141 A 11/2025–208

Rubrum

Krajský soud v Ústí nad Labem rozhodl v senátu složeném z předsedy Ing. Mgr. Martina Jakuba Bruse a soudců JUDr. Jiřího Derfla a Mgr. Vojtěcha Salamánka ve věcižalobkyně:Speciální stavby Most spol. s r.o., IČO: 41327225sídlem Josefa Suka 261/11, 434 01 Mostzastoupená daňovým poradcem Ing. Radkem Lančíkemsídlem Divadelní 616/4, 602 00 Brnoprotižalovanému:Finanční úřad pro Ústecký krajsídlem Velká Hradební 39/61, 400 01 Ústí nad Labemo žalobě na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného spočívajícím v zahájení postupů k odstranění pochybností ohledně daňové povinnosti žalobkyně k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období měsíců leden 2014 až prosinec 2015takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

1. Shora označený žalovaný vydal dne 18. 12. 2024 celkem 24 výzev k odstranění pochybností dle § 89 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“) ohledně daňové povinnosti žalobkyně k dani z přidané hodnoty (dále též „DPH“), a to ve vztahu k jednotlivým měsíčním zdaňovacím obdobím v rozmezí ledna 2014 až prosince 2015. Konkrétně šlo o výzvu č. j. 2055731/24/2510–50522–505180 (správně 2023752/24/2510–50522–505180; pozn. soudu) za leden 2014, č. j. 2025874/24/2510–50522–505180 za únor 2014, č. j. 2026745/24/2510–50522–505180 za březen 2014, č. j. 2027235/24/2510–50522–505180 za duben 2014, č. j. 2027400/24/2510–50522–505180 za květen 2014, č. j. 2028486/24/2510–50522–505180 za červen 2014, č. j. 2028706/24/2510–50522–505180 za červenec 2014, č. j. 2029229/24/2510–50522–505180 za srpen 2014, č. j. 2029536/24/2510–50522–505180 za září 2014, č. j. 2030329/24/2510–50522–505180 za říjen 2014, č. j. 2030528/24/2510–50522–505180 za listopad 2014, č. j. 2030816/24/2510–50522–505180 za prosinec 2014, č. j. 2048737/24/2510–50522–505180 za leden 2015, č. j. 2049133/24/2510–50522–505180 za únor 2015, č. j. 2049638/24/2510–50522–505180 za březen 2015, č. j. 2049985/24/2510–50522–505180 za duben 2015, č. j. 2050178/24/2510–50522–505180 za květen 2015, č. j. 2050560/24/2510–50522–505180 za červen 2015, č. j. 2055731/24/2510–50522–505180 za červenec 2015, č. j. 2056196/24/2510–50522–505180 za srpen 2015, č. j. 2057362/24/2510–50522–505180 za září 2015, č. j. 2057762/24/2510–50522–505180 za říjen 2015, č. j. 2057983/24/2510–50522–505180 za listopad 2015, a č. j. 2058035/24/2510–50522–505180 za prosinec 2015 (dále jen „výzvy k odstranění pochybností“).

2. K vydání výše uvedených výzev k odstranění pochybností přistoupil žalovaný poté, co žalobkyně v žalovaným stanovených lhůtách podala dodatečná daňová přiznání k DPH za každé z měsíčních zdaňovacích období v rozmezí od ledna 2014 do prosince 2015. V podaných dodatečných daňových přiznáních totiž žalobkyně vykázala vždy na řádku 40 hodnotu 0 Kč (tedy v těchto přiznáních tvrdila nulovou hodnotu snížení dříve uplatněných nároků na odpočet DPH). Právě o správnosti a průkaznosti těchto nulových hodnot pojal žalovaný jako správce daně pochybnosti. V každé dílčí výzvě specifikoval sporné daňové doklady, z nichž žalobkyně v tom kterém zdaňovacím období uplatnila nárok na odpočet DPH. V odůvodnění výzev k odstranění pochybností žalovaný zejména uvedl, že jeho pochybnosti o správnosti nulových hodnot snížení nároků na odpočet DPH v dodatečných daňových přiznáních plynou ze skutečnosti, že žalobkyně byla rozsudkem Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 26. 4. 2024, sp. zn. 2 T 1/2024, společně se svým jednatelem, Ing. Jaroslavem Hudcem, uznána vinnou, že za zdaňovací období leden až prosinec 2014 a dále leden až prosinec 2015 zkrátili DPH o částku ve výši celkem 41 419 478,54 Kč; přitom uvedeným rozsudkem byly schváleny dohody o vině a trestu jednak mezi žalobkyní a státním zástupcem, jednak mezi jednatelem žalobkyně a státním zástupcem. Žaloba a její doplnění 3. Žalobkyně se žalobou podanou soudu dne 27. 2. 2025 domáhala, aby soud žalovanému zakázal provádět nezákonný postup k odstranění pochybností u daně z přidané hodnoty za období od ledna 2014 do prosince 2015. Pro případ, že by v průběhu řízení o žalobě byl postup k odstranění pochybností ukončen, se žalobkyně domáhala vydání rozsudku, jímž soud určí, že žalovaným provedený postup k odstranění pochybností byl nezákonný.

4. V následném podání ze dne 23. 9. 2025 pak žalobkyně soudu sdělila, že v mezidobí došlo k ukončení příslušných postupů k odstranění pochybností, tudíž se žalobou nadále domáhá pouze vyslovení nezákonnosti provedených postupů. Nezákonnost vymezeného zásahu spatřovala žalobkyně v následujícím.

5. V první řadě zakládá nezákonnost to, že žalovaný vydal výzvy k odstranění pochybností z téhož důvodu jako předtím výzvy k podání dodatečných daňových přiznání pro příslušná zdaňovací období. Žalobkyně v této souvislosti citovala body 20 a 21 rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 7. 2023, č. j. 9 Afs 209/2022–42, a vyvodila z nich, že postup k odstranění pochybností nemůže být zahájen ze stejných důvodů, z jakých byly vydány výzvy k podání dodatečných přiznání.

6. Jako druhý důvod nezákonnosti postupů k odstranění pochybností označila žalobkyně neplatnost dohody o vině a trestu, kterou Krajský soud v Ústí nad Labem schválil rozsudkem ze dne 26. 4. 2024, č. j. 2 T 1/2024–501 (dále též „rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501“). Dohodu totiž za žalobkyni podepsal Ing. Radek Lančík, který k tomu ale nebyl dle žalobkyně oprávněn, neboť podepsání dohody o vině a trestu za žalobkyni přesahovalo rámec zmocnění, jež mu žalobkyně udělila. Žalobkyně k tomu upřesnila, že rozsah plné moci se vztahoval pouze na úkony v trestním řízení vedeném Policií České republiky, Krajským ředitelstvím policie Ústeckého kraje, Službou kriminální policie a vyšetřování v Ústí nad Labem, detašovaným pracovištěm Most pod č.j. KRPU–42650/TČ–2018–040080–SB. Žalobkyně je tedy toho názoru, že po skončení úkonů prováděných u uvedeného detašovaného pracoviště policie přestalo platit zmocnění, jež Ing. Radku Lančíkovi udělila. Neplatnou dohodu o vině a trestu, podepsanou Ing. Radkem Lančíkem jménem žalobkyně dne 26. 4. 2024, tedy nemohl dle žalobkyně Krajský soud v Ústí nad Labem schválit, a proto má žalobkyně za to, že rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 není v souladu s dohodou o vině a trestu uzavřenou dne 26. 4. 2024. Dle žalobkyně je sice pravdou, že Ing. Lančík byl soudem v řízení sp. zn. 2 T 1/2024 vyslechnut jako zástupce žalobkyně a vypověděl, že „skutek, tak jak je uveden v obžalobě, se stal“; s ohledem na popsanou absenci zmocnění však takové vyjádření nemohlo žalobkyni k ničemu zavazovat. Nadto žalobkyně poznamenala, že se Ing. Lančík tímto vyjádřil ke skutku uvedenému v obžalobě, nikoli však ke skutku uvedenému v dohodě o vině a trestu. Také z tohoto důvodu tak dle žalobkyně nemohl Krajský soud v Ústí nad Labem svým rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501 dohodu o vině a trestu schválit.

7. Třetí důvod tvrzené nezákonnosti postupů k odstranění pochybností založila žalobkyně na svém názoru, že uznání viny ve věci vedené u zdejšího soudu pod sp. zn. 2 T 1/2024 bylo pouze pro účely sjednání dohody o vině a trestu (k tomu žalobkyně citovala body 31 a 32 nálezu Ústavního soudu ze dne 9. 5. 2023, sp. zn. III. ÚS 236/23). Vyčíslení zkrácené daně, jak bylo vtěleno do textu dohody o vině a trestu, tak dle žalobkyně nemůže být ve spojení s uznáním viny pro žalovaného důkazem o zkrácení daně (k tomu žalobkyně citovala bod 20 nálezu Ústavního soudu ze dne 16. 10. 2024, sp. zn. I. ÚS 2299/23). Správné vyčíslení zkrácené daně se podle žalobkyně musí odrazit v hodnocení důkazů provedeném žalovaným, nicméně žalovaný hodnocení důkazů dosud neprovedl. K tomu žalobkyně obšírně rozvedla, proč se domnívá, že v dohodě o vině a trestu specifikovaná celková částka zkrácené daně 41 419 478,54 Kč za období leden 2014 až prosinec 2015 není ve skutečnosti správná, resp. proč má být o 10 067 234 Kč nižší.

8. Začtvrté označila žalobkyně postupy k odstranění pochybností za nezákonné proto, že plnění, jejichž přijetí od Petra Kendíka deklarovala ve vztahu k dotčeným zdaňovacím obdobím, nebyla podle jejího názoru fiktivní. Žalobkyni například není jasné, jak mohl žalovaný dospět k tomu, že Petr Kendík poskytoval fiktivní plnění pro žalobkyni, když neměl účetnictví, aby mohl prokázat neposkytnutí plnění pro žalobkyni. Citacemi bodů 1 a 33 rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 20. 10. 2022, č. j. 6 Af 14/2020–69, žalobkyně dokládala, že Petru Kendíkovi byla DPH doměřena podle pomůcek s ohledem na absenci účetnictví, a nikoli za fiktivní plnění pro žalobkyni. Žalobkyně v tomto ohledu rovněž namítla, že se žalovaný mýlí ohledně své vázanosti rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501; podle žalobkyně totiž není trestní skutkový stav totožný s daňovým skutkovým stavem (žalobkyně opětovně citovala bod 32 nálezu Ústavního soudu ze dne 9. 5. 2023, sp. zn. III. ÚS 236/23). Podle žalobkyně je žalovaný toliko povinen zohlednit uvedený trestní rozsudek při vlastním vyhodnocování skutkového stavu (k tomu žalobkyně mj. citovala body 28 a 29 rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2023, č. j. 6 Afs 125/2021–56). Žalobkyně k tomu shrnula, že žalovaný proto nemůže svůj názor o fiktivním plnění od Petra Kendíka stavět jen na rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501, ale musí vycházet ze všech skutkových okolností.

9. Závěrem žaloby žalobkyně postulovala, že postup k odstranění pochybností má sloužit k rychlé a efektivní nápravě, a nelze jej užít v případě, kdy jsou pochybnosti takového charakteru, že je takovým postupem nelze rozptýlit. V takovém případě je dle žalobkyně nutné zahájit namísto postupu k odstranění pochybností přímo daňovou kontrolu. Žalobkyně podotkla, že žalovaný nemá volbu mezi těmito postupy, ale jejich vztah je dán právě velikostí pochybností (v čemž odkázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2024, č. j. 1 Aps 20/2013–61). Ve výzvách k postupu k odstranění pochybností navíc musí žalovaný pochybnosti konkrétně specifikovat. Tento požadavek není dle názoru žalobkyně splněn pouhým poukazem žalovaného na rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501, neboť bez provedeného dokazování takový poukaz nepředstavuje specifikaci pochybností způsobem, který umožní žalobkyni se k nim vyjádřit, neúplné údaje doplnit, nejasnosti vysvětlit, nepravdivé údaje opravit, nebo pravdivost údajů prokázat předložením důkazních prostředků, aby došlo k odstranění pochybností.

10. Usnesením ze dne 17. 9. 2025, č. j. 141 A 11/2025–158, soud žalobkyni mj. vyzval, aby doplnila svou žalobu o tvrzení, zda byla tvrzeným zásahem žalovaného přímo zkrácena na svých právech, a aby též uvedla, jaká konkrétní její práva byla zásahem zkrácena a jakým způsobem, a také proč se domnívá, že šlo o zkrácení přímé. Žalobkyně na tuto výzvu reagovala podáním (doplněním žaloby) ze dne 23. 9. 2025. V něm uvedla, že „zásahem žalovaného jsou výzvy, jimiž žalovaný požaduje po žalobkyni odstranit pochybnosti v podaných dodatečných přiznáních k dani z přidané hodnoty za leden 2014 až prosinec 2015“, a „nucení žalobkyně reagovat na výzvy, aby žalobkyně prokazovala opak, tedy faktické přijetí plnění od pana Petra Kendíka, přestože důkazní břemeno tíží žalovaného stran prokazování pochybností, poněvadž o rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 nemůže žalovaný opírat pochybnosti“. Žalobkyně uvedla, že výzvami k odstranění pochybností bylo zkráceno její právo na informační sebeurčení, poněvadž byla nucena odpovídat na výzvy žalovaného, přestože ji netížilo důkazní břemeno (to dle žalobkyně tížilo naopak žalovaného). Dodala, že „pochybnostmi“ je třeba rozumět „oprávněné pochybnosti“, přičemž oprávněnost pochybností musí být ze samotných výzev seznatelná. Lakonické konstatování o „existenci pochybností“, opírající se o rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501, nepovažuje žalobkyně za zdůvodnění pochybností o správnosti nebo úplnosti podaných dodatečných přiznání k dani z přidané hodnoty za leden 2014 až prosinec 2015. Informační povinnost pro žalobkyni vyplývající z dotčených výzev k odstranění pochybností je zcela nepředvídatelná, a výzvy tak pro svou nahodilost působí vůči žalobkyni ve výsledku neurčitě.

11. Žalobkyně dále v doplnění žaloby k otázce zákonnosti zásahu uvedla, že názor žalovaného o fiktivnosti plnění, jež žalobkyně deklarovala jako přijatá od Petra Kendíka, není podpořen ani usnesením Vrchního soudu v Praze ze dne 28. 8. 2024, č. j. 8 To 56/2024–733 (dále jen „usnesení č. j. 8 To 56/2024–733“). I toto usnesení totiž bylo vydáno bez dokazování a hodnocení důkazů, a proto nemůže sloužit jako důkaz o fiktivnosti daných plnění. Ostatně v bodu 16 uvedeného usnesení je dle žalobkyně vyjádřena kritika vůči rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501, a sice pro neprovedení hodnocení důkazů opatřených v přípravném řízení.

12. Za účelem prokázání tvrzení, že Krajský soud v Ústí nad Labem při jednání dne 26. 4. 2024 ve věci sp. zn. 2 T 1/2024 nehodnotil důkazy opatřené v přípravném řízení, a ani nedal žalobkyni možnost vyjádřit se k důkazům ve spise a k hodnocení důkazů ve spise, odkázala žalobkyně na pořizovaný zvukový záznam jednání, jejž zaslala žalovanému. Záznam dle žalobkyně současně dokládá, že žalobkyně neřekla, že plnění nebyla poskytnuta.

