadně chybuje při výkladu kritérií pro zápis do seznamu výzkumných organizací. Z prvostupňového rozhodnutí vyplývá, že žalovaný nepovažuje za nezávislý výzkum výzkum prováděný ve spolupráci, což je v přímém rozporu s výkladem obsaženým v čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) druhé odrážce sdělení 2014/C 198/01. Žalovaný dále nesprávně redukuje termín „výuka“ na činnost veřejné vysoké školy nebo subjektu, který s vysokou školou uzavře dohodu podle § 81 odst. 2 zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů (zákon o vysokých školách) a vůbec se nevypořádává s běžnou praxí, kdy se výzkumné ústavy na vysokoškolském vzdělávání podílejí prostřednictvím řízené účasti svých zaměstnanců. Dalším interpretačním pochybení žalovaného je, že prověřuje standard publikací v rámci naplnění podmínky šíření výsledků formou publikací s ohledem na periodika, ve kterých jsou výsledky výzkumu a vývoje šířeny. Odkazuje přitom na dokumenty, které nejsou pro výklad pravidel Evropské unie v oblasti veřejné podpory, kam spadá podle nařízení č. 651/2014 i stanovení definičních znaků výzkumné organizace, vůbec relevantní, čímž porušuje zásadu autonomie práva Evropské unie. Posledním významným pochybení žalovaného je, že za činnosti transferu znalostí považuje pouze aktivity reálně zakončené uzavřením licenční smlouvy. Žalovaný zcela pomíjí notoricky známou skutečnost, že proces transferu znalostí je dlouhodobou činností, která je jen v menší části případů úspěšně završena uzavřením licenční smlouvy nebo jiného typu smlouvy, a to zpravidla až po několika letech nabízení této licence. V tomto ohledu je nepochybné, že součástí procesu transferu znalostí je nejen veřejné nabízení uzavření licence, ale i přípravné činnosti, které tomuto kroku předcházejí, jako je ochrana duševního vlastnictví, a že uzavření licence nelze klást jako podmínku kategorizace určitých činností jako činností transferu znalostí.

13. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný v řízení postupoval v rozporu s § 3 správního řádu a jeho postup byl nekonzistentní až zcela zmatečný. Dne 23. 1. 2019 žalovaný zaslal žalobci výzvu k doplnění žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací. V této výzvě žalovaný mimo jiné konstatoval, že „kooperativní výzkum, tj. výzkum prováděný ve spolupráci s třetími stranami za účelem dosažení společného cíle není nezávislým výzkumem“, avšak v prvostupňovém rozhodnutí se nijak nevypořádal s námitkou žalobkyně, že takový výklad je v rozporu se sdělením 2014/C 198/01 a pouze konstatoval, že „Takové projekty nenaplňují znaky nezávislého výzkumu nebo vývoje, neboť jejich předmětem je společný výzkum nebo vývoj prováděný ve spolupráci více subjektů, a to bez ohledu na to, zda spolupráce je, či není účinná.“ V napadeném rozhodnutí pak ministr školství připustil „jisté deficity“ této argumentace, nicméně nevysvětlil, o jaké deficity se jedná, a pouze paušálně prohlásil, že nemají dopad na přezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, a to přes to, že tento argument byl stěžejní pro zamítnutí žádosti žalobkyně žalovaným.

14. Žalobkyně dále namítala, že se cítí být dotčena na svých právech s ohledem na princip předvídatelnost postupu veřejné správy. Podle názoru žalobkyně bylo již v době před aplikací § 33a zákona o podpoře výzkumu posouzeno, že žalobkyně naplňuje znaky výzkumné organizace, jiným orgánem státní správy, kterým byla Rada vlády pro výzkum, vývoj a inovace, a to v rámci procesu „Postup při posuzování výzkumných organizací“ – 298/A2–u. Na základě tohoto posouzení a pozitivního závěru o naplnění definičních znaků výzkumné organizace byla žalobkyně zapsána na seznamu výzkumných organizací dostupném na webových stránkách Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace. Žalobkyně zápis na tento seznam považovala a nadále považuje za formu veřejnoprávního osvědčení vydaného organizační složkou České republiky o naplnění znaků výzkumné organizace a cítí se být dotčena na svých právech nekonzistentním postupem žalovaného při posuzování její žádosti s ohledem na princip předvídatelnosti postupu veřejné správy.

15. Žalobkyně dále namítala, že prvostupňové rozhodnutí i napadené rozhodnutí jsou nepřezkoumatelná, a to z následujících důvodů.

16. Žalobkyně již v doplnění žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací vyjádřila námitku, že dle čl. 2.1.1 sdělení 2014/C 198/01 je nutno aktivity tzv. účinné spolupráce považovat za součást aktivit nezávislého výzkumu a vývoje. S touto námitkou se proto žalovaný měl vypořádat již v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí, nicméně tak neučinil. Žalobkyně pak na tento nedostatek upozornila v bodech 3.28 a 3.29 rozkladu. Ministr školství se v napadeném rozhodnutí v bodech 26 a 27 vypořádání této námitky opět vyhnul a namísto toho se zabýval konstatováním skutkového stavu, který žalobkyně nerozporovala, a dále pouze uvedl, že přiznává „jisté deficity“ v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí, aniž by však specifikoval, o jaké deficity se jedná. Dále z naprosto nejasných a nijak nespecifikovaných důvodů naprosto nepřiměřeně dovozuje, že tyto deficity by nebyly způsobilé založit nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí.

17. Žalobkyně již v doplnění žádosti namítala, že předmětem posuzování její žádosti nemá být prověřování skutečné realizace aktivit výzkumu a vývoje, vzdělávání a transferu znalostí, ale pouze existence cíle realizace takových činností. S touto námitkou se měl proto žalovaný vypořádat v prvostupňovém rozhodnutí, což neučinil. To, že z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není jakkoliv patrné, na základě jakých právních předpisů nebo úvah žalovaný dospěl k opačnému závěru, namítala žalobkyně v bodě 3.20 podaného rozkladu. V napadeném rozhodnutí sice ministr školství uvádí argumenty ve prospěch názoru žalovaného prezentovaného v prvostupňovém rozhodnutí, nicméně se vůbec nezabývá otázkou nepřezkoumatelnosti, tedy tím, že z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí by mělo být patrné, o jaké úvahy nebo právní předpisy žalovaný své názory opíral.

18. Žalobkyně v bodě 3.22 podaného rozkladu vyjádřila pochybnost, zda žalovaný v rámci posuzování aktivit nezávislého výzkumu disponuje odbornými kapacitami pro posuzování kvalitativních znaků nezávislého výzkumu. Tuto námitku ministr školství v napadeném rozhodnutí zcela opominul.

19. V bodě 3.27 podaného rozkladu žalobkyně rozporovala závěr žalovaného o neexistenci činností nezávislého výzkumu vývoje argumentem, že samotný seznam publikací je z hlediska logických vazeb mezi jednotlivými předloženými podklady postačujícím důkazem o existenci nezávislé výzkumné činnosti, protože bez nezávislého výzkumu a vývoje by v praxi nebylo co publikovat. Tento argument ministr školství v napadeném rozhodnutí zcela pomíjí.

20. V bodě 3.30 podaného rozkladu napadala žalobkyně prvostupňové rozhodnutí z titulu nepřezkoumatelnosti, protože se toto „zjištění“ žalovaného vůbec nezakládá na pravdě, žalobkyně se věnuje i základnímu výzkumu v oblasti kolejových vozidel a zejména není vůbec jasné, proč se touto otázkou žalovaný zabýval, a jaké z tohoto „zjištění“ dovodil závěry. Této námitce se nad rámec její nepřesné rekapitulace v bodě 10 ministr školství v napadeném rozhodnutí vůbec nevěnuje.

21. V bodě 3.31 podaného rozkladu žalobkyně namítala nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, pokud jde o závěr žalovaného, že „Podle údajů v informačním systému výzkumu, vývoje a inovací je aplikovaný výzkum prováděný v projektech označených identifikačními kódy TA01030391, TH01010529, TH02010775 a TH02010542 předmětem obchodního tajemství podle § 17 až 20 obchodního zákoníku. Výsledky výzkumu, který je předmětem obchodního tajemství, nejsou předmětem veřejného šíření na nevýlučném a nediskriminačním základě. Takový výzkum nenaplňuje znaky nezávislého výzkumu nebo vývoje.“ Žalovaný zejména nevysvětlil, proč by výsledky výzkumu, které jsou předmětem obchodního tajemství, nemohly být výsledkem nezávislého výzkumu a vývoje, ani jaký je vztah takového „zjištění“ k ostatním důkazům. V odůvodnění napadeného rozhodnutí se ministr školství touto námitkou nezabýval a na místo toho jen v bodě 28 argumentoval skutkovým stavem, který s otázkou nepřezkoumatelnosti nesouvisí.

22. V bodech 3.33 a 3.34 podaného rozkladu žalobkyně namítala nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, protože předmětem posouzení v něm byla skutečnost, kterou žalobkyně v řízení netvrdila. V odůvodnění napadeného rozhodnutí v bodě 28 ministr školství sice předestírá argumenty ve prospěch názoru prezentovaného v prvostupňovém rozhodnutí, zabývá se však konstatováním ohledně skutkového stavu, ale nezabývá se uplatněnou námitkou nepřezkoumatelnosti.

23. V bodě 3.47.3 podaného rozkladu žalobkyně napadla nesprávnost a neúplnost posouzení předložených důkazů týkajících se publikační činnosti žalobkyně, ministr školství se v odůvodnění napadeného rozhodnutí touto námitkou vůbec nezabýval.

24. V bodech 3.48 a 3.49 podaného rozkladu žalobkyně namítla nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, protože žalovaný v jeho odůvodnění vůbec nevysvětlil, o jaký právní předpis, nebo o jakou interpretační úvahu opírá svůj názor, že za činnosti transferu znalostí lze považovat pouze aktivity, které jsou úspěšně zakončené uzavřením licenční smlouvy. V odůvodnění napadeného rozhodnutí v bodě 28 ministr školství sice předestírá argumenty ve prospěch názoru prezentovaného v napadeném rozhodnutí, avšak zabývá se konstatováním ohledně skutkového stavu, ale zcela vyhýbá uplatněné námitce nepřezkoumatelnosti.

25. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nesprávně vyhodnotil žalobkyní předložené důkazy, a to z následujících důvodů.

26. Žalovaný zcela nesprávně vyhodnotil žalobkyní předložené důkazy, pokud jde o prokázání výkonu činnosti nezávislého výzkumu a vývoje. V prvostupňovém rozhodnutí se zcela nesprávně uvádí, že předložené podklady neobsahují popisnou část a že z nich nevyplývá provádění aktivit nezávislého výzkumu a vývoje. Tento závěr je v přímém logickém rozporu s důkazy předloženými žalobkyní, například výroční zprávou za rok 2016, na kterou žalobkyně odkázala v podané žádosti. Tyto aktivity detailně popisuje v kapitole 8 výroční zprávy. Rovněž předložené účetní výkazy obsahují speciální kolonku „NEHOČ_nezávislý VaV“. K dalším předloženým důkazům „Seznam recentních projektů“ a „Vybraný vzorek nedávných smluv“ se žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí vůbec nevyjadřuje, pouze konstatuje jejich obdržení a na místo toho se zcela zmatečným způsobem zabývá údaji získanými z „Informačního systému VaV“. Nevysvětluje však vztah z nich učiněných zjištění k podkladům předloženým žalobkyní. V odůvodnění napadeného rozhodnutí se ministr školství se k těmto důkazům žalobkyně vyjadřuje jen velmi selektivně a zcela nesprávně, když pouze paušálně tvrdí, že z nich nelze dovodit, že „jde o účinnou spolupráci“. To je v příkrém logickém rozporu se všemi předloženými důkazy. Žalobkyně jen pro ilustraci odkazuje například na ustanovení čl. I smlouvy o účasti na řešení projektu ze dne 23. 10. 2017, předložené v rámci doplnění žádosti o zapsání do seznamu výzkumných organizací, kde je uvedeno: „Předmětem Smlouvy je úprava účinné spolupráce Smluvních stran za účelem stanovení práv a povinností Příjemce a Dalšího účastníka a zajištění realizace projektu společného vývoje v rámci programu Poskytovatele „TRIO“ „Výzkum a vývoj bezpečného čela tramvaje“, ev. Č. FV20441…“. Žalovaný se měl v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí vyjádřit ke každému předloženému důkazu a zvlášť ke všem položkám v „Seznamu recentních projektů“ jakožto k samostatným tvrzením žalobkyně. Pokud jde o předložené smlouvy o spolupráci, žalobkyně v doplnění žádosti pro případ pochybností žalovaného o relevanci sezamu nabídla doplnění dalších smluv, této možnosti však žalovaný nevyužil, což svědčí o tom, že položky předloženého „Seznamu recentních projektů“ vůbec nezkoumal.

27. Žalovaný nesprávně vyhodnotil důkazy předložené k tvrzení žalobkyně o šíření výsledků výzkumu a vývoje formou výuky. V prvostupňovém rozhodnutí se žalovaný předloženými potvrzeními o realizaci vzdělávání vůbec nezabýval a v napadeném rozhodnutí se ministr školství k těmto důkazům vyjádřil jen zcela povrchně tak, že konstatoval, že „dotčení pedagogové vykonávali pedagogickou činnost nikoliv jako reprezentanti účastníka řízení, ale jako soukromé osoby“. Takovýto závěr je v příkrém rozporu se zněním předložených potvrzení, která jsou jednoznačně adresována žalobkyni a výslovně potvrzují, že v rámci přednáškové činnosti dotčených osob šlo o prezentaci výsledků výzkumné činnosti žalobkyně. Stejně tak je tento závěr v logickém rozporu s kapitolou 8 výroční zprávy za rok 2016.

28. Žalovaný zcela nesprávně vyhodnotil důkazy předložené k tvrzení žalobkyně o šíření výsledků výzkumu a vývoje formou publikací. Žalobkyně v doplnění žádosti o zapsání do seznamu výzkumných organizací předložila seznam celkem 54 publikací. Dle názoru žalobkyně se měl žalovaný vypořádat s každou položkou tohoto seznamu jako s jednotlivým tvrzením žalobkyně. Toto žalovaný v prvostupňovém neučinil, pouze paušálně v příkrém rozporu s realitou bez dalšího konstatoval, že tyto publikace nesplňují podmínky publikací ve smyslu jeho chápání pojmu „šíření výsledků výzkumu nebo vývoje publikováním“. V prvostupňovém rozhodnutí žalovaný dále pouze bez jakéhokoliv vysvětlení a zcela neadresně konstatuje, že autorství „některých předložených výsledků je připisováno jiným subjektům“.

29. Žalovaný zcela nesprávně vyhodnotil důkazy předložené k tvrzení žalobkyně o šíření výsledků výzkumu a vývoje formou transferu znalostí. Žalobkyně předložila seznam chráněných výsledků. Žalovaný se měl proto v prvostupňovém rozhodnutí vyjádřit ke všem položkám tohoto seznamu. Namísto toho tento seznam v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí jen paušálně odmítl s tvrzením, že konstatoval, že „dokumenty neprokazují, že žadatel provádí transfer výsledků výzkumu nebo vývoje“. Tento závěr žalovaný opírá o argument, že samotná ochrana předmětu práv duševního vlastnictví, nebo že nabídka licence není dokladem o realizaci aktivit transferu znalostí. To je v přímém rozporu s běžnou praxí vnímání transferu znalostí, včetně vymezení procesu transferu znalostí Evropskou komisí.

IV. Vyjádření žalovaného

30. Žalovaný navrhl zamítnutí žaloby, neboť uplatněné žalobní námitky jsou podle jeho názoru nedůvodné.

31. V úvodu svého vyjádření žalovaný uvedl, že seznam výzkumných organizací je informačním systémem veřejné správy, jehož je správcem. Do seznamu výzkumných organizací se zapisují organizace, které požádaly o zápis do seznamu a prokázaly naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí stanovených předpisy Evropské unie včetně prokázání zapisovaných údajů. Zápis do seznamu je tedy důkazem o tom, že správní orgán v řízení o zápisu do seznamu ověřil naplnění definičních znaků výzkumné organizace. Výzkumná organizace, která požádala o zápis do seznamu výzkumných organizací a prokázala naplnění definičních znaků výzkumné organizace o podpoře), nemusí opakovaně různým orgánům státní správy prokazovat, že splňuje definiční znaky výzkumné organizace stanovené předpisy Evropské unie. Orgány státní správy nemusí u subjektů zapsaných v seznamu výzkumných organizací zkoumat, zda splňují definici výzkumné organizace stanovenou předpisy Evropské unie.

32. K námitkám žalobkyně týkajícím se posuzování naplnění jednoho ze tří definičních znaků výzkumné organizace zakotvených v čl. 2 bodě 83 nařízení č. 651/2014, tedy že „hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí“, lze prokazovat pouze odkazem na formálně zakotvené cíle vyplývající z příslušných zakladatelských a případně jiných dokumentů příslušného subjektu, žalovaný uvedl, že identickou námitku uplatnila žalobkyně již v rozkladu a žalovaný se s ní přesvědčivě vypořádal v bodech 23 až 25 napadeného rozhodnutí. Žalovaný opřel svůj výklad o tři argumenty. Za prvé o argument racionálního výkladu právní normy, kdy pouhé formální ověření shody cílů subjektu s definicí v dotčených právních normách by bylo zcela v rozporu s účelem a smyslem zápisu do seznamu výzkumných organizací. Takový zápis by zcela pozbyl jakékoliv vypovídací hodnoty. Za druhé, žalovaný argumentoval dikcí a logickou provázaností pojmů v čl. 2 bod 83 nařízení č. 651/2014. Pojem „výsledky“ jasně dokládá, že nařízení počítá s tím, že výzkumné organizace se skutečně budou výzkumu věnovat. Jedině takový výklad umožňuje vyložit dotčenou právní normu racionálně a v souladu s jejím smyslem a účelem. Za třetí, lze povinnost reálně se věnovat výzkumné činnosti vyvodit z § 33a odst. 2 ve spojení s § 33a odst. 3 písm. g) zákona o podpoře výzkumu, neboť jedním se zapisovaných údajů jsou údaje svědčící o naplnění definičních znaků dle § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu. Tento argument výslovně uvedl žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí, není tedy pravdivé tvrzení žalobkyně, že se žalovaný touto námitkou nijak nezabýval.

33. K námitkám žalobkyně týkajícím se formalistického výkladu pojmu „výuka“ a nesprávného posouzení přednáškové činnosti zaměstnanců žalobkyně, žalovaný uvedl, že s těmito námitkami se vypořádal v bodě 29 napadeného rozhodnutí. Z podkladů, které předložila žalobkyně, neplyne, že by vykonávala výuku jako svou primární činnost. Žalobkyně předložila České vysokého učení technického, že tři z jejích pedagogů působí také u žalobkyně. Tuto výuku však nelze však bez dalšího připisovat žalobkyni, neboť jí vykonávají na základě svého zaměstnaneckého (či obdobného) poměru vůči vysoké škole. Doklady o tom, že by sama žalobkyně vykonávala nějakou výukovou činnost, předloženy nebyly. Z dikce čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014 lze vyvodit, že výukou se může rozumět pouze výuka uskutečňovaná v rámci nějakého institucionalizovaného rámce. V opačném případě by nebyl důvod rozlišovat mezi výukou a transferem znalostí, jak činí nařízení v čl. 2 bod 83 nařízení, neboť jakoukoliv „neformální“ výuku (například jednorázové přednášky, účasti na konferencích atd.) je nutné subsumovat pod pojem „transfer znalostí“.

34. Žalovaný dále uvedl, že žalobkyně v žalobě pouze vágně namítá, že žalovaný porušil zásadu autonomie práva Evropské unie tím, že v odůvodnění rozhodnutí odkazuje na dokumenty, které nejsou pro výklad pravidel Evropské unie v oblasti veřejné podpory relevantní. Žalobkyně však nespecifikuje, na jaké dokumenty žalovaný odkazoval, či jaká pravidla má na mysli. Pokud snad žalobkyně namítá, že žalovaný při svém rozhodování aplikoval Definici druhů výsledků schválenou usnesením vlády č. 837 a případně také Metodiku hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací schválenou usnesením vlády č. 107, žalovaný při posuzování otázky publikování výsledků nezávislého výzkumu a vývoje vycházel zejména z příslušné unijní legislativy a zákona o podpoře výzkumu. Jak žalovaný uvedl v bodech 30 až 33 napadeného rozhodnutí, unijní ani národní legislativa nepodrobuje publikování výsledků nezávislého výzkumu a vývoje podrobnější regulaci. Zákon o podpoře výzkumu v § 2 odst. 2 písm. i) uvádí, že výsledkem výzkumu, vývoje a inovací jsou v základním výzkumu nové vědomosti o základních principech jevů, procesů nebo pozorovatelných skutečností, které jsou publikovány podle zvyklostí v daném vědním oboru. Pokud tedy žalovaný přistoupil k odbornému výkladu pojmu zvyklostí v daném vědním oboru ve smyslu § 2 odst. 2 písm. i) zákona o podpoře, postupoval zcela v souladu s příslušnými právními předpisy.

35. K námitce žalobkyně, že je nesprávný výklad žalovaného, že k naplnění znaku transferu znalostí ve smyslu čl. 2 bod 83 nařízení č. 651/2014 nepostačuje pouhá veřejná nabídka licence, ale musí dojít k uzavření licenční smlouvy, žalovaný uvedl, že tuto námitku vyvrátil již v bodě 35 napadeného rozhodnutí. Esenciálním znakem transferu znalostí je že, k transferu znalostí skutečně dochází a ne, že jsou jen činěny kroky k jeho uskutečnění. Z formulace námitky v žalobě je zřejmé, že žalobkyně na tento závěr částečně přistupuje, avšak namítá, že veřejná nabídka licence je proces, v rámci kterého již k transferu znalostí dochází. V řízení před žalovaným však žalobkyně nepředložila žádný doklad, ze kterého by bylo možné dovodit, že na základě jí vypsaných veřejných nabídek licencí docházelo i k transferu znalostí. Na základě argumentace žalobkyně by bylo možné dovodit, že transfer znalostí je možné provádět již uveřejněním jakékoliv informace na internetu. Takový výklad je však absurdní.

