15 A 16/2025–51

Rubrum

Krajský soud v Ústí nad Labem rozhodl v senátě složeném z předsedy senátu JUDr. Petra Černého, Ph.D., a soudců Mgr. Radima Kadlčáka a Mgr. Ladislava Vaško ve věci žalobkyně: Správa a údržba silnic Ústeckého kraje, příspěvková organizace sídlem Ruská 260/13, 417 03 Dubí zastoupená AGIS účetnictví a daně, a. s., daňově poradenskou společností, sídlem Jaroslava Průchy 1682/1, 434 01 Most proti žalovanému: Finanční úřad pro Ústecký kraj sídlem Velká Hradební 39/61, 400 21 Ústí nad Labem o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného spočívajícím v opakování daňové kontroly u žalobkyně na dani z přidané hodnoty, která vyplynula z výzvy k prokázání skutečností č. j. 761585/25/2514–60562–507986, takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

1. Žalobkyně se žalobou na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného, podanou prostřednictvím své zástupkyně, domáhala, aby soud vydal rozsudek, jímž „zakáže žalovanému pokračovat v daňové kontrole daně z přidané hodnoty za roky 2020 až 2022, a to jen skutečností, které již v předchozích zastřených daňových kontrolách zkontroloval a uznal jejich správnost, kdy takovou skutečností je zejména existence přímého a bezprostředního vztahu přijatých zdanitelných plnění týkajících se oprav těch silnic, z nichž v daném zdaňovacím období pocházela uskutečněná zdanitelná plnění, konkrétně uskutečněná zdanitelná plnění za úplatné omezení užívání silnic a uskutečněná zdanitelná plnění za prodej recyklátu získaného při opravách silnic.“ Současně žalobkyně navrhla, aby byla žalovanému uložena povinnost zaplatit jí náhradu nákladů soudního řízení. Podáním ze dne 1. 10. 2025 pak žalobkyně upravila žalobní petit tak, že se vzhledem ke skutečnosti, že žalovaný zásah plynoucí z výzvy k prokázání skutečností č. j. 761585/25/2514–60562–507986, byl spolu s předmětnou daňovou kontrolou ukončen, domáhá toliko určení, že byl tvrzený zásah nezákonný. Žaloba 2. V podané žalobě žalobkyně nejprve uvedla, že podle § 85a odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále jen „daňový řád“), je možné daňovou kontrolu, která se týká skutečností, které již byly v souladu s vymezeným rozsahem kontrolovány, provést pouze tehdy, pokud žalovaný zjistí nové skutečnosti nebo důkazy, které nemohly být bez zavinění žalovaného uplatněny v původní daňové kontrole, a které zakládají pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti dosud stanovené daně nebo tvrzení daňového subjektu; takto lze daňovou kontrolu opakovat pouze v rozsahu, který odpovídá nově zjištěným skutečnostem nebo důkazům, nebo žalobkyně učiní úkon, kterým mění svá dosavadní tvrzení; takto lze daňovou kontrolu opakovat pouze v rozsahu, který odpovídá změně dosavadního tvrzení daňového subjektu.

3. Žalobkyně dále popsala, že je příjemkyní veřejných prostředků, přičemž od roku 2013 začala jako řádný hospodář formou dodatečných přiznání uplatňovat poměrný nárok na odpočet daně na základě stejných skutečností jako v aktuálně kontrolovaném období. V každém z dodatečných přiznání přitom popsala podstatu uplatňovaného nároku a žalovaný měl poté za povinnost před vyměřením ověřit oprávněnost uplatněného nároku. Tu ostatně vždy uznal, resp. zpočátku korigoval a později uznal. Dle žalobkyně je proto nepochybné, že se jedná o dlouhodobou správní praxi žalovaného, a žalobkyně tudíž legitimně očekávala, že žalovaný bude i nadále postupovat stejně. Žalovaný by měl tedy při současném hodnocení právního a skutkového stavu respektovat vlastní dlouhodobou správní praxi – resp. nebyl oprávněn opakovaně kontrolovat to, co již jednou prověřil způsobem, který nesl znaky daňové kontroly.

4. K tomu žalobkyně zrekapitulovala jí odkazovanou dosavadní správní praxi, přičemž dle jejího tvrzení většina postupů žalovaného nesla znaky zastřené daňové kontroly, což je důvodem pro zákaz, aby nynější daňová kontrola opakovaně prověřovala to, co již bylo jednou prověřeno. Uvedla, že dne 23. 12. 2015 podala dodatečné přiznání k dani z přidané hodnoty (dále jen „DPH“) za prosinec 2013 na nadměrný odpočet 2 366 710 Kč. Součástí vysvětlení podání tohoto přiznání byla jen obecná fráze, že „důvodem pro podání dodatečného přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2013 je změna na daň nižší, která vznikla z titulu dodatečného využití práva na poměrný nárok na odpočet z přijatých plnění. Tato přijatá plnění byla použita pro neekonomickou i ekonomickou činnost.“ Dne 25. 1. 2016 proběhlo místní šetření ve věci DPH za prosinec 2013, při kterém byla žalovanému předložena vytištěná záznamní povinnost a způsob výpočtu poměrného nároku na odpočet, jakož i přijaté daňové doklady v počtu 9 ks. Dne 28. 1. 2016 pak byla žalovanému zaslána písemnost obsahující záznamní povinnost doplněná o vystavené daňové doklady vztahující se k předaným přijatým daňovým dokladům. Dne 9. 5. 2016 bylo žalobkyní podáno druhé dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2013, které opravilo nadměrný nárok na odpočet, přičemž došlo k úpravě poměrného koeficientu. Žalobkyní uplatněný odpočet byl následně vrácen.

5. Dne 30. 12. 2016 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2014 na nadměrný odpočet ve výši 2 017 100 Kč, a to s obecným odůvodněním, že „důvodem pro podání dodatečného přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2014 je změna na daň nižší, která vznikla z titulu dodatečného využití práva na poměrný nárok na odpočet z přijatých plnění. Tato přijatá plnění byla použita pro neekonomickou i ekonomickou činnost.“ Dne 31. 5. 2017 bylo podáno další dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2014, kterým žalobkyně snížila původně uplatněný poměrný nárok na odpočet z důvodu úpravy poměrného koeficientu podle názoru žalovaného. Na tomto základě byl tedy zaslán dodatečný platební výměr k DPH za prosinec 2014, v němž byl upraven nadměrný odpočet na výši 1 849 009 Kč.