13. Žalobkyně dále k doplnění žaloby přiložila rozhodnutí č. j. 27912/2024–900000–314 ze dne 5. 6. 2024 TRANSPORTŠPED DOO, č. j. 9857–7/2023–900000–314 ze dne 28. 3. 2023 Heck DOO, č. j. 6726–7/2023–900000–314 ze dne 28. 3. 2023 VN PROMET DOO a č. j. 14578/2021–900000–314 ze dne 11. 3. 2021 Menšík. Uvedla k nim, že je získala od Generálního ředitelství cel a že dokládají, že dohoda o vině a trestu a navazující rozsudek schvalující tuto dohodu nemohou být jediným důkazem pro doměření daně, nýbrž mohou být toliko jedním z důkazů, které pokud do sebe s dalšími důkazy zapadají, tvoří spolu s ostatními důkazy oporu pro doměření daně.

14. Žalobkyně navíc svou žalobu doplnila podáním ze dne 7. 11. 2025, dodaným do datové schránky soudu dne 9. 11. 2025. V něm především reagovala na soudem přeposlané vyjádření žalovaného ze dne 2. 10. 2025. Podle žalobkyně odkaz žalovaného na rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 15. 8. 2025, č. j. 29 Af 54/2024–192, nijak nevyvrací její dřívější argumentaci, že dohoda o vině a trestu a navazující rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 nemohou být jediným důkazem pro doměření daně z přidané hodnoty. K tomu žalobkyně připojila anonymizované rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 22. 10. 2024, č. j. 32415/24/5300–21443–711275, které dle jejího názoru dokládá, že žalovaný uvedený rozsudek Krajského soudu v Brně ve svém vyjádření dezinterpretoval a jeho závěry jsou v okolnostech nyní posuzované věci naopak nepoužitelné. Žalobkyně se domnívá, že v nynější věci lze použít závěry Krajského soudu v Brně obsažené v bodech 18 odůvodnění rozsudků ze dne 3. 4. 2023, č. j. 62 Af 23/2024–77, a ze dne 2. 10. 2025, č. j. 29 Af 5/2025–50. Žalobkyně v uvedeném podání navázala tvrzením, že ve své odpovědi ze dne 31. 3. 2025 (včetně doplnění ze dne 31. 5. 2025) na výzvy k odstranění pochybností požadovala po žalovaném provést hodnocení svědeckých výpovědí celkem 56 konkrétních svědků z přípravného trestního řízení, neboť z nich dle žalobkyně nevyplývá, že se plnění neuskutečnila a šlo o fiktivní transakce. Žalovaný však tyto důkazy nehodnotil, nepřihlédl k nim a nevypořádal se s nimi. Konečně se žalobkyně neztotožnila s vyjádřením žalovaného v tom, že by rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 7. 1. 2025, č. j. 2 T 4/2023–13190, a to i ve spojení s na něj navazujícím usnesením Vrchního soudu v Praze ze dne 17. 9. 2025, sp. zn. 8 To 63/2025, ve věci Petra Kendíka, byl důkazem o fiktivnosti plnění či že by žalovaný byl těmito rozhodnutími vázán v daňovém řízení vedeném s žalobkyní. Upozornila, že uvedená rozhodnutí byla vydána až po zahájení sporných postupů k odstranění pochybností, a nelze jimi tedy poměřovat existenci a důvodnost tehdejších pochybností žalovaného. S citací bodu 16 odůvodnění již dříve zmíněného rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 3. 4. 2025, č. j. 62 Af 23/2024–77, žalobkyně vyjádřila názor, že trestním rozsudkem ve věci Petra Kendíka nemůže být žalovaný vázán v řízení o daňové povinnosti žalobkyně, nýbrž k němu má přihlédnout pouze jako k běžnému důkazu. Žalobkyně je rovněž toho názoru, že pokud i v situaci řešené Nejvyšším správním soudem v rozsudku ze dne 4. 4. 2025, č. j. 10 Afs 286/2024–39, v níž nebyl trestní rozsudek vydán na základě dohody o vině a trestu, správce daně prováděl v daňovém řízení dokazování nad rámec skutkových okolností popsaných ve výroku trestního rozsudku, byl žalovaný tím spíš povinen postupovat obdobně v nyní posuzované věci. Žalobkyně dodala, že provedení daňové kontroly by sice představovalo intenzivnější zásah ze strany žalovaného, ale také by lépe umožňovalo správné stanovení daně cestou úplného zjištění skutkového stavu žalovaným (zejména provedením hodnocení svědeckých výpovědí z přípravného trestního řízení). Závěrem žalobkyně poznamenala, že k odkazu žalovaného na rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 9. 6. 2025, č. j. 4 To 450/2024–474, se nedokáže vyjádřit, neboť žalovaný neuvedl jeho význam pro nynější věc. Vyjádření žalovaného k žalobě 15. Žalovaný se k žalobě vyjádřil podáním ze dne 7. 4. 2025. V něm především uvedl, že výrok rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 obsahoval v části vyslovení viny také tabulkový přehled podaných daňových přiznání žalobkyně k DPH za zdaňovací období leden 2014 až prosinec 2015, rozsudek přesně konkretizoval způsob krácení daně i výši takto zkrácené daně. V rozsahu viny žalobkyně za v rozsudku popsané jednání je tedy žalovaný vázán pravomocným trestním rozsudkem, nemůže si o vině žalobkyně učinit vlastní úsudek a je povinen vycházet z uvedeného rozsudku. Žalovaný proto vydal žalobkyni výzvy k podání dodatečných daňových přiznání k DPH za zdaňovací období leden 2014 až prosinec 2015, neboť k jejich vydání existovaly kvalifikované indicie o tom, že daň má být stanovena v jiné výši. Jednalo se o skutkové důvody objektivně existující a nespočívající pouze ve spekulativním úsudku žalovaného. Žalobkyně reagovala podáním dodatečných daňových přiznání k DPH za uvedená období, přičemž na každém řádku těchto oznámení vykázala hodnotu 0 Kč. Žalovanému tudíž vznikly pochybnosti o správnosti a průkaznosti údajů o přijatých zdanitelných plněních vykázaných v oddílu C. dodatečných daňových přiznání, vykázaných na řádcích 40, resp. o nesnížení nároku na odpočet daně dle faktur vystavených pro žalobkyni panem Petrem Kendíkem, IČO: 421 08 438. Z tohoto důvodu vydal žalovaný žalobkyni příslušné výzvy k odstranění pochybností k DPH za zdaňovací období leden 2014 až prosinec 2015.

16. Žalovaný ve výzvách k odstranění pochybností vypořádal argumentaci, kterou žalobkyně učinila předtím součástí přílohy k podaným nulovým dodatečným daňovým přiznáním. Podle žalovaného představuje pravomocné rozhodnutí soudu v trestním řízení o tom, že se jednatel daňového subjektu a daňový subjekt dopustili trestné činnosti, která spočívá ve skutku, jež je identický s popisem skutkového stavu v daňovém řízení, okolnost významnou pro daňové řízení a správce daně nemá jinou volbu, než toto rozhodnutí respektovat (v čemž žalovaný odkázal na rozsudek Krajského soudu v Praze ze dne 30. 4. 2024, č. j. 51 Af 6/2023–96, rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové – pobočky v Pardubicích ze dne 5. 6. 2018, č. j. 52 Af 72/2017–45, rozsudek Krajského soudu v Praze ze dne 23. 8. 2023, č. j. 43 Af 11/2022–23, a rozsudky Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 58/2007–96, 5 Afs 90/2020–40, 9 Afs 40/2018–40, 6 Afs 161/2014–94, 1 Af 7/2023–75, 11 Afs 93/2006–48, 7 Afs 77/2014–76, 9 Afs 70/2014–204, 10 Afs 54/2015–48, 6 Afs 257/2017–31, 1 Afs 101/2004–58, 6 Afs 91/2022–24, 10 Afs 513/2021–48, 4 Afs 210/2014–57 a 9 Afs 58/2007–96). Žalovaný porovnáním výroku o vině v rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 s předmětem daňového řízení seznal, že jsou identické, a proto uvedený pravomocný trestní rozsudek představuje zcela zásadní okolnost pro daňové řízení, tj. pro závěr, že se plnění mezi Petrem Kendíkem a žalobkyní, deklarovaná v tomtéž rozsudku uvedenými fakturami, neuskutečnila, přičemž faktické uskutečnění deklarovaných plnění je jednou z hmotněprávních podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně v souladu s § 72 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o DPH“). Žalovaný je toho názoru, že i s ohledem na § 99 odst. 2 daňového řádu je v rozsahu pravomocně vyřčené viny žalobkyně vázán rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501, nemůže si tedy o vině žalobkyně učinit úsudek sám a je povinen z trestního rozsudku vycházet.

17. Žalovaný má za to, že byla–li otázka nesprávnosti původních daňových přiznání vyřešena v trestním řízení, které splňuje ty nejpřísnější požadavky kladené ústavním pořádkem na vedení řízení před orgány veřejné moci z hlediska práv dotčené osoby, nelze v daňovém řízení v dodatečných daňových přiznáních tvrdit, že skutková situace dané věci byla jiná. Pochybnosti žalovaného pak mohla žalobkyně v projednávané věci odstranit tak, že by prokázala existenci řádných či mimořádných opravných prostředků použitých v daném trestním řízení, jež by erodovaly právní moc odsuzujícího rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 a ve svých důsledcích by mohly sloužit k tvrzení, že skutkový stav se odehrál jinak, než je popsáno v pravomocném odsuzujícím rozsudku.

18. Žalovaný dále vyzdvihl, že jednou z podmínek sjednání dohody o vině a trestu je dle § 175a odst. 3 zákona č. 141/1961 Sb., o trestním řízení soudním, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „trestní řád“) právě prohlášení obviněného, že spáchal skutek, pro který je stíhán, pokud na základě dosud opatřených důkazů a dalších výsledků přípravného řízení nejsou důvodné pochybnosti o jeho prohlášení. Uzavření dohody o vině a trestu vyžaduje výrazně vyšší stupeň poznání o pachateli a trestném činu. Aplikace institutu dohody o vině a trestu tak je možná v takové fázi řízení, v níž jsou dostatečně prokázány základní skutkové okolnosti potvrzující, že skutek je trestným činem, jeho právní kvalifikaci a pravdivost prohlášení obviněného o vině. Žalovaný zdůraznil, že ve skutkové větě výroku o vině rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 je uvedeno, že „obžalovaný Ing. Jaroslav Hudec s Petrem Kendíkem, narozeným 5. 10. 1954 v Teplicích, trvale bytem Haštalská 750/10, 110 00 Praha – Staré Město, jehož trestní stíhání je vedeno odděleně a o jehož vině dosud nebylo rozhodnuto, uzavřel dohodu spočívající v tom, že obžalovaná právnická osoba Speciální stavby Most spol. s r.o. objednávala u Petra Kendíka, vystupujícího jako osoba samostatně výdělečně činná pod obchodní firmou Petr Kendík – provádění staveb, IČ 421 08 438, pronájmy lešení, stavební techniky, lesnické práce a dodávky stavebního materiálu, kdy Petr Kendík na tato tvrzená plnění obžalované právnické osoby Speciální stavby Most spol. s r.o. následně vystavil daňové doklady, přičemž k faktickému plnění nedošlo a obžalovaní i Petr Kendík s tím byli od počátku srozuměni, že fakticky plněno nebude a takto se dohodli v úmyslu neoprávněně snížit povinnost k dani z přidané hodnoty obžalované právnické osoby Speciální stavby Most spol. s r.o., a to tak, že obžalovaný Ing. Jaroslav Hudec následně do níže uvedených přiznání k dani z přidané hodnoty daňového subjektu Speciální stavby Most spol. s r.o. v úmyslu umožnit této společnosti minimalizovat daňovou povinnost, popřípadě dosáhnout nadměrného odpočtu ke škodě českého státu, zavedl faktury výstavce Petra Kendíka, vystupujícího jako osoba samostatně výdělečně činná pod obchodní firmou Petr Kendík – provádění staveb, IČ 421 08 438, za jednotlivá zdaňovací období“. Žalovaný navíc podotkl, že také jednatel žalobkyně, Ing. Jaroslav Hudec, při hlavním líčení uvedl: „Rozumím tomu, co je mi obžalobou kladeno za vinu. Prohlašuji, že skutek, jak je vymezen v dohodě o vině a trestu, jsem spáchal. Stalo se to tak, jak je uvedeno v dohodě o vině a trestu.“19. Žalobkyní nyní namítanou údajnou neplatnost uzavřené a soudem schválené dohody o vině a trestu nelze dle názoru žalovaného vyřešit pořadem práva daňového, neboť pro řešení takové otázky jsou povolány výhradně orgány činné v trestním řízení. Ony si tedy dle žalovaného musí vyřešit otázku, zda jednání Ing. Radka Lančíka za žalobkyni (obžalovanou) před soudy bez údajného zmocnění případně nebylo vedeno v úmyslu umožnit pachatelům trestné činnosti, aby unikli trestnímu stíhání, nebo aby jejich trestní stíhání bylo oddáleno.

20. Pokud žalobkyně rozporuje v žalobě výši zkrácené daně vyčíslenou částkou 41 419 478,54 Kč, uvedl k tomu žalovaný, že konkrétně žalobkyní zmiňovaná částka 10 067 234 Kč sestává z doměřené DPH za zdaňovací období září 2015 ve výši 2 303 477 Kč, říjen 2015 ve výši 2 460 932 Kč, listopad 2015 ve výši 2 601 009 Kč a prosinec 2015 ve výši 2 701 816 Kč. Příslušné dodatečné platební výměry za uvedená zdaňovací období totiž musely být posléze změněny či zrušeny rozhodnutími odvolacího orgánu (Odvolacího finančního ředitelství) ze dne 24. 4. 2023, č. j. 13377/23/5300–21441–712599 a 14189/23/5300–21441–712599, protože odvolací orgán v důsledku zrušení svého prvotního rozhodnutí o odvoláních žalobkyně proti těmto platebním výměrům (k němuž došlo rozsudkem Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 20. 12. 2022, č. j. 16 Af 21/2019–131) již nemohl s ohledem na blížící se konec lhůty pro stanovení daně doplnit odvolací řízení o krajským soudem požadované (a žalobkyní předtím v odvolacím daňovém řízení navržené) výslechy svědků. To dle žalovaného ale nic nemění na tom, že Odvolací finanční ředitelství v následných rozhodnutích o odvoláních (č. j. 13377/23/5300–21441–712599 a č. j. 14189/23/5300–21441–712599) výslovně uvedlo, že správce daně (žalovaný – Finanční úřad pro Ústecký kraj) prokázal své pochybnosti o faktickém přijetí plnění žalobkyní od Petra Kendíka a v tom důsledku o nesplnění podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně dle § 72 a § 73 zákona o DPH.

