57 Af 3/2025 – 82

Rubrum

Krajský soud v Plzni rozhodl v senátě složeném z předsedkyně senátu JUDr. Veroniky Burianové a soudců Mgr. Aleše Smetanky a Mgr. Jana Šmakala ve věci žalobkyně: TABACCO POINT s. r. o., IČO 05572061 sídlem Babylon 98, 334 01 Domažlice zastoupená JUDr. Ondřejem Trubačem, Ph.D., LL.M., advokátem sídlem Na Poříčí 1079/3a, 110 00 Praha 1 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 12. 2024, č. j. 36840/24/5300–22444–713037, takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Rozhodnutím žalovaného ze dne 3. 12. 2024, č. j. 36840/24/5300–22444–713037 (dále jen „napadené rozhodnutí“), bylo zamítnuto odvolání žalobkyně a bylo potvrzeno celkem 24 dodatečných platebních výměrů Finančního úřadu pro Plzeňský kraj (dále jen „správce daně“) ze dne 5. 6. 2023, jimiž byla žalobkyni za zdaňovací období leden až prosinec 2019 a leden až prosinec 2020 doměřena podle pomůcek daň z přidané hodnoty (dále jen „Daň“) a uložena povinnost uhradit penále. Správce daně totiž v průběhu daňové kontroly zjistil, že žalobkyně nezahrnula do evidence pro účely Daně veškerá uskutečněná zdanitelná plnění z prodeje tabákových výrobků a zpochybnil tak žalobkyní vedené účetnictví, evidence pro účely Daně a správnost vykázaných uskutečněných zdanitelných plnění. Podle správce daně nebylo možné stanovit Daň dostatečně spolehlivě dokazováním, a proto přistoupil ke stanovení Daně podle pomůcek. Žalobkyně podala proti napadenému rozhodnutí včasnou a přípustnou žalobu podle § 65 a násl. s. ř. s.

II. Žaloba a další podání žalobkyně

2. Žalobkyně žádala, aby soud napadené rozhodnutí zrušil.

3. Žalobkyně namítla, že nebyly splněny zákonné podmínky pro stanovení daně podle pomůcek dle § 98 odst. 1 daňového řádu, protože splnila svou důkazní povinnost. Provedla kompletní fyzickou a dokladovou inventuru skladu k 31. 12. 2022, využila účetní evidenci, specializovaný software, prvotní doklady (faktury, příjemky, výdejky) a další dokumentaci. Na základě těchto údajů zpětně dopočítala stav zásob za roky 2019–2020. Rekonstrukce odhalila rozdíly mezi skutečným stavem zásob a původní evidencí, způsobené chybnou metodikou vedení skladu metodou B. Žalobkyně provedla opravu skladového hospodářství, uvedla účetnictví do souladu se zákonem č. 563/1991 Sb., o účetnictví (dále jen „zákon o účetnictví“), a doložila správci daně opravené údaje. Daňové orgány však rekonstrukci ignorovaly a nezohlednily ji při rozhodování, ačkoli z ní vyplynulo, že žalobkyně nezkreslovala tržby ani neprodávala tabákové výrobky pod cenou obvyklou. Rozdíly vznikly výhradně kvůli evidenčním chybám ve skladové evidenci. Účetnictví bylo opraveno tak, aby odpovídalo zákonu č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „ZDPH“). Účtování probíhalo metodou B – tržby na SÚ 604, nákupy na SÚ 504, konečný stav skladu na SÚ 132. Správce daně měl stanovit Daň na základě dokazování, nikoli pomůcek, protože žalobkyně tržby řádně prokázala. Obchodní přirážka není otázkou daňových zákonů, které byly dodrženy. Výdaje byly prokázány účetní evidencí. Žalobkyně sdělila správci daně výsledky, které se lišily od jeho zjištění, a doložila správné výnosy za roky 2019 a 2020. Žalobkyně tak v průběhu daňového řízení dostála svým povinnostem podle § 86 odst. 3 písm. c) a § 92 odst. 3 daňového řádu, zatímco naopak daňové orgány neunesly své důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 4 a odst. 5 písm. c) daňového řádu. Pomůcky byly zvoleny způsobem diskriminujícím žalobkyni, neboť správce daně ignoroval celé účetnictví žalobkyně, aniž by prokázal jeho nesprávnost.

4. V replice ze dne 16. 6. 2025 žalobkyně uvedla, že nebyla splněna první podmínka pro použití pomůcek, protože ač původní účetnictví vykazovalo nesrovnalosti, v rámci daňové kontroly provedla jeho kompletní revizi a opravu. Vysvětlila správci daně vznik nesrovnalostí a předložila opravené účetní knihy. Podle žalobkyně nelze za nesplnění povinnosti při dokazování považovat samotné zjištění o porušení povinnosti vést řádně účetnictví, pokud daňový subjekt následně svá tvrzení prokáže a pochybení napraví. Užití pomůcek je podle žalobkyně vyloučeno, pokud nová účetní evidence je správná, úplná, věrohodná a založená na nezpochybněných důkazech. Veškeré tržby byly evidovány v systému elektronické evidence tržeb (dále jen „EET“) a zjištěná chyba se týkala pouze stavu skladových zásob, nikoli tržeb. Tyto údaje byly shodné v původních i opravených účetních knihách a odpovídaly údajům z EET. Chyby se týkaly výhradně skladové evidence, která byla chybně zaznamenána v inventurních soupisech a následně nesprávně zaúčtována, ostatní účetní údaje byly v pořádku. Správce daně si pro výpočet daně vybral zpochybněné důkazy (původní inventurní soupisy) a ignoroval jiné nezpochybněné údaje z účetnictví. K druhé podmínce žalobkyně uvedla, že ve svém podání ze dne 20. 4. 2023 konkrétně popsala a vyčíslila nesrovnalosti v účetnictví, doložila opravené účetní knihy a podrobnosti k zpětné úpravě stavu zásob. Správce daně měl vycházet z těchto nezpochybněných důkazů – inventurních soupisů z roku 2022, dodavatelských faktur, dokladů o prodeji zboží apod. Inventurní soupisy z roku 2022 byly správcem daně akceptovány a použity jako důkaz pro daňové povinnosti za rok 2022. Žalovaný nevysvětlil, proč by dokladová inventura (inverzní dopočet) nemohla nahradit neprovedenou fyzickou inventuru, když byly známy všechny potřebné proměnné (koncový stav skladů, nákupy, prodeje). Správce daně vypočetl údajnou nepřiměřeně nízkou obchodní přirážku v letech 2019 a 2020 na základě původních inventurních soupisů nelogicky, protože se omezil na porovnání celkových hodnot tabákových výrobků z inventur a dodavatelských faktur a pominul počet nakoupených a prodaných kusů tabákových výrobků dle dodavatelských faktur a údajů pokladního systému a rozdíl v dodavatelských cenách v různých účetních obdobích. Třetí podmínka pro použití pomůcek podle žalobkyně rovněž nebyla splněna, protože správce daně vycházel z neprůkazných důkazů – původních chybných inventurních soupisů – a ignoroval kontrolní hlášení a údaje z EET, které byly nezpochybněné.

5. V podání ze dne 12. 9. 2025 žalobkyně uvedla, že pochybení ve vedení skladové evidence nemají vliv na správnost výše odvedené daně, protože údaje o realizovaných prodejích zůstaly nezměněné i po zpětném přepočtu zásob a opravě účetnictví. Tyto údaje odpovídají účetním dokladům, pokladnímu systému, evidenci EET i bankovním účtům, a proto nemohou vyvolávat pochybnosti. V rámci daňové kontroly žalobkyně provedla zpětný výpočet skladových zásob, který podle ní vyvrací pochybnosti o průkaznosti účetnictví. Původní inventurní soupisy byly chybné a neměly být použity pro výpočet doměřené daně. Žalovaný je však použil jako pomůcku, ačkoliv je sám zpochybnil. Pokud by byly nezpochybnitelné, účetnictví žalobkyně by nebylo neprůkazné. Žalovaný neprokázal existenci nezaúčtovaných prodejů, ale požadoval po žalobkyni, aby prokázala jejich neexistenci, což je podle ní nemožné. Žalobkyně doložila, že všechny prodeje byly řádně zaúčtovány a vykázány v daňových přiznáních, přičemž odpovídají údajům z pokladního systému, EET a bankovních účtů. Provedla fyzickou inventuru ke dni 31. 12. 2022 a zpětný výpočet skladových zásob založený na dodavatelských fakturách a údajích z pokladního systému. Tento postup demonstrovala na výrobcích Snuff a EDELKIRSCH. Žalobkyně vyšla z dodavatelských faktur (osvědčily množství a cenu nakoupeného zboží v roce 2022), z prodejních dokladů (osvědčily množství a cenu prodaného zboží v roce 2022) a z fyzické inventury ke dni 31. 12. 2022 (osvědčila stav zásob). Z těchto údajů žalobkyně vypočetla počet kusů zboží, které muselo být na skladě na konci roku 2021. Hodnotu zboží na skladě ke dni 31. 12. 2021 žalobkyně ocenila průměrnou cenou, za niž je nakoupila od dodavatele, a takto získala hodnotu skladových zásob ke dni 31. 12. 2021. Takto postupovala žalobkyně i při výpočtu hodnoty skladových zásob pro předchozí roky. Výpočet obchodní marže provedený správcem daně žalobkyně rozporovala. Tvrdila, že nezohledňuje počet kusů, rozdíly v cenách a typy nakoupeného a prodaného zboží. Správce daně postupoval nesprávně, když vzal vzorek vybraných přijatých faktur od čtyř dodavatelů, porovnal nákupní cenu různých druhů cigaret bez DPH a jejich pevnou prodejní cenu bez DPH a takto určil referenční obchodní přirážku v letech 2019 a 2020 (reálnou marži žalobkyně). Správce daně totiž porovnával tyto reálné přirážky s jím nesmyslně vypočtenou hodnotou roční přirážky založenou na zcela odlišném a neporovnatelném výpočtu. Průměrná přirážka počítaná z celkových hodnot všech nakoupených a prodaných produktů za celý rok rozhodně není srovnatelná s reálnou přirážkou zjištěnou u vzorku náhodných produktů, navíc konkrétní přirážka u jednotlivých produktů může značně oscilovat. Výběr konkrétních produktů má značný vliv na výši referenční hodnoty použité správcem daně. Správce daně nepracoval s referenční hodnotou, která by spolehlivě mapovala reálnou přirážku všech relevantních produktů za daný rok. Reálnou obchodní marži žalobkyně demonstrovala na konkrétních výrobcích RGD a Marlboro, kdy vyšla z celkových tržeb z prodeje výrobku v roce 2020, celkového počtu prodaných kusů zboží, celkových nákladů na koupi zboží a celkového počtu nakoupených kusů zboží. Podle výpočtů žalobkyně dosahovala marže běžných hodnot (např. 7,00 % u Marlboro v roce 2019 a 6,04 % u RGD v roce 2020), což podle žalobkyně vyvrací tvrzení žalovaného o nepřiměřeně nízké marži. Žalobkyně uzavřela, že pochybnosti správce daně týkající se obchodní marže žalobkyně byly irelevantní.