36. K námitkám žalobkyně, že žalovaný postupoval v rozporu s § 3 správního řádu, jeho postup byl nekonzistentní až zcela zmatečný, že se v napadeném rozhodnutí nedostatečně vypořádal s námitkou, že aktivity tzv. „účinné spolupráce“ lze považovat za součást aktivit nezávislého výzkumu a vývoje, s námitkami, že žalovaný nedisponuje dostatečnými odbornými kapacitami pro kvalifikované posouzení naplnění znaků nezávislého výzkumu a vývoje, že samotná skutečnost, že žalobce vydává odborné publikace, dostatečně odůvodňuje závěr, že se věnuje i výzkumu a vývoji, s námitkou, že se věnuje žalobkyně základnímu výzkumu v oblasti kolejových vozidel, že žalovaný dále v napadeném rozhodnutí nevysvětlil, proč výsledky výzkumu, které jsou předmětem obchodního tajemství, nemohou být výsledkem nezávislého výzkumu a vývoje, a že žalovaný nesprávně vyhodnotil žalobkyní předložené důkazy a následně se s nimi ani nevypořádal v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí a napadeného rozhodnutí, žalovaný uvedl, že v řízení vycházel také z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 2. 2018, č. j. 6 As 153/2014 – 108, jehož závěry lze vnímat jako rozvedení principu racionality v odůvodnění správních rozhodnutí a zásady procesní ekonomie zakotvené v § 6 odst. 2 správního řádu. Z tohoto rozsudku vyplývá, že správní orgán se může vypořádat s námitkami účastníka řízení tak, že se vypořádá s těmi hlavními, přičemž odpověď na další námitky bude odůvodnění implicitně obsahovat. Dále je také zcela v souladu s právními předpisy, pokud správní orgán v odpovědi na účastníkovi námitky uvede odlišný právní názor a není tak třeba vždy zcela explicitně konfrontovat tu kterou konkrétní námitku účastníka řízení.

37. V odůvodnění napadeného rozhodnutí vycházel žalovaný také z § 89 odst. 2 správního řádu, které stanoví, že k vadám řízení, o nichž nelze mít důvodně za to, že mohly mít vliv na soulad napadeného rozhodnutí s právními předpisy, popřípadě na jeho správnost, se nepřihlíží. Tyto principy aplikoval zejména na námitku žalobkyně, že kooperativní výzkum a projekty, které jsou předmětem obchodního tajemství, nemohou splňovat znaky nezávislého výzkumu či vývoje ve smyslu čl. 2 bod 83 nařízení č. 651/2014. I kdyby totiž na tuto námitku žalobkyně přistoupil, z podkladů předložených žalobkyní nevyplynulo, že se žalobkyně věnuje nezávislému výzkumu či vývoji ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014. Účast na kooperativním výzkumu prokazovala žalobkyně zejména „Přehledem recentních projektů“, což je tabulka s 12 projekty. Žalobkyně je zmíněna pouze u dvou z těchto projektů, přesto uvádí, že se jedná o projekty, na kterých má účast. U projektů je uveden pouze jejich stručný název. Z těchto informací rozhodně nelze vyvodit, že by se žalobkyně věnovala nezávislému výzkumu a vývoji jako svému hlavnímu cíli. V bodě (26) napadeného rozhodnutí pak žalovaný shrnul důvody, proč není možné na základě předložených dokumentů dovodit oprávněnost nároku žalobkyně. Jsou zde uvedeny i konkrétní důvody, na základě nichž tyto závěry žalovaný dovozuje. To platí i pro projekty, které byly předmětem obchodního tajemství. Jednalo se o pouhé 4 projekty, ohledně nichž nebylo tvrzeno a doloženo nic bližšího. S poslední námitkou se žalovaný konkrétně vypořádal v bodu 28 napadeného rozhodnutí. Žalovaný přezkoumal veškeré podklady, které žalobkyně řádně předložila a které byly součástí správního spisu, a dospěl k jednoznačnému závěru, že na základě předložených podkladů nesplnil žalobce zákonné podmínky pro zápis do seznamu výzkumných organizací. Tvrzení, že je napadené rozhodnutí nepřezkoumatelné, tak není správné.

38. K námitce žalobkyně, že postup žalovaného porušil zásadu předvídatelnosti činnosti veřejné správy, neboť v minulosti již bylo v případě žalobkyně posouzení naplnění znaků výzkumné organizace učiněno a žalobkyně byla zapsána na seznam výzkumných organizací umístěný na internetových stránkách Rady pro výzkum, vývoj a inovace, žalovaný uvedl, že právní povaha obou seznamů je odlišná. Zatímco seznam vedený žalovaným má zákonné zmocnění přímo v § 33 a v § 33a zákona o podpoře výzkumu, seznam vedený Radou vlády pro výzkum, vývoj a inovace nebyl podroben žádné zákonné regulaci. Jak vyplývá i z prohlášení uvedeného na internetových stránkách Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace, tento seznam není závazným, ale pouze doporučujícím stanoviskem. Řízení o zápisu vedené žalovaným je formalizované a řídí se správním řádem, což při zápisu na seznam Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace neplatí. Rozhodnutí vydávaná žalovaným jsou tak podrobena možnosti přezkumu jak ze strany nadřízeného správního orgánu, tak ze strany soudů, což samozřejmě klade vyšší nároky na jejich kvalitu a odůvodnění. Jelikož zápis do seznamu vedeného Radou vlády pro výzkum, vývoj a inovace nebyl podroben žádné zákonné regulaci, nejednalo se de facto ani o akty veřejné správy, tudíž z povahy věci nemohlo být novým odlišným rozhodnutím žalovaného ani zasaženo do principu předvídatelnosti veřejné správy.

39. Dále žalovaný uvedl, že otázka publikační činnosti žalobkyně byla přezkoumána v bodech 30 až 33 napadeného rozhodnutí a žalovaný na těchto závěrech setrvává. Jestliže žalobkyně tvrdí, že předložila žalovanému seznam 54 publikací, přičemž žalovaný se s touto skutečností dle jejího názoru v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí nedostatečně vypořádal, jak údajně namítala v bodě 3. 47. 3. rozkladu proti tomuto rozhodnutí, toto tvrzení není pravdivé. Tato část rozkladu je polemikou s právním názorem žalovaného v otázce kritérií pro publikování vědeckých publikací. Žalobkyně zde nenamítala mylné posouzení skutkových okolností žalovaným, jak činí nyní v žalobě. Žalovaný tak neměl z čeho vyvodit, že formulace obsažená v tomto bodě rozkladu má žalobkyní tvrzený význam, neboť z její dikce to rozhodně neplyne.

V. Replika žalobkyně, další vyjádření žalovaného a žalobkyně

40. V replice k vyjádření žalovaného žalobkyně uvedla, že žalovaný v dosavadním řízení ani ve vyjádření k žalobě nezdůvodnil, z jakého důvodu nepovažuje za dostatečné pro splnění definičního znaku výzkumné organizace v podobě hlavního cíle, jímž je „provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí“ pouze prokázání existence formálního zakotvení těchto cílů a profilu příslušného subjektu na základě zakladatelských, popř. dalších dokumentů předložených žadatelem o zápis do seznamu výzkumných organizací. Odkaz žalovaného na § 33a odst. 2 ve s pojení s odst. 3 písm. g) zákona o podpoře výzkumu neobstojí, protože zapisovanými skutečnostmi dle těchto ustanovení má být opět výhradně naplnění znaků „organizace pro výzkum a šíření znalostí“, nikoliv skutečný či žalovaným verifikovaný výkon jakýchkoliv činností.

41. Dále žalobkyně uvedla, že doložila, že se prostřednictvím svých zaměstnanců systematicky podílí na přednáškové činnosti vysokých škol, a to v rámci spolupráce žalobkyně s těmito vysokými školami. To plyne například z tohoto, že žalobkyní předložená potvrzení vystavená jednotlivými školami byla adresována žalobkyni, a nikoliv jejím zaměstnancům. Nešlo a nemohlo tudíž jít o jejich soukromé aktivity mimo pracovní poměr k žalobkyni.

42. Žalobkyně dále uvedla, že trvá na svém názoru, že žalovaný nebyl oprávněn pro výklad pojmu „výzkumné organizace“, na který zákon o podpoře výzkumu odkazuje, vůbec, a to ani podpůrně, používat právní předpisy České republiky, ani jakékoliv jiné metodické dokumenty bez právní závaznosti vydávané jejími orgány. Měl tento pojem vykládat výhradně dle práva, rozhodovací a interpretační praxe Evropské unie.

43. Dále žalobkyně uvedla, že trvá na tom, že výhradním ekonomickým smyslem patentování výsledku výzkumu a vývoje je z povahy věci jeho hospodářské využití, tedy transfer technologie do praxe. Zveřejnění nabídky licence v patentovém rejstříku je pak dalším a zcela běžným aktivním krokem vedoucím k nalezení nabyvatele licence.

44. Žalobkyně dále uvedla, že ve všech případech, kdy v průběhu správního řízení i žalobě napadala nedostatečné odůvodnění rozhodnutí, nebyly její námitky a tvrzení vypořádány ani implicitně. To lze podle názoru žalobkyně demonstrovat na tvrzení žalovaného, že žalobkyně neprokázala, že provádí nezávislý výzkum a vývoj. Žalovaný v řízení nejprve v rozporu s čl. 2.1.1 bodem 19 písm. a) druhou odrážkou sdělení 2014/C 198/01 dovozoval, že výzkum ve spolupráci nelze považovat za nezávislý výzkum. V této fázi řízení žalovaný ještě nijak nerozporoval, že žalobkyně aktivity ve smyslu „účinné výzkumné spolupráce“ provádí, a nereagoval na návrh žalobkyně, že je schopna doložit smlouvy o spolupráci a jakékoliv další podklady ke všem recentním výzkumným projektům. V řízení o rozkladu k tomuto zcela zásadnímu bodu, na základě něhož byla žádost žalobkyně zamítnuta, ministr školství přiznal pochybení na své žalovaného, nicméně se bez dalšího pouze dovolal principů procesní ekonomie a svůj přístup nijak nevysvětlil. Ve vyjádření k žalobě žalovaný kompletně obrátil svoji argumentaci a tvrdí, že žalobkyně v řízení neprokázala, že provádí „účinnou výzkumnou spolupráci“. Z tohoto postupu nelze v žádném případě, a to ani implicitně, dovodit jakékoliv racionální myšlenkové postupy na straně žalovaného, a to ve vztahu k žádné z dosavadních fází řízení. Dále pak z odůvodnění napadeného rozhodnutí ani implicitně nevyplývá, proč se ministr školství domnívá, že případné výkladové pochybení v tomto stěžejním bodu nemělo mít dopad na výsledek řízení v první instanci a následně vůbec není jasné, jaké důvody žalovaného vedly k závěru, že v první instanci předložený vzorek smluv o „účinné výzkumné spolupráci“ nepovažuje za dostatečný důkaz výkonu „účinné výzkumné spolupráce“, ani proč žalovaný nevyužil návrhu žalobkyně na předložení smluv a dalších podkladů ke všem recentním výzkumným projektům.

45. V závěru svého vyjádření žalobkyně uvedla, že trvá na své námitce, že postup žalovaného porušil zásadu předvídatelnosti činnosti veřejné správy a zdůrazňuje, že předmětem posouzení Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace bylo naplnění těch samých definičních znaků výzkumné organizace, jako v řízení před žalovaným.

46. Žalovaný se k replice žalobkyně vyjádřil v podání ze dne 14. 2. 2022. V tomto vyjádření žalovaný uvedl, že má i nadále za to, že žalobkyně nijak konkrétně nevysvětlila, čím se žalovaný dopustil porušení autonomie právních předpisů Evropské unie. Výklady definic, které žalovaný použil, mají jasnou oporu v nařízení č. 651/2014, přičemž interpretační pravidla, která použil, jsou zcela legitimní, a nelze konstatovat, že by byla v rozporu s právními předpisy Evropské unie či České republiky.

47. Žalovaný dále uvedl, že argumentace žalobce, že nabídku licence lze považovat za transfer znalostí, má absurdní důsledky, kdy jakákoliv informace zveřejněná na datové síti internet by mohla být považována za transfer znalostí ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014. Takový výklad je v rozporu se smyslem a účelem právní úpravy organizace pro výzkum a šíření znalostí. Je také třeba zdůraznit, že taková informace není nijak běžně dostupná, ale je třeba vyhledávání v databázi po zadání konkrétních údajů, které již musí být zájemci předem známy 48. Žalovaný dále uvedl, že z nařízení č. 651/2014 vyplývá, že výuka musí být přičitatelná žalobci jako samostatnému subjektu práva. Pokud je výuka realizována ve spolupráci se třetími subjekty, z povahy věci plyne, že by se tak muselo dít na smluvním základě se třetím subjektem. Žalobkyně předložila potvrzení veřejné vysoké školy, že někteří zaměstnanci žalobkyně se podílejí na výuce na veřejné vysoké škole. Z toho však neplyne, že by samotnou výuku pro veřejnou vysokou školu zajišťovala žalobkyně. Nelze to dovodit ani z toho, že veřejná vysoká škola adresovala „potvrzení“ žalobkyni. V „potvrzení“ je uvedeno, že výuku zajištují konkrétní fyzické osoby, nikoliv žalobkyně jako právnická osoba.

49. Žalovaný dále uvedl, že námitku stran provádění výzkumu ve spolupráci se třetími subjekty považuje za irelevantní a účelovou. Z předložených projektů totiž nebylo možné vůbec vyvodit, že by se žalobkyně na nich s těmito třetími subjekty podílela. Jediné, co lze z předložených projektů vyvodit, je, že třetí subjekty čerpaly dotace na základě dotačních výzev, přičemž je možné identifikovat poskytovatele dotace a projekt, na který byla dotace poskytnuta. V samotné žalobě žalobkyně tento závěr nijak věcně nerozporuje. Až nyní v replice uvádí, že byla připravena nabídnout další relevantní podklady. To však ze spisového materiálu neplyne, přičemž v řízení o žádosti je především na žadateli, aby včas doložil splnění předpokladů pro zápis na seznam.

50. Žalobkyně ani žalovaný se již ve věci dále nevyjádřili.

VI. Dosavadní průběh řízení

51. Podáním doručeným soudu dne 17. 9. 2020 žalobkyně soud sdělila, že dne 16. 9. 2020 podala novou žádost o zapsání do seznamu výzkumných organizací, a navrhla, aby soud řízení o žalobě přerušil do doby, než žalovaný novou žádost žalobkyně vyřídí. Žalobkyně předestřela, že bude–li s touto žádostí úspěšná, vezme žalobu zpět. Jelikož z podání žalobkyně bylo zřejmé, že žalobkyně zahájila nové řízení v téže věci, přičemž v případě úspěchu by vzala podanou žalobu zpět a řízení před soudem by bylo zastaveno, soud proto usnesením ze dne 29. 9. 2020, č. j. 10 A 154/2019 – 67 rozhodl o přerušení tohoto řízení do doby, než žalovaný pravomocně rozhodne v řízení o nové žádosti žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací. Dne 14. 10. 2021 bylo soudu doručeno podání žalobkyně, jímž žalobkyně soudu sdělila, že žalovaný žádost žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných institucí podanou dne 16. 9. 2020 zamítl. Proti rozhodnutí žalovaného podala žalobkyně rozklad, který ministr školství zamítl a rozhodnutí žalovaného potvrdil. Důvod, pro který bylo toto řízení přerušeno, tak odpadl, a soud proto usnesením ze dne 1. 1. 2021, č. j. 10 A 154/2019 – 84 rozhodl o pokračování v řízení.

VII. Obsah správního spisu

52. Ze správního spisu městský soud zjistil následující skutečnosti podstatné pro rozhodnutí ve věci.

53. Dne 20. 12. 2018 podala žalobkyně žádost o zápis do seznamu výzkumných organizací. V žádosti (část B „Hlavní cíl výzkumné organizace“) žalobkyně uvedla, že jejím hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum a experimentální vývoj, a veřejně šířit výsledky publikováním a transferem znalostí. Přílohou podané žádosti byly: čestné prohlášení, že podniky, které mohou na žalobkyni uplatňovat rozhodující vliv, nemají přednostní přístup k výsledkům její činnosti, rozhodnutí generálního ředitele žalobkyně č. 15/15 ze dne 1. 10. 2015 „Hospodářská a nehospodářská činnost a transfer technologií“, rozhodnutí generálního ředitele žalobkyně č. 16/15 ze dne 1. 10. 2015 „Ochrana duševního vlastnictví a transfer technologií na VÚKV a.s.“, výkaz zisku a ztráty ke dni 31. 12. 2015 a 31. 12. 2017 54. Výzvou ze dne 23. 1. 2019, č. j. MSMT–155/2019–2 vyzval žalovaný žalobkyni, aby do 10 dnů od doručení této výzvy doplnila žádost o zápis do seznamu výzkumných organizací listinnými dokumenty prokazujícími prováděné činností, které jsou hlavním cílem činnosti žalobkyně a o jejichž zápis do seznamu požádala, a to tak, že (i) provádění základního výzkumu, průmyslového výzkumu a experimentálního vývoje je třeba prokázat listinnými doklady, např. kopiemi smluv o účasti žalobkyně na řešení projektů základního výzkumu, průmyslového výzkumu a experimentálního vývoje nebo citací výsledků nezávislého výzkumu a vývoje prováděného žalobkyní, (ii) veřejné šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje prováděného žalobkyní formou publikování je třeba prokázat listinnými doklady, např. seznamem publikací, které mají afilaci k žalobkyni a splňují definici některého druhu publikačního výsledku, (iii) veřejné šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje formou transferu znalostí prováděného jménem žalobkyně je třeba prokázat listinnými doklady, např. uzavřenými licenčními smlouvami s uživateli výsledků výzkumu a vývoje nebo jinými smlouvami uzavřenými mezi žalobkyní a třetími stranami prokazujícími provádění činností naplňujících definici transferu znalostí podle sdělení 2014/C 198/01. Žalovaný ve výzvě rovněž provedl výklad pojmů základní výzkum, průmyslový výzkum, experimentální vývoj, nezávislé provádění výzkumu nebo vývoje s tím, že výzkum prováděný na zakázku pro konkrétního objednatele není nezávislým výzkumem a kooperativní výzkum, tj. výzkum prováděný ve spolupráci s třetími stranami za účelem dosažení společného cíle není nezávislým výzkumem. Žalovaný ve výzvě také vyložil, co považuje za publikování výsledků nezávislého výzkumu a vývoje s tím, že druhy publikačních výsledků definovala Rada pro výzkum, vývoj a inovace a schválila je vláda usnesením č.

837. K obsahu pojmu transfer znalostí žalovaný ve výzvě odkázal na definici uvedenou ve sdělení 2014/C 198/01.

55. Žalobkyně na výzvu reagovala podáním ze dne 4. 2. 2019. V podání žalobkyně uvedla, že zasílá žalovanému (i) přehled recentních projektů realizovaných formou účinné spolupráce jako projekty nezávislého výzkumu a vývoje žalobkyně, (ii) vybraný vzorek nedávných smluv upravujících účast na recentních projektech nezávislého výzkumu a vývoje žalobkyně (tyto soubory nebylo možno z důvodu jejich velikosti přiložit k datové zprávě, proto byly uloženy na stránkách <www.uschovna.cz>) a s tím, že v případě zájmu žalovaného může žalobkyně doložit další podklady, (iii) seznam vybraných publikací žalobkyně v režimu veřejného šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje, (iv) potvrzení veřejných vysokých škol o participaci žalobkyně na veřejném šíření výsledků výzkumu a vývoje formu výuky v rámci systému akreditovaného vysokoškolského vzdělávání, (v) přehled chráněných výsledků včetně veřejné nabídky licence jako doklad veřejného šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje žalobkyní formou transferu znalostí. Dále žalobkyně v podání uvedla, že podle jejího názoru může být předmětem posouzení žalovaného s ohledem na znění § 33b zákona o podpoře výzkumu pouze prověření doložení definičních znaků výzkumné organizace dle čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014. Pokud jde o definiční znak v podobě cílů výzkumné organizace, pak nemá být, jak lze dovodit ze znění výzvy č. j. MSMT–155/2019–2, předmětem posouzení, zda výzkumná organizace skutečně vykonává činnosti, kterou jsou „hlavním cílem žadatele“, ale pouze, zda jedním z cílů je „provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky publikací nebo transferu znalostí.“ Tato skutečnost je přitom jednoznačně patrná již z předloženého zakladatelského právního jednání a byla tedy žalobkyní řádně doložena. Dále žalobkyně v podání ze dne 4. 2. 2019 uvedla, že nesouhlasí názorem žalovaného uvedeným ve výzvě č. j. MSMT–155/2019–2, že kooperativní výzkum by neměl být nezávislým výzkumem, neboť takový závěr je v rozporu s čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) sdělení 2014/C 198/01. V závěru podání žalobkyně uvedla, že zasílá žalovanému aktualizovanou žádost o zápis do seznamu výzkumných organizací.

56. Přehled projektů je zpracován formou tabulky obsahující identifikační údaje (mimo jiné: název, označení, poskytovatel, příjemce, program, období) celkem 13 projektů od roku 2005 do roku 2018.

57. Seznam publikací obsahuje celkem 54 publikací od roku 2009 do roku 2018.

58. V potvrzení vystaveném pro žalobkyni Českým vysokým učením technickým, Fakultou strojní, ústavem automobilů, spalovacích motorů a kolejových vozidel je uvedeno, že v něm jmenovaná osoba v rámci své pedagogické činnosti v předmětech „Pojezdy kolejových vozidel“, „Konstrukce kolejových vozidel“, „Výpočetní metody a zkoušení kolejových vozidel“ uplatňuje své poznatky získané při zkouškách a výzkumných aktivitách realizovaných žalobkyní.

59. V potvrzení vystaveném pro žalobkyni Univerzitou Pardubice, Dopravní fakultou Jana Pernera, je uvedeno, že v něm dvě jmenované osoby pravidelně přednášejí na této fakultě studentům oboru „Dopravní prostředky“ v předmětech „Dynamická pevnost a životnost“, respektive „Zkoušení kolejových vozidel“ své znalosti a praktické zkušenosti získané při zkouškách a měřeních kolejových vozidel realizovaných žalobkyní.

60. Přehled chráněných výsledků je zpracován formou dvou tabulek obsahujících údaje o celkem sedmi patentech přihlášených a udržovaných v České republice a o celkem třech patentech přihlášených a udržovaných u Evropského patentového úřadu.

61. V aktualizované žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací žalobkyně opět uvedla, že jejím hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum a experimentální vývoj, a veřejně šířit výsledky publikováním a transferem znalostí.

62. Výzvou ze dne 28. 2. 2019, č. j. MSMT–115/2019–4 vyrozuměl žalovaný žalobkyni, že ukončil shromažďování podkladů pro vydání rozhodnutí a že má právo se k podkladům pro vydání rozhodnutí vyjádřit.