21. Žalovaný zdůraznil, že v trestním řízení byly provedeny a soudem hodnoceny navržené důkazy. Proto dle žalovaného nebyly pochybnosti o pravdivosti skutkového tvrzení ohledně fiktivnosti plnění poskytnutých žalobkyni Petrem Kendíkem. Z průběhu trestního řízení považuje žalovaný za evidentní, že jak žalobkyně, tak její jednatel, Ing. Jaroslav Hudec, byli v plném rozsahu seznámeni s obsahem všech důkazů provedených v trestním řízení a měli možnost se k nim opakovaně vyjadřovat jednotlivě při jejich pořizování i vcelku při prostudování spisu po skončení vyšetřování. Při uzavírání dohody o vině a trestu se státním zástupcem oba učinili dobrovolně a bez nátlaku prohlášení o tom, že spáchali skutek, pro který jsou obžalováni. Ing. Jaroslav Hudec v rámci hlavního líčení před Krajským soudem v Ústí nad Labem pod sp. zn. 2 T 1/2024 dne 26. 4. 2024 uvedl, že rozumí, co je mu obžalobou kladeno za vinu, a prohlásil, že skutek, jak je vymezen v dohodě o vině a trestu, spáchal. Zástupce žalobkyně, Ing. Radek Lančík, pak při téže příležitosti uvedl, že skutek, tak, jak je uveden v obžalobě, se stal.

22. Žalovaný dále vyjádřil názor, že trestní řád nečiní rozdíl mezi odsuzujícími rozsudky podle postupu jejich vzniku (např. schválení dohody o vině a trestu či vydaní na základě prohlášení viny apod.). Rozsudek mající za základ dohodu o vině a trestu tedy není v důsledku vlivu dohody mezi obžalovaným a státním zástupcem jakýmsi druhořadým nebo méněcenným rozsudkem. Rozdíl mezi takovými odsuzujícími rozsudky nečiní ani daňový řád, který možnost prolomení lhůty pro stanovení daně váže výhradně na pravomocné rozhodnutí soudu o spáchání daňového trestného činu. Podle žalovaného by bylo absurdní, pokud by se perfektním a z hlediska popisu skutku závazným stal až odsuzující rozsudek, jehož vyhlášení by nepředcházel žádný souhlas obžalovaného.

23. Argument žalobkyně, že trestní soud při schvalování uzavřené dohody o vině a trestu neprovádí dokazování, je dle žalovaného zavádějící. Přehlíží totiž, že v takovém případě trestní soud plní roli garanta toho, že dohoda byla sjednána v souladu se zákonem, je správná a vyjadřuje pravou a skutečnou vůli obžalovaného, který ji sjednal s plnou znalostí všech důsledků s ní spojených. To vše za situace, kdy závěry dohody o výši zkrácené daně jsou zcela jednoznačně podloženy důkazy opatřenými v přípravném řízení trestním. Žalovaný upozornil, že v nynějším případě nedošlo k uzavření dohody na počátku trestního stíhání obou obviněných, ale až po řádně provedeném přípravném řízení, ve kterém byly opatřeny všechny relevantní důkazy potřebné k postavení obviněných před soud, včetně výslechů navržených svědků. Oba obžalovaní byli stíháni pro zvlášť závažnou trestnou činnost v režimu § 169 trestního řádu, tedy v plné jurisdikci vyšetřování podle oddílu třetího hlavy X daného zákona, včetně provádění výslechů svědků za účasti obhajoby. Podle usnesení Vrchního soudu v Praze ze dne 28. 8. 2024, č. j. 8 To 56/2024–733, ostatně k jednání mezi oběma obžalovanými (žalobkyní a jejím jednatelem) a státním zástupcem došlo dokonce až v rámci nařízeného hlavního líčení, ve kterém byla státním zástupcem obžaloba přednesena. Na str. 5 uvedeného usnesení vrchního soudu, se navíc uvádí, že v rámci hlavního líčení ve věci 2 T 1/2024 u Krajského soudu v Ústí nad Labem obžalovaný jednatel žalobkyně dne 26. 4. 2024 uvedl: „Rozumím tomu, co je mi obžalobou kladeno za vinu. Prohlašuji, že skutek, jak je vymezen v dohodě o vině a trestu, jsem spáchal. Stalo se to tak, jak je uvedeno v obžalobě a dohodě o vině a trestu.“ I vrchní soud přitom v daném usnesení konstatoval, že tomuto doznání obžalovaného odpovídají i důkazy obsažené ve spisu. Podle žalovaného tedy není pravdou, co namítá žalobkyně; její jednatel se takto nevyjadřoval k dohodě pouze „pro dohodu“, nýbrž v průběhu trestního řízení došlo k realizaci všech pojistek sloužících k realizaci základních zásad trestního řízení, zejména zásady materiální pravdy, presumpce neviny a zásady vyhledávací. Podle žalovaného tak neexistuje ani náznak, že by na obžalované byl vytvářen jakýkoli nátlak k uzavření dohody; průběh trestního řízení naznačuje pravý opak.

24. Žalovaný shrnul, že v posuzovaném případě se trestním soudem schválená dohoda o vině a trestu nelišila od popisu skutku v obžalobě, z čehož vyvodil, že trestní soud postupem podle § 2 odst. 6 trestního řádu hodnotil důkazy podle svého vnitřního přesvědčení založeného na pečlivém uvážení všech okolností případu jednotlivě i v jejich souhrnu. Žalovaný tak neměl a nemá žádný legitimní důvod přezkoumávat pravomocné rozhodnutí soudu o spáchání daňového trestného činu včetně popisu skutku v něm uvedeného.

25. Pokud žalobkyně poukazovala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 7. 2023, č. j. 9 Afs 209/2022–42, činila tak dle žalovaného nedůvodně, neboť uvedený rozsudek řeší situaci prodloužení lhůty pro stanovení daně skrze vydanou výzvu k podání dodatečného daňového přiznání dle § 148 odst. 2 daňového řádu. V nyní posuzované věci však žalovaný vydáním výzev k podání dodatečných daňových přiznání nesledoval navození účinků § 148 odst. 2 daňového řádu ve vztahu ke lhůtě pro stanovení daně, protože k prolomení této lhůty došlo na základě jiného ustanovení daného právního předpisu, a sice § 148 odst. 6, tedy z jiného důvodu, než bylo vydání výzev k podání dodatečných daňových přiznání, a také s částečně odlišnými účinky. Vydání výzev k podání dodatečných daňových přiznání tak nemůže být hodnoceno v tomto ohledu jako účelové.

26. Pokud žalobkyně namítala nezákonnost výzev k odstranění pochybností z důvodu, že plnění deklarovaná žalobkyní jako přijatá od Petra Kendíka nejsou fiktivní, uvedl k tomu žalovaný, že pouze v případě zdaňovacích období září až prosinec 2015 (v důsledku již výše popsaného zrušení rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství č. j. 42357/19/5300 21441–712772 výrokem I. rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 20. 12. 2022, č. j. 16 Af 21/2019–131) muselo být odvoláním žalobkyně v rozsahu zdanitelných plnění deklarovaných jako přijatých od Petra Kendíka vyhověno, a to kvůli nemožnosti provést soudem požadované výslechy svědků při zachování lhůty pro stanovení daně. To dle žalovaného nedokládá fakticitu plnění; ostatně pravý opak (tedy prokázání pochybností o fakticitě plnění od Petra Kendíka) Odvolací finanční ředitelství výslovně uvedlo do odůvodnění svých následných rozhodnutí č. j. 13377/23/5300–21441–712599 a 14189/23/5300–21441–712599.

27. Žalovaný dále podotkl, že zásahová žaloba není univerzálním prostředkem ochrany proti jakémukoliv úkonu správního orgánu, který se žalobkyni nelíbí. Naopak je subsidiárním prostředkem ochrany, a to buď vůči právním prostředkům dostupným u správních orgánů, nebo vůči jiným druhům žalob dostupným ve správním soudnictví. Žalovaný označil za paradoxní, jestliže žalobkyně v textu žaloby preferovala, aby postup k odstranění pochybností (byť je nejmírnějším a nejméně zatěžujícím kontrolním postupem) byl nahrazen daňovou kontrolou, která ale může dle žalovaného být ve svém celku a s ní spojenými požadavky ve vztahu ke kontrolovanému subjektu považována za velmi invazivní. Podle žalovaného zahájením postupů k odstranění pochybností nedošlo k natolik intenzivnímu zásahu do sféry žalobkyně. Argumentace, jíž žalobkyně uplatnila v nynější žalobě, může dle žalovaného být plnohodnotným způsobem uplatněna v odvolání proti případným dodatečným platebním výměrům či ve správní žalobě proti případnému rozhodnutí odvolacího orgánu. Žalovaný má za to, že zásahová žaloba však nemá „štěpit“ jednotlivé úkony správního či daňového řízení do desítek či stovek různých zásahů. Samostatný přezkum takových úkonů ve správním soudnictví by snadno mohl nepřiměřeně prodloužit, ba dokonce v některých případech i zhatit cestu ke konečnému rozhodnutí o věci. Žalovaný připomněl, že pojetí soudu jako supervizora správního orgánu, průběžně monitorujícího postupy veřejné správy, je v rozporu nejen se základními principy soudního řízení správního, především s principem subsidiarity, ale také se základními zásadami demokratického právního státu, zejména pak s principem dělby moci.

28. Podáním ze dne 2. 10. 2025 žalovaný k výzvě soudu doplnil své předchozí vyjádření o sdělení, že postupy k odstranění pochybností byly ukončeny dne 16. 6. 2025 sepsáním a podepsáním úředních záznamů o výsledku postupu k odstranění pochybností. Téhož dne došlo vydáním dodatečných platebních výměrů rovněž k ukončení všech doměřovacích řízení u zdaňovacích období leden 2014 až prosinec 2015. Obě sady uvedených písemností byly žalobkyni správcem daně doručeny dne 20. 6. 2025. Žalobkyně napadla dodatečné platební výměry včasnými odvoláními, jež žalovaný postoupil dne 23. 9. 2025 k rozhodnutí odvolacímu orgánu (Odvolacímu finančnímu ředitelství). Žalovaný dále připustil, že mělo–li by být ohledně fiktivnosti plnění mezi žalobkyní a Petrem Kendíkem vedeno dokazování v rozsahu požadovaném žalobkyní, muselo by se tak stát v rámci daňové kontroly. Rovněž setrval na svém názoru o vázanosti rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501 a dodal, že v mezidobí nabyl právní moci i rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 7. 1. 2025, č. j. 2 T 4/2023–13190, jímž byl s právní mocí ke dni 17. 9. 2025 pravomocně uznán vinným ze spáchání totožného trestného činu spočívajícího v témže skutku i Petr Kendík; daný rozsudek byl vyhlášen v hlavním líčení, nikoli na základě dohody o vině a trestu, a tedy dle žalovaného dokládá fiktivnost plnění mezi žalobkyní a Petrem Kendíkem. Žalovaný spolu s podáním ze dne 2. 10. 2025 předložil soudu mj. všechny dodatečné platební výměry. Ústní jednání 29. Při soudním jednání dne 11. 11. 2025 účastníci řízení setrvali na procesních stanoviscích vyjádřených v dosavadních podáních.

30. Zástupce žalobkyně stručně přednesl žalobu v souladu s její písemnou podobou i pozdějšími doplněními, a na tyto v podrobnostech odkázal.

31. Pověřená pracovnice žalovaného odkázala na učiněná písemná podání. Zdůraznila, že po ukončení postupů k odstranění pochybností byly vydány za všechna dotčená zdaňovací období dodatečné platební výměry, jež jsou nyní na základě žalobkyní podaného odvolání předmětem přezkumu ze strany Odvolacího finančního ředitelství. Podle jejího názoru tak má být nynější zásahová žaloba s ohledem na svou subsidiaritu vůči řádnému opravnému prostředku (odvolání proti dodatečným platebním výměrům) odmítnuta. Posouzení věci soudem 32. Soud předesílá, že všech 24 výzev k odstranění pochybností bylo žalovaným dne 18. 12. 2024 dodáno do datové schránky Ing. Radka Lančíka (ID datové schránky „skg6t7t“), přičemž dle žalovaným předložených doručenek těchto datových zpráv byly doručeny shodně dne 30. 12. 2024 ve 23:59 hodin. Z žalovaným rovněž předložené plné moci ze dne 16. 4. 2019 soud zjistil, že žalobkyně zmocnila Ing. Radka Lančíka k zastupování „v rozsahu zákona č. 280/2009 Sb.“, a to ve všech daňových věcech; plná moc obsahuje určení datové schránky zmocněnce „skg6t7t“ jako schránky k doručování písemností. Plná moc byla zaslána žalovanému z datové schránky žalobkyně, a nadto byla opatřena elektronickým podpisem Ing. Radka Lančíka. Soud proto konstatuje, že výzvy k odstranění pochybností byly žalobkyni doručeny prostřednictvím určené datové schránky jejího zmocněnce dne 30. 12. 2024. Jelikož žalobkyně podala posuzovanou žalobu na ochranu před nezákonným zásahem již dne 27. 2. 2025 (doručením datové zprávy do datové schránky soudu), je bez dalšího zjevné, že žaloba nemohla být podána opožděně, neboť byla podána před uplynutím dvou měsíců od okamžiku, kdy se žalobkyně o vydání výzev k odstranění pochybností prokazatelně dozvěděla [srov. § 84 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“)].

33. Žalobkyně v žalobě sice netvrdila, že před podáním žaloby uplatnila stížnost dle § 261 odst. 1 daňového řádu proti vydání výzev k odstranění pochybností (resp. proti vedení postupů k odstranění pochybností) a že požádala dle § 261 odst. 6 téhož zákona nadřízeného správce daně o prošetření způsobu vyřízení takové stížnosti. S ohledem na závěry rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu plynoucí z jeho rozsudku ze dne 5. 12. 2017, č. j. 1 Afs 58/2017–42, však již nadále nelze tyto procesní instituty považovat ve smyslu § 85 s. ř. s. za tzv. „jiné prostředky ochrany nebo nápravy“, které by bylo pro účely přípustnosti zásahové žaloby směřující vůči trvajícímu zásahu třeba bezvýsledně vyčerpat před samotným podáním žaloby (srov. body 36 až 47 odkazovaného rozsudku).

34. Pro úplnost soud poznamenává, že neshledal zjevný nedostatek speciální podmínky řízení představované plausibilním tvrzením nezákonného zásahu [§ 46 odst. 1 písm. a) ve spojení s § 82 s. ř. s.]. Nedostatek této podmínky řízení by musel být již ze samotného žalobního vymezení zásahu na první pohled zřejmý, aby bylo možné bez meritorního posouzení žaloby konstatovat, že v žalobě označené jednání (či opomenutí) žalovaného nemůže za žádných okolností být nezákonným zásahem ve smyslu příslušné legislativní zkratky (§ 82 s. ř. s.). Správní soudy přitom běžně meritorně projednávají žaloby na ochranu před nezákonnými zásahy spočívajícími v postupu k odstranění pochybností, aniž by považovaly za zjevné, že uvedený postup správce daně nemůže za žádných okolností představovat nezákonný zásah ve smyslu § 82 s. ř. s. (k tomu srov. např. rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 11. 5. 2017, č. j. 11 A 168/2016–64, rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové, pobočky v Pardubicích ze dne 13. 11. 2013, č. j. 52 Af 37/2013–36). Že postup k odstranění pochybností (a tedy logicky i jeho nezákonné zahájení) může představovat nezákonný zásah, ostatně uvedl Nejvyšší správní soud v bodu 18 rozsudku ze dne 27. 3. 2019, č. j. 1 Afs 120/2018–27: „některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samostatného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru. Jinými slovy, pro možnost obrany není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr, bude–li vůbec vydán.“ Soud se tedy neztotožňuje s námitkou žalovaného, že samotným věcným projednáním nynější žaloby vstoupí soud do pozice „supervizora“ prvostupňových správců daně.

