11 A 98/2025 – 53

Rubrum

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Marka Bedřicha a soudců JUDr. Jitky Hroudové a Mgr. Marka Zimy v právní věci žalobkyně: proti žalovanému: SCHORM FARMS spol. s r.o., IČ: 623 01 659 sídlem č. p. 327, 742 91 Velké Albrechtice zastoupená JUDr. Sylvií Sobolovou, Ph. D., advokátkou sídlem Jungmannova 24, Praha 1 Ministerstvo zemědělství sídlem Těšnov 65/17, 110 00 Praha 1 za účasti: Státní zemědělský a intervenční fond, IČO 48133981 sídlem Ve Smečkách 33, 110 00 Praha 1 o žalobě proti rozhodnutí ministra zemědělství ze dne 2. 6. 2025, čj. MZE–39424/2025–11155, takto:

Výrok

I. Rozhodnutí ministra zemědělství ze dne 2. 6. 2025, čj. MZE–39424/2025–11155, a rozhodnutí žalovaného ze dne 1. 4. 2025, čj. MZE–21637/2024–14112, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen nahradit žalobkyni náklady řízení ve výši 27 539 Kč do 30 dnů od právní moci rozsudku k rukám zástupkyně žalobkyně JUDr. Sylvie Sobolové, Ph.D., advokátky.

III. Osoba zúčastněná na řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

Vymezení věci 1. Žalobkyně se podanou žalobou domáhala zrušení v záhlaví uvedeného rozhodnutí ministra zemědělství (dále jen „napadené rozhodnutí“), kterým ministr potvrdil usnesení Ministerstva zemědělství (dále též „žalovaný“) ze dne 1. 4. 2025, čj. MZE–21637/2024–14112. Tím bylo pravomocně rozhodnuto o zahájení přezkumného řízení o souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy, konkrétně Dohody o poskytnutí dotace z Programu rozvoje venkova České republiky (dále jen „Dohoda“), která byla uzavřena mezi žalobkyní a Státním zemědělským intervenčním fondem (dále jen „Fond“) dne 14. 8. 2018. Žalobní body 2. Žalobkyně namítla, že žalovaný nesprávně posoudil klíčové právní otázky týkající se prekluze práva zahájit přezkumné řízení, když zcela nesprávně určil počátek běhu prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení, když tuto lhůtu mylně počítal ode dne vyplacení dotace žalobkyni. Žalovaný dále mylně považoval běh prekluzívní lhůty za přerušený úkonem, jenž podle žalobkyně vůbec nebyl schopen takové právní účinky vyvolat. Konečně žalovaný také nesprávně vyložil i délku samotné prekluzívní lhůty.

3. Protože žalovaný nesprávně právně posoudil klíčové otázky prekluze práva zahájit přezkumné řízení, dospěl k nezákonnému a nesprávnému závěru, že řízení bylo zahájeno včas. Protože vadou nezákonnosti a nesprávnosti žalovaný zatížil jak žalobou napadené rozhodnutí, tak i rozhodnutí prvoinstančního, žalobkyně navrhla, aby soud obě rozhodnutí zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.

4. Žalobkyně poukázala na skutečnost, že v dané věci není sporu o tom, že dotace poskytnutá žalobkyni měla být spolufinancována z prostředků Evropské unie a žalovaný tak byl povinen řídit se přímo použitelným nařízením Rady EU č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, v platném znění (dále jen „nařízení č. 2988/95“). Podle článku 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 činí promlčecí doba pro zahájení řízení čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti. Tato lhůta je dle dostupné judikatury aplikovatelná i na přezkumné řízení. Žalovaný tak zahájením přezkumného řízení zahájil řízení o uložení správního opatření podle článku 4 nařízení č. 2988/95, a byl tak vázán čtyřletou prekluzívní lhůtou. Žalovaný však zcela nesprávně a nezákonně posoudil klíčové právní otázky, tj. kdy začala prekluzívní lhůta pro zahájení přezkumného řízení běžet, jak dlouhá tato lhůta v daném případě byla, a zda a jakým úkonem byla tato lhůta přerušena.

5. Podle v žalobě podrobně odůvodněného názoru žalobkyně prekluzívní lhůta pro zahájení přezkumného řízení v dané věci marně uplynula dnem 14. 8. 2022, aniž byla přerušena jakýmkoliv úkonem způsobilým vyvolat takové následky. Pokud žalovaný zahájil přezkumné řízení po uplynutí prekluzívní lhůty stanovené přímo použitelným předpisem unijního práva, učinil tak nezákonně. Vyjádření žalovaného k obsahu žaloby 6. Žalovaný ve vyjádření k žalobě předně odkázal na odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí. Doplnil, že čtyřletá prekluzívní lhůta podle článku 3 odstavec 1 nařízení č. 2988/95 ) počala běžet již dnem uzavření Dohody dne 14. 8. 2018.

7. V posuzovaném případě spočívá nesrovnalost při posuzování poskytnutí dotace v pochybnosti, zda žalobkyně již v době podání žádosti o dotaci splňovala podmínky pro její přiznání. Běh prekluzívní lhůty začíná až okamžikem konečného přiznání výhody, tedy v případě ex post dotací až schválením žádosti o platbu a vyplacením finančních prostředků. Podle žalovaného nelze připustit, aby lhůta začala běžet již při podání žádosti nebo při uzavření Dohody, protože v těchto okamžicích dosud nebyl rozpočet EU poškozen. Dohoda proto nemůže být považována za rozhodnutí o konečném přiznání výhody. V případě žalobkyně došlo k poškození rozpočtu EU až dnem 5. 11. 2018, kdy byla dotace žalobkyni vyplacena, neboť až tímto okamžikem nastala nesrovnalost ve smyslu článku 1 odstavec 2 nařízení č. 2988/95.

