8 A 120/2025 – 76

Rubrum

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Slavomíra Nováka a soudkyň Mgr. Jany Jurečkové a Mgr. Andrey Veselé ve věci žalobce: Vulnus Curare z. s., IČ 06479596, sídlem Edvarda Beneše 495, 281 02 Cerhenice, zastoupený Mgr. Denisou Mokřížovou, advokátkou, sídlem Lípová 475/18, 120 00 Praha 2 proti žalovanému: Centrum pro regionální rozvoj České republiky, IČ 04095316, sídlem Argentinská 1610/4, 170 00 Praha 7 o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Základ sporu

1. Žalobce je příjemcem dotace na svůj dotační projekt „Vybudování logopedického a ergoterapeutického tréninkového pracoviště pro ABA školku“ (dále jen „Projekt“). Žalovaný je státní příspěvkovou organizací zřízenou dle ust. § 14a zákona č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, který má na starost administraci Integrovaného regionálního operačního programu (dále také “IROP”), který je jedním z operačních programů, přes které se v České republice rozdělují peníze poskytnuté z evropských fondů, konkrétně z Evropského fondu pro regionální rozvoj (EFRR). V rámci této činnosti prováděl u žalobce kontroly související s předmětnou dotací.

2. Žalobce se domáhá vydání rozhodnutí, kterým by bylo Došetření kontroly č. 017825–2021/IROP (dále jen „Došetření“), jež žalovaný zahájil Oznámením o zahájení došetření ze dne 28. 5. 2025, č.j. CENT 9057/2025, prohlášeno za nezákonné, dále aby žalovanému byla uložena povinnost zdržet se opakování zásahů v podobě zahajování dalších duplicitních kontrol či jejich došetření vůči žalobci, stejně jako povinnost obnovit stav před nezákonným zásahem, tj. zrušením dodatku č. 1 k protokolu o kontrole č.j. CENT 11867/2021 ze dne 29. 4. 2022, vydaného 24. 6. 2025.

3. Nezákonnost postupu žalovaného shledává žalobce v následujících skutečnostech – Nezákonný důvod pro zahájení došetření kontroly č. 017825–2021/IROP – Nezákonné průtahy pro zahájení došetření kontroly č. 017825–2021/IROP – Nezákonnost v podobě překážky litispendence všech vzájemných kontrol 4. První kontrola č. 017825–2021/IROP byla zahájena Oznámením o zahájení kontroly ze dne 1. 9. 2021, č.j. CENT 11865/2021. V rámci této kontroly byl dne 29. 4. 2022 vydán protokol o kontrole č.j. CENT 11867/2021 obsahující 4 kontrolní zjištění. Žalobce proti němu podal námitky dne 27. 5. 2022, které byly vyřízeny v rozsahu kontrolního zjištění č. 1 a č. 2 rozhodnutím Ministerstva pro místní rozvoj č.j. MMR–42562/2024–26 ze dne 4. 6. 2024.

5. Námitky proti kontrolnímu zjištění č. 3, č. 4 protokolu o kontrole č. 1 nebyly vypořádány, jelikož žalovaný vyčkával na závěry šetření policejního orgánu, neboť po vydání protokolu o kontrole č. 1 podal žalovaný dne 19. 7. 2022 podnět k zahájení úkonů trestního řízení (trestní oznámení), č.j.: CENT 12656/2022, jehož obsahem byly mimo jiné aktivity identifikované zjištěním č. 3 a 4.

6. Druhá kontrola byla zahájena Oznámením ze dne 5. 3. 2024, č.j. CENT 3342/2024 o zahájení kontroly č. 003352–2024/IROP projektu s předmětem kontroly – „vyčíslení nezpůsobilých výdajů projektu, která vychází z administrativního ověření Žádosti o platbu č. 4.“ Výstupem z této druhé kontroly byl protokol o kontrole ze dne 19. 8. 2024, č. j. CENT 3343/2024, proti kterému podal žalobce námitky, které byly zamítnuty.

7. Oznámením o zahájení došetření ze dne 28. 5. 2025, č. j.: CENT 9057/2025 bylo žalobci sděleno zahájení došetření kontroly č. 1, na základě kterého byl vyhotoven Dodatek k protokolu o kontrole č.

1. Žalobce podal dne 9. 7. 2025 „Námitky proti kontrolnímu zjištění dle dodatku č. 1 k protokolu o kontrole ze dne 29. 4. 2022, č.j. CENT 11867/2021“. Žalovaný tyto námitky vypořádal Vyřízením námitek proti kontrolnímu zjištění č. 5 dle Dodatku k protokolu o kontrole č. 1, a to dne 8. 8. 2025 pod č.j. CENT 15412/2025, které bylo žalobci doručeno dne 8. 8. 2025. V tomto vyřízení námitek žalovaný detailně popsal, z jakého zákonného důvodu došlo k zahájení Došetření.

8. Žalobci byla dne 23. 9. 2025 zaslána výzva k vrácení nezpůsobilých výdajů, identifikovaných veřejnosprávní kontrolou č. 017825–2021/IROP, vyplacených mu v rámci projektu č. CZ.06.2.67/0.0/0.0/18_108/0010835, a to v souladu s ust. §14f odst. 3 zákona č. 218/2000 Sb., rozpočtová pravidla, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „rozpočtová pravidla“) s tím, že mu byla stanovena lhůta do 22. 12. 2025.

II. Obsah žaloby a vyjádření žalovaného

9. Žalobce spatřuje nezákonný zásah v zahájení a vedení Došetření. Nezákonný zásah spatřuje v zahajování opakovaných a duplicitních kontrol dle zákona č. 255/2012 Sb., kontrolního řádu, a to ve věci jeho Projektu. Naposledy se tak dělo ode dne 28. 5. 2025, kdy žalovaný vůči žalobci zahájil došetření tzv. první kontroly z roku 2021 č. 017825–2021/IROP.

10. Správní judikaturní praxe nepovažuje akt v podobě vyřízení námitek za správní rozhodnutí1, a proto žalobci nezbývá, než uplatnit tento druh „zbytkové“ správní žaloby. V minulosti byly za zásah shledány i zahájení a provádění daňové kontroly (usnesení RS NSS 2 Afs 144/2004–110), případně též postup k odstranění pochybností dle § 89 a násl. daňového řádu (rozsudek NSS 1 Ans 10/2012–52), a zahájení a provádění kontroly ze strany NKÚ dle zákona č. 166/1993 Sb., o Nejvyšším kontrolním úřadu (rozsudek NSS 9 Aps 1/2007–68).

11. Žalovaný svůj postup v podobě zahájení Došetření vysvětlil nově zjištěnými skutečnostmi vyplývajícími z trestněprávního usnesení Krajského ředitelství policie hlavního města Prahy, č. j. KRPA–294661–83/TČ–2022–000093– ZJ ze dne 26. 4. 2024. Žalovaný tak dává výslovně najevo, že předmětné Došetření zahájil na základě podkladu orgánu činného v trestním řízení, takže se opírá o důvod, který kontrolní řád pro zahájení institutu Došetření nepřipouští, když dle ustanovení § 21 odst. 2 kontrolního řádu je došetření možné zahájit pouze je–li to zapotřebí na základě podaných námitek nebo k opravě zjištěných nesprávností v protokolu. Nesprávnosti v původním protokolu o kontrole může odhalit kontrolní orgán pouze sám anebo na ně může být upozorněn kontrolovanou osobou, k čemuž se shodně vyjadřuje komentářová literatura.