63. S poklady rozhodnutí se žalobkyně seznámila dne 6. 3. 2019, o čemž byl vyhotoven protokol č. j. MSMT–115/2019–5 z téhož dne. V protokolu č. j. MSMT–115/2019–5 je mimo jiné uvedeno, že žalobkyni bylo umožněno nahlédnout do spisu, který obsahovala následující podklady pro vydání rozhodnutí: žádost žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací a její náležitosti doložené žalobkyní prostřednictvím datové schránky dne 28. 12. 2018, doplnění žádosti žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací zaslané prostřednictvím datové schránky dne 4. 2. 2019, informace získané z veřejně dostupných zdrojů (informační systém výzkumu, vývoje a inovací, živnostenský rejstřík, webové stránky žalobkyně). Žalobkyně se v protokolu č. j. MSMT–115/2019–5 k podkladům rozhodnutí vyjádřila tak, že nenavrhuje předložit další dokumenty k prokázání skutečností, o jejichž zápis požádala.

64. Prvostupňovým rozhodnutím žalovaný žádost žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných informací zamítl. Žalovaný dospěl k závěru, že žalobkyně nenaplnila jeden ze tří znaků výzkumné organizace, a to že je jejím hlavním cílem provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum a experimentální výzkum nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí. V případě dalších dvou znaků, a to zda žalobkyně vede oddělené účetnictví pro hospodářské a nehospodářské činnosti a zda podniky, které mohou na žalobkyni uplatňovat rozhodující vliv, nemají přednostní přístup k výsledkům její činnosti, dospěl žalovaný k závěru, že tyto dva znaky byly v případě žalobkyně naplněny.

65. Proti prvostupňovému rozhodnutí podala žalobkyně rozklad, v němž namítala, že žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí dospěl k závěru, že k zápisu do seznamu výzkumných organizací nepostačí prokázat záměr vykonávat činnosti definující organizaci pro výzkum znalostí, ale i jejich reálné provádění, avšak takový závěr je nepřezkoumatelný, neboť není jasné, na základě jakého právního předpisu k němu žalovaný dospěl, jelikož z čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 vyplývá, že požadováno pouze naplnění cíle tyto aktivity provádět, nikoliv jejich skutečné provádění. Vzhledem k tomu, že je tento závěr v přímém rozporu s čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014, je také nesprávný. Žalobkyně v této souvislosti dále namítala, že i kdyby byl správný závěr žalovaného, že do seznamu výzkumných organizací mohou být zapsány pouze ty subjekty, které činnost nezávislého výzkumu a vývoje realizují, žalobkyně tuto skutečnost žalovanému doložila, a to předloženými výročními zprávami a přehledem recentních projektů, jakož i tím, že poznatky získané nezávislou výzkumnou činností žalobkyně publikuje formou článků, publikací a příspěvků ve sbornících, jež jsou uvedeny v seznamu, který žalobkyně předložila. Žalobkyně dále namítala, že je nesprávný závěr žalovaného, že nezávislým výzkumem nebo vývojem není kooperativní výzkum uskutečňovaný na bázi účinné spolupráce, tj. výzkum prováděný ve spolupráci alespoň dvou nezávislých stran. Takový závěr nevyplývá žádných právních předpisů ani výkladových dokumentů Evropské unie a naopak, je s nimi, jak je zřejmé ze znění čl. 2.2.1 odst. 19 a čl. 2.2.2 sdělení 2014/C 198/01, zcela v rozporu. Žalobkyně dále namítala, že nepřezkoumatelný a nesprávný je také závěr žalovaného, že se žalobkyně zabývá průmyslovým výzkumem a experimentálním vývojem, nikoliv výzkumem základním. To se nezakládá na pravdě, protože žalobkyně se oblasti kolejových vozidel věnuje i základnímu výzkumu, ale zejména vůbec není jasné, proč se touto otázkou žalovaný zabýval a co ze svého zjištění dovodil. Za nepřezkoumatelný a nesprávný považovala žalobkyně rovněž závěr žalovaného, že výsledky výzkumu a vývoje žalobkyně, které jsou předmětem obchodního tajemství, nejsou předmětem veřejného šíření výsledků na nevýlučném a nediskriminačním základě a takový výzkum nenaplňuje znaky nezávislého výzkumu a vývoje. Také v tomto případě není jasné, na základě aplikace jakých právních norem žalovaný k tomuto závěru dospěl, a to tím spíše, že ochrana duševního vlastnictvím včetně know–how, které lze chránit pouze utajením důvěrných informací, je standardní součástí v podstatě každé smlouvy o spolupráci na základě výslovného požadavku poskytovatelů podpory výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků.

66. Žalobkyně dále namítala, že je nesprávný a nepřezkoumatelný závěr žalovaného, že žalobkyně neuskutečňuje žádný akreditovaný studijní program a že také z tohoto důvodu neprokázala, že provádí výuku a tedy ani neprokázala, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje výukou. Tuto skutečnost však žalobkyně v řízení vůbec netvrdila a naopak dokládala, že se na realizaci akreditovaných studijních programů podílí jinou formou, s čímž se však žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí vůbec nevypořádal.

67. Žalobkyně dále namítala, že právní předpisy Evropské unie ani zákon o podpoře výzkumu nestanovují žádné podrobnosti o způsobu publikování výsledků nezávislého výzkumu. Ustanovení čl. 2.2.1 bodu 19 písm. a) sdělení 2014/C 198/01 hovoří pouze o veřejně přístupných publikacích a zákon o podpoře výzkumu v § 2 odst. 2 písm. i) v souvislosti s publikováním pouze uvádí, že výsledky výzkumu vývoje a inovací jsou publikovány podle zvyklostí v daném oboru. Žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí odkázal na druhy publikačních výsledků, které byly definovány Radou pro výzkum, vývoj a inovace v materiálu Definice druhů výsledků schváleném usnesením vlády č. 837 a Metodiku hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací schválenou usnesením vlády č. 107, která je její přílohou. Nejedná se tak o žádné zákonné předpisy, které by rozšiřovaly výklad zákona o podpoře výzkumu. Z jejich obsahu navíc vyplývá, že tyto dokumenty připouštějí existenci takových výsledků výzkumu, vývoje a inovací, které sice jsou výsledkem nezávislého výzkumu a vývoje, avšak nebyly určitým způsobem formalizovány, případně vloženy do databáze. Žalovaný však v napadeném rozhodnutí ve vztahu k publikacím výsledků výzkumu a vývoje poskytnutých žalobkyní uvedl, že se nejedná o publikace, které by byly evidovány ve Web of Science nebo Scopus, což je argumentace ničím nepodložená a zcela neúnosná, neboť takový požadavek není součástí definice výzkumné organizace ve smyslu nařízení č. 651/2014 nebo sdělení 2014/C 198/01. Tento požadavek žalovaného navíc vůbec nereflektuje možnosti publikování v těch oborech, jejichž odborné časopisy nejsou v takových databázích evidovány. Druhy publikačních výsledků podle Definice druhů výsledků proto nelze považovat za zvyklosti v daném vědním oboru ve smyslu zákona o podpoře výzkumu.

68. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný v napadeném rozhodnutí dospěl k závěru, že patentování, resp. udělení patentu není projevem transferu výsledků výzkumu nebo vývoje, protože při nich třetí strany nezískávají přístup k využití patentu a k tomuto transferu dochází až v okamžiku přijetí nabídky licence třetí stranou, a žalobkyní předložené podklady proto neprokazují, že žalobkyně provádí transfer výsledků výzkumu nebo vývoje. Tento závěr žalovaného je nesprávný a nepřezkoumatelný, neboť z obsahu prvostupňového rozhodnutí není zřejmé, na základě aplikace jaké právní normy nebo na základě jaké rozhodovací praxe žalovaný dovozuje, že k naplnění definičního znaku transferu znalostí prostřednictvím patentu je nezbytné uzavření licenční smlouvy. Žalovaný se navíc v prvostupňovém rozhodnutí vůbec nevypořádal s tvrzením žalobkyně, že ze samotné veřejné nabídky licence lze dovodit existenci transferu znalostí, protože veřejná nabídka licence je součástí činností vedoucích k uzavření licenční smlouvy.

69. Napadeným rozhodnutím žalovaný prvostupňové rozhodnutí potvrdil.

70. Součástí žádného předaného správního spisu nejsou následující podklady, které dle odůvodnění prvostupňového rozhodnutí (viz str. 1 a 2, první a druhý odstavec) žalobkyně v rámci řízení předložila: zakladatelské právní jednání, výroční zprávy žalobkyně za roky 2015 až 2017 a smlouvy o poskytnutí dotace s různými poskytovateli (v podání žalobkyně ze dne 4. 2. 2019 označovány jako vybraný vzorek nedávných smluv upravujících účast na recentních projektech nezávislého výzkumu a vývoje žalobkyně), nebo z nich správní orgány při svém rozhodování vycházely (viz str. 6 prvostupňového rozhodnutí a str. 8 a 9, bod 31 až 33 napadeného rozhodnutí): Definice druhů výsledků schválená usnesením vlády č. 837 a Metodika hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací schválená usnesením vlády č.

107. Z obsahu správního spisu a jeho porovnání se spisovým přehledem nevyplývá, že by v něm nějaká listina chyběla.

VIII. Posouzení věci Městským soudem v Praze

71. Městský soud nejprve shledal, že jsou splněny podmínky řízení, žaloba je přípustná, byla podána včas a osobou oprávněnou. Napadené rozhodnutí Městský soud přezkoumal v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán (§ 75 odst. 2 s. ř. s.), včetně řízení, které jeho vydání předcházelo. Při přezkoumání tohoto rozhodnutí městský soud vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 odst. 1 s. ř. s.). O podané žalobě městský soud rozhodl v souladu s § 76 odst. 1 písm. a), b) ve spojení s § 51 odst. 2 s. ř. s. bez nařízení jednání.

72. Žaloba je důvodná. VIII. a. Obecná východiska 73. Podle § 33a zákona o podpoře výzkumu ve znění účinném od 1. 7. 2017 seznam výzkumných organizací (dále jen „seznam“) je informačním systémem veřejné správy, jehož správcem je Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (odst. 1). Do seznamu se zapisují organizace, které požádaly o zápis do seznamu a prokázaly naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí stanovených předpisy Evropské unie včetně prokázání zapisovaných údajů (odst. 2). Do seznamu se zapisují tyto údaje o výzkumné organizaci (odst. 3): a) obchodní firma nebo název a sídlo výzkumné organizace, b) právní forma výzkumné organizace, c) identifikační číslo osoby, pokud bylo přiděleno, d) datum podání žádosti o zápis do seznamu, e) datum zápisu do seznamu, f) datum poslední aktualizace údajů v seznamu, g) údaje svědčící o naplnění definičních znaků podle odstavce 2, h) další skutečnosti k zapsané výzkumné organizaci, zejména údaje o předmětu činnosti, který definuje výzkumné kapacity.

74. Podle čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014 „organizací pro výzkum a šíření znalostí“ se rozumí subjekt (např. univerzita nebo výzkumný ústav, agentura pro transfer technologií, zprostředkovatel v oblasti inovací, fyzický nebo virtuální spolupracující subjekt zaměřený na výzkum) bez ohledu na jeho právní postavení (zřízený podle veřejného nebo soukromého práva) nebo způsob financování, jehož hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí. Vykonává–li tento subjekt rovněž hospodářské činnosti, je třeba o financování, nákladech a příjmech souvisejících s těmito činnostmi vést oddělené účetnictví. Podniky, jež mohou uplatňovat rozhodující vliv na takovýto subjekt, například jako podílníci nebo členové, nesmějí mít přednostní přístup k výsledkům, jichž dosáhl.

75. Zákon o podpoře výzkumu odkazuje v § 33a odst. 2 na definiční znaky stanovené v unijním právu a sám je nijak nedefinuje. Výklad pojmů obsažených v této definici tak musí v první řadě vycházet z jejich významu, který jim přisuzuje unijní úprava, tedy nařízení č. 651/2014 a sdělení 2014/C 198/01.

76. Mezi žalobkyní a žalovaným není sporné, že podmínkou pro zápis do seznamu výzkumných organizací podle § 33a odst. 1 zákona o podpoře výzkumu je, že žadatel o zápis splňuje podmínky stanovené v § 33a odst. 2 téhož zákona, přičemž mezi tyto podmínky patří také naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí stanovených v čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014. Mezi žalobkyní a žalovaným rovněž není sporné, že těmito znaky jsou, že (i) se jedná o subjekt, jehož hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí; (ii) vykonává–li tento subjekt rovněž hospodářské činnosti, je třeba o financování, nákladech a příjmech souvisejících s těmito činnostmi vést oddělené účetnictví; (iii) podniky, jež mohou uplatňovat rozhodující vliv na takovýto subjekt, například jako podílníci nebo členové, nesmějí mít přednostní přístup k výsledkům, jichž dosáhl a že tyto definiční znaky musí být naplněny kumulativně.

77. Mezi žalobkyní a žalovaným rovněž není sporné, že žalovaný zamítl žádost žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací, z toho důvodu, že dospěl k závěru, že v případě žalobkyně nebyl naplněn první definiční znak stanovený v čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014, tedy že žalobkyně je subjektem, jehož hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí.

78. Z obsahu podané žaloby přitom vyplývá, že žalobkyně vytýkala žalovanému, že v rámci posuzování naplnění prvního definičního znaku nesprávně a nepřezkoumatelně posoudil otázku, zda je cílem žalobkyně provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj a zda žalobkyně šíří výsledky těchto činností veřejně formou, a to ať již formou výuky, publikací nebo transferu znalostí.

79. Žalobkyně některé své žalobní námitky týkající se vad napadeného rozhodnutí a jemu předcházejícího prvostupňového rozhodnutí žalovaného formulovala pouze v obecné rovině, soud proto připomíná, že platí, že míra obecnosti žalobních bodů (§ 71 odst. 1 písm. d) s. ř. s.) určuje míru obecnosti v jaké je soud povinen a rovněž oprávněn jednotlivé žalobní body vypořádat (srov. rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008 – 78, body 31 a 32).

80. Soud rovněž připomíná, že správní soud při přezkumu správního rozhodnutí posuzuje jeho zákonnost a zákonnost řízení, které mu předcházelo. Při hodnocení zákonnosti správního rozhodnutí musí soud posoudit, zda správní rozhodnutí obstojí, přičemž vychází z toho, že prvostupňové rozhodnutí a rozhodnutí o odvolání (rozkladu) tvoří jeden celek (srov. usnesení rozšířeného senátu Nevyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2004, č. j. 5 Afs 16/2003 – 56, rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 12. 2007, č. j. 4 As 48/2007 – 80, a ze dne 27. 2. 2013, č. j. 6 Ads 134/2012 – 47). Odůvodnění správního rozhodnutí při tomto přezkumu musí samo o sobě obstát v předestření důvodů, jež vedly správní orgán k rozhodnutí vyjádřenému ve výrokové části, a musí být zároveň v souladu s obsahem správních spisů (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 8. 2013, č. j. 8 Afs 58/2012 – 44, bod 16, ze dne 24. 9. 2014, č. j. 8 Afs 34/2013 – 68, bod 40 nebo ze dne 3. 8. 2017, č. j. 9 Afs 166/2017 – 29, bod 35). VIII. b. Přezkoumatelnost rozhodnutí 81. Soud se nejprve zabýval námitkami týkajícími se nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí.

82. Podle konstantní judikatury je nepřezkoumatelné zejména takové rozhodnutí, z něhož není zřejmé, proč správní orgán nepovažoval právní argumentaci účastníka řízení za důvodnou a proč jeho námitky považoval za liché, mylné nebo vyvrácené (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 6. 2006, č. j. 4 As 58/2005 – 65, a ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005 – 130). Požadavek přezkoumatelnosti odůvodnění správního rozhodnutí však neznamená, že je správní orgán povinen jednotlivě reagovat na každé dílčí tvrzení účastníka řízení (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 3. 2015, č. j. 9 As 221/2014 – 43). Zrušení rozhodnutí pro nepřezkoumatelnost je namístě jen tehdy, pokud správní orgán opomene podstatnou námitku účastníka řízení vypořádat zcela (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 1. 2013, č. j. 1 Afs 92/2012 – 45, a ze dne 29. 6. 2017, č. j. 2 As 337/2016 – 64).

83. Jelikož rozhodnutí správních orgánů tvoří z hlediska soudního přezkumu jeden celek, námitky uplatněné v odvolání proto může odvolací správní orgán vypořádat i tím způsobem, že se ztotožní se závěry správního orgánu prvního stupně, které v rozhodnutí o odvolání převezme, nebo se na ně odkáže (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 7. 2007, č. j. 4 As 11/2006 – 86), čímž může implicitně odpovědět na námitky odvolatele tak, že je neshledal důvodnými (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 6. 2017, č. j. 2 As 337/2016 – 64, bod 73). Odvolací orgán také může nahradit část odůvodnění orgánu prvního stupně vlastní úvahou a korigovat tak určitá dílčí „argumentační zaškobrtnutí“ (popřípadě doplnit chybějící či strohá odůvodnění) podřízeného správního orgánu v případě, kdy prvostupňové rozhodnutí potvrzuje (srov. opět např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 Ads 134/2012 – 47).

84. Žalobkyně namítala, že již v doplnění žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací namítala, že dle čl. 2.1.1. sdělení 2014/C 198/01 je nutno tzv. účinnou spolupráci považovat za součást aktivit nezávislého výzkumu a vývoje. S touto námitkou se žalovaný v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí nevypořádal, na což žalobkyně upozorňovala v bodech 3.28 a 3.29 rozkladu. Ministr školství se v napadeném rozhodnutí v bodech 26 a 27 podle žalobkyně vypořádání této námitky opět vyhnul.

85. Žalobkyně v podání ze dne 4. 2. 2019 (na konci str. 2 a na začátku str. 3) uvedla, že nesouhlasí s názorem uvedeným ve výzvě č. j. MSMT–155/2019–2, že by kooperativní výzkum, „tj. výzkum prováděný ve spolupráci s třetími stranami za účelem dosažení společného cíle…“ neměl být nezávislým výzkumem, neboť takový závěr je v rozporu s čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) sdělení 2014/C 198/01.

86. Žalovaný se k této otázce vyjádřil na str. 5 prvostupňového rozhodnutí, kde ve druhé odrážce shora uvedl, že „podle údajů v informačním systému výzkumu, vývoje a inovací a smluv o účasti žadatele na projektech výzkumu a vývoje vyplývá, že účast žadatele na řešení uvedených projektů vykazuje znaky kooperativního výzkumu nebo vývoje, na němž se kromě žadatele podílejí výzkumné organizace nebo podniky. Takové projekty nenaplňují znaky nezávislého výzkumu a vývoje, neboť jejich předmětem je společný výzkum nebo vývoj prováděný ve spolupráci více subjektů, a to bez ohledu na to, zda spolupráce je či není účinná.“ 87. V bodě 3.28 a 3.29 rozkladu žalobkyně namítala, že je tento závěr žalovaného nesprávný, neboť výzkum na bázi účinné spolupráce je za splnění „určitých podmínek“ (které však žalobkyně v rozkladu blíže nespecifikovala) činností nehospodářskou, ale může se jednat o nezávislý výzkum nebo vývoj. Závěr žalovaného, že kooperativní výzkum uskutečňovaný na bázi účinné spolupráce nelze považovat za nezávislý výzkum nebo vývoj, je naopak v rozporu s čl. 2.2.1 odst. 19 a čl. 2.2.2 sdělení 2014/C 198/01. Tato argumentace žalovaného je podle žalobkyně navíc zcela v rozporu s politikou podpory výzkumu a vývoje v České republice i v Evropské unii.

88. Ministr školství tuto rozkladovou námitku žalobkyně zrekapituloval v bodě 9 napadeného rozhodnutí a následně se jí věcně zabýval v bodě 26, kde uvedl: „Ani u jednoho z projektů obsažených v příloze doplnění žádosti ze dne 4. 2. 2019 označené jako „Přehled recentních projektů“ nelze dospět k závěru, že by se jednalo o kooperativní výzkum na bázi účinné spolupráce, jak účastník činí v rozkladu. U většiny projektů účastník ani nefiguruje. Jediné, co lze z daného dokumentu vyvodit, je, že třetí subjekty čerpaly dotace na základě dotačních výzev, přičemž lze identifikovat poskytovatele dotace a projekt, na který byla dotace poskytnuta. Pokud má účastník na mysli jiné projekty, není to v rozkladu uvedeno. Účastník také v rozkladu neuvádí konkrétní skutečnosti, na základě nichž by bylo možno dovodit, že projekty uvedené ve výše uvedené příloze odůvodňují naplnění definičních znaků výzkumné organizace v případě účastníka řízení.“ 89. Z uvedeného je zřejmé, že žalovaný se v prvostupňovém rozhodnutí otázkou, zda kooperativní výzkum může být nezávislým výzkumem, zabýval, byť s poněkud nejasným závěrem, neboť z něj ani v kontextu zbývající části odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není zcela zřejmé, jestli žalovaný dospěl k závěru, že kooperativní výzkum nezávislým výzkumem být nemůže v žádném případě, nebo se o nezávislý výzkum nejedná pouze v případě projektů předložených žalobkyní. Ani ministr školství se pak s obdobnou rozkladovou námitkou žalobkyně také vypořádat neopomněl a v odůvodnění napadeného rozhodnutí v rámci jejího vypořádání doplnil a upřesnil úvahu žalovaného v tom smyslu, že z podkladů předložených žalobkyní nevyplývá, že by se v případě těchto konkrétních podkladů jednalo o projekty kooperativního výzkumu na bázi účinné spolupráce a tedy o projekty nezávislého výzkumu a vývoje. Z odůvodnění obou rozhodnutí je tak zřejmé, jak se s touto námitkou žalobkyně správní orgány vypořádaly.

90. Tato žalobní námitka není důvodná.

91. Žalobkyně dále namítala, že již v doplnění žádosti namítala, že předmětem posuzování její žádosti nemá být prověřování skutečné realizace aktivit výzkumu a vývoje, vzdělávání a transferu znalostí, ale pouze existence cíle realizace takových činností. S touto námitkou se žalovaný podle žalobkyně v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí nevypořádal, neboť z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není jakkoliv patrné, na základě jakých právních předpisů nebo úvah žalovaný dospěl k opačnému závěru, což žalobkyně namítala v bodě 3.20 rozkladu. V napadeném rozhodnutí ministr školství sice závěr žalovaného potvrdil, avšak vůbec se nezabýval otázkou nepřezkoumatelnosti prvostupňového rozhodnutí.