6. Dne 11. 12. 2017 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2015 na nadměrný odpočet 176 507 Kč s odůvodněním, že „důvodem pro podání dodatečného přiznáni k DPH za zdaňovací období prosinec 2015 je změna na daň nižší, která vznikla z titulu dodatečného využití práva na poměrný nárok na odpočet z přijatých plnění. Tato přijatá plnění byla použita pro neekonomickou i ekonomickou činnost. Dále pak došlo k nápravě chybně uplatněného kráceného nároku na odpočet místo poměrného nároku na odpočet. Pro uplatnění poměrného nároku byl použit poměrný koeficient dle hodnot z roku 2014, protože po přepočtení skutečného použití pro rok 2015 se hodnota poměrného koeficientu od poměrného koeficientu za rok 2014 neodchyluje o 10 procentních bodů a dle ustanovení § 75 odst. 5 zákona c 235/2004 Sb., o DPH, se nemusí opravovat. Výpočet poměrných koeficientů za rok 2014 a 2015 přikládáme. V příloze dále zasíláme seznam uplatněných plnění a výpočet poměrného nároku.“ 7. Dne 18. 12. 2018 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2016 na nadměrný odpočet 2 952 928 Kč, a to se sdělením toliko informace o důvodu podání, přičemž přílohami byly seznam uplatněných plnění a výpočet poměrného nároku na odpočet. Nárok na odpočet byl přitom vypočítán z výkazu zisků a ztrát za hlavní a vedlejší činnost.

8. Dne 3. 12. 2019 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2017 na nadměrný odpočet 1 667 476 Kč se sdělením pouze informace o důvodu podání, přičemž přílohami byly seznam uplatněných plnění a výpočet poměrného nároku na odpočet. Nárok na odpočet byl počítán z výkazu zisků a ztrát za hlavní a vedlejší činnost.

9. Dne 30. 11. 2020 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2018 na nadměrný odpočet 1 092 637 Kč se sdělením informace o důvodu podáním, přičemž přílohami byly seznam uplatněných plnění a výpočet poměrného nároku na odpočet. Nárok na odpočet byl počítán z výkazu zisků a ztrát za hlavní a vedlejší činnost.

10. Dne 28. 12. 2021 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2019 na nadměrný odpočet 557 250 Kč. Dne 7. 1. 2022 pak byla na základě telefonické žádosti žalovaného zaslána záznamní povinnost k dodatečnému přiznání za prosinec 2019 a vysvětlení stanovení výše poměrného koeficientu – v poměru využívání silniční sítě, o kterou se žalobkyně stará, a to pro ekonomickou a neekonomickou činnost. Pro rok 2019 byl poměrný koeficient ve výši 13 %. Dne 21. 1. 2022 byla žalovanému na základě telefonické výzvy zaslána záznamní povinnost k DPH za prosinec 2019. Dne 4. 2. 2022 byly žalovanému dále elektronicky zaslány určité přijaté i vydané daňové doklady. Nárok byl vrácen, tedy žalovaným dle tvrzení žalobkyně prověřen a uznán.

11. Dne 8. 12. 2022 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2020 na nadměrný odpočet 6 963 648 Kč. Poté žalobkyni v průběhu ledna 2023 kontaktoval žalovaný s žádostí o předložení dokladů a s informací o zahrnutí dokladů od neplátců v daném přiznání. Na základě toho bylo dne 26. 1. 2023 žalobkyní podáno opravné dodatečné přiznání k DPH na nadměrný odpočet 6 928 901 Kč. Dne 26. 1. 2023 byly na základě telefonické žádosti žalovanému zaslány doklady s částí smluv týkajících se údajů o druhu plnění a částce.

12. Dne 30. 11. 2023 bylo žalobkyní podáno dodatečné přiznání k DPH za prosinec 2021 na nadměrný odpočet 6 409 618 Kč, přičemž bylo součástí tohoto podání 5 přijatých daňových dokladů s částí smlouvy týkající se údajů o druhu plnění a částce.

13. Podle názoru žalovaného měl být daný nárok prověřen. Toto prověření přitom dle žalobkyně splňovalo znaky daňové kontroly. Vrácením přeplatku byla ostatně též uznána jako oprávněná, a to i když byl nárok podstatně vyšší než v předchozích letech.

14. Žalovaný nicméně zahájil daňovou kontrolu dodatečně uplatněných nároků na odpočet DPH za roky 2020, 2021 a 2022. Opakovanou, resp. nezákonnou, je přitom dle přesvědčení žalobkyně taková daňová kontrola, která prověřuje již jednou zastřenými daňovými kontrolami prověřený princip a důvod pro uplatnění poměrného nároku na odpočet, spočívající také v prověření vztahu mezi přijatými a uskutečněnými zdanitelnými plněními jako základu pro poměrný nárok na odpočet. Žalovaný pak podle žalobkyně ve věci namítanou kontrolu zaměřil výhradně na prověřování stejných skutečností, které už byly jednou prověřeny zastřenými daňovými kontrolami, a nynější daňová kontrola je proto opakovaná – tedy nezákonná.

15. Žalovaný nejprve uzavřel daňovou kontrolu dodatečně uplatněného nároku na odpočet DPH za rok 2022, přičemž žádný nárok neuznal a vydal platební výměr, který žalobkyně následně napadla odvoláním, a to s argumentací stran nezákonnosti opakované daňové kontroly. Žalovaný však nevyčkal rozhodnutí o tomto odvolání a vydal výzvu k prokázání skutečností č. j. 761585/25/2514–60562–507986, z níž je dle žalobkyně zřejmé, že pokračuje v nezákonné opakované daňové kontrole principů, které již v minulosti zastřenými daňovými kontrolami prověřil a uznal. Nadepsaná výzva je tak dle žalobkyně důkazem nezákonného zásahu žalovaného.

16. Podle žalobkyně přitom není rozhodné, zda se předcházející zastřené daňové kontroly zabývaly prověřováním poměrného nároku na odpočet za shodná nebo jiná zdaňovací období, protože princip a důvod pro uplatnění poměrného nároku na odpočet, byl stejný ve zdaňovacích obdobích, za které byly provedeny zastřené kontroly, jako v nyní nezákonně prověřovaném období.

17. Žalobkyně tak v řešeném případě uzavřela, že ji nezákonná opakovaná daňová kontrola zatěžuje tím, že musí opakovaně předkládat důkazní prostředky a obhajovat právní názor, který již jednou obhájila. Zmínila též, že je z postupu žalovaného zjevné, že vedle už vydaného výměru, kterým bylo žalobkyni odepřeno vyplacení dodatečně uplatněného nároku za rok 2022 budou brzy vydány platební výměry, kterými bude žalobkyně nucena již vyplacené dodatečně uplatněné nároky na odpočet DPH vrátit. Vyjádření žalovaného 18. Žalovaný k výzvě soudu předložil spisovou dokumentaci týkající se DPH u žalobkyně v kontextu zdaňovacích období prosinec 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021 a 2022, jakož i daňové kontroly u žalobkyně stran DPH za prosinec 2020, 2021 a 2022. Obsaženy byly též písemnosti o přeplatcích na dani, a to od žalobkyní podaného dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2013.