35. Nic tak nebránilo tomu, aby soud přistoupil k věcnému posouzení, tedy zodpovězení otázky důvodnosti podané žaloby. Soud na tomto místě pro úplnost poznamenává, že žaloba byla podána sice původně jako zápůrčí, nicméně s eventualitou změny žalobního návrhu na pouhou deklaraci nezákonnosti zásahu, dojde–li před rozhodnutím soudu ve věci samé k ukončení postupů k odstranění pochybností. S ohledem na takto formulovaný žalobní petit soud již poté, co žalovaný potvrdil, že postupy k odstranění pochybností byly dne 16. 6. 2025 ukončeny, formálně nerozhodoval o připuštění změny žaloby, a rozhodoval tak bez dalšího toliko o žalobě na určení, že vymezené zásahy žalovaného byly nezákonné.

36. Podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu je úspěch zásahové žaloby závislý na kumulativním splnění pětice podmínek. Žalobce musí být přímo (1. podmínka) zkrácen na svých právech (2. podmínka) nezákonným (3. podmínka) zásahem správního orgánu v širším smyslu, který není rozhodnutím (4. podmínka), a byl zaměřen přímo proti němu, nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo (5. podmínka). Není–li byť jediná z uvedených podmínek splněna, nelze ochranu podle § 82 a násl. s. ř. s. poskytnout (srov. zejména rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 3. 2025, č. j. 2 Aps 1/2005–65).

37. Soud nemá pochybnosti o tom, že žalobkyní vymezený zásah (vydání výzev k odstranění pochybností, resp. zahájení postupu k odstranění pochybností) byl přímo zaměřen vůči žalobkyni, neboť výzvy k odstranění pochybností jí žalovaný adresoval jakožto daňovému subjektu v rámci daňového řízení a týkaly se daňové povinnosti žalobkyně k DPH za příslušná zdaňovací období. Výše uvedená 5. podmínka důvodnosti zásahové žaloby tudíž byla dána. Obdobně nemůže být pochyb ani o splnění 4. podmínky, neboť postup k odstranění pochybností (ani výzva, která takový postup zahajuje) dle § 89 daňového řádu podle ustálené a jednotné judikatury správních soudů nesplňuje materiální ani formální znaky rozhodnutí ve smyslu legislativní zkratky obsažené v § 65 odst. 1 s. ř. s.

38. Dále soud vážil, je–li splněna 2. podmínka úspěchu zásahové žaloby, tedy zda vymezeným zásahem byla žalobkyně zkrácena na svých právech. K tomu je nutné předeslat, že Nevyšší správní soud v bodu 53 svého rozsudku dne 9. 5. 2016, č. j. 8 Afs 76/2015–58, shledal, že „některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru. Jinými slovy, pro možnost obrany není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr, bude–li vůbec vydán“. V bodu 54 téhož rozsudku pak s odkazem na svůj dřívější rozsudek ze dne 25. 6. 2014, č. j. 1 Aps 20/2013–61, doplnil, že „překročí–li správce daně zákonný rámec pro postup k odstranění pochybností, zasahuje do subjektivního veřejného práva daňového subjektu na to, aby nebyl ve své autonomii omezován kroky správního orgánu jinak, než jak stanoví zákon. Daňový subjekt má vůči správci daně právo, aby správce daně využíval postupu k odstranění pochybností pouze k účelům, ke kterým tento procesní nástroj slouží“.

39. V již výše zmíněném rozsudku ze dne 25. 6. 2014, č. j. 1 Aps 20/2013–61, přitom Nejvyšší správní soud vyšel z nálezu Ústavního soudu ze dne 1. 6. 2005, sp. zn. IV. ÚS 29/05 (N 113/37 SbNU 463), s tím, že „pokud jde o stanovení, zjišťování a vymáhání daňové povinnosti jednotlivce, správci daně mají při své činnosti respektovat mantinely stanovené ústavním právem. Pokud jde o proceduru zjišťování, ověřování a vymáhání daňové povinnosti, je správce daně vázán ustanovením čl. 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, podle něhož lze státní moc uplatňovat jen v případech a v mezích stanovených zákonem, a to způsobem, který zákon stanoví“ (srov. bod 37 daného rozsudku). Na to navázal v bodě 38 téhož rozsudku, shledav, že „stěžovatel (tj. finanční úřad jako prvostupňový správce daně; pozn. zdejšího soudu) proto měl v souladu se zásadou legality povinnost postupovat podle zákona, zde tedy daňového řádu. Pochybení stěžovatele lze spatřovat v nesprávném použití postupu k odstranění pochybností. Stěžovatel se z výše uvedených důvodů nedržel v mezích zákonem předpokládané procedury a postup k odstranění pochybností využil způsobem, který je zaměnitelný s běžným využitím daňové kontroly“.

40. Výše předestřené závěry judikatury Nejvyššího správního soudu vedly zdejší soud k závěru, že v případě tvrzeného nezákonného zahájení postupu k odstranění pochybností bude v zpravidla 2. podmínka úspěchu zásahové žaloby splněna. S ohledem na povahu zkrácených práv daňového subjektu, vůči kterému byl (dle žalobních tvrzení) postup k odstranění pochybností zahájen v rozporu se zákonem, přitom také bude zpravidla splněna související 1. podmínka úspěchu žaloby, neboť právo daňového subjektu na to, aby správce daně při své činnosti respektoval mantinely stanovené ústavním právem, bude z logiky věci zkráceno přímo. Přitom v nyní posuzované věci lze konstatovat, že žalobkyní vymezený zásah žalovaného svými individuálními okolnostmi nikterak relevantně nevybočuje z rámce běžných dopadů naříkaného typového postupu správce daně v daňovém řízení, a soud proto nemá důvod se domnívat, že jím snad nebylo do práv žalobkyně (přímo) zasaženo.

41. Soud tedy pro přehlednost shrnuje, že 1., 2., 4. a 5. podmínku úspěchu zásahové žaloby shledal v posuzované věci splněnými. Dále se proto zabýval posouzením, zda žalobou vymezený zásah byl s ohledem na žalobkyní tvrzené okolnosti nezákonným (tj. 3. podmínky úspěchu žaloby).

42. Soud na tomto místě považuje za nezbytné zdůraznit, že žalobkyně postavila svou žalobu na předpokladu, že výzvy k odstranění pochybností neměly být žalovaným vůbec vydány. Zmiňovala–li pak dále v žalobě nezákonnost samotných postupů k odstranění pochybností, činila tak vždy právě v návaznosti na tento předpoklad (a naopak netvrdila nic ohledně nezákonnosti jakéhokoli dalšího počínání, resp. nečinnosti, žalovaného v rámci již zahájených postupů k odstranění pochybností). Přesvědčení o nezákonnosti postupů k odstranění pochybností tedy evidentně stavěla plně na tvrzené nezákonnosti jejich zahájení, tj. na nezákonnosti vydání výzev k odstranění pochybností. Až v rámci doplnění žaloby ze dne 7. 11. 2025, tedy po skončení daných postupů k odstranění pochybností, žalobkyně nově kritizovala, že žalovaný v jejich rámci nepřihlédl k výpovědím 56 svědků z přípravného trestního řízení a neprovedl jejich hodnocení. Jak soud ovšem vysvětlí níže, i pokud by měl být právní názor žalovaného na otázku vlastní vázanosti rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501 nesprávný, a souvztažné nepřihlédnutí k žalobkyní označeným výpovědím z přípravného trestního řízení by tak mělo být nahlíženo jako pochybení žalovaného při zjišťování skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně, nezakládalo by takové dílčí pochybení ex tunc (od počátku) nezákonnost zahájení ani dalšího vedení postupů k odstranění pochybností jako celku.

43. Zákonné náležitosti výzvy k odstranění pochybností jsou upraveny v § 89 daňového řádu, dle jehož jednotlivých odstavců platí, že má–li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností (odst. 1). Ve výzvě správce daně uvede své pochybnosti způsobem, který umožní daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností (odst. 2). Ve výzvě daňovému subjektu stanoví správce daně lhůtu k odstranění pochybností, která nesmí být kratší než 15 dnů, a poučí ho o následcích spojených s neodstraněním pochybností nebo nedodržením stanovené lhůty (odst. 3).

44. Již ve vztahu k právní úpravě předchůdce institutu postupu k odstranění pochybností, tj. vytýkacího řízení dle § 43 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, rozšířený senát Nejvyššího správního soudu vyjádřil ve svém usnesení ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 110/2007–102, č. 1729/2008 Sb. NSS, názor, že ve výzvě správce daně „musí být uvedeny konkrétní skutkové důvody zakládající pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového přiznání nebo hlášení, popř. dodatečného daňového přiznání nebo následného hlášení a dalších písemností předložených daňovým subjektem, nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených. Výzva odkazující pouze na příslušný řádek takového přiznání či hlášení nebo takové písemnosti tomuto požadavku zpravidla neodpovídá“. Citovaný závěr je přitom přenositelný i na výzvu k odstranění pochybností, neboť byl posléze do textu § 89 odst. 1 daňového řádu jako předpoklad vydání výzvy výslovně zakotven. Absence popisu pochybností či konkrétních skutkových důvodů, které by je zakládaly, tak bude jednou z možných příčin nezákonnosti výzvy k odstranění pochybností. Konkrétnost pochybností (skutkových důvodů, na nichž se takové pochybnosti zakládají) je nezbytným předpokladem dodržení imperativu zakotveného v navazujícím § 89 odst. 2 daňového řádu, dle kterého musí způsob uvedení pochybností umožňovat daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal, a dosáhl tak odstranění sdělených pochybností. Konečně tentýž zákon v odst. 3 daného ustanovení limituje patnácti dny minimální délku lhůty, kterou správce daně ve výzvě k odstranění pochybností daňovému subjektu stanoví k odstranění pochybností. Proto by bylo lze označit za nezákonnou takovou výzvu k odstranění pochybností se stanovenou lhůtou kratší patnácti dní. Srovnatelně by byla nezákonná i výzva, která by neobsahovala poučení o následcích spojených s neodstraněním pochybností ve stanovené lhůtě (srov. rovněž § 89 odst. 3 daňového řádu).

45. Nad rámec výše uvedených možných příčin nezákonnosti výzvy k odstranění pochybností, jež plynou bez dalšího z aplikovatelné právní úpravy, byly judikaturou správních soudů precizovány i další takové příčiny. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 25. 6. 2014, č. j. 1 Aps 20/2013–61, shledal, že „postup k odstranění pochybností (…) je procesním prostředkem k neprodlenému a bezprostřednímu zjištění či ověření řádného splnění daňových povinností daňovým subjektem, který je prioritním nositelem břemene tvrzení a tomu odpovídajícímu břemene důkazního. Legislativní koncepce daňové kontroly a postupu k odstranění pochybností nedává správci daně ničím neomezenou možnost vybírat, který postup při správě daní v konkrétním případě zvolí a jak dlouho a v jaké intenzitě v něm bude pokračovat. Postup k odstranění pochybností nesmí být volně zaměňován s daňovou kontrolou“. Vzájemný vztah postupu k odstranění pochybností a daňové kontroly tentýž soud blíže rozvedl v rozsudku ze dne 25. 1. 2017, č. j. 4 Afs 182/2016–18, s tím, že „pokud jde o zacílení svého prověřování, má správce daně široké správní uvážení, které je limitováno v zásadě jen podmíněným zákazem opakovaných daňových kontrol v § 85 odst. 5 daňového řádu a obecnou zásadou proporcionality. Jakmile si však správce daně stanoví rozsah otázek, které hodlá prověřit, nemůže volně vybírat, jaký z postupů upravených v daňovém řádu bude aplikovat, ale musí respektovat zákonem stanovené podmínky pro uplatnění jednotlivých postupů a současně základní zásady správy daní, zejména v podobě povinnosti šetřit práva a právem chráněné zájmy osob zúčastněných na správě daní“ (bod 44 rozsudku). V navazujícím bodu 45 dodal, že „postup k odstranění pochybností je postupem časově i věcně koncentrovaným, který při správném použití je s ohledem na očekávanou rychlost a bezprostřednost postupem nejhospodárnějším a současně nejšetrnějším k dotčenému daňovému subjektu. Daňový subjekt není zatížen povinností předkládání komplexní účetní dokumentace, dopředu ví, jakou skutečnost správce daně považuje za spornou, a mnohdy si vystačí s písemnou komunikací. Proto v situaci, kdy správce daně má konkrétní pochybnost o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti daňových tvrzení a současně necítí potřebu širšího prověřování povinností daňového subjektu nad rámec této konkrétní pochybnosti, je v zásadě povinen využít institut postupu k odstranění pochybností podle § 89 daňového řádu, neboť tak dosáhne cíle správy daní v podobě správného vyměření daně nejrychleji a s nejmenším zatížením daňového subjektu. Okamžité použití daňové kontroly, jakkoliv jde o postup výslovně daňovým řádem co do podmínek využití nejméně limitovaným, s cílem izolovaného ověření pouze předem jasně vymezené pochybnosti by bylo postupem nešetrným k právům daňového subjektu, a tedy nepřípustným. V takové situaci má přednost pro tyto případy určený postup k odstranění pochybností“ (bod 45 téhož rozsudku). Nejvyšší správní soud tak uzavřel, že „daňový řád tedy vyžaduje, aby správce daně v případě izolovaného prověřování konkrétní pochybnosti využil postupu k odstranění pochybností jako oboustranně nejhospodárnějšího procesního rámce a teprve, pokud se ukáže, že takový rámec je s ohledem na podobu a obsah komunikace ze strany daňového subjektu, popř. nově zjištěné skutečnosti příliš těsný, nasadil mnohem robustnější a oboustranně více zatěžující mechanismus v podobě daňové kontroly. Pokud by ovšem správce daně měl již předem dostatečně silné důvody se domnívat, že postup k odstranění pochybností podle § 89 daňového řádu nebude postačovat, může zahájit pro tuto konkrétně specifikovanou pochybnost daňovou kontrolu ihned (viz rozsudek Krajského soudu v Ostravě ze dne 20. 2. 2014, č. j. 22 A 123/2013–27, č. 3140/2015 Sb. NSS). Důvodem pro takový výjimečný postup mohou být především zkušenosti z komunikace s daňovým subjektem či informace zjištěné v souvislosti s prověřováním pochybností podobného rázu u tohoto subjektu, které vedly k „překlopení“ postupu k odstranění pochybností do daňové kontroly již za předcházející zdaňovací období. Dalším důvodem by mohla být povaha pochybností, jestliže by již na počátku bylo zřejmé, že v rámci jejich prověřování se nebude možné vyhnout provádění takového dokazování, které nebude možné ukončit v časově limitujících mezích postupu k odstranění pochybností“ (bod 47 téhož rozsudku).

46. Především optikou výše citovaných ustanovení právních předpisů a judikatorních závěrů následně soud hodnotil důvodnost žalobní argumentace namítající nezákonnost vydání dotčených výzev k odstranění pochybností (tedy zahájení postupů k odstranění pochybností).