92. Žalobkyně v podání ze dne 4. 2. 2019 (str. 2 uprostřed) uvedla, že „předmětem posouzení, pokud jde o definiční znak cílů výzkumné organizace, pak nemá být, zda výzkumná organizace skutečně vykonává činnosti, které jsou „hlavním cílem žadatele“ (jak lze dovodit ze znění výzvy), ale pouze zda jedním z hlavních cílů je „provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činnost formou výuky, publikací nebo transferu znalostí““.

93. Žalovaný se k této otázce vyjádřil v prvostupňovém rozhodnutí na str. 2, kde mimo jiné uvedl: „Do seznamu se zapisují mj. údaje svědčící o naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí a údaje o předmětu činnosti subjektu, který definuje jeho výzkumné kapacity (§ 33a odst. 3 zákona č. 130/2002 Sb.). K zápisu do seznamu tedy nestačí prokázat záměr vykonávat činnosti definující organizaci pro výzkum a šíření znalostí, ale i jejich reálné provádění, tj. to, co je předmětem činností, na které jsou vynakládány finanční a lidské zdroje, resp. kapacity. Záměr činnosti, resp. účel zřízení subjektu definovaný zpravidla zakladatelským právním jednáním bývá často vymezen poměrně široce a reálně nemusí být plné šíři naplněn, v krajním případě nemusí být naplněn vůbec Zapsat do seznamu subjekt, který žádnou relevantní činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí nevykonává, nebo zapsat u subjektu činnost, která není vykonávána, by se míjelo s účelem seznamu.“ 94. V bodě 3.20 rozkladu žalobkyně namítala, že tato část odůvodnění prvostupňového rozhodnutí je nepřezkoumatelná, neboť není jasné, na základě jakého právního předpisu činí žalovaný závěr o nutnosti zkoumání reálného provádění aktivit nezávislého výzkumu a vývoje, když definice uvedená v čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 výslovně požaduje pouze naplnění znaku v podobě „cíle“ provádění těchto aktivit.

95. Ministr školství tuto rozkladovou námitku žalobkyně zrekapituloval v bodě 7 napadeného rozhodnutí a následně se jí zabýval v bodě 23 až 25, kde mimo jiné uvedl: „Účastník řízení se mýlí, že dikce čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře svědčí pro jeho „nominální přístup“. Naopak dikce ustanovení obsahuje také termín „výsledky těchto činností“, který jasně naznačuje, že subjekt již musí některou z definičních činností reálně vykonávat. Povinnost prokázat, že subjekt nějakou z definičních činností reálně vykonává, pak jasně plyne z § 33a odst. 2 a 3 písm. g) zákona o podpoře. Dle § 33a odst. 2 zákona o podpoře se do seznamu výzkumných organizací zapisují subjekty, které prokázaly naplnění definičních znaků výzkumné organizace dle příslušných předpisů Evropské unie včetně prokázání zapisovaných údajů. Dle § 33a odst. 3 písm. g) zákona o podpoře pak jedním ze zapisovaných údajů jsou údaje svědčící o naplnění definičních znaků dle § 33a odst. 2 zákona o podpoře. Pokud by stačilo pouze formálně doložit, že cílem subjektu je nějaká činnost dle čl. 2 bod 83 nařízení o podpoře, jak se domnívá účastník řízení, pak by bylo § 33a odst. 3 písm. g) zákona o podpoře nadbytečné.“ 96. Z uvedeného je zřejmé, že žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí setrval na svém závěru, že je nezbytné, aby žadatel o zápis do seznamu výzkumných organizací nejen doložil, že jeho hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností, ale aby rovněž prokázal, že tyto činnosti skutečně provádí. Ačkoliv z prvostupňového rozhodnutí na první pohled nevyplývá, na základě jakých právních předpisů žalovaný k tomuto závěru dospěl, lze to z jeho obsahu zjistit. Z formulace „do seznamu se zapisují mj. údaje svědčící o naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí a údaje o předmětu činnosti subjektu, který definuje jeho výzkumné kapacity (§ 33a odst. 3 zákona č. 130/2002 Sb.)“ totiž vyplývá, že podle žalovaného je důvodem pro to, aby byly do seznamu výzkumných organizací zapsány pouze subjekty, které činnosti vyjmenované v čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 skutečně provádějí, naplnění požadavku obsaženého v § 33a odst. 3 písm. h) zákona o podpoře výzkumu, který stanoví, že do seznamu výzkumných organizací se v rámci údajů o výzkumné organizaci další skutečnosti k zapsané výzkumné organizaci, „zejména údaje o předmětu činnosti, který definuje výzkumné kapacity“. Žalovaný se tedy touto námitkou v prvostupňovém rozhodnutí zabývat neopomněl a je i zřejmé na základě jakého právního předpisu žalovaný ke svému závěru dospěl. Prvostupňové rozhodnutí z důvodu nevypořádání této námitky za nepřezkoumatelné považovat nelze. Ministr školství v napadeném rozhodnutí závěr žalovaného, že je nezbytné, aby žadatel o zápis do seznamu výzkumných organizací rovněž prokázal, že tyto činnosti skutečně provádí, nerozporoval. V odůvodnění napadeného rozhodnutí pak předstřel svůj vlastní názor, z jakých právních předpisů tento závěr vyplývá, přičemž svou úvahu opřel o výklad čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014 a § 33a odst. 2 ve spojení s odst. 3 písm. g) zákona o podpoře výzkumu. Je pravdou, že v napadeném rozhodnutí ministr školství výslovně nedeklaroval, že se žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí touto námitkou žalobkyně zabýval a že je z tohoto důvodu nelze považovat za nepřezkoumatelné. Tento dílčí nedostatek v odůvodnění napadeného rozhodnutí však nezpůsobuje vadu spočívající v jeho nepřezkoumatelnosti, neboť je zřejmé, že žalovaný příslušnou námitku žalobkyně v prvostupňovém rozhodnutí vypořádat neopomněl, a to včetně odkazu na příslušnou právní úpravu, z níž při jejím vypořádání vycházel.

97. Tato žalobní námitka také není důvodná.

98. Žalobkyně dále namítala, že v bodě 3.22 podaného rozkladu vyjádřila pochybnost, zda žalovaný v rámci posuzování aktivit nezávislého výzkumu disponuje odbornými kapacitami pro posuzování kvalitativních znaků nezávislého výzkumu. Tuto námitku podle žalobkyně ministr školství v napadeném rozhodnutí zcela opominul.

99. V bodě 3.22 rozkladu žalobkyně mimo jiné uvedla: „Nesmyslnost tohoto výkladu vyplývá nejen z věcné obtížnosti takového posouzení (Ústav si dovoluje na tomto místě vznést pochybnost, zda je Ministerstvo pro účel kvalitativního posuzování reálného výkonu aktivit nezávislého výzkumu a vývoje vybaveno dostatečnou sítí odborných hodnotitelů), ale mimo jiné i z toho, že tento výklad vylučuje založení nové výzkumné organizace…“ 100. Žalobkyně má pravdu v tom, že ministr školství se touto námitkou v napadeném rozhodnutí explicitně nezabýval. Je ovšem také pravdou, že žalobkyně tuto námitku uplatnila ve zcela obecné rovině a nijak nekonkretizovala, v čem má nedostatek odborných kapacit („sítě odborných hodnotitelů“) na straně žalovaného spočívat nebo které aktivity žalobkyně žalovaný v důsledku nedostatečných odborných kapacit nesprávně posoudil jako aktivity, které nepředstavují provádění nezávislého výzkumu a vývoje, ač se o takové aktivity mělo podle názoru žalobkyně jednat.

101. Z obsahu odůvodnění napadeného rozhodnutí přitom vyplývá, že ministr školství schopnost žalovaného žádost žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací řádně (a tedy i po stránce odborné) posoudit nijak nezpochybnil, neboť žádné zásadní nedostatky, které by vedly ke zrušení prvostupňového rozhodnutí v řízení o rozkladu, v tomto směru neshledal. Skutečnost, že se ministr školství s touto dílčí námitkou žalobkyně v odůvodnění napadeného rozhodnutí opomněl přímo vypořádat, proto podle názoru soudu nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí nezpůsobuje, protože se nejedná vzhledem k její obecnosti o námitku zásadní, která by mohla mít vliv na závěr napadeného rozhodnutí, případně jeho závěr jakkoliv změnit. Tato námitka se základní sporné otázky, zda žalobkyně splnila první ze tří podmínek pro zápis do seznamu výzkumných organizací ve smyslu čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 dotýká zcela okrajově, jelikož žalobkyně netvrdila, že to byl právě nedostatek odbornosti žalovaného, který byl důsledkem zamítnutí její žádosti, ale žalobkyně pouze obecně vznesla pochybnost, zda žalovaný disponuje dostatečnými odbornými kapacitami pro posouzení, zda se v konkrétním případě jedná o provádění nezávislého výzkumu a vývoje.

102. Z obecného hlediska přitom zcela jistě nelze předpokládat, že žalovaný, kterému byla zákonem o podpoře výzkumu svěřena pravomoc rozhodovat o žádostech o zápis do seznamu výzkumných organizací (§ 33a odst. 8 zákona o podpoře výzkumu), není k takové činnosti dostatečně personálně a tedy i odborně vybaven. To platí tím spíše, že žalovaný je mimo jiné ústředním orgánem státní správy pro vědní politiku, výzkum a vývoj, včetně mezinárodní spolupráce v této oblasti (§ 7 odst. 1 zákona č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy České republiky). V daném případě tak absence reakce ministra školství na tuto konkrétní námitku žalobkyně nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí nezpůsobuje (srov. také rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 As 153/2014 – 108, bod 37, z něhož ve svém vyjádření k žalobě citoval také žalovaný).

103. Tato žalobní námitka rovněž není důvodná.

104. Žalobkyně dále namítala, že v bodě 3.27 podaného rozkladu rozporovala závěr žalovaného o neexistenci činností nezávislého výzkumu vývoje argumentem, že samotný seznam publikací je z hlediska logických vazeb mezi jednotlivými předloženými podklady postačujícím důkazem o existenci nezávislé výzkumné činnosti, protože bez nezávislého výzkumu a vývoje by v praxi nebylo co publikovat. Tuto námitku podle žalobkyně ministr školství v napadeném rozhodnutí zcela opominul.

105. V bodě 3.27 rozkladu žalobkyně uvedla: „Je tedy zcela mimo jakoukoliv pochybnost, že k provádění vlastní nezávislé výzkumné činnosti v rámci Ústavu došlo a dochází, a to v souladu s tezí uvedenou výše, tj. kdyby neexistovala vlastní nezávislá výzkumná a vývojová činnost, pak by nebylo možné šířit její výsledky prostřednictvím publikací.“ V tomto bodě se žalobkyně odkazovala na předcházející bod 3.26 rozkladu, v němž namítala, že realizaci aktivit nezávislého výzkumu a vývoje žalovanému doložila předloženými výročními zprávami a přehledem recentních projektů a také tím, že poznatky získané touto činností byly publikovány prostřednictvím publikací, které jsou uvedeny v seznamu, který předložila žalovanému v rámci doplnění žádosti o zapsání do seznamu výzkumných organizací.

106. Žalobkyně má i v případě této námitky pravdu, že se ministr školství touto námitkou v napadeném rozhodnutí explicitně nezabýval. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí, a to zejména jeho bodů 26 až 28 však vyplývá, že ministr školství dospěl k závěru, že žalobkyně nezávislý výzkum a vývoj neprovádí, neboť to z dokladů, jež byly součástí žádosti žalobkyně o zapsání do seznamu výzkumných organizací, nevyplývá. Tím ministr školství tuto námitku žalobkyně v napadeném rozhodnutí implicitně vypořádal. Je totiž nepochybné, že uvedený argument žalobkyně platí pouze v případě, že aktivity žalobkyně lze považovat za provádění nezávislého výzkumu a vývoje. V takovém případě lze výsledky těchto aktivit bezesporu také publikovat a jednalo by se o publikaci výsledků nezávislého výzkumu a vývoje. Pokud by se však v daném případě o aktivity, které za provádění nezávislého výzkumu a vývoje považovat nelze, nejednalo, je jistě také možné výsledky takových aktivit publikovat, v takovém případě by se však o publikaci výsledků nezávislého výzkumu a vývoje zcela logicky nejednalo. Samotné prokázání publikování výsledků určité aktivity tak jistě samo o sobě není dokladem, že aktivita, která vedla k jejich získání, je nezávislým výzkumem.

107. Dospěl–li tedy ministr školství k tomuto závěru, pak je zcela logicky vyvrácena i tato námitka žalobkyně, neboť nelze–li považovat aktivity žalobkyně za provádění nezávislého výzkumu, nemůže být publikování výsledků těchto aktivit ani publikováním výsledků nezávislého výzkumu a vývoje, a publikační činnost žalobkyně proto nemůže být důkazem prokazujícím, že žalobkyně skutečně nezávislý výzkum a vývoj provádí.

108. Ani tato žalobní námitka není důvodná.

109. Žalobkyně dále namítala, že v bodě 3.30 rozkladu namítala nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, neboť závěr žalovaného, že se žalobkyně nezbývá základním výzkumem, je nesprávný a navíc není zřejmé, proč se žalovaný touto otázkou zabýval a jaké z ní vyvodil závěry. Této námitce se podle žalobkyně ministr školství v napadeném rozhodnutí vůbec nevěnoval.

110. V bodě 3.30 rozkladu žalobkyně mimo jiné uvedla: „Za prvé se toto zjištění nezakládá na pravdě, Ústav se věnuje i základnímu výzkumu v oblasti kolejových vozidel, ale zejména dále není vůbec jasné, proč se touto otázkou Ministerstvo zabývalo a jaké z tohoto „zjištění“ dovodilo závěry.“ Žalobkyně tuto námitku uplatnila v reakci na závěr žalovaného uvedený v prvostupňovém rozhodnutí, kde na str. 5 v první odrážce shora uvedl, že „podle údajů v informačním systému výzkumu, vývoje a inovací je předmětem žadatelem uvedených recentních projektů aplikovaný výzkum (tj. průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo jejich kombinace). Seznam projektů prokazuje, že se žadatel zabývá průmyslovým výzkumem a experimentálním vývojem nikoliv výzkumem základním.“ 111. Také v případě této námitky má žalobkyně pravdu, že se s ní ministr školství v napadeném rozhodnutí explicitně nezabýval. Rovněž v případě této námitky platí, že jí žalobkyně formulovala velmi obecně, aniž by uvedla, v čem nesprávnost závěru žalovaného, že nezabývá základním výzkumem, spatřuje, případně, že podkladů předložených žalovanému vyplývá něco jiného. Žalobkyně v souvislosti s touto námitkou ani neuváděla, jak tento závěr žalovaného mohl ovlivnit zákonnost prvostupňového rozhodnutí.

112. Ministr školství tuto rozkladovou námitku žalobkyně zrekapituloval v bodě 10 napadeného rozhodnutí, avšak následně se k ní v napadeném rozhodnutí již přímo nevyjádřil. Jak však již bylo uvedeno, z bodů 26 až 28 odůvodnění napadeného rozhodnutí vyplývá, že ministr školství dospěl k závěru, že žalobkyně nezávislý výzkum a vývoj neprovádí, neboť to z dokladů, jež byly součástí žádosti žalobkyně o zapsání do seznamu výzkumných organizací, nevyplývá. Tento závěr ministr financí učinil bez tohoto, aniž by se zabýval otázkou, jestli se žalobkyně zabývá výzkumem základním nebo aplikovaným, což byl postup zcela logický, neboť pro posouzení toho, zda se jedná o výzkum nezávislý, to nepochybně není podstatné, jelikož ani zákon o podpoře ani nařízení č. 651/2014 mezi jednotlivými druhy výzkumu v tomto ohledu nijak nerozlišuje. (Ustanovení čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014 obsahuje formulaci „provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj“). Zodpovězení otázky, zda se žalobkyně zabývá výzkumem základním nebo aplikovaným (průmyslovým) tedy nemohlo mít na závěry prvostupňového rozhodnutí ani napadeného rozhodnutí žádný vliv. Stejně tak se námitka žalobkyně týkající se závěrů žalovaného ohledně druhu výzkumu prováděného žalobkyní se v zásadě netýká základní sporné otázky mezi žalobkyní a žalovaným tedy, zda žalobkyně splnila podmínky pro zápis do seznamu výzkumných organizací či nikoliv. Absence reakce ministra školství na tuto konkrétní námitku žalobkyně nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí proto nezpůsobuje.

113. Tato žalobní námitka také není důvodná.

114. Žalobkyně dále namítala, že v bodě 3.31 rozkladu namítala, že je nepřezkoumatelný závěr žalovaného, že výsledky jsou předmětem obchodního tajemství, nemůžou být výsledkem nezávislého výzkumu a vývoje, a že není zřejmé, jaký je vztah tohoto závěru žalovaného k ostatním důkazům. Ministr školství se podle názoru žalobkyně tuto námitkou v napadeném rozhodnutí nezabýval.

115. Ministr školství tuto rozkladovou námitku žalobkyně zrekapituloval v bodě 11 napadeného rozhodnutí a následně se jí zabýval v bodě 28, kde uvedl: „Stěžejní pro posouzení této námitky je skutečnost, že se jedná o 4 projekty, tudíž, i kdybychom přistoupili na argumenty účastníka řízení, nemohli bychom legitimně učinit závěr, že hlavní cílem subjektu ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře je provádění nezávislého výzkumu a vývoje, a to zejména s přihlédnutím ke zjištění, že ani další projekty, na které odkazuje účastník řízení, nejsou způsobilé naplnit znak provádění nezávislého výzkumu a vývoje ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře.“ 116. Z uvedeného je zřejmé, že se ministr školství touto námitkou žalobkyně zabývat neopomněl. Tuto námitku vypořádal tak, že vzhledem k tomu, že se předmětem obchodního tajemství byly pouze výsledky čtyř výzkumných projektů, považoval za nadbytečné, se otázkou, zda výsledky výzkumu, jež jsou předmětem obchodního tajemství, mohou být považovány za výsledky nezávislého výzkumu a vývoje, zabývat. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí vyplývá, že ministr financí dospěl k závěru, že i kdyby totiž na otázku, zda lze výsledky výzkumu, jež jsou předmětem obchodního tajemství, považovat za výsledky nezávislého výzkumu a vývoje, odpověděl kladně a dospěl by k závěru, že tyto výsledky prokazují, že se jednalo o projekty nezávislého výzkumu a vývoje, u převážné většiny projektů předložených žalobkyní by stejně nebylo prokázáno, že se jednalo o projekty nezávislého výzkumu a vývoje. Ministr školství se tedy touto otázkou nezabýval proto, že podle jeho názoru by ani její zodpovězení nemohlo změnit jeho závěr, že hlavním cílem žalobkyně není provádění nezávislého výzkumu a vývoj neprovádí, neboť ani výzkumné projekty, jejichž seznam žalobkyně předložila, nelze v převažující míře považovat za projekty nezávislého výzkumu a vývoje.

117. Tato žalobní námitka rovněž není důvodná.

118. Žalobkyně dále namítala, že v bodech 3.33 a 3.34 rozkladu namítala nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, protože předmětem posouzení v něm byla skutečnost, kterou žalobkyně v řízení netvrdila. Ministr školství se podle názoru žalobkyně tuto námitkou v napadeném rozhodnutí nezabýval.

119. Žalobkyně v bodě 3.33 a 3.34 rozkladu namítala, že žalovaný v napadeném rozhodnutí uvedl, že žalobkyně neuskutečňuje žádný akreditovaný studijní program, a to ani na základě dohody o vzájemné spolupráci s vysokou školou a na základě toho dovodil, že žalobkyně neprokázala, že provádí výuku a ani tedy neprokázala, že veřejně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou. Tyto závěry žalovaného jsou podle žalobkyně nesprávné, neboť žalovaný v řízení posuzoval skutečnost, kterou žalobkyně netvrdila a naopak doložila, že se na realizaci akreditovaného studijního programu podílí jinou formou, čímž se žalovaný vůbec nevypořádal.

120. Žalovaný se otázkou, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou v prvostupňovém rozhodnutí zabýval, a to přesto, že žalobkyně v žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací uvedla, že jejím hlavním cílem je veřejně šířit výsledky publikováním a transferem znalostí, tedy že mezi její hlavní cíle patří také veřejné šíření výsledků výukou, neuváděla. Na str. 5 a 6 prvostupňového rozhodnutí pak ve vztahu k této otázce uzavřel, že „žadatel není vysokou školou a v seznamu akreditovaných studijních programů vysokých škol ministerstvo zjistilo, že žadatel neuskutečňuje žádný akreditovaný studijní program ani na základě dohody s vysokou školou o vzájemné spolupráci při uskutečňování studijního programu podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách. Jednotlivé přednášky uskutečňované žadatelem na vysoké škole neprokazují, že žadatel provádí výuku jako svou primární činnost ve smyslu Sdělení Komise – Rámec pro společenství pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01). Rovněž další aktivity žadatele (např. přednášky na konferencích) nejsou výukou, a to zejména proto, že toto vzdělávání není součástí státního vzdělávacího systému, není státem kontrolováno, ani financováno. Žadatel v řízení neprokázal, že provádí výuku, tedy neprokázal ani, že veřejně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou.“ 121. Ministr školství tuto rozkladovou námitku žalobkyně zrekapituloval v bodě 13 napadeného rozhodnutí a následně se jí zabýval v bodě 29, kde uvedl: „Je pravdou, že účastník řízení před orgánem prvního stupně netvrdil, že by šířil výsledky výzkumu či vývoje formou výuky ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře. Napadená argumentace orgánu prvního stupně byla do odůvodnění zahrnuta z důvodu, že účastník řízení v doplnění žádosti ze dne 4. 2. 2019 předložil potvrzení veřejných vysokých škol o participaci na veřejném šíření výsledků výzkumu a vývoje formou výuky v rámci systému akreditovaného vysokoškolského vzdělávání. Ministerstvo tak procesně právně nijak nepochybilo, když se v odůvodnění napadeného rozhodnutí zabývalo dokumenty, které předložil účastník řízení. Závěry ministerstva jsou i věcně správné. Předně nelze výukové aktivity tří dotčených pedagogů bez dalšího připisovat účastníkovi řízení. Dotčení pedagogové vykonávali pedagogickou činnost nikoliv jako reprezentanti účastníka řízení, ale jako nezávislé osoby. Dále se ministr školství ztotožnil se závěrem žalovaného, že jednotlivé přednášky uskutečněné žalobkyní neprokazují, že by žalobkyně prováděla výuku jako svou primární činnost ve smyslu sdělení 2014/C 198/01 a uzavřel, že „sám účastník řízení v rozkladu ani netvrdí, že by prováděl výuku ve smyslu čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře, pouze uvádí, že se na realizaci akreditovaného studijního programu podílí jinou formou než dle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách.“ 122. Z uvedeného je zřejmé, že ministr školství se touto námitkou žalobkyně v napadeném rozhodnutí zabývat neopomněl. V jeho odůvodnění vyložil, proč se otázkou, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou zabýval žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí, a na základě čeho dospěl ve shodě se žalovaným k závěru, že žalobkyně touto formou výsledky výzkumu a vývoje nešíří.