8. Pokud žalobce v žalobě uvádí, že u přezkumu Dohody nelze použít desetiletou lhůtu podle ustanovení § 11a zákona č. 256/2000 Sb., o Státním zemědělském intervenčním fondu a o změně některých dalších zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o SZIF“), protože se tato týká jen řízení o vrácení dotace a nikoli přezkumného řízení žalovaného, žalovaný poukázal na článek 3 odstavec 3 nařízení č. 2988/95, které výslovně umožňuje členským státům uplatňovat delší než čtyřletou lhůtu bez omezení na typ správního zásahu. Účelem této úpravy je zajištění jednotného a efektivního postupu při ochraně finančních zájmů Unie.

9. Eurokonformní a teleologický výklad ustanovení § 11a zákona o SZIF vede podle žalovaného k závěru, že desetiletá lhůta dopadá na veškerá řízení o nesrovnalostech ve smyslu článku 1 odstavec 2 nařízení č. 2988/95 včetně přezkumného řízení podle § 165 zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, ve znění pozdějších předpisů („správní řád“), je–li jeho účelem odstranění aktu umožňujícího neoprávněné čerpání finančních prostředků Unie. Desetiletá lhůta běžící ode dne výplaty dotace tak zůstala nevyčerpána, když přezkum byl zahájen 1. 4. 2025.

10. Žalobkyně rovněž namítla, že žádný úkon běh prekluzívní lhůty nepřerušil, protože prováděcí rozhodnutí Komise (EU) č. 2022/908 za takový úkon nepokládá a Oznámení o zahájení řízení o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci přišlo až po uplynutí prekluzívní lhůty. K tomu žalovaný uvedl, že jelikož promlčecí lhůta počala běžet až dne 5. 11. 2018, čtyřletá lhůta by uplynula až dnem 5. 11. 2022. V jejím běhu však došlo jednak k oznámení Fondu o zahájení řízení o vrácení dotace (9. 9. 2022), což vede k závěru, že nová čtyřletá lhůta běží od 9. 9. 2022 a zahájení přezkumného řízení (1. 4. 2025) je včasné, druhak došlo k prekluzívní lhůtu přerušujícímu úkonu, jímž je vydání Prováděcího rozhodnutí Komise (EU) 2022/908 ze dne 8. 6. 2022. Jde totiž o akt způsobilý přerušit běh promlčecí lhůty, poněvadž je to úkon příslušného orgánu týkající se vyšetřování či řízení o nesrovnalosti. Žalobkyně si této okolnosti musela být vědoma, neboť v příloze prováděcího rozhodnutí je uvedena položka „nezpůsobilý projekt“ s částkou odpovídající projektu žalobkyně, a navíc žalobkyně podala dne 19. 8. 2022 žalobu k Tribunálu ve věci T.507/22, Schorm Farms vs. Komise. Tím byl dle žalovaného splněn požadavek adresnosti a informovanosti dotčené osoby.

11. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu jako nedůvodnou zamítl. Další vyjádření žalobkyně 12. Žalobkyně využila svého práva a k obsahu vyjádření žalovaného podala repliku.V ní k okamžiku zahuájení běhu prekluzívní lhůty uvedla, že Oznámením o výši dotace ze dne 25. 10. 2018, respektive faktické vyplacení dotace dne 5. 11. 2018 nejsou rozhodnutím správního orgánu ve smyslu § 65 soudního řádu správního, protože nejde o rozhodnutí, které by zakládalo, měnilo, rušilo nebo závazně určovalo práva a povinnosti adresáta. Rozhodnutím o konečném přiznání výhody je podle žalobkyně dohoda uzavřená dne 14. 8. 2018, jež má povahu veřejnoprávní smlouvy a nahrazuje vydání správního rozhodnutí. K délce prekluzívní lhůty žalobkyně uvedla, že přezkumné řízení o souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy podle § 165 správního řádu nelze ani ve světle eurokonformního výkladu považovat za řízení o vrácení dotace ve smyslu § 11a zákona o SZIF, když podle tohoto zákona žalovaný vůbec nepostupuje, postupuje výhradně podle správního řádu, jehož žádné ustanovení upravující postup žalovaného v přezkumném řízení nestanoví odchylku od čtyřleté prekluzívní lhůty podle nařízení č. 2988/95. K údajnému přerušení běhu prekluzívní lhůty žalobkyně zopakovala, že takové účinky nemohlo mít Oznámení Fondu ze dne 9. 9. 2022, neboť bylo učiněno po uplynutí čtyřleté prekluzívní lhůty, a pokud jde o Prováděcí rozhodnutí Komise EU ze dne 8. 6. 2022, toto není a nebylo určeno konkrétním příjemcům dotací, neobsahuje odůvodnění ani neidentifikuje konkrétní podezření na nesrovnalosti, jeho obsahem je reálně pouze tabulka s částkami vyloučenými z unijního financování bez uvedení konkrétních příjemců dotací či dotčených projektů. Řízení před správním orgánem 13. Žalobkyně uzavřela s Fondem dne 14. 8. 2018 výše uvedenou Dohodu, kterou jí bylo založeno právo na vyplacení dotace v celkové částce 1 599 600 Kč na projekt „Modernizace farmy Bílovec“, přičemž žalobkyně dotací podpořený projekt řádně a včas realizovala a následně požádala Fond o vyplacení přiznané dotace. Fond žádosti vyhověl a dne 5. 11. 2018 žalobkyni předmětnou částku vyplatil.

14. Dne 9. 9. 2022 zahájil Fond se žalobkyní řízení o vrácení dotace z důvodu porušení jeho vlastních povinností při uzavírání Dohody. Rozhodnutím ze dne 14. 8. 2023, čj. SZIF/2023/0572130, uložil Fond žalobkyni povinnost vrátit předmětnou dotaci. Proti tomuto rozhodnutí podala žalobkyně odvolání, které žalovaný zamítl rozhodnutím ze dne 20. 12. 2023, čj. MZE–72282/2023–14112 a rozhodnutí Fondu potvrdil.

15. Žalobkyně proti uvedenému rozhodnutí žalovaného brojila správní žalobou, o níž rozhodl Městský soud v Praze rozsudkem ze dne 13. 11. 2024, čj. 8 A 21/2024–140, žalobě vyhověl a napadená rozhodnutí zrušil z důvodu jejich nezákonnosti, přičemž žalovanému uložil, aby zahájil přezkumné řízení podle ustanovení § 165 zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, ve znění pozdějších předpisů, domnívá–li se, že Fond uzavřením Dohody postupoval v rozporu s právními předpisy.

16. Usnesením ze dne 1. 4. 2025 žalovaný zahájil přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy. Žalobkyně měla za to, že právo žalovaného zahájit přezkumné řízení prekludovalo již dne 14. 8. 2022, proto podala proti usnesení včasný rozklad, o němž rozhodl ministr zemědělství žalobou napadeným rozhodnutím, kterým usnesení o zahájení přezkumného řízení potvrdil. Řízení před soudem 17. Městský soud v Praze oslovil podle ustanovení § 34 odst. 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů („s. ř. s.“), potenciální osoby zúčastněné na řízení. Na výzvu ze dne 1. 8. 2025, čj. 11 A 98/2025–20, uplatnil právo osoby zúčastněné na řízení dne 6. 8. 2025 Státní zemědělský intervenční fond, k předmětu sporu mezi účastníky se však v soudem stanovené lhůtě nevyjádřil.

18. Ve věci se konalo ústní jednání (§ 49 s. ř. s.), při němž zástupce žalobkyně setrval na tom, že předmětem sporu je relativně úzce vymezená otázka právního posouzení počátku běhu prekluzívní lhůty, její délky a otázka jejího možného přerušení v důsledku úkonu správního orgánu. Zopakoval, že rozhodovací praxe Soudního dvora EU i Nejvyššího správního soudu se v otázce počátku běhu a délky lhůty již ustálila, přičemž žádný úkon správního orgánu v dané věci směřující vůči žalobkyni, který by měl za následek přerušení běhu lhůty, učiněn nebyl.

19. Žalovaný u jednání soudu odkázal na písemné vyjádření k žalobě s tím, že i jeho argumentace zůstává setrvalá a je zřejmá z písemného vyjádření žalovaného k žalobě. Zdůraznil, že posuzovaná věc je odlišná, protože na rozdíl od žalobkyní zmiňovaného případu k vyplacení dotace došlo, proto žalovaný považuje za logické počítat běh lhůty od vyplacení dotace a nikoliv od uzavření dohody, 20. Osoba zúčastněná na řízení se jednání soudu přes řádné a včasné vyrozumění o jeho termínu nezúčastnila a soud o věci jednal a rozhodl v její nepřítomnosti. Posouzení důvodnosti žaloby soudem 21. Městský soud v Praze přezkoumal napadené rozhodnutí v rozsahu uplatněných žalobních bodů (§ 75 odst. 2 věta první s. ř. s.), jakož i z pohledu vad, k nimž je povinen přihlížet z úřední povinnosti. Vycházel přitom ze skutkového i právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 odst. 1 s. ř. s.).

22. Soud se nejprve zabýval otázkou, zda jsou splněny zákonem stanovené podmínky, podle nichž může žalobu projednat a rozhodnout o ní (podmínky řízení). Žalobu podala včas osoba k tomu oprávněná.

23. Žaloba je důvodná.

24. Z logiky uspořádání žalobních bodů se soud nejprve zabýval námitkou uplynutí prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení představujícího stíhání nesrovnalosti ve smyslu nařízení č. 2988/95, které žalobkyně dovozuje z porušení článku 3 tohoto nařízení, podle něhož promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. […] Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Ačkoli nařízení hovoří o „promlčení“, je zřejmé, že tato lhůta má prekluzivní povahu. Pojmy „doba“ a „lhůta“ právní předpisy ani judikatura v tomto kontextu důsledně nerozlišují.

25. Prekluzí práva se musí správní orgán i soud zabývat z úřední povinnosti, neboť prekludovanému, a tudíž již neexistujícímu (zaniklému) právu nelze poskytovat ochranu (k tomu přiměřeně srov. např. nález Ústavního soudu ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, N 38/52 Sb. NU 387). Teprve poté, co si soud učiní závěr ohledně plynutí prekluzivní lhůty, je namístě zabývat se dalšími věcnými či procesními námitkami. Dojde–li soud k závěru, že prekluzivní lhůta uplynula, pozbývá smyslu věcné vypořádání ostatních námitek; ty totiž na závěru o uplynutí prekluzivní lhůty nemohou ničeho změnit. 26. „Nesrovnalostí“ ve smyslu čl. 1 nařízení se rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje (podtržení doplněno soudem).

27. Neobstojí proto názor žalovaného předestřený ve vyjádření k žalobě, že podmínkou vzniku nesrovnalosti je faktické vyplacení prostředků z dotace. Z formulace „nebo by mohl být poškozen“ jasně vyplývá, že za nesrovnalost je třeba považovat každé porušení unijního předpisu, které představuje i jen hrozbu poškození rozpočtu EU. To potvrdil také Nejvyšší správní soud (dále též „NSS“)v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, čj. 4 Afs 52/2023–85 (všechna zde citovaná rozhodnutí tohoto soudu jsou dostupná též online na www.nssoud.cz), podle jehož bodu 25 „za nesrovnalost ve smyslu citovaného nařízení je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU. Z uvedeného tak vyplývá, že pro závěr o nesrovnalosti ve smyslu nařízení č. 2988/95 postačí pouhá potencialita poškození unijního rozpočtu. Nelze tak souhlasit s argumentací žalovaného, že teprve v okamžiku, kdy byly stěžovateli vyplaceny na jeho účet prostředky z předmětné dotace, byly naplněny zmíněné podmínky nesrovnalosti podle nařízení č. 2988/95.“ Počátek běhu prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení 28. Za okamžik vzniku nesrovnalosti, pokud došlo k porušení unijního předpisu, je tak třeba považovat uzavření Dohody (srov. bod 26 právě citovaného rozsudku NSS), od nějž počíná běžet prekluzivní lhůta pro zahájení stíhání nesrovnalosti. Takovým stíháním je nepochybně i řízení o přezkum veřejnoprávní smlouvy, jelikož zrušením veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace by žalobkyně pozbyla nárok na již přiznanou dotaci (to ostatně nezpochybňuje ani žalovaný). Lhůta pro zahájení tohoto řízení s ohledem na článek 3 nařízení č. 2988/95 činí čtyři roky, neboť správní řád v ustanovení § 165 žádnou lhůtu nestanoví a zároveň vylučuje použití lhůt dle ustanovení § 96 a § 97.

29. V nyní posuzované věci byla Dohoda byla uzavřena 14. 8. 2018 a žalovaný zahájil přezkumné řízení usnesením ze dne 9. 9. 2024. Pro posouzení věci je tak stěžejní, jestli byla prekluzivní lhůta včas přerušena. Podle názoru žalovaného mělo tyto účinky jednak oznámení Fondu o zahájení řízení o vrácení dotace (9. 9. 2022) za předpokladu, že lhůta počala běžet až faktickým vyplacením dotace (viz výše), jednak vydání Prováděcího rozhodnutí Komise (EU) 2022/908 ze dne 8. 6. 2022.

30. K tomu, aby byl určitý úkon způsobilý přerušit běh prekluzívní lhůty, musí podle článku 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95 kumulativně splňovat tyto podmínky: a) musí být vydán „příslušným orgánem“, b) musí být „oznámen dané osobě“, c) musí se „týkat vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti“.

31. Soudní dvůr Evropské unie (SDEU) k výkladu tohoto článku v rozsudku ze dne ze dne 11. 6. 2015, zn. C–52/14 Pfeifer & Langen předeslal, že prekluzivní lhůta „má zajistit právní jistotu hospodářských subjektů […]. Tyto hospodářské subjekty musí být totiž schopny určit, které z jejich operací jsou definitivní a které mohou být stále předmětem stíhání.“ Následně konstatoval, že „pojem ‚příslušný orgán‘ ve smyslu tohoto ustanovení označuje orgán, který je příslušný učinit dotčené úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání. Nic ve znění čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95 naopak nenasvědčuje tomu, že tento orgán musí být stejný jako orgán příslušný k přiznání nebo vymáhání neoprávněně získaných částek na úkor finančních zájmů Unie. 32 V tomto ohledu je třeba zdůraznit, že při neexistenci pravidel unijního práva přísluší každému členskému státu určit orgány, které jsou podle vnitrostátního práva příslušné k tomu, aby učinily úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. Členské státy proto mohou pravomoc stíhat nesrovnalosti přiznat jinému orgánu, než je orgán, který v projednávané věci přiznává náhradu nákladů na skladování nebo vymáhá její vrácení, s výhradou, aby tyto státy při této příležitosti nebránily účinnému použití unijního práva.“ (podtržení doplněno soudem).

32. Orgánem příslušným ke stíhání nesrovnalosti týkající se Dohody je žalovaný, avšak úkon přerušující běh promlčecí doby mohl učinit i jiný orgán, byl–li příslušný k vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Pokud by se muselo jednat o úkony orgánu příslušného ke „stíhání nebo vyšetřování“ nesrovnalosti (v anglické verzi rozsudku SDEU „concerning the investigation or legal proceedings“), použilo by nařízení právě tento termín, nikoli obecnější pojem „vyšetřování nebo řízení“ o nesrovnalosti. Stejně tak je logicky vyloučené, aby lhůtu stavěly jen úkony v rámci přezkumného řízení (jak se domnívá žalobkyně), protože tato lhůta je určující právě pro možnost zahájení tohoto přezkumného řízení. Daný úkon ovšem musí souviset s konkrétní nesrovnalostí; účel lhůty (doby) by totiž „nebyl zcela naplněn, kdyby mohla být tato promlčecí doba přerušena jakýmkoliv úkonem kontroly obecné povahy ze strany vnitrostátní správy bez souvislosti s podezřením na nesrovnalosti týkající se dostatečně přesně vymezených operací“ (rozsudek SDEU ve věci C–728/21 z 28. 6. 2022, bod 19).

33. Komise i Fond byly orgány příslušné k vyšetřování dané nesrovnalosti. Úkony týkající se tohoto vyšetřování oznámil Fond žalobkyni sdělením o zahájení řízení o vrácení dotace ze dne 9. 9. 2022, tedy poté, co již marně uběhla čtyřletá lhůta pro zahájení přezkumu veřejnoprávní smlouvy. Lhůta pro zahájení stíhání ve smyslu nařízení 2988/95 tedy nebyla přerušena sdělením Fondu ze dne 9. 9. 2022, neboť k datu zahájení přezkumného řízení tato lhůta prekludovala.

34. Pokud jde o druhý úkon, jemuž žalovaný přisuzuje účinek přerušení běhu prekluzívní lhůty, tímto úkonem je vydání Prováděcího rozhodnutí Komise (EU) 2022/908 ze dne 8. 6. 2022. SDEU opakovaně judikoval, že rozhodnutí Komise mají přímý účinek, pokud jsou dostatečně jasná, přesná a nepodmíněná. Členské státy jsou povinny nepoužít vnitrostátní předpisy, které by byly s rozhodnutím Komise v rozporu.

35. Soud při zodpovězení otázky, zda v nyní posuzované věci mohlo vydání výše uvedeného rozhodnutí Komise vyvolat následek v podobě přerušení běhu prekluzívní lhůty došel k následujícím dílčím závěrům: Prekluzivní lhůty v daňovém právu (např. dle § 148 daňového řádu) jsou hmotněprávní, a jejich běh lze přerušit nebo stavět pouze na základě zákonem výslovně stanovených důvodů. Rozhodnutí Komise EU, byť obecné a závazné, není samo o sobě úkonem ve smyslu daňového řádu, který by přerušoval běh lhůty pro stanovení daně. Přímo použitelné nařízení může být za specifických okolností úkonem podle článku 3 odstavec 1 nařízení 2988/95, pokud by výslovně stanovilo úkony, které přerušují běh lhůt v daňovém či dotačním řízení. Podle názoru soudu však o takovou situaci v projednávané věci nejde. Rozšířený senát NSS (usnesení RS NSS ze dne 5. 2. 2025, čj. 1 Afs 231/2022–44) výslovně uvedl, že běh prekluzivní lhůty nelze prodlužovat ani přerušovat jinými než zákonem výslovně stanovenými úkony – např. zahájením daňové kontroly, podáním dodatečného tvrzení a podobně. V rozsudku ze dne 17. 4. 2025, čj. 9 Afs 45/2024–45, NSS odmítl možnost stavění lhůty z důvodu soudního přezkumu, pokud to zákon výslovně nestanoví.

36. Z uvedených teoretických závěrů lze poukázat na výjimky. Jak již soud naznačil v předchozím odstavci, teoreticky by rozhodnutí Komise mohlo způsobit přerušení běhu lhůty, pokud by bylo adresováno konkrétnímu členskému státu a uložilo mu povinnost zdržet se určitého úkonu nebo přehodnotit právní režim, který je předmětem daňového řízení. V takovém případě by však bylo nutné, aby vnitrostátní soudy uznaly, že jde o překážku objektivní povahy, která znemožnila správci daně jednat – což je výjimečné a vyžaduje judikatorní oporu.

37. Z uvedeného tak podle názoru soudu plyne, že prováděcí rozhodnutí Komise EU má přímý účinek, pokud je dostatečně určité a jasné. Je závazné pro vnitrostátní orgány v plném rozsahu, avšak nemůže přerušit běh prekluzívní lhůty, pokud to výslovně neumožňuje vnitrostátní zákon.

38. Městský soud v Praze vycházel rovněž z nedávného rozsudku NSS ze dne 12. 9. 2025, čj. 1 Afs 59/2025–98 (bod 53), v němž je uvedeno, „že aby byl určitý úkon způsobilý přerušit běh prekluzivní lhůty, musí kumulativně naplňovat tyto podmínky: i) musí být vydán příslušným orgánem, ii) musí být oznámen dané osobě, iii) musí se týkat vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti (viz čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95)… Městský soud při posouzení této otázky správně vyšel z obecných závěrů rozsudku Soudního dvora ve věci C–52/14, podle něhož „pojmem „příslušný orgán“ ve smyslu tohoto ustanovení se rozumí orgán, který je podle vnitrostátního práva příslušný učinit dotčené úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání, přičemž tento orgán může být jiný než orgán, který přiznává nebo vymáhá částky neoprávněně získané na úkor finančních zájmů Unie“ (viz bod [33]). Soudní dvůr dále konstatoval, že „aby byl úkon kvalifikován jako „úkon, který se týká vyšetřování nebo stíhání“ ve smyslu tohoto ustanovení, musí dostatečně přesně vymezit operace, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti“ (bod [47])“.

39. V rozsudku zn. C–52/14 (bodě 32), na nějž odkazuje NSS, SDEU rovněž uvedl, „že při neexistenci pravidel unijního práva přísluší každému členskému státu určit orgány, které jsou podle vnitrostátního práva příslušné k tomu, aby učinily úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. Členské státy proto mohou pravomoc stíhat nesrovnalosti přiznat jinému orgánu, než je orgán, který v projednávané věci přiznává náhradu nákladů na skladování nebo vymáhá její vrácení, s výhradou, aby tyto státy při této příležitosti nebránily účinnému použití unijního práva.“ 40. K povaze úkonu, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti, pak SDEU v rozsudku zn. C–734/22 (bodě 39) uvedl, že „aby mohl být úkon kvalifikován jako úkon, který se týká vyšetřování nebo stíhání, jenž může přerušit promlčení stíhání, ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95, musí dostatečně přesně vymezit operace, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti. Tento požadavek na přesnost nicméně nevyžaduje, aby tento úkon zmiňoval možnost uložit příjemci dotčené podpory konkrétní správní sankci nebo opatření (rozsudek ze dne 11. června 2015, Pfeifer & Langen, C–52/14, EU:C:2015:381, bod 43).“ Úkon musí s dostatečnou přesností seznámit příjemce s operacemi, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti (bod 43).

41. Na základě výše uvedeného soud dovodil, že prováděcí rozhodnutí Komise nelze považovat za úkon, který by přerušil běh promlčecí doby, neboť dostatečně přesně nevymezuje, kterých podezření na nesrovnalosti se má vyšetřování týkat. Žalobkyni lze přisvědčit, že prováděcí rozhodnutí je adresováno České republice, nikoli přímo žalobkyni, pro kterou z něj přímo neplynou žádné negativní následky.

42. Závěr o tom, že lhůtu pro vydání rozhodnutí o vrácení poskytnuté dotace nepřerušují, ani nepozastavují žádné úkony, s výjimkou úkonů podle čl. 6 odst. 1 (dle tohoto ustanovení jde o „rozhodnutí příslušného orgánu, bylo–li proti dotyčné osobě zahájeno za stejné činy trestní řízení“, což není případ žalobkyně), potvrzuje také rozsudek SDEU ze dne 2. 3. 2017, věc C–584/15, Glencore Céréales France. Také v tomto rozsudku SDEU připomněl, že „tato absolutní hranice se uplatňuje rovněž na přijetí správních opatření ve smyslu článku 4 tohoto nařízení“, viz bod 54. Tato prekluzivní lhůta tak přispívá k posílení právní jistoty hospodářských subjektů. Soudní dvůr EU následně uzavřel, že „co se týče nesrovnalostí, jakými jsou nesrovnalosti dotčené v původním řízení, příslušný orgán je povinen přijmout správní opatření týkající se vrácení neoprávněně přiznané hospodářské výhody každopádně ve lhůtě stanovené v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení č. 2988/95“; viz bod 57 citovaného rozsudku, důraz přidán Nejvyšším správním soudem. Jedinou výjimkou, která ovlivňuje běh této „absolutní hranice“, jak uvedl Soudní dvůr, je tak pozastavení řízení v důsledku zahájení trestního stíhání ve smyslu čl. 6 odst. 1 téhož nařízení. Délka promlčecí lhůty pro zahájení přezkumného řízení 43. Nařízení č. 2988/95 představuje právní předpis pro boj proti podvodům v členských státech, stanovuje pro účely ochrany finančních zájmů Unie obecná pravidla týkající se kontrol, správních opatření a sankcí postihujících nesrovnalosti s ohledem na právo Společenství (Unie). Jak již soud uvedl výše, nesrovnalostí ve smyslu tohoto nařízení se rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství (Evropské unie) vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo právě formou neoprávněného výdaje (odst. 2 téhož čl. nařízení č. 2988/95). Nesplnil–li tedy hospodářský subjekt podmínky dotace poskytnuté (i jen částečně) z unijních zdrojů, jedná se o neoprávněný výdaj, a tudíž nesrovnalost ve smyslu nařízení č. 2988/95.

44. Toto nařízení obsahuje vlastní úpravu prekluzivních lhůt, pokud jde o získávání neoprávněně poskytnutých plateb (dotací), a to v čl. 3, který zní následovně:

1. Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

2. Lhůta pro výkon rozhodnutí, na základě kterého byla uložena správní sankce, činí tři roky. Tato lhůta běží ode dne, kdy rozhodnutí nabude právní moci. Přerušení a pozastavení se řídí odpovídajícími pravidly vnitrostátního práva.

3. Členské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

45. Článek 3 nařízení č. 2988/95 v sobě zahrnuje úpravu několika prekluzivních lhůt. SDEU v řadě svých rozhodnutí vyložil, že citovaný článek 3 dopadá nejen na řízení, jejichž účelem je uložení sankce, ale také na řízení, jejichž výsledkem je uložení správního opatření, kterým je podle článku 4 téhož nařízení také odnětí neoprávněně získané výhody spojené s povinností zaplatit nebo nahradit neoprávněně získané částky (k tomu srov. např. rozsudek SDEU ze dne 29. 1. 2009 ve spojených věcech C–278/07 až C–280/07, Josef Vosding Schlacht–, Kühl– und Zerlegebetrieb a další (zejm. body 19 až 23); rozsudek SDEU ze dne 17. 9. 2014, věc C–341/13, Cruz & Companhia (bod 45); rozsudek SDEU ze dne 11. 6. 2015, věc C–52/14, Pfeifer & Langen II (bod 23); či rozsudek SDEI ze dne 3. 9. 2015, věc C–383/14, Sodiaal International (bod 26). V posledně citovaném rozsudku SDEU výslovně uvedl, že při uplatňování čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 „není namístě rozlišovat mezi správní sankcí a správním opatřením; toto ustanovení se uplatní jak na nesrovnalosti vedoucí k uložení správní sankce ve smyslu čl. 5 téhož nařízení (např. správní pokuty), tak na nesrovnalosti, které jsou předmětem správního opatření ve smyslu článku 4 uvedeného nařízení, jehož cílem je odnětí neoprávněně získané výhody, avšak nevykazuje povahu sankce (viz bod 27 posledně citovaného rozsudku Soudního dvora EU). Opačný výklad by odporoval systematice citovaného čl. 3 odst. 1, jehož čtyři pododstavce tvoří jeden celek“.

46. Ze závěrů SDEU uvedených v citované judikatuře tak pro účely nyní projednávané věci vyplývá, že na řízení o vrácení poskytnuté dotace včetně řízení přezkumného na projekt Modernizace farmy Bílovec, jež byla poskytnuta žalobkyni, se uplatní prekluzivní lhůty obsažené v článku 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95.

47. Článek 3 nařízení č. 2988/95 v sobě obsahuje úpravu prekluzivních lhůt, pokud jde o zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace (odst. 1 první pododstavec), lhůtu pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (odst. 1 čtvrtý pododstavec), jakož i lhůtu pro výkon rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (odst. 2 první pododstavec). Ze systematiky čl. 3 nařízení č. 2988/95 je zřejmé, že odstavec první jako celek (všechny jeho pododstavce) upravuje prekluzivní lhůty, pokud jde o samotné řízení, jehož výsledkem je vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci (jeho zahájení a ukončení); odstavec druhý pak obsahuje navazující úpravu týkající se prekluzivní lhůty pro výkon rozhodnutí. Oba zmiňované odstavce pak obsahují také vlastní úpravu přerušení a stavení (slovy nařízení pozastavení) prekluzivních lhůt.

48. Zatímco v případě samotného řízení (jeho zahájení a ukončení), jehož výsledkem je vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci, stanoví čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 výslovně jednak to, které konkrétní úkony způsobují přerušení prekluzivní lhůty pro zahájení řízení (viz čl. 3 odst. 1 třetí pododstavec), jednak to, v důsledku čeho dochází ke stavení lhůty pro vydání rozhodnutí (čtvrtý pododstavec téhož čl.); v případě lhůty pro výkon rozhodnutí stanoví nařízení č. 2988/95 v čl. 3 odst. 2 ve druhém pododstavci, že přerušení a pozastavení lhůty pro výkon rozhodnutí se řídí odpovídajícími pravidly vnitrostátního práva.

49. Pokud jde o prekluzívní lhůtu pro zahájení řízení, z výše citovaného čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 pro účely nyní projednávané věci vyplývá, že správní orgány mohou zahájit řízení o vrácení poskytnuté dotace do čtyř let od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti; odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. Okamžikem, kdy došlo k nesrovnalosti, a který tedy ve smyslu uvedeného zakládá počátek běhu promlčecí lhůty, se soud zabýval výše.

50. V projednávané věci zahájil správní orgán I. stupně (Fond) řízení o vrácení poskytnuté dotace přípisem ze dne 9. 9. 2022, z čehož plyne, že prekluzívní lhůta pro zahájení řízení podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 nebyla dodržena (řízení nebylo zahájeno do čtyř let od vzniku nesrovnalosti, tj. ode dne uzavření Dohody).

51. Lhůta pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci ve smyslu čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 je absolutní hranicí, ve které musí správní orgány o povinnosti vrátit dotaci rozhodnout. Tuto lhůtu nepřerušují žádné úkony, ani úkony uvedené v čl. 3 odst. 1 ve třetím pododstavci citovaného nařízení (tam uvedené úkony přerušují pouze lhůtu uvedenou v prvním pododstavci, tj. lhůtu pro zahájení řízení, k tomu viz citovaný rozsudek Soudního dvora EU ve věci Pfeifer & Langen II, C–52/14). A s výjimkou uvedenou v čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95 tuto lhůtu ani žádné úkony nestaví. V projednávané věci je přitom nesporné, že proti žalobkyni nebylo zahájeno ohledně čerpání dotace na předmětný projekt kofinancovaný Českou republikou a Evropskou unií trestní stíhání; výjimka uvedená v čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95 tak na nyní projednávanou věc nedopadá.

52. Článek 3 odst. 1 citovaného nařízení představuje komplexní právní úpravu prekluzivních lhůt pro zahájení řízení, jakož i pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci. Toto ustanovení také výslovně určuje, jaké úkony uvedené lhůty přerušují a které úkony tyto lhůty staví; na rozdíl od lhůty pro výkon rozhodnutí, u které evropský zákonodárce ponechal pravidla pro její přerušení a pozastavení na vnitrostátních předpisech členských států (srov. čl. 3 odst. 2 nařízení č. 2988/95). Vnitrostátní pravidla týkající se přerušení a stavení se tak na lhůtu pro zahájení řízení a lhůtu pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci neuplatní. Opačný výklad by byl v rozporu s čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 a judikaturou, ve které se k tomuto čl. a lhůtám v něm uvedeným vyjádřil Soudní dvůr EU (viz rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, čj. 5 Afs 4/2021–66, zvýraznění doplněno městským soudem).

53. Z výše citované judikatury SDEU je nesporné, že členské státy mohou využít svou pravomoc stanovit delší prekluzivní lhůtu podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95; tj. stanovit lhůtu pro zahájení řízení delší než 4 roky (srov. výše uvedený rozsudek ve věci Glencore Céréales France). V takovém případě činí lhůta pro vydání rozhodnutí ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého téhož nařízení dvojnásobek zvolené lhůty pro zahájení řízení. Je však otázkou, zda mohou členské státy využít svou pravomoc podle čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 tím způsobem, že přistoupí k uplatňování delší lhůty pro vydání rozhodnutí (ve smyslu čtvrtého pododstavce), aniž by současně uplatňovaly delší lhůtu pro zahájení řízení (ve smyslu prvního pododstavce). Jinými slovy řečeno, z judikatury SDEU již jednoznačně nevyplývá, zda mohou členské státy uplatňovat delší lhůtu pro vydání rozhodnutí (ve smyslu čtvrtého pododstavce) nezávisle na lhůtě pro zahájení řízení (dle prvního pododstavce), či zda mohou uplatňovat delší lhůtu pro vydání rozhodnutí s ohledem na formulaci čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 pouze prostřednictvím prodloužení lhůty pro zahájení řízení (v takovém případě pak činí lhůta pro vydání rozhodnutí dvojnásobek). To však není pro posouzení důvodnosti žaloby podstatné, neboť správní orgány v případě žalobkyně nezahájily řízení o vrácení dotace před uplynutím prekluzívní lhůty. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení 54. S ohledem na výše uvedené dospěl soud k závěru, že žalovaný zahájil se žalobkyní přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy po uplynutí prekuzívní lhůty, proto soud shledal žalobu důvodnou a napadené rozhodnutí podle ustanovení § 78 odst. 1 s. ř. s. zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.

55. Jelikož soud dospěl k závěru o tom, že lhůta pro zahájení řízení o povinnosti vrátit dotaci ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 byla prekludována, pojí se s tímto závěrem také to, že po jejím uplynutí již nemohly správní orgány o povinnosti vrátit dotaci vést přezkumné řízení a rozhodovat. V nyní projednávané věci tak rozhodnutí správního orgánu I. stupně již nemělo být vydáno, přičemž tuto vadu nemohl žalovaný v odvolacím řízení napravit. S ohledem na uvedené tak soud přistoupil také ke zrušení prvostupňového rozhodnutí.

56. Žalobkyně v žalobním návrhu požadovala, aby soud přezkumné řízení o souladu dohody s právními předpisy zastavil. Tomuto požadavku soud vyhovět nemohl, neboť jde jednoznačně nad rámec přezkumné role správního soudu, který není oprávněn nahradit žalovaný správní orgán v jeho pravomoci zastavit správní řízení, a tedy nemá ani výrokový potenciál.

57. V dalším řízení jsou správní orgány obou stupňů vázány právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§ 78 odst. 5 soudního řádu správního).

58. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 1 soudního řádu správního. Náhrada nákladů sestává ze zaplaceného soudního poplatku ve výši 3 000 Kč, odměny za čtyři úkony právní služby (převzetí zastoupení, podání žaloby, podání repliky a účast u jednání soudu) podle § 11 písm. a) a d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., ve znění pozdějších předpisů (advokátní tarif), ve výši 4 620 Kč za úkon [§ 7, § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu], tj. celkem 18 480 Kč, a z náhrady hotových výdajů za čtyři úkony v částce 450 Kč za úkon, tj. celkem 1 800 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu). Vzhledem k tomu, že právní zástupkyně žalobkyně osvědčila, že je plátcem daně z přidané hodnoty, náleží žalobkyni dále částka odpovídající sazbě daně ve výši 21 %, vypočtená z odměny za zastupování a náhrad, ve výši 4 259 Kč. Celkem tedy soud přiznal žalobkyni náhradu nákladů řízení ve výši 27 539 Kč.

59. Lhůta k platbě náhrady nákladů řízení je stanovena podle § 160 odst. 1 v části věty za středníkem zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu, ve znění pozdějších předpisů („o. s. ř.“), místo plnění podle § 149 odst. 1 o. s. ř.; oboje ve spojení s § 64 s. ř. s.

60. Výrokem III rozhodl soud o nákladech osoby zúčastněné na řízení. Ta nemá podle ustanovení § 60 odst. 5 s. ř. s. právo na jejich náhradu, neboť jí soud v tomto řízení žádnou povinnost neuložil, ostatně osoba zúčastněná na řízení zůstala zcela nečinná.

Poučení

Vymezení věci Žalobní body Vyjádření žalovaného k obsahu žaloby Další vyjádření žalobkyně Řízení před správním orgánem Řízení před soudem Posouzení důvodnosti žaloby soudem Počátek běhu prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení Délka promlčecí lhůty pro zahájení přezkumného řízení Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení