15 A 78/2023– 35

Rubrum

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Martina Kříže, soudkyně Mgr. Věry Jachurové a soudce Mgr. Bc. Jana Schneeweise v právní věci žalobkyně: Agentura ochrany přírody a krajiny České republiky, IČO 629 33 591 se sídlem Kaplanova 1931/1, Praha 4 proti žalovanému: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy se sídlem Karmelitská 529/5, Praha 1 v řízení o žalobě proti rozhodnutí ministra školství, mládeže a tělovýchovy ze dne 14. 3. 2023 č. j. MSMT–24759/2022–6 takto:

Výrok

I. Rozhodnutí ministra školství, mládeže a tělovýchovy ze dne 14. 3. 2023 č. j. MSMT–24759/2022–6 se zrušuje a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

1. Žalobou podanou u Městského soudu v Praze se žalobkyně (dále označovaná též jako „Agentura“) domáhala zrušení rozhodnutí uvedeného v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“), jímž ministr školství, mládeže a tělovýchovy (dále jen „ministr“) zamítl rozklad, který Agentura podala proti rozhodnutí žalovaného ze dne 17. 8. 2022, č. j. MSMT–7394/2022–9 (dále jen „prvostupňové rozhodnutí“). Prvostupňovým rozhodnutím žalovaný zamítl žádost Agentury o zápis do seznamu výzkumných organizací, jehož je žalovaný správcem podle § 33a odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků, a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o podpoře výzkumu“).

2. V prvostupňovém rozhodnutí žalovaný vymezil tyto znaky organizace pro výzkum a šíření znalostí ve smyslu čl. 2 bodu 83 GBER[1]: i) hlavním cílem subjektu je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí, ii) vedení odděleného účetnictví pro hospodářské činnosti, jsou–li vykonávány, iii) neexistence přednostního přístupu podniků, jež mohou na subjekt uplatňovat rozhodující vliv, k výsledkům jeho činnosti. Jedině naplňuje–li subjekt tyto (kumulativní) znaky, lze jej zapsat do seznamu výzkumných organizací dle § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu. Žalovaný Agenturu do seznamu nezapsal, protože podle něj neprokázala splnění první a druhé podmínky (znaku).

3. Agentura předně neprokázala, že jejím hlavním cílem je provádění nezávislého základního výzkumu, neboť k jeho provádění nebyla zřízena, ani jej fakticky samostatně a soustavně nevykonává (první znak). Je správním úřadem vykonávajícím státní správu, jenž byl zřízen zákonem č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZOPK“), který v § 73 pro Agenturu předpokládá pouze kooperační výzkum. Ve statutu ze dne 2. 3. 2021 bylo ohledně vědecké činnosti Agentury uvedeno pouze to, že na vědecké činnosti spolupracuje s ostatními organizacemi či výzkumnými a vědeckými pracovišti. Následně Agentury doložila aktualizovaný statut ze dne 26. 4. 2022, v němž je jako předmět činnosti uveden nezávislý základní výzkum a veřejné šíření jeho výsledků formou publikací. Dle žalovaného ale Agentura svůj statut účelově upravila. Ze všech předložených podkladů žalovaný dovodil, že provádí toliko kooperační výzkum.

4. Je pravdou že Agentura doložila seznam publikací v impaktovaných a recenzovaných časopisech, jakož i metodiky a jiné monografie, jimiž se snažila prokázat, že nezávislý základní výzkum dlouhodobě provádí. Nedoložila však návaznost uvedených publikací na její vlastní samostatnou výzkumnou činnost. Nezávislý výzkum Agentura podle žalovaného nevykonává také proto, že je podřízeným orgánem Ministerstva životního prostředí a poskytuje odbornou podporu při výkonu státní správy na úseku ochrany přírody a krajiny. Navíc sebe samu označila za uživatele výzkumu; na základě výzkumných činností upravuje, konkretizuje a zkvalitňuje své výstupy v rámci odborné a metodické podpory. Jedním z hlavních účelů nezávislého výzkumu je veřejné šíření jeho výsledků. Vykonává–li výzkumné činnosti Agentura pro sebe, veřejně je nešíří.

5. Žalovaný dále vyložil pojem publikování. Ten může mít povahu buďto nehospodářské činnosti (uveřejnění v relevantním médiu), anebo hospodářské činnosti (nakladatelská, resp. vydavatelská činnost). Předložený seznam publikací není seznamem s výhradní afiliací autorů k Agentuře; publikace vznikly i ve spolupráci s třetími stranami a takové výstupy nepovažuje žalovaný za šíření výsledků nezávislého výzkumu Agenturou. Vydávání vlastních publikací či periodik představuje hospodářskou činnost.

6. Dle přesvědčení žalovaného Agentura neprokázala ani splnění druhého znaku, tj. vedení odděleného účetnictví pro hospodářské činnosti. Bylo totiž zjištěno, že má příjmy z prodeje vlastních publikací. Neprokázala, že o těchto příjmech vede oddělené účetnictví.

7. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí plyne, že ministr považoval a priori za vyloučené, aby byl správní úřad (Agentura) organizací pro výzkum a šíření znalostí ve smyslu čl. 2 bodu 83 GBER. Byť je možné, aby správní úřad prováděl vědeckou činnost jako činnost „vedlejší“, z povahy věci nemůže být jeho hlavním cílem provádění nezávislého základního výzkumu, průmyslového výzkumu nebo experimentálního vývoje nebo veřejné šíření výsledků takových výzkumů či vývoje formou výuky, publikací nebo transferu znalostí. Pojmově je totiž vyloučeno, aby byl správní úřad založen za účelem provádění nezávislého výzkumu. Tuto myšlenku jako důvod zamítnutí žádosti žalovaný výslovně v prvostupňovém rozhodnutí neuvedl, implicitně ji však lze dovodit z bodů 20 a 21, v nichž se věnuje povaze Agentury coby správního úřadu.

8. Ministr se ztotožnil se žalovaným v tom, že Agentura neprokázala, že se věnuje provádění nezávislého základního výzkumu, a také v tom, že monitoring druhů a přírodních stanovišť nelze považovat za činnost, kterou by bylo možné naplnit první definiční znak organizace pro výzkum a šíření znalostí, a že vydávání metodik není experimentálním vývojem.

9. Protože Agentura nesplnila první definiční znak organizace pro výzkum a šíření znalostí uvedený v čl. 2 bodě 83 GBER, nezabýval se již ministr rozkladovou argumentací týkající se naplnění druhého definičního znaku.

10. V žalobě proti napadenému rozhodnutí Agentura označila právní názor ministra, že hlavním cílem správního úřadu nemůže být provádění nezávislého základního výzkumu, za nesprávný. Zdůraznila, že organizací pro výzkum a šíření znalostí se dle čl. 2 bodu 83 GBER rozumí jakýkoli subjekt bez ohledu na jeho právní postavení (zřízený podle veřejného nebo soukromého práva) nebo způsob financování. To, že je Agentura organizační složkou státu, nevylučuje, aby vedle výkonu státní správy prováděla nezávislý základní výzkum a veřejné šíření jeho výsledků formou publikování. Agentura v řízení před správními orgány dostatečně prokázala, že takovou činnost vyvíjí.

11. Dále poukázala na to, že byla zřízena v roce 1995 jako právnická osoba a v této formě působila 20 let. Coby správní úřad působí až od roku 2015. Vedle výkonu státní správy ovšem provádí i řadu jiných činností včetně nezávislého základního výzkum a veřejného šíření jeho výsledků formou publikování. Na to nemá její právní forma žádný vliv. Podle § 78 odst. 5 zákona o ochraně přírody a krajiny při přírodovědeckých průzkumech (a jiných výzkumných činnostech) spolupracuje s dalšími odbornými, výzkumnými a vědeckými pracovišti a zajišťuje informační a osvětovou činnost. Zákonodárce tudíž považuje Agenturu za výzkumné a vědecké pracoviště, stanovil–li, že spolupracuje s dalšími.

12. Dlouhodobá vědeckovýzkumná činnost Agentury plyne mj. z čl. 2.5 rozhodnutí ministra životního prostředí ze dne 7. 2. 1995, č. 7/95 (dále jen „zřizovací listina“). Proto je vadný ministrův názor, že je vyloučeno, aby byl správní úřad založen za účelem provádění nezávislého výzkumu. I následné aktualizace zřizovací listiny obsahují ustanovení o tom, že Agentura nejenže provádí výzkum, ale také šíří informace v oblasti ochrany přírody.

13. Napadené rozhodnutí je nezákonné také proto, že žalovaný porušil zásadu legitimního očekávání Agentury. Do seznamu výzkumných organizací totiž zapsal jiné organizační složky státu, např. Národní archiv, Státní oblastní archiv v Praze a Moravský zemský archiv v Brně (dále společně označované jako „archivy“). Hlavním posláním těchto institucí není výzkumná činnost, nicméně je jednou z mnoha jejich kompetencí, stejně jako tomu je v případě Agentury. Sám žalovaný v bodě 18 prvostupňového rozhodnutí uvedl, že znak provádění základního výzkumu coby hlavní činnosti bude rovněž naplněn, pokud byl žadatel zřízen za účelem vykonávání i jiných než primárních činností a primární činnosti organizace pro výzkum a šíření znalostí vykonává systematicky a soustavně, nikoliv nutně v převažující míře. Ministr však v napadeném rozhodnutí neodůvodnil, proč s touto úvahou nesouhlasí. V důsledku svého vadného právního názoru navíc ministr pominul všechny rozkladové námitky, což činí napadené rozhodnutí nepřezkoumatelným.

14. Agentura v další části žaloby zopakovala rozkladové námitky, protože se s nimi ministr nevypořádal. Je přesvědčena, že provádí tzv. základní výzkum ve smyslu čl. 2 bodu 84 GBER. Prokázala totiž, že od roku 2001 kontinuálně provádí vyhodnocování stavu druhů a biotopů na základě výsledku monitoringu druhů a stanovišť. Monitoringem (tj. sledováním stavu) získává nové poznatky o výskytu a stavu druhů a přírodních stanovišť, zvláště sleduje fenomény významné z hlediska ochrany přírody, např. druhy podléhající ochraně podle práva Evropského společenství nebo druhy významné na národní úrovni. Výsledky monitoringu Agentura dále zpracovává, vyhodnocuje, porovnává s národními i zahraničními zjištěními, výsledky interpretuje a vědecky publikuje. To je jednoznačně činnost naplňující znaky základního výzkumu. V této souvislosti podotkla, že prakticky totožnou činnost provádí např. Česká společnost ornitologická, což je spolek, jenž žalovaný do seznamu výzkumných organizací zapsal. Také v tomto směru bylo porušeno její legitimní očekávání.

15. Dalšími oblastmi výzkumu, který Agentura provádí, je mapování přírodních a přírodě blízkých biotopů, systematické mapování rozšíření a výskytu vybraných druhů, hodnocení stavu evropsky významných druhů a přírodních stanovišť či výzkum v rámci koncepční aktivní druhové ochrany v rámci záchranných programů. Je vědeckým orgánem CITES[2] podle § 27 odst. 1 zákona č. 100/2004 Sb.

3. Výstupem základního nezávislého výzkumu Agentury jsou dále metodiky. Ty zpracovává autorský kolektiv složený z jejích pracovníků, který na základě vlastního výzkumu a dat získaných monitoringem sestavuje metodický postup tvorby územně analytických podkladů. Metodika vždy projde standardní oponenturou, je publikována a je volně dostupná na webu Agentury. Není pravda, že Agentura nepředložila výzkumy s výhradní afiliací k ní. Předložila seznam svých publikačních výsledků za posledních 10 let, jejichž autory jsou její zaměstnanci (kteří naplňují definici vysoce kvalifikovaných pracovníků čl. 2 odst. 93 GBER).

16. K šíření výsledků výzkumné činnosti Agentura uvedla, že své výzkumy publikuje formou vědeckých článků či vlastních časopisů, průběžně také veřejnosti volně přístupnou Nálezovou databází ochrany přírody, z níž čerpá jak akademická, tak aplikovaná sféra.

17. Agentura se ohradila proti tomu, že jí žalovaný přičítal k tíži, že její výzkumné projekty nejsou zapsané v evidenci Rady pro výzkum, vývoj a inovace (dále jen „evidence RVVI“). Zanést své vědecké projekty do této evidence nebyla povinna a ani to k ničemu nepotřebovala. Projekty, které v evidenci jsou a na nichž se Agentura spolupodílela (Průchodnost dopravní infrastruktury pro faunu jako podmínka bezpečné a udržitelné dopravy, Centrum pro krajinu a biodiverzitu, Vodní systémy a vodní hospodářství v ČR v podmínkách změny klimatu) nepodléhají žádnému obchodnímu tajemství, jak je žalovaným nesprávně vytýkáno. Agentura neměla povinnost ani potřebu zanášet své výzkumné projekty ani do informačního systému výzkumu, vývoje a inovací (dále jen „ISVVI“), což jí žalovaný též neoprávněně vytkl.

18. Agentura připustila, že ve statutu neměla výslovně zakotvený základní výzkum coby předmět své činnosti. Bez ohledu na tento administrativní nedostatek, který napravila aktualizací statutu dne 26. 4. 2022, fakticky výzkumnou činnost dlouhodobě prováděla a provádí.

19. Agentura trvá na tom, že prokázala vedení odděleného účetnictví pro své výzkumné a hospodářské činnosti, a to opisem účtového rozvrhu dle osnovy 2022, opisem číselníku a hlavní knihy a čestným prohlášením. Týmiž dokumenty prokázal vedení odděleného účetnictví i Výzkumný ústav Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v. v. i., který v seznamu výzkumných organizací zapsán je. Také v tomto směru bylo porušeno její legitimní očekávání.

20. Agentura rovněž poukázala na to, že v rozkladu navrhla, aby ministr nařídil v dané věci ústní jednání. S tímto jejím návrhem se však ministr vůbec nevypořádal a rozhodl bez nařízení ústního jednání.

21. Z výše uvedených důvodů Agentura navrhla, aby soud napadené i prvostupňové rozhodnutí zrušil.

22. Žalovaný ve vyjádření k žalobě navrhl, aby soud žalobu zamítl. Napadené rozhodnutí je podle něj plně přezkoumatelné. Ministrův právní názor o apriorní neslučitelnosti statusu správního orgánu s definičními znaky organizace pro výzkum a šíření znalostí implicitně vypořádává všechny rozkladové námitky. Na tomto klíčovém právním názoru ministra žalovaný trvá. Subjektem dle čl. 2 bodu 83 GBER žalovaný rozumí pouze právnickou osobu, jejímž hlavním cílem je provádění nezávislého základního výzkumu, průmyslového výzkumu nebo experimentálního vývoje. Je sice pravdou, že GBER neklade další podmínky na povahu subjektu způsobilého žádat o zápis do seznamu výzkumných organizací, ty však klade tuzemská právní úprava. Doktrína správního práva (Hendrych, D. § 2 [Vykonavatelé (úřady, orgány)]. In: Hendrych, D. a kol. Správní právo. Obecná část. 9. vydání. Praha: C. H. Beck, 2016, s. 68, marg. č. 115.) definuje správní úřad jako vykonavatele veřejné správy zřízeného zákonem k plnění zákonem svěřených úkolů, využívajícího prostředky veřejného práva. Jeho hlavním cílem dle žalovaného nemůže být provádění nezávislého základního výzkumu, průmyslového výzkumu nebo experimentálního vývoje. Stejná situace nastává například u bank. To, že jsou v seznamu výzkumných organizací některé subjekty zapsané v rozporu s právní úpravou, nezakládá Agentuře legitimní očekávání.

23. Žalovaný je přesvědčen, že nepostačuje pouhá deklarace, že daný subjekt hodlá vykonávat výzkumnou činnost. Ustanovení čl. 2 bodu 83 GBER předpokládá, že subjekt bude výzkumnou činnost vykonávat a že z ní bude mít určité výsledky. Opačný výklad by byl v rozporu se smyslem a účelem vedení seznamu výzkumných organizací. Setrval na názoru, že kooperativní výzkum nelze považovat za výzkum nezávislý. Z ustanovení § 78 odst. 5 zákona o ochraně přírody a krajiny nelze dovodit, že zákonodárce Agenturu považuje za výzkumnou organizaci. Tento zákon svěřil Agentuře „pouhé“ sbírání dat, což nelze považovat za základní výzkum. Žalovaný nepovažuje statut Agentury za směrodatný v otázce, zda skutečně provádí základní výzkum. To, že Agentura nezanesla své projekty do evidence RVVI a ISVVI, neprokazuje, že základní výzkum neprovádí, ale ani to, že jej provádí. Faktem je, že povinnost vykazování výsledků v ISVVI dosažených s podporou z veřejných prostředků je stanovena zákonem o podpoře výzkumu. Dále žalovaný shrnul důvody, které jej vedly k závěru, že monitoring, výzkum s třetími subjekty či projekty pro konkrétní zadavatele nepovažuje za nezávislý výzkum. Agentura podle něj nemůže šířit výsledky výzkumu, protože 1) samostatný výzkum neprovádí (publikuje ve spolupráci se třetími subjekty), 2) vydává vlastní časopis, což není publikace dle zvyklostí v daném vědním oboru.

24. Co se týče nesplnění druhého znaku, jímž je vedení odděleného účetnictví pro vědecké aktivity, Agentura ani na výzvu nedoložila, že o odborných aktivitách – monitoringu (paragraf 3742 – Chráněné části přírody) a projektech „TA ČR DivLand“ a „TA ČR Voda“ vede oddělené účetnictví.

25. Žalovaný je toho názoru, že nebylo jeho povinností nařizovat ústní jednání, protože by to nemohlo prospět účelu řízení ani uplatnění práv Agentury.

26. Při rozhodování ve věci samé soud vycházel zejména z této právní úpravy:

27. Podle § 33a odst. 1 zákona o podpoře výzkumu seznam výzkumných organizací je informačním systémem veřejné správy, jehož správcem je Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy.

28. Podle § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu se do seznamu zapisují organizace, které požádaly o zápis do seznamu a prokázaly naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí stanovených předpisy Evropské unie včetně prokázání zapisovaných údajů.

29. Podle čl. 2 bodu 83 GBER se organizací pro výzkum a šíření znalostí rozumí subjekt (např. univerzita nebo výzkumný ústav, agentura pro transfer technologií, zprostředkovatel v oblasti inovací, fyzický nebo virtuální spolupracující subjekt zaměřený na výzkum) bez ohledu na jeho právní postavení (zřízený podle veřejného nebo soukromého práva) nebo způsob financování, jehož hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí. Vykonává–li tento subjekt rovněž hospodářské činnosti, je třeba o financování, nákladech a příjmech souvisejících s těmito činnostmi vést oddělené účetnictví. Podniky, jež mohou uplatňovat rozhodující vliv na takovýto subjekt, například jako podílníci nebo členové, nesmějí mít přednostní přístup k výsledkům, jichž dosáhl.

30. Podle čl. 2 bodu 84 GBER se základním výzkumem rozumí experimentální nebo teoretická práce vykonávaná především za účelem získání nových poznatků o základních principech jevů a pozorovatelných skutečností, která není zaměřena na přímé komerční uplatnění nebo využití.

31. Poté, co soud přezkoumal napadené rozhodnutí, jakož i řízení, které jeho vydání předcházelo, dospěl k závěru, že žaloba je důvodná.

32. Soud se nejprve zabýval namítanou nepřezkoumatelností. Agentura označila napadené rozhodnutí za nepřezkoumatelné z toho důvodu, že se žalovaný nevypořádal s jejími rozkladovými námitkami (což žalovaný ostatně ani nepopírá).

33. Ministr v napadeném rozhodnutí prezentoval právní názor, že Agentura nemůže být zapsána na seznam výzkumných organizací, protože je správním úřadem, jehož hlavním cílem z povahy věci nemůže být nezávislý základní výzkum. K rozkladovým námitkám, které se týkaly toho, zda Agentura provádí základní výzkum a zda je jeho provádění reálně hlavním cílem její činnosti, se vyjádřil pouze okrajově. Byť ministrův stěžejní názor soud nepovažuje za správný (a to z níže popsaných důvodů), nečiní nevypořádání rozkladových námitek napadené rozhodnutí nepřezkoumatelným.

34. Správní orgány nemají povinnost vypořádat se s každou dílčí námitkou, pokud proti tvrzení účastníka řízení postaví právní názor, v jehož konkurenci námitky jako celek neobstojí (viz nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009 sp. zn. III. ÚS 989/08 a rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 3. 2015 č. j. 9 As 221/2014–43). Nepřezkoumatelné není ani takové rozhodnutí, z jehož odůvodnění lze (byť i zohledněním celkového kontextu důvodů uvedených v odůvodnění) seznat, jaký názor správní orgán zaujal vůči důležitým skutkovým a právním otázkám podstatným pro rozhodnutí projednávané věci (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 12. 2017, č. j. 2 As 196/2016–123).

35. Z napadeného rozhodnutí lze seznat, na jakém východisku je zbudováno ministrovo zamítavé stanovisko k zápisu Agentury na seznam výzkumných organizací. Ministr vycházel z toho, že Agentura jakožto správní úřad „z povahy věci“, tj. za žádných okolností v seznamu výzkumných organizací být nemůže. Ministr tedy využil možnosti vystavět si vlastní právní názor, který podle jeho mínění převáží nad námitkami Agentury, a v důsledku toho nereagovat na všechny dílčí námitky. Tento přístup judikatura Nejvyššího správního soudu dlouhodobě připouští (viz např. rozsudek ze dne 27. 9. 2023, č. j. 10 Afs 9/2023–75, bod 18). Napadené rozhodnutí tudíž z tohoto pohledu nepřezkoumatelné není.

36. Mezi účastníky je spor o řešení otázky, zda Agenturu ze zápisu do seznamu výzkumných organizací bez dalšího diskvalifikuje skutečnost, že je správním úřadem. Soud dospěl k závěru, že právní názor ministra je vadný, tedy že unijní ani tuzemská právní úprava (ba ani česká správněprávní doktrína) nezapovídá, aby byl správní úřad (a organizační složka státu) do seznamu výzkumných organizací zapsán.

37. Zákon o podpoře výzkumu v § 33a odst. 2 přímo a bezpodmínečně odkazuje na definici uvedenou v čl. 2 bodě 83 GBER. Pro úplnost je třeba uvést, že zatímco GBER pracuje s pojmem organizace pro výzkum a šíření znalostí a definuje jej, zákon o podpoře výzkumu užívá s ohledem na ustálenou praxi a obecnou známost pojmu výzkumná organizace.

4. Obsahově se ovšem jedná o totéž.

38. Ustanovení čl. 2 bodu 83 GBER pro naplnění definice organizace pro výzkum a šíření znalostí stanoví formální i materiální znaky. Formálními znaky přitom soud rozumí předpoklad, že takovou organizací může být subjekt bez ohledu na jeho právní postavení nebo způsob financování, zřízený dle veřejného nebo soukromého práva.

39. SDEU rozsudkem ze dne 13. 10. 2022 ve věcech C–164/21 a C–318/21, Baltijas Starptautiska Akademija a Stockholm School of Economics in Riga, odpovídal na předběžné otázky stran toho, jaká kritéria jsou rozhodná pro kvalifikaci soukromé vysoké školy coby organizace pro výzkum a šíření znalostí. Opakovaně zdůraznil, že právní postavení subjektu je v této otázce irelevantní. „Uvedené svědčí o tom, že Komise, tedy autorka nařízení č. 651/2014, chtěla, aby se při kvalifikaci subjektu jako organizace pro výzkum a šíření znalostí nezohledňovala formální kritéria související s právním postavením dotčeného subjektu a s jeho vnitřní organizací.“ (bod 66). Byť se SDEU v citovaném rozsudku zabýval povahou soukromé vysoké školy, je jeho závěr zobecnitelný a plyne z něj, že právní forma subjektu jako taková neznemožňuje, aby subjekt splňoval kritéria organizace pro výzkum a šíření znalostí.

40. Při výkladu ustanovení unijního práva je třeba vzít v úvahu nejen jeho znění, ale i jeho kontext a cíle sledované právní úpravou, jejíž je součástí (rozsudek SDEU ze dne 26. 2. 2019 ve věcech C–202/18 a C–238/18, Rimševičs a ECB v. Lotyšsko). Obecným cílem GBER je lépe stanovovat priority činností v oblasti prosazování pravidel státní podpory (bod 3 preambule GBER), a to tak, aby poskytování podpory nenarušilo hospodářskou soutěž a bylo slučitelné s vnitřním trhem (čl. 107 odst. 1 Smlouvy o fungování EU). Konkrétně ve vztahu k podpoře výzkumu si klade za cíl napomoci udržitelnému hospodářskému růstu, posílit konkurenceschopnost a podpořit zaměstnanost (bod 45 preambule GBER, obdobně též bod 6 Rámce pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací). Rozhodně z něj neplyne, že by unijní normotvůrce chtěl stanovit pravidla pro poskytování podpory výzkumu, vývoje a inovací toliko právnickým osobám, resp. že by hodlal vyřadit správní orgány (úřady) z možnosti ucházet se v určitých případech o veřejnou podporu. V obecném měřítku totiž jde o podporu výzkumu jako takového, nikoliv o podporu (pouze) určitého typu subjektů.

41. Pro určení toho, jaká entita může být subjektem dle čl. 2 bodu 83 GBER, je třeba si uvědomit, že GBER je předpisem, jenž prohlašuje určité kategorie státní (veřejné) podpory za slučitelné s vnitřním trhem. Soud proto vycházel z toho, komu unijní právní úprava a judikatura SDEU umožňuje být příjemcem státní podpory.

42. Pravidla státní podpory se použijí pouze, je–li příjemcem podnik[5], což je jakýkoli subjekt vykonávající hospodářskou činnost bez ohledu na jeho právní formu a způsob jeho financování.

6. Označení konkrétní entity za podnik proto závisí zcela na (hospodářské) povaze jeho činnosti (rozsudek SDEU ze dne 17. 2. 1993 ve věci C–41/90, Höfner a Elser). Podnikem proto nemusí být pouze osoba, jak ji chápe zákon č. 89/2012 Sb., občanský zákoník, ale též například koncern tvořící ekonomickou jednotku. Důležité pro nyní projednávanou věc ovšem je, že SDEU dlouhodobě zastává názor, že skutečnost, že subjekt vykonává veřejnou moc, sama o sobě nebrání tomu, aby byl považován za podnik. Takový subjekt je však podnikem pouze ve vztahu k té části svých činností, které mohou být kvalifikovány jako hospodářské (rozsudek SDEU ze dne 11. 12. 2002 ve věci C–82/01 P Aéroports de Paris v. Komise, bod 74). Jinými slovy, pokud veřejnoprávní subjekt vykonává hospodářskou činnost, která může být oddělena od výkonu veřejné moci, jedná ve vztahu k této činnosti jako podnik a může být příjemcem veřejné podpory. Je proto třeba vždy zjistit u každé z činností veřejnoprávního subjektu, zda je oddělitelná od činností spadajících do jeho veřejnoprávních úkolů (rozsudek SDEU ze dne 11. 12. 2009, ve věci C–113/07 P, SELEX Sistemi Integrati v. Komise, bod 3).

43. Z výše uvedeného plyne, že příjemcem veřejné podpory v souladu s pravidly GBER může být i orgán státní správy, a to ve vztahu k jím vykonávaným činnostem, které se netýkají výkonu vrchnostenské správy. Byť soud v předešlém bodě rekapituloval ve vztahu k veřejné podpoře výklad pojmu podnik dle unijního práva, stejná pravidla by se měla s ohledem na kontext a účel nařízení GBER vztahovat i na termín organizace pro výzkum a šíření znalostí. Organizace pro výzkum a šíření znalostí je totiž v podstatě specifickým potenciálním příjemcem veřejné podpory. Není proto žádný rozumný důvod pro závěr, že orgán veřejné správy, který vykonává (též) hospodářskou činnost (jako podnik), může být příjemcem státní podpory, zatímco ve vztahu k nehospodářským činnostem, jež vykonává jako organizace pro výzkum a šíření znalostí, příjemcem státní podpory být nemůže.

44. Soud proto činí dílčí závěr, že čl. 2 bod 83 GBER nevylučuje, aby organizací pro výzkum a šíření znalostí byl orgán veřejné správy.

45. Organizací pro výzkum a šíření znalostí může být pouze takový subjekt, který splňuje tato (materiální) kritéria: 1) jeho hlavním cílem je provádět nezávisle základní výzkum, průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj nebo veřejně šířit výsledky těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí, 2) vykonává–li rovněž hospodářské činnosti, je třeba o financování, nákladech a příjmech souvisejících s těmito činnostmi vést oddělené účetnictví, 3) podniky, jež mohou uplatňovat rozhodující vliv na subjekt, například jako podílníci nebo členové, nesmějí mít přednostní přístup k výsledkům, jichž dosáhl.

46. SDEU se v již zmíněném rozsudku ze dne 13. 10. 2022 ve věcech C–164/21 a C–318/21, Baltijas Starptautiska Akademija a Stockholm School of Economics in Riga, věnoval výkladu pojmu hlavní cíl. Vysvětlil, že ve smyslu čl. 2 bodu 83 GBER může subjekt vykonávat povícero činností. Provádění nezávislého základního výzkumu (anebo průmyslového výzkumu či experimentálního vývoje) však musí být ústředním účelem, jehož se subjekt snaží dosáhnout, a musí převažovat nad případnými dalšími cíli, které organizace sleduje (body 46–48). Dále SDEU uvedl, že ukazatelů svědčících o tom, co je či není hlavním cílem subjektu, je mnoho (přičemž nejsou GBER konkrétně specifikovány), a že je vždy třeba hledět na všechny relevantní okolnosti a právní rámec daného případu při hodnocení, zda je hlavním cílem organizace provádění nezávislého základního výzkumu (body 52, 58 a 69).

47. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 8. 12. 2023, č. j. 5 As 336/2021–49 doplnil výše shrnuté závěry SDEU úvahou, že cíle představují určité mety či milníky, nelze je tedy přímo vykonávat. V řízení o zápisu na seznam výzkumných organizací žadatel musí prokázat, že vykonává činnosti, které k naplnění jím deklarovaného hlavního cíle směřují.

48. Soud zkoumal povahu činností, které Agentuře svěřil zákon o ochraně přírody a krajiny. V této souvislosti je ovšem zapotřebí zdůraznit, že pro žalovaného byl rozhodující skutkový a právní stav v době jeho rozhodování, a proto mohl přihlédnout pouze k aktuální náplni činnosti Agentury. Z tohoto důvodu je irelevantní, jakým způsobem vytyčila činnosti Agentury v minulosti její zřizovací listina, pokud v ní uvedené údaje neodpovídají aktuálnímu stavu.

49. Agentura je speciálním orgánem ochrany přírody a správním úřadem vykonávajícím státní správu v ochraně přírody a krajiny v rozsahu stanoveném tímto zákonem a jinými zákony [§ 75 odst. 1 písm. d), odst. 2 ZOPK]. Rozsah její působnosti vymezuje 78 ZOPK a zákon č. 100/2004 Sb. Agentura má v zásadě čtvero postavení.

50. Zaprvé vykonává, v rozsahu působnosti „obecných“ orgánů ochrany přírody, státní správu na území chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území, nejde–li o vojenské újezdy či národní parky a není–li příslušné Ministerstvo životního prostředí (§ 78 odst. 1 ZOPK). Výkon státní správy Agenturou lze tudíž označit za lokální. Její konkrétní věcnou působnost (oblast právních vztahů, o nichž autoritativně rozhoduje) dále stanoví § 78 odst. 3 ZOPK.

51. Zadruhé, Agentura na celém území České republiky (s určitými výjimkami) poskytuje finanční náhradu za ztížení zemědělského nebo lesního hospodaření z prostředků státního rozpočtu (§ 78 odst. 4 věta prvá ZOPK). Při sporech v této oblasti vzniklých je ovšem ve vztahu k nájemníkovi či vlastníkovi „omezeného“ pozemku v rovnoprávném postavení [usnesení zvláštního senátu zřízeného podle zákona č. 131/2002 Sb., o rozhodování některých kompetenčních sporů (dále jen „zvláštní senát“) ze dne 17. 2. 2009, č. j. Konf 10/2008–15]. Na celém území České republiky pak bezvýjimečně poskytuje finanční příspěvky ze státního rozpočtu k zajištění ochrany přírody a krajiny.

52. Zatřetí, Agentura vykonává odbornou činnost v oblasti ochrany přírody a krajiny (§ 78 odst. 5 ZOPK). To obnáší jednak provádění inventarizačních přírodovědných průzkumů, monitoringu, dokumentaci a šetření v ochraně přírody, ukládání, zpracovávání, vyhodnocování a poskytování dat v ochraně přírody, jednak spolupráci s odbornými, výzkumnými a vědeckými pracovišti a zajišťují informační a osvětovou činnost, a konečně Agentura přímo plní úkoly odborné organizace ochrany přírody podle požadavků Ministerstva životního prostředí.

53. Začtvrté, na základě § 27 odst. 1 zákona č. 100/2004 Sb., je Agentura je vědeckým orgánem CITES, a dle odst. 2 uvedeného ustanovení vykonává rozličné odborné činnosti, a to jak ve formě spolupráce s vědeckými orgány jiných členských zemí CITES či odbornými tuzemskými orgány, tak ve formě samostatného shromažďování odborných údajů o druzích živočichů a rostlin.

54. Aniž by ministr v napadeném rozhodnutí jakkoliv posuzoval povahu všech činností, které Agentura vykonává, dospěl k závěru, že jejím hlavním cílem (či slovy SDEU primárním účelem) nutně musí být, a to i podle české správněprávní doktríny, výkon veřejné správy, což automaticky znemožňuje, aby jejím hlavním cílem byl základní výzkum. Soud tento právní názor ministra považuje za příliš zjednodušující a v konečném důsledku za příliš restriktivní k veřejným subjektivním právům Agentury.

55. Soud připomíná, že veřejná správa se dělí na vrchnostenskou a nevrchnostenskou. Ty se od sebe liší tím, zda stát (obec apod.) může adresátům jednostranně určovat, co je pro ně právem a co není. Nevrchnostenská správa přitom představuje činnost obdobnou té, kterou provozují soukromníci. Tato část veřejné správy nepodléhá výhradě zákona a nejde o „působnost“ ve smyslu čl. 79 odst. 1 Ústavy.

7. Mezi prostředky, jimiž stát realizuje nevrchnostenskou správu, patří například uzavírání smluv (usnesení zvláštního senátu ze dne 30. 11. 2021, č. j. Konf 17/2020–15), správa majetku zřizovatelského subjektu či poskytování pečovatelských služeb (usnesení zvláštního senátu ze dne 16. 2. 2022, č. j. Komp 3/2021–26), anebo výkon veřejného opatrovnictví (usnesení zvláštního senátu ze dne 6. 5. 2021, č. j. Komp 3/2018–87).

56. Tuzemský právní řád Agentuře svěřuje širokou paletu úkolů (viz jejich rekapitulace výše), a to jak na poli správy vrchnostenské, tak i nevrchnostenské. Při plnění úkolů dle § 78 odst. 5 ZOPK a dle § 27 odst. 2 zákona č. 100/2004 Sb., Agentura nerozhoduje o právech a povinnostech osob.

57. Soud je přesvědčen, že činnost naplňující znaky nezávislého základního výzkumu, je–li realizována správním úřadem, je možné kvalifikovat jako výkon nevrchnostenské (veřejné) správy.

58. V návaznosti na shora uvedené lze v obecné rovině uzavřít, že je–li hlavním cílem subjektu – správního úřadu vykonávat nevrchnostenskou správu spočívající v základním výzkumu, bude možné tento subjekt označit za organizaci pro výzkum a šíření znalostí dle čl. 2 bodu 83 GBER, prokáže–li naplnění materiálních znaků podle tam uvedené definice, a tudíž jej i zapsat na seznam výzkumných organizací ve smyslu § 33a zákona o podpoře výzkumu. Soud tedy nesouhlasí s ministrem, že výkon veřejné správy a priori a „z povahy věci“ vylučuje, aby byl Agentuře přiznán status organizace pro výzkum a šíření znalostí. Takový závěr je zkratkovitý a vadný.

59. Soud se nadto domnívá, že ministrův výklad nepřípustně zužuje pojem organizace pro výzkum a šíření znalostí oproti tomu, jak tento pojem chápe unijní právo. Vždy je totiž třeba vycházet z toho, jak je určitý pojem vykládán v kontextu unijního právního řádu (k tomu např. rozsudek SDEU ze dne 18. 10. 1990 ve věcech C–297/88 a C–197/89, Dzodzi). Jak soud popsal výše, forma entity, jež se uchází o přiznání statusu organizace pro výzkum a šíření znalostí, nemůže a nesmí hrát při této klasifikaci roli. Bránil–li by samotný výkon veřejné správy tomu, aby bylo na správní úřad možno nahlížet jako na organizaci pro výzkum a šíření znalostí, de facto by tím byla vyloučena celá skupina subjektů (českých správních úřadů) toliko pro svou formu.