123. Ani tato žalobní námitka není důvodná.

124. Žalobkyně dále namítala, že v bodě 3.47.3 rozkladu žalobkyně napadla nesprávnost a neúplnost posouzení předložených důkazů týkajících se publikační činnosti žalobkyně žalovaným, avšak ministr školství se v odůvodnění napadeného rozhodnutí touto námitkou podle názoru žalobkyně vůbec nezabýval.

125. Žalobkyně v bodě 3.47.3 rozkladu uvedla: „Dále je z odůvodnění Rozhodnutí patrné, že některé výsledky přes jejich zjevnou relevanci Ministerstvo vůbec neposuzovalo a že v této souvislosti Ministerstvo zcela zjevně nesprávně vyhodnotilo skutkový stav.“ 126. Žalobkyně tímto bodem uzavřela své rozkladové námitky v části, kterou v podaném rozkladu nazvala „Námitky Ústavu k posouzení prvního znaku – části týkající se šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje formou publikací“.

127. Základem námitky je pouze naprosto obecná formulace, že žalovaný „některé výsledky vůbec neposoudil“, aniž by bylo alespoň náznakem ozřejměno, čeho se tyto výsledky mají týkat. Podle názoru soudu proto z námitky žalobkyně uvedené v bodě 3.47.3 rozkladu nelze ani v kontextu celé části rozkladových námitek týkajících se posouzení otázky, zda žalobkyně provádí šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje formou publikací, uplatněných žalobkyní v bodech 3.36 až 3.47.3 rozkladu dovodit, že žalobkyně v bodě 3.47.3 rozkladu skutečně napadá nesprávné a neúplné posouzení předložených důkazů týkajících se publikační činnosti ze strany žalovaného. Soud se v tomto ohledu zcela ztotožňuje s názorem žalovaného uvedeným v bodě 33 jeho vyjádření k žalobě, kde žalovaný uvedl, že „neměl z čeho vyvodit, že formulace obsažená v tomto bodě má žalobcem zamýšlený obsah, neboť z její dikce tato skutečnost rozhodně neplynula.“ 128. Ministr školství tedy nepochybil, pokud se v napadeném rozhodnutí námitkou nesprávnosti a neúplnosti posouzení předložených důkazů týkajících se publikační činnosti žalobkyně ze strany žalovaného nezabýval, protože z obsahu bodu 3.47.3 rozkladu, na který se žalobkyně v této souvislosti odkazovala v podané žalobě, a to ani v kontextu dalších rozkladových námitek, z tohoto bodu nelze takové znění rozkladové námitky dovodit. Samotnou otázkou, zda se žalobkyni podařilo v řízení prokázat, že provádí šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje formou publikací se pak ministr školství zabýval v bodech 30 až 33 napadeného rozhodnutí, přičemž dospěl k závěru, že tuto skutečnost se v řízení žalobkyni prokázat nepodařilo.

129. Tato žalobní námitka také není důvodná.

130. Žalobkyně dále namítala, že v bodech 3.48 a 3.49 rozkladu namítla nepřezkoumatelnost prvostupňového rozhodnutí, protože žalovaný v jeho odůvodnění nevysvětlil, o jaký právní předpis, nebo o jakou interpretační úvahu opírá svůj názor, že za činnosti transferu znalostí lze považovat pouze aktivity, které jsou úspěšně zakončené uzavřením licenční smlouvy. Ministr školství se podle názoru žalobkyně tuto námitkou v napadeném rozhodnutí nezabýval.

131. Žalobkyně v bodu 3.48 rozkladu citovala závěr žalovaného ze str. 7 prvostupňového rozhodnutí, kde žalovaný uvedl: „Žadatel k prokázání veřejného šíření výsledků nezávislého výzkumu nebo vývoje předložil přehled chráněných výsledků včetně veřejné nabídky licence. Patentování, resp. udělení patentu nejsou projevem transferu výsledků výzkumu nebo vývoje, protože při nich třetí strany nezískávají přístup k využití vynálezu. K transferu patentovaného vynálezu jako výsledku výzkumu a vývoje dochází až v okamžiku písemného přijetí nabídky licence třetí stranou. Předložené dokumenty neprokazují, že žadatele provádí transfer výsledků výzkumu nebo vývoje.“ Následně v bodu 3.49 žalobkyně uvedla. „Tento závěr je věcně nesprávný a nepřezkoumatelný. Zejména není z Rozhodnutí patrné, na základě jaké právní normy nebo relevantní rozhodovací praxe Ministerstvo dovozuje, že k naplnění definičního znaku činnosti transferu znalostí je nezbytné uzavření licenční smlouvy (přijetí nabídky). Ministerstvo se odůvodnění vůbec nevypořádává s tvrzením Ústavu, že ze samotné veřejné nabídky licence lze dovodit existenci aktivit transferu znalostí, protože veřejná nabídka licence je součástí činností vedoucích k uzavření licenční smlouvy.“ 132. Ministr školství tuto rozkladovou námitku žalobkyně zrekapituloval v bodě 19 napadeného rozhodnutí a následně se jí zabýval v bodě 34 a 35. Ministr školství konstatoval, že pojem „transferu znalostí“ není upraven právními předpisy a že zákon o podpoře výzkumu v poznámkách pod čarou ve vztahu k tomuto pojmu odkazuje v poznámkách na sdělení 2014/C 198/01. Po citaci části definice transferu znalostí v rozsahu čl. 1.3 bodu 15 písm. v) věty první sdělení 2014/C 198/01 pak ministr školství mimo jiné uvedl: „Ministerstvo tak přistoupilo k výkladu pojmu „transferu znalostí“ ve světle definice, kterou nabízí Sdělení Komise zejména s přihlédnutím k pojmu „poskytování licencí“, který odpovídá nejlépe skutkovým okolnostem daného řízení. Ministr nedospěl k závěru, že by ministerstvo nějak pochybilo, když pod pojem „poskytování licencí“ ve smyslu Sdělení Komise nesubsumovalo situaci, kdy nedošlo k přijetí nabídky licence třetí stranou. Takový výklad je zcela ve shodě se smyslem a účelem pojmu „transferu znalostí“, kdy zjevně musí být prokázáno, že skutečně k transferu znalostí dochází, nikoliv, že jsou pouze činěny kroky k jeho provedení. Účastník řízení se mýlí, když v rozkladu tvrdí, že ze samotné veřejné nabídky licence lze bez dalšího dovodit existenci aktivit transferu znalostí – v takovém případě nelze bez dalšího dovodit, že by se případné znalosti dostaly do vědomostní sféry třetích subjektů, což lze důvodně považovat za esenciální náležitost jakéhokoliv transferu znalostí.“ 133. Je tedy zřejmé, že ministr školství se touto rozkladovou námitkou žalobkyně zabývat neopomněl. Soud se částečně ztotožňuje s názorem žalobkyně, že z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není zcela zřejmé, z čeho žalovaný při své úvaze, že patentování není šířením výsledků výzkumu nebo vývoje prostřednictvím transferu znalostí, vycházel. Žalovaný v této části prvostupňového rozhodnutí (str. 6 a 7) pouze obecně odkazuje na sdělení 2014/C 198/01. Ministr školství však tento dílčí nedostatek prvostupňového rozhodnutí odstranil v napadeném rozhodnutí, neboť v něm uvedl, že se žalovaný při výkladu pojmu „transfer znalostí“ řídil definicí uvedenou v čl. 1.3 bodu 15 písm. v) sdělení 2014/C 198/01. Dále ministr financí v napadeném rozhodnutí potvrdil závěry žalovaného, že samotné udělení patentu nelze považovat za transfer znalostí a odůvodnění prvostupňového rozhodnutí doplnil o vlastní úvahu, proč nelze podle jeho názoru považovat samotné udělení patentu a následnou veřejnou nabídku na poskytnutí licence, která však dosud nebyla třetí stranou akceptována, za veřejné šíření výsledků výzkumu a vývoje formou transferu znalostí.

134. Tato žalobní námitka rovněž není důvodná. VIII. c. Nesprávné posouzení naplnění prvního definičního znaku výzkumné organizace 135. Dále se soud zabýval námitkami týkajícími se nesprávné aplikace § 33a zákona o podpoře výzkumu. Žalobkyně prostřednictvím těchto námitek žalovanému především vytýkala, že nesprávným výkladem tohoto ustanovení zákona o podpoře, čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 a sdělení 2014/C 198/01 a jeho aplikací na posuzovanou věc dospěl k nesprávnému závěru, že žalobkyně nenaplnila první definiční znak výzkumné organizace.

136. Žalobkyně namítala, že žalovaný v řízení prověřoval, zda žalobkyně skutečně provádí aktivity výzkumu a vývoje, byť dle zákona o podpoře výzkumu a nařízení č. 651/2014 je součástí znaků výzkumné organizace pouze to, že výkon výzkumu a vývoje je jejím hlavním cílem.

137. Jak již bylo uvedeno výše (body 92 až 96) žalobkyně shodnou námitku uplatnila již v podání ze dne 4. 2. 2019 (str. 2 uprostřed), jíž doplňovala svou žádost o zápis do seznamu výzkumných organizací. Žalovaný se k této otázce vyjádřil v prvostupňovém rozhodnutí na str. 2, přičemž z jeho vyjádření vyplývá, že podle žalovaného je důvodem pro to, aby byly do seznamu výzkumných organizací zapsány pouze subjekty, které činnosti vyjmenované v čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 skutečně provádějí, naplnění požadavku obsaženého v § 33a odst. 3 písm. h) zákona o podpoře výzkumu. Zapsat do seznamu výzkumných organizací subjekt, který žádnou činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí nevykonává, nebo zapsat u subjektu činnost, která není vykonávána, by se podle názoru žalovaného míjelo s účelem seznamu.

138. Proti tomuto závěru žalovaného brojila žalobkyně v podaném rozkladu (body 3.18 až 3.24), v němž namítala, že tento závěr žalovaného je nepřezkoumatelný, neboť není jasné, na základě jakého právního předpisu jej učinil, když čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 výslovně požaduje pouze naplnění znaku v podobě „cíle“ provádění zde uvedených aktivit. Žalobkyně dále namítala, že tento závěr je i věcně nesprávný, protože nově založená výzkumná organizace by nemohla být po svém založení posouzena jako výzkumná organizace, jelikož v době svého založení by ještě nemohla doložit, že aktivity výzkumu a vývoje provádí a nemohla by tak na tyto aktivity ani čerpat veřejné prostředky a tedy ani realizaci těchto aktivit zahájit.

139. Ministr školství se touto námitku zabýval v bodech 23 až 25 napadeného rozhodnutí, kde mimo jiné uvedl, že dikce čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 obsahuje také termín „výsledky těchto činností“, který jasně naznačuje, že zapisovaný subjekt již musí některou z definičních činností reálně vykonávat. Povinnost prokázat, že žadatel o zápis do seznamu výzkumných organizací nějakou z činností uvedených v čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 skutečně vykonává, pak plyne podle názoru ministra školství z § 33a odst. 2 a odst. 3 písm. g) zákona o podpoře výzkumu, a to z tohoto důvodu, že § 33a odst. odst. 3 písm. g) zákona o podpoře výzkumu stanoví, že jedním ze zapisovaných znaků jsou údaje o naplnění definičních znaků dle § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu. Dále ministr školství konstatoval, že zápis v seznamu není zákonnou podmínkou pro poskytnutí podpory podle zákona o podpoře výzkumu a uzavřel, že „pokud bychom přistoupili na výklad, že subjekt není povinen některou z činností uvedených v čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře reálně vykonávat, pak by seznam výzkumných organizací dle § 33a zákona o podpoře zcela ztrácel smysl, neboť by z něj bylo možné pouze vyvodit, že správní orgán ověřil zcela formálně shodu mezi definičními znaky uvedenými v čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře a údaji zapsanými v příslušných dokumentech dotčeného subjektu. Jakýkoliv subjekt by se pak pouze na základě údajů obsažených v doložených listinách mohl ucházet o zápis do seznamu výzkumných organizací dle § 33a zákona o podpoře, aniž by kdy nějakou z činností předvídanou v čl. 2 bodu 83 nařízení o podpoře reálně vykonával. Takový důsledek je jistě absurdní a míjí se se smyslem dotčené evropské i vnitrostátní právní úpravy.“ 140. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí vyplývá, že podle názoru žalovaného plyne požadavek na skutečné provádění činností naplňujících první definiční znak organizace pro výzkum a šíření znalostí z § 33a odst. 3 písm. h) zákona o podpoře výzkumu, který stanoví, že do seznamu se zapisují o výzkumné organizaci také další skutečnosti k zapsané výzkumné organizaci, zejména údaje o předmětu činnosti, který definuje výzkumné kapacity. Druhým důvodem, proč je podle názoru žalovaného možno zapsat do seznamu výzkumných organizací pouze subjekt, který skutečně vykonává činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí, popř. zapsat v tomto seznamu u příslušného subjektu pouze činnost, která je skutečně vykonávána, je, že jen tento postup je v souladu s účelem seznamu. Co je však účelem seznamu, žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí neuvedl.

141. Ministr školství pak v napadeném rozhodnutí vyslovil názor, že podmínka, že do seznamu výzkumných organizací lze zapsat pouze subjekty, které skutečně vykonávají činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí, vyplývá přímo z čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014, na který odkazuje § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu, a dále z § 33a odst. 3 písm. g) zákona o podpoře výzkumu, který odkazuje právě na § 33a odst. 2 tohoto zákona. Ministr školství svůj názor odůvodnil na základě té části čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014, v níž je uvedeno, že organizací pro výzkum a šíření znalostí se rozumí subjekt, jehož hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí. Druhým důvodem pak podle ministra školství je, že jen takový postup je v souladu se smyslem seznamu výzkumných organizací dle § 33a zákona o podpoře výzkumu a „dotčené evropské i vnitrostátní právní úpravy“. Co je smyslem seznamu výzkumných organizací, rovněž ministr školství v napadeném rozhodnutí neuvedl.

142. Z uvedeného je zřejmé, že žalovaný i ministr školství svůj názor opřeli o různé právní normy. Ministr školství se však k závěrům žalovaného, že požadavek na skutečné provádění činností naplňujících první definiční znak organizace pro výzkum a šíření znalostí z § 33a odst. 3 písm. h) zákona o podpoře výzkumu, v napadeném rozhodnutí nijak nevyjádřil, tyto závěry nijak nevyvracel, nekorigoval ani nekonstatoval, že obstojí vedle jeho závěrů vycházejících z příslušné části čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014. Jelikož obě rozhodnutí tvoří z hlediska soudního přezkumu jeden celek, nelze z jejich odůvodnění zjistit, z kterého ustanovení kterého právního předpisu (§ 33a odst. 3 písm. h) zákona o podpoře výzkumu, nebo z čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 případně obou), podle názoru žalovaného, resp. ministra financí uvedený závěr, že do seznamu výzkumných organizací lze zapsat pouze subjekty, které skutečně vykonávají činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí a nikoliv i ty, jež to pouze deklarují jako svůj cíl, vyplývá. Za této situace ovšem ani nelze tento závěr ani přezkoumat, protože není zřejmé, které úvahy a ve vztahu k jaké právní normě by měl soud přezkumu podrobit, což způsobuje nepřezkoumatelnost obou rozhodnutí.

143. Žalovaný i ministr školství ve prospěch svého závěru, že do seznamu výzkumných organizací lze zapsat pouze subjekty, které skutečně vykonávají činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí, takřka shodně argumentovali i tím, že jen takový postup je v souladu s účelem (smyslem) seznamu výzkumných organizací. Takový závěr nelze samozřejmě a priori vyloučit. V prvostupňovém i napadeném rozhodnutí však absentuje jakákoliv úvaha, co by mělo účelem seznamu výzkumných organizací být, a to zejména taková úvaha, ze které by bylo možno zjistit, jak se účel seznamu výzkumných organizací podle zákona o podpoře výzkumu liší od účelu veřejného rejstříku právnických a fyzických osob, registru osob, živnostenského rejstříku a výpisů z nich, případně jiných listin, jejichž prostřednictvím lze stejně jako výpisem ze seznamu výzkumných organizací ověřit předmět činnosti uchazeče, se kterým má být podle § 9 zákona o podpoře výzkumu uzavřena smlouva o poskytnutí podpory nebo v jehož prospěch má být vydáno rozhodnutí o poskytnutí podpory (srov. § 18 odst. 5 zákona o podpoře výzkumu), případně jaké jiné funkce ještě seznam výzkumných organizací má, že na rozdíl od uvedených rejstříků v něm mohou být zapsány pouze takové subjekty, které činnosti organizace pro výzkum a šíření znalostí již skutečně vykonávají. To platí tím spíše, že sám ministr školství v napadeném rozhodnutí (bod 24) konstatoval, že zápis v rejstříku výzkumných organizací není nutnou podmínkou pro poskytnutí podpory. Také závěr, že do seznamu výzkumných organizací lze zapsat pouze subjekty, které skutečně vykonávají činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí, neboť jen takový postup je v souladu s účelem rejstříku výzkumných organizací, proto nelze přezkoumat, což rovněž způsobuje nepřezkoumatelnost obou rozhodnutí.

144. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nepovažuje za nezávislý výzkum výzkum prováděný ve spolupráci, což je podle žalobkyně v přímém rozporu s výkladem obsaženým v čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) druhé odrážce sdělení 2014/C 198/01 a že postup žalovaného byl při posuzování této otázky nekonzistentní a zmatečný.

145. Podle čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) druhé odrážky sdělení 2014/C 198/01 Komise má za to, že nehospodářské povahy jsou obecně tyto činnosti: primární činnosti výzkumných organizací a výzkumných infrastruktur, zejména: nezávislý VaV s cílem získat nové poznatky a lépe pochopit dané téma, včetně kooperativního VaV, pokud je spolupráce, do níž je výzkumná organizace nebo výzkumná infrastruktura zapojena, účinná.

146. Jak již bylo uvedeno výše (body 84 až 89) žalobkyně shodnou námitku uplatnila v podání ze dne 4. 2. 2019 (na konci str. 2 a na začátku str. 3), jímž doplňovala svou žádost o zápis do seznamu výzkumných organizací. Žalovaný se touto otázkou v prvostupňovém rozhodnutí zabýval, avšak z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není zcela zřejmé, zda žalovaný dospěl k závěru, že výzkum prováděný ve spolupráci nemůže být nezávislým výzkumem v žádném případě, nebo se o nezávislý výzkum nejedná pouze v případě projektů, které předložila žalobkyně. Žalobkyně tuto část odůvodnění prvostupňového vyhodnotila tak, že žalovaný dospěl k závěru, že kooperativní výzkum není nezávislým výzkumem v žádném případě. Proti tomuto závěru žalobkyně brojila v bodech 3.28 a 3.29 podaného rozkladu. Ministr školství se pak touto rozkladovou námitkou zabýval v bodě 26 napadeného rozhodnutí. V bodě 27 napadeného rozhodnutí pak sám připustil, že prvostupňové rozhodnutí v tomto ohledu „vykazuje jisté deficity“.

147. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí vyplývá, že ministr školství doplnil a upřesnil závěr žalovaného a tyto „deficity“ tak odstranil a je z něj tak zřejmé, že žalovaný, potažmo ministr školství, nezastává názor, že kooperativní výzkum nemůže být nezávislým výzkumem za žádných okolností, jak namítá žalobkyně, a tedy, že prováděním kooperativního výzkumu nelze naplnit první definiční znak organizace pro výzkum a šíření znalostí ve smyslu čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí je naopak zřejmé, že v daném případě dospěly správní orgány k závěru, že se žalobkyni pouze nepodařilo prokázat naplnění tohoto definičního znaku prostřednictvím předložených přehledů projektů, jelikož nebylo prokázáno, že by se v případě těchto konkrétních podkladů jednalo o projekty kooperativního výzkumu na bázi účinné spolupráce v souladu s čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) druhou odrážkou sdělení 2014/C 198/01 a tedy o projekty nezávislého výzkumu a vývoje dle čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014.

148. Tato žalobní námitka není důvodná.

149. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nesprávně redukuje termín „výuka“ na činnost veřejné vysoké školy nebo subjektu, který s vysokou školou uzavře dohodu podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách a vůbec se nevypořádává s běžnou praxí, kdy se výzkumné ústavy na vysokoškolském vzdělávání podílejí prostřednictvím řízené účasti svých zaměstnanců. Obdobnou námitku žalobkyně uplatnila již v rozkladu proti prvostupňovému rozhodnutí (viz body 115 až 117 výše).

150. Byť žalobkyně v podané žádosti neuváděla, že jejím hlavním cílem je veřejně šířit výsledky výzkumu a vývoje výukou, žalovaný ji ve výzvě č. j. MSMT–155/2019–2 vyzval i k doplnění důkazů prokazujících, že i tato činnost je hlavním cílem žalobkyně. Žalobkyně v reakci na tuto výzvu v příloze podání ze dne 4. 2. 2019 takové podklady doplnila a žalovaný se jimi v prvostupňovém rozhodnutí zabýval a dospěl k závěru, že žalobkyně naplnění prvního definičního znaku tímto způsobem neprokázala. Proti postupu žalovaného brojila žalobkyně v podaném rozkladu, přičemž ministr školství v postupu žalovaného žádné pochybení neshledal. V podané žalobě již žalobkyně nesprávnost tohoto postupu žalovaného nenamítala, soud proto vychází z toho, že mezi žalobkyní a žalovaným není nadále otázka, zda se měl v řízení zabývat také tím, zda žalobkyně veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje výukou sporná a žalobkyně s tímto postupem žalovaného souhlasí.

151. Podle čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) první odrážky sdělení 2014/C 198/01 Komise má za to, že nehospodářské povahy jsou obecně tyto činnosti: primární činnosti výzkumných organizací a výzkumných infrastruktur, zejména: vzdělávání s cílem zvýšit počty a zlepšit kvalifikaci lidských zdrojů. V souladu s judikaturou a rozhodovací praxí Komise a podle sdělení o pojmu státní podpory a sdělení o službách obecného hospodářského zájmu se za nehospodářskou činnost považuje veřejné vzdělávání organizované v rámci státního vzdělávacího systému, jež je z velké části nebo zcela financováno ze státních prostředků a je státem kontrolováno.