III. Vyjádření žalovaného k žalobě a jeho další podání

6. Žalovaný ve vyjádření k žalobě s odkazem na odůvodnění napadeného rozhodnutí uvedl, že žalobní body vypořádal v napadeném rozhodnutí jako odvolací námitky. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu jako nedůvodnou zamítl.

7. V duplice ze dne 14. 7. 2025 žalovaný uvedl k první podmínce, že účetnictví žalobkyně bylo neprůkazné kvůli absenci řádné skladové evidence, což znemožnilo ověřit správnost zaúčtovaných výnosů z prodeje tabákových výrobků. Nově předložené inventurní soupisy neprokázaly skutečný stav zásob, protože vycházely z výpočtů založených na stavu ke dni 31. 12. 2022, nikoliv z průběžné evidence. Neprokázala–li žalobkyně stav a pohyb zboží v průběhu kontrolovaného období, nebylo možno ověřit vazbu prodaného zboží na realizované tržby, nebyla provedena inventarizace k poslednímu dni účetního období a inventurní stav zásob nebyl porovnán s účetním stavem. Žalobkyně připustila, že fyzická inventarizace nebyla řádně provedena, protože tvrdila, že v nich zaznamenala zboží, které fakticky na skladě nebylo. Rozdíly v obchodní přirážce nebyly přes výzvy žalobkyní vysvětleny ani doloženy. Dokladové inventury k poslednímu dni let 2019, 2020 a 2021 s využitím fyzické a dokladové inventury k 31. 12. 2022 vykazovaly významné rozdíly oproti fyzickým inventurám. Žalobkyně neobjasnila rozdíl mezi vlastními výpočty přirážky a výpočty správce daně, ani nepředložila důkazy o řádném zaúčtování všech příjmů, resp. řádné zaúčtování a zdanění všech uskutečněných plnění ve vztahu k prodeji tabákových výrobků, tudíž nevyvrátila pochybnosti správce daně o úplnosti a průkaznosti jím vedeného účetnictví, ačkoliv k tomu byla opakovaně správcem daně vyzvána. K druhé podmínce žalovaný uvedl, že žalobkyně nevedla skladovou evidenci dle § 9 odst. 7 vyhlášky č. 500/2002 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona o účetnictví pro účetní jednotky, které jsou podnikateli účtujícími v soustavě podvojného účetnictví (dále jen „Vyhláška“), a nebylo možné zjistit fyzický pohyb zásob v průběhu roku, z jakých konkrétních dodávek pocházejí jednotlivé druhy prodaných tabákových výrobků, jejich realizovanou prodejní cenu a obchodní přirážku. Inventarizace nebyla provedena řádně ve smyslu § 29 a § 30 zákona o účetnictví, čímž bylo znemožněno porovnání účetního a skutečného stavu zásob. Nové inventurní soupisy vycházely pouze z dokladové inventury bez doložení podkladů, a proto měly menší důkazní sílu než původní soupisy založené na fyzické inventuře. Vady účetnictví – absence evidence zásob při účtování způsobem B a neprovedení inventarizace – jsou podle žalovaného natolik závažné, že je nelze napravit zpětným výpočtem. Pokud byly správcem daně akceptovány inventurní soupisy za rok 2022 v rámci daňové kontroly prováděné za zdaňovací období roku 2022, bylo tomu tak proto, že byla prověřována právě daňová povinnost za zdaňovací období roku 2022. Inverzní dopočet zásob nemůže nahradit zákonnou povinnost provést fyzickou inventuru. Žalobkyně nedoložila evidenci zásob pro roky 2019 a 2020, z níž by bylo patrné jejich ocenění a pohyb. Nepřiměřeně nízké obchodní přirážky při existenci pevně stanovených prodejních cen osvědčila neúčtování všech výnosů. Obchodní přirážka neodpovídala obchodní přirážce, kterou by měla žalobkyně vykázat v souvislosti s realizovanými nákupy tabákových výrobků po zohlednění stavu zásob tabákových výrobků na počátku a konci daného účetního období, které tvořily většinu nákupů zboží a je u nich státem regulovaná prodejní (kolková) cena. S výši obchodních přirážek byla žalobkyně seznámena prostřednictvím výzvy k prokázání skutečností ze dne 24. 5. 2022, č. j. 1152180/22/2305–00561­403271 (dále jen „Výzva 1“), na niž reagovala tak, že zjištěnou obchodní přirážku správcem daně zpochybnila a uvedla jinou, o něco nižší, nicméně rozdílné hodnoty obchodní přirážky nijak nevysvětlila ani neprokázala. K třetí podmínce žalovaný uvedl, že daňový subjekt nemá právo ovlivňovat výběr pomůcek. Pomůcky byly zvoleny racionálně, vycházely z nezpochybněných údajů z daňové kontroly a informací od dodavatelů. Výpočet daně byl založen na rozdílu mezi tržbami vypočtenými podle průměrné přirážky a tržbami skutečně zaúčtovanými. Kontrolní hlášení a EET podle žalovaného neprokazují správnost a úplnost účetnictví, jelikož se jedná o evidenci vedenou žalobkyní o vykázaných plněních.

8. V podání ze dne 22. 10. 2025 žalovaný zopakoval, že žalobkyně nesplnila důkazní povinnost tím, že zpětně rekonstruovala účetnictví tak, aby vyhovovalo, aniž by věrně reflektovalo skutečný stav a souhlasilo s údaji uvedenými v původních účetních výkazech. Žalovaný akcentoval, že zpochybnil právě úplnost vykázaných uskutečněných prodejů a žalobkyně přes výzvy neprokázala stav zásob na konci jednotlivých účetních období. Žalovaný dodal, že žalobkyně nemůže svou pasivitu v daňovém řízení ve vztahu k evidenci skladových zásob dohnat v soudním řízení správním. Pokud jde o žalobkyní nyní tvrzenou marži konkrétních typů výrobků RGD a Marlboro, nevyvrací pochybnosti správce daně, protože nezpochybňuje celkovou obchodní přirážku vypočtenou z celkového porovnání tržeb a nákladů.

IV. Vyjádření účastníků při jednání

9. Při jednání účastníci setrvali na svých dosavadních procesních stanoviscích. Žalobkyně akcentovala, že žalovaný neunesl důkazní břemeno, protože nezpochybnil doklady o dodávkách zboží ani výsledek zpětné inventury skladových zásob. I kdyby však žalovaný důkazní břemeno unesl, žalobkyně vyvrátila jeho pochybnosti zpětnou inventurou a žalovaný ani správně nevypočetl marži žalobkyně. Žalobkyně trvala na tom, že vykázala všechny uskutečněné prodeje zboží. Žalovaný uvedl, že účetnictví žalobkyně znemožnilo stanovení Daně dokazováním a že žalobkyně neprokázala tvrzení uvedená ve svých daňových přiznáních. Žalovaný zdůraznil, že daňová tvrzení žalobkyně neprokázala ani zpětná inventura.

V. Průběh daňového řízení a právní východiska soudu

10. Dne 6. 1. 2022 byla u žalobkyně zahájena daňová kontrola na Daň za zdaňovací období leden až prosinec 2019 a leden až prosinec 2020, v níž daňové orgány prověřovaly mj. obchodní přirážku žalobkyně z prodeje tabákových výrobků. Správci daně vznikly vzhledem ke zjištění o neobvykle nízké obchodní přirážce pochybnosti o zaúčtování a řádném zdanění všech tržeb z prodejů tabákových výrobků. Výzvou 1 proto vyzval správce daně žalobkyni podle § 92 odst. 2 a 3 daňového řádu k vysvětlení rozdílu mezi zjištěnou neobvykle nízkou marží vyplývající z vykázaných plnění a marží vyplývající z nákupních a pevných prodejních cen a k prokázání přiznání Daně ze všech uskutečněných zdanitelných plnění ve správné výši. Výzvou ze dne 21. 2. 2023 (dále jen „Výzva 2“) vyzval správce daně podle § 92 odst. 4 daňového řádu žalobkyni k předložení skladové evidence zásob za roky 2019 a 2020 k prokázání žalobkyní zjištěných rozdílů skutečného stavu zásob oproti původně deklarovaným údajům evidence a ke sdělení, jak žalobkyně nový fyzický stav zásob ke dni 31. 12. 2018, 31. 12. 2019 a 31. 12. 2020 zjistila. Výzvu 2 správce daně odůvodnil tím, že žalobkyně uvedla, že údaje v původní skladové a účetní evidenci jsou chybné a předložila upravené výkazy a přehledy se sníženým počátečním stavem zásob. Důvodem následného doměření Daně bylo zjištění správce daně, že žalobkyně neprokázala, že vykázala a odvedla Daň ze všech uskutečněných zdanitelných plnění ve správné výši. Správce daně žalobkyni Daň stanovil podle pomůcek dle § 98 odst. 1 až 3 daňového řádu. 11. § 98 odst. 1 věta první daňového řádu stanoví, že nesplní–li daňový subjekt při dokazování jím uváděných skutečností některou ze svých zákonných povinností, a v důsledku toho nelze daň stanovit na základě dokazování, správce daně stanoví daň podle pomůcek, které má k dispozici nebo které si obstará, a to i bez součinnosti s daňovým subjektem. 12. § 98 odst. 3 daňového řádu stanoví, že pomůckami jsou zejména a) důkazní prostředky, které nebyly správcem daně zpochybněny, b) podaná vysvětlení, c) porovnání srovnatelných daňových subjektů a jejich daňových povinností, d) vlastní poznatky správce daně získané při správě daní. 13. § 98 odst. 4 věta první daňového řádu stanoví, že neprokázal–li daňový subjekt svá tvrzení vztahující se k jeho daňové povinnosti, a daň nelze dostatečně spolehlivě stanovit ani podle pomůcek, které má správce daně k dispozici, správce daně s daňovým subjektem daň sjedná.

14. Podle § 9 odst. 7 Vyhlášky platí, že o zásobách se účtuje průběžně způsobem A nebo periodicky způsobem B. U způsobu A se v průběhu účetního období účtuje s využitím účtů v účtové třídě 1 Zásoby. U způsobu B se v účtové třídě 1 Zásoby účtuje ke konci rozvahového dne na základě stavu zásob podle evidence o zásobách. Způsob B mohou účetní jednotky použít pouze v případě, že zajistí průkazné vedení evidence o zásobách tak, že budou schopny prokázat v průběhu účetního období stav zásob včetně ocenění těchto zásob podle zákona.

15. Podle ustálené judikatury správních soudů platí, že ke stanovení daňové povinnosti podle pomůcek musí být splněny tři podmínky: (i) daňový subjekt nesplnil některé ze svých povinností při dokazování, (ii) proto nebylo možné stanovit daň dokazováním a (iii) daň mohla být prostřednictvím pomůcek stanovena spolehlivě [srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 12. 2020, č. j. 10 Afs 185/2020–43, č. 4140/2021 Sb. NSS, bod 12; v tomto rozsudku zdejšího soudu jednotlivé podmínky dále jen jako „první podmínka“, „druhá podmínka“ nebo „třetí podmínka“].

16. Specifikům stanovení daně pomůckami odpovídá i omezený rozsah přezkumu v odvolacím řízení a následně v řízení před správními soudy. Při stanovení daně podle pomůcek může daňový subjekt v zásadě uplatnit dva okruhy námitek: (1) může brojit proti zvolenému způsobu stanovení daně a tvrdit, že bylo možné stanovit daň na základě dokazování, nebo (2) může brojit proti dostatečné spolehlivosti stanovení daňové povinnosti a namítat kvalitu pomůcek, jejich hodnocení nebo procesní pochybení. Toto oprávnění daňového subjektu je ovšem třeba posuzovat značně restriktivně s ohledem na okolnosti stanovení daně podle pomůcek (nesplnění důkazní povinnosti). V obou případech pak daňový subjekt musí opírat svá tvrzení o patřičné důkazy (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 12. 2023, č. j. 7 Afs 248/2023–48, bod 13 a tam odkazovaná judikatura).

17. V daňovém řízení má každý daňový subjekt povinnost sám daň přiznat, nese tedy břemeno tvrzení, ale také povinnost toto své tvrzení doložit, tj. nese i břemeno důkazní. Daňový subjekt má povinnost prokazovat k výzvě správce daně jen ty skutečnosti, které sám tvrdí. Svá tvrzení prokazuje především svým účetnictvím a jinými povinnými evidencemi a záznamy. Nabude–li správce daně pochybností o předložených dokladech či o věrohodnosti účetnictví, nese důkazní břemeno toliko ohledně těchto pochybností; nemusí prokazovat nesprávnost účetnictví či nepravost dokladů. Pokud správce daně unese své důkazní břemeno ve vztahu k výše popsaným skutečnostem, je opět na daňovém subjektu, aby prokázal pravdivost svých tvrzení a průkaznost, věrohodnost a správnost účetnictví ve vztahu k posuzovanému obchodnímu případu, popř. aby svá tvrzení korigoval (srov. též § 92 odst. 3 daňového řádu). Aplikace daňových pomůcek přichází v úvahu ve chvíli, kdy daňový subjekt své důkazní břemeno neunese v takové míře, že daň nelze dokazováním stanovit. Není úkolem správce daně, aby v případě takto zásadního neunesení důkazního břemeno dohledával za daňový subjekt důkazní prostředky a sám stanovil daň dokazováním. Typicky lze k použití pomůcek přistoupit při předložení neúplného či nevěrohodného účetnictví. Sice i za takové situace lze stanovit daň dokazováním, nicméně pouze v případě, že bude daňový subjekt schopen předložit důkazní prostředky, které vedení účetnictví v podstatě nahradí (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 5. 2024, č. j. 3 Afs 75/2022–53, body 18 a 19).

18. Pomůcky přicházejí v úvahu ve chvíli, kdy daňový subjekt své důkazní břemeno neunese v takové míře, že daň nelze dokazováním stanovit. Není úkolem správce daně, aby v případě takto zásadního neunesení důkazního břemeno dohledával za daňový subjekt důkazní prostředky a sám stanovil daň dokazováním. Typicky lze k použití pomůcek přistoupit při předložení neúplného či nevěrohodného účetnictví. Sice i za takové situace lze stanovit daň dokazováním, nicméně pouze v případě, že bude daňový subjekt schopen předložit důkazní prostředky v takové míře, že vedení účetnictví v podstatě nahradí. Nelze určit, v jaké míře musí být účetnictví neprůkazné či nevěrohodné, aby bylo možné použít pomůcky – posouzení, zda bylo možné stanovit daň dokazováním, je nutné provést vždy v každém jednotlivém případě dle konkrétních souvislostí, a to především s ohledem na intenzitu pochybností ohledně zjištěných chyb a nesrovnalostí v účetnictví, na jejich rozsah a obsah (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 11. 2023, č. j. 5 Afs 192/2022–53, bod 29 a tam odkazovaná judikatura).

19. Oprávnění daňového subjektu zpochybňovat adekvátnost použitých pomůcek je třeba vykládat restriktivně. Daňovému subjektu nenáleží právo domáhat se použití konkrétních pomůcek. V rámci přezkumu daně stanovené podle pomůcek je nutno vycházet ze skutečnosti, že daňový subjekt pochybil ve svých povinnostech a musí tedy nést následky v podobě stanovení daně kvalifikovaným odhadem. Daňový subjekt může námitky směřovat pouze vůči jednoznačným excesům ze strany správce daně při stanovení daně pomůckami, a to zejména stran adekvátnosti zvolených pomůcek, jejich hodnocení či procesních pochybení správce daně. Námitkami daňového subjektu lze dosáhnout nápravy pouze jednoznačných excesů správce daně při použití pomůcek. V žádném případě nelze předpokládat úspěch daňového subjektu, který v potřebné době nesplnil své zákonem stanovené povinnosti a následně se domáhá stanovení své daňové povinnosti způsobem, který mu nejvíce vyhovuje. Daňový subjekt nemůže soustředit svá tvrzení k prokázání špatného výběru pomůcek, nýbrž ke skutečnosti, že výsledná daňová povinnost, která mu byla stanovena, je v hrubém nepoměru s tou, která mu měla být, byť odhadem, stanovena. Důkazní břemeno ohledně prokázání nedostatečné spolehlivosti výsledné daňové povinnosti přitom leží na daňovém subjektu, neboť on podává tato tvrzení. Závěr o tom, že daňová povinnost nebyla stanovena dostatečně spolehlivě, lze učinit pouze v případě, použil–li správce daně zcela nepřiměřené pomůcky a překročil tím meze, které mu zákon stanovil. Jako jednoznačný exces je možné označit i situaci, kdy konstrukce pomůcky trpí tak závažnými logickými deficity, že se nedá hovořit o tom, že by na jejím základě vůbec mohla být stanovena daň, která by dostatečně přesně odrážela realitu daňového subjektu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 9. 2025, č. j. 10 Afs 117/2025–40, body 16 až 18 a tam odkazovaná judikatura).

20. Daňová povinnost stanovená na základě pomůcek by měla být dostatečně spolehlivá. Spolehlivost se ovšem týká pouze celkového výsledku stanovení daňové povinnosti za použití pomůcek. Konečné rozhodnutí o základu a výši daně za použití pomůcek je vždy výsledkem odhadu (přestože maximálně kvalifikovaného), proto může daňový subjekt polemizovat pouze s tímto výsledným určením daňové povinnosti. Daňový subjekt je tedy povinen uvést, z jakých důvodů považuje stanovený základ daně a její výši za zcela nepřiměřené, a své tvrzení podložit odpovídajícími důkazy. Důkazní břemeno ohledně prokázání nedostatečné spolehlivosti výsledné daňové povinnosti tedy logicky leží na daňovém subjektu, neboť on podává toto tvrzení (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 9. 2024, č. j. 4 Afs 68/2024–39, bod 29 a tam citovaná judikatura).

VI. Posouzení soudu

21. V souladu s § 75 odst. 1 s. ř. s. vycházel soud při přezkoumání napadeného rozhodnutí ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu. Přezkumná činnost soudu dále respektovala dispoziční zásadu vyjádřenou v § 71 odst. 1 písm. c), písm. d), odst. 2 in fine a v § 75 odst. 2 větě první s. ř. s. Z této zásady vyplývá, že soud přezkoumává zákonnost rozhodnutí správního orgánu pouze v rozsahu, který žalobce uplatnil v žalobě nebo během dvouměsíční lhůty po oznámení napadeného rozhodnutí ve smyslu § 72 odst. 1 s. ř. s. Povinností žalobce je proto tvrdit, z jakých skutkových či právních důvodů je napadené rozhodnutí správního orgánu nezákonné. Nad rámec žalobních bodů musí soud přihlédnout toliko k vadám napadeného rozhodnutí, k nimž je nutno přihlížet bez návrhu, nebo které vyvolávají nicotnost napadeného rozhodnutí podle § 76 odst. 2 s. ř. s. – takové nedostatky však v projednávané věci nebyly zjištěny. K vadám řízení, o nichž nelze mít důvodně za to, že mohly mít vliv na zákonnost napadeného rozhodnutí, soud v souladu s § 75 odst. 3 s. ř. s. nepřihlížel.

22. Žaloba je nedůvodná.

23. Soud předznamenává, že z hlediska soudního přezkumu představují napadené rozhodnutí a dodatečné platební výměry jeden celek (viz usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2004, č. j. 5 Afs 16/2003–56, č. 534/2005 Sb. NSS) a že správní soudy neprovádí dokazování správním spisem (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008–117, č. 2383/2011 Sb. NSS). Za odůvodnění dodatečných platebních výměrů se přitom podle § 147 odst. 3 daňového řádu považuje, v případě stanovení daně výlučně na základě výsledku daňové kontroly, odůvodnění zprávy o daňové kontrole.

24. Daňové orgány z dokladů předložených žalobkyní vypočetly celkovou nákupní cenu žalobkyní prodaných tabákových výrobků v roce 2019 a v roce 2020. Vyšly přitom z údaje o celkové kupní ceně žalobkyni dodaných výrobků a změny hodnoty celkových zásob na začátku a na konci ročního období dle původního inventurního soupisu. Tento postup odpovídá naprosto logické úvaze – to, co žalobkyně koupila a nezůstalo jí na skladě, prodala. Takto tedy daňové orgány zjistily, jakou celkovou nákupní cenu žalobkyně vynaložila na výrobky, které prodala. Dále daňové orgány, opět z dokladů předložených žalobkyní, vypočetly marži žalobkyně. Vyšly ze zmíněné nákupní ceny žalobkyní prodaných tabákových výrobků a z celkové prodejní ceny, za niž výrobky prodala zákazníkům. Opět jde o logickou úvahu – podíl prodejní ceny a nákupní ceny určil procentuální výši toho, co žalobkyně oproti prodejní ceně k nákupní ceně přirazila. Tímto postupem daňové orgány zjistily marži žalobkyně v roce 2019 ve výši 1,87 % a v roce 2020 ve výši 2,0014 %. Tato marže však hrubě nesouhlasila s podílem součtu pevných prodejních cen prodaných výrobků a součtu nákupních cen dle dokladů předložených žalobkyní: v roce 2019 měla tato marže činit 7,34 % až 15,2 % a v roce 2020 7,26 % až 7,58 %. Soud souhlasí se správcem daně, že tato výrazná disproporce důvodně zpochybnila, že žalobkyně přiznala Daň ze všech přijatých zdanitelných plnění ve správné výši, tedy tržby, které za ně žalobkyně za prodej zboží obdržela. Správce daně tedy postupoval správně, když žalobkyni Výzvou 1 vyzval k vysvětlení zjištěných rozdílů obchodních přirážek, k prokázání řádného zaúčtování a zdanění všech dosažených příjmů podle § 18 ZDPH a k prokázání přiznání Daně ze všech uskutečněných zdanitelných plnění v souladu s § 20a odst. 1, § 21 odst. 1 a § 108 odst. 1 ZDPH [viz bod 24 až 26 napadeného rozhodnutí a str. 4 až 6 zprávy o daňové kontrole ze dne 29. 5. 2023, č. j. 1255239/23/2305–00562–404853 (dále jen „ZDK“)].

25. Soud aprobuje závěr daňových orgánů, že žalobkyně podáním ze dne 18. 7. 2022 rozdíly marží nevysvětlila a jejich důvod neprokázala. Správce daně vycházel z namátkově vybraných 86 faktur dodavatelů v roce 2019 a 103 faktur dodavatelů v roce 2020. Žalobkyně jen tvrdila, že podle namátkové kontroly 4 faktur dodavatelů v roce 2019 měla marži 6,04 % – 6,54 % a podle namátkové kontroly 6 faktur dodavatelů v roce 2020 měla marži 4,92 % – 5,30 % (viz bod 27 napadeného rozhodnutí a str. 6 a 7 ZDK).

26. V podání ze dne 7. 2. 2023 žalobkyně vyloučila správnost skladové evidence podle původních inventurních soupisů a tvrdila v řádech milionů korun odlišné stavy zásob tabákových výrobků ke dni 31. 12. 2019 a 31. 12. 2020. Z těchto údajů žalobkyně dovodila svou marži v roce 2019 ve výši 7,4385 % a v roce 2020 ve výši 7,5896 %. Touto marží měla žalobkyně pochybnosti správce daně za vyvrácené, protože odpovídala druhé hodnotě marže odvozené správcem daně z pevných prodejních cen (viz bod 28 napadeného rozhodnutí a str. 8 a 9 ZDK).

27. Výzvou 2 vyzval správce daně žalobkyni k prokázání skutečností a požadoval předložení skladové evidence zásob za roky 2019 a 2020, prokázání zjištěných významných rozdílů skutečného stavu zásob za příslušná zdaňovací období oproti původním údajům deklarovaným v předložené účetní evidenci a sdělení způsobu zjištění nového fyzického stavu zásob ke dni 31. 12. 2018, 31. 12. 2019 a 31. 12. 2020 (viz bod 29 napadeného rozhodnutí a str. 9 ZDK).

28. Žalobkyně k Výzvě 2 šesti podáními ze dne 21. 4. 2023 doložila nové inventurní soupisy ke dni 1. 1. 2019, 31. 12. 2019, 31. 12. 2020 a 31. 12. 2021 a vysvětlila, že je zpětně zpracovala podle tzv. referenční inventury k datu 31. 12. 2022 a dokladů o nákupu a prodeji zásob. Dále doložila účetní výkazy a inventurní soupis k datu 31. 12. 2022, osvědčující kompletní fyzickou a dokladovou inventuru skladového hospodářství k tomuto datu. Hodnoty zásob zboží v nových a původních inventurních soupisech se významně lišily až o stovky procent (viz bod 30 napadeného rozhodnutí a str. 9 a 10 ZDK).

29. Soud se shoduje s daňovými orgány, že žalobkyně nepředložila průkaznou skladovou evidenci a neprokázala zjištěné rozdíly ve skladových evidencích. Pokud by zásoby žalobkyně vskutku, jak by vyplývalo z nových inventurních soupisů oproti původním inventurním soupisům, poklesly o , stěží by to žalobkyně nezaznamenala. Účetnictví žalobkyně je nevěrohodné i proto, že úpravy hodnot skladových zásob žalobkyně provedla v rámci daňové kontroly s odstupem několika let. Nové inventurní soupisy však nebyly věrohodným důkazním prostředkem především proto, že šlo pouze o údaje vypočtené zpětně podle dokladů o koupi a prodeji, nikoli o fyzickou inventuru skladu. Důvodné pochybnosti o úplnosti a průkaznosti účetnictví žalobkyně nevyvrátila a rozdíl mezi marží vyplývající z původních inventurních soupisů a marží odvozenou z pevných prodejních cen tabákových výrobků nevysvětlila. Žalobkyně neprokázala řádné zaúčtování všech uskutečněných plnění a jejich řádné zdanění Daní. Její účetnictví bylo neúplné a neprůkazné a Daň nebylo možno stanovit dokazováním (viz body 31 a 32 napadeného rozhodnutí a str. 9 a 10 ZDK). První podmínka 30. Daňové orgány odůvodnily závěr, že žalobkyně nesplnila zákonnou povinnost při dokazování skutečností, které uváděla, následovně (viz body 34 a 35 napadeného rozhodnutí a str. 11 až 13 ZDK): a) Žalobkyně byla povinna prodávat tabákové výrobky za pevně určenou prodejní cenu, která tak určuje výši přirážky. Z původních inventurních soupisů vyplynulo, že žalobkyně, pokud prodala vykazované množství výrobků, uplatňovala výrazně nižší marži. Následně však žalobkyně od původních inventurních soupisů ustoupila a předložila nové soupisy, které sice odpovídaly přirážce odvozené z pevné prodejní ceny, ale vykazovaly značné rozdíly v množství skladových zásob oproti původním inventurním soupisům. b) Nově předložené účetní knihy (výsledovka a rozvaha) nesouhlasily s údaji uvedenými v původních účetních výkazech přiložených k daňovým přiznáním. c) Žalobkyně nedoložila průkaznou evidenci o zásobách za roky 2019 a 2020 podle zákona o účetnictví, Vyhlášky a Českého účetního standardu č.

15. To vedlo k tomu, že nebylo možno zjistit faktický pohyb zásob a jejich ocenění v průběhu roku. Dále to znemožnilo zjištění, z jakých konkrétních dodávek pocházejí jednotlivé druhy prodaných tabákových výrobků, i zjištění jejich prodejní ceny a obchodní přirážky. Žalobkyně totiž účtovala o zásobách způsobem B dle § 9 odst. 7 Vyhlášky a byla tudíž povinna vést skladovou evidenci zásob tak, aby byla schopna prokázat stav zásob a jejich pořizovací cenu. Žalobkyně neprovedla inventarizaci zásob k rozvahovým dnům příslušných účetních období. d) Žalobkyně neprokázala, že jsou v účetnictví za rok 2019 a 2020 a zároveň i v podaných daňových přiznáních uvedeny výnosy, tj. že byla odvedena Daň ze všech uskutečněných zdanitelných plnění ve správné a úplné výši. Tím, že v uskutečněných plněních vykázaných v evidencích k Dani chybí tržby z prodeje tabákových výrobků, je předložené účetnictví nesprávné a neúplné. Tím podle daňových orgánů žalobkyně nesplnila povinnost dle § 86 odst. 3 písm. c) daňového řádu (předložit důkazní prostředky prokazující své tvrzení) a § 92 odst. 3 daňového řádu (prokázat všechny skutečnosti uvedené v daňovém tvrzení a dalších podáních). Žalobkyně nepředložila důkazní prostředky, které by prokázaly správnost a úplnost jejího účetnictví a řádné zaúčtování a zdanění všech uskutečněných zdanitelných plnění v souvislosti s prodejem tabákových výrobků v souladu § 20a odst. 1, § 21 odst. 1 a § 108 odst. 1 ZDPH. Druhá podmínka 31. Daňové orgány odůvodnily závěr, že v důsledku naplnění první podmínky nebylo možno stanovit daň dokazováním, následovně (viz bod 37 napadeného rozhodnutí a str. 12 a 13 ZDK). Žalobkyně ani po vydání Výzvy 1 a Výzvy 2 nesplnila svou zákonnou důkazní povinnost a neprokázala, že předkládané účetnictví bylo vedeno v souladu se zákonem o účetnictví, že bylo správné, úplné a průkazné a podávalo tak věrný a poctivý obraz o jejím hospodaření. Žalobkyně zejména nepředložila skladovou evidenci a neuvedla žádné podrobnosti k nově provedené zpětné úpravě stavu zásob, kterou znevěrohodnila původně předložené účetnictví. Žalobkyně tak neprokázala svá tvrzení o stavu skladových zásob a řádné zaúčtování a zdanění všech dosažených příjmů (výnosů), resp. zaúčtování a zdanění všech uskutečněných zdanitelných plnění v souvislosti s prodejem tabákových výrobků. Dokazováním tedy nebylo možné Daň stanovit a pro správnou výši daně odpovídající ekonomické realitě bylo nutné použít pomůcky. Třetí podmínka 32. Daňové orgány odůvodnily závěr, že pomůckami mohla být Daň stanovena dostatečně spolehlivě, následovně (viz body 39 až 52 napadeného rozhodnutí a str. 7, 8, 12 až 21 ZDK). Jako pomůcky využily daňové orgány nezpochybněné údaje zjištěné v průběhu daňové kontroly (části účetnictví žalobkyně včetně původních inventurních soupisů), informace zjištěné vyhledávací činností od dodavatelů žalobkyně (hodnota nakoupených tabákových výrobků), vzorek nakupovaného zboží zjištěný správcem daně a předložený žalobkyní a tvrzení žalobkyně o výši obchodní přirážky pro provedeném interním auditu v rozmezí zjištěném správcem daně.

33. Daňové orgány postupovaly takto: Vzhledem k účetnictví žalobkyně a jejímu tvrzení, že převážná část tržeb žalobkyně byla tvořena tržbami z prodeje tabákových výrobků, zjistily daňové orgány hodnotu prodaných tabákových výrobků zaúčtovaných žalobkyní na účtu 504 – Prodané TBV v nákupních cenách a hodnotu nakoupených tabákových výrobků též ověřily u dodavatelů. Dále daňové orgány zjistily průměrnou obchodní přirážku v procentech. Vypočetly jí z daňových dokladů vybraných správcem daně a žalobkyní. Vyšší výši průměrné obchodní přirážky přitom tvrdila i žalobkyně, jelikož v rámci rekonstrukce skladového hospodářství použila pro zdaňovací období měsíců ledna až prosince 2019 hodnotu obchodní přirážky 6,04 až 6,54 % (správce daně hodnotu 7,40 %), a pro zdaňovací období měsíců ledna až prosince 2020 hodnotu 4,92 až 6,06 % (správce daně hodnotu 7,64 %). Obchodní přirážku daňové orgány zjistily z daňových dokladů od objemově významnějších dodavatelů, avšak pro zachování výhody pro žalobkyni nezohlednily přijatá plnění od jednoho dodavatele, u něhož byla zjištěna obchodní přirážka 15,2 %. Výpočet průměrné obchodní přirážky provedl správce daně v příloze úředního záznamu ze dne 22. 8. 2022, č. j. 1541490/22/2305–00561–403271. Poté daňové orgány vypočetly skutečné tržby z prodeje tabákových výrobků jako součet hodnoty prodaných tabákových výrobků v nákupních cenách a průměrné obchodní přirážky. Nakonec daňové orgány vypočetly rozdíl mezi tržbami z prodeje tabákových výrobků a tržbami (výnosy) skutečně zaúčtovanými, resp. zdaněnými. Z tohoto rozdílu vypočetly jednu dvanáctinu (1/12) vzhledem k počtu zdaňovacích období v rámci kalendářního roku a právě o tuto částku navýšily základ daně tvrzený žalobkyní v daňových přiznáních. První žalobní bod 34. Prvním žalobním bodem žalobkyně sporovala naplnění první podmínky pro užití pomůcek pro stanovení daně (srov. bod A na str. 6 až 8 žaloby).

35. Žalobkyně potvrdila, že nové inventurní soupisy vznikly tak, že z fyzické inventury ke dni 31. 12. 2022, která ověřila skutečný stav zboží na skladě ke dni 31. 12. 2022, a dokladů o nákupu a prodeji zboží zpětně dopočetla stav zásob v roce 2019 a 2020. Žalobkyně potvrdila, že výsledky původních a nových inventurních soupisů se lišily, a tvrdila, že při vedení skladové evidence původně pochybila.

36. Žalobkyně namítla, že správnými údaji nových inventurních soupisů splnila své povinnosti vyplývající z § 86 odst. 3 písm. c) a § 92 odst. 3 daňového řádu a že daňové orgány měly při stanovení Daně vycházet z nových inventurních soupisů, jelikož o výnosech žalobkyně účtovala řádně a k jejich krácení nedošlo.

37. Obdobné odvolací námitky vypořádal žalovaný na str. 16 až 21 napadeného rozhodnutí. Podle žalovaného žalobkyně v průběhu daňové kontroly neprokázala správnost a úplnost svého účetnictví a řádné zaúčtování a zdanění všech uskutečněných zdanitelných plnění za šetřená období v souladu § 20a odst. 1, § 21 odst. 1 a § 108 odst. 1 ZDPH. Žalobkyně totiž přes výzvy správce daně nevysvětlila pochybnosti spočívající v nepřiměřeně nízké marži, kdy sice předložila vzorek 10 dokladů o nákupu tabákových výrobků s marží 4,92 % – 6,54 %, avšak i tato marže byla vyšší než obchodní přirážka zjištěná z účetních dokladů žalobkyně. Nové inventurní soupisy, které se značně svými výsledky lišily od původních inventurních soupisů, nebyly ničím podloženy a byly vyhotoveny jen na základě výpočtu vycházejícího z fyzického stavu zásob ke dni 31. 12. 2022 a účetních dokladů za předchozí období, tudíž je nelze považovat za věrohodný důkaz prokazující skutečný stav zásob tabákových výrobků v příslušných obdobích, resp. za věrohodný důkaz prokazující správnost a úplnost zaúčtovaných uskutečněných zdanitelných plnění. Podle nových inventurních soupisů podstatná část zboží, která byla zachycena na původních inventurních soupisech, na skladě fakticky nebyla. Samotné nové inventurní soupisy zakládají pochybnosti o správnosti a věrohodnosti účetnictví žalobkyně vzhledem k enormním a žalobkyní nevysvětleným rozdílům mezi stavem zásob podle původních inventurních soupisů a nově tvrzeným účetním stavem zásob zjištěným zpětně. Kromě toho mají větší důkazní sílu původní inventurní soupisy zásob, které vycházejí z provedené fyzické inventury, než nové inventurní soupisy zásob vycházející pouze z dokladové inventury. Nové inventurní soupisy tak nelze považovat za důkazní prostředek osvědčující tam uvedené údaje a nelze je využít pro stanovení Daně. Žalobkyně tak nepředložila účetní záznamy dokumentující stav a pohyb zásob zboží v průběhu kontrolovaných období a nebylo tak možné ověřit vazbu prodaného zboží na realizované tržby, jelikož nebyla provedena řádná inventarizace k poslednímu dni příslušného účetního období tak, aby stav zásob zboží zachycený v inventurních soupisech mohl být porovnán s účetním stavem vyplývajícím ze skladové evidence. Jestliže žalobkyně vykázala obchodní přirážku nižší, než kterou skutečně z prodeje tabákových výrobků realizovala, buď prodala zboží pod cenou (což u státem regulovaných cen nelze), nebo nezaúčtovala veškeré tržby z prodeje zboží ve správné a úplné výši. Správci daně nebyl v průběhu daňového řízení předložen žádný důkazní prostředek, který by relevantním způsobem zpochybnil počáteční a konečné stavy zásob zboží uvedené na původních inventurních soupisech. Žalovaný vysvětlil, že „[…] při účtování zásob způsobem B jsou veškeré nákupy zboží účtovány na základě dokladů vystavených dodavateli zboží na vrub nákladů. Při uzavírání účetních knih se počáteční stavy příslušných účtů zásob převedou do nákladů na vrub příslušných účtů prodaného zboží a na vrub účtů určených ke sledování zboží na skladě a v prodejnách souvztažně s příslušnými účty prodaného zboží se zaúčtuje stav zásob dle evidence o zásobách. Za situace, kdy odvolatel účtoval o zásobách zboží způsobem B, a tvrdí, že v chybné výši zaúčtoval na konci účetního období konečný stav zásob zboží na skladě, musí to mít dopad i na výši zúčtovaných nákladů na účtu prodaného zboží. Dle odvolacího orgánu tak postrádá logiku tvrzení odvolatele, že pochybil pouze při vedení skladové evidence a že vše ostatní, včetně tržeb, bylo účtováno správně, řádně a zákonným způsobem.“ Žalobkyně nepředložila žádnou evidenci zásob vedenou dle § 9 odst. 7 Vyhlášky a prokazující, jaké zboží, v jakém ocenění a v jakém okamžiku bylo přijato na sklad a na straně druhé, jaké zboží, v jakém ocenění a v jakém okamžiku bylo ze skladu vydáno, proto nebylo možné zjistit informace o fyzickém pohybu zásob v průběhu roku, ačkoliv žalobkyně byla povinna zajistit průkazné vedení evidence o zásobách (stav zásob včetně jejich ocenění). Bez průkazné skladové evidence nelze zjistit, z jakých konkrétních dodávek pocházejí jednotlivé druhy prodaných tabákových výrobků, jejich realizovanou prodejní cenu a obchodní přirážku. Nové inventurní soupisy nepředstavovaly prostředek k porovnání konečného účetního stavu dle evidence zásob a skutečného stavu zásob zjištěného inventurou a ke zjištění případných inventarizačních rozdílů a nebyly splněním povinnosti řádné inventarizace majetku podle § 29 a § 30 zákona o účetnictví.

38. Žalobní bod nebyl důvodný.

39. Soud připomíná, že první podmínkou pro užití pomůcek pro stanovení Daně u žalobkyně bylo podle § 98 odst. 1 věty daňového řádu zjištění, že žalobkyně nesplnila při dokazování jí uváděných skutečností některou ze svých zákonných povinností.

40. Jak bylo výše uvedeno, daňové orgány opřely závěr, že žalobkyně neprokázala, že jsou v účetnictví za rok 2019 a 2020 a daňových přiznáních uvedeny všechna uskutečněná zdanitelná plnění ve správné a úplné výši (tudíž nepředložila důkazní prostředky prokazující svá tvrzení a neprokázala všechny skutečnosti uvedené v daňovém tvrzení a dalších podáních), o několik zjištění: (i) žalobkyně přes výzvy nevysvětlila zjištění vyplývající z předloženého účetnictví o nepřiměřeně nízké marži, (ii) nové inventurní soupisy nebyly průkazné, protože se neopíraly o fyzické zjištění skutečného stavu zboží na skladě a byly v enormním rozporu se stavem zásob uvedeným v původních inventurních soupisech opřených o fyzické inventury, (iii) nově předložené výsledovky a rozvahy byly v rozporu s údaji uvedenými v původních účetních výkazech, (iv) žalobkyně nevedla průkaznou evidenci o zásobách, což vyloučilo zjištění o faktickém pohybu zásob a jejich ocenění v průběhu roku, resp. z jakých konkrétních dodávek pocházejí jednotlivé druhy prodaných výrobků a jejich prodejní ceny.

41. Žalobkyně v žalobě žádný z uvedených čtyř klíčových důvodů závěru o nesplnění důkazní povinnosti nesporovala. Žalobkyně v žalobě netvrdila, že a jak vysvětlila v daňovém řízení zjištění o nepřiměřeně nízké marži, ani že nově předložené výsledovky a rozvahy byly v souladu s údaji uvedenými v původních účetních výkazech, ani že vedla průkaznou evidenci o zásobách. Pokud jde o zjištění daňových orgánů, že se nové inventurní soupisy neopíraly o fyzické zjištění skutečného stavu zboží na skladě a byly v enormním rozporu se stavem zásob uvedeným v původních inventurních soupisech, tento důvod napadeného rozhodnutí žalobkyně v žalobě dokonce explicitně potvrdila. Jelikož žalobkyně tato zjištění daňových orgánů v žalobě nesporovala ani netvrdila, že nepředstavují nesplnění důkazní povinnosti, soud zjištění i logicky odůvodněné závěry daňových orgánů převzal. Není–li žalobních námitek, není důvodu se náležitě odůvodněnými závěry daňových orgánů podrobněji zabývat. Postačí stručně s odkazem na výše podrobně popsaná odůvodnění ZDK a napadeného rozhodnutí konstatovat, že nově předložená účetní a skladová evidence neprokázala soulad skutečnosti s daňovými tvrzeními žalobkyně. Daňové orgány novou evidenci správně nepovažovaly za důkaz o tom, že žalobkyně v daňových přiznáních uvedla všechna uskutečněná zdanitelná plnění ve správné a úplné výši, zejména proto, že se nové evidence neopíraly o fyzické zjištění skutečného stavu zboží na skladě a byly v enormním rozporu se stavem zásob uvedeným v původních inventurních soupisech opřených o fyzické inventury.

42. Žalobkyně v žalobě zcela pominula všechny, výše podrobně popsané, důvody daňových orgánů, které je vedly k závěru, že nové inventurní soupisy nebylo lze jako důkazní prostředek o daňových tvrzeních žalobkyně využít. Proto žalobní námitka, že předložením nových inventurních soupisů žalobkyně splnila svou důkazní povinnost, aniž by žalobkyně v žalobě brojila proti důvodům osvědčujícím opak, nemohla být důvodná.

43. Pokud žalobkyně v žalobě namítla, že pouze pochybila při vedení skladové evidence, avšak své tržby i náklady řádně prokázala, nijak nereagovala na to, že žalovaný tyto její námitky v bodech 65, 67 a 70 odůvodnění napadeného rozhodnutí vypořádal. Zde žalovaný náležitě vysvětlil, že absence řádné skladové evidence způsobila, že nebylo možné ověřit stav a pohyb zásob zboží v průběhu kontrolovaných období, tudíž ani vazbu prodaného zboží na realizované tržby. Jinými slovy, pokud žalobkyně neprokázala, že přijatá tržba byla odrazem prodeje zboží ze skladu, neprokázala všechna uskutečněná zdanitelná plnění ve správné a úplné výši. Žalobkyně netvrdila, že by prodávala tabákové výrobky za jinou než státem regulovanou cenu, tudíž správcem daně zjištěná marže z objemu prodaných výrobků a tržeb za ně obdržených má logický základ. Byla–li takto zjištěná marže podivně nízká, vzbudilo to na straně daňových orgánů důvodné pochybnosti, zda skutečně žalobkyně zaúčtovala všechny tržby, tzn. přiznala skutečně všechna uskutečněná zdanitelná plnění dle ZDPH. Žalovaný zde dále dostatečně objasnil, že při účtování zásob způsobem B se nakoupené zboží účtuje přímo do nákladů, a to bez ohledu na to, zda bylo v daném období prodáno. Při uzavírání účetních knih se následně provádí korekce těchto nákladů podle skutečného stavu zásob zjištěného ze skladové evidence, kdy se hodnota neprodaného zboží přeúčtuje z nákladového účtu (Prodané zboží) na aktivní účet zásob (Zboží na skladě). Tato korekce musí být v souladu s evidencí zásob vedenou účetní jednotkou. Z uvedeného logicky vyplývá, jak správně uvedl žalovaný, že každá změna ve skladové evidenci má přímý dopad na výši zúčtovaných nákladů. Nelze tedy opravit údaje ve skladové evidenci, aniž by se tato změna promítla do nákladů. S žádným z těchto důvodů napadeného rozhodnutí žalobkyně v žalobě nepolemizovala a žádné konkrétní protiargumenty nenabídla.

44. Souhrnně vyjádřeno, žalobní námitky mířily mimo důvody napadeného rozhodnutí, tudíž je nebyly s to ohrozit. Soud uzavírá, že aprobuje závěr daňových orgánů, že žalobkyně neprokázala, že ve svých daňových přiznáních uvedla všechna uskutečněná zdanitelná plnění ve správné a úplné výši, kdy tento závěr námitkami formulovanými v žalobě žalobkyně nezpochybnila.

45. Soud dodává, že žalobní tvrzení, že došlo k porušení hmotněprávní úpravy ZDPH a principu daňové neutrality Daně, soud vzhledem k jeho obecnosti a absenci konkrétní vazby na důvody napadeného rozhodnutí nepovažoval za žalobní bod. Obecně soud konstatuje, že se oba argumenty týkají třetí podmínky, ohledně níž žalobkyně v žalobě nic konkrétního nenamítala. Druhý žalobní bod 46. Druhým žalobním bodem žalobkyně sporovala naplnění druhé podmínky pro užití pomůcek pro stanovení daně (srov. bod B na str. 8 žaloby).

47. Soud připomíná, že druhou podmínkou pro užití pomůcek pro stanovení Daně u žalobkyně bylo podle § 98 odst. 1 věty daňového řádu zjištění, že v důsledku nesplnění důkazní povinnosti žalobkyně nebylo možné stanovit Daň dokazováním.

48. Žalobní bod nebyl důvodný.

49. Žalobní argumentace míjela druhou zákonnou podmínku. Námitky žalobkyně, že úpravy účetnictví provedla za účelem vyhovění zákonu o účetnictví, že nemohla podat dodatečné daňové přiznání, že vedla účetnictví řádně zákonným způsobem a že nekrátila tržby z prodeje tabákových výrobků, se netýkají toho, zda bylo možné stanovit Daň dokazováním, resp. jde o námitky zcela obecné bez konkrétní argumentace brojící proti konkrétním závěrům daňových orgánů. Pokud jde o namítanou opravu skladové evidence a o to, že nové inventurní soupisy a nové účetní knihy daňové orgány vyhodnotily jako neprůkazné důkazní prostředky, žalobkyně v tomto směru závěry daňových orgánů v rámci prvního žalobního bodu nezpochybňovala.

50. Soud uzavírá, že se ztotožňuje se závěry daňových orgánů, nezpochybněnými tímto žalobním bodem, že důkazní prostředky předložené žalobkyní v souhrnu s důkazními prostředky zajištěnými daňovými orgány neumožňovaly stanovit Daň dokazováním. Třetí žalobní bod 51. Třetím žalobním bodem žalobkyně sporovala naplnění třetí podmínky pro užití pomůcek pro stanovení daně (srov. bod C na str. 8 žaloby).

52. Soud připomíná, že třetí podmínkou pro užití pomůcek pro stanovení Daně u žalobkyně bylo podle § 98 odst. 4 daňového řádu zjištění, že Daň může být prostřednictvím pomůcek spolehlivě stanovena.

53. Žalobní bod nebyl důvodný.

54. Žalobní bod sestával z jediné věty, v níž žalobkyně namítla, že pomůcky byly zvoleny způsobem diskriminujícím žalobkyni, neboť správce daně ignoroval celé účetnictví žalobkyně, aniž by prokázal jeho nesprávnost.

55. Soud připomíná výše uvedenou judikaturu správních soudů týkající se třetí podmínky stanovení daně pomůckami, podle níž daňový subjekt může ve vztahu k použitým pomůckám namítat výlučně to, že výsledná stanovená daň je v hrubém nepoměru s tou, která mu měla být, byť odhadem, stanovena, přičemž důkazní břemeno leží na daňovém subjektu. Daňový subjekt je tedy povinen uvést, z jakých důvodů považuje stanovenou výši daně za zcela nepřiměřenou, a své tvrzení podložit odpovídajícími důkazy.

56. Žalobní námitky se však srovnání pomůckami stanovené Daně a (tvrzenou) správnou výší Daně vůbec netýkaly. Výše bylo vyloženo, že daňové orgány neignorovaly celé účetnictví žalobkyně, jak žalobkyně tvrdí, kdy důkaz o správnosti tvrzených údajů tížil žalobkyni. Pokud žalobkyně konstatovala, že daňové orgány zvolily pomůcky diskriminujícím způsobem, jednak daňovému subjektu dle výše odkazované judikatury nepřísluší domáhat se stanovení daně způsobem, který mu nejvíce vyhovuje, a dožadovat se pro něj výhodnějšího výběru pomůcek, jednak žalobkyně vůbec nevysvětlila, čím a jak měla být neoprávněně znevýhodněna (diskriminována). Podání žalobkyně po uplynutí lhůty pro podání žaloby 57. Napadené rozhodnutí bylo žalobkyni doručeno dne 10. 12. 2024 a dvouměsíční lhůta pro podání žaloby podle § 72 odst. 1 s. ř. s. tedy uplynula dne 10. 2. 2025. Poslední den lhůty pro podání žaloby žalobkyně podala žalobu.

58. Podle § 71 odst. 2 věty třetí s. ř. s. platí, že žalobce může žalobu rozšířit o další žalobní body jen ve lhůtě pro podání žaloby. Proto soud nepřihlížel k žalobní argumentaci obsažené v podáních žalobkyně ze dne 16. 6. a 12. 9. 2025, jimiž žalobkyně rozšiřovala žalobní body po uplynutí lhůty pro podání žaloby. Argumentaci v těchto podáních, která nerozšiřovala žalobní body, soud vypořádal níže.

59. Soud předesílá, že si je vědom své povinnosti přihlížet k argumentaci žalující strany uplatněné po uplynutí lhůty pro podání žaloby, pokud by šlo o rozvinutí žalobního bodu uplatněného nejméně v rozsahu zárodku ve včasné žalobě. Podle judikatury správních soudů však lze obecné (nekonkrétní) žalobní tvrzení považovat za zárodek žalobního bodu jen tehdy, neumožňuje–li své rozvinutí následnou argumentací do libovolné šíře, nýbrž může být doplněn jen upřesněním konkrétní okolnosti. Zárodkem žalobního bodu není obecné tvrzení, pokud je v doplňujících podáních od nuly budována právní argumentace k tématu, v žalobě nijak nezmíněnému, která mohla být uplatněna včas v žalobě. Jinými slovy, zárodek žalobního bodu musí být natolik konkretizován, aby byl zcela určitý a nezaměnitelný (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 5. 2016, č. j. 9 Afs 17/2016–43, bod 42, a ze dne 31. 8. 2017, č. j. 10 Afs 330/2016–36, body 15 a 16).

60. V replice ze dne 16. 6. 2025 k první podmínce žalobkyně zopakovala žalobní tvrzení, že předložila správné, úplné a věrohodné opravené účetnictví, že ohledně nové evidence nebylo vedeno dokazování a že původní a nová evidence vykazovala rozdíly jen o stavu skladových zásob a nikoli generovaných tržbách. Tyto argumenty vznesla žalobkyně již v žalobě a soud je výše vypořádal v rámci prvního žalobního bodu.

61. Dále v replice ze dne 16. 6. 2025 k první podmínce žalobkyně uvedla, že správci daně vysvětlila nesrovnalosti s obchodní přirážkou a že podezření na krácení tržeb bylo neopodstatněné. V tomto případě nešlo o žádná konkrétní tvrzení polemizující s odůvodněním napadeného rozhodnutí.

62. V replice ze dne 16. 6. 2025 k první podmínce žalobkyně uvedla i nové žalobní tvrzení, že daňové orgány postupovaly vadně, protože jí bez dalšího neumožnily splnit důkazní povinnost pro porušení účetních předpisů, resp. pro rozpor nově předloženého účetnictví s původně vykázanými údaji. Tato argumentace nijak nerozvíjela žádný určitý a nezaměnitelný žalobní bod uvedený v žalobě. Soud k ní proto nepřihlížel. Obiter dictum soud uvádí, že žalobkyně pominula, že ji daňové orgány ke splnění důkazní povinnosti dvakrát marně vyzvaly Výzvou 1 a Výzvou 2.

63. V replice ze dne 16. 6. 2025 k druhé podmínce žalobkyně s odkazem na své podání ze dne 20. 4. 2023 uvedla, že konkrétně popsala a vyčíslila, v čem spočívaly nesrovnalosti v účetnictví, řádně doložila opravené účetní knihy a uvedla podrobnosti k nově provedené zpětné úpravě stavu zásob. Správce daně měl vycházet z nezpochybněných opravených účetních knih, založených na nezpochybněných důkazech (inventurních soupisech z roku 2022, dodavatelských fakturách, dokladech o prodeji zboží). Tato argumentace, která odpovídala žalobnímu bodu v žalobě, mířila mimo druhou podmínkou pro užití pomůcek (v důsledku nesplnění důkazní povinnosti žalobkyně není možné stanovit Daň dokazováním), jelikož žalobkyně tvrdila, že důkazní povinnost splnila. Pokud by soud posuzoval argumentaci žalobkyně v rámci první podmínky, je na místě zopakovat vypořádání tohoto původního žalobního bodu výše v tomto rozsudku: Daňové orgány opravenou skladovou evidenci, nové inventurní soupisy a nové účetní knihy vyhodnotily jako neprůkazné důkazní prostředky, aniž důvody tohoto jejich závěru žalobkyně v žalobě konkrétně zpochybňovala. Žalobkyně v replice jen uvedla, že žalovaný nevysvětlil, proč by inverzní dopočet (dokladová inventura) nemohl pro účely dokazování v daňovém řízení nahradit neprovedenou fyzickou inventuru za situace, kdy jsou všechny proměnné pro potřebný výpočet známy (tj. koncový stav skladů, veškeré realizované nákupy a prodeje). Soud znovu odkazuje například na následující pasáže odůvodnění napadeného rozhodnutí: „Následně odvolatel předložil nové inventurní soupisy na základě tvrzené rekonstrukce a opravy skladového hospodářství za roky 2019 až 2021, které jsou podstatně odlišné od původních inventurních soupisů, ve kterých byl zaznamenám stav zásob k rozvahovým dnům kontrolovaných období. Tyto nové inventurní soupisy odvolatel ničím nepodložil, neodpovídají zjištěnému stavu v příslušných zdaňovacích obdobích a byly vyhotoveny na základě výpočtu vycházejícího z fyzického stavu zásob k 31.12.2022 a účetních dokladů za bezprostředně předcházející období. Nelze je tedy považovat za věrohodný důkaz prokazující skutečný stav zásob tabákových výrobků v příslušných obdobích, resp. za věrohodný důkaz prokazující správnost a úplnost zaúčtovaných výnosů z prodeje tabákových výrobků, resp. uskutečněných zdanitelných plnění.“ (bod 64 napadeného rozhodnutí). „Odvolací orgán nesouhlasí s tvrzením odvolatele, že účetní evidence byla vedena řádně zákonným způsobem, a že své tržby řádně prokázal předloženým účetnictvím. Odvolatel nepředložil účetní záznamy dokumentující stav a pohyb zásob zboží v průběhu kontrolovaných období a nebylo tak možné ověřit vazbu prodaného zboží na realizované tržby. Zároveň nebyla provedena řádná inventarizace k poslednímu dni příslušného účetního období, když stav zásob zboží zachycený v inventurních soupisech nebyl porovnán s účetním stavem vyplývajícím ze skladové evidence. Řádné provedení fyzické inventury zpochybnil sám odvolatel, když de facto tvrdil, že je v nich zaznamenáno zboží, které fakticky na skladě k datu provedení inventury nebylo, čímž sám zpochybňuje věrohodnost svého účetnictví v kontrolovaných zdaňovacích obdobích.“ (bod 65 napadeného rozhodnutí). „Odvolatelem nově doložené inventurní soupisy k 1. 1. 2019, 31. 12. 2019 a k 31. 12. 2020 vycházejí pouze z tzv. dokladové inventury odvíjející se od zpětného odpočtu ze zjištěného faktického fyzického stavu zásob k 31.12.2022. Odvolatelem tak byla dodatečně předložená dokladová inventura za kontrolovaná období provedena výpočtem na základě účetních dokladů a faktického stavu zásob zjištěného dne 31.12.2022, protože jak sám odvolatel uvedl, fyzickou inventuru nelze provést zpětně. Zde je třeba zdůraznit, že odvolatel k tomu nepředložil žádné podklady či evidence, na jejichž základě k novým stavům zásob zboží na konci jednotlivých účetních období dospěl. Výsledek odvolatelem provedených úprav lze interpretovat tak, že podstatná část zboží, která byla zachycena na původních inventurních soupisech, na skladě odvolatele fakticky nebyla. Odvolatel však samotným zpětným propočtem z podstaty věci nemůže prokázat, že jím vypočtený stav zásob k rozvahovým dnům kontrolovaných období odpovídá realitě, když k tomuto propočtu nepředložil žádné podklady a zpětný propočet provedl k nejzazšímu datu 1. 1. 2019, tj. de facto přesunul zjištěné rozdíly v zásobách do období před tímto datem (které nebylo předmětem daňové kontroly), aniž by vysvětlil a prokázal důvody vzniku těchto rozdílů, např. duplicitní evidence zásob nebo prodej těchto zásob před datem 1. 1. 2019. Odvolací orgán má za to, že v případě, kdy odvolatel zpochybňuje původně předložené inventurní soupisy, ale nedoložil evidenci zásob zboží průkazně zachycující stav a pohyb zboží na skladě v období od vzniku odvolatele, tj. od 28.11.2016, nelze výpočet stavu zásob na skladě k rozvahovým dnům kontrolovaných období, jak jej provedl odvolatel, považovat za průkazný.“ (bod 75 napadeného rozhodnutí). „Odvolatelem nově zjištěný dokladový stav zásob k daným datům je zcela zásadně rozdílný od fyzického stavu zásob zachyceného v původních inventurních soupisech k datu 31. 12. 2018, 31. 12. 2019 a k 31. 12. 2020. Pokud by účetní stav zásob měl odpovídat odvolatelem nově předloženému stavu zásob, tak i toto nové tvrzení odvolatele zakládá pochybnosti o správnosti a věrohodnosti účetnictví odvolatele, a to vzhledem k enormním rozdílům mezi stavem zásob podle původních inventurních soupisů a nově tvrzeným účetním stavem zásob zjištěným zpětně. Rozdíl mezi původně zjištěným stavem zásob a nově zjištěným dokladovým stavem odvolatel správci daně nijak nevysvětlil, ani se s ním nevypořádal.“ (bod 76 napadeného rozhodnutí). „Dle názoru odvolacího orgánu mají v dané věci zcela jistě větší důkazní sílu původně doložené inventurní soupisy zásob, které vycházejí z provedené fyzické inventury, než nově doložené inventurní soupisy zásob vycházející pouze z dokladové inventury, když způsob jejího provedení odvolatel nijak nedoložil a neprokázal.“ (bod 78 napadeného rozhodnutí). „Odvolatel svým zpětným propočtem stavů zásob k rozvahovým dnům kontrolovaných období neodstranil pochybnosti správce daně ohledně úplnosti jím vykázaných tržeb a účetnictví odvolatele odvolací orgán (shodně se správcem daně) hodnotí jako neprůkazné, nesprávné a neúplné. Dle odvolacího orgánu vady účetnictví spočívající v absenci vedení evidence zásob při účtování způsobem B, v neprovedení řádné inventarizace, jsou tak závažného charakteru, že je nelze zpětně zhojit pouhým matematickým propočtem.“ (bod 79 napadeného rozhodnutí). Správce daně na str. 10 ZDK přiléhavě k rozdílům výsledků původních a nových inventurních soupisů konstatoval: „Z hodnot je patrné, že došlo k výrazným změnám v hodnotě zásob, konkrétně např. počáteční stav zásob tabákových výrobků po provedeném zásahu daňovým subjektem se snížil o 276,03 %, tj. o 11 867 620,50 Kč. U tak enormního rozdílu v zásobě tabákových výrobků (pokles cca o 3/4) je nepravděpodobné, že by jej daňový subjekt nezaznamenal, nadto, že i vedení účetnictví bylo zajišťováno odbornou firmou, doklady o nákupech tabákových výrobků (množství, hodnota) zaúčtovaných během kontrolovaných období jsou shodné s doklady zjištěnými u dodavatelů, je zřejmé že úpravy hodnot skladových zásob s odstupem několika let, v návaznosti na probíhající daňovou kontrolu, jsou účelové sestavené a nebo svědčí o nevěrohodně vedeném účetnictví.“ Žalobkyně s touto argumentací v žalobě ani v replice nijak nepolemizovala. Daňové orgány naprosto logicky vysvětlily, proč inverzní dopočet není s to prokázat zpětně fyzický stav zásob. Jde o to, že výpočtem z hodnot konečného stavu zásob a prodejů a nákupů v předchozích obdobích lze zjistit pouze to, jaký by teoreticky byl stav zásob v předchozích obdobích, pokud by nákupy a prodeje odpovídaly realitě a stav zásob by nic jiného než právě tyto nákupy a prodeje neovlivňovalo. Inverzní dopočet však neprokazuje ničeho, pokud jde o skutečný stav zásob v určitém časovém okamžiku ani pokud jde o skutečně přijatá zdanitelná plnění. Slovy žalobkyně, inverzní dopočet (dokladová inventura) nemůže pro účely dokazování v daňovém řízení nahradit neprovedenou fyzickou inventuru právě proto, že všechny pro výpočet použité proměnné (tj. koncový stav skladů, veškeré realizované nákupy a prodeje) neprokazují skutečný stav zásob, nýbrž jen stav zásob, který by matematicky odpovídal situaci, kdy by byl do výpočtu zadán správný skutečný koncový stav skladu a správné skutečné realizované nákupy a prodeje, za podmínky, že stav zásob by kromě nákupů a prodejů nebyl ničím jiným ovlivněn.

64. Jako rozvinutí uplatněného žalobního bodu soud posoudil námitku v replice, že inventurní soupisy z roku 2022 byly správcem daně akceptovány a použity jako důkaz v rámci daňové kontroly vztahující se k daňovým povinnostem žalobkyně za rok 2022. Tato námitka nemohla být důvodná. Žalobkyně ji neuplatnila v daňovém řízení, tudíž žalovaný nebyl povinen se jí explicitně zabývat. Soud aprobuje její vypořádání v bodě 12 dupliky žalovaného, kde uvedl: „Pokud byly správcem daně akceptovány inventurní soupisy 2022 v rámci daňové kontroly prováděné za zdaňovací období roku 2022, bylo tomu tak proto, že byla prověřována právě daňová povinnost za zdaňovací období roku 2022.“ Soud k tomu obiter dictum dodává, že neporozuměl konstrukci logiky uplatněné námitky. Nebylo přece sporu o tom, že ke dni 31. 12. 2022 žalobkyně provedla fyzickou kontrolu stavu zásob a pořídila o tom inventurní soupis ke dni 31. 12. 2022. Pro kontrolovaná zdaňovací období byl tento fakticky stav zásob ke dni 31. 12. 2022 bezvýznamný, avšak pro zdaňovací období roku 2022 relevantní byl.

65. Žalobkyně dále v replice (body 21 až 26) k druhé podmínce namítla, že správce daně vypočetl údajně nepřiměřeně nízkou obchodní přirážku žalobkyně v letech 2019 a 2020 vadně, a proto bylo jeho podezření na krácení tržeb nepodloženou spekulací. Ač žalobkyně tuto námitku zařadila v replice k druhé podmínce, obsahově mířila k podmínce první, tedy ke splnění její důkazní povinnosti. Soud však konstatuje, že jde o nový žalobní bod, protože žalobkyně v žalobě netvrdila ani v zárodku, že by daňovými orgány identifikovaná, nepřiměřeně nízká, marže žalobkyně, která je vedla k vydání Výzvy 1, byla vypočtena chybně. Šlo tedy o nový žalobní bod, k němuž soud nepřihlížel.

66. Dále žalobkyně v replice uvedla námitku, kterou žalobkyně vztáhla k první i třetí podmínce (body 14, 31 až 33 a 37 repliky), že daňové orgány použily pro pomůcky zpochybněné původní inventurní soupisy, avšak jiné nezpochybněné údaje z účetnictví ignorovaly, tudíž je pomůckami stanovená daňová povinnost nepřiměřená. Ač žalobkyně tuto námitku zařadila v replice i k první podmínce, obsahově mířila výlučně k podmínce třetí, tedy k nedostatkům zvolených pomůcek. Soud však připomíná, že žalobní bod týkající se třetí podmínky spočíval v jediném tvrzení, že pomůcky byly zvoleny způsobem diskriminujícím žalobkyni, neboť správce daně ignoroval celé účetnictví žalobkyně, aniž by prokázal jeho nesprávnost. Část argumentace v replice použitím původních inventurních soupisů jako pomůcky tedy představoval nový žalobní bod. Šlo tedy o rozšíření žaloby o další žalobní bod po uplynutí lhůty pro podání žaloby. Proto k němu soud nepřihlížel. Zbytek argumentace v replice o pominutí nespecifikovaných údajů z účetnictví nebyl žádným konkrétním rozvinutím původního třetího žalobního bodu.

67. Poslední námitkou v replice bylo tvrzení žalobkyně obsahově mířící k druhé podmínce, že správce daně měl stanovit daň dokazováním na základě kontrolních hlášení a EET. Takovou námitku žalobkyně neuplatnila v žalobě ani v zárodku. Proto námitka představovala nový žalobní bod, o který žalobkyně rozšířila žalobu po uplynutí lhůty pro podání žaloby a soud k ní tudíž nepřihlížel. Obiter dictum soud dodává, že nebyly–li odstraněny důvodné pochybnosti o tom, že žalobkyně přiznala řádně všechna uskutečněná zdanitelná plnění (prodeje zboží), nebyly s to kontrolní hlášení (tyto ostatně již jen z důvodu své povahy dle § 101c ZDPH) ani EET tyto pochybnosti vyvrátit.

68. V bodech 3 až 11 podání ze dne 12. 9. 2025 žalobkyně zopakovala svá předchozí tvrzení, která však soud vypořádal již výše v tomto rozsudku. Pokud žalobkyně v bodech 8 a 9 podání ze dne 12. 9. 2025 uvedla, že žalovaný nesplnil svou povinnost prokázat skutečnosti vyvracející věrohodnost účetních záznamů (existenci nezaúčtovaných prodejů), ale požadoval po žalobkyni, aby prokázala neexistenci dalších tržeb, tato argumentace nijak nerozvíjela žádný určitý a nezaměnitelný žalobní bod uvedený v žalobě. Soud k ní proto nepřihlížel, resp. v souvisejících otázkách odkazuje na vypořádání prvního žalobního bodu.

69. V bodech 12 až 23 podání ze dne 12. 9. 2025 žalobkyně uvedla dva příklady, jak provedla zpětný dopočet stavu zásob v nových inventurních soupisech, a dovozovala z toho správnost a spolehlivost nově dopočtených skladových stavů. Soud základ této námitky vypořádal v bodě 63 tohoto rozsudku. Listiny týkající se těchto námitek přiložené k podání ze dne 12. 9. 2025, založené v přílohové obálce čl. 64 soudního spisu, soud pro nadbytečnost neprováděl k důkazu, jelikož jimi chtěla žalobkyně prokázat správnost svého výpočtu stavu zásob. Pro posouzení důvodnosti žaloby však nebylo relevantní, zda jsou tyto výpočty provedeny správně. Jednak odpovídající tvrzení žalobkyně nevznesla ve lhůtě pro podání žaloby a dále postupu výpočtu teoretického stavu zásob v případě správnosti fyzicky provedené inventury ke dni 31. 12. 2022 a úplnosti dodavatelských faktur a prodejních dokladů nebyl otázkou významnou pro posouzení správnosti závěrů daňových orgánů v mezích včas uplatněných žalobních bodů.

70. Žalobkyně dále v bodech 24 až 44 podání ze dne 12. 9. 2025 znovu namítla, že správce daně vypočetl údajně nepřiměřeně nízkou obchodní přirážku žalobkyně vadně a doprovodila to konkrétními výpočty ohledně výrobků RGD a Marlboro. Žalobkyně však v žalobě netvrdila ani v zárodku, že by daňovými orgány identifikovaná, nepřiměřeně nízká, marže žalobkyně, která je vedla k vydání Výzvy 1, byla vypočtena chybně. Šlo tedy o nový žalobní bod, k němuž soud nepřihlížel. Listiny týkající se těchto námitek přiložené k podání ze dne 12. 9. 2025, založené v přílohové obálce čl. 64 soudního spisu, soud pro nadbytečnost neprováděl k důkazu, jelikož jimi chtěla žalobkyně vyvrátit správnost výpočtů daňových orgánů ohledně nepřiměřeně nízké obchodní přirážky. Pro posouzení důvodnosti žaloby však nebylo relevantní, zda byly tyto výpočty daňových orgánů provedeny správně, jelikož odpovídající tvrzení žalobkyně nevznesla ve lhůtě pro podání žaloby.

71. Žalobkyně v rámci svého přednesu na jednání soudu odkázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 6. 2011, č. j. 7 Afs 68/2010–174, a tvrdila, že z něj vyplývá, že neměla povinnost při účtování způsobem B vést skladovou evidenci a svá tvrzení mohla prokázat i jinými prostředky. Takové závěry však z uvedeného rozsudku pro případ žalobkyně nevyplývají. V uvedeném rozsudku kasační soud výslovně uvedl: „Zákon o účetnictví ve znění účinném v předmětných zdaňovacích obdobích, tj. v letech 2003 až 2005, nestanovil účetním jednotkám povinnost vést skladovou evidenci. (…) Citované rozsudky však nevylučují, aby daňový subjekt prokázal jím tvrzené skutečnosti jinak než předložením účetnictví vedeného v souladu s opatřením či účetními standardy. Bude se jednat o takové důkazní prostředky, které de facto nahradí či doplní nevěrohodné, neúplné, neprůkazné či nesprávné účetnictví.“ Pokud jde o skladovou evidenci, vztahoval kasační soud tedy své závěry k právní úpravě let 2003 až 2005, nikoli k době zdaňovacích období, které byly předmětem soudního přezkumu v této věci. Žalobkyně svá daňová tvrzení přes výzvy správce daně neprokázala žádnými důkazními prostředky. Závěr 72. Soud shrnuje, že žalobkyně včasnými žalobními body nezpochybnila zákonnost závěrů žalovaného o splnění podmínek dle § 98 daňového řádu pro užití pomůcek, tj. že žalobkyně nesplnila povinnosti při dokazování, a proto nebylo možné stanovit Daň dokazováním a Daň byla prostřednictvím pomůcek stanovena spolehlivě. Správce daně učinil přezkoumatelný a logický závěr, že jsou důvodné pochybnosti o průkaznosti, správnosti a úplnosti žalobkyní předložené evidence pro účely Daně, jelikož z původních inventurních soupisů předložených žalobkyní (které se opíraly o fyzickou inventuru) a dokladů o nákupu a prodeji tabákových výrobků vyplývalo, že žalobkyně prodala zboží s průměrnou obchodní přirážkou z prodeje (1,87 %, resp. 2,0014 %), avšak ze vzorku dokladů o nákupu a prodeji tabákových výrobků vyplývala přirážka násobně vyšší (7,26 % až 15,2 %). Prodejní činnost žalobkyně byla přitom specifická tím, že tabákové výrobky žalobkyně prodávala za pevné, zákonem limitované, prodejní ceny. K Výzvě 1 žalobkyně tvrdila, že uplatňovala marži 4,92 % až 6,54 % a doložila to 10 dodavatelskými fakturami. Správce daně logicky uzavřel, že žalobkyně uvedený rozdíl v maržích nevysvětlila, protože i marže tvrzená žalobkyní je násobně vyšší než tak, která vyplývá z evidencí žalobkyně. Žalobkyně poté předložila upravené účetní výkazy odkazující na nově provedené inventury. Správce daně Výzvou 2 vyzval žalobkyni k prokázání skladové evidence a zjištěných rozdílů. Následně žalobkyně předložila nové inventurní soupisy, které nebyly výsledkem fyzické kontroly skladu, nýbrž šlo o výpočet stavu skladu, jaký by byl, kdyby do něj bylo zařazeno zboží ze zaúčtovaných přijatých faktur a z něj prodáno zboží dle zaúčtovaných prodejních dokladů (tržeb). Správce daně učinil přezkoumatelný a logický závěr, že nové inventurní soupisy nejsou průkazné, protože se neopírají o fyzickou inventuru a jsou v enormním rozporu s původními soupisy (stav skladu podle nových soupisů klesl až o ). Lze jen zopakovat, že podstatou inventarizace je ověření shody doloženého skutkového stavu se zůstatky na majetkových a závazkových účtech, kdy pouze průkaznou skladovou evidencí lze zajistit správnou inventarizaci podle zákona o účetnictví. Bez průkazné skladové evidence nelze v průběhu účetního období zjistit a prokázat stav zásob včetně jejich ocenění a ověřit tak úplnost deklarovaných přijatých a uskutečněných zdanitelných plnění, tj. prokázat provázanost mezi nákupem tabákových výrobků a jejich následným prodejem (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze 28. 5. 2020, č. j. 1 Afs 433/2018–44, bod 40). Za situace, kdy u žalobkyně nebylo v jejím účetnictví řádně zachyceno, jaké výrobky byly přijaty na sklad a kdy a za kolik byly prodány, nebylo možné stanovit daň dokazováním. Závěr daňových orgánů, že žalobkyně nepředložila důkazní prostředky prokazující své tvrzení, resp. neprokázala všechny skutečnosti uvedené v přiznáních k Dani, tedy v mezích včasných žalobních námitek bezpečně obstojí. Žalobkyně nesplnila svou zákonnou povinnost prokázat údaje uvedené v daňovém přiznání k Dani za kontrolovaná zdaňovací období roku 2019 a 2020 dle § 92 odst. 3 daňového řádu. Žalobkyně nepředložila průkaznou evidenci pro účely Daně a skutečnosti uvedené v daňových přiznáních nebyly žalobkyní prokázány ani jinými důkazními prostředky. Soud souhlasí s daňovými orgány, že za takového stavu je předložená daňová evidence neúplná jako celek, protože byla vnitřně rozporná, kdy neprůkazná evidence nebyla s to prokázat celkový objem prodávaného zboží, tj. mj. přijatá i uskutečněná zdanitelná plnění. Účetní evidence žalobkyně neumožňovala ověřit základ Daně a výši Daně a základ Daně ani Daň nebylo možno stanovit ani dokazováním. Pochybnosti způsobené neprůkazným účetnictvím dosáhly takové intenzity, že došlo k zatemnění obrazu o hospodaření daňového subjektu (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 8. 2025, č. j. 5 Afs 68/2025–46, bod 16). Žalobkyně neprokázala, že vedená a předložená evidence pro účely Daně podle § 100 ZDPH je správná, pravdivá a průkazná.

73. Žalobkyní k důkazu na str. 9 žaloby označená listina (napadené rozhodnutí) byla součástí správního spisu, jímž správní soudy dokazování neprovádějí, neboť nejde o důkazní prostředky (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008–117, č. 2383/2011 Sb. NSS, nebo bod 29 rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 7. 2022, č. j. 10 Afs 281/2020–70). Pokud jde o důkaz navržený na str. 9 žaloby „dopis + stížnost stran DPPO 2021 – rekonstrukce účetnictví“, žalobkyně tento důkazní návrh vzala zpět při jednání soudu.

74. Soud neshledal žádný z žalobkyní uplatněných žalobních bodů důvodným, a proto žalobu podle § 78 odst. 7 s. ř. s. výrokem I tohoto rozsudku zamítl.

VII. Náklady řízení

75. O nákladech řízení rozhodl soud výrokem II tohoto rozsudku podle ustanovení § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobkyně neměla ve věci úspěch, proto jí právo na náhradu nákladů nenáleží. Toto právo by náleželo procesně úspěšnému žalovanému, který se však náhrady nákladů řízení při jednání soudu vzdal. Proto soud náhradu nákladů řízení nepřiznal žádnému z účastníků řízení.

Poučení

I. Vymezení věci II. Žaloba a další podání žalobkyně III. Vyjádření žalovaného k žalobě a jeho další podání IV. Vyjádření účastníků při jednání V. Průběh daňového řízení a právní východiska soudu VI. Posouzení soudu První podmínka Druhá podmínka Třetí podmínka První žalobní bod Druhý žalobní bod Třetí žalobní bod Podání žalobkyně po uplynutí lhůty pro podání žaloby Závěr VII. Náklady řízení