12. Institut došetření věci byl do kontrolního řádu zaveden pro případy, kdy se na základě námitek kontrolované osoby, kterým kontrolní orgán (kontrolující či jeho nadřízená osoba) vyhověl, ukáže potřeba provedení dodatečných kontrolních úkonů, anebo jsou kontrolním orgánem (ať už z vlastního podnětu, či na základě podnětu kontrolované osoby) zjištěny takové nesprávnosti, které nelze bez provedení dodatečných kontrolních úkonů opravit. K došetření tak musí být dán podnět pouze ze strany kontrolované osoby či kontrolujícího orgánu, nikdy však ze strany orgánu činného v trestním řízení, viz stanovisko Ministerstva vnitra, odbor veřejné správy, dozoru a kontroly, č. j. MV– 13303–14/ODK–2019, ze dne 13. 3. 2019: adresované Ministerstvu pro místní rozvoj, viz str. 3 tohoto stanoviska: „K došetření může dojít na základě námitek kontrolované osoby, z vlastního podnětu kontrolního orgánu či na základě podnětu kontrolované osoby.“ 13. Rovněž tak předmětem Došetření nemůže být nové právní posouzení, jak zároveň žalovaný uvádí na str. 25 Vyřízení námitek z protokolu o Došetření. Právní posouzení případu je věcí kvality a strategie postupu každého jednotlivého správního úřadu v jim vedeném řízení a nelze jej spojovat se skutkovým pojmem „nesprávností v protokolu“. Zároveň právní posouzení zcela logicky nelze došetřovat, neboť nijak nespočívá ve skutkových zjištěních.

14. Tvrzení žalovaného na str. 4 Dodatku, že: „Dalším důvodem k zahájení došetření bylo podání Námitek ze strany kontrolované osoby.“, považujeme za zcela vágní konstatování, kterým se žalovaný ryze formálně snažil dostát podmínkám dle ustanovení § 21 odst. 2 kontrolního řádu. Žalovaný totiž nijak dále nerozvíjí, jaký konkrétní obsah námitek měl zahájení Došetření odůvodnit a dále se zabývá již pouze usnesením policejního orgánu, ze kterého mají údajně vyplývat nově zjištěné skutečnosti.

15. Zahájení Došetření na základě nepřípustného důvodu odporuje i závěrům Veřejného ochránce práv v této věci, který ve své Zprávě na str. 11, bod C.3.2 žalovanému vytkl a zdůraznil, že kontrolní činnost poskytovatele dotace je nezávislá na rozhodování orgánů činných v trestním řízení.

16. Veřejný ochránce práv dále ve své Zprávě zdůraznil, že žalovaný v oznámení o zahájení Druhé kontroly neuvedl žádné okolnosti odůvodňující (zčásti) opakující se kontrolu, viz bod C.1.2.2 Zprávy. Stejné pochybení je i v případě oznámení o zahájení Došetření. Taková tvrzení žalovaného dostatečně nevysvětlují, proč některé již zkontrolované okolnosti mají být znovu zkontrolovány a opět je zasahováno do práv žalobce nabytých v dobré víře v podobě zatěžující další opakované kontroly, tentokrát v podobě Došetření. Tento fakt dále podtrhuje důvodnost této zásahové žaloby, neboť z oznámení o zahájení Došetření nelze seznat, zda je skutečně dán důvod pro zahájení Došetření či nikoliv.

17. Z procesní opatrnosti, pokud by soud shledal, že předmětné trestní usnesení je navzdory všem výše uvedeným argumentům důvodem zakládajícím oprávněnost zahájení Došetření, žalobce dále uvádí, že z tohoto trestního usnesení nevyplývají žádné nově zjištěné skutečnosti, které by zakládaly důvodnost zahájení Došetření, protože v uvedeném usnesení policie prakticky kompletně pouze zkopírovala skutečnosti z trestního oznámení žalovaného ze dne 19. 7. 2022.

18. Žalobce rovněž považuje za relevantní odkázat na „Odpověď Žalovaného ze dne 10. 2. 2023 na žádost policie s dotazy z 6. 1. 2023“, ve které žalovaný v reakci na dotazy policie uvedl následující skutečnosti: „K tomu je nutno uvést, že část zjištění, která byla zjevně spíše již trestněprávního charakteru oproti zbytku „běžných“ kontrolních zjištění, nebyla do kontrolního vůbec zapracována, aby nedošlo k maření vyšetřování, a byla předmětem výlučně trestního oznámení. Příjemce dotace tedy doposud netuší skutečný rozsah zjištění učiněných v rámci, resp. v souvislosti s provedenou kontrolou projektu.“ Žalovaný tak od počátku rozsah svých kontrolních zjištění před žalobcem cíleně zatajuje s úmyslem ponechat si část zjištění tzv. v „šuplíku“ a znemožnit žalobci ověření, která kontrolní zjištění zakládají důvodnost opakovaných kontrol, příp. tohoto Došetření. Žalovaný se takovým postupem zcela svévolně staví do pozice orgánu činného v trestním řízení, když si rozhoduje, která zjištění žalobci zpřístupní a která nikoliv, a jedná v rozporu s ústavně–právní zásadou enumerativnosti veřejnoprávních pretenzí.

19. Žalovaný tímto vytýkaným postupem spočívajícím v zahájení Došetření bez zákonného důvodu jednal v rozporu se zákony České republiky včetně Ústavy a Listiny základních práv a svobod, když v rozporu s ustanovením § 2 odst. 2 správnímu řádu překračuje své svěřené pravomoci a fabuluje si nové postupy k zahájení institutu došetření: „Správní orgán uplatňuje svou pravomoc pouze k těm účelům, k nimž mu byla zákonem nebo na základě zákona svěřena, a v rozsahu, v jakém mu byla svěřena.“ Či se zcela svévolně staví do pozice orgánu činného v trestním řízení a rozhoduje si, která kontrolní zjištění žalobci zpřístupní a která nikoliv. Tato zásada má svůj původ v principu enumerativnosti veřejnoprávních pretenzí vyjádřeného v čl. 2 odst. 3 Ústavy ČR a článku 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod ČR, dle kterých lze státní moc uplatňovat jen v případech a v mezích stanovených zákonem, a to způsobem, který zákon stanoví.

20. Došetření Projektu žalobce bylo zahájeno s nezákonnými průtahy, a to téměř po 3 letech ode dne, kdy žalobce podal proti původnímu protokolu o První kontrole dne 27. 5. 2022 námitky, a pokud bychom přistoupili na vadnou argumentaci žalovaného, že předmětné usnesení policejního orgánu představuje důvod pro zahájení Došetření, tak to bylo vydáno před 13 měsíci před zahájením předmětného Došetření.

21. Maximální lhůtu pro možnost zahájení došetření kontrolní řád nestanovuje, nicméně ze systematiky kontrolního řádu a ustálené praxe ústředních správních úřadů je nutné shledat, že došetření by mělo být zahájeno maximálně do 60 dnů od doručení námitek – srov. ustanovení § 14 odst. 1 kontrolního řádu, viz již zmíněné stanovisko Ministerstva vnitra, odbor veřejné správy, dozoru a kontroly, č. j.: MV– 13303–14/ODK–2019, ze dne 13. 3. 2019, str. 7: „Došetření by nemělo ovlivnit běh lhůty pro vyřízení námitek, resp. by mělo proběhnout alespoň do uplynutí maximální možné lhůty pro vyřízení těchto námitek, tj. do 60 dnů od doručení námitek – srov. § 14 odst. 1 kontrolního řádu.“ 22. Žalobce se zahájením Druhé kontroly a jejím průběhem nesouhlasil od samého počátku. Vyčíslení údajných nezpůsobilých výdajů za 1. a 3. etapu Projektu totiž žalovaný mohl zjistit již v průběhu První kontroly, když dne 7. 7. 2022, tedy 19 dnů před žalovaným původně tvrzeným ukončením První kontroly k datu 26. 7. 2022, zaslal žalobci depeši s 1. výzvou k doplnění ŽoP a ZoR za 4. etapu – věcný obsah, ve které v bodu 8 se žalobcem žalovaný otevřel a řešil (kontroloval) právě vyčlenění výdajů dle položkového rozpočtu na stavební práce týkající se nezpůsobilých prostor (výdejna jídel, sociální zázemí, jídelna), tedy výdajů uplatněných v 1. až 3. etapě Projektu. Druhá kontrola se přitom týkala opět údajně nezpůsobilých výdajů za 2. a 3. etapu Projektu.

23. Skutečnost, že si žalovaný musel být vědom údajných nezpůsobilých výdajů již v průběhu První kontroly, ostatně vyplývá i z kontrolního protokolu č. j.: CENT 3343/2024 vydaného v rámci Druhé kontroly, kde žalovaný na str. 8 uvádí: „Na základě kontroly dokumentace k ŽoP č. 4 bylo zpětně zkontrolováno, že v ŽoP č. 2 a ŽoP č. 3 byly příjemci neoprávněně proplaceny nezpůsobilé výdaje vizte výše podrobně uvedeno v kontrolním zjištění č. 1.“ Žalovaný měl v rámci První kontroly postupovat v souladu se zásadou dobré správy a zjištěním věci bez důvodných pochybností, jak vyžaduje ustanovení § 3 správního řádu, a pokud se následně domníval, že dostatečně nezjistil skutkový stav v části údajně nezpůsobilých výdajů a o této skutečnosti se údajně dozvěděl na základě žalobcovy ŽoP č. 4, nemohl svá pochybení napravovat zahájením další opakované Druhé kontroly na úkor právní jistoty a ochrany oprávněných zájmů žalobce nabytých v jeho dobré víře. Žalovaný žalobci část zjištění z První kontroly úmyslně zatajil a žalobce tak přípustnost Druhé kontroly nemohl zcela spolehlivě ověřit.

24. Minimálně jedna z probíhajících kontrol je tak dotčena překážkou litispendence (resp. překážkou zahájeného jiného řízení o téže věci) a je tedy prováděna nezákonně. Systematický a logický výklad vede k závěru, že litispendencí nemohla být zatížena pouze První kontrola, a oproti tomu Druhá kontrola a Došetření byly překážkou litispendence zatíženy zcela určitě a jsou tedy nezákonné.

25. Daný nezákonný postup žalovaného je podpořen tím, že na str. 27 Vyřízení námitek z protokolu o Došetření žalovaný tvrdí, že částečné překrývání kontrolovaných období nelze shledat jako překážku provedení všech kontrol, když se neshodují kontrolní zjištění. Kontrolní zjištění jsou však z povahy věci až výsledkem provedené kontroly a logicky nemohou být známa dříve než po ukončení kontroly, neboť v rámci kontroly se předběžná kontrolní zjištění mohou změnit (např. na základě námitek a doplnění informací a podkladů ze strany kontrolovaného subjektu). Překážka litispendence však musí být zkoumána k okamžiku zahájení kontroly a v jejím průběhu.

26. Došetření jako nezákonný zásah porušuje množství ústavně zaručených práv žalobce. Přinejmenším porušuje veřejné subjektivní právo žalobce na všeobecnou ochranu svobodné sféry jeho osoby, jak vyplývá z článku 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod. Již sám fakt opakovaných kontrol je signálem poškozujícím důvěryhodnost žalobce. Dále narušuje jeho subjektivní veřejné právo podnikat a provozovat jinou hospodářskou činnost, když takto šikanózní kontroly brání Projekt dokončit a běžným způsobem ho provozovat k jemu veřejně prospěšnému účelu, kterým je vzdělávání a výchova dětí s autismem a jinými neurovývojovými poruchami. Došetření je rovněž v rozporu se zásadou šetřit práva žalobce nabytá v dobré víře a co nejméně žalobce zatěžovat. Konečně Došetření bezesporu zasahuje do dobré pověsti žalobce, když nezákonně vedeným a zahájeným Došetřením žalovaný zcela logicky dospěl k nesprávným difamujícím skutkovým zjištěním obsaženým v Dodatku.

27. Žalobce zcela odmítá skutková zjištění obsažená v Dodatku, dle kterých má být vybraný dodavatel X tchánem předsedy žalobce, který není biologickým otcem manželky pana S., ale druhým manželem matky chotě pana S. , a z těchto důvodů není založen příbuzenský vztah dle relevantních ustanovení občanského zákoníku. Zcela nesprávné je i skutkové zjištění, že projektová dokumentace pro provádění stavby byla okopírována. Žalobce ve svých námitkách vysvětloval, že je zcela logické, že projektová dokumentace pro provádění stavby musí navazovat, následovat a být v podstatném ohledu shodná s předcházející verzí projektové dokumentace pro stavební povolení, kterou v podrobnostech rozvíjí. Žalobce ve svých námitkách také podrobně vyvracel osočení, že jednal nehospodárně, v rozporu s pravidly pro střet zájmů či že měl porušovat zásadu přiměřenosti výdajů.

28. Žalovaný ve vyjádření k žalobě předně poukázal na skutečnost, že z jeho strany již došlo k ukončení kontroly č. 017825–2021/IROP, a to vyřízením námitek proti dodatku protokolu o kontrole ze dne 24. 06. 2025, č.j. CENT 11501/2025, které bylo žalobci doručeno dne 8. 8. 2025 (č. j. vyřízení námitek CENT 15412/2025), tedy před podáním žaloby.

29. Následně byla Ministerstvem pro místní rozvoj ČR žalobci dne 23. 9. 2025 zaslána výzva k vrácení nezpůsobilých výdajů, identifikovaných veřejnosprávní kontrolou č. 017825–2021/IROP, a vyplacených žalobci v rámci projektu č. CZ.06.2.67/0.0/0.0/18_108/0010835, a to v souladu s ust. §14f odst. 3 zákona č. 218/2000 Sb., rozpočtová pravidla, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „rozpočtová pravidla“).

30. Došetření představuje provedení dodatečných kontrolních úkonů a je završeno dodatkem k protokolu o kontrole, který se stává nedílnou součástí protokolu o kontrole.

31. Ke splnění stanovených podmínek pro zahájení došetření dle ust. § 21 odst. 2 kontrolního řádu, žalovaný uvádí, že byly splněny obě podmínky stanovené kontrolním řádem a to, že došetření bylo provedeno (a) na základě podaných námitek k (b) k opravě zjištěných nesprávností v protokolu o kontrole č.

1. Žalovaný totiž po přezkoumání věci na základě námitek žalobce proti protokolu o kontrole č. 1 zjistil, že závěry učiněné v protokolu o kontrole č. 1 obsahují zjevné nesprávnosti, resp. že došlo k nesprávnému právnímu posouzení skutkového stavu. Mohl tedy postupovat dle ust. 21 odst. 1 kontrolního řádu a pouze vyhotovit dodatek k protokolu o kontrole bez provedení došetření. Avšak s ohledem na nezbytnost zjištění skutkového stavu za účelem nového právního posouzení a nové skutečnosti vyplývající z Usnesení PČR, na základě kterých žalobci vznikly pochybnosti o správnosti závěrů protokolu o kontrole č. 1, resp. pochybnosti o tom, zda dostatečně zjistil skutkový stav věci, bylo nezbytné k odstranění pochybností o skutkovém stavu a k opravě zjištěných nesprávností potřeba vykonat další úkony – tj. právní posouzení zjištěného skutkového stavu, provedení analýzy veškeré dokumentace zaslané žalobcem v rámci podaných námitek (celkem 46 příloh v rámci čtyř podání), právní posouzení příbuzenského stavu mezi předsedu žalobce a nevlastním otcem jeho manželky, podrobnou komparaci projektových dokumentací žalovaným (tato komparace je přílohou Dodatku).

32. Jednou z doporučených náležitostí pro kontrolní zjištění je i důkaz. Na základě výše uvedeného žalovanému tedy nezbylo než postupovat dle ust. § 21 odst. 2 kontrolního řádu a před vyhotovením Dodatku provést došetření. Pokud žalobce ve svém doplnění žaloby uvádí, že Usnesení PČR nikdy nemůže sloužit jako podklad k došetření nesprávností, neboť se jedná o pouhý procesní akt trestního řízení, který je založen jen na podezření, nikoliv na potvrzení v něm obsažených informací, tak s tímto lze souhlasit jen částečně. Žalovaný jako kontrolní orgán samozřejmě nevzal jako podklad pro zahájení došetření skutečnost, že by statutární orgán žalobce spáchal trestný čin, neboť tato okolnost je dotčena presumpcí neviny. Rovněž ani nepřevzal žádné závěry z Usnesení PČR. Důvod pro zahájení došetření (nad rámec obsahu podaných námitek žalobce a vlastního přehodnocení právního posouzení) vycházel z informací uvedených v Usnesení PČR (blízký vztah mezi svědkem a statutárním orgánem žalobce, shodnost projektové dokumentace), když tyto skutečnosti si žalovaný dále ověřoval dalšími kontrolními úkony (vlastní komparace projektových dokumentací, vyhledávání vazeb mezi svědkem a statutárním orgánem žalobce a atd.). Z uvedeného tedy vyplývá, že Usnesení PČR nebylo podkladem pro zahájení Došetření, ale důvodem pro zahájení došetření byl v této souvislosti mimo jiné vlastní podnět kontrolního orgánu, jež vzal na nezbytné ověřit nově vyvstanuvší skutečnosti uvedené v Usnesení PČR. Samo Usnesení PČR podnětem k zahájení Došetření nebylo (což žalovaný ostatně ani ve svých podáních nikdy netvrdil) a ani ze své podstaty být nemůže. Jak správně podotýká žalobce s odkazem na zprávu veřejného ochránce práv, tak kontrolní činnost poskytovatele dotace je nezávislá na činnosti orgánů činných v trestním řízení. Tato okolnost však byla postupem žalovaného respektována, neboť žalovaný sám provedl kontrolní úkony (vlastní komparace projektových dokumentací, vyhledávání vazeb mezi svědkem a statutárním orgánem žalobce atd.) na jejichž základě učinil závěr a do Dodatku nepromítl žádné závěry o tom, že by se statutární orgán žalobce dopustil spáchání trestného činu a s tím by souvisely kontrolní zjištění učiněné v Dodatku.

33. Co se týče argumentace žalobce ohledně vágnosti odůvodnění zahájení Došetření uvedeného v Oznámení o zahájení Došetření, tak v této souvislosti žalovaný poukazuje na skutečnost, že Oznámení o zahájení došetření je dokumentem informativního charakteru, jehož účelem je pouze oznámit kontrolované osobě, že došetření bylo zahájeno, resp. že probíhá. Kontrolním řádem není určeno, jaké obsahové náležitosti by Oznámení o zahájení došetření mělo mít (např.: není dáno, že musí obsahovat odůvodnění, natož jak podrobné má takové odůvodnění být), dokonce ani neexistuje zákonná povinnost takový dokument vytvořit ani povinnost takový dokument kontrolované osobě zasílat.

34. Případné provedení opravy protokolu o kontrole závisí na uvážení kontrolního orgánu, zda posoudí zjištěné nedostatky jako zásadní a opravu provede. Kontrolní řád maximální dobu pro provedení opravy nesprávností nestanoví a teoreticky je tak omezena jen tím, zda vůbec někdy ke zjištění zásadních nedostatků dojde. Stejně tak není zákonem stanovena maximální doba, ve které je možné zahájit a provést došetření.

35. Pokud žalobce argumentuje tím, že Došetření bylo zahájeno 13 měsíců po vydání Usnesení PČR a dle ustálené praxe ústředních orgánů státní správy má být došetření zahájeno do 60 dnů od doručení námitek, tak s tímto závěrem žalovaný nesouhlasí. Předně žalobce podal předmětné námitky proti protokolu o kontrole dne 27. 5. 2022. Následně žalobce dne 14. 2. 2023 podal doplnění námitek proti protokolu o kontrole č. 1 včetně příloh (29), dále dne 17. 4. 2023 učinil 2. doplnění námitek proti protokolu o kontrole č. 1 včetně příloh (3) a dne 30. 11. 2023 závěrečné doplnění námitek proti protokolu o kontrole č. 1 včetně příloh (3). Usnesení PČR bylo vydáno dne 26. 4. 2024. Rozhodnutím ministra pro místní rozvoj ze dne 4. 6. 2024, č.j. MMR–42562/2024–26 byly s konečnou platností vyřízeny námitky žalobce směřující proti kontrolnímu zjištění č. 2 a dále námitky vztahující se k žádosti o platbu č. 3 pro kontrolní zjištění č. 1 protokolu o kontrole č.

1. K vyřízení stále zůstaly tedy námitky proti zjištěním č. 3 a č. 4 proti protokolu o kontrole č. 1, týkající se části již proplacených prostředků z dotace, navíc dotčenou podezřením na spáchání trestného činu.

36. Žalovaný tak s vypořádáním námitek proti kontrolním zjištěním č. 3 a č. 4 vyčkával na výsledky trestního řízení s ohledem na skutečnost, že došlo–li by orgány činnými v trestním řízení k závěru, že ze strany statutárního zástupce žalobce došlo v souvislosti s projektem ke spáchání trestného činu, byly by tyto prostředky vymáhány po žalobci v rámci trestního řízení výkonem soudního rozhodnutí. Tento postup žalovaného však byl nadřízeným řídícím orgánem (na základě stížnosti žalobce) a dále Veřejným ochráncem práv shledán za nesprávný a z tohoto důvodu přistoupil žalovaný k dovypořádání všech zbývajících námitek.

37. Tvrzení žalobce, že nemá jasno v tom, které kontroly v jeho věci jsou skončené a které nikoliv, považuje žalovaný za účelové z následujících důvodů: První kontrola – námitky žalobce směřující proti kontrolnímu zjištění č. 2 a dále námitky vztahující se k žádosti o platbu č. 3 pro kontrolní zjištění č. 1 protokolu o kontrole č. 1 byly s konečnou platností vyřízeny rozhodnutím ministra pro místní rozvoj ze dne 4. 6. 2024, č.j. MMR–42562/2024–26, a Vyřízením všech zbývajících námitek proti kontrolním zjištěním uvedeným v protokolu o kontrole č. 1, které bylo společně s Dodatkem žalobci prokazatelně doručeno dne 25. 6. 2025, došlo k vypořádání zbývajících námitek proti kontrolním zjištěním č. 3 a č. 4 protokolu č. 1 tak, že námitkám žalobce bylo s ohledem na nové právní posouzení věci vyhověno s tím, že na základě provedeného Došetření bylo učiněno kontrolní zjištění č. 5, jež je uvedeno v Dodatku, tvořícím přílohu vypořádání námitek. Vyřízením námitek proti kontrolnímu zjištění č. 5 dle Dodatku k protokolu o kontrole č. 1 ze dne 8. 8. 2025 pod č.j. CENT 15412/2025, které bylo žalobci doručeno dne 8. 8. 2025, došlo ze strany žalovaného k vypořádání námitek žalobce proti kontrolnímu zjištění č. 5, jež bylo předmětem Dodatku. Tím došlo k ukončení prvé kontroly. Druhá kontrola – námitky žalobce proti protokolu o kontrole č. 2 byly vypořádány Vyřízením námitek proti kontrolnímu zjištění uvedenému v protokolu o kontrole č. j. CENT 3343/2024 ze dne 30. 10. 2024, jež bylo žalobci doručeno dne 30. 10. 2024. Tím došlo k ukončení druhé kontroly.

38. K argumentaci žalobce, že zahájením Došetření došlo ke vzniku překážky litispendence, lze uvést, že Došetření není zahájením nové kontroly, ale pouze pokračováním první kontroly, která byla zahájena již před zahájením druhé kontroly. Jedná se tedy o formu provedení dodatečných úkonů k prvé kontrole za účelem jejího řádného ukončení, pokud se provádí na základě zjištění z této kontroly a vede k dalšímu šetření dané věci s cílem dosáhnout úplného objasnění kontrolované problematiky.

39. Dále k námitce překážky litispendence současným vedením prvé a druhé kontroly je nezbytné uvést, že důvodem pro zahájení druhé kontroly bylo zjištění na základě informací poskytnutých žalobcem nově v žádosti o platbu č. 4 a jejích doplněních, ze kterých vyplynulo, že v žádostech o platbu č. 2 a 3 byly poskytovatelem dotace proplacené nezpůsobilé výdaje. Žádost o platbu č. 4 byla žalobcem podána dne 7. 6. 2022 a následně byla 9x žalobci vrácena k dopracování formou výzev k doplnění, naposledy dne 11. 5. 2023, přičemž k jejímu schválení došlo dne 6. 2. 2024 a k proplacení dne 26. 2. 2024. Až v rámci skutečností uvedených žalobcem v jednotlivých doplněních žádosti o platbu č. 4, tedy v průběhu roku 2022 a 2023, vyšly najevo nové skutečnosti o nezpůsobilosti již proplacených výdajů z žádostí o platbu č. 2 a 3, které bylo třeba po žalobci vymoci zpět. Žalobcem namítaná nedbalost žalovaného tedy není na místě, jelikož v době zahájení druhé kontroly byly již námitky ke kontrolním zjištěním týkajícím se žádosti o platbu č. 2 a 3 vypořádány Rozhodnutím ministra č. j. MMR–42562/2024–26 ze dne 4. 6. 2024. Rovněž nelze souhlasit s tvrzením uvedeným žalobcem v žalobě, že žalovaný si musel být vědom údajných nezpůsobilých výdajů již v průběhu první kontroly, když tyto skutečnosti vyšly najevo až po podání ŽoP č. 4 dne 7. 6. 2022 a jejích doplněních z let 2022–2023, přičemž kontrolní protokol z prvé kontroly byl vystaven dne 29. 4. 2022. Navíc zjištění k ŽoP č. 2 a č. 3 v prvé kontrole se týkalo zakázkového zjištění, naopak zjištění k těmto žádostem o platbu v rámci druhé kontroly se týkalo věcné nezpůsobilosti výdajů. Věcné zaměření obou kontrol bylo tedy odlišné.

40. Veřejný ochránce práv se ve své zprávě vyjadřoval k souběhu dvou kontrol, tedy prvé a druhé kontroly se závěrem, že zde nemohla vzniknout překážka litispendence, neboť se neshoduje předmět ani kontrolní zjištění.

III. Posouzení žaloby

41. Soud se v mezích žalobních tvrzení zabýval postupem žalovaného, přičemž vycházel ze skutkového stavu zjištěného ke dni svého rozhodnutí (§ 87 s. ř. s.). Po posouzení věci dospěl k závěru, že včas podaná žaloba není důvodná.

42. Žalobce podanou žalobu podřadil žalobnímu typu předvídanému v § 4 odst. 1 písm. c) ve spojení s § 82 a násl. s. ř. s., dle kterého se může „každý, kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením (dále jen „zásah“) správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl přímo zaměřen proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, žalobou domáhat u soudu ochrany proti němu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný“.

43. Podle § 85 s. ř. s. je žaloba „nepřípustná, lze–li se ochrany nebo nápravy domáhat jinými právními prostředky; to neplatí v případě, domáhá–li se žalobce pouze určení, že zásah byl nezákonný“.

44. S ohledem na to, že se jedná o zásahovou žalobu, nebylo možné vycházet jen ze správního spisu, ale je povinností soudu zjistit skutkový stav věci v takové míře, jak je nutné pro rozhodnutí věci.

45. Vzhledem k tomu, že mezi stranami nebyl spor o tom, jaké kroky byly v rámci kontroly činěny, ale pouze to, zda probíhaly zákonným způsobem, soud v souladu s ust.§ 52 odst. 1 s.ř.s. dokazování správním spisem neprováděl a vycházel ze shodných tvrzení ohledně postupu v rámci kontroly tak jak byl popsán v úvodu rozsudku. Soud dále neprovedl důkaz ani navrhovanými Závěry veřejného ochránce práv, jelikož jimi nemůže být při posuzování věci vázán. Soud proto ve stručnosti odkazuje na tvrzení účastníků, jak předmětná kontrola, v rámci které je nezákonnost namítána, probíhala.

46. Judikatura Nejvyššího správního soudu setrvale dovozuje, že žaloba na ochranu před nezákonným zásahem je pouze subsidiárním prostředkem ochrany v případech, kdy žalobce nemá k dispozici žádné jiné právní prostředky. Konkrétně ohledně vztahu žaloby proti rozhodnutí a žaloby proti nezákonnému zásahu platí, že zásahová žaloba hraje „roli pomocného prostředku ochrany a doplňku tam, kam ochrana podle § 65 a násl. s. ř. s. nedosáhne“ (usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2010, čj. 7 Aps 3/2008 – 98, č. 2206/2011 Sb. NSS).

47. Soud se proto zabýval námitkou žalovaného, že žaloba je nepřípustná.

48. Soud v tomto ohledu vzal v úvahu skutečnosti, že Výzva k vrácení peněžních prostředků dotace zaslaná dle ust. § 14f odst. 3 rozpočtových pravidel na základě závěrů kontroly č. 017825–2021/IROP nemá charakter rozhodnutí, ale je pouze neformálním, zákonem upraveným upozorněním poskytovatele dotace, že bylo zjištěno pochybení na straně příjemce dotace (žalobce). Žalobou proti rozhodnutí lze napadnout až případné rozhodnutí správce daně o vrácení dotace.

49. Soud vzal také v potaz, že v případě, že prostředky nebudou vráceny ani po stanovené lhůtě, bude místně příslušnému finančnímu úřadu, jako správci daně, předáno podezření na porušení rozpočtové kázně. Finanční úřad na základě vlastního šetření rozhodne, zda ze strany žalobce došlo k porušení rozpočtové kázně podle rozpočtových pravidel a nesrovnalost, na níž vzniklo podezření dle provedené veřejnosprávní kontroly č. 017825–2021/IROP, potvrdí v rozsahu zjištěného porušení rozpočtové kázně nebo naopak nepotvrdí ve svém rozhodnutí.

50. Soud tak má za to, že o právech a povinnostech žalobce teprve bude rozhodnuto.

51. Nejvyšší správní soud však ve svém rozsudku Fruta Podivín ze dne 12. 10. 2016 č.j. 5 As 129/2016 – 40 dovodil: „Účelem žaloby proti nezákonnému zásahu totiž není přezkum procesního postupu správního orgánu. Jak správně poznamenal i krajský soud v odůvodnění napadeného rozsudku, přezkoumání zákonnosti postupu správního orgánu v rámci řízení o ochraně před nezákonným zásahem by bylo přezkumem předčasným a odporujícím systematice soudního řádu správního. Proti tvrzenému neoprávněnému procesnímu postupu správního orgánu se měla stěžovatelka bránit v rámci opravného prostředku podaného proti vydanému opatření, event. posléze v rámci řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu podle § 65 a násl. s. ř. s. Tvrzení stěžovatelky o neúčelnosti takové obrany je nepřesvědčivé. V této souvislosti lze odkázat rozsudek zdejšího soudu ze dne 17. 4. 2009, č. j. 8 Aps 6/2007 – 256, ve kterém se soud zabýval otázkou přezkumu procesního postupu správního orgánu, který podle soudu „… může být předmětem přezkumu v rámci žaloby proti rozhodnutí správního orgánu, protože procesní stránka věci je neoddělitelnou součástí zákonnosti rozhodnutí. Ochranu ve vztahu ke správnímu řízení jako takovému platné právo nezabezpečuje možností úplně negovat vedení správního řízení žalobou na ochranu před nezákonným zásahem. K tomu slouží možnost podat žalobu proti rozhodnutí, v jehož vydání zpravidla vedení správního řízení vyústí (…). Úplně zamezit vedení správního řízení však nelze. Přezkoumání zákonnosti vedení správního řízení v rámci řízení o ochraně před nezákonným zásahem by bylo přezkumem předčasným a odporujícím systematice soudního řádu správního“ (obdobně též např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 7. 2006, č. j. 8 Aps 2/2006 – 95). Obdobná situace je i u druhé kasační námitky stěžovatelky, ve které rovněž zpochybňovala správnost procesního postupu správního orgánu, když namítala, že zásadní změna kontrolního zjištění nemůže být provedena opravou nesprávností podle § 21 zákona o kontrole. S ohledem na shora uvedené Nejvyšší správní soud konstatuje, že krajský soud nepochybil, jestliže se touto námitkou nezabýval. Jak shora uvedeno, tvrzené pochybení v procesním postupu žalovaného měla stěžovatelka namítnout nikoli cestou řízení podle § 82 s. ř. s., ale v rámci odvolání.“ 52. Nejvyšší správní soud dále dovodil ve svém rozsudku ze dne 31. 8. 2005, č.j. 2 Afs 144/2004–110, že „zahájení i provádění daňové kontroly (§ 16 zákona ČNR č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, „daňový řád“) může být podle okolností (pozn. soudu: např. tím, že vůbec nejsou splněny podmínky pro její provádění, jedná se o kontrolu bezdůvodně opakovanou apod.) nezákonným zásahem, proti kterému je možno podat žalobu podle § 82 a násl. soudního řádu správního.

53. Nejvyšší správní soud ve shora zmiňovaném rozsudku ze dne 31. 7. 2006, č. j. 8 Aps 2/2006 – 95 dále judikoval: „Pro potřeby posuzované věci je přitom u daňové kontroly (§ 16 d. ř.) třeba rozlišovat daňovou kontrolu jako celek, a jednotlivé úkony pracovníků správce daně, prováděné v jejím rámci. Intenzita, jakou pracovníci správce daně zasahují do autonomní sféry jednotlivce (srov. nález Ústavního soudu ze dne 1. 6. 2005, sp. zn. IV. ÚS 29/051) se pak může značně lišit podle typu prováděných úkonů. Je zřejmé, že např. informační povinnost daňového subjektu [§ 16 odst. 2 písm. a) d. ř.], je mírou svého dopadu do práv jednotlivce nesrovnatelná s oprávněním pracovníků správce daně vstupovat do provozních budov, dopravních prostředků, či dokonce obydlí daňového subjektu [§ 16 odst. 2 písm. f) d. ř.]. V návaznosti na takto nastíněné rozlišení, je nutné posuzovat i aspekty daňové kontroly, jako možného nezákonného zásahu. Daňová kontrola může představovat nezákonný zásah (§ 82 a násl. s. ř. s.) ve svém celku, např. tím, že vůbec nejsou splněny podmínky pro její provádění, jedná se o kontrolu bezdůvodně opakovanou apod. V takovém případě dojde k nezákonnému zásahu zpravidla již samotným zahájením daňové kontroly, která se dotkne svobodné sféry jednotlivce. Podrobně se k aspektům daňové kontroly jako nezákonného zásahu vyjádřil Nejvyšší správní soud v usnesení rozšířeného senátu ze dne 31. 8. 2005, čj. 2 Afs 144/2004–110 (publikovaném pod č. 735/2006 Sb. NSS). Od daňové kontroly, stižené nezákonností již od jejího zahájení, je třeba odlišit daňovou kontrolu zákonnou (zahájenou zákonným způsobem), v jejímž průběhu dojde k nezákonnému postupu (úkonu) ze strany pracovníka správce daně. Vliv nezákonného postupu pracovníka správce daně při provádění daňové kontroly na zákonnost kontroly samotné se vzpírá zobecnění a bude záležet vždy na posouzení konkrétních okolností případu a posouzení vlivu nezákonného úkonu na výsledek kontroly. Ne každá nezákonnost při provádění daňové kontroly pak představuje nezákonný zásah. Shora uvedené usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2005, čj. 2 Afs 144/2004–110, nezpochybňuje závěry Nejvyššího správního soudu v jeho rovněž citovaném rozsudku ze dne 17. 3. 2005, čj. 2 Aps 1/2005–65. Jinými slovy, nezákonný postup pracovníků správce daně při provádění daňové kontroly může být nezákonným zásahem, ovšem pouze za splnění podmínek nastíněných v rozsudku ze dne 17. 3. 2005.“ 54. Právní věta rozsudku NSS ze dne 17. 3. 2005, čj. 2 Aps 1/2005–65 zní: „I. Nepřípustná je podle § 85 s. ř. s. žaloba, která se domáhá pouze vyslovení nezákonnosti zásahu ve smyslu § 82 s. ř. s., popřípadě žaloba na ochranu před nezákonným zásahem v části, v níž se žalobce domáhá zvláštním výrokem vyslovení nezákonnosti (zde: určení nezákonnosti výzvy žalovaného k neprodlenému vrácení cestovního pasu). ; II. Přípis správního orgánu určité osobě, který obsahuje sdělení o stavu určitých věcí nebo určitého řízení, přímo nevynutitelnou výzvu, aby něco učinila, a informaci o případných negativních důsledcích, které tuto osobu za určitých zákonem předvídaných podmínek mohou postihnout, ještě nelze považovat za zkrácení subjektivních práv této osoby. ; III. Podle § 82 s. ř. s. se poskytuje ochrana před zásahem, který trvá, jehož důsledky trvají nebo u něhož hrozí opakování, nikoli však ochrana před aktuálně neexistujícími zásahy – mj. zásahy, které mohou teprve v budoucnu nastat, nejde–li o hrozbu opakování již učiněného zásahu.“ 55. Soud tak s ohledem na shora citovaná rozhodnutí Nejvyššího správního soudu dovodil, že kontrola zahájená dle kontrolního řádu by mohla představovat nezákonný zásah, a proto žalobu jako nepřípustnou neodmítl, ale zabýval se tvrzenými zásahy do veřejných práv žalobce.

56. Ze shora citovaných rozsudků Nejvyššího správního soudu pak dle městského soudu vyplývá, že nezákonný zásahem může být kontrola podle kontrolního řádu pouze ve dvou případech: pokud by byla zahájena zcela nezákonně a neměla vůbec probíhat, nebo pokud by určitý postup pracovníků provádějících kontrolu představoval excesivní zásah do veřejných práv kontrolované osoby.

57. Žalobce netvrdí a nenamítá, že první kontrola jako taková nebyla v roce 2021 zahájena zákonně v souladu s kontrolním řádem. Až její následný průběh žalobce vnímá jako protizákonný. Soud proto s ohledem na to, že zde nenalezl a ani žalobce netvrdil takové skutečnosti, které by apriori vedly k závěru o nezákonnosti zahájení První kontroly, jako je např. to, že vůbec nejsou splněny podmínky pro její provádění, jedná se o kontrolu bezdůvodně opakovanou, se v souladu se shora citovanými rozhodnutími NSS odmítl zabývat zákonností postupu správního orgánu spočívajícího v zahájení Došetření dle ust. § 21 kontrolního řádu, jelikož by to bylo přezkumem předčasným a odporujícím systematice soudního řádu správního.

58. Soud má za to, že až v řízení o porušení rozpočtové kázně podle rozpočtových pravidel, které bude zahájeno, v případě, že žalobce výzvě k vrácení dotace nevyhoví, a ve kterém bude vydáno rozhodnutí o právech a povinnostech žalobce, může tento namítat naříkané procesní vady. Dojde–li správní orgán k tomu, že tento postup byl nesprávný, a skutková zjištění z něj vyplývající proto nemohou být důvodem pro rozhodnutí, zobrazí to ve svém konečném rozhodnutí. Zásahová žaloba nemůže sloužit jako příprava pro takové řízení. Pokud by soud postup žalovaného přezkoumával, předjímal by rozhodnutí finančního úřadu. Soud tedy postup žalovaného přezkoumá až v rámci žaloby proti rozhodnutí o porušení rozpočtové kázně, jelikož až tímto rozhodnutím může být fakticky zasaženo do práv žalobce v podobě vrácení dotace.

59. Soud se proto odmítl zabývat tím, zda Došetření splňovalo zákonné podmínky, či nikoliv a zaměřil se následně pouze na to, zda v rámci této kontroly mohlo dojít k nezákonnému zásahu, jak je definován v ust. § 82 a násl. s.ř.s., tj. k takovému excesivnímu zásahu do práv žalobce, který by bylo nutné označit za nezákonný a žalovanému jej případně zakázat.

60. Žalobce spatřuje nezákonný zásah do jeho práva na všeobecnou ochranu svobodné sféry jeho osoby, jak vyplývá z článku 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, opakované kontroly poškozují důvěryhodnost žalobce, narušují jeho subjektivní veřejné právo podnikat a provozovat jinou hospodářskou činnost, když takto šikanózní kontroly brání Projekt dokončit a běžným způsobem ho provozovat k jemu veřejně prospěšnému účelu, kterým je vzdělávání a výchova dětí s autismem a jinými neurovývojovými poruchami. Došetření je rovněž v rozporu se zásadou šetřit práva žalobce nabytá v dobré víře a co nejméně žalobce zatěžovat. Konečně Došetření bezesporu zasahuje do dobré pověsti žalobce, když nezákonně vedeným a zahájeným Došetřením žalovaný zcela logicky dospěl k nesprávným difamujícím skutkovým zjištěním obsaženým v Dodatku, které žalobce zcela odmítá.

61. Nejvyšší správní soud již ve svém rozsudku ze dne 17. 3. 2005, čj. 2 Aps 1/2005– 65 (publikovaném pod č. 603/2005 Sb. NSS), konstatoval, že ochrana podle § 82 a násl. s. ř. s. je důvodná tehdy, jsou–li kumulativně splněny následující podmínky: Žalobce musí být přímo (1. podmínka) zkrácen na svých právech (2. podmínka) nezákonným (3. podmínka) zásahem, pokynem nebo donucením („zásahem“ správního orgánu v širším smyslu) správního orgánu, které nejsou rozhodnutím (4. podmínka), a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo (5. podmínka), přičemž „zásah“ v širším smyslu nebo jeho důsledky musí trvat nebo musí hrozit opakování „zásahu“ (6. podmínka). Není–li byť jen jediná z uvedených podmínek splněna, nelze ochranu podle § 82 a násl. s. ř. s. poskytnout.

62. Soud má za to, že žalobce jakožto příjemce dotace – tedy prostředků z veřejných zdrojů – musí počítat s tím, že tato jeho činnost související s dotací, a tedy s nakládáním s veřejnými prostředky může být předmětem kontroly, která je vždy do nějaké míry zatěžující, což žalobce může vnímat jako narušení svého práva na všeobecnou ochranu své svobodné sféry a narušení svého práva podnikat. Kontrolní funkce státu je však v případech dotací garantována zákonem.

63. Co se týče otázky, nakolik Došetření představovalo nový, „paralelní“ či „duplicitní“ kontrolní proces, soud uzavřel, že z podkladů plyne, že šlo o doplňující fázi první kontroly č. 017825–2021/IROP, navazující na existující protokol, přičemž správní orgán v odůvodnění vyřízení námitek (č. j. CENT 15412/2025) konkrétně vyložil důvod k doplnění skutkových zjištění.

64. Za této situace nejde o bezdůvodně opakovanou kontrolu ve smyslu judikatury 2 Afs 144/2004–110. Směřuje–li námitka žalobce k tomu, že materiální podmínky pro doplnění zjištění nebyly splněny, jde primárně o procesní výtku k průběhu kontrolního postupu, který má být přezkoumán spolu s navazujícím meritorním aktem (např. výzvou k vrácení prostředků a případným rozhodnutím o odvodu/krácení), nikoliv izolovaně zásahovou žalobou (srov. 5 As 129/2016–40; 7 Aps 3/2008–98).

65. Ani námitka nezákonných průtahů není důvodná. Průtahy či „setrvání v nečinnosti“ při pořizování podkladů pro kontrolní závěry samy o sobě nečiní kontrolní postup nezákonným zásahem, nevybočí–li z mezí zákonného rámce tak, že by již postrádal zákonné podmínky a fakticky se proměnil v bez­důvodně opakovanou kontrolu (2 Afs 144/2004–110; 8 Aps 2/2006–95). V projednávané věci žalovaný vysvětlil, že v části zjištění č. 3 a 4 vyčkával na výstupy trestního řízení, které se týkaly totožných skutkových okruhů; následný postup (Došetření, dodatek) na tato zjištění navázal.

66. I kdyby soud hodnotil délku provádění podkladů jako nežádoucí, žalobkyně neuvedla žádné konkrétní zásahy do svých práv, kromě toho, že se jí to nelíbilo. Naznačená nemožnost pokračovat v projektu za situace, že žalobkyně s předmětnými finančními prostředky již disponovala, také není odůvodněna.

67. Námitka litispendence rovněž není případná. Litispendence, tedy překážka věci zahájené, je institutem, jenž se týká řízení o právech a povinnostech ve smyslu správního řízení, a znamená, že v téže věci nelze vést dvojí řízení. Výkon kontrolní činnosti však není řízením, je procesem zjišťovacím, nikoliv rozhodovacím, a jeho účelem je shromáždit podklady pro následné akty (opatření k nápravě, výzvy, rozhodnutí o odvodu apod.). Jelikož litispendence nesouvisí s dozorčí (kontrolní) činností, je zde proto pojmově vyloučena.

68. Současně z rekapitulace plyne, že tzv. druhá kontrola měla odlišný předmět – vyčíslení nezpůsobilých výdajů v návaznosti na Žádost o platbu č. 4 a pro konkrétně vymezené období (1. 1. 2020 – 30. 4. 2021). Takové věcné a časové vymezení vylučuje závěr o duplicitě týchž kontrolních úkonů. Z hlediska judikatury (2 Afs 144/2004–110; 8 Aps 2/2006–95) nejde o „bez­důvodně opakovanou kontrolu“.

69. Soud se proto následně zabýval otázkou, nakolik mohlo být excesivně zasaženo do práv žalobce v rámci zákonně zahájené kontroly, a to právě tvrzeným Došetřením.

70. Městský soud, vycházeje ze shora uvedeného judikátu Nejvyššího správního soudu, neshledává splnění dvou prvně jmenovaných podmínek pro poskytnutí ochrany podle § 82 a násl. s. ř. s., protože samotné Došetření nijak přímo žalobce na jeho právech nezkracuje. Došetření neobsahuje přímo vynutitelné plnění, kterým by byl žalobce přímo zkracován na svých právech, žalobce žádné takové vynutitelné plnění ani netvrdí. Ten tak nebyl ve své vůli bezprostředně omezen. Žalobce se cítil omezován samotnou existencí trvající kontroly, ale neuvádí, že by musel konat něco, co po něm ze zákona nelze požadovat. Soud v tomto ohledu upozorňuje, že tato kontrola již ke dni podání žaloby byla ukončena, takže zásah v podobě zahájení a provádění Došetření již vůbec netrval. Samotná délka tohoto kontrolního řízení také nemůže představovat nezákonný zásah, jelikož žalobce neuvádí nic konkrétního, čím by jej omezovala. Pokud žalobce uvedl, že nemohl projekt dokončit, soud má za to, že je toto tvrzení účelové a nepodložené, jelikož důsledkem kontroly není nedoplacení dotace, ale její případné vrácení, takže žalobce disponoval s předmětnou částkou a projekt díky tomu dokončit mohl.

71. Žalobce však spatřoval zásah i v kontrolních zjištěních obsažených v Dodatku protokolu o kontrolních zjištěních ze dne 24. 6. 2025. Samotné závěry uvedené v Dodatku však rovněž nemohou samy o sobě představovat nezákonný zásah, jelikož jednak není možné předjímat, jak budou důkazní prostředky správcem daně hodnoceny a jednak se žalobce proti nim může bránit v rámci prostředků právní ochrany proti rozhodnutí správce daně o porušení rozpočtové kázně, resp. o vrácení dotace. To, že žalobce s tímto postupem nesouhlasil a subjektivně jej vnímal jako zásah do svých veřejných práv, na těchto závěrech ničeho nemění.

72. Soud s ohledem na shora uvedené shrnuje, že žalobce, pokud s postupem žalovaného v rámci kontroly a hlavně se skutkovými zjištěními uvedenými v Dodatku z důvodu nesprávného postupu při jejich zjištění nesouhlasí, může se následně bránit žalobou dle § 65 odst. 1 s.ř.s. proti rozhodnutí finančního úřadu o porušení rozpočtové kázně a vrácení dotace, které jediné může zasáhnout do jeho veřejných subjektivních práv. Žalobce si však nemůže zásahovou žalobou takříkajíc připravovat půdu pro následnou žalobu proti rozhodnutí o vrácení dotace. Proto žaloba na ochranu proti nezákonnému zásahu spočívajícím v Došetření kontroly č. 017825–2021/IROP zahájené žalovaným Oznámením o zahájení došetření ze dne 28. 5. 2025, č.j. CENT 9057/2025, nemůže být úspěšná.

73. Soud proto závěrem opakuje, že zahájení a provádění kontroly v rámci dotačního projektu by mohlo být za určitých okolností nezákonným zásahem. V nyní rozhodované věci však soud tyto okolnosti neshledal a odmítl se zabývat námitkami ohledně postupu žalovaného v rámci kontroly, resp. tvrzením, že nebyly splněny podmínky § 21 kontrolního řádu.

74. Soud s ohledem na shora uvedené se proto nezabýval ani tvrzeními žalobce ohledně důvodu zahájení Došetření a rozsahu sdělování zjištění atd. Tyto námitky, pokud je žalobce uplatní, vypořádá finanční orgán v rámci řízení o porušení rozpočtových pravidel.

IV. Závěr a náklady řízení

75. Soud tedy vycházel z ustálené judikatury, že žaloba na ochranu před nezákonným zásahem je subsidiárním prostředkem ochrany – nastupuje, není–li k dispozici jiné efektivní právní prostředky (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 16. 11. 2010, č. j. 7 Aps 3/2008–98, č. 2206/2011 Sb. NSS; dále rozsudek NSS ze dne 12. 10. 2016, č. j. 5 As 129/2016–40 – Fruta Podivín). Judikatura současně zdůrazňuje, že přezkum procesních postupů správních orgánů náleží zásadně do rámce žaloby proti rozhodnutí podle § 65 a násl. s. ř. s., pokud takový postup vyústí v rozhodnutí mající dopad do veřejných subjektivních práv (Fruta Podivín; dále rozsudek NSS ze dne 17. 4. 2009, č. j. 8 Aps 6/2007–256).

76. K povaze kontrolních postupů Nejvyšší správní soud ustálil, že zahájení a provádění kontroly může být nezákonným zásahem jen výjimečně, zejména jde–li o bez­důvodně opakovanou kontrolu nebo o kontrolu zahájenou bez splnění zákonných podmínek (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 31. 8. 2005, č. j. 2 Afs 144/2004–110, č. 735/2006 Sb. NSS; dále rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 7. 2006, č. j. 8 Aps 2/2006–95). Naopak ne každá procesní nezákonnost či průtah při provádění kontroly sama o sobě zakládá nezákonný zásah; procesní stránka věci je přezkoumatelná v rámci žaloby proti navazujícímu rozhodnutí, nikoliv zásahovou žalobou (5 As 129/2016–40; 8 Aps 6/2007–256). K přípustnosti petitů Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 17. 3. 2005, č. j. 2 Aps 1/2005–65, akcentoval, že ochrana se poskytuje proti zásahu trvajícímu nebo s trvajícími důsledky či hrozícímu opakování, nikoli anticipačně proti budoucím, dosud nenastalým úkonům.

77. Soud takové nesplnění takových zákonných podmínek pro Došetření neshledal. Nadto soud připomíná, že v době podání žaloby již byla rovněž tato kontrola včetně Došetření skončena.

78. Žalobce v projednávané věci využil námitky podle kontrolního řádu, které byly vypořádány. Následně byla vydána výzva podle § 14f odst. 3 rozpočtových pravidel; pokud správce dotace přistoupí k odvodu či jinému autoritativnímu zásahu do práv žalobce, bude mít žalobce k dispozici řádné opravné prostředky a posléze i žalobu proti rozhodnutí (§ 65 a násl. s. ř. s.), v jejímž rámci lze uplatnit i procesní námitky proti předcházejícím kontrolním krokům (5 As 129/2016–40; 8 Aps 6/2007–256; 7 Aps 3/2008–98). Uplatnit zásahovou žalobu již nyní by znamenalo předčasný přezkum.

79. Soud se proto odmítl zabývat otázkou, nakolik bylo Došetření v souladu s ust. § 21 kontrolního řádu, tedy nakolik mohly být nově zjištěné skutečnosti vyplývající z trestněprávního usnesení Krajského ředitelství policie hlavního města Prahy, č. j. KRPA–294661–83/TČ–2022–000093– ZJ ze dne 26. 4. 2024 a vypořádání zbývajících námitek proti kontrolním zjištěním č. 3 a č. 4 důvodem pro takový postup a nakolik lze kontrolní zjištění uvedené v protokolu o došetření použít jako podklad pro rozhodnutí o vrácení dotace. Tyto otázky mohou být předmětem následného řízení vedoucího k vrácení dotace, které jediné může zasáhnout do práv žalobce.

80. Jelikož soud tedy neshledal žalobu, kterou se žalobce domáhal ochrany před nezákonným zásahem důvodnou, zamítl ji v souladu s ust. § 87 odst. 3 s. ř. s.

81. O náhradě nákladů řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobce neměl ve věci úspěch, proto nemá právo na náhradu nákladů řízení, a žalovanému nevznikly žádné náklady nad rámec jeho obvyklé úřední činnosti, proto mu soud jejich náhradu nepřiznal.

Poučení

I. Základ sporu II. Obsah žaloby a vyjádření žalovaného III. Posouzení žaloby IV. Závěr a náklady řízení