19. Následně zmínil, že v případě dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2022 se jednalo o přiznání, které nebylo před zahájením daňové kontroly vyměřeno. Naproti tomu dvě zbylá dodatečná daňová přiznání k DPH za prosinec 2020 a 2021 byla podána už v průběhu roku 2023, a tudíž před zahájením namítané daňové kontroly i vyměřena. Žalovaný tedy dodatečné daňové přiznání k DPH za prosinec 2022 nevyměřil, přičemž obratem zahájil daňovou kontrolu. Proto se dle jeho názoru nemůže vůbec jednat o opakovanou daňovou kontrolu. K tomu žalovaný doplnil, že daňovou kontrolou zahájenou dne 4. 11. 2024 prověřoval podstatu jednotlivých zdanitelných plnění ve vztahu k ekonomické činnosti žalobkyně. V průběhu daňové kontroly na DPH v rozsahu dodatečného přiznání k DPH za prosinec 2022 přitom dle žalovaného žalobkyně neprokázala přímou souvislost mezi přijatými plněními a její ekonomickou činností – pokud tedy přijatá plnění nesloužila pro ekonomickou činnost, nárok na odpočet vůbec nevznikl.

20. Dále žalovaný popsal obsah dodatečného daňového přiznání žalobkyně k DPH za prosinec 2021 včetně příloh. Zmínil, že z připojené „záznamní povinnosti“ mj. vyplynulo, jaké konkrétní daňové doklady žalobkyně zahrnula na vstupu do přijatých zdanitelných plnění (celkem uvedeno 116 daňových dokladů), přičemž k nim žalobkyně napárovala daňové doklady, které vydala. Předložila též 6 přijatých faktur. Žalovaný toto dodatečné daňové přiznání k DPH za prosinec 2021 vyměřil, přičemž před vyměřením ve věci nic neprověřoval a ani nijak nekomunikoval se žalobkyní – tj. vystavil (konkludentní) dodatečný platební výměr na DPH. Dle žalovaného je tedy zřejmé, že v tomto případě nedošlo k žádné „skryté daňové kontrole“, ve které by žalovaný prověřoval podstatu jednotlivých (6 doložených a 110 nedoložených) zdanitelných plnění ve vztahu k ekonomické činnosti žalobkyně.

21. Stejně tak žalovaný zrekapituloval i obsah dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2020 včetně příloh. Z přiložené „záznamní povinnosti“ se dle žalovaného i v tomto případě podávalo, jaké konkrétní daňové doklady žalobkyně zahrnula na vstupu do přijatelných zdanitelných plnění (celkem uvedeno 128 daňových dokladů), přičemž k nim žalobkyně napárovala daňové doklady, které vydala. Žalobkyně poté učinila dne 26. 1. 2023 podání, které obsahovalo 5 přijatých faktur a 13. 2. 2023 podání, jež obsahovalo 7 vydaných faktur. Žalovaný následně vyměřil a vystavil dne 20. 2. 2023 (konkludentní) dodatečný platební výměr na DPH. Podle žalovaného je tak z obsahu spisové dokumentace týkající se DPH žalobkyně za zdaňovací období prosinec 2020 zřejmé, že nedošlo ke „skryté kontrole“, v rámci které by žalovaný prověřoval podstatu jednotlivých (5 doložených a 123 nedoložených) zdanitelných plnění ve vztahu k ekonomické činnosti žalobkyně (což nemění ani 7 faktur vydaných).

22. Žalovaný poté konstatoval, že žalobou odkazovanou výzvou k prokázání skutečností ze dne 8. 4. 2025, č. j. 761585/25/2514–60562–507986, žalobkyni vyzval konkrétně k tomu, aby prokázala, že v dodatečném (opravném) daňovém přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2020 a dodatečném daňovém přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2021 uplatnila nárok na odpočet daně na základě daňových dokladů – faktur přijatých dle evidence za zdaňovací období prosinec 2020 a dle evidence za zdaňovací období prosinec 2021 v souladu s § 72 a § 75 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „zákon o DPH“). K tomu žalovaný zároveň zdůraznil, že před zahájením daňové kontroly dne 4. 11. 2024 nikdy u žalobkyně tyto skutečnosti nekontroloval.

23. Současně žalovaný obsáhle zopakoval úkony, které vyplývaly z obsahu spisového materiálu ve vztahu k DPH žalobkyně za zdaňovací období prosinec 2013 a 2014 (resp. v kontextu dodatečných daňových přiznání žalobkyně k DPH za tato zdaňovací období), a to ve spojení s uplatněnými žalobními tvrzeními. K žalobkyní tvrzenému legitimnímu očekávání pak žalovaný uvedl, že u ní v minulosti nikdy podrobně neprověřoval, zda přijatá zdanitelná plnění, ze kterých dodatečně uplatnila nárok na odpočet v poměrné výši, měla přímou a bezprostřední souvislost s její hospodářskou činností [pouze u dodatečného daňového přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2013 a 2014 žalovaný po žalobkyni požadoval (bez zahájení postupu k odstranění pochybností a bez zahájení daňové kontroly) vysvětlení jejího způsobu výpočtu poměrného koeficientu]. Žalobkyní odkazovaná dodatečná daňová přiznání k DPH tedy byla vždy vyměřena v souladu s daní jí tvrzenou – tj. pouze konkludentně (vyjma dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2014). Při konkludentním vyměření daně přitom dle žalovaného nedochází k právnímu posouzení správnosti v daňovém přiznání deklarovaných údajů. K žádnému konkrétnímu ujištění ze strany žalovaného o správnosti postupu žalobkyně v souvislosti s DPH tudíž ve vztahu k dotčeným zdaňovacím obdobím nedošlo, a žalobkyni tak nemohlo v daném ohledu ani vzniknout legitimní očekávání. Rozhodovací praxe z minulých zdaňovacích období nadto dle žalovaného nezakládá právní nárok na stejný výsledek v budoucnu. Daňová povinnost a nárok na odpočet se posuzují vždy samostatně pro každé zdaňovací období, a to na základě aktuálně dostupných důkazních prostředků. Skutečnost, že žalovaný v minulosti obdobná plnění žalobkyně neprověřoval do detailu, proto nelze dle žalovaného vykládat jako závaznou správní praxi.