152. Žalovaný se posuzováním otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou, zabýval na str. 5 a 6 prvostupňového rozhodnutí. Žalovaný nejprve vyložil pojem výuka, a to tak, že „výukou se rozumí vzdělávání v rámci státního vzdělávacího systému, jehož cílem je dosažení profesní kvalifikace, resp. specializace, nezbytné pro výkon povolání, je státem kontrolováno a zcela nebo z převážné části financováno,“ tedy způsobem, který odpovídá výkladu pojmu vzdělávání uvedenému v čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) první odrážce sdělení 2014/C 198/01. Dále žalovaný konstatoval, že k šíření výsledků výzkumu a vývoje výukou dochází zejména v rámci vzdělávání na vysokých školách realizovaného formou akreditovaných studijních programů, dodal, že na základě dohody s vysokou školou o vzájemné spolupráci při uskutečňování studijního programu podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách může o akreditaci studijního programu spolu s vysokou školou požádat a akreditovaný studijní program uskutečňovat i právnická osoba jiná, než je vysoká škola a uzavřel, že smluvní zajištění realizace některých částí akreditovaného studijního programu uskutečňovaného vysokou školou třetími stranami není dohodou o vzájemné spolupráci s vysokou školou při uskutečňování akreditovaného studijního programu podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách.

153. Následně žalovaný uvedl, že žalobkyně není vysokou školou a že neuskutečňuje žádný akreditovaný studijní program, a to ani na základě dohody s vysokou školou a že „jednotlivé přednášky uskutečňované žadatelem na vysoké škole neprokazují, že žadatel provádí výuku jako svou primární činnost ve smyslu Sdělení Komise – Rámec pro společenství pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01). Rovněž další aktivity žadatele (např. přednášky na konferencích) nejsou výukou, a to zejména proto, že toto vzdělávání není součástí státního vzdělávacího systému, není státem kontrolováno, ani financováno.“ Proto žalobkyně podle žalovaného neprokázala, že provádí výuku a tedy ani, že formou výuky šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje.

154. Z uvedeného je zřejmé, že žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou, neredukoval pojem výuka pouze na vzdělávání v akreditovaných studijních programech realizovaných například i na základě dohody uzavřené podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách. Žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí pouze předestřel svůj názor, k šíření, že k šíření výsledků výzkumu a vývoje výukou dochází zejména (nikoliv výhradně) v rámci vzdělávání na vysokých školách realizovaného formou akreditovaných studijních programů a dále uvedl, za jakých podmínek tyto programy může uskutečňovat i jiný subjekt než vysoká škola. Žalovaný dále při posuzování otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou uvedl, že žalobkyně není vysokou školou ani neuskutečňuje žádný akreditovaný studijní program, a to ani na základě dohody podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách, což je ostatně mezi žalobkyní a žalovaným nesporné. Tato skutečnost však nebyla tou hlavní, o niž následně žalovaný opřel svůj závěr, že žalobkyně nešíří výsledky výzkumu a vývoje prostřednictvím výuky. Jak vyplývá z této části prvostupňového rozhodnutí, žalovaný k tomuto závěru dospěl po posouzení žalobkyní předložených podkladů, neboť tyto podklady podle žalovaného neprokazují, že žalobkyně provádí výuku jako svou primární činnost ve smyslu čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) první odrážky sdělení 2014/C 198/01. Skutečnost, že neprovádí výuku jako svou primární činnost, či že není provádění výuky jejím hlavním cílem, a tedy správnost tohoto závěru žalovaného, ostatně žalobkyně ve správním řízení ani v řízení před soudem nijak nezpochybňovala a rovněž z obsahu správního spisu nevyplývá nic, co by v tomto ohledu mohlo tento závěr žalovaného zpochybnit.

155. Ministr školství se v napadeném rozhodnutí (bod 29) se závěry žalovaného ztotožnil, a to právě také z toho důvodu, že žalobkyní předložené podklady neprokazují, že by prováděla výuku jako svou primární činnost ve smyslu sdělení 2014/C 198/01. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí naopak nevyplývá, že by v něm ministr školství vyslovil závěr, že šířit výsledky výzkumu a vývoje prostřednictvím výuky lze v případě subjektů, které nejsou vysokými školami, pouze na základě dohody uzavřené s vysokou školou podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách.

156. Z obsahu obou rozhodnutí tak vyplývá, že žalovaný i ministr školství k závěru, že žalobkyně neprokázala, že naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje výukou, dospěl nikoliv na základě tohoto, že neuskutečňuje akreditovaný studijní program na základě dohody uzavřené podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách, ale na základě toho, že neprovádí výuku jako svou primární činnost ve smyslu čl. 2.1.1 odst. 19 písm. a) první odrážky sdělení 2014/C 198/01. Žalovaný ani ministr školství také nevyloučili, že výsledky výzkumu a vývoje lze šířit i jiným způsobem, než prostřednictvím akreditovaného studijního programu. Soud proto nemůže přisvědčit žalobkyni, že žalovaný nesprávně redukoval termín „výuka“ na činnost veřejné vysoké školy nebo subjektu, který s vysokou školou uzavře dohodu podle § 81 odst. 2 zákona o vysokých školách.

157. Tato žalobní námitka také není důvodná.

158. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, prověřoval standard publikací s ohledem na periodika, ve kterých jsou výsledky výzkumu a vývoje šířeny, přičemž tento postup žalovaného podle žalobkyně nevychází z dokumentů relevantních pro posuzování znaků výzkumné organizace.

159. Žalovaný se posuzováním otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje prostřednictvím publikací, zabýval na str. 6 prvostupňového rozhodnutí. Žalovaný nejprve konstatoval, že publikováním výsledků výzkumu nebo vývoje se rozumí veřejné šíření verbálního nebo grafického popisu výsledku výzkumu nebo vývoje v tištěné nebo elektronické podobě a že publikování jako nehospodářskou činnost je třeba chápat v užším smyslu jako uveřejnění v relevantním médiu (např. odborném recenzovaném časopise). Dále žalovaný konstatoval, že Druhy publikačních výsledků definovala Rada pro výzkum, vývoj a inovace a schválila vláda usnesením č. 837 a následně uzavřel, že primární činností organizace pro výzkum a šíření znalostí spočívající ve veřejném šíření výsledků výzkumu nebo vývoje publikováním je publikování výsledků nezávislého výzkumu nebo vývoje prováděného touto organizací jako projev výkonu jejích práv k takovým výsledkům, s tím, že jako publikační výsledky Rada pro výzkum, vývoj a inovace definuje recenzovaný odborný článek, odbornou knihu, kapitolu v odborné knize nebo stať ve sborníku. Poté se žalovaný stručně zabýval publikačními výsledky předloženými žalobkyní, přičemž dospěl k závěru, že žádná z předložených publikací nesplňuje definici publikačního výsledku. Žalobkyně tudíž podle žalovaného neprokázala, že veřejně šíří výsledky nezávislého výzkumu nebo vývoje formou publikací.

160. S tímto závěrem žalovaného žalobkyně poměrně rozsáhle polemizovala v podaném rozkladu (body 3. 36 až 3.47). Ministr školství se touto otázkou poté, co rozkladové námitky žalobkyně shrnul v bodech 14 až 17, zabýval v bodech 30 až 33 napadeného rozhodnutí. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí vyplývá, že ministr školství částečně přisvědčil rozkladové argumentaci žalobkyně, a to v tom smyslu, že unijní ani národní legislativa otázku publikování výsledků nezávislého výzkumu a vývoje téměř neupravuje. V takovém případě je však podle ministra školství namístě vycházet z § 2 odst. 2 písm. i) bodu 1 zákona o podpoře výzkumu, podle něhož výsledkem výzkumu, vývoje a inovací jsou v základním výzkumu nové vědomosti o základních principech jevů, procesů nebo pozorovatelných skutečností, které jsou publikovány podle zvyklostí v daném vědním oboru. Těmto zvyklostem podle ministra školství odpovídají jak Metodika hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací, tak Definice druhů výsledků, které žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje prostřednictvím publikací, aplikoval a k jejichž aplikaci navíc žalovaného zavazovala usnesení vlády, jimiž byly tyto dokumenty přijaty. Závěr žalovaného, že žádná z publikací předložených žalobkyní nesplnila definici publikačního výsledku a že žalobkyně tudíž neprokázala veřejné šíření výsledků nezávislého výzkumu nebo vývoje formou publikací, proto ministr školství potvrdil.

161. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není zřejmé, z jakých právních předpisů žalovaný vycházel při své úvaze, že pro zodpovězení otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje prostřednictvím publikací, je nutno postupovat tak, že seznam žalobkyní předložených publikací bude porovnávat se definicemi jednotlivých druhů publikačních výsledků, uvedenými v Definici druhů výsledků, která byla zpracována Radou pro výzkum, vývoj a inovace. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí vyplývá, že podle názoru ministra školství je tento postup odůvodněn tím, že unijní ani národní legislativa se problematikou publikování výsledků nezávislého výzkumu a vývoje téměř nezabývá, proto je potřeba vycházet z definice výsledku výzkumu, vývoje a inovací v základním výzkumu obsažené v § 2 odst. 2 písm. i) bodu 1 zákona o podpoře výzkumu, v němž se hovoří o tom, těmito výsledky jsou nové vědomosti, které jsou publikovány podle zvyklostí v daném vědním oboru. Těmto zvyklostem podle ministra školství odpovídá i Definice druhů výsledků, z níž žalovaný vycházel a k jejímuž použití žalovaného zavazují příslušná usnesení vlády č. 107 a č. 837.

162. Žalobkyni i žalovanému je možno přisvědčit v tom, že nařízení č. 651/2014 nijak charakterizuje, druhy publikací, jimž lze prokázat naplnění prvního definičního znaku výzkumné organizace v případě veřejného šíření výsledků výzkumu a vývoje formou publikací. Takovou charakteristiku nelze nalézt ani v zákoně o podpoře výzkumu. Vzhledem k tomu, že žalovaný stejně jako ministr školství neměl k dispozici při rozhodování o žádosti žalobkyně žádný prováděcí právní předpis, stanovující kritéria, na jejichž základě by mohl posoudit splnění podmínek pro zápis výzkumné organizace do seznamu výzkumných organizací (viz § 33a odst. 10 zákona o podpoře výzkumu), protože ten dosud nebyl vydán, museli proto tato kritéria ad hoc vytvářet v rámci svého rozhodování.

163. Žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí bez jakékoliv přezkoumatelné úvahy vyslovil závěr, že pro posouzení otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, je rozhodující, zda tyto publikace odpovídají jednotlivým definicím publikačních výsledků uvedených v Definici druhů výsledků. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí tak vůbec není zřejmé, jak žalovaný k tomuto závěru dospěl a proč zrovna toto kritérium by mělo být pro posuzování jednotlivých publikací předložených žalobkyní rozhodující. Prvostupňové rozhodnutí je tak v tomto ohledu nepřezkoumatelné.

164. Ministr školství se tuto vadu prvostupňového rozhodnutí pokusil v napadeném rozhodnutí zhojit. S využitím § 2 odst. 2 písm. i) bodu 1 zákona o podpoře výzkumu dovodil, že za publikace, kterými lze prokázat veřejné šíření výsledků výzkumu a vývoje formou publikací, je možno považovat pouze takové publikace, kterými jsou šířeny výsledky výzkumu a vývoje v souladu se zvyklostmi v daném oboru. Ministr školství však v napadeném rozhodnutí nevyložil ani pojem „zvyklosti daného oboru“, který v zákoně o podpoře výzkumu definován není, ani jaké jsou zvyklosti v oboru, v němž výsledky výzkumu a vývoje publikuje žalobkyně. Dokonce, aniž by vůbec uvedl, o jaký obor se v případě žalobkyně jedná, na základě zcela obecné citace z Metodiky hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu: „Vychází ze zkušeností posledního hodnocení pracovišť AV ČR, hodnocení rezortních VO, hodnocení VaVaI podle Metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací a hodnocení výsledků ukončených programů platné pro léta 2013–2016 (dále jen „Metodika 2013–2016“) a z projektu Efektivní systém hodnocení a financování výzkumu, vývoje a inovací (dále jen „IPn Metodika“) a je v souladu s ověřenou zahraniční praxí. Respektuje Národní politiku výzkumu, vývoje a inovací České republiky na léta 2016–2020 (dále jen „NP VaVaI“) a odpovídá dlouhodobým principům hodnocení VO, které byly přijaty Radou pro výzkum, vývoj a inovace (dále jen „RVVI“)“, konstatoval, že na základě této citace lze bezpochyby učinit závěr, že jak Definice druhů výsledků, tak citovaná metodika odrážejí zvyklost v daném vědním oboru ve smyslu § 2 odst. 2 písm. i) zákona o podpoře.

165. Z uvedené citace však podle názoru soudu pouze vyplývá, z čeho vycházeli autoři Metodiky hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu při její tvorbě (ze zkušeností z hodnocení pracovišť Akademie věd České republiky, rezortních výzkumných organizací, hodnocení výzkumu, vývoje a inovací podle předchozí metodiky, z projektu Efektivní systém hodnocení a financování výzkumu, vývoje a inovací a ze zahraniční praxe) a s čím je tato metodika v souladu (Národní politika výzkumu, vývoje a inovací České republiky a dlouhodobé principy hodnocení výzkumných organizací). Z uvedené citace však rozhodně není zřejmé, co lze s ohledem na zvyklosti v oboru, v němž publikuje výsledky výzkumu a vývoje žalobkyně, považovat za publikace, které pojem zvyklosti daného oboru naplňují. Není tak ani zřejmé, jak ministr školství dospěl k závěru, že právě z Metodiky hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu vyplývá, že pro posouzení otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, je rozhodující, zda tyto publikace odpovídají jednotlivým definicím publikačních výsledků uvedených v Definici druhů výsledků, která je samostatnou přílohou uvedené metodiky, a proč bylo namístě právě s těmito definicemi jednotlivé publikace porovnávat. Tento závěr ministra školství tak nemůže soud v rozsahu uplatněné žalobní námitky přezkoumat, stejně jako je tomu v případě prvostupňového rozhodnutí. Také napadené rozhodnutí je proto v tomto ohledu nepřezkoumatelné.

166. Za nepřezkoumatelný považuje soud i závěr ministra financí, že důvodem pro aplikaci Metodiky hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu a Definici druhů výsledků ze strany žalovaného byla skutečnost, že tyto dokumenty byly schváleny usneseními vlády. Soud nezpochybňuje, že žalovaný je povinen se při své činnosti řídit také usneseními vlády, tato povinnost mu vyplývá z § 21 zákona č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy České republiky. Je ovšem nepochybné, že žalovaného mohou zavazovat pouze taková usnesení vlády, jejichž je žalovaný nebo ministr školství adresátem, nikoliv veškerá usnesení vlády, která vláda při svém rozhodování přijme. Ministr školství však v napadeném rozhodnutí pouze konstatoval, že usnesení vlády zavazují mimo jiné ústřední správní úřady, mezi něž patří také žalovaný, avšak již nevyložil, z kterého usnesení vlády podle jeho názoru vyplývá skutečnost, že žalovaný byl povinen při posuzování otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, Definici druhů výsledků aplikovat.

167. Závěr ministra školství, že pro posouzení otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, je rozhodující, zda tyto publikace odpovídají jednotlivým definicím publikačních výsledků uvedených v Definici druhů výsledků, tak nemůže soud v rozsahu uplatněné žalobní námitky rovněž přezkoumat, stejně jako je tomu v případě prvostupňového rozhodnutí. Také napadené rozhodnutí je proto v tomto ohledu nepřezkoumatelné.

168. Soud nad rámec uvedeného poznamenává, že vycházel–li při svém závěru o vázanosti Metodikou hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu a Definicí druhů výsledků v posuzované věci žalovaný z usnesení vlády č. 107 a č. 837, ani z jednoho z těchto usnesení podle názoru soudu povinnost žalovaného postupovat při posuzování žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací nevyplývá. Usnesením vlády č. 107 byla schválena Metodika hodnocení výzkumných organizací a hodnocení programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací, a pro rok 2017 platnost definic druhů výsledků uvedených v příloze č. 2 Metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací a hodnocení ukončených programů schválené usnesením vlády ze dne 19. 7. 2013, č. 475 a usnesením vlády ze dne 29. 7. 2015, č. 605, a místopředsedovi vlády pro vědu, výzkum a inovace ve spolupráci s ostatními členy vlády, s předsedy Akademie věd České republiky, Grantové agentury České republiky a Technologické agentury České republiky uloženo provést hodnocení výzkumných organizací a hodnocení programů účelové podpory postupem podle schválené metodiky, a 2. místopředsedovi vlády pro vědu, výzkum a inovace ve spolupráci s ministryní školství, mládeže a tělovýchovy, ministrem obrany, ministrem vnitra a ve spolupráci s reprezentací vysokých škol uloženo dopracovat přesný postup a způsob hodnocení, a do 31. 12. 2017 předložit vládě schválenou metodiku dopracovanou do podoby požadovaného detailu pro kompletní hodnocení pro úroveň segmentu vysokých škol, a připravit proces implementace kompletního hodnocení pro segment vysokých škol. Jiné úkoly žalovanému ani ministrovi školství usnesením vlády č. 107 uloženy nebyly. Usnesením vlády č. 837 byla schválena Definice druhů výsledků jako samostatná příloha metodiky schválené usnesení vlády č.

107. Nic jiného z tohoto usnesení nevyplývá. Z obsahu obou usnesení vlády tak nelze dovodit nic, co by nasvědčovalo závěru, že bylo povinností žalovaného je při posuzování žádosti žalobkyně aplikovat.

169. Soud dále nad rámec uvedeného dále poznamenává, že pokud by žalovaný dospěl při opětovném posuzování otázky, zda žalobkyně veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, že není nezbytné pro její zodpovězení hodnotit, zda publikace předložené žalobkyní odpovídají definicím publikačních výsledku uvedeným v Definici druhů výsledků, určité interpretační vodítko lze nalézt také v čl. 2.1.1 odst. 19 třetí odrážce sdělení 2014/C 198/01, dle něhož Komise má za to, že nehospodářské povahy jsou obecně tyto činnosti: primární činnosti výzkumných organizací a výzkumných infrastruktur, zejména: veřejné šíření výsledků výzkumu na nevýlučném a nediskriminačním základě, například prostřednictvím výuky, databází s otevřeným přístupem, veřejně přístupných publikací či otevřeného softwaru. Z právě uvedeného tak vyplývá, že k šíření výsledků vývoje a výzkumu jako činnosti nehospodářské (a tedy i slučitelné s vnitřním trhem a odpovídající i nařízení č. 651/2014) by mělo docházet na nediskriminačním základě, což v případě jejich šíření prostřednictvím publikací splňují publikace, které jsou veřejně přístupné. Žádný další požadavek ze sdělení 2014/C 198/01 nevyplývá. Požadavky vyplývající z čl. 2.1.1 odst. 19 třetí odrážky sdělení 2014/C 198/01 jsou tak ve vztahu k publikacím, jejichž prostřednictvím lze šířit výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, podle názoru soudu méně restriktivní, než požadavky uvedené v Definici druhů výsledků, kterou aplikoval při hodnocení publikací žalovaný. Obdobný závěr pak lze učinit i na základě čl. 25 odst. 6 písm. b) nařízení č. 651/2014. Ustanovení čl. 25 tohoto nařízení sice primárně stanovuje podmínky, za nichž je podpora na výzkumné a vývojové projekty, slučitelná s vnitřním trhem, avšak v čl. 25 odst. 6 písm. b) uvádí, že intenzitu podpory průmyslového výzkumu a experimentálního vývoje lze mimo jiné zvýšit za předpokladu, že výsledky příslušného projektu jsou veřejně šířeny prostřednictvím konferencí, publikací, zdrojů s otevřeným přístupem nebo prostřednictvím volného softwaru nebo softwaru s otevřeným zdrojovým kódem. Také z čl. 25 odst. 6 písm. b) nařízení č. 651/2014 tedy vyplývá, že slučitelné s vnitřním trhem je veřejné šíření výsledků výzkumu a vývoje prostřednictvím publikací bez dalšího, tedy aniž by na kvalitu těchto publikací kromě požadavku „veřejnosti“ byly kladeny jakékoliv další nároky.

170. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný za činnosti transferu znalostí považuje nesprávně pouze aktivity reálně zakončené uzavřením licenční smlouvy. Součástí procesu transferu znalostí je však nejen veřejné nabízení uzavření licence, ale i přípravné činnosti, které tomuto kroku předcházejí, jako je ochrana duševního vlastnictví, a uzavření licence proto nelze podle žalobkyně klást jako podmínku kategorizace určité činnosti jako transferu znalostí. Obdobnou námitku žalobkyně uplatnila již v rozkladu proti prvostupňovému rozhodnutí (viz body 130 až 133 výše).

171. Žalovaný se posuzováním otázky, zda žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou, zabýval na str. 6 a 7 prvostupňového rozhodnutí. Žalovaný nejprve odkázal na definici pojmu transfer znalostí uvedenou ve sdělení 2014/C 198/01 a konstatoval, že podle tohoto sdělení jsou činnosti v podobě transferu znalostí považovány za činnosti nehospodářské povahy pouze za určitých podmínek, které následně zrekapituloval. Dále žalovaný uvedl, že ze sdělení 2014/C 198/01 lze dovodit, že předmětem transferu znalostí prováděného organizací pro výzkum a šíření znalostí jsou výsledky vlastního nezávislého výzkumu nebo vývoje nebo výsledky výzkumu a vývoje prováděného jinou výzkumnou organizací a že transfer znalostí musí být prováděn formami, které mají charakter nehospodářské činnosti.

172. Následně žalovaný uvedl, že žalobkyně k prokázání veřejného šíření výsledků nezávislého výzkumu a vývoje předložila přehled chráněných výsledků včetně veřejné nabídky licence a že „patentování, resp. udělení patentu nejsou projevem transferu výsledků výzkumu a vývoje, protože při nich třetí strany nezískávají přístup k využití vynálezu. K transferu patentovaného vynálezu jako výsledku výzkumu nebo vývoje dochází až v okamžiku písemného přijetí nabídky licence třetí stranou.“ Proto žalobkyně podle žalovaného neprokázala, že provádí transfer výsledků výzkumu nebo vývoje.