60. Soud však neshledal opodstatněnou žalobní argumentaci, podle níž lze na základě jazykového výkladu § 78 odst. 5 ZOPK ve znění účinném do 31. 12. 2023 bez dalšího dospět k závěru, že Agentura je výzkumným a vědeckým pracovištěm. Žalobní tvrzení, že dané ustanovení obsahuje informaci, že Agentura spolupracuje s dalšími odbornými, výzkumnými a vědeckými pracovišti, není pravdivé. Slovní spojení „s dalšími“ ustanovení § 78 odst. 5 ZOPK neobsahuje a nikdy neobsahovalo.

61. Pro úplnost soud uvádí, že nemohl přisvědčit ani dílčí žalobní námitce, že zápis archivů do seznamu výzkumných organizací založil Agentuře legitimní očekávání stran jejího vlastního zápisu. Žalovaný ve vyjádření k žalobě oponoval této námitce tím, že nezákonná praxe nemůže založit legitimní očekávání. V tom má sice v obecné rovině pravdu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 5. 2016, č. j. 5 As 155/2015–35, č. 3444/2016 Sb. NSS), nicméně pouhý odkaz na toto pravidlo bez bližšího zdůvodnění není dostatečný a v kontextu závěrů, které soud učinil o možnosti zápisu správních úřadů do seznamu výzkumných organizací, je též nepřípadný.

62. Archivy jsou správními úřady na základě § 42 písm. b) zákona č. 499/2004 Sb., o archivnictví a spisové službě, a jejich úkolem je, mimo nepřeberného množství jiných úkolů (zahrnujících správu vrchnostenskou i nevrchnostenskou), i vědecká a výzkumná činnost [srov. § 46 odst. 2 písm. g), h), odst. 3 písm. d) zákona o archivnictví a spisové službě]. Soud proto do jisté míry rozumí argumentaci Agentury v tom smyslu, že „je–li v seznamu výzkumných organizací zapsán jeden správní úřad, lze do něj zapsat i jiný“. V případě archivů se však jedná o zcela jinou instituce zřízené jiným zákonem a působící v odlišné (právní i společenské) oblasti. V řízení o zápisu do seznamu výzkumných organizací archivy také prokazovaly svou výzkumnou činnost jinými podklady, než to činila Agentura. Ta tudíž nemá právní nárok na zápis do seznamu pouze proto, že v něm je zapsán jiný subjekt téhož právního postavení.

63. Soud uzavírá, že správní úřady nejsou a priori vyloučeny ze zápisu do seznamu výzkumných organizací podle § 33a zákona o podpoře výzkumu. Právní forma subjektu žádajícího o takový zápis totiž není určující. Není ani a priori vyloučeno, aby hlavním cílem správního úřadu bylo nezávislé provádění výzkumu. Žádá–li však správní úřad o zápis do seznamu výzkumných organizací, musí mj. prokázat, že provádění nezávislého základního či průmyslového výzkumu anebo experimentálního vývoje je jeho hlavním cílem. Jsou–li mu zákonem svěřeny různé úkoly, mezi nimi i činnosti, které mohou naplnit definici základního nezávislého výzkumu, je úlohou žadatele o zápis prokázat, že jeho činnost spočívá primárně v provádění základního výzkumu, a že ostatní činnosti mají do jisté míry podružnou povahu.

64. Zbývá posoudit, zda Agentura prokázala, že nezávisle vykonává základní výzkum, popř. průmyslový výzkum či experimentální vývoj, a pakliže ano, zda je tato činnost jejím hlavním cílem (tj. splnění prvního definičního znaku dle čl. 2 bodu 83 GBER), a zda prokázala, že vede oddělené účetnictví své hospodářské a nehospodářské činnosti.

65. Ministr se v napadeném rozhodnutí povahou činností vykonávaných Agenturou zabýval jen marginálně a otázce odděleného účetnictví se nevěnoval vůbec. Uvedl, že i) se ztotožňuje se žalovaným v posouzení otázky prvního definičního znaku, ii) argumenty uvedené v rozkladu nejsou způsobilé tento závěr zvrátit, iii) monitoringem lze získat nové poznatky, není však podle něj základním výzkumem (bez bližšího odůvodnění), iv) vydávání metodik není experimentálním vývojem. V důsledku vadného právního názoru o neslučitelnosti statusu správního úřadu se statusem výzkumné organizace ministr zcela pominul rozkladovou argumentaci Agentury, jíž se snažila vyvrátit závěry žalovaného vtělené do prvostupňového rozhodnutí. Jedná se přitom o skutkové i právní otázky, které mají být předmětem úvahy správního orgánu rozhodujícího o rozkladu. Odpovědi na ně nejsou zcela jednoznačné a zhostil–li by se jich nyní soud, nahrazoval by tím činnost ministra, neboť by za něj dovozoval, na základě jakých skutkových a právních závěrů mohly být námitky uplatněné v rozkladu shledány (ne)opodstatněnými, popř. jaké důvody mohly vést k rozhodnutí, což je nepřípustné (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 11. 2003, č. j. 7 A 76/2002–47).

66. Soudu však nic nebrání nastínit ministrovi určitá obecná východiska, která v dalším řízení vezme s ohledem na uplatněnou rozkladovou argumentaci v potaz. Pro úplnost nutno poznamenat, že níže uvedenými závěry soud nikterak nepředjímá, zda podklady předložené Agenturou byly dostatečné či nikoli, anebo zda je její argumentace uplatněná v rozkladu důvodná. V dosavadním řízení však doposud rozklad dostatečně posouzen nebyl.

67. Zaprvé soud podotýká, že prvostupňovým rozhodnutím je Agentuře vytýkáno, že jí předložený seznam publikací v impaktovaných a recenzovaných periodikách neprokazuje existenci publikací s výhradní afiliací k Agentuře, nýbrž pouze publikace a výzkumy, na kterých Agentura spolupracovala se třetími osobami (bod 33 prvostupňového rozhodnutí). Agentura se v rozkladu nesnaží rozporovat závěr, že tzv. kooperativní výzkum nelze považovat za výzkum nezávislý. To by ostatně byla námitka lichá. Městský soud v Praze v rozsudku ze dne 26. 3. 2024, č. j. 3 A 97/2023–50 uvedl, že výzkum nezávislý a kooperativní je zapotřebí striktně odlišovat, „neboť jde o různé kategorie a činnosti (…) z jazykového výkladu pojmu ,nezávislý‘ plyne, že výzkum prováděný na kooperativní bázi je neslučitelný s významem dotčeného pojmu v běžném jazyce, který lze nahradit synonymem samostatný. (…) lze taktéž vycházet z teleologického výkladu. Účelem definičního znaku záležejícího v provádění ,nezávislého‘ výzkumu a vývoje je totiž mimo jiné zamezit dvojímu financování subjektů.“ Agentura ovšem tvrdí, že publikace, které předložila, jsou dílem jejích zaměstnanců, tudíž přičitatelné výhradně jí. S touto argumentací se bude ministr muset vypořádat.

68. Zadruhé soud považuje za potřebné zdůraznit, že Agentura tzv. monitoring nevydávala za nezávislý výzkum sám o sobě. Uvedla, že monitoring je prvotní fáze spočívající ve sběru dat, na níž navazuje fáze zpracování a vyhodnocování dat, jejich porovnání s národními i zahraničními zjištěními a následná interpretace výsledků. Celý proces je završen vědeckou publikací. V bodech 28 a 29 prvostupňového rozhodnutí žalovaný uvedl, že v monitoringu postrádá novost a originalitu. V tom mu sice lze dát za pravdu, nicméně monitoring je „pouze“ jednou z fází odborných činností, které Agentura provádí (což žalovaný ani ministr nezpochybnili). Ministr proto komplexně zváží, zda činnost, jejíž výkon Agentura doložila, naplňuje znaky nezávislého základního výzkumu.

69. Zatřetí je třeba, aby se ministr zaměřil to, jaké činnosti Agentura skutečně vykonává. Byť při hodnocení toho, zda je ten který subjekt možno označit za organizaci pro výkon a šíření znalostí, je možné vycházet ze různých podkladů doložených žadatelem, není účelné přikládat příliš velkou váhu tomu, jak je předmět činnosti naformulován ve statutu Agentury. Je–li cíl vykonávat nezávislý základní výzkum pouze deklarován, avšak ve skutečnosti není vykonáván, první definiční znak splněn není (srov. rozsudek Městského osudu v Praze dne 26. 3. 2024, č. j. 3 A 97/2023–50, bod 59).

70. Začtvrté, ministr řádně vypořádá rozkladovou argumentaci týkající se druhého definičního znaku organizace pro výzkum a šíření znalostí, tj. vedení odděleného účetnictví o financování hospodářských a nehospodářských činností. Zejména vezme v potaz specifické postavení Agentury jakožto organizační složky státu dle zákona č. 219/2000 Sb., o majetku České republiky a jejím vystupování v právních vztazích a s tím související její nakládání s majetkem a příjmy z hospodářských i nehospodářských činností, které Agentura již v žádosti vysvětlila a doložila opisem účtového rozvrhu dle osnovy 2022 či přehledem výdajů na nezávislou výzkumnou činnost za poslední 3 roky předcházející datu podání žádosti ze dne 22. 6. 2022. Ministr rovněž vysvětlí, jak naložil se skutečností, že jedním z předmětů činnosti Národního archivu je i vykonávání vydavatelské a publikační činnosti v oboru archivnictví a výkonu spisové služby, dějin správy, pomocných věd historických a historie [§ 46 odst. 2 písm. j) zákona o archivnictví a spisové službě], a to proto, že hlavní výtkou žalovaného k účetnictví Agentury bylo, že vydává vlastní monografie, což je publikační činnost hospodářské povahy.

71. Důvodná je i dle náhledu soudu žalobní námitka, že v napadeném rozhodnutí chybí jakékoliv odůvodnění toho, proč ministr k žádosti Agentury nenařídil ústní jednání. Návrh na konání ústního jednání Agentura navrhla v rozkladu proto, že při něm chtěla detailněji vysvětlit charakter svých vědeckých činností. Nařízení ústního jednání je zcela na úvaze správního orgánu a není třeba tento procesní návrh samostatně vypořádávat (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 9. 2015, č. j. 1 As 179/2015–52). Důvody, které jej vedly k nenařízení ústního jednání, však musí správní orgán vysvětlit, jinak může zatížit rozhodnutí vadou nepřezkoumatelnosti (k tomu viz nález Ústavního soudu ze dne 29. 7. 2013 sp. zn. I. ÚS 671/13, body 18 a 19). V napadeném rozhodnutí neuvedl ministr k návrhu Agentury na konání ústního jednání zhola nic. Byť žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že by nařízení ústního jednání nemohlo prospět právům Agentury a bylo by nehospodárné, soud připomíná, že důvody správního rozhodnutí nelze doplňovat až v řízení o žalobě. Vzhledem k tomu, že v řízení před správním orgánem byla sporná otázka povahy činnosti, kterou Agentura provádí, a Agentura při ústním jednání mínila povahu své činnosti ministru dovysvětlit (čili její návrh zjevně nebyl samoúčelný), měl se ministr alespoň stručně vyjádřit k tomu, proč ústní jednání v rámci řízení o rozkladu nařízeno nebylo, což však neučinil, a v této části zatížil napadené rozhodnutí vadou nepřezkoumatelnosti.

72. Soud napadené rozhodnutí podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zrušil pro nezákonnost, protože jej ministr zbudoval na vadném právním závěru, že Agentura coby správní úřad za žádných okolností nemůže být organizací pro výzkum a šíření znalostí, a věc v souladu s § 78 odst. 4 s. ř. s. vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Úkolem žalovaného bude zabývat se rozkladovými námitkami, jimiž Agentura věcně polemizovala s prvostupňovým rozhodnutím v otázce, zda vykonává základní nezávislý výzkum, zda je tento její hlavní činností a zda prokázala splnění druhé podmínky čl. 2 bodu 83 GBER, a sice vedení odděleného účetnictví svých hospodářských a nehospodářských činností. Právním názorem vysloveným ve zrušovacím rozsudku je v dalším řízení žalovaný vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.).

73. Soud pro úplnost dodává, že dílčím důvodem pro zrušení napadeného rozhodnutí byla jeho částečná nepřezkoumatelnost, neboť ministr v něm vůbec nevysvětlil, proč na žádost Agentury nenařídil ústní jednání.

74. Za splnění podmínek stanovených v § 51 odst. 1 s. ř. s. soud o věci samé rozhodl bez nařízení jednání.

75. Podle § 60 odst. 1 s. ř. s. má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. V projednávané věci měla sice z procesního hlediska plný úspěch Agentura, jíž však žádné důvodně vynaložené náklady v řízení nevznikly. Proto soud ve druhém výroku rozsudku rozhodl, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.