47. Prvnímu z žalobkyní namítaných důvodů nezákonnosti vydání výzev k odstranění pochybností soud nepřisvědčil. Daňový řád (ani jiný právní předpis, jímž je žalovaný při správě daní vázán) totiž nezapovídá odůvodnit výzvu k odstranění pochybností skutečnostmi, jimiž předtím správce daně odůvodnil výzvu k podání dodatečného daňového přiznání. Podle § 145 odst. 2 daňového řádu toliko platí, že pokud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu. Nevyhoví–li daňový subjekt této výzvě ve stanovené lhůtě, může správce daně doměřit daň podle pomůcek. Ani výše citované ustanovení § 89 odst. 1 a 2 daňového řádu nevylučuje, aby z téhož důvodu, pro který byla vydána výzva k podání dodatečného daňového tvrzení, byl správcem daně (poté, co daňový subjekt reaguje formálním či materiálním dodatečným tvrzením s nulovou výší změny) zahájen postup k odstranění pochybností prostřednictvím vydání výzvy k odstranění pochybností. Takový postup ostatně výslovně připouští Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 19. 7. 2023, č. j. 9 Afs 209/2022–42, jehož se žalobkyně sama v žalobě dovolávala. Z bodů 20 a 21 daného rozsudku dle zdejšího soudu toliko vyplývá, že aby byl navozen účinek oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení [§ 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu, tj. prodloužení lhůty pro stanovení daně o jeden rok], musí tato výzva vést k doměření daně a současně musí mezi vydáním výzvy a doměření daně existovat blízká věcná (a pravidelně i časová) souvislost. V odkazované věci Nejvyšší správní soud takovou blízkou věcnou souvislost neshledal, pročež dospěl k závěru, že výzva k podání dodatečného daňového tvrzení (nikoli výzva k odstranění pochybností) byla z tohoto důvodu toliko formálním úkonem, činěným správcem daně patrně za účelem prodloužení lhůty pro stanovení daně. Z logiky věci tak mohlo být důsledkem Nejvyšším správním soudem shledaného pochybení, že oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení v dané věci nemělo účinek předpokládaný § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu, a proto neměla být (z důvodu uplynutí lhůty pro stanovení daně) následně vydána ani výzva k odstranění pochybností. To však není případ nyní posuzované věci, neboť (jak trefně poznamenal žalovaný) lhůta pro stanovení daně v nyní posuzované věci již uplynula před vydáním výzev k podání dodatečného daňového tvrzení, a až v důsledku právní moci rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 tak bylo umožněno podle § 148 odst. 6 daňového řádu „daň stanovit do konce druhého roku následujícího po roce, v němž nabylo rozhodnutí soudu právní moci, bez ohledu na to, zda již uplynula lhůta pro stanovení daně“ (zdůraznění doplněno soudem). V nyní posuzované věci se tedy žalovaný při vydání výzev k podání dodatečného daňového tvrzení vůbec nepohyboval v režimu prodloužení lhůty ke stanovení daně dle § 148 odst. 2 daňového řádu, nýbrž až po uplynutí této lhůty vydal výzvy k podání dodatečných daňových přiznání na základě § 148 odst. 6 téhož zákona, tedy bez ohledu na to, že již lhůta pro stanovení daně uplynula. Ani případný (žalobkyní namítaný) nedostatek blízké věcné a časové souvislosti mezi vydáním výzev k podání dodatečných daňových tvrzení a vydáním výzev k odstranění pochybností tedy nemohl mít z hlediska oprávnění žalovaného jako správce daně doměřit daň v nyní posuzované věci jakoukoli relevanci.

48. Závěrem k danému (prvnímu) žalobnímu bodu soud poznamenává, že blízkost (či až totožnost) důvodů vydání výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení s důvody vydání výzvy k odstranění pochybností z povahy věci nemůže bez dalšího být důvodem nezákonnosti výzev k odstranění pochybností. Pokud se totiž správce daně jinak než na základě provedené daňové kontroly dozví o skutečnostech, na jejichž základě může důvodně předpokládat, že daň bude doměřena, má zpravidla nejprve vyzvat daňový subjekt dle § 145 odst. 2 daňového řádu k podání dodatečného daňového tvrzení (dát subjektu prostor k nápravě), a to v zájmu respektování implicitní zákonné hierarchie postupů správce daně (k tomu srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014–55, č. 3566/2017 Sb. NSS). Bude–li pak daňový subjekt reagovat na výzvu k podání dodatečného daňového přiznání podáním (alespoň v materiálním smyslu) na nulovou dodatečnou daň, bylo by zcela nelogické, až absurdní, požadovat následně po správci daně, aby své pochybnosti zejména o správnosti či pravdivosti tohoto dodatečného daňového tvrzení založil na zcela jiných skutkových důvodech než svůj předchozí předpoklad o budoucím doměření daně. Daňovému subjektu by tím totiž byla bezdůvodně dána možnost svým „nesouhlasným“ nulovým dodatečným daňovým tvrzením jednostranně zabránit správci daně v zahájení postupu k odstranění pochybností. Platí přitom, že je to primárně správce daně, kdo rozhoduje o způsobu vedení daňového nalézacího řízení a v jeho rámci o uplatňování dílčích postupů při správě daní. I proto tedy soud setrvává na názoru, že žalobkyní namítaná totožnost odůvodnění výzev k podání dodatečných daňových přiznání a výzev k odstranění pochybností nezakládá nezákonnost žalovaným vydaných výzev k odstranění pochybností.

49. Pokud pak žalobkyně v této souvislosti namítala, že měl žalovaný namísto postupů k odstranění pochybností zahájit daňovou kontrolu, poukazuje soud na výše postulovanou hierarchii postupů při správě daní, jak ji shledal rozšířený senát Nejvyššího správního soudu v usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014–55, a dodává, že s touto byl sporovaný postup žalovaného zcela souladný. Rovněž v bodu 13 odůvodnění rozsudku ze dne 20. 12. 2022, č. j. 6 Afs 390/2021–31, Nejvyšší správní soud za procesně obdobné situace konstatoval, že „měl–li žalovaný s ohledem na zjištění učiněná z předchozích ukončených daňových kontrol poznatky týkající se správnosti daně vyměřené za zdaňovací období roku 2017, byl oprávněn tyto pochybnosti právě v návaznosti na reakci stěžovatelky odstranit, a to postupem, který ve výsledku stěžovatelku nejméně zatížil. V této souvislosti Nejvyšší správní soud odkazuje na závěry obsažené v rozsudku ze dne 5. 3. 2020, č. j. 1 Afs 441/2019–29 (viz bod 18), byť vyslovené v souvislosti se skutečnostmi rozhodnými pro běh prekluzivní lhůty pro stanovení daně, dle kterých lze v návaznosti na reakci daňového subjektu na výzvu správce daně k podání dodatečného daňového tvrzení použít též postupu k odstranění pochybností (§ 89 daňového řádu)“. K tomu Nejvyšší správní soud v bodě 14 téhož rozsudku dodal, že „pokládá (…) stěžovatelkou požadované vedení daňové kontroly v rámci doměřovacího řízení za zcela nadbytečné a nehospodárné, příčící se zásadě zdrženlivosti a přiměřenosti podle § 5 odst. 3 daňového řádu, a to zvláště v situaci, kdy stěžovatelka mohla v rámci žalovaným zvoleného přiměřeného, šetrnějšího a méně invazivního postupu uplatnit veškeré své nesouhlasné argumenty v reakci na vydanou výzvu“. V nyní posuzované věci tak působí argumentace žalobkyně, dle níž měl žalovaný namísto postupu k odstranění pochybností zvolit (dle vnímání soudu) výrazně více omezující a invazivní postup v podobě daňové kontroly, zcela účelově, a navíc o to nesmyslněji, tvrdí–li žalobkyně zkrácení svého práva na informační sebeurčení (takové zkrácení či dotčení by bylo dle názoru soudu podstatně závažnější právě v případě provádění daňové kontroly).

50. Pokud žalobkyně v podání ze dne 7. 11. 2025 dodatečně odůvodnila svou preferenci daňové kontroly před postupem k odstranění pochybností tím, že první z uvedených postupů by lépe umožnil správné stanovení daně, vměšovala se tímto neopodstatněně do sféry uvážení žalovaného jakožto správce daně. Je věcí správce daně zvolit při prověřování daňové povinnosti takový zákonný postup, jehož uplatnění daná procesní situace nebrání co do zákonnosti, a který se jemu samotnému jeví být způsobilým k zajištění správnosti stanovení daně. Stejně tak je to totiž správce daně, kdo dbá, aby skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji, a není v tom vázán jen návrhy daňových subjektů (srov. § 92 odst. 2 daňového řádu). Ostatně samotné zahájení postupu k odstranění pochybností obecně nevylučuje, že daný postup bude ukončen právě zahájením daňové kontroly (viz § 89 odst. 4 daňového řádu). To je však věcí uvážení a procesní strategie správce daně, přičemž finální posouzení toho, zda jím zvolený postup nakonec vedl ke správnému zjištění a stanovení daně, lze činit pouze ex post, a to přezkoumáním výsledného rozhodnutí o stanovení (doměření) daně.

51. Druhý žalobní bod poukazoval na nezákonnost zásahu v souvislosti s údajnou neplatností dohody o vině a trestu, která byla schválena rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501. Směřoval přitom k závěru, že Krajský soud v Ústí nad Labem pochybil, pokud takovouto dohodu uvedeným rozsudkem schválil. Žalobkyně však v rámci tohoto žalobního bodu již neuvedla, proč se domnívá, že by (tvrzené) pochybení trestního soudu v řízení sp. zn. 2 T 1/2024–501 mělo zapříčiňovat nezákonnost vydání výzev k odstranění pochybností. Jinými slovy, z konstrukce daného žalobního bodu není zřejmé, jaký závazný právní předpis (a jaké jeho ustanovení) snad měl žalovaný porušit při vydání výzev k odstranění pochybností. Žalobkyně se v daném bodu vymezila pouze vůči postupu soudu v trestním řízení. Už vůbec pak není patrné, jak by ostatně mohl žalovaný v době vydání výzev k odstranění pochybností (dne 18. 12. 2024) vědět o (žalobkyní až v žalobě namítaném) nedostatku zmocnění Ing. Radka Lančíka ke sjednání dohody o vině a trestu za žalobkyni či o nedostatku podmínek pro schválení dohody o vině a trestu soudem, a proč by tedy taková obrana žalobkyně měla u žalovaného vyloučit vznik pochybností, které později učinil obsahem následných výzev k odstranění pochybností. Žalobkyně totiž v reakci na výzvy žalovaného k podání dodatečných daňových tvrzení namítala pouze skutečnost zrušení rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 v části výroku o náhradě škody, a také že ve vztahu ke zdaňovacím obdobím září 2015 až prosinec 2015 se žalovaný neměl důvod domnívat, že dojde k doměření daně (jak soud zjistil z žádosti žalobkyně o prodloužení lhůty z 20. 10. 2024 a z textové přílohy k dodatečnému daňovému přiznání za měsíc listopad 2015). Není úkolem soudu, aby za žalobkyni v řízení o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem tuto chybějící část argumentačního řetězce jakkoli doplňoval, neboť takovým postupem by nepřípustně vykročil z role nestranného arbitra daného právního sporu. Soud proto může pouze konstatovat, že z žalobního tvrzení o pochybení trestního soudu v otázce rozsahu zmocnění Ing. Lančíka ke sjednání dohody o vině a trestu za žalobkyni či v otázce řádnosti jeho prohlášení o tom, že se skutek popsaný v dohodě stal, bez dalšího (automaticky) nevyplývá nezákonnost vydání výzev k odstranění pochybností.

52. Na okraj a nad rámec potřebného odůvodnění soud poznamenává, že je s podivem, dovolává–li se žalobkyně soudní ochrany proti výzvám (a postupům) k odstranění pochybností také s argumentem neplatnosti dohody o vině a trestu, aniž předtím námitku neplatnosti dohody uplatnila v rámci řádného opravného prostředku vůči samotnému rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501. Taková procesní taktika působí ryze účelově a nevěrohodně. Žalobkyně ostatně nepředestřela žádné rozumné vysvětlení toho, proč i přes údajný nedostatek zmocnění nechala Ing. Lančíka za ni před soudem v hlavním líčení jednat a nesporovala jeho zástupčí oprávnění, měla–li za to (alespoň tedy podle svých žalobních tvrzení), že rozsah svého zmocnění překročil. Žalobkyně k tomu měla bezesporu příležitost při hlavním líčení. Soud totiž z odst. 2 odůvodnění rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 zjistil, že hlavnímu líčení konanému před Krajským soudem v Ústí nad Labem dne 26. 4. 2024 ve věci sp. zn. 2 T 1/2024 byl kromě Ing. Lančíka přítomen osobně též Ing. Jaroslav Hudec; ten byl ještě v době konání hlavního líčení jednatelem žalobkyně a mohl za ni jednat samostatně (jak soud zjistil z Úplného výpisu z obchodního rejstříku žalobkyně ze dne 11. 11. 2025, který opatřil z vlastní iniciativy a provedl jím důkaz při jednání).

53. Pod třetím žalobním bodem žalobkyně namítala, že uznání viny, učiněné žalobkyní v trestním řízení vedeném u zdejšího soudu pod sp. zn. 2 T 1/2024, sloužilo pouze pro účely sjednání dohody o vině a trestu, pročež takové uznání ve spojení s vyčíslením zkrácené daně (jak je uvedeno v textu dohody o vině a trestu) nemůže být pro žalovaného důkazem o zkrácení daně. Také tuto námitku shledal soud nedůvodnou ve vztahu k posuzování zákonnosti vydání výzev k odstranění pochybností, a to na základě níže podaných úvah.

54. Jak již soud výše uvedl, dle § 89 odst. 1 daňového řádu platí, že má–li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností. Pokud tedy žalobkyně v třetím žalobním bodu namítala, že žalobkyní v trestním řízení učiněné uznání viny ani ve spojení s vyčíslením zkrácené daně dle textu dohodu o vině a trestu nemůže pro správce daně být (nadto jediným) důkazem o zkrácení daně, zcela tím minula podstatu institutu výzvy k odstranění pochybností. Správce daně totiž ve výzvě k odstranění pochybností nepředestírá daňovému subjektu primárně svůj závěr o tom, že došlo ke zkrácení daně ani v jaké výši se tak stalo; předestírá naopak pochybnosti, které mu vznikly o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení (či jiné písemnosti) nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených. Tyto pochybnosti může následně daňový subjekt svou procesní aktivitou rozptýlit (a to by samozřejmě nebylo možné, pokud by již ve výzvě k odstranění pochybností měl správce daně zkrácení daně i jeho konkrétní výši „prokázat“, jak v žalobě postulovala žalobkyně). Žalobkyně se tak již ve fázi samotného vydání výzvy k odstranění pochybností poněkud předčasně upíná k otázce míry důkazu ohledně skutečností, jež mají být teprve v průběhu provádění postupu k odstranění pochybností ozřejměny.

55. Soud neopomněl, že žalobkyně v žalobě citovala body 31 a 32 nálezu Ústavního soudu ze dne 9. 5. 2023, sp. zn. III. ÚS 236/23. Ústavní soud zde shledal, že „z judikatury Nejvyššího soudu [srov. k tomu usnesení ze dne 25. 8. 2021 sp. zn. 5 Tdo 888/2021; rozhodnutí Nejvyššího soudu jsou dostupná pod https://www.nsoud.cz] plyne, že i při využití konsensuálních způsobů řešení trestních věcí (to znamená i při uzavírání dohod o vině a trestu – pozn. Ústavní soud) je nutno mít na paměti, že stále platí základní zásady trestního řízení, zejména zásada materiální pravdy (§ 2 odst. 5 tr. řádu). To konkrétně znamená, že orgány činné v trestním řízení by ani v těchto případech neměly rezignovat na zjištění skutečného stavu věci tak, aby o něm nebyly důvodné pochybnosti, a to ani tehdy, pokud se účastníci dohody o vině a trestu na takovém stavu věci shodli“ (bod 31). S opětovným odkazem na svůj nález ze dne 6. 12. 2022, sp. zn. III. ÚS 1420/22, pak Ústavní soud v bodu 32 navázal konstatováním, že „byl–li skutek v dohodě popsán tak, aby nemohl být zaměněn s jiným a aby bylo odůvodněno použití určité trestní sazby, tedy i nutně s vyčíslením výše škody, sloužil tento údaj výhradně ke sjednání dohody a založit na tomto popisu závěr o skutkovém stavu věci by bylo v rozporu s § 2 odst. 5 tr. řádu. Souhlasný projev vůle stěžovatelů s popisem skutku proto nelze bez dalšího vykládat současně jako deklaraci, že uvedenou škodu způsobili, neboť v daném případě neexistoval jiný způsob, jak by bylo možné sjednání dohody dosáhnout. Jak se přitom výslovně podává z obou shora citovaných dohod, stěžovatelé na jejich základě důvodně očekávali budoucí dokazování, jelikož souhlasili (společně s krajským státním zástupcem), že soud odkáže poškozené na řízení ve věcech občanskoprávních“. Zdejší soud však shledal, že žalobkyně vytrhla uvedené citace z širšího kontextu odůvodnění daného nálezu, čímž zastřela podstatné odlišnosti ve skutkovém i právním základu obou porovnávaných případů. V případě řešeném daným nálezem se jednalo nikoli o trestný čin zkrácení daně, poplatku a podobné povinné platby (§ 240 trestního zákoníku), nýbrž o trestný čin podvodu, resp. úvěrového podvodu (§ 209, resp. § 211 trestního zákoníku). V odkazované věci přitom odvolací trestní soud (ústavní stížností napadeným rozsudkem) částečně zrušil výrok prvostupňového rozsudku, a sice v rozsahu, v němž prvostupňový soud odkázal dva z poškozených s jejich nárokem na náhradu škody na řízení ve věcech občanskoprávních, přičemž o jejich nároku odvolací soud napadeným rozsudkem částečně rozhodl z důvodu, že obžalovaní uzavřením dohody o vině a trestu určitou minimální výši škody uznali (v nyní posuzované věci však postupoval odvolací vrchní soud zcela opačným způsobem, a plně v souladu s odkazovaným nálezem Ústavního soudu). V odkazované věci obžalovaní rovněž uzavřeli dohodu o vině a trestu a prvostupňový soud ji schválil, avšak jejich dohoda, stejně jako prvostupňový rozsudek, výslovně uváděly, že škodu způsobenou trestným činem nebylo možné přesně určit (na rozdíl od nyní posuzované věci, kde není znakem skutkové podstaty způsobená škoda, nýbrž zkrácená daň, a ta byla v rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 precizována jednoznačně na základě jednotlivých daňových dokladů náležejících k příslušným fiktivním zdanitelným plněním). V žádném případě pak z odkazovaného nálezu Ústavního soudu nevyplývá, že by byl nezákonný postup správce daně, který po právní moci rozsudku schvalujícího dohodu o vině a trestu za trestný čin zkrácení daně spáchaný obžalovaným (odsouzeným) daňovým subjektem vyzval subjekt k odstranění pochybností o pravdivosti následného dodatečného daňového přiznání uvedeného daňového subjektu, v němž (navzdory odsuzujícímu rozsudku) nebyla přiznána žádná změna daňové povinnosti.

56. Soud připomíná, že v předchozím odstavci odkazovaný nález Ústavního soudu (sp. zn. III. ÚS 236/23), resp. žalobkyní prezentovaná citace jeho části, má původ v dřívějším nálezu Ústavního soudu ze dne 6. 12. 2022, sp. zn. III. ÚS 1420/22. Konkrétně v bodu 60 odůvodnění posledně jmenovaného nálezu Ústavní soud vyslovil, že „byl–li skutek ve sjednané dohodě popsán tak, aby nemohl být zaměněn s jiným a aby bylo odůvodněno použití určité trestní sazby, tedy nutně i s vyčíslením výše škody, nelze rezignovat na spolehlivé prokázání skutkového stavu opatřenými důkazy ani dovozovat souhlas obviněného s jejím vyčíslením. Údaj o výši škody v popisu skutku slouží totiž v těchto případech výhradně ke sjednání dohody o vině a trestu. Založit na tomto popisu závěr o skutkovém stavu věci by však bylo v rozporu se zásadou vyjádřenou v § 2 odst. 5 tr. řádu“. Ani v tomto případě se však Ústavní soud v žádném ohledu nevyjadřoval k ústavnosti či zákonnosti případného následného postupu správce daně, který by odsouzený daňový subjekt po obdržení nulového dodatečného daňového tvrzení vyzval k odstranění pochybností plynoucích z nesouladu pozdějšího daňového tvrzení s pravomocným rozsudkem schvalujícím dohodu téhož daňového subjektu o vině a trestu za zkrácení daně. Podstata obou pojednávaných nálezů Ústavního soudu tkví v závěru, že soud je v trestním řízení povinen respektovat jasně vyjádřenou vůli obžalovaného, jenž sice uzavřel dohodu o vině a trestu, ale výslovně z rozsahu dohody vyloučil otázku rozsahu způsobené škody i své povinnosti k její náhradě poškozenému. Za této situace Ústavní soud trval na tom, aby samotná skutečnost, že součástí prohlášení o spáchání skutku může být v případě některých trestný činů nevyhnutelně i kvantifikace trestným činem způsobené škody, nebyla trestními soudy brána (v rozporu s jasnou vůlí obžalovaného) za automatické uznání odpovědnosti za škodu či minimální výše takové škody. Dle zdejšího soudu se proto žádný z těchto nálezů nedotýká právních otázek posuzovaných zdejším soudem v nynější věci.

57. Dle názoru soudu zde dále není žádný důvod vztahovat závěry obsažené v žalobcem citovaném bodu 20 nálezu Ústavního soudu ze dne 16. 10. 2024, sp. zn. I. ÚS 2299/23, na nyní posuzovanou věc. Ústavní soud tam sice konstatoval, že „také po prohlášení viny se později může ukázat, že odsouzený se trestného činu nedopustil. Není vyloučeno, že odsouzený mohl učinit prohlášení viny pod tíhou tehdejší důkazní nouze či jiných okolností s tím, že spolupráce s orgány činnými v trestním řízení mu přinese nižší trest nebo že se vyhne potenciálně traumatizujícímu průběhu trestního řízení. To je společný rys všech konsensuálních způsobů řešení trestní věci a rovněž principem, na němž tyto instituty v praxi reálně fungují. Pragmatické motivace odsouzených ke spolupráci s orgány činnými v trestním řízení v různých formách, včetně využití konsensuálních způsobů řešení trestní věci, nemohou být opomíjeny (k tomu srov. též body 40 až 44 odůvodnění nálezu sp. zn. II. ÚS 1873/23). Nemůže jít ani o důvod, pro který jsou jim upřena práva více, než je třeba. Na to mimo jiné upozorňuje část odborné veřejnosti“. Učinil tak na základě posuzování ústavní konformity výkladu ustanovení § 206c odst. 7 trestního řádu (ve znění zákona č. 333/2020 Sb.), k němuž dospěly trestní soudy v jím projednávané věci, a podle kterého nelze návrhem na obnovu (trestního) řízení účinně napadnout skutečnosti uvedené v prohlášení viny. Ve vztahu k nyní posuzované věci tak může zdejší soud pouze konstatovat, že žalobkyni nic nebránilo v tom, aby případně rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 sama návrhem na povolení obnovy řízení (jako mimořádným opravným prostředkem) napadla. Ani tento nález Ústavního soudu však v žádném případě neřešil ústavnost či zákonnost případného následného postupu správce daně, kterým by odsouzený daňový subjekt po obdržení nulového dodatečného daňového tvrzení vyzval k odstranění pochybností plynoucích z nesouladu takového daňového tvrzení s pravomocným rozsudkem vydaným po přijetí prohlášení viny odsouzeným daňovým subjektem.

58. Pokud žalovaný ve svém vyjádření ze dne 2. 10. 2025 odkázal mj. na odst. 18 až 22 rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 15. 8. 2025, č. j. 29 Af 54/2024–192, a vyjádřil názor, že v něm podané závěry vyvrací (přesněji neurčenou) argumentaci žalobkyně, s čímž následně žalobkyně v doplnění žaloby ze dne 7. 11. 2025 důsledně polemizovala, uvádí k tomu soud následující. Již z části I. odůvodnění odkazovaného rozsudku je zřejmé, že se daná věc netýkala toho, zda správce daně postupoval zákonně, vystavěl–li své pochybnosti ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu na existenci pravomocného trestního rozsudku, jímž byla schválena dohoda daňového subjektu o vině a trestu za zkrácení daně uplatněním nároku na odpočet DPH z fiktivních plnění. V odkazované věci bylo žalobou napadené rozhodnutí vydáno po nařízení obnovy řízení dle § 119 odst. 1 daňového řádu; obnova řízení byla nařízena po vydání trestního rozsudku, jímž byla schválena dohoda o vině a trestu mezi tehdejší žalobkyní, členem jejího statutárního orgánu a prokuristou a dozorující státní zástupkyní. Dle bodu 18 uvedeného rozsudku „státní zástupkyně vinila žalobkyni, jejího jednatele a prokuristu z toho, že předstírali dodávky materiálu od společnosti MARCEP jako plnění s nárokem na uplatnění odpočtu DPH, ačkoliv fakticky žalobkyně nakoupila materiál od svých dlouhodobých zahraničních dodavatelů. Žalobkyně a spolupachatelé taktéž měli předstírat nákup materiálu za výrazně zvýšenou cenu. Dotyční se k trestné činnosti přiznali. Ve výroku trestního rozsudku se dále uvádí, že žalobkyně, její jednatel a prokurista věděli o fiktivní povaze faktur vystavených společností MARCEP, přičemž žalobkyně financovala dopravu materiálu přímo od zahraničních dodavatelů do svých skladů a zajišťovala veškerou administrativu. Výrok trestního rozsudku taktéž uvádí, že žalobkyně se pokusila za zdaňovací období září 2014, říjen 2014, listopad 2014 a březen 2015 vylákat nadměrný odpočet DPH“. Krajský soud v Brně se tak nezabýval posouzením, zda lze existenci tehdejšího trestního rozsudku považovat za oprávněný důvod vzniku pochybností o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených. Zabýval se přezkumem závěru daňových orgánů o skutkovém stavu, který byl vyjádřen v platebních výměrech (konkrétně o fiktivnosti deklarovaných plnění). Naproti tomu soud v nyní posuzované věci hodnotí zákonnost zahájení postupů k odstranění pochybností, nikoli závěr žalovaného o skutkovém stavu věci, učiněný až ve fázi ukončení postupů k odstranění pochybností. Zda, a případně v jakém rozsahu, se přitom v nyní posuzované věci žalovaný v průběhu postupů k odstranění pochybností cítil být vázán rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501, je právě otázkou zjišťování skutkového stavu, nikoli otázkou zákonnosti zahájení postupů k odstranění pochybností. Její rozřešení zjevně není namístě v řízení o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem, nýbrž primárně v řízení o odvolání proti případnému dodatečnému platebnímu výměru. Žalobou na ochranu před nezákonným zásahem totiž není daňovému subjektu dáván nástroj k předstižnému posouzení správnosti závěru správce daně o skutkovém stavu. Ani nepovažoval–li by správce daně posléze, v rámci již zahájených postupů k odstranění pochybností, případné žalobkyní navržené důkazy k fakticitě deklarovaných zdanitelných plnění za relevantní (třeba z důvodu vlastního přesvědčení o vázanosti trestním rozsudkem) a trval–li by na odstranění pochybností právě prokázáním, že příslušný trestní rozsudek byl „procesně odklizen“, nemohl by takový postup žalobkyni přímo krátit na jejích právech, neboť k tomu by mohlo dojít jedině až s rozhodnutím o doměření daně, postaveném na tomto předpokladu; proti takovému rozhodnutí, a v něm popsaném závěru o skutkovém stavu, by pak žalobkyně byla oprávněna uplatnit řádný opravný prostředek, a proti pozdějšímu rozhodnutí o odvolání případně též správní žalobu dle § 65 a násl. s. ř. s. Opačný přístup by v konečném důsledku popíral subsidiární povahu zásahové žaloby. Soud tedy přisvědčuje žalobkyni, že odkaz žalovaného na rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 15. 8. 2025, č. j. 29 Af 54/2024–192, nebyl případný. Současně ale tato argumentace žalovaného v řízení o žalobě nemá žádný vliv na zákonnost zahájení dotčených postupů k odstranění pochybností.

59. Závěry vyslovenými v předchozím odstavci současně soud reaguje na námitku žalobkyně uplatněnou v podání ze dne 7. 11. 2025, podle níž žalovaný pochybil tím, že v průběhu (nyní již ukončených) postupů k odstranění pochybností neprovedl hodnocení výslechů 56 svědků, jež byly dříve provedeny v přípravném trestním řízení. Soud tedy na tomto místě už pouze opakuje, že k předstižnému posouzení správnosti postupu a závěrů správce daně ohledně skutkového stavu zásahová žaloba neslouží, neboť k tomu se daňovému subjektu nabízí řádný opravný prostředek v podobě odvolání proti rozhodnutí o stanovení daně, případně též správní žaloba dle § 65 a násl. s. ř. s. proti nepříznivému rozhodnutí o takovém odvolání. Ani pokud by žalobkyní sporovaný postup žalovaného představoval pochybení (což soud nijak nenaznačuje), zjevně by samo o sobě nemohlo dosahovat intenzity, kterou by snad žalobkyně neměla být s to před aktivací odvolacího přezkumu snášet, a pro níž by bylo třeba připustit věcný přezkum správnosti závěrů o skutkovém stavu již v řízení o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem. Soud pro úplnost poznamenává, že uvedeným směrem je však zaměřena pouze část žalobní argumentace o nezákonnosti vymezeného zásahu; proto nejde o důvod pro odmítnutí posuzované zásahové žaloby jako celku.

60. Ze zmíněného doplnění žaloby, datovaného dnem 7. 11. 2025, je soudu zřejmé, že si žalobkyně sama uvědomuje rozdíl mezi posuzováním zákonnosti zahájení postupů k odstranění pochybností na straně jedné, a přezkumem správnosti navazujícího vymezení okruhu skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně na straně druhé. To plyne již z toho, že si žalobkyně v daném podání správně povšimla, že žalovaný ve svém druhém vyjádření k žalobě retrospektivně dovozoval zákonnost vydání výzev k odstranění pochybností poukazem na (až později vydaný a pravomocný) rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 7. 1. 2025, č. j. 2 T 4/2023–13190, ve spojení s na něj navazujícím usnesením Vrchního soudu v Praze ze dne 17. 9. 2025, sp. zn. 8 To 63/2025, jímž byl ze spáchání totožného trestného činu uznán vinným obžalovaný Petr Kendík. Vydání dotčených výzev k odstranění pochybností však dle názoru soudu obstálo z hlediska zákonnosti už jen s přihlédnutím ke skutkovém stavu danému v době jejich vydání. Případné (žalobkyní dodatečně namítané) přesvědčení žalovaného o míře vlastní vázanosti i tímto trestním rozsudkem při utváření závěru o skutkovém stavu v širším rámci proběhnuvších postupů k odstranění pochybností pak rovněž postrádá pro účely posouzení důvodnosti nynější zásahové žaloby relevanci, jak soud vysvětlil již v předchozím odstavci tohoto rozsudku. Stejně nahlíží soud odkaz žalobkyně na body 16 a 18 rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 3. 4. 2025, č. j. 62 Af 23/2024–77, a bod 18 rozsudku téhož soudu ze dne 2. 10. 2025, č. j. 29 Af 5/2025–50, pakliže jím zamýšlela svou kritiku postoje žalovaného podpořit. Soud opětovně zdůrazňuje, že v posledně zmíněném rozsudku rozhodoval Krajský soud v Brně v řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu, v němž samozřejmě daňovému subjektu nic nebrání (a je zcela legitimní) uplatnit námitky sporující závěr daňových orgánů o skutkovém stavu, a to včetně s ním souvisejícího posouzení míry závaznosti toho kterého trestního rozsudku pro daňové orgány v konkrétním daňovém řízení. Obdobně je tudíž ve své podstatě předčasný argument žalobkyně, že povinnost správce daně provést dokazování i nad rámec skutkových okolností popsaných ve výroku trestního rozsudku plyne ze skutkového a procesního základu rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 4. 2025, č. j. 10 Afs 286/2024–39.

61. Pokud žalobkyně dále v třetím žalobním bodu namítala, že v dohodě o vině a trestu specifikovaná celková částka zkrácené daně 41 419 478,54 Kč za období leden 2014 až prosinec 2015 není ve skutečnosti správná, a snášela argumentaci pro závěr, že má být o 10 067 234 Kč nižší, činila tak ve vztahu k otázce zákonnosti vydání výzev k odstranění pochybností předčasně, a tedy nedůvodně. Jak soud uvedl již výše, výzva k odstranění pochybností stojí na samém počátku postupu k odstranění pochybností, a žalobkyně jako daňový subjekt, jemuž byly výzvy k odstranění pochybností žalovaným adresovány, mohla v rámci zahájených postupů ve vztahu k dodatečným daňovým přiznáním za zdaňovací období měsíců září 2015 až prosinec 2015 právě tuto (žalobní) argumentaci učinit obsahem svých odpovědí na výzvy (což po podání žaloby evidentně učinila, jak plyne z obsahu listin připojených k vyjádření žalovaného z 2. 10. 2025). Otázkou důvodnosti této argumentace by se pak zabýval správce daně v dalším průběhu postupu k odstranění pochybností. Obecně přitom platí, že i pokud by se v průběhu postupu k odstranění pochybností následně (ve světle odpovědi daňového subjektu na vydanou výzvu) ukázaly být pochybnosti správce daně lichými nebo byly jinak rozptýleny, bez dalšího by to ještě neznamenalo, že v počátku daného postupu stojící výzva k odstranění pochybností byla vydána nedůvodně, tedy v rozporu se zákonem. Je třeba opětovně zdůraznit, že postup k odstranění pochybností má spočívat v dialogu mezi správcem daně a daňovým subjektem. Vždy je tedy třeba předpokládat alespoň možnost existence obranných skutečností, které by daňový subjekt v odpovědi na výzvu k odstranění pochybností mohl předestřít správci daně, a v případě jejichž prokázání by správce daně seznal úspěšné odstranění pochybností. V opačném případě (tedy pokud by bylo apriorně vyloučeno odstranění pochybností), by totiž samozřejmě správcem daně sdělené skutečnosti nevyvolávaly pochybnosti, nýbrž jistotu o nesprávnosti, neprůkaznosti nebo neúplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o nepravdivosti údajů v nich uvedených. Soudu tak není z příslušné žalobní námitky zřejmé, proč by měla tvrzená jiná (nižší) celková výše zkrácené daně zakládat nezákonnost již samotných výzev k odstranění pochybností; žalobkyně své případné úvahy tímto směrem v žalobě nijak nevyjádřila, a soustředila se pouze na kritiku obsahu dohody vině a trestu, resp. rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501, jímž byl text uzavřené dohody převzat do jeho výrokové části.

62. Začtvrté byl dle žalobkyně vymezený zásah nezákonný proto, že dotčená plnění od Petra Kendíka v jednotlivých zdaňovacích obdobích nebyla fiktivní. Podle žalobkyně žalovaný nemohl prokázat, že tato plnění byla fiktivní, pokud nedisponoval účetnictvím Petra Kendíka. Soud se v tomto s žalobkyní neztotožňuje. Správce daně je oprávněn zahájit (vydáním výzev) postup k odstranění pochybností, pakliže má pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených (§ 89 odst. 1 daňového řádu). Implicitní požadavek žalobkyně, aby žalovaný před zahájením postupu k odstranění pochybností „vedl dokazování“ účetnictvím Petra Kendíka, a až po provedení a zhodnocení takového důkazu jakožto prokazujícího fiktivnost příslušných plnění teprve přistoupil k vydání výzev k odstranění pochybností, tedy fundamentálně popírá smysl zahájení postupu k odstranění pochybností. Žalobkyně jím totiž v konečném důsledku podmiňuje zákonnost výzvy k odstranění pochybností tím, že správce daně nejprve nesprávnost, neprůkaznost nebo neúplnost podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo nepravdivost údajů v nich uvedených prokáže. Ostatně, uvedla–li žalobkyně v žalobě, že jí není jasné, jak mohl žalovaný dospět bez účetnictví Petra Kendíka k tomu, že plnění byla fiktivní, nemůže toto soud považovat za vážně míněný argument. Už ze samotného obsahu žaloby je evidentní vědomost žalobkyně o tom, že žalovaný (ve výzvách prezentovanou) okolnost fiktivnosti plnění čerpal z rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501.

63. K souvisejícímu odkazu žalobkyně na rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 20. 10. 2022, č. j. 6 Af 14/2020–69, z něhož má vyplývat, že Petru Kendíkovi byla (s ohledem na absenci jeho účetnictví) doměřena daň za příslušná zdaňovací období podle pomůcek, soud upozorňuje, že zmíněný rozsudek byl vydán již v roce 2022, a z logiky věci tak nemohl reflektovat až dne 26. 4. 2024 vydaný rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501. Krom toho je nabíledni, že ani (případné) doměření daně Petru Kendíkovi dle pomůcek logicky nijak nevylučuje pozdější indicie o fiktivnosti plnění.

64. Žalobkyně také namítala nezákonnost výzev proto, že se neztotožnila s v nich vysloveným názorem žalovaného o jeho vázanosti pravomocným výrokem rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501. Podle žalobkyně totiž není tam pojednaný trestní skutkový stav totožný s daňovým skutkovým stavem této věci. K tomu soud předně uvádí, že žalobkyní odkazovaný bod 32 nálezu Ústavního soudu ze dne 9. 5. 2023, sp. zn. III. ÚS 236/23, takovou otázku vůbec neřeší, jak ostatně bylo podrobně rozebráno již výše (srov. odst. 55 odůvodnění tohoto rozsudku). Dále soud poznamenává, že dané výzvy k odstranění pochybností skutečně byly formulovány mj. tak, že fiktivnost plnění mezi žalobkyní a Petrem Kendíkem byla (tedy přinejmenším pro žalovaného) závazně vyřčena rozsudkem č. j 2 T 1/2024–501. Žalobkyní uplatněná výtka pak patrně směřuje k návodu žalovaného ohledně možného způsobu odstranění pochybností, vtělenému do příslušných výzev. Žalovaný totiž ve „výrokových“ částech výzev uvedl: „Předložte nebo navrhněte důkazní prostředky prokazující správnost a průkaznost nulových hodnot uvedených v DoDAP za zdaňovací období (…), kterými by současně bylo popřeno skutkové zjištění odsuzujícího rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem, sp. zn. 2 T 1/2024 ze dne 26. 4. 2024 o tom, že nedošlo k faktickému přijetí výše uvedených plnění od pana Petra Kendíka, a které by prokazovaly oprávněnost uplatnění nároku na odpočet daně z přidané hodnoty v souladu s ustanovením § 72 a § 73 zákona o DPH v řádném daňovém přiznání (…).“ V odůvodněních těchto výzev přitom žalovaný (jako odpověď na argumentaci žalobkyně obsaženou v příloze k dodatečným daňovým přiznáním) dodal, že „pochybnosti správce daně lze v projednávané věci odstranit nepochybně tak, že daňový subjekt prokáže, že po příslušných právních krocích (návrh na obnovu řízení, podnět k podání stížnosti pro porušení zákona) došlo k odstranění pravomocného odsuzujícího trestního rozsudku“.

65. Soud neshledal výše citovaný návod k odstranění pochybností v žádném ohledu nezákonným. Žalovaný v něm ostatně výslovně připustil možnost „popření“ (správně patrně „vyvrácení“; pozn. soudu) skutkového zjištění plynoucího z rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501, neboť právě k předložení či označení k tomu vedoucích důkazních prostředků žalobkyni ve výrokové části vyzýval. Ve výrokové části výzev k odstranění pochybností přitom výslovně nevyloučil žádné druhy případných důkazních prostředků. Pokud v části odůvodnění výzev žalovaný naznačil, že k odstranění pochybností by jistě vedlo předložení důkazů o tom, že rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 byl následně v důsledku uplatnění příslušných opravných prostředků procesně „odklizen“ (resp. pozbyl právní moci), neznamená to ještě dle vnímání soudu bez dalšího, že by správce daně nepřihlédl i k jinak orientovaným důkazním prostředkům, jež by žalobkyně v reakci na výzvy k odstranění pochybností mohla případně předložit. Žalovaný tímto pouze dostál judikaturou dovozené povinnosti poučit žalobkyni o tom, jak by bylo možné vyjádřené pochybnosti odstranit. Zákonnost takového poučení však nelze posuzovat předpokladem toho, jak bude žalovaný po případné reakci žalobkyně na tyto výzvy hodnotit stav přetrvání (či naopak odstranění) svých pochybností. To je otázkou až dalšího průběhu postupu k odstranění pochybností, který již zpětně nezákonnost vydaných výzev založit nemůže. Žalobkyně tak svou námitkou v podstatě cílila na předběžné posouzení případného budoucího závěru žalovaného o přetrvání pochybností. S ohledem na vymezení zásahu, jež je předmětem nynějšího soudního řízení, však jde o otázku zjevně předčasnou.

66. Soud tedy opakuje, že příkladmý návod k odstranění pochybností, jejž žalovaný vtělil do textu výzev k odstranění pochybností, nezákonnost těchto výzev nezakládá. Ostatně žalovaným zde rovněž vyjádřený názor, že jako správce daně je vázán výrokem rozsudku trestního soudu o tom, zda se stal trestný čin a kdo jej spáchal, je zcela v souladu s judikaturou Nejvyššího správního soudu. Například dle rozsudku uvedeného soudu ze dne 27. 11. 2024, č. j. 2 Afs 257/2023–53, „platí, že pokud je pravomocným rozhodnutím soudu v trestním řízení rozhodnuto o tom, že se určitá osoba dopustila trestného činu, je správce daně vyslovením viny v trestním rozsudku vázán. Obdobné závěry platí i pro vázanost soudu při přezkumu rozhodnutí správního (daňového) orgánu, protože podle § 52 odst. 2 s. ř. s. je soud vázán rozhodnutím soudů o tom, že byl spáchán trestný čin a kdo jej spáchal. Pokud je tedy pravomocným rozhodnutím soudu v trestním řízení rozhodnuto o tom, že se určitá osoba dopustila trestného činu, který spočívá ve skutku, který je zároveň podstatný pro rozhodnutí v daňovém řízení, musí v takovém případě správce daně z tohoto závěru vycházet“ (srov. bod 37 odkazovaného rozsudku). Sousledně však platí, že „pro soud je závazný toliko výrok rozsudku, a to rozsudku odsuzujícího, který již nabyl právní moci (…). Navíc bude vždy nezbytné hledět na skutečnost, zdali byla vina obžalovaného zkonstatována po hlavním líčení, které je zpravidla těžištěm dokazování, či v rámci alternativního způsobu vyřízení trestních věcí (například skrze dohodu o vině a trestu). Pro správní soudy je závazná především skutková věta trestního rozsudku vyhlášeného po řádném hlavním líčení, která je součástí jeho výroku. Skutková věta představuje úplné slovní vyjádření posuzovaného skutku a obsahuje všechny relevantní okolnosti z hlediska použité právní kvalifikace. Takto již dříve judikatura Nejvyššího správního soudu konstatovala, že pokud byla některá sporná otázka vyřešena v trestním řízení, které splňuje ty nepřísnější požadavky kladené ústavním pořádkem na vedení řízení před orgány veřejné moci z hlediska práv dotčené osoby, nelze v daňovém řízení tvrdit, že skutková situace dané věci byla jiná (…). Ve skutkové větě vymezené jednání, za které byl obžalovaný shledán vinným, je proto závazné pro daňové orgány i správní soudy (srov. bod 38 téhož rozsudku Nejvyššího správního soudu). S ohledem na poslední větu citovaného textu proto žalovaný zcela legitimně a v souladu s daňovým řádem i (v té době již i vůči žalobkyni) pravomocným rozsudkem č. j. 2 T 1/2024–501 ve výzvách k odstranění pochybností na tento rozsudek odkázal, citoval jeho výrokovou část a ve vztahu k jednotlivým zdaňovacím obdobím převzal do výzev ze skutkové věty uvedeného trestního rozsudku konkrétní čísla daňových dokladů týkajících se plnění, k nimž fakticky (rovněž dle skutkové věty trestního rozsudku) nedošlo.

67. Žalobkyně v závěru žaloby namítala, že postup k odstranění pochybností má sloužit k rychlé a efektivní nápravě, a nelze jej užít v případě, kdy jsou pochybnosti takového charakteru, že je takovým postupem nelze rozptýlit. Dle žalobkyně tak měl žalovaný namísto postupu k odstranění pochybností zahájit daňovou kontrolu. Soud se s tímto náhledem z níže uvedených důvodů neztotožnil.