173. Ministr školství v napadeném rozhodnutí (bod 34) nejprve konstatoval, že pojem transfer znalostí není upraven právními předpisy, následně citoval čl. 1.3 bod 15 písm. v) větu první sdělení 2014/C 198/01, dle něhož se transferem znalostí rozumí proces, jehož cílem je získávání, shromažďování a sdílení explicitních a implicitních znalostí včetně dovedností a kompetencí v hospodářských i nehospodářských činnostech, jako jsou spolupráce při výzkumu, poradenství, poskytování licencí, zakládání společností typu spin–off, publikace a mobilita výzkumných pracovníků a dalších osob, jež se podílejí na těchto činnostech a uzavřel, že žalovaný definoval pojem transfer znalostí v souladu se sdělením 2014/C 198/01, to zejména s přihlédnutím k pojmu „poskytování licencí“. V následujícím bodě napadeného rozhodnutí pak ministr školství uvedl, že žalovaný nepochybil, pokud pod tento pojem nezahrnul situaci, kdy nedošlo k přijetí nabídky licence třetí stranou. Takový výklad je podle ministra školství zcela v souladu se smyslem a účelem transferu znalostí, neboť musí být prokázáno, že skutečně dochází k transferu znalostí, nikoliv, že jsou činěny kroky k jeho provedení. Ze samotné veřejné nabídky licence nelze bez dalšího dovodit existenci transferu znalostí, neboť nelze dovodit, že by se případné vědomosti dostaly do sféry třetích subjektů, což je esenciální náležitost jakéhokoliv transferu znalostí.

174. Žalovaný a následně ministr školství při výkladu pojmu transfer znalostí vycházeli z definice uvedené v čl. 1.3 bodě 15 písm. v) sdělení 2014/C 198/01. Zákon o podoře výzkumu, ač je v něm tento pojem uveden v § 33a odst. 10, jeho definici neobsahuje a v § 33a odst. 2 odkazuje na nařízení č. 651/2014, které však definici pojmu transfer znalostí také neobsahuje, byť jej užívá opakovaně (čl. 2 body 83, 92 a 94). Jelikož sdělení 2014/C 198/01 stanovuje zásady, jež se použijí na státní podporu na výzkum, vývoj a inovace (čl. 1.1 odst. 8), včetně zásad pro jeho podpory, které jsou slučitelné s vnitřním trhem (čl. 1.2), je takový přístup podle názoru soudu logickým a správným krokem. Definice použitá ve sdělení 2014/C 198/01, které bylo vydáno stejně jako nařízení č. 651/2014 Evropskou komisí a týká se stejné problematiky, tedy otázek slučitelnosti státní podpory s vnitřním trhem, bude nepochybně nejblíže obsahu tohoto pojmu použitého v čl. 2 bodu 83 nařízení č. 651/2014.

175. Soud se však neztotožňuje se závěrem žalovaného posléze aprobovaným ministrem školství, že v souladu s definicí uvedenou v čl. 1.3 bodě 15 písm. v) sdělení 2014/C 198/01 je ten výklad, že za transfer znalostí lze v případě, že je jeho předmětem poskytování licencí, považovat pouze takový soubor aktivit určitého subjektu, jehož výsledkem je uzavření licenční smlouvy se třetí stranou. Ustanovení čl. 1.3 bodu 15 písm. v) sdělení 2014/C 198/01 totiž zcela jasně hovoří o tom, že transferem znalostí se rozumí proces, jehož cílem je získávání, shromažďování a sdílení explicitních a implicitních znalostí včetně dovedností a kompetencí v hospodářských i nehospodářských činnostech jako je mimo jiné poskytování licencí. Z uvedeného je zřejmé, že toto ustanovení definuje transfer znalostí jako proces, tedy soubor aktivit vedených s cílem dosáhnout určitého výsledku, který je v daném případě poskytnutí licence, a to například prostřednictvím uzavření licenční smlouvy. Ustanovení čl. 1.3 bodu 15 písm. v) sdělení 2014/C 198/01 tedy definuje transfer znalostí jako proces směřující k určitému cíli, nikoliv jako výsledek tohoto procesu, tedy dosažení cíle samého. Význam tohoto pojmu tak, jak jej definuje sdělení 2014/C 198/01, je podle názoru soudu tak jasný, že pro jeho vyložení není potřeba aplikovat žádnou další výkladovou metodu. I kdyby tomu tak nebylo, z obsahu sdělení 2014/C 198/01, nařízení č. 651/2014 ani zákona o podpoře výzkumu naopak podle názoru soudu nevyplývá, že nezbytným požadavkem pro to, aby bylo možno považovat určitý soubor aktivit za transfer znalostí je, že se případné vědomosti skutečně dostanou až do sféry třetích subjektů, jakožto jejich příjemců, jak v napadeném rozhodnutí dovozuje ministr školství.

176. Žalovaný i ministr školství tedy při posuzování otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak organizace pro výzkum a šíření znalostí tím, že veřejně šíří výsledky nezávislého výzkumu nebo vývoje formou transferu znalostí postupovali nesprávně, neboť pro naplnění prvního definičního znaku touto formou považovali za nezbytné, aby žalobkyně prokázala, že poskytla licenci třetí straně k některému z jí předložených chráněných výsledků (uzavřela licenční smlouvu umožňující využití patentu), ačkoliv takový požadavek nelze z čl. 2 odst. 83 nařízení č. 651/2014 a tedy ani z § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu dovodit. Z uvedených ustanovení právních předpisů lze však dovodit pouze požadavek, aby žalobkyně prokázala, že činí aktivity směřující k naplnění tohoto cíle. Splnění tohoto požadavku přitom žalobkyně prokázala, resp. tato otázka je mezi žalobkyní a žalovaným nesporná. Napadené rozhodnutí je proto nezákonné.

177. Soud pro úplnost dodává, že se při vypořádání této námitky nezabýval otázkou, zda žalobkyně v řízení o žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací prokázala, že je veřejné šíření výsledků nezávislého výzkumu nebo vývoje formou transferu znalostí jejím hlavním cílem. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí totiž nevyplývá, že žalovaný splnění tohoto požadavku v daném případě zpochybňoval, a žalobkyně jej tudíž logicky předmětem žádné žalobní námitky neučinila. Tuto otázku proto soud považoval mezi žalobkyní a žalovaným za nespornou.

178. Žalobkyně dále namítala, že již v době před aplikací § 33a zákona o podpoře výzkumu byla žalobkyně zapsána na seznamu výzkumných organizací dostupném na webových stránkách Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace, a to na základě posouzení Radou vlády pro výzkum, vývoj a inovace. Tento zápis považuje žalobkyně za formu veřejnoprávního osvědčení o naplnění znaků výzkumné organizace, a postup žalovaného spočívající v zamítnutí žádosti proto považuje za nekonzistentní a v rozporu s principem předvídatelnost postupu veřejné správy.

179. Princip předvídatelnosti postupu orgánů veřejné moci (zásada legitimního očekávání) je zakotven v § 2 odst. 4 správního řádu, z něhož vyplývá povinnost správních orgánů dbát na to, aby při rozhodování skutkově shodných nebo podobných případů nevznikaly nedůvodné rozdíly. Stěžejní je tedy okamžik rozhodování správního orgánu, kdy správní orgán musí rozhodovat v souladu s již vydanými rozhodnutími, která se týkala skutkově shodných či obdobných případů. Stejně tak je chráněna dobrá víra účastníka řízení i vzhledem k okamžiku rozhodování správního orgánu. Toto ustanovení je proto nutné vykládat především tak, že pokud v okamžiku rozhodování správního orgánu existují jiná jeho rozhodnutí pojednávající o skutkově týchž či obdobných případech, je nutno chránit víru účastníků, že správní orgán bude také v jejich případě rozhodovat stejným způsobem (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 3. 2010, č. j. 1 Afs 50/2009 – 233, bod 24).

180. Ustanovení § 33a upravujícího seznam výzkumných organizací, jeho vedení, kritéria pro zápis do něho a řízení o něm, bylo do zákona o podpoře výzkumu implementováno v rámci novelizace provedené zákonem č. 194/2016 Sb., a to s účinností od 1. 7. 2017. Před touto novelizací zákon o podpoře výzkumu, ani jiný právní předpis žádná ustanovení upravující seznam výzkumných organizací a náležitosti zápisu do něj, neobsahoval. Teprve od nabytí účinnosti zákona o podpoře výzkumu ve znění účinném od 1. 7. 2017 tak platí, že seznam výzkumných organizací je informačním systémem veřejné správy, jehož správcem je žalovaný, že do seznamu se zapisují organizace, které požádaly o zápis do seznamu a prokázaly naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí a že o zápisu do seznamu vede žalovaný správní řízení.

181. Seznam, který vedla Rada pro výzkum, vývoj a inovace, tedy nemohl být informačním systémem veřejné správy, žádný právní předpis neupravoval podmínky jeho vedení ani kritéria, které musel žadatel o zápis splňovat, ani neuděloval žádnému orgánu veřejné moci oprávnění o zápisu do něj rozhodovat. Výpis z takového seznamu nemohl být veřejnou listinou (srov. § 9 odst. 4 zákona č. 365/2000 Sb. ve znění účinném do 30. 6. 2018) a o zápisu do seznamu se nevedlo správní řízení, v němž by příslušný správní orgán zákonem předepsaným způsobem posuzoval, zda žadatel splnil zákonem stanovené náležitosti pro zápis a zákonem stanoveným způsobem o tom formou individuálního právního aktu rozhodl.

182. V případě rozhodování o žádosti žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací, v němž bylo vydáno napadené rozhodnutí, tak žalobkyni nemohlo s ohledem na skutečnost, že byla do seznamu vedeného Radou pro výzkum, vývoj a inovace zapsána již před přijetím zákona č. 194/2016 Sb. jako výzkumná organizace vzniknout žádné legitimní očekávání, že bude žalovaným vyhověno její žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací podle § 33a zákona o podpoře výzkumu. V daném případě totiž prostě neexistovalo žádné rozhodnutí, které by se týkalo skutkově podobného případu, v podobě rozhodnutí o zápisu do seznamu výzkumných organizací, který by měl podobu veřejného seznamu vedeného Radou pro výzkum, vývoj a inovace, a které by tak mohlo alespoň hypoteticky osvědčit, že žalobkyně splnila obdobná kritéria, jaká byla posuzována žalovaným. Žalobkyně tak nemohla být v dobré víře, že žalovaný bude rozhodovat o její žádosti stejným způsobem, neboť žádné rozhodnutí, které by mohl nebo měl při své rozhodování zohlednit, tu jednoduše nebylo.

183. Tato žalobní námitka rovněž není důvodná. VIII. d. Nesprávné vyhodnocení předložených důkazů 184. Dále se soud zabýval námitkami týkajícími se nesprávného hodnocení důkazů. Z obsahu jednotlivých žalobních námitek vyplývá, že žalobkyně žalovanému vytýká, že neprovedl veškeré jí v řízení předložené důkazy a že důkazy, z nichž při svém rozhodování vycházel, nesprávně vyhodnotil a dospěl tak k nesprávně zjištěnému stavu věci.

185. Soud pro vyloučení případných nejasností předesílá, že se v této části věnoval pouze posouzení toho, zda žalovaný jednotlivé důkazy v řízení provedl, zda z nich učinil správná skutková zjištění a případně, zda jsou jeho závěry ohledně skutkových zjištění přezkoumatelné. Soud tedy v této části neposuzoval, zda požadavky na prokázání jednotlivých skutečností, které žalovaný prostřednictvím těchto důkazů zjišťoval, byly pro posouzení toho, zda žalobkyně splňuje podmínky pro zápis do seznamu výzkumných organizací nezbytné, a to z toho důvodu, že úvahy žalovaného jaké podmínky musí žadatel pro zápis do seznamu výzkumných organizací splňovat, aby naplnil první definiční znak výzkumné organizace, jak vyplývá z předchozí části odůvodnění tohoto rozsudku, shledal z části nepřezkoumatelnými. Soud však přesto považoval za vhodné se i těmito námitkami žalobkyně zabývat, a to z důvodu odstranění dalších případných sporů mezi žalobkyní a žalovaným týkajících se těchto otázek.

186. Ve správním řízení postupují správní orgány v souladu s § 3 správního řádu tak, aby byl zjištěn stav věci, o němž nejsou důvodné pochybnosti, resp. zjištěný stav věci byl správně vyhodnocen (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 5. 2019, č. j. 5 Azs 278/2018 – 40, bod 22). Rovněž platí, že není na libovůli správního orgánu, jakým způsobem naloží s návrhy účastníků na provedení důkazů, neboť sice není důkazními návrhy účastníka řízení ve smyslu § 52 věty druhé správního řádu vázán, pokud však některé důkazy neprovede, musí uvést důvod tohoto postupu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 11. 2009, č. j. 5 As 29/2009 – 48).

187. Povinnost správního orgánu řádně zjistit skutečný stav věci a v souladu s § 68 odst. 3 správního řádu v odůvodnění rozhodnutí uvést, které skutečnosti byly podkladem rozhodnutí, však na druhou stanu nelze vykládat tak, že by u každé zjištěné skutečnosti musel být v odůvodnění rozhodnutí přesně uveden její zdroj, pokud tato skutečnost vyplývá z podkladů, které jsou součástí správního spisu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2007, č. j. 4 As 16/2006 – 89).

188. V prvním okruhu žalobních námitek žalobkyně namítala, že žalovaný nesprávně vyhodnotil žalobkyní předložené důkazy, pokud jde o prokázání výkonu činnosti nezávislého výzkumu a vývoje.

189. Ve vztahu k prvostupňovému rozhodnutí žalobkyně konkrétně namítala, že v něm žalovaný nesprávně uvedl, že žalobkyní předložené podklady neobsahují popisnou část a že z nich nevyplývá provádění aktivit nezávislého výzkumu a vývoje. Tento závěr je podle žalobkyně v přímém logickém rozporu s důkazy předloženými žalobkyní, například výroční zprávou za rok 2016, na kterou žalobkyně odkázala v podané žádosti. Tyto aktivity detailně popisuje v kapitole 8 výroční zprávy. Rovněž předložené účetní výkazy obsahují speciální kolonku „NEHOČ_nezávislý VaV“. K dalším předloženým důkazům „Seznam recentních projektů“ a „Vybraný vzorek nedávných smluv“ se žalovaný podle žalobkyně v prvostupňovém rozhodnutí vůbec nevyjadřuje, pouze konstatuje jejich obdržení a na místo toho se zcela zmatečným způsobem zabývá údaji získanými z „Informačního systému VaV“. Nevysvětluje však vztah z nich učiněných zjištění k podkladům předloženým žalobkyní. Dále žalobkyně namítala, že se žalovaný měl v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí vyjádřit ke každému předloženému důkazu a zvlášť ke všem položkám v „Seznamu recentních projektů“ jakožto k samostatným tvrzením žalobkyně. Žalovaný podle žalobkyně položky předloženého „Seznamu recentních projektů“ vůbec nezkoumal.

190. Žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí (str. 4) uvedl, že „hlavní cíl“, tj. naplnění prvního definičního znaku, posuzoval podle „stanov společnosti, výročních zpráv o činnosti za roky 2015 – 2017, dokumentů doplněných k žádosti a na základě informací získaných z veřejně dostupných zdrojů.“ Jaké konkrétní dokumenty doplněné k žádosti byly podkladem pro vydání prvostupňového rozhodnutí a z jakých konkrétních informací získaných z veřejně dostupných zdrojů při svém rozhodování žalovaný vycházel, v této části prvostupňového rozhodnutí uvedeno není. Žalovaný pouze na str. 4 v posledním odstavci konstatuje, jaké další podklady žalobkyně poskytla žalovanému na základě jeho výzvy k prokázání skutečností, že nezávisle provádí základní výzkum, průmyslový výzkum a experimentální vývoj a veřejně šíří jejich výsledky publikováním a transferem znalostí, o jejichž zápis při podání žádosti o zápis do seznamu výzkumných organizací požádala. Z další části odůvodnění prvostupňového rozhodnutí vyplývá, že žalovaný vycházel při posuzování tohoto, zda žalobkyně prokázala nezávislé provádění výzkumu, průmyslového výzkumu nebo experimentálního vývoje z přehledu recentních projektů realizovaných formou účinné spolupráce jako projekty nezávislého výzkumu a vývoje (str. 5 prvostupňového rozhodnutí, první odrážka, kde je uvedeno „seznam projektů prokazuje…“) a ze vzorku nedávných smluv upravujících účast na recentních projektech nezávislého výzkumu a vývoje (str. 5 prvostupňového rozhodnutí, druhá odrážka, kde je uvedeno „… smluv o účasti žadatele na projektech výzkumu a v vývoje…“), tedy z podkladů, které byly přílohou podání žalobkyně ze dne 4. 2. 2019 a dále z údajů zjištěných z informačního systému výzkumu, vývoje a inovací.

191. Žalovaný na str. 4 v posledním odstavci konstatoval, že výroční zprávy o činnosti žalobkyně neobsahují popisnou část a nevypovídají o činnosti, kterou žalobkyně zejména v oblasti výzkumu a vývoje reálně provádí, a omezují se na výkaz zisku a ztráty. Jak vyplývá z uplatněné žalobní námitky, žalobkyně s tímto závěrem nesouhlasí a namítá, že nejméně ve výroční zprávě za rok 2016 jsou informace o činnosti žalobkyně obsaženy a žalovaný se jimi měl zabývat.

192. Výroční zprávy žalobkyně za roky 2015 až 2017 součástí správního spisu nejsou. Z obsahu správního spisu tak nevyplývá, na základě čeho dospěl žalovaný k závěru, že výroční zprávy žalobkyně nevypovídají o činnosti žalobkyně v oblasti výzkumu a vývoje. Soudu tak nezbývá než konstatovat, že tento závěr žalovaného nemá ve spise žádnou oporu, jeho závěr nelze na základě předloženého správního spisu ověřit, a soud tudíž nemůže v tomto ohledu prvostupňové rozhodnutí a tedy i napadené rozhodnutí, které tvoří s prvostupňovým rozhodnutím jeden celek, na základě žalobkyní uplatněné námitky ani přezkoumat.

193. Soud pro úplnost dodává, že ačkoliv není z obsahu správního spisu zřejmé, na základě jakých výročních zpráv žalobkyně žalovaný úvahu, že výroční zprávy žalobkyně neobsahují popisnou část a nevypovídají o činnosti žalobkyně, náhledem do sbírky listin obchodního rejstříku lze zjistit, že zde uložené výroční zprávy žalobkyně za roky 2015 až 2017 nejen, že popisnou část obsahují, ale její součástí je vždy kapitola 8, v níž jsou, byť stručně cca v rozsahu jedné strany textu, uvedeny informace o aktivitách žalobkyně v oblasti výzkumu a vývoje.

194. Co se týče námitky žalobkyně, že žalobkyní předložené účetní výkazy obsahují speciální kolonku „NEHOČ_nezávislý VaV“, což je podle názoru žalobkyně rovněž důkazem, že provádí nezávislý výzkum a vývoj, soud se s tímto názorem žalobkyně neztotožňuje. Výkazy zisku a ztráty žalobkyně za roky 2015 a 2017, jež jsou součástí správního spisu, obsahují sloupce „HOČ_smluvní výzkum“, „NEHOČ_nezávislý VaV“, „Zkušebna“. Tyto výkazy neobsahují žádnou popisnou část rozhodně z jejich obsahu nelze zjistit, zda a jaké konkrétní aktivity výzkumu a vývoje žalobkyně realizovala, natož zda by se mohlo jednat o výzkum a vývoj nezávislý. Tyto výkazy pouze dokládají, že žalobkyně vede o činnosti hospodářské („HOČ_smluvní výzkum“ a „Zkušebna“) a nehospodářské („NEHOČ_nezávislý VaV“) oddělené účetnictví, což je druhým definičním znakem výzkumné organizace. Žalovaný proto nepochybil, pokud se předloženými účetními výkazy nezabýval při hodnocení naplnění prvního definičního znaku výzkumné organizace, ale společně s dalšími relevantními listinami až při hodnocení naplnění druhého definičního znaku (viz str. 7 a 8 prvostupňového rozhodnutí).

195. Tato žalobní námitka není důvodná.

196. Soud se rovněž neztotožňuje s námitkou žalobkyně, že se žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně provádí nezávislý výzkum a vývoj nezabýval důkazy „Seznam recentních projektů“ a „Vybraný vzorek nedávných smluv“ a že položky předloženého „Seznamu recentních projektů“ vůbec nezkoumal.. Jak již bylo uvedeno, z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí vyplývá, že žalovaný při posuzování této otázky vycházel také z přehledu recentních projektů realizovaných formou účinné spolupráce a ze vzorku nedávných smluv upravujících účast na recentních projektech nezávislého výzkumu a vývoje, těmito důkazy se tedy zabývat neopomněl. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí (str. 5 první odrážka shora) vyplývá, že žalovaný na základě přehledu recentních projektů a údajů obsažených v informačním systému výzkumu, vývoje a inovací dospěl k závěru, že žalobkyně se zabývá průmyslovým výzkumem a experimentálním vývojem, nikoliv výzkumem základním. Je tedy zřejmé, že se žalovaný obsahem jednotlivých položek předložených projektů zabýval. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí (str. 5 druhá odrážka shora) dále vyplývá, že žalovaný na základě vzorku nedávných smluv upravujících účast na recentních projektech nezávislého výzkumu a vývoje opět ve spojení s údaji obsaženými v informačním systému výzkumu, vývoje a inovací dospěl k závěru, že činnost žalobkyně vykazuje znaky kooperativního výzkumu nebo vývoje a že projekty, na nichž se žalobkyně podílí, nenaplňují znaky nezávislého výzkumu a vývoje.

197. Tato žalobní námitka také není důvodná.

198. Žalobkyně namítala, že se žalovaný měl v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí vyjádřit ke každému předloženému důkazu a zvlášť ke všem položkám v „Seznamu recentních projektů“ jakožto k samostatným tvrzením žalobkyně.

199. Žalobkyně tuto námitku formulovala zcela obecně a ani neuvedla, jakého pochybení se měl žalovaný tím, že se ke každému důkazu jednotlivě nevyjádřil, dopustit, či k jakému nesprávnému zjištění dospěl proto, že tímto způsobem nepostupoval.

200. Soud tedy může jen obecně konstatovat, že z obsahu prvostupňového rozhodnutí je zřejmé, z jakých jednotlivých důkazů žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně provádí nezávislý výzkum a vývoj vycházel, jak tyto důkazy hodnotil a k jakým závěrům dospěl. Jak již bylo uvedeno, povinnost správního orgánu řádně zjistit skutečný stav věci a v odůvodnění rozhodnutí uvést, které skutečnosti byly podkladem rozhodnutí, nelze vykládat tak, že by u každé zjištěné skutečnosti musel být v odůvodnění rozhodnutí přesně uveden její zdroj, pokud tato skutečnost vyplývá z podkladů, které jsou součástí správního spisu. Co se týče jednotlivých důkazů, z nichž žalovaný vycházel při posuzování otázky, zda žalobkyně provádí nezávislý výzkum a vývoj, byl tento požadavek podle názoru soudu ve vztahu k těmto důkazům s výjimkou výročních zpráv žalobkyně (jež součástí správního spisu nejsou) naplněn.