24. Žalovaný též uvedl, že žalobkyně za minulá zdaňovací období k dodatečným přiznáním k DPH v některých případech předložila dílčí „vzorky“ daňových dokladů, avšak ty nebyly žalovaným hodnoceny po věcné stránce, jelikož z takto omezeného vzorku dokladů ani nebylo možno ověřit skutečné použití přijatých plnění pro ekonomickou činnost žalobkyně. Žalovaný ostatně není povinen ověřovat každé jednotlivé daňové tvrzení plátce daně z vlastní iniciativy, pokud k tomu nejsou dány konkrétní indicie či důvody. Daňový řád ani zákon o dani z přidané hodnoty žalovanému neukládají povinnost bez výzvy a systematicky přezkoumávat každé podání daňového subjektu (zde žalobkyně), včetně každého dodatečného daňového přiznání k dani. Do okamžiku zahájení namítané daňové kontroly dne 4. 11. 2024 tak žalobkyní nebyly předloženy žádné podklady v úplném rozsahu, které by žalovanému umožnily posoudit materiální správnost uplatněného nároku. K tomu žalovaný poukázal na judikaturní závěry podávající se z rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023–52, ze dne 11. 12. 2024, č. j. 6 Afs 272/2023–60, ze dne 30. 8. 2016, č. j. 5 Afs 124/2014–178, ze dne 18. 3. 2024, č. j. 5 Afs 316/2023–41, ze dne 6. 3. 2025, č. j. 10 Afs 214/2024–85 a ze dne 23. 9. 2024, č. j. 5 Afs 278/2023–58. Současně žalovaný upozornil na skutečnost, že v průběhu daňové kontroly žalobkyní nenutil předkládat „něco“, co mu již v minulosti předložila. Žalovaný tedy před zahájením daňové kontroly dne 4. 11. 2024 nikdy neprověřoval (nekontroloval), zda vstupy, které žalobkyně zahrnula do dodatečných daňových přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2020, 2021 a 2022, mají přímou a bezprostřední spojitost s její ekonomickou (hospodářskou) činností. Zmínil též, že mu aktuálně nepřísluší předjímat výsledek daňové kontroly DPH za prosinec 2020 a prosinec 2021. Dle žalovaného se přitom nejedná o opakovanou – nezákonnou – daňovou kontrolu. S ohledem na uvedené tak měl žalovaný za to, že se vůči žalobkyni nedopustil nezákonného zásahu ve smyslu § 82 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“). Replika žalobkyně 25. Žalobkyně v učiněné replice uvedla, že byl v projednávaném případě vztah mezi přijatými zdanitelnými plněními, z nichž byl dodatečně uplatňován částečný nárok na odpočet DPH, a uskutečněnými zdanitelnými plněními shodný u všech předmětných přijatých zdanitelných plnění i uskutečněných zdanitelných plnění, a to od počátku dodatečně uplatňovaných nároků. Nebylo proto rozhodující, zda u procesních nástrojů, které žalobkyně považuje za zastřenou daňovou kontrolu, bylo prověřováno jen několik přijatých či uskutečněných zdanitelných plnění a při opakované (nezákonné) daňové kontrole byla prověřována všechna předmětná plnění.

26. Žalobkyně také zmínila, že v podané žalobě uvedla celou chronologii dodatečného uplatňování částečného nároku na odpočet DPH, tedy veškerá daňová řízení v této věci, přičemž však netvrdila, že se vždy jednalo o zastřenou daňovou kontrolu. O zastřenou daňovou kontrolu šlo tehdy, pokud byl žalovaný aktivní a vyžádal si formálně nebo neformálně vysvětlení nebo dodání několika dokladů k předmětným přijatým a uskutečněným zdanitelným plněním a následně buď vydal platební výměr, nebo vyměřil konkludentně a nadměrný odpočet vrátil. Konkludentní vyměření daně následující po žalovaným vyžádaném doložení uplatňovaného nároku tak podle žalobkyně naplňuje znaky zastřené daňové kontroly. Posouzení věci soudem 27. O žalobě soud rozhodl v souladu s § 51 odst. 1 s. ř. s bez jednání, neboť účastníci řízení s rozhodnutím bez nařízení jednání výslovně souhlasili. Důvodem pro nařízení jednání nebyla ani potřeba dokazování, neboť veškeré listiny potřebné pro rozhodnutí jsou obsaženy v žalovaným vedené a soudu předložené spisové dokumentaci, kterou se dokazování neprovádí (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008–117). Zdejší soud si je přitom vědom toho, že ve věcech, o nichž vede řízení o ochraně před nezákonným zásahem, se obvykle nevede formalizovaný správní spis, který by odrážel průběh úředních úkonů správního orgánu vztahujících se k účastníkům řízení, se kterým by se tito mohli seznámit dříve než v soudním řízení a reagovat na jeho obsah (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 10. 2023, č. j. 10 As 326/2022–88). Nyní posuzovaná věc však představuje výjimku z tohoto pravidla, neboť soudu byla žalovaným předložena spisová dokumentace (§ 64 a násl. daňového řádu), která tyto náležitosti splňuje. V řešeném případě totiž zásah žalovaného pramení přímo z formalizovaného postupu žalovaného jako daňového orgánu, přičemž jsou veškeré relevantní listiny součástí daňového spisu žalobkyně. Mezi žalobkyní a žalovaným rovněž nebyl rozpor stran skutkového stavu, ale o právním posouzení věci. Ostatně žalobkyně v daném případě ani žádné dokazování nenavrhla a souhlasila s rozhodnutím bez jednání, přičemž k žalobě připojila jako přílohu listiny, které byly obsaženy právě v žalobkyní předložené spisové dokumentaci.

28. Předmětnou žalobu soud posoudil podle části třetí hlavy druhé třetího dílu s. ř. s. Žalobou na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu se podle § 82 s. ř. s. může každý, kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, domáhat ochrany proti takovému zásahu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný. Žalovaným je pak ve smyslu § 83 s. ř. s. správní orgán, který podle žalobního tvrzení zásah provedl. Podle § 87 odst. 1 s. ř. s. současně platí, že soud o této žalobě rozhoduje na základě skutkového stavu zjištěného ke dni svého rozhodnutí; pokud soud rozhoduje pouze o určení toho, zda byl zásah nezákonný, vychází ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době zásahu. Dle § 87 odst. 2 s. ř. s. soud rozsudkem určí, že provedený zásah byl nezákonný, a trvá–li takový zásah nebo jeho důsledky anebo hrozí–li jeho opakování, zakáže správnímu orgánu, aby v porušování žalobcova práva pokračoval, a přikáže, aby, je–li to možné, obnovil stav před zásahem. Žaloba je pak ve smyslu § 85 s. ř. s. nepřípustná, lze–li se ochrany nebo nápravy domáhat jinými právními prostředky; to však neplatí v případě, domáhá–li se žalobce pouze určení, že zásah byl nezákonný.