68. Daňová kontrola, stejně jako postup k odstranění pochybností, je jedním z daňovým řádem upravených postupů při správě daní. Oproti druhému z uvedených postupů daňová kontrola představuje zpravidla intenzivnější zásah do sféry daňového subjektu, neboť její rozsah není nezbytně omezen jen na dílčí poznatky ohledně správnosti, úplnosti, průkaznosti či pravdivosti údajů uvedených daňovým subjektem v daňovém tvrzení či jiné daňovým subjektem předložené písemnosti. Slouží ke komplexnímu prověření daňové povinnosti za vymezené časové období. Postup k odstranění pochybností je naopak vhodnější a (pro daňový subjekt i správce daně) méně zatěžující variantou právě pro případy, v nichž by s ohledem na limitovaný dopad správcem daně získaných poznatků do výsledné daňové povinnosti bylo nadbytečné, procesně neekonomické a nepřiměřené provádět její komplexní prověřování. Judikaturou obecně a ustáleně přijímaný názor, že správce daně není oprávněn zcela libovolně tyto dva postupy zaměňovat, má evidentně za cíl takovým excesům předcházet.

69. V nyní posuzované věci tedy bylo otázkou, zda žalovanému mělo být ještě před zahájením postupů k odstranění pochybností (tedy před vydáním výzev) zřejmé, že postup k odstranění pochybností nebude moci naplnit svůj účel, a že po jeho provedení bude nezbytné zahájit k prověření daňové povinnosti žalobkyně k DPH za příslušná zdaňovací období daňovou kontrolu. Žalobkyně však v žalobě pro takový závěr nepodala prakticky žádná relevantní tvrzení, byť bylo její procesní povinností propojit srozumitelnou a logicky navazující právní argumentací vlastní tvrzení o nezákonnosti zásahu s příslušnými tvrzeními skutkovými. Soudu tak není zřejmé, z čeho žalobkyně dovozovala apriorní bezúspěšnost postupu k odstranění pochybností. Lze tedy jen spekulovat, že žalobkyně v důsledku svého názoru na míru vázanosti žalovaného výrokem rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501, marginalizujícího význam tohoto pravomocného trestního rozsudku v procesu zjišťování skutkového stavu rozhodného pro správné stanovení daně, předpokládala nezbytnost např. provádění množství rozsáhlých svědeckých výslechů, opatřování listin či zajišťování součinnosti s třetími osobami. Takové alternativě podle názoru soudu však nic nenasvědčovalo už při samotném vydání výzev, a navíc žalovaný v průběhu řízení o žalobě předloženými listinami doložil, že se ani později v návaznosti na provedení daných postupů k odstranění pochybností neodehrála. Současně s podáním ze dne 2. 10. 2025 totiž žalovaný předložil soudu dodatečné platební výměry na DPH žalobkyně za zdaňovací období leden 2014 až prosinec 2015, z nichž soud zjistil, že žalovaný dne 11. 3. 2025 vydal v jednotlivých postupech k odstranění pochybností Sdělení o výsledku postupu k odstranění pochybností, po reakci žalobkyně jí žalovaný sdělil dle § 90 odst. 2 věty první daňového řádu, že nedošlo k odstranění pochybností, následně zastavil řízení o žádosti žalobkyně o prodloužení lhůty k podání návrhu na pokračování v dokazování, a poté teprve vydal žalovaný dodatečné platební výměry. Je tak zřejmé, že postupy k odstranění pochybností nebyly následně žalovaným „překlopeny“ do daňové kontroly dle § 89 odst. 4 daňového řádu, nýbrž došlo již jen k vydání dodatečných platebních výměrů. Zda tento postup žalovaného, stejně jako v jeho rámci zjištěný skutkový stav, obstojí v následném odvolacím přezkumu vydaných dodatečných platebních výměrů ze strany Odvolacího finančního ředitelství, je pak otázkou, jež bude řešena v příslušném odvolacím řízení, a která se již nedotýká zákonnosti vydání výzev k odstranění pochybností. Soud rovněž poznamenává, že v situaci, kdy „standardní“ lhůta pro stanovení daně (a tedy i možnost doměření daně) uplynula, a následně došlo v důsledku právní moci rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 v souladu s § 148 odst. 6 daňového řádu ke znovuotevření možnosti doměřit žalobkyni daň, avšak pouze do konce druhého roku následujícího po roce, v němž nabyl rozsudek právní moci, je postup k odstranění pochybností očividně adekvátnějším postupem nežli případná robustní daňová kontrola.

70. Soud se ztotožňuje s žalobkyní vyjádřenou premisou, že ve výzvách k odstranění pochybností musí správce daně pochybnosti konkrétně specifikovat. Podle žalobkyně však tento požadavek nebyl splněn pouhým poukazem žalovaného na rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501, neboť bez provedeného dokazování takový poukaz nepředstavuje specifikaci pochybností způsobem, který umožní žalobkyni se k nim vyjádřit, neúplné údaje doplnit, nejasnosti vysvětlit, nepravdivé údaje opravit nebo pravdivost údajů prokázat předložením důkazních prostředků, aby došlo k odstranění pochybností. Tomuto náhledu žalobkyně soud nepřisvědčuje. Žalovaný se totiž v textu výzev k odstranění pochybností zdaleka neomezil na pouhý odkaz na rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501. Z tohoto rozsudku žalovaný ve výzvách k odstranění pochybností citoval:„Ing. Jaroslav Hudec, v pozici jednatele obžalované právnické osoby Speciální stavby Most a obžalovaná právnická osoba Speciální stavby Most spol. s r.o., IČ: 413 27 225, v jejímž zájmu obžalovaný Ing. Jaroslav Hudec jednal, vědom si povinností vyplývajících nejméně z ustanovení § 6 odst. 1, odst. 2, § 7 odst.1 a § 8 odst. 1 zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví, z ustanovení § 21 odst. 1, § 72 a § 73 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, a dále z ustanovení § 24 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v úmyslu získat pro obžalovanou právnickou osobu Speciální stavby Most spol. s r.o. neoprávněný majetkový prospěch tím, že v daňových přiznáních Speciální stavby Most spol. s r.o. neoprávněně sníží její vlastní daňovou povinnost k dani z přidané hodnoty, obžalovaný Ing. Jaroslav Hudec s Petrem Kendíkem, narozeným 5. 10. 1954 v Teplicích, trvale bytem Haštalská 750/10, 110 00 Praha – Staré Město, jehož trestní stíhání je vedeno odděleně a o jehož vině dosud nebylo rozhodnuto, uzavřel dohodu spočívající v tom, že obžalovaná právnická osoba Speciální stavby Most spol. s r.o. objednávala u Petra Kendíka, vystupujícího jako osoba samostatně výdělečně činná pod obchodní firmou Petr Kendík – provádění staveb, IČ 421 08 438, pronájmy lešení, stavební techniky, lesnické práce a dodávky stavebního materiálu, kdy Petr Kendík na tato tvrzená plnění obžalované právnické osoby Speciální stavby Most spol. s r.o. následně vystavil daňové doklady, přičemž k faktickému plnění nedošlo a obžalovaní i Petr Kendík s tím byli od počátku srozuměni, že fakticky plněno nebude a takto se dohodli v úmyslu neoprávněně snížit povinnost k dani z přidané hodnoty obžalované právnické osoby Speciální stavby Most spol. s r.o., a to tak, že obžalovaný Ing. Jaroslav Hudec následně do níže uvedeného přiznání k dani z přidané hodnoty daňového subjektu Speciální stavby Most spol. s r.o. v úmyslu umožnit této společnosti minimalizovat daňovou povinnost, popřípadě dosáhnout nadměrného odpočtu ke škodě českého státu, zavedl faktury výstavce Petra Kendíka, vystupujícího jako osoba samostatně výdělečně činná pod obchodní firmou Petr Kendík – provádění staveb, IČ 421 08 438, za zdaňovací období (leden 2014 až prosinec 2015; pozn. soudu) prostřednictvím daňového přiznání k dani z přidané hodnoty ze dne 28. 1. 2015 podaného na Finanční úřad pro Ústecký kraj, Územní pracoviště v Mostě následující faktury“ (ve výzvách následuje výčet příslušných faktur pro to které zdaňovací období tak, jak byly uvedeny v tabulce zahrnuté do výrokové části rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501; pozn. soudu).

71. Navíc, jak soud uvedl již výše v tomto rozsudku, žalovaný poskytl žalobkyni ve výzvách k odstranění pochybností rovněž příkladmý návod ohledně možného způsobu odstranění pochybností (tj. doložením, že rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 byl procesně odklizen). V žádném případě tak nelze hovořit o nedostatku konkretizace či specifikace okolností, na nichž se pochybnosti žalovaného zakládaly. Žalobkyni zjevně nic nebránilo v tom, aby se k výzvám plnohodnotně vyjádřila (ostatně tak v posléze v průběhu postupů k odstranění pochybností činila), a to včetně přednesení vlastního názoru ohledně vázanosti správce daně příslušným trestním rozsudkem či předložení důkazů.

72. Pokud žalobkyně v doplnění žaloby také zmínila, že „lakonické“ konstatování o existenci pochybností, opírající se o rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501, nepovažuje za řádné zdůvodnění oprávněnosti pochybností, zůstává v takové úvaze osamocena. Dle názoru soudu lze stěží nalézt ilustrativnější příklad oprávněné pochybnosti o pravdivosti či správnosti později učiněného nulového dodatečného daňového tvrzení, než je existence krátce předtím vydaného pravomocného rozsudku o vině daňového subjektu (a jeho jednatele) za jednání spočívající v zásadě v zavedení konkrétních faktur k vědomě fiktivním plněním do vlastního účetnictví daňového subjektu za příslušná zdaňovací období a uplatnění nároku na odpočet DPH z těchto deklarovaných fiktivních plnění v řádném daňovém tvrzení. Způsobilost takové skutečnosti založit správci daně oprávněné pochybnosti ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu je dle mínění soudu natolik očividná, že si nezasluhuje dalšího rozboru.

73. Pokud žalobkyně namítala, že Krajský soud v Ústí nad Labem při jednání dne 26. 4. 2024 v její trestní věci sp. zn. 2 T 1/2024 nehodnotil důkazy opatřené v přípravném řízení a nedal žalobkyni možnost vyjádřit se k důkazům v trestním spisu a k jejich hodnocení (k čemuž navrhovala provést důkaz zvukovým záznamem z daného soudního jednání), konstatuje k tomu soud, že tato její tvrzení se netýkají skutečností rozhodných pro posouzení zákonnosti vydaných výzev k odstranění pochybností. Opačný postoj by znamenal připustit, že žalovaný jako správce daně byl povinen před vydáním výzev k odstranění pochybností zkoumat a hodnotit správnost postupu trestního soudu v daném řízení, resp. že měl výsledný rozsudek č. j. 2 T 1/2024–501 podrobit vlastnímu přezkumu z hlediska zákonnosti. To však orgánům finanční správy v rámci správy daní nepřísluší, jak plyne z žalovaným trefně připomenutého ustanovení § 99 odst. 2 daňového řádu, dle kterého platí, že správce daně si nemůže učinit úsudek o tom, zda byl spáchán trestný čin, přestupek, nebo jiný správní delikt a kdo za něj odpovídá, ani o otázkách osobního stavu. K témuž výkladu se přiklonil Nejvyšší správní soud v již výše obsáhle citovaném rozsudku ze dne 27. 11. 2024, č. j. 2 Afs 257/2023–53 (srov. odst. 66 odůvodnění tohoto rozsudku). Návrh na provedení důkazu nahrávkou z jednání trestního soudu konaného dne 26. 4. 2024 proto soud zamítl. Bylo věcí žalobkyně, aby se proti vydanému rozsudku č. j. 2 T 1/2024–501 bránila odpovídajícími procesními prostředky, nikoli aby své výhrady uplatňovala pouze v následném daňovém řízení, v jehož rámci již nejsou orgány daňové správy k autoritativnímu přezkumu pravomocného rozhodnutí soudu o vině a trestu jakkoli oprávněny.

74. Soud neprovedl ani důkaz žalobkyní předloženými rozhodnutími získanými (údajně) od Generálního ředitelství cel (srov. výše odst. 13 tohoto rozsudku). Žalobkyně je ostatně neoznačila k prokázání tvrzení o určité skutečnosti, nýbrž k prokázání toho, „jak daňový řád zachází s dohodou o vině a trestu a navazujícím rozsudkem schvalujícím takovou dohodu“, či „že dohoda o vině a trestu a navazující rozsudek schvalující tuto dohodu nemohou být jediným důkazem pro doměření daně, nýbrž mohou být toliko jedním z důkazů, které pokud do sebe zapadají spolu s dalšími důkazy, tvoří spolu s ostatními důkazy oporu pro doměření daně“. Výkladové otázky ustanovení právních předpisů (zde § 99 odst. 2 daňového řádu) však nemohou být předmětem procesního zjišťování prostřednictvím dokazování; spadají do rámce právního posouzení věci. Jinými slovy, žalobkyní předložená rozhodnutí Generálního ředitelství cel by pojmově nemohla sloužit jako důkaz o tom, který z výkladů dílčích ustanovení daňového řádu je správný a zákonný. Žalobkyně pak ve svých podáních z uvedených čtyř správních rozhodnutí nic necitovala. Pro účely argumentačního vypořádání žalobkyní učiněného odkazu tak dle názoru soudu postačí konstatovat, že jednak v žádném z těchto rozhodnutí není řešena situace srovnatelná s nyní posuzovanou věcí, jednak v nich soud nenalezl argumentaci, jež by mohla jakkoli konkurovat výše citovaným závěrům ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu (k tomu srov. výše citovaný ze dne 27. 11. 2024, č. j. 2 Afs 257/2023–53).

75. Z totožného důvodu soud neprovedl důkaz ani žalobkyní předloženým rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 22. 10. 2024, č. j. 32415/24/5300–21443–711275 (k prokázání tvrzení, že žalovaný ve svém vyjádření ze dne 2. 10. 2025 dezinterpretoval závěry jím odkazovaného rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 15. 8. 2025, č. j. 29 Af 54/2024–192). Je věcí soudu, aby právně posoudil přiléhavost odkazovaného soudního rozhodnutí. Nejde o otázku skutkovou, kterou by bylo lze učinit předmětem procesního zjišťování.

76. Soud i přes neznalost obsahu žalovaným odkazovaného (avšak soudu neposkytnutého) rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 9. 6. 2025, č. j. 4 To 450/2024–474, neshledal žalobou vymezený zásah nezákonným, a proto nebyl zde jakýkoli důvod k opatření tohoto rozhodnutí a jeho zhodnocení. Krom toho není zřejmé, jak správně poznamenala žalobkyně, proč by blíže nespecifikovaný trestní rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem měl být významný pro posouzení právních otázek rozhodných v nyní posuzované věci.

77. Optikou žalobkyní uplatněné argumentace neshledal soud vymezený zásah žalovaného (vydání výzev k odstranění pochybností a na jejich základě vedení postupů k odstranění pochybností) nezákonným. V souladu s § 87 odst. 3 s. ř. s. žalobu pro nedůvodnost výrokem I. tohoto rozsudku zamítl.

78. O náhradě nákladů řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobkyně nebyla v řízení procesně úspěšná, a proto nemá právo na náhradu nákladů. Procesně úspěšný žalovaný k dotazu soudu při jednání sdělil, že náhradu nákladů řízení nepožaduje. Soud proto výrokem II. tohoto rozsudku nepřiznal náhradu nákladů řízení žádnému z účastníků.

Poučení

Žaloba a její doplnění Vyjádření žalovaného k žalobě Ústní jednání Posouzení věci soudem