201. Tato žalobní námitka rovněž není důvodná.

202. Ve vztahu k napadenému rozhodnutí žalobkyně obecně namítala, že se ministr školství k důkazům žalobkyně, jež mají prokazovat výkon činnosti nezávislého výzkumu a vývoje vyjadřuje jen velmi selektivně a zcela nesprávně, když pouze paušálně tvrdí, že z nich nelze dovodit, že „jde o účinnou spolupráci“. To je podle žalobkyně v příkrém logickém rozporu se všemi předloženými důkazy. Žalobkyně jen pro ilustraci odkazuje například na ustanovení čl. I smlouvy o účasti na řešení projektu ze dne 23. 10. 2017.

203. Také tato námitka žalobkyně je formulován značně obecně a není tak zřejmé, k jakým důkazům se podle žalobkyně měl ministr školství v napadeném rozhodnutí vyjádřit a které důkazy nesprávně vyhodnotil.

204. Soud tedy může opět jen obecně konstatovat, že nevylučuje–li to povaha věci, platí pro řízení o rozkladu ustanovení o odvolání (§ 152 odst. 5 správního řádu). V řízení o odvolání se uplatňuje zásada omezeného odvolacího přezkumu zakotvená § 89 odst. 2 správního řádu, dle něhož odvolací orgán přezkoumává soulad napadeného rozhodnutí s právními předpisy, přičemž správnost napadeného rozhodnutí přezkoumává jen v rozsahu námitek uvedených v odvolání, jinak jen tehdy, vyžaduje–li to veřejný zájem (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8. 2008, č. j. 7 Afs 54/2007 – 62). Úkolem odvolacího, resp. rozkladového orgánu je proto zejména reagovat na odvolací, resp. rozkladové námitky a z hlediska ekonomie řízení není tudíž vyloučeno, aby odvolací orgán argumentaci správního orgánu prvního stupně pouze doplnil. Někdy pak může rozhodnutí, jímž se odvolání či rozklad zamítá a napadené rozhodnutí se potvrzuje, působit samo o sobě mozaikovitě a nespojitě, neboť staví na základech vybudovaných orgánem prvního stupně a doplňuje pouze chybějící detaily či opravuje ojedinělé přehmaty. (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 10. 2014, č. j. 6 As 161/2013 – 25, bod 14).

205. Z uvedeného je zřejmé, že nebylo povinností ministra školství a naopak by to bylo s ohledem na zásadu hospodárnosti i nežádoucí, aby se v odůvodnění napadeného rozhodnutí znovu zabýval všemi důkazy (podklady pro vydání rozhodnutí), z nichž vycházel žalovaný při rozhodováním v prvním stupni, a znovu v napadeném rozhodnutí uváděl úvahy, kterými se řídil při jejich hodnocení. Úkolem ministra školství bylo pouze v rozsahu uplatněných rozkladových námitek přezkoumat úvahy žalovaného, kterými se řídil při jejich hodnocení, a pokud je shledal správnými, resp. nemajícími vliv na zákonnost prvostupňového rozhodnutí, tyto úvahy žalovaného případně korigovat nebo doplnit. Této své povinnosti podle názoru soud ministr školství v napadeném rozhodnutí z obecného hlediska dostál.

206. Ani tato žalobní námitka není důvodná.

207. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nesprávně vyhodnotil důkazy předložené k tvrzení žalobkyně o šíření výsledků výzkumu a vývoje formou výuky. Žalovaný se v prvostupňovém rozhodnutí předloženými potvrzeními o realizaci vzdělávání podle žalobkyně vůbec nezabýval a ministr školství se v napadeném rozhodnutí k těmto důkazům vyjádřil jen zcela povrchně tak, že konstatoval, že „dotčení pedagogové vykonávali pedagogickou činnost nikoliv jako reprezentanti účastníka řízení, ale jako soukromé osoby“. Takovýto závěr je podle žalobkyně v příkrém rozporu se zněním předložených potvrzení, která jsou jednoznačně adresována žalobkyni a výslovně potvrzují, že v rámci přednáškové činnosti dotčených osob šlo o prezentaci výsledků výzkumné činnosti žalobkyně. Stejně tak je tento závěr v logickém rozporu s kapitolou 8 výroční zprávy za rok 2016.

208. Ve správním spise jsou založena dvě potvrzení. Potvrzení vystavené pro žalobkyni Českým vysokým učením technickým, Fakultou strojní, ústavem automobilů, spalovacích motorů a kolejových vozidel, v němž je uvedeno, že v něm jmenovaná osoba v rámci své pedagogické činnosti v předmětech „Pojezdy kolejových vozidel“, „Konstrukce kolejových vozidel“, „Výpočetní metody a zkoušení kolejových vozidel“ uplatňuje své poznatky získané při zkouškách a výzkumných aktivitách realizovaných žalobkyní a potvrzení vystavené pro žalobkyni Univerzitou Pardubice, Dopravní fakultou Jana Pernera, v němž je uvedeno, že v něm dvě jmenované osoby pravidelně přednášejí na této fakultě studentům oboru „Dopravní prostředky“ v předmětech „Dynamická pevnost a životnost“, respektive „Zkoušení kolejových vozidel“ své znalosti a praktické zkušenosti získané při zkouškách a měřeních kolejových vozidel realizovaných žalobkyní.

209. V odůvodnění prvostupňového rozhodnutí není explicitně uvedeno, že mezi podklady, kterým se žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou, zabýval, byla rovněž obě potvrzení. Z obsahu prvostupňového rozhodnutí, v němž je na str. 5 a 6 uvedeno, že „jednotlivé přednášky uskutečňované žadatelem na vysoké škole neprokazují, že žadatel provádí výuku na svou primární činnost…“ však lze dovodit, že právě tato potvrzení byla pro tuto úvahu žalovaného podkladem. Ministr školství se jejich obsahem zabýval v bodě 29 napadeného rozhodnutí, přičemž z této části napadeného rozhodnutí vyplývá, že také ministr školství dopěl k závěru, že se těmito podklady zabýval v prvostupňovém rozhodnutí i žalovaný. Ministr školství v napadeném rozhodnutí obsah potvrzení vyhodnotil tak, že tyto podklady neprokazují, že žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou, neboť podle jeho názoru „nelze výukové aktivity tří dotčených pedagogů bez dalšího připisovat účastníkovi řízení. Dotčení pedagogové vykonávali pedagogickou činnost nikoliv jako reprezentanti účastníka řízení, ale jako nezávislé osoby“.

210. Podle názoru soudu nelze na základě obsahu obou potvrzení učinit tak kategorický závěr, že v nich jmenované osoby vykonávaly pedagogickou činnost jako nezávislé osoby, jak učinil ministr školství, neboť o vztahu těchto osob k žalobkyni či jinému subjektu se v nich nehovoří. Soud se však ztotožňuje s tím závěrem ministra školství, že z obsahu potvrzení nevyplývá, že v nich uváděné osoby prováděly výukové aktivity jménem žalobkyně. Obě potvrzení jsou adresována žalobkyni a je v nich uvedeno, že jednotlivé osoby v rámci své pedagogické činnosti uplatňují, resp. šíří své znalosti získané při zkouškách, měřeních a výzkumné činnosti týkající se kolejových vozidel prováděných žalobkyní. Žalobkyni tak lze přisvědčit, že z obsahu obou potvrzení by bylo možno dovozovat, že dotčené osoby v rámci své přednáškové činnosti mohou také prezentovat výsledky výzkumné činnosti žalobkyně. Z obsahu těchto potvrzení však nevyplývá, v jakém vztahu k žalobkyni tyto osoby jsou, na základě jakého právního vztahu se žalobkyní a jednotlivými vysokými školami svoji pedagogickou činnost vykonávají, a proto z nich ani nelze dovozovat, že tyto výsledky prezentuje prostřednictvím těchto osob právě žalobkyně, tedy že je to skutečně žalobkyně, kdo tímto způsobem šíří výsledky svého výzkumu a vývoje.

211. Namítá–li žalobkyně, že tento závěr ministra školství je v rozporu s obsahem výroční zprávy z roku 2016, může soud jen konstatovat, že v rozkladu proti prvostupňovému rozhodnutí žalobkyně nenamítla, že z této výroční zprávy vyplývá, že žalobkyně šíří výsledky nezávislého výzkumu a vývoje výukou, a proto ministr školství zcela logicky v napadeném rozhodnutí v souladu se zásadou omezeného odvolacího přezkumu obsah této výroční zprávy nezkoumal.

212. Jak již soud uvedl, jednotlivé výroční zprávy nejsou součástí správního spisu, což mu znemožňuje, aby se jimi v rámci soudního přezkumu napadeného rozhodnutí v rámci uplatněných žalobních námitek zabýval. Soud si však přesto na okraj dovoluje učinit poznámku, že pokud dovozuje žalobkyně z obsahu výroční zprávy za rok 2016 založené ve sbírce listin, že z ní vyplývá, že žalobkyně šíří výsledky svého výzkumu a vývoje formou výuky, soud tento názor nesdílí. V této výroční zprávě je v kapitole 8 uvedeno: „Pro realizaci výzkumných aktivit jen nezbytné udržet potřebnou znalostní úroveň. Proto společnost VÚKV a.s. klade velký důraz na vzdělávání zaměstnanců,“ následuje výčet výstav a konferencí, jichž se zaměstnanci žalobkyně zúčastnili, a následuje konstatování: „Zaměstnanci VÚKV a.s. zároveň přednáší na Strojní fakultě ČVUT a Dopravní fakultě Jana Pernera v Pardubicích.“ O tom, že zaměstnanci žalobkyně formou přednáškové činnosti na vysokých školách šíří jménem žalobkyně výsledky jejího výzkumu a vývoje, tedy není ve výroční zprávě žádná zmínka.

213. Tato žalobní námitka také není důvodná.

214. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nesprávně vyhodnotil důkazy předložené k tvrzení žalobkyně o šíření výsledků výzkumu a vývoje formou publikací. Žalobkyně předložila seznam celkem 54 publikací a podle žalobkyně se měl proto žalovaný vypořádat s každou položkou tohoto seznamu, což neučinil. Žalovaný pouze paušálně konstatoval, že tyto publikace nelze považovat za publikace prokazující, že žalobkyně šíří výsledky výzkumu a vývoje publikováním a dále v prvostupňovém rozhodnutí neadresně konstatuje, že autorství některých předložených publikací je připisováno jiným subjektům. S těmito závěry žalovaného žalobkyně nesouhlasí a považuje je za v příkrém rozporu s realitou.

215. Jak vyplývá z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí (str. 6), žalovaný při posuzování otázky, zda žalobkyně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací vycházel z materiálu Druhy publikačních výsledků zpracovaného Radou pro výzkum, vývoj a inovace schváleného usnesením vlády č.

837. S odvoláním na tento materiál žalovaný konstatoval, že jako publikační výsledky Rada pro výzkum vývoj a inovace definuje recenzovaný odborný článek, odbornou knihu, kapitolu v odborné knize nebo stať ve sborníku.

216. Žalobkyně k prokázání naplnění prvního definičního znaku výzkumné organizace formou veřejného šíření výsledků výzkumu a vývoje předložila seznam celkem 54 publikací od roku 2009 do roku 2018. Co se týče formy jednotlivých publikací, z obsahu seznamu vyplývá, že se, zjednodušeně řečeno, s výjimkou čtyř položek jedná o publikační výsledky, které byly uveřejněny formou příspěvků na konferencích a workshopech (statí ve sbornících), zbývající položky představují články v časopisech. V případě položky č. 15 (Transactions on Transport Sciences <https://tots.upol.cz/>) a položky 25 (Applied Composite Materials <https://www.springer.com/journal/10443/>), lze mít podle názoru soudu nepochybně za to, že jedná o časopisy, v nichž články předkládané autory k publikování procházejí recenzním řízením.

217. Žalovaný se v prvostupňovém rozhodnutí k předloženému seznamu vyjádřil tak, že „ministerstvo shledalo, že tyto práce (příspěvky a přednášky na různých konferencích a sympóziích) nesplňují definici publikačního výsledku výzkumu a vývoje recenzovaný odborný článek, odborná kniha, resp. kapitola v odborné knize, nesplňují ani definici stať ve sborníku, neboť sborníky, v nichž jsou tyto práce zveřejněny, nejsou evidovány v databázích Web of Science nebo Scopus. Ministerstvo dále shledalo, že autorství některých předložených výsledků je připisováno jiným subjektům (např. Univerzita Pardubice)“ a uzavřel, že žalobkyně neprokázala, že předložené publikace naplňují některou z definic publikačního výsledku výzkumu a vývoje. Ministr školství se pak v napadeném rozhodnutí ztotožnil s postupem žalovaného, že v daném, případě bylo na místě postupovat v souladu s Definicí výsledků a blíže se seznamem publikací předloženým žalobkyní nezabýval. V případě přezkoumání závěru žalovaného, že publikace předložené žalobkyní nenaplňují některou z definic publikačního výsledku výzkumu a vývoje, tak soud může vycházet pouze z obsahu prvostupňového rozhodnutí.

218. Z jeho odůvodnění podle názoru soudu vyplývá, že žalovaný posuzoval především ty publikační výsledky žalobkyně, které měly formu příspěvků na konferencích. V případě těchto publikačních výsledků dospěl žalovaný k závěru, že nesplňují požadavky na publikační výsledky, jimž by bylo možno prokázat veřejné šíření výsledků výzkumu a vývoje formou publikací ani jako publikační výsledky typu stať ve sborníku, neboť příslušné sborníky nejsou dohledatelné v citačních databázích Web of Science nebo Scopus.

219. V té části prvostupňového rozhodnutí, ve které žalovaný odkazoval na definici publikačních výsledků Radou pro výzkum, vývoj a inovace, žalovaný jejich definici neuvedl a ani u žádného druhu uváděných publikací podmínku spočívající v jejich evidenci v citačních databázích nezmiňoval. Soud nezpochybňuje, že definici stati ve sborníku podle materiálu Rady pro výzkum a vývoj a inovace naplňuje pouze takový publikační výsledek, který lze dohledat v příslušných citačních databázích. Dokumenty Rady pro výzkum, vývoj a inovace, byť schválené usnesením vlády však nejsou obecně závaznými předpisy, jejichž znalost je možno presumovat a vyžadovat. Pokud žalovaný považovala za nezbytné, aby tento publikační výsledek stať ve sborníku tuto podmínku splňovala, měl to v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí uvést, což neučinil. To platí tím spíše, že Definice výsledků ani Metodika hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací, jejíž je Definice výsledků samostatnou přílohou, nejsou součástí spisu vedeného o žádosti žalobkyně o zápis do seznamu výzkumných organizací.

220. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí tak není zřejmé, proč žalovaný při posuzování příspěvků žalobkyně na konferencích kritérium, zda jsou evidovány v citačních databázích Web of Science nebo Scopus následně hodnotil, a proč nesplnění tohoto kritéria vedlo k závěru, že příspěvky na konferencích obsažené v seznamu publikací předložené žalobkyní nesplňují ani definici publikačního výsledku stať ve sborníku.

221. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí dále není zřejmé, jak žalovaný posoudil zbývající čtyři publikační výsledky žalobkyně a jak dospěl k závěru, že ani tyto publikace nesplňují požadavky na publikace, jimž je možno prokazovat šíření výsledků vědy a výzkumu formou publikací, a to zejména v případě článků publikovaných v časopisech Transactions on Transport Sciences a Applied Composite Materials. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí rovněž není zřejmé, na základě čeho dospěl k závěru, že autorem některých publikací z předloženého seznamu není žalobkyně, a proto je také nelze považovat za publikace, kterými by žalobkyně mohla prokázat, že šíří výsledky vědy a výzkumu formou publikací.

222. Z odůvodnění prvostupňového rozhodnutí tak není zřejmé, na základě jakých úvah dospěl žalovaný k závěru, že žalobkyně neprokázala, že předložené publikace naplňují některou z definic publikačního výsledku výzkumu a vývoje. Tyto vady prvostupňového rozhodnutí přitom nebyly v napadeném rozhodnutí odstraněny a soud tak nemůže prvostupňové rozhodnutí i napadené rozhodnutí, které s ním tvoří jeden celek také na základě této žalobkyní uplatněné námitky přezkoumat.

223. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nesprávně vyhodnotil důkazy předložené k tvrzení o šíření výsledků výzkumu a vývoje formou transferu znalostí. Žalobkyně předložila seznam chráněných výsledků. Žalovaný se měl proto podle žalobkyně v prvostupňovém rozhodnutí vyjádřit ke všem položkám tohoto seznamu, což neučinil a namísto toho tento seznam v odůvodnění prvostupňového rozhodnutí jen paušálně odmítl.

224. Žalobkyně k prokázání naplnění prvního definičního znaku výzkumné organizace formou transferu znalostí předložila přehled chráněných výsledků, který je zpracován formou dvou tabulek obsahujících údaje o celkem sedmi patentech přihlášených a udržovaných v České republice a o celkem třech patentech přihlášených a udržovaných u Evropského patentového úřadu. Pouze u jednoho patentu (položka č. 5) v přehledu patentů přihlášených a udržovaných v České republice je uvedena poznámka nabídka licence.

225. Žalovaný se k těmto přehledům vyjádřil stručně na str. 7 prvostupňového rozhodnutí, kde uvedl: „Žadatel k prokázání veřejného šíření výsledků nezávislého výzkumu nebo vývoje předložil přehled chráněných výsledků včetně veřejné nabídky licence. Patentování, resp. udělení patentu…“ Z uvedeného je zřejmé, že žalovaný obsah předložených přehledů vyhodnotil tak, že jedná o seznam patentů udělených žalobkyni s tím, že žalobkyně veřejně nabízí případnému zájemci udělení licence.

226. Tento závěr žalovaného žalobkyně ve správním řízení ani v podané žalobě nijak nezpochybňovala a obsah obou tabulek, jež jsou součástí správního spisu, jej také potvrzuje. Proto nebylo podle názoru soudu nutné, aby žalovaný detailně zaobíral jednotlivými položkami a k nim se jednotlivě vyjadřoval, neboť na zjištění žalovaného, že se jedná o patenty a že žalobkyně činí v souvislosti s nimi veřejnou nabídku na poskytnutí licence, by takový postup nemohl nic změnit. Tento důkaz žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí vyhodnotil správně a rozhodně jej neodmítl.

227. Tato žalobní námitka rovněž není důvodná.

IX. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

228. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí nebylo zřejmé, na základě jaké právní úpravy dospěl ministr školství k závěru, že do seznamu výzkumných organizací lze zapsat pouze subjekty, které skutečně vykonávají činnost organizace pro výzkum a šíření znalostí a nikoliv i ty, které jí pouze deklarují jako svůj hlavní cíl, na základě jaké úvahy dospěl k závěru, že závěr, že pro posouzení otázky, zda žalobkyně naplňuje první definiční znak výzkumné organizace tím, že veřejně šíří výsledky výzkumu a vývoje formou publikací, je rozhodující, zda tyto publikace odpovídají jednotlivým definicím publikačních výsledků uvedených v dokumentu Definice druhů výsledků vydaným Radou pro výzkum, vývoj a inovace a schváleným usnesením vlády a na základě jakých úvah dospěl žalovaný k závěru, že žalobkyně neprokázala, že předložené publikace naplňují některou z definic publikačního výsledku výzkumu a vývoje. Z obsahu správního spisu nebylo možno také zjistit, na základě čeho dospěl žalovaný v prvostupňovém rozhodnutí k závěru, že výroční zprávy předložené žalobkyní nevypovídají o činnosti žalobkyně v oblasti výzkumu a vývoje Ministr školství v napadeném rozhodnutí rovněž dospěl k nesprávnému závěru, že pro naplnění prvního definičního znaku výzkumné organice veřejným šířením výsledků výzkumu a vývoje transferem znalostí je nezbytné prokázání uzavření licenční smlouvy na využití patentu a nikoliv jen prokázání aktivit směřujících k tomuto cíli. Soud proto napadené rozhodnutí zrušil pro nepřezkoumatelnost spočívající v nedostatku důvodů, proto, že skutkový stav, který byl základem napadeného rozhodnutí, nemá ve spise oporu (§ 76 odst. 1 písm. a) a b) s. ř. s.) a pro nezákonnost (§ 78 odst. 1 s. ř. s.) a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). Jelikož totožnými vadami je stiženo i prvostupňové rozhodnutí, aniž by bylo možno tyto vady zhojit v odvolacím řízení, soud zrušil i je (§ 78 odst. 3 s. ř. s.). Právním názorem, který soud vyslovil ve zrušujícím rozsudku, je žalovaný v dalším řízení vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.).

229. Podle § 60 odst. 1 s. ř. s. má právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů ten účastník, který byl v řízení úspěšný. Tím je v nyní projednávané věci žalobkyně. Žalobkyně byla v řízení před soudem zastoupena obecným zmocněncem. Soud z obsahu spisu nezjistil, že by žalobkyni vznikly jiné náklady řízení než uhrazený soudní poplatek za podanou žalobu ve výši 3 000 Kč. Soud nemůže žalobkyni přiznat náhradu nákladů řízení stanovenou paušální částkou podle vyhlášky č. 254/2015 Sb., o stanovení výše paušální náhrady pro účely rozhodování o náhradě nákladů řízení v případech podle § 151 odst. 3 občanského soudního řádu a podle § 89a exekučního řádu, neboť musí vycházet z nákladů, jejichž vynaložení účastník soudu prokáže (§ 57 odst. 1 s. ř. s.). Použití § 151 odst. 3 o. s. ř. je totiž v řízení podle soudního řádu správního vyloučeno a stejně tak nejsou na toto řízení přenositelné důvody nálezu pléna Ústavního soudu ze dne 7. 10. 2014, sp. zn. Pl. ÚS 39/13 (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 8. 2015, č. j. 6 As 135/2015 – 79). Celková výše nákladů řízení, jež je žalovaný povinen žalobkyni uhradit, tak činí 3 000 Kč.

Poučení

I. Předmět sporu II. Napadené rozhodnutí III. Žaloba IV. Vyjádření žalovaného V. Replika žalobkyně, další vyjádření žalovaného a žalobkyně VI. Dosavadní průběh řízení VII. Obsah správního spisu VIII. Posouzení věci Městským soudem v Praze VIII. a. Obecná východiska VIII. b. Přezkoumatelnost rozhodnutí VIII. c. Nesprávné posouzení naplnění prvního definičního znaku výzkumné organizace VIII. d. Nesprávné vyhodnocení předložených důkazů IX. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení