31 Af 3/2025 – 437

Rubrum

Krajský soud v Hradci Králové rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Magdaleny Ježkové a soudců JUDr. Ivony Šubrtové a Mgr. Tomáše Blažka ve věci žalobce: FC Hradec Králové – mládež, z.s. Malšovická 821/1 500 09 Hradec Králové zastoupen: Mgr. Davidem Rolným, advokátem vykonávajícím advokacii jako společník SPOLAK advokátní kancelář s.r.o. se sídlem v Liberci V – Kristiánov, 460 05, ul. 8. března 21/13 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství Masarykova 427/31, 602 00 Brno v řízení o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 20. února 2025, č. j. 5384/25/5100–10612–713127, takto:

Výrok

I. V řízení se pokračuje.

II. Rozhodnutí žalovaného ze dne 20. února 2025, č. j. 5384/25/5100–10612–713127, se zrušuje a věc se žalovanému vrací k dalšímu řízení.

III. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náklady řízení ve výši 15 269,40 Kč do rukou jeho zástupce, Mgr Davida Rolného, a to ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Odůvodnění

1. Včas podanou žalobou namítal žalobce nezákonnost shora identifikovaného rozhodnutí, jímž žalovaný zamítl odvolání žalobce a potvrdil tak platební výměr ze dne 3. 6. 2024, kterým byl vyměřen odvod za porušení rozpočtové kázně ve výši 297 967 Kč.

I. Žalobní body

2. Napadené rozhodnutí považuje žalobce za nezákonné a vadné z následujících důvodů. Uplynutí prekluzivní lhůty 3. Žalobce konstatoval, že napadená rozhodnutí byla vydána po uplynutí prekluzivních lhůt a žalobce tak nemohl a nemůže být penalizován. Konkrétně bylo řízení zahájeno po uplynutí prekluzivních lhůt stanovených v článku 3, odst. 1 Nařízení Rady ES 2988/95 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále také „Nařízení“).

4. Nesrovnalostí ve smyslu nařízení je dle žalobce i situace, kdy příjemce dotace porušil zásady zadávacího řízení: …porušení podmínek poskytnuté dotace s ohledem na zdroj jejího financování představuje zároveň nesrovnalost dle čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95.

5. Ze shora uvedeného dle žalobce plyne, že: a) k případnému porušení rozpočtové kázně by došlo nejpozději k 25. 4. 2018 in eventum max. tak, jak stanovuje správce daně v napadeném rozhodnutí ke dni 3. 6. 2019, tj. ke dni uhrazení faktury vybranému dodavateli, k neoprávněnému použití poskytnutých prostředků, resp. k načerpání dotace; b) řízení, ve kterém bylo zjištěno porušení rozpočtové kázně, bylo zahájeno dne 2. 11. 2023, tedy pět a půl roku po případném porušení rozpočtové kázně; c) platební výměr nabyl právní moci dne 24. 2. 2025, tedy téměř 7 let po případném porušení rozpočtové kázně.

6. V posuzovaném případě došlo ke zmeškání prekluzivní lhůty stanovené v čl. 3 odst. 1 Nařízení. Řízení bylo zahájeno až po čtyřleté prekluzivní lhůtě. Řízení resp. napadené rozhodnutí jakož i platební výměr jsou nezákonné.

7. Žalobce odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu z 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023–85, kde není pochyb o tom, že jde o lhůty prekluzivní: „povinnost podrobit se vyměření odvodu není časově bezbřehá, neboť je vázána prekluzivními lhůtami, k nimž je povinen správní orgán přihlížet z úřední povinnosti“ a dále že „vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty je (…) zapotřebí považovat za nezákonné“. K uplynutí prekluzivní lhůty je povinen z úřední povinnosti přihlížet i soud.“ 8. Dále žalobce poukázal na rozsudek Krajského soudu v Brně z 25. 3. 2024, č. j. 62 Af 9/2022–140, při řešení skutkově obdobného případu uvedl: „pakliže subjekt „poruší podmínky dotace poskytnuté, byť i zčásti, z rozpočtu Evropské unie, jedná se o neoprávněný výdaj, a tudíž nesrovnalost ve smyslu nařízení č. 2988/95…“. …. nařízení č. 2988/95 dopadá nejen na řízení, jejichž účelem je uložení sankce, ale i (na) řízení, jejichž výsledkem je uložení správního opatření, které může být v souladu s čl. 4 odst. 1 uvedeného nařízení chápáno rovněž jako odnětí neoprávněně získané výhody spojené s povinností zaplatit nebo nahradit neoprávněně získané prostředky…“….uplynutí prekluzivní lhůty je významnou hmotněprávní skutečností, k níž soud ve správním soudnictví přihlíží z úřední povinnosti; teprve dojde–li k závěru, že prekluzivní lhůta neuplynula, je dán prostor zabývat se ostatními námitkami….“ 9. Dále je v citovaném rozsudku uveden rozsudek SDEU ze dne 6. 10. 2015, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und–export, ve věci C–59/14, ze kterého vyplývá, že za okolností, kdy bylo porušení unijního práva zjištěno až poté, co došlo k poškození rozpočtu, začíná běžet prekluzivní lhůta od okamžiku, kdy mohlo dojít k poškození souhrnného rozpočtu Unie, resp. nesrovnalosti takto: „Okamžikem, kdy došlo k nesrovnalosti, je ve smyslu citované judikatury SDEU okamžik poskytnutí dotace (1.11.2011), neboť nejpozději tímto dnem došlo k porušení právního předpisu Společenství (Evropské unie) vyplývajícího z předchozího jednání žalobce (kromě porušení zadávacích podmínek spočívajícího v nedoložení kolaudačního souhlasu dne 19.3.2013), v důsledku kterého mohl být poškozen souhrnný rozpočet Unie, a to formou neoprávněného výdaje (k pravidlům počítání lhůty rovněž viz body 23 až 26 citovaného rozsudku SDEU ve věci C–59/14).“ 10. Ke shora uvedenému žalobce přiložil rozhodnutí o poskytnutí dotace, ze kterého je patrné naplnění shora uvedené podmínky, jakož i důkaz o datu načerpání dotace. Žalobce načerpal prostředky z dotace dne 3. 6. 2019, přičemž porušení rozpočtové kázně spočívající v porušení povinností žalobce v zadávacím řízení tomuto dni předcházelo. Prekluzivní lhůta pro zahájení řízení uplynula skončila 3. 6. 2023. Daňová kontrola, v jejímž rámci bylo zjištěno porušení rozpočtové kázně, však byla zahájena až dne 2. 11. 2023, tedy po uplynutí prekluzivní lhůty. Daňová kontrola tedy byla zahájena nezákonně. Ke stavění lhůty nedošlo. Neporušení zadávacích podmínek, nezákonnost napadeného rozhodnutí a porušení zásady materiální pravdy 11. Žalobce namítal, že platební výměr, resp. napadené rozhodnutí jsou nepřezkoumatelné, neboť se správce daně nevypořádal s ekonomickými důvody, kterými uzavíral domnělé pochybení žalobce. Odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 3 As 212/2014–36 ze dne 3. 9. 2015, který stanovuje „nedůvodné zúžení okruhu potencionálních zájemců“ a „rozumné ekonomické důvody“, jež určitou míru diskriminace připouští. Žalobce počítal s tím, že v důsledku pořízení více strojů od jednoho dodavatele dosáhne nižších nákladů na pořízení, na náhradní díly, na pravidelné technické kontroly, na opravy a servis apod. Správce daně si však utvořil pouze formální domněnku o tom, jak by bývalo mohlo zadávací řízení vypadat, avšak již nepředkládá žádné relevantní doklady, které by tyto domněnky potvrzovaly.

12. Žalobce se domáhal aplikace zásady in dubio pro libertate blíže rozvedené v nálezu ÚS I.ÚS 643/06 ze dne 13. 9. 2007.

13. Žalobce dále navrhl důkazy k doplnění, a to o znalecký posudek, který by stanovil veškeré relevantní informace o tržním prostředí v souvislosti s nákupem daného typu pořízené techniky, kdy správce daně tomuto nevyhověl avšak ani se k tomuto nevyjádřil. Správce daně tak porušil materiální zásadu správního řízení. Napadené rozhodnutí je tak stiženo dle názoru žalobce vadou, neboť správní orgán nezjistil skutkový stav řádně, přičemž je třeba si uvědomit, že se napadeným rozhodnutím výrazně zasahuje do práv žalobce 14. Žalobce má za to, že by měla být chráněna jeho dobrá víra (viz nález Ústavního soudu IV. ÚS 150/0).

II. Vyjádření žalovaného

15. Žalobce namítá, že žalobou napadené rozhodnutí a předmětný platební výměr byly vydány po uplynutí prekluzivní lhůty, a stejně tak bylo samotné řízení zahájené po uplynutí prekluzivních lhůt dle čl. 3 odst. 1 Nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropského společenství. Dle žalobce došlo k případnému porušení rozpočtové kázně ke dni 25. 4. 2018 (ke dni uzavření kupní smlouvy), nejpozději případně dne 3. 6. 2019 (ke dni uhrazení faktury vybranému dodavateli, tj. neoprávněnému použití poskytnutých prostředků), jak stanovil správce daně.

16. Sám žalobce má za to, že pokud se žalovaný domnívá, že došlo k porušení rozpočtové kázně, mělo k tomuto dojít již dne 25. 4. 2018, kdy byla uzavřena kupní smlouva s dodavatelem veřejné zakázky. Až alternativně žalobce připouští jako den porušení rozpočtové kázně 3. 6. 2019, kdy došlo k uhrazení faktury vybranému dodavateli. Žalovaný připomíná s odkazem na bod [18] žalobou napadeného rozhodnutí, že dle § 44 odst. 1 písm. b) zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), v rozhodném znění (dále jen „zákon o rozpočtových pravidlech“) je porušením rozpočtové kázně: „neoprávněné použití nebo zadržení peněžních prostředků poskytnutých ze státního rozpočtu, státního fondu, Národního fondu nebo státních finančních aktiv jejich příjemcem,…“ K neoprávněnému použití peněžních prostředků dle § 3 písm. e) zákona o rozpočtových pravidlech došlo nepochybně dne 3. 6. 2019, kdy byla proplacena faktura dodavateli veřejné zakázky. Toto datum je tedy východiskem pro výpočet prekluzivní lhůty pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně. Žalobce v řízení před správcem daně a žalovaným přitom námitku prekluze nevznesl.

17. Žalovaný uvedl, že ust. čl. 3 odst. 3 Nařízení stanoví, že „Členské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2“, přičemž členské státy nejsou žádným způsobem (s výjimkou zachování zásad právní jistoty a proporcionality) limitovány v tom, jaké lhůty jsou oprávněny stanovit. Z tohoto ustanovení žalovaný dovodil, že lhůty stanovené dle čl. 3 odst. 1 a 2 Nařízení lze aplikovat pouze v případech, kdy členský stát nevyužije možnosti dané mu čl. 3 odst. 3 tohoto Nařízení a do vnitrostátních právních norem nezahrne vlastní právní úpravu prekluzivních lhůt v této oblasti, neboť čl. 3 odst. 3 Nařízení výslovně stanoví možnost členských států uplatňovat na národní úrovni delší lhůty, než které vyplývají z obecné úpravy tohoto nařízení a jak vyplývá z dostupné judikatury SDEU, tohoto oprávnění národní zákonodárci bohatě využívají. Úprava délky běhu prekluzivních lhůt v Nařízení tak dle žalovaného představuje jakousi subsidiární úpravu pro případ, že délka těchto lhůt či některé z nich není (proporcionálně) stanovena na národní úrovni, srov. bod 84 stanoviska generálního advokáta k věci C–584/15.

18. Žalovaný upozornil, že právní řád České republiky úpravu promlčecích (resp. prekluzivních) lhůt v této oblasti zakotvuje v § 44a odst. 11 zákona o rozpočtových pravidlech, podle něhož „Odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.“ Vnitrostátní právní úprava sice nestanovuje jednotlivé specifické lhůty pro zahájení řízení a pro vydání rozhodnutí, ale stanovuje jednu absolutní lhůtu pro vydání rozhodnutí o vrácení poskytnutých finančních prostředků nebo jejich části. Je zcela nepochybné, že takové rozhodnutí nemůže být vydáno, aniž by předtím bylo vedeno správní řízení o jeho vydání. Jedná se tedy o zákonnou národní objektivní prekluzivní lhůtu, tj. v souladu s čl. 3 odst. 1 pododstavec čtyři Nařízení o absolutní lhůtu pro celé řízení od jeho zahájení až po vydání rozhodnutí.

19. Žalovaný je přesvědčen, že vnitrostátní právní úprava „stíhání“ (resp. vymáhání poskytnutých finančních prostředků, u kterých nebyly splněny sjednané podmínky) porušení právních předpisů při implementaci projektů spolufinancovaných z rozpočtu EU je komplexní a plně odpovídá dispozici upravené čl. 3 odst. 3 Nařízení. Vnitrostátní právní úprava, obsažená v zákoně o rozpočtových pravidlech, nejenže používá odlišnou terminologii (namísto širšího pojmu „nesrovnalost“ např. používá spojení „porušení rozpočtové kázně“, namísto spojení „finanční oprava“ je pak užit termín „odvod za porušení rozpočtové kázně“), ale vychází i z odlišného konceptu, kdy prekluzivní lhůta pro „uplatnění práva“, resp. pro zahájení řízení je v podstatě obsažena v prekluzivní lhůtě pro rozhodnutí o stanovení/vyměření odvodu. Jedná se tedy jak z hlediska hmotného práva, tak z hlediska práva procesního o ucelený soubor norem na vnitrostátní úrovni, který nejenže používá odlišnou terminologii, ale mj. taktéž v souladu se zmocněním čl. 3 odst. 3 Nařízení upravuje vlastní procesní i hmotněprávní lhůty (vč. prekluzivních lhůt), které dostatečným způsobem nejen respektuje základní zásady práva Evropské unie jako je zásada právní jistoty a proporcionality, ale také poskytuje správcům daně dostatečný prostor pro odnětí neoprávněně získané výhody (poskytnuté dotace) spojené s povinností zaplatit nebo nahradit neoprávněně získané částky, tj. chrání finanční prostředky Evropské unie. Žalovaný je přesvědčen, že česká právní úprava zásadě právní jistoty plně odpovídá, což dokazuje i ustálená rozhodovací praxe českých správních orgánů a soudů v dané oblasti.

20. Žalovaný měl na základě výše uvedeného za to, že lhůta stanovená v § 44a odst. 11 zákona o rozpočtových pravidlech obstojí svou definicí a konstrukcí jako lhůta promlčecí (resp. prekluzivní) dle čl. 3. odst. 1 Nařízení, resp. jako delší promlčecí lhůta stanovená Českou republikou v souladu s čl. 3. odst. 3 uvedeného Nařízení. Jinými slovy žalovaný je přesvědčen, že uvedená lhůta dle zákona o rozpočtových pravidlech (tzn. lhůta pro stanovení odvodu za porušení rozpočtové kázně v délce 10 let běžících od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně), má být považována za lhůtu pro uplatnění práva správního orgánu na vrácení toho, co neoprávněně poskytovatel dotace vyplatil příjemci evropských fondů.

21. Žalobce se s žalovaným v zásadě shodli na tom, že za den porušení rozpočtové kázně lze považovat datum 3. 6. 2019. Běh prekluzivní lhůty však dle § 44a odst. 11 zákona o rozpočtových pravidlech započal až následujícího roku a tedy dne 1. 1. 2020, tzn. nikoli v průběhu roku 2019. Z uvedeného vyplývá, že ke dni vydání žalobou napadeného rozhodnutí dne 21. 2. 2025 ještě neuplynula prekluzivní lhůta pro stanovení odvodů za porušení rozpočtové kázně.

22. Žalovaný závěrem zmínil, v současné době je řízení vedené u Nejvyššího správního soudu pod sp. zn. 10 Afs 81/2024 přerušeno z důvodu, že tento soud položil v rámci řízení o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem č. j. 141 Af 3/2023–53 ze dne 25. 3. 2024 ve věci Mikroregion Porta Bohemica SDEU (vedeno pod sp. zn. C–539/24) k rozhodnutí předběžné otázky, které se dotýkají dané problematiky.

III. Další vyjádření žalobce

23. Žalobce k datu 13. 6. 2025 sdělil, že argumentace žalovaného nemůže obstát, neboť opomíjí tu skutečnost, že v české právní úpravě není vymezeno, do jaké doby lze kontrolu zahájit, to znamená, že úprava není a nemůže být komplexní, kdy je třeba užít právě citované Nařízení, ostatně sám žalovaný připouští, že lhůta pro zahájení řízení ve vnitrostátní úpravě neexistuje.

24. Žalobce důrazně konstatoval, že výklad vnitrostátní právní úpravy je v tomto smyslu minimálně nejasný a správní orgán by tak měl postupovat vůči adresátům výkladem v jejich prospěch. V případě, že je totiž pochybnost o výkladu práva, pak je nutné přiklonit se ve prospěch takového výkladu, který je příznivější pro adresáta práva, kdy tuto skutečnost reflektuje jedna ze stěžejních zásad celého správního práva, zásada in dubio pro libertate.

25. Žalobce trval na tom, že napadené rozhodnutí je nepřezkoumatelné, neboť není řádně odůvodněné, resp. je zde vytvářena pouze výkladová fikce. Dle ustanovení § 35 smyslu § 4 odst. 2 zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek, v rozhodném znění (dále jen „zákon o zadávání veřejných zakázek“) tak zadavatel může rozdělit veřejnou zakázku na více částí, pokud tím neobejde povinnosti stanovené tímto zákonem. Pokud zadavatel zadává více částí veřejné zakázky v jednom zadávacím řízení, vymezí rozsah těchto částí a stanoví pravidla pro účast dodavatele v jednotlivých částech a pro zadání těchto částí. Žalobce konstatoval, že tedy postupoval v dobré víře a jak již konstatoval, tak počítal s tím, že v důsledku pořízení více strojů od jednoho dodavatele bude dosaženo nižších nákladů na pořízení, na náhradní díly, na pravidelné technické kontroly, na opravy a servis apod.

26. Dalším podáním ze dne 13. 1. 2026 žalobce odkázal na rozsudek Soudního dvora EU ze dne 27. 11. 2025 ve věci C–539/24 (Mikroregion Porta Bohemica proti Odvolacímu finančnímu ředitelství) a z něho dovodil, že argumentace žalovaného, který se odkazuje na vnitrostátní úpravu, konkrétně pak ustanovení § 44a odst. 11 zákona o rozpočtových pravidlech, podle něhož: odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně, nemůže obstát, neboť stát si nenastavil, resp. neprodloužil lhůtu pro zahájení daného řízení, a z těchto důvodů si nemůže nastavit absolutní lhůtu a nemůže dále řízení zahájit po čtyřleté lhůtě.

IV. Posouzení věci krajským soudem

27. Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v řízení podle části třetí hlavy druhé dílu prvního zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“) bez nařízení jednání, když žalobce i žalovaný vyslovili s tímto postupem souhlas v souladu s ust. § 51 odst. 1 uvedené právní úpravy. Po prostudování obsahu správního spisu v kontextu s žalobními námitkami pak usoudil následovně.

28. Z obsahu daňového spisu krajský soud zjistil, že žalobci byly Ministerstvem životního prostředí na základě rozhodnutí o poskytnutí dotace ze dne 11. 4. 2019, jehož nedílnou součástí jsou podmínky poskytnutí dotace a stanovení finančních oprav, poskytnuty veřejné peněžní prostředky v rámci Operačního programu životního prostředí 2014 – 2020 na realizaci projektu s názvem „Mobilní kompostárna Fotbal 88“. Celková částka dotace byla vyplacena z Fondu soudržnosti ve výši 3 781 223,18 Kč. Záměrem dotace bylo pořízení vybavení kompostárny na území Královehradeckého kraje v souladu se žádostí o podporu ze dne 26. 3. 2019.

29. Dne 14. 2. 2018 žalobce jakožto zadavatel ve smyslu § 4 odst. 2 zákona o zadávání veřejných zakázek na svém profilu zveřejnil výzvu k podání nabídky a zadávací dokumentace stran veřejné zakázky „Dodávka mobilní kompostárny vč. příslušenství pro zadavatele Fotbal 88, z.s. – nové vyhlášení“, jejímž předmětem byla dodávka 1 ks traktoru a mobilního kompostovacího zařízení (mísič a plnič). Veřejná zakázka byla zadána ve zjednodušeném podlimitním řízení s předpokládanou hodnotou 3 400 000 Kč bez DPH. Kritéria pro hodnocení nabídek byla složena z celkové ceny (váha 60 %) a lhůty dodání (váha 40 %). V průběhu zadávacího řízení obdržel žalobce jednu nabídku od společnosti Y–CZ s.r.o., se sídlem č.p. 129, 373 65 Neplachov, IČ: 28139887 (dále jen „Y–CZ“ nebo „vybraný dodavatel“), jež se stala vítěznou. Kupní smlouva byla s vybraným dodavatelem uzavřena dne 25. 4. 2018 na vysoutěženou částku 3 219 000 Kč bez DPH. Uvedenému předcházela dvě zadávací řízení (10/2016 a 1/2017), která byla zrušena.

30. Dne 2. 11. 2023 byla oznámením o zahájení daňové kontroly ze dne 1. 11. 2023 zahájena správcem daně daňová kontrola, a to v rozsahu plnění všech podmínek čerpání předmětné dotace. Na základě výsledku kontrolního zjištění v rámci provedené daňové kontroly dospěl správce daně k závěru, že žalobce porušil zásadu transparentnosti vyplývající z § 6 odst. 2 zákona o zadávání veřejných zakázek, když neumožnil zadání dílčího plnění zmíněné veřejné zakázky prostřednictvím rozdělení zakázky na části ve smyslu § 35 téhož zákona. Žalobce se tak dle správce daně dopustil skryté diskriminace a porušení podmínky uvedené v části II. čl. 6 Podmínek. V důsledku této skutečnosti tak došlo ke dni 3. 6. 2019, tj. ke dni uhrazení faktury vybranému dodavateli, k neoprávněnému použití poskytnutých prostředků ve smyslu § 3 písm. e) zákona o rozpočtových pravidlech a tím k porušení rozpočtové kázně ve smyslu § 44 odst. 1 písm. b) této právní úpravy.

31. V důsledku konstatování porušení rozpočtové kázně vydal správce daně dne 3. 6. 2024 platební výměr, kterým byl vyměřen odvod za porušení rozpočtové kázně do Národního fondu ve výši 297 967 Kč.

32. Z právní úpravy dotýkající se této problematiky lze dovodit, že podle § 44a odst. 9 zákona o rozpočtových pravidlech správu odvodů za porušení rozpočtové kázně a penále vykonávají finanční úřady podle daňového řádu [zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád]. Porušitel rozpočtové kázně má při správě odvodů za porušení rozpočtové kázně postavení daňového subjektu. Finanční úřad poskytuje na vyžádání informace získané při správě odvodů správnímu orgánu, který rozhodl o poskytnutí prostředků ze státního rozpočtu, státních finančních aktiv, státního fondu nebo Národního fondu, a orgánu oprávněnému ke kontrole těchto poskytnutých prostředků, jakož i ke kontrole použití prostředků státního rozpočtu nebo jiných peněžních prostředků státu, jde–li o informace týkající se správy odvodu za porušení rozpočtové kázně; to platí i pro příslušný orgán Evropské unie a správní orgán, který se podílí na správě těchto prostředků poskytnutých ze zahraničí. Penále, které vzniklo v důsledku porušení rozpočtové kázně před vyměřením, je splatné do 30 dnů ode dne doručení platebního výměru.

33. Dále je nutno zdůraznit, že takto nastolený právní rámec je nutno vykládat v kontextu s právem Evropské unie obsaženým ve shora vzpomínaném Nařízení 298/95.

34. Podle své preambule bylo Nařízení 2988/95 přijato mj. s ohledem na to, že má–li být boj proti podvodům poškozujícím finanční zájmy Společenství účinný, musí být stanoven společný právní rámec pro všechny oblasti politik Společenství.

35. Podle čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95 pro účely ochrany finančních zájmů Evropských společenství se přijímají obecná pravidla týkající se stejnorodých kontrol a správních opatření a sankcí postihujících nesrovnalosti s ohledem na právo Společenství.

36. Podle č. 1 odst. 2 Nařízení 2988/95 se „nesrovnalostí“ rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje.

37. Podle čl. 2 odst. 1 Nařízení 2988/95 kontroly a správní opatření a sankce se zavedou, pokud jsou nezbytné k zajištění řádného uplatňování práva Společenství. Musí být účinné, přiměřené a odrazující, aby poskytovaly odpovídající ochranu finančních zájmů Společenství.

38. Podle č. 2 odst. 3 Nařízení 2988/95 se v právu Společenství stanoví povaha a oblast působnosti správních opatření a sankcí nezbytných pro správné uplatňování dotyčných pravidel s ohledem na povahu a závažnost nesrovnalostí, poskytnutou nebo přijatou výhodu a míru zavinění.

39. Podle čl. 2 odst. 4 Nařízení 2988/95 s výhradou použitelného práva Společenství se postupy pro provádění kontrol, opatření a sankcí Společenství řídí právem členských států.

40. Podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního Nařízení 2988/95 promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. Přitom podle pododstavce druhého téhož ustanovení v případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Pododstavec třetí pak stanoví, že promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Konečně pododstavec čtvrtý čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 stanoví, že promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

41. Podle čl. 3 odst. 2 Nařízení 2988/95 lhůta pro výkon rozhodnutí, na základě kterého byla uložena správní sankce, činí tři roky. Tato lhůta běží ode dne, kdy rozhodnutí nabude právní moci. Přerušení a pozastavení se řídí odpovídajícími pravidly vnitrostátního práva.

42. Článek 3 odst. 3 Nařízení 2988/95 pak stanoví, že členské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

43. A právě v návaznosti na jednotlivá ustanovení daného nařízení č. 2988/95 vznesl žalobce námitku, dle níž prvoinstanční orgán postupoval v rozporu s čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního uvedené právní úpravy, když při zahájení daňové kontroly v rozsahu plnění všech podmínek čerpání dotace nedodržel promlčecí lhůtu, která činí dle předmětné právní úpravy 4 roky.

44. Za podstatu sporu tak lze označit otázku, zda žalovaný a potažmo prvoinstanční správní orgán postupovali v souladu s příslušnou právní úpravou, když vycházely z předpokladu vytyčeného vnitrostátní právní úpravou v § 44a odst. 9 zákona o rozpočtových pravidlech, které stanoví nejzazší lhůtu pro vyměření odvodu a penále 10 let. Žalovaný byl totiž názoru, že tato lhůta byla stanovena v návaznosti na čl. 3 odst. 3 Nařízení č. 2988/95, které členským státům umožňuje uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odst. 1 nebo 2 zmiňovaného čl. 3.

45. Za daných okolností přitom nelze přehlédnout, že otázkou stanovení a běhu promlčecích lhůt vytyčených tímto Nařízením se zabýval Nejvyšší správní soud ve svém usnesení ze dne 31. 7. 2024, č.j. 10 As 82/2024 – 52, jímž předložil Soudnímu dvoru Evropské unie následující předběžné otázky: 1) Umožňuje nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, a) vnitrostátní úpravu, která ve smyslu čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení stanoví delší lhůtu pro rozhodnutí ve věci (zde desetiletou), než která vyplývá z čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení, aniž by současně výslovně stanovila také samostatnou lhůtu pro zahájení řízení, tak jak ji upravuje ve svém čl. 3 odst. 1 pododstavec první nařízení 2988/95? b) členskému státu jako počátek lhůty pro vydání rozhodnutí určit – namísto okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo – první den následujícího kalendářního roku? 2) V případě, že bude odpověď na část a) první otázky kladná, umožňuje nařízení 2988/95 členskému státu, který využil oprávnění podle čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení, zahájit řízení ve lhůtě delší, než jaká plyne z čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95? Nebo je třeba – v případě, že vnitrostátní úprava zvláštní lhůtu pro zahájení řízení nestanoví – postupovat podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 a zahájit řízení ve lhůtě tam stanovené? 3) Je třeba v případě nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95, které vyvstaly při financování záměrů souvisejících s některou z politik Unie a v návaznosti na dotace poskytnuté částečně z unijních zdrojů a částečně ze zdrojů rozpočtu členského státu, postupovat jen podle nařízení 2988/95 (včetně lhůt a definic), tedy vztáhnout nařízení na nesrovnalost v celém jejím rozsahu? Nebo je třeba takto postupovat 10 Afs 82/2024 jen ve vztahu k oddělitelné části dotace poskytnuté z unijních zdrojů, a ve vztahu k oddělitelné části poskytnuté z rozpočtu členského státu naopak postupovat podle vnitrostátního předpisu?

46. O takto položených předběžných otázkách rozhodl SDEU rozsudkem ze dne 27. 11. 2025, č. C–539/24 následovně: 1/ Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty. 2/ Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila. 3/ Článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.

47. Závěrem SDEU konstatoval, že „Z výše uvedeného vyplývá, že na třetí otázku je třeba odpovědět tak, že článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.“ 48. Z takto vyslovených závazných názorů ve vazbě na závaznou českou právní úpravu dotýkající se rozpočtové kázně, lze dle krajského soudu jednoznačně dovodit, že Česká republika nevyužila svého oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení řízení, proto se na jednotlivé úkony správního orgánu vztahuje ust. čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec Nařízení č. 2988/95, tedy lhůta 4 roky pro zahájení stíhání. Současně za této situace je tak členskému státu (České republice) upřeno právo stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší, než dvojnásobek této čtyřleté lhůty. SDEU tak dále jednoznačně stanovil, že tato lhůta začíná v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo. Dále SDEU vyslovil jednoznačné stanovisko, dle něhož tyto promlčecí lhůty se vztahují na nesrovnalost, která poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy EU a zároveň finanční zájmy členského státu.

49. Aplikací uvedených zásad na konkrétní otázky projednávané věci lze shrnout, že prvoinstanční orgán i žalovaný nedodrželi 4letou promlčecí lhůtu pro zahájení daňové kontroly stanovenou uvedeným Nařízením č. 2988/95, když k zahájení daňové kontroly přistoupili dne 2. 11. 2023. Tato 4letá lhůta totiž počala běžet ve smyslu čl. 3 odst. 3 Nařízení č. 2988/95 dnem 3. 6. 2019, tedy okamžikem, kdy žalobce uhradil fakturu vybranému dodavateli a tímto úkonem došlo dle žalovaného k neoprávněnému použití poskytnutých prostředků. Běh této lhůty byl pak ukončen dnem 3. 6. 2023. Pokud tedy prvoinstanční orgán zahájil daňovou kontrolu až dne 2. 11. 2023, stalo se tak již 5 měsíců po marném uplynutí této promlčecí lhůty. Prvoinstančnímu orgánu a potažmo i žalovanému tak již právo na vydání rozhodnutí o odvodu za porušení rozpočtové kázně zaniklo.

50. Krajský soud pak vzhledem k vyslovenému závěru svědčícímu marnému uplynutí promlčecí lhůty pro zahájení stíhání nepovažoval za důvodné zabývat se dalšími žalobními námitkami.

V. Závěr a náklady řízení

51. Krajský soud z výše uvedených důvodů shledal, že žaloba je důvodná. Proto napadené rozhodnutí žalovaného zrušil podle § 78 odst. 1 s. ř. s. a podle § 78 odst. 4 s. ř. s. a současně vyslovil, že se věc vrací žalovanému k dalšímu řízení. V něm je žalovaný vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§ 78 odst. 5 s. ř. s.).

52. Žalobce byl ve věci zcela úspěšný, náleží mu tak právo na náhradu nákladů řízení v dále uvedeném rozsahu (§ 60 odst. 1 s. ř. s.). a. Žalobce zaplatil soudní poplatek ve výši 3 000 Kč. b. Žalobce byl zastoupen advokátem, náleží mu proto náhrada nákladů právního zastoupení. Advokát vykonal celkem 2 úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení, sepis a podání žaloby). c. Sazba za jeden úkon právní služby podle § 7 bodu 6 a § 9 odst. 5 advokátního tarifu po novele účinné od 1. 1. 2025 činí 4 620 Kč, celkem za 2 úkony 9 240 Kč. d. Advokátu náleží dále paušální náhrada hotových výdajů za 2 úkony po 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu po novele účinné od 1. 1. 2025), celkem 900 Kč. e. 21 % DPH z částky 10 140 Kč činí 2 129,40 Kč 53. Celkem tedy žalobce vynaložil náklady řízení ve výši 15 269,40 Kč.

54. Uvedenou částku uhradí žalovaný na účet advokáta Mgr. Davida Rolného č. 2102376032/2700 pod variabilním symbolem 4425030.

Poučení

I. Žalobní body II. Vyjádření žalovaného III. Další vyjádření žalobce IV. Posouzení věci krajským soudem V. Závěr a náklady řízení