29. Po přezkoumání skutkového a právního stavu soud dospěl k rozhodnutí, že žaloba není důvodná.

30. S ohledem na obsah a formulaci žalobních tvrzení soud úvodem upozorňuje na rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008–78, ze kterého plyne, že „míra precizace žalobních bodů do značné míry určuje i to, jaké právní ochrany se žalobci u soudu dostane. Čím je žalobní bod – byť i vyhovující – obecnější, tím obecněji k němu může správní soud přistoupit a posuzovat jej. Není naprosto namístě, aby soud za žalobce spekulativně domýšlel další argumenty či vybíral z reality skutečnosti, které žalobu podporují. Takovým postupem by přestal být nestranným rozhodčím sporu, ale přebíral by funkci žalobcova advokáta“ (srov. také rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 2. 2012, č. j. 1 Afs 57/2011–95, nebo ze dne 20. 9. 2022, č. j. 4 Afs 306/2020–70). V rámci správního soudnictví se tedy od žalobkyně, která vymezuje hranice soudního přezkumu, oprávněně žádá procesní zodpovědnost. Soud nesmí nahrazovat její projev vůle. Obsah, rozsah a kvalita žalobní argumentace tak předurčují obsah a rozsah následného soudního rozhodnutí (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 11. 2022, č. j. 1 Afs 142/2022–49). Právě ve světle nadepsaných judikaturních závěrů tedy zdejší soud přistoupil k hodnocení uplatněných žalobních tvrzení.

31. Zdejší soud pak na tomto místě uvádí, že podle konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu může být zahájení i provádění daňové kontroly nezákonným zásahem, proti kterému je možno se bránit zásahovou žalobou podle § 82 a násl. s. ř. s. (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2005, č. j. 2 Afs 144/2004–110). Zásahovou žalobou přitom „lze brojit proti konkrétním úkonům správce daně v rámci kontroly, zejména proti konkrétním excesům ze zákonných mezí při zásazích do soukromé sféry daňového subjektu, například při zjišťování skutečností a zajišťování důkazů v podnikatelských prostorách, event. obydlí daňového subjektu postupem podle § 86 odst. 4 ve spojení s § 81 odst. 1 daňového řádu“ (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014–55). Jde tedy vesměs o mimořádně invazivní úkony správce daně typu prohlídek v podnikatelských prostorách, provádění místního šetření apod. (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 8. 2008, č. j. 1 Aps 1/2008–59), nebo zásahy do práva na informační sebeurčení podnikatele, popř. dlouhodobé zadržování dokumentů (srov. např. nález Ústavního soudu ze dne 15. 5. 2018, sp. zn. II. ÚS 635/18). Možno též doplnit rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 2. 2015, č. j. 9 Afs 279/2014–29, z něhož vyplývá, že „z důvodu, že daňová kontrola nekončí vydáním rozhodnutí nebo osvědčení, ale projednáním a podepsáním zprávy o daňové kontrole, na jejímž základě může být vydáno rozhodnutí, není obranou proti nezákonně vedené kontrole žaloba dle § 79 a násl. s. ř. s., ale je jí žaloba zásahová podle § 82 a násl. s. ř. s. Platí při tom, že zásahová žaloba může směřovat jak proti zahájení daňové kontroly, tak proti jejímu vedení.“ 32. Jak také konstatoval rozšířený senát Nejvyššího správního soudu v usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014–55, „zásahovou žalobou se lze domáhat ochrany před různými aspekty daňové kontroly. V první řadě připadá v úvahu ochrana před tím, že daňová kontrola byla vůbec zahájena nebo že vůbec probíhá. Součástí zákonných limitů kontroly jsou totiž časové i jiné podmínky jejího zahájení a provádění (zejména zahájení a provádění kontroly jen ve lhůtě pro stanovení daně, viz zejm. § 148 odst. 3 daňového řádu, a zahájení opakované daňové kontroly jen za splnění podmínek podle § 85 odst. 5 daňového řádu).“ K totožnému závěru dospěl rozšířený senát Nejvyššího správního soudu rovněž v usnesení ze dne 31. 8. 2005, č. j. 2 Afs 144/2004–110 (srov. např. i rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 5. 2025, č. j. 4 Afs 244/2024–41, nebo ze dne 17. 9. 2024, č. j. 9 Afs 122/2024–40).

33. Současně je nutné připomenout závěry obsažené v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2020, č. j. 10 Afs 304/2019–39, že je třeba si uvědomit, že zásahová žaloba není univerzálním prostředkem ochrany proti jakémukoli úkonu správního (daňového) orgánu, který se žalobkyni nelíbí. Právě naopak, je subsidiárním prostředkem ochrany, a to buď vůči právním prostředkům dostupným u správních (daňových) orgánů, nebo vůči jiným druhům žalob dostupným ve správním soudnictví. Jinak řečeno, zásahová žaloba plní roli pomocného prostředku ochrany a doplňku tam, kam ochrana žalobou proti rozhodnutí podle § 65 a násl. s. ř. s. nedosáhne (srov. nález Ústavního soudu ze dne 14. 1. 2020, sp. zn. III. ÚS 2383/19, či usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2010, č. j. 7 Aps 3/2008–98).

34. Vycházeje z výše uvedeného tak soud přistoupil k hodnocení samotného merita projednávané věci, kterým bylo posouzení otázky, zda se v případě zahájení daňové kontroly žalobkyní dodatečně uplatněných nároků na odpočet DPH za zdaňovací období prosinec 2020, 2021 a 2022 (viz oznámení o zahájení daňové kontroly ze dne 24. 10. 2024, č. j. 1850422/24/2514–60562–507986) jednalo o opakovanou (nezákonnou) daňovou kontrolu, která prověřuje již jednou zastřenými daňovými kontrolami prověřený princip a důvod pro uplatnění poměrného nároku na daný odpočet.

35. Podle § 87 odst. 1 daňového řádu je daňová kontrola zahájena doručením oznámení o zahájení daňové kontroly, ve kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly.

36. Předmětem daňové kontroly jsou přitom podle § 85 odst. 1 daňového řádu daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení. Možno k tomu v obecné rovině doplnit také rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2024, č. j. 5 Afs 316/2023–41, v němž bylo konstatováno, že „v aktuálním znění daňového řádu je zahájení daňové kontroly vázáno na doručení oznámení o zahájení daňové kontroly, ve kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly (§ 87 odst. 1 daňového řádu, ve znění účinném od 1. 1. 2021). Kromě vyhledávací činnosti a daňové kontroly upravuje daňový řád další postupy při správě daní (vysvětlení, místní šetření, postup k odstranění pochybností). Z hlediska posouzení projednávané věci je podstatné to, že správce daně není oprávněn neomezeně si vybírat, který postup při správě daní v konkrétním případě zvolí, jak dlouho a v jaké intenzitě v něm bude pokračovat. Správce daně je povinen respektovat při své činnosti zákonný rámec konkrétního postupu při správě daní a pohybovat se pouze v jeho mezích. (…) Otázka rozlišení vyhledávací činnosti a tzv. skryté daňové kontroly vyžaduje komplexní posouzení konkrétních úkonů. Vedle toho je zapotřebí zohlednit také množství a rozsah podkladů vyžádaných a prověřovaných správcem daně a dalších okolností samotné vyhledávací činnosti, zejm. skutečností, které vyhledávací činnosti předcházely a které následovaly. Teprve na základě celkového zhodnocení všech okolností posuzované věci lze vyhodnotit, zda postup správce daně odpovídal vyhledávací činnosti, či zda již spadal do rámce daňové kontroly“ (srov. i např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 2. 2023, č. j. 5 Afs 287/2021–32, ze dne 23. 9. 2024, č. j. 5 Afs 278/2023–58, nebo ze dne 4. 10. 2024, č. j. 7 Afs 104/2024–27).

37. Nejvyšší správní soud ve své judikatuře dále zdůraznil, že daňovou kontrolou v materiálním smyslu není jakýkoliv sběr informací o konkrétním daňovém subjektu. Správce daně tedy může s daňovým subjektem v rámci postupu ve věci (viz vyhledávací činnost, vysvětlení, místní šetření, či postup k odstranění pochybností dle daňového řádu) komunikovat. Pokud správce daně tzv. „mapuje terén“, tedy vyhledává a opatřuje podkladové informace, které však hodnotí jen vzhledem ke svému dalšímu postupu, nikoliv ve vztahu ke konkrétní daňové povinnosti, neprovádí tzv. skrytou daňovou kontrolu (srov. též rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2022, č. j. 3 Afs 8/2020–41, ze dne 15. 6. 2021, č. j. 3 Afs 348/2019–34, ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020–29, či ze dne 19. 11. 2025, č. j. 9 Afs 182/2024–108). Za podstatné lze v tomto směru označit také závěry již dříve citovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2024, č. j. 5 Afs 316/2023–41, že se nejednalo o skrytou daňovou kontrolu v případě, kdy „správce daně stěžovatelku kontaktoval s obecnými dotazy ohledně způsobu jejího obchodování a dotazy ohledně jejích dodavatelů. Ani to, že správce daně požadoval naskenovat konkrétní doklady, nepředstavuje provádění skryté daňové kontroly.“ (srov. i rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 3. 2025, č. j. 10 Afs 214/2024–85).

38. Naproti tomu je možno poukázat na konkrétní příklady situací, které Nejvyšší správní soud v minulosti označil za materiální zahájení daňové kontroly. Jednalo se např. o výzvu ke splnění povinností spojenou s oznámením o místním šetření, ve které správce požadoval po daňovém subjektu masivní rozsah informací (účetnictví a evidence pro daňové účely), a to postupem, který odpovídal daňové kontrole (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 5. 2017, č. j. 4 Afs 14/2017–36). Dalším příkladem je e–mail správce daně, ve kterém požadoval po daňovém subjektu zodpovězení řady otázek, a to výslovně za účelem ověření jednotlivých skutečností vyplývajících z jeho daňového přiznání. Nadto ode dne odeslání e–mailu až do formálního zahájení daňové kontroly správce daně plynule prováděl kontrolní činnost – tj. od daňového subjektu vyžadoval podklady, prováděl místní šetření apod (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020–29).

39. Pokud pak žalobkyně v rámci své povšechné a značně rozbíhavé argumentace ve věci výslovně označila za „důkaz“ nezákonného zásahu žalovaného výzvu k prokázání skutečností ze dne 8. 4. 2025, č. j. 761585/25/2514–60562–507986, zdejší soud k tomu předně odkazuje na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 7. 2006, č. j. 8 Aps 2/2006–95, a ze dne 30. 1. 2007, č. j. 2 Aps 6/2006–70, ve kterých se Nejvyšší správní soud zabýval tím, zda konkrétní výzva správce daně učiněná v rámci daňové kontroly může zasáhnout do právní sféry žalobce takovým způsobem, jež by zakládal podmínky pro uplatnění obrany prostřednictvím zásahové žaloby. „Z těchto rozsudků přitom vyplývá, že výzva zpravidla není s to zkrátit žalobce přímo na jeho právech a jejím nevyhověním se žalobce nevystavuje riziku žádné sankce. Výzva je úkonem bezprostředně nevynutitelným a žádná práva žalobce proti jeho vůli přímo neomezuje ani nezkracuje. Ani skutečnost, že v případě, že nebudou splněny některé ze zákonných povinností a nebude–li v důsledku toho možnost stanovit daň na základě dokazování, a ta pak bude stanovena podle pomůcek, nelze považovat za zkrácení subjektivních práv žalobce, jakkoliv jej tato informace může znejistět a vyvolat v něm pocit jistého ohrožení. K doměření daně uvedeným způsobem by ovšem došlo rozhodnutím správce daně, proti kterému žalobce má prostředky obrany v podobě odvolání a případného soudního přezkumu dle § 65 a násl. s. ř. s. Prostřednictvím žaloby na ochranu před nezákonným zásahem nelze podrobovat testu zákonnosti jednotlivé procesní úkony správního orgánu, které zpravidla směřují k vydání rozhodnutí a samy o sobě nepředstavují zásah do práv účastníka řízení.“ (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 2. 2016, č. j. 6 Afs 84/2015–31). Lze tedy uzavřít, že samotnou výzvu k prokázání skutečností učiněnou v rámci daňové kontroly zpravidla nelze považovat za nezákonný zásah, z čehož je třeba za vyvstalé situace vycházet i v nyní projednávaném případě.

40. Dále se zdejší soud zabýval značně obecným žalobním tvrzením, že žalobkyně legitimně očekávala, že žalovaný bude i nadále uznávat jí od roku 2013 formou dodatečných daňových přiznání uplatněný poměrný nárok na odpočet DPH, aniž by tedy zahájil namítanou daňovou kontrolu, jejímž předmětem je DPH za zdaňovací období prosinec 2020, 2021 a 2022, konkrétně v rozsahu přijatých zdanitelných plnění od plátců, která žalobkyně vykázala na řádku 40 dodatečných daňových přiznání k DPH za nadepsaná zdaňovací období (viz oznámení o zahájení daňové kontroly ze dne 24. 10. 2024, č. j. 1850422/24/2514–60562–507986).

41. V tomto ohledu soud nad rámec již dříve uvedeného zdůrazňuje, že jedná–li se o různé daňové povinnosti za různá zdaňovací období, mají daňové orgány zcela logicky a v souladu se zákonem pravomoc posoudit u každého případu rozhodné skutečnosti samostatně a originárně, byť tyto skutkové okolnosti vycházejí třeba i ze stejného základu. Jinak řečeno, skutkové závěry z jiného daňového řízení tak u daňového subjektu v zásadě nemohou automaticky vyvolat legitimní očekávání stran prokázaných skutkových okolností, neboť z důvodu specifičnosti rozložení důkazního břemene nelze ani u případů s obdobným skutkovým stavem předvídat jejich výsledek. Ten totiž bude záviset zejména na tom, jaké úsilí daňový subjekt vyvinul k unesení svého důkazního břemene v té které věci (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 3. 2019, č. j. 1 Afs 360/2018–24, nebo ze dne 12. 11. 2024, č. j. 7 Afs 325/2023–57).

42. Námitkou legitimního očekávání v souvislosti s výsledkem předchozích kontrolních postupů správce daně se přitom Nejvyšší správní soud zabýval např. v rozsudku ze dne 13. 10. 2023, č. j. 5 Afs 193/2022–41: „Základní logika věci totiž zůstává stále stejná: osoba může nabýt legitimního očekávání zpravidla z dlouhodobé ustálené rozhodovací praxe, a pokud taková praxe k dané otázce není, a vychází–li se tedy z jediného či několika mála případů, musí být přítomen jiný aspekt, který dlouhodobost rozhodování nahradí, a to právě ujištění, z něhož vyplývá, že se správní orgán konkrétní situací zabýval, právně ji posoudil a výslovně potvrdil, že dospěl k závěru svědčícímu ve prospěch subjektu.“ (srov. také rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 5. 2021, čj. 8 Afs 114/2019–52). Při pohledu na posuzovanou věc tímto prismatem je zřejmé, že by žalobkyni teoreticky mohlo legitimní očekávání ohledně způsobu uplatňování poměrného nároku na odpočet DPH prostřednictvím dodatečných daňových přiznání v čase vzniknout jedině tehdy, pokud by toto uplatňování vycházelo z opakujících se zcela totožných skutkových okolností (zdanitelných plnění), přičemž by se jimi při daňových kontrolách týkajících se předcházejících zdaňovacích období (tj. od roku 2013) žalovaný jako správce daně detailně zabýval a výslovně by potvrdil, že způsob uplatňování poměrného nároku na odpočet DPH provedený žalobkyní prostřednictvím dodatečných daňových přiznání, založený na neměnných skutečnostech jednotlivých konkrétních případů, byl zákonný. Taková situace však v nyní řešeném případě (tj. od roku 2013) nenastala, neboť DPH za zdaňovací období prosinec 2013 až 2019 byla žalobkyni vždy vyměřena v souladu s daní jí tvrzenou – tzv. konkludentně (vyjma dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2014, avšak ani v tomto případě nebyly žalovaným vůči žalobkyni činěny kontrolní postupy). Ostatně ani sama žalobkyně v žalobní argumentaci na žádné takové relevantní ujištění ze strany žalovaného nepoukázala. K tomu je případným pro úplnost upozornit i na závěr podávající se z rozsudku Nejvyššího správní soud ze dne 15. 8. 2025, č. j. 5 Afs 16/2025–109, že „každopádně však pouhé provedení daňové kontroly (zde byla zahájena až toliko namítaná daňová kontrola) bez jakéhokoliv vyjádření k daňové evidenci (zde žalobkyní uplatněnému poměrnému nároku na odpočet DPH), tj. pouhé nerozporování její průkaznosti, nemohlo stěžovateli založit legitimní očekávání, že při další daňové kontrole nebude daňová evidence shledána neprůkaznou (zde shledán postup žalobkyně za nezákonný).“ Zvláště podstatným je pak v tomto ohledu konstatování Nejvyššího správního soudu, plynoucí z rozsudku ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023–52, že „provedení daňové kontroly v předchozím zdaňovacím období nemá za následek nemožnost v plném rozsahu zkontrolovat správnost daňové povinnosti ve vztahu k dalším zdaňovacím obdobím.“ 43. V daném kontextu soud odkazuje též na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 11. 2024, č. j. 8 Afs 125/2024–45, z něhož se podává přiléhavý závěr, že „při konkludentním vyměření daně nedochází k právnímu posouzení správnosti v daňovém přiznání deklarovaných údajů. Pokud se správce daně spolehne na údaje tvrzené daňovým subjektem, aniž by je podrobil hodnocení či kontrole, nezakládá tím ustálenou správní praxi ohledně výkladu rozhodné právní otázky, neboť v dané chvíli žádný výklad neprovádí. Jinými slovy, konkludentní vyměření nároku na vrácení daně na základě podaných přiznání není způsobilé založit ustálenou správní praxi.“ (srov. např. i rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 12. 2024, č. j. 6 Afs 272/2023–60). K samotné povaze konkludentního vyměření daně se ostatně Nejvyšší správní soud vyjádřil již v rozsudku ze dne 28. 8. 2014, č. j. 7 Afs 94/2014–53, tak, že „zde správce daně daň žádným způsobem nezkoumá, nehodnotí, neposuzuje zákonnost výše základu daně, daně a jejich právního a skutkového základu. (…) správce daně v případě konkludentního vyměření nevykonává žádnou činnost (aktivitu). Naopak k vyměření daně dojde bez jeho jakéhokoliv přičinění – fikcí – přímo ze zákona.“ (srov. i rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 10. 2015, č. j. 3 Afs 22/2015–40). Vycházeje z citovaného proto ani v nyní projednávané věci žalovanému nic nebránilo v tom, aby (aktuálně) důkladně posoudil, zda žalobkyně v dodatečných daňových přiznáních k DPH za zdaňovací období prosinec 2020, 2021 a 2022 uplatnila nárok na odpočet daně zákonným způsobem. Vzhledem k popsanému – tj. že DPH za dřívější zdaňovací období byla žalobkyni vyměřena v souladu s daní jí tvrzenou – tzv. konkludentně, resp. že žalovaným nebyly činěny kontrolní postupy – tak vůči žalobkyni nelze ani v těchto konsekvencích hovořit o správní praxi, ale nanejvýš o dlouhodobém konkludentním postupu žalovaného jako správce daně, protože daňová tvrzení žalobkyně v minulosti nebyla detailně přezkoumávána. Zjednodušeně řečeno žalovaný jí „pouze vracel“ daň, aniž by k tomu vedl výslovné právní úvahy a podrobná hodnocení.

44. Pro úplnost zdejší soud poukazuje i na usnesení Ústavního soudu ze dne 16. 8. 2022, sp. zn. I. ÚS 3101/21, ve kterém bylo k námitce porušení legitimního očekávání vysloveno, že „k vratce spotřební daně stěžovatelce docházelo na základě konkludentní činnosti celních orgánů. Takové stanovení daně s ohledem na shora předestřený a v ústavní rovině bezvadný právní názor kasačního soudu nemohlo stěžovatelce založit jakákoliv očekávání budoucího postupu, jelikož při něm správce daně nijak nehodnotil ani neposuzoval zákonnost jejího nároku. Správce daně totiž vycházel jen z jejích tvrzení coby daňového subjektu, takže ve výsledku vyměřil takovou daň, jakou sama tvrdila. Není tu proto rozhodné, že teprve s časovým odstupem došlo ze strany správce daně k vlastnímu posouzení právní otázky, (…). Podstatné je, že správní orgán zde nepostupoval (a z podstaty věci ani nemohl postupovat) se zpětnou účinností v neprospěch stěžovatelky jako daňového subjektu. Naproti tomu dosavadní konkludentní vyměření daně nezakládalo specifickou správní praxi, takže ani nemohlo představovat překážku pro vyjevení právní otázky s přihlédnutím k absenci legitimního očekávání stěžovatelky. Na tomto závěru nic nemění ani případná šetření či kontroly, jimiž správce daně prověřoval dílčí skutečnosti.“ 45. V návaznosti na vše shora uvedené tak zdejší soud ve věci uzavřel, že se v případě zahájení daňové kontroly žalobkyní dodatečně uplatněných nároků na odpočet DPH za zdaňovací období prosinec 2020, 2021 a 2022 (viz oznámení o zahájení daňové kontroly ze dne 24. 10. 2024, č. j. 1850422/24/2514–60562–507986) nejednalo o opakovanou (nezákonnou) daňovou kontrolu. Z dříve popsaného totiž jasně vyplývá, že o tzv. skrytou daňovou kontrolu jde zpravidla tehdy, když správce daně namísto pouhého zjišťování podkladových informací provádí ve své podstatě již zjišťování a ověřování včetně provádění dokazování správnosti stanovení daňové povinnosti. Tak tomu nicméně v řešeném případě nebylo. Soud z předložené spisové dokumentace ověřil, že před oznámením o zahájení daňové kontroly ze dne 24. 10. 2024 byla DPH za dotčená zdaňovací období žalobkyni doměřena v zásadě v souladu s daní jí tvrzenou – tzv. konkludentně, přičemž pouze v určitých zdaňovacích obdobích došlo, jak ostatně v žalobě tvrdila i sama žalobkyně, nad rámec vlastního podání dodatečných přiznání k DPH včetně (stručného) vysvětlení způsobu výpočtu poměrného nároku na odpočet DPH (resp. stanovení výše poměrného koeficientu), toliko k předložení obecné záznamní povinnosti a doložení několika jednotek přijatých a vystavených daňových dokladů (dle záznamní povinnosti z násobně vyššího celkového počtu přijatých a vydaných daňových dokladů v daném zdaňovacím období). Pokud přitom žalovaný jako správce daně přistoupil k místnímu šetření, učinil tak právě za účelem pouhého dovysvětlení stanovení výše poměrného koeficientu žalobkyní; nadto ho provedl v sídle správce daně, nikoliv u žalobkyně samotné. S ohledem na výše citované judikaturní závěry a ve světle značně povšechné žalobní argumentace tak soud v posuzovaném případě shledal, že takové úkony (plynoucí v úplnosti z obsahu předložené spisové dokumentace) nelze považovat za materiální znaky provádění daňové kontroly ve zdaňovacích obdobích předcházejících namítané (zahájené) daňové kontrole, neboť se zjevně jednalo o prostá (do)vysvětlení, jimiž žalovaný jako správce daně povrchně prověřoval jen dílčí skutečnosti. Na základě těchto izolovaných úkonů tedy žalovaný najisto komplexně nezkoumal a neposuzoval zákonnost výše základu předmětné daně a jejího právního a skutkového základu – resp. toto v podrobnostech ani nemohl na základě učiněného (do)vysvětlení žalobkyně ve spojení s obecnou záznamní povinností (tj. výčtem daňových dokladů) a z jednotek předložených daňových dokladů (relevantně) provést.

46. Stěžejním přitom dle soudu ve věci zůstává fakt, že jedná–li se o různé daňové povinnosti za různá zdaňovací období, mají daňové orgány (žalovaný) zcela logicky a v souladu se zákonem pravomoc posoudit u každého případu rozhodné skutečnosti samostatně a originárně, byť tyto skutkové okolnosti vycházejí třeba i ze stejného základu (popř. principu či důvodu pro uplatnění poměrného nároku na odpočet daně). Ani případné provedení daňové kontroly v předchozím zdaňovacím období, což však ve věci nenastalo, jak už soud vyložil dříve k námitce žalobkyně o tzv. skryté daňové kontrole, nemá za následek nemožnost v plném rozsahu zkontrolovat správnost daňové povinnosti ve vztahu k dalším zdaňovacím obdobím (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023–52).

47. Žalobkyně se tak dle hodnocení soudu mílí v jádru jí uplatněné žalobní argumentace, když má v podstatě za to, že pokud žalovaný v minulosti – tj. ve vztahu k dřívějším zdaňovacím obdobím – teoreticky mohl cokoliv v kontextu jejích daňových tvrzení zkontrolovat, tak pokud takovou kontrolu učiní až v rámci budoucích zdaňovacích období, bude se jednat o nezákonnou (opakovanou) daňovou kontrolu. S takovým nepřípadně zjednodušujícím konstruktem však dle soudu nelze souhlasit, jak je zřejmé už z dříve uvedeného posouzení ve spojení s konstantní judikaturou Nejvyššího správního soudu, neboť je ke každému zdaňovacímu období v zásadě nutno přistupovat samostatně – tudíž se zohledněním konkrétních a specifických skutkových a právních okolností.

48. Vzhledem ke všemu dříve popsanému tak zdejší soud ve věci uzavírá, že v namítaném postupu žalovaného spočívajícím v provedení dotčené daňové kontroly u žalobkyně na DPH za konkrétní zdaňovací období (pozn. soudu – která byla již ukončena) neshledal nezákonný zásah, a proto žalobu jako nedůvodnou výrokem I. rozsudku podle § 87 odst. 3 s. ř. s. zamítl. V posuzovaném případě totiž nebylo v intencích podané žaloby na ochranu před nezákonným zásahem vyhodnoceno, že by bylo jednáním žalovaného nezákonně zasaženo do právní sféry žalobkyně ve smyslu porušení jejích veřejných subjektivních práv.

49. Současně soud podle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s. výrokem II. rozsudku nepřiznal žádnému z účastníků právo na náhradu nákladů řízení, neboť žalobkyně neměla ve věci úspěch a žalovanému, který ve věci úspěch měl, žádné náklady nad rámec jeho úřední činnosti nevznikly a nadto je ani nepožadoval.

Poučení

Žaloba Vyjádření žalovaného Replika žalobkyně Posouzení věci soudem