č. j. 30Af 59/2018 - 83

Rubrum

Krajský soud v Plzni rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Petra Kuchynky a soudců JUDr. Ondřeje Szalonnáse a Mgr. Jaroslava Škopka ve věci žalobce: GEOREAL spol. s r.o., IČO 40527514 sídlem Hálkova 1059/12, 301 00 Plzeň zastoupený daňovým poradcem Mgr. Ing. Jarmilou Sedláčkovou sídlem Masarykovo nám. 110, 334 01 Přeštice proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno o žalobě proti rozhodnutím žalovaného ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41748/18/5200-11435- 711926, a ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41745/18/5200-11435-711926 takto:

Výrok

I. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41748/18/5200- 11435-711926, se zrušuje a věc se vrací k dalšímu řízení žalovanému.

II. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41745/18/5200- 11435-711926, se zrušuje a věc se vrací k dalšímu řízení žalovanému.

III. Žalovaný je povinen nahradit žalobci náklady řízení ve výši 16 200 Kč k rukám zástupkyně žalobce Mgr. Ing. Jarmily Sedláčkové do jednoho měsíce od právní moci tohoto rozsudku.

Odůvodnění

Vymezení věci 1. Žalobci byla podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném pro zdaňovací období 2008 a 2009 (dále jen „zákon o daních z příjmů“ nebo „ZDP“), a podle § 143 odst. 1 a 3 daňového řádu z moci úřední doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2008 do 31. 12. 2008 vyšší o částku 718 830 Kč a současně uložena zákonná povinnost uhradit penále ve výši 20 % z částky doměřené daně, tj. 143 766 Kč [dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, ve spojení s rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41748/18/5200-11435-711926], a doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2009 vyšší o částku 491 000 Kč a současně uložena zákonná povinnost uhradit penále ve výši 20 % z částky doměřené daně, tj. 98 200 Kč [dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301- 24902-403272, ve spojení s rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41745/18/5200-11435-711926].

2. Mezi účastníky soudního řízení je spor o uznání výdajů (nákladů) při realizaci projektů výzkumu a vývoje (dále též „VaV“) s názvem Důlní geografický informační systém DuGIS jako odčitatelných položek od základu daně, neboť dle správce daně a odvolacího orgánu daňový subjekt neprokázal, že se jednalo o náklady na VaV ve smyslu § 34 odst. 4 až 6 ZDP ve spojení s § 2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále též „zákon o podpoře výzkumu a vývoje“).

3. Doměření daně za zdaňovací období roku 2008 a 2009 se zakládá na téměř shodných skutkových zjištěních a právním posouzení. Dosavadní řízení 4. Dne 21. 11. 2011 Finanční úřad pro Plzeňský kraj zahájil u žalobce kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009. Správce daně vyzval daňový subjekt k prokázání skutečností výzvou ze dne 10. 9. 2012, č.j. 512400/12/138931404711, výzvou ze dne 23. 11. 2012, č.j. 596224/12/138931404711, a výzvou ze dne 25. 11. 2013, č.j. 1696149/13/2301-00600-404711. Na výzvy správce daně daňový subjekt reagoval podáním datovaným dne 20. 9. 2012 a došlým dne 21. 9. 2012, podáním datovaným dne 10. 12. 2012 a došlým téhož dne a podáním datovaným dne 17. 12. 2013 a došlým téhož dne. Zjištěné skutečnosti sepsal Finanční úřad pro Plzeňský kraj do výsledku kontrolního zjištění (příloha k protokolu ze dne 20. 5. 2014, č.j. 1128340/14/2301-05401-402926). K výsledku kontrolního zjištění se daňový subjekt vyjádřil podáním datovaným dne 23. 6. 2014 a došlým finančnímu úřadu dne 24. 6. 2014. O zahájení, průběhu a ukončení kontroly daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009 sepsal Finanční úřad pro Plzeňský kraj zprávu o daňové kontrole ze dne 23. 10. 2014, č.j. 1628202/14/2301-05401-400356.

5. Na základě této zprávy o daňové kontrole Finanční úřad pro Plzeňský kraj doměřil žalobci podle zákona o daních z příjmů a podle § 143 odst. 1 a 3 daňového řádu z moci úřední dodatečným platebním výměrem ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2008 do 31. 12. 2008 vyšší o částku 719 670 Kč a dodatečným platebním výměrem ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272, daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2009 vyšší o částku 491 000 Kč. Proti těmto dodatečným platebním výměrům se žalobce odvolal. V odvolacím řízení žalobce předložil mimo jiné stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., ze dne 2. 4. 2015 k projektu výzkumu a vývoje – Důlní geografický informační systém. Rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35443/15/5200-11435-711305, Odvolací finanční ředitelství změnilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301- 24902-403272, tak, že částku doměřené daně snížilo z částky 719 670 Kč na částku 718 830 Kč. Rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35453/15/5200-11435-711305, Odvolací finanční ředitelství zamítlo odvolání žalobce a potvrdilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272.

6. Proti těmto rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství podal žalobce žalobu ke zdejšímu soudu. Rozsudkem ze dne 27. 9. 2017, č.j. 30Af 39/2015-161, Krajský soud v Plzni rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35443/15/5200-11435-711305, a ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35453/15/5200-11435-711305, zrušil a věci vrátil k dalšímu řízení žalovanému. Soud napadená rozhodnutí zrušil pro vady řízení spočívající v tom, že skutkový stav, který vzal správní orgán za základ napadeného rozhodnutí, vyžaduje zásadní doplnění (především vypracování znaleckého posudku za účelem odlišení projektu vyvíjeného pro komerční účely na základě smlouvy o dílo pro společnost Lasselsberger a Projektu VaV DuGIS ve stadiu jeho zpracování ke dni 31. 12. 2008 a 31. 12. 2009).

7. V dalším řízení Odvolací finanční ředitelství podle § 115 odst. 1 daňového řádu uložilo doplnění podkladů pro rozhodnutí a odstranění vad správci daně, který rozhodoval v prvním stupni (viz přípis ze dne 19. 1. 2018, č.j. 2977/18/5200-11435-711926). Správce daně vyzval daňový subjekt k prokázání skutečností výzvou ze dne 9. 2. 2018, č.j. 225136/18/2301-61561-402339, a výzvou ze dne 12. 4. 2018, č.j. 799243/18/2301-61561-402339. Na výzvy správce daně daňový subjekt reagoval podáním datovaným dne 16. 3. 2018 a došlým dne 19. 3. 2018 a podáním datovaným dne 11. 5. 2018 a došlým dne 14. 5. 2018. Rozhodnutím ze dne 28. 2. 2018, č.j. 341499/18/2301-61561-402339, Finanční úřad pro Plzeňský kraj ustanovil k prokázání skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009 znalce Mgr. Ondřeje Topinku, kvalifikovaného pro znaleckou činnost v oboru kybernetika, s rozsahem znaleckého oprávnění pro výpočetní techniku. V tomto rozhodnutí byl znalci vymezen znalecký úkol. Znalec Mg. Ondřej Topinka zpracoval a předložil znalecký posudek ze dne 30. 5. 2018, č.j. 1804001. V řízení byl proveden i výslech znalce (viz protokol ze dne 16. 7. 2018, č.j. 1498530/18/2301-61561-402339). Dne 26. 7. 2018 pod č.j. 33505/18/5200-11435-711926 Odvolací finanční ředitelství podle § 115 odst. 2 daňového řádu seznámilo daňový subjekt před vydáním rozhodnutí o odvolání s doplněním řízení po podání odvolání a vyzvalo jej k uplatnění práva vyjádřit se ke skutečnostem zjištěným v rámci odvolacího řízení. Na to daňový subjekt reagoval vyjádřením se v rámci odvolacího řízení datovaným dne 18. 8. 2018 a došlým žalovanému dne 20. 8. 2018.

8. Rozhodnutím ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41748/18/5200-11435-711926, Odvolací finanční ředitelství opětovně změnilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, tak, že částku doměřené daně snížilo z částky 719 670 Kč na částku 718 830 Kč. Rozhodnutím ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41745/18/5200-11435-711926, Odvolací finanční ředitelství opětovně zamítlo odvolání žalobce a potvrdilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272. Proti těmto novým rozhodnutím o odvolání brojí žalobce právě projednávanou žalobou ke zdejšímu soudu. Žaloba 9. V žalobě žalobce namítá, že žalovaný napadená rozhodnutí vydat na základě nedostatečně a nesprávně zjištěného skutkového stavu, nesprávného právního hodnocení věcí, řízení bylo navíc stiženo takovými procesními vadami, které měly přímý vliv na rozhodnutí ve věcí. Žalovaný nejen že potvrdil nesprávná a nezákonná rozhodnutí prvoinstančního správce daně, ale sám nezákonným způsobem hodnotil nově předložený důkaz Stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., sám nesprávně a nezákonně nechal ustanovit znalcem nekompetentní osobu, ve znaleckém posudku akceptoval nezodpovězení zadaných otázek, znalecké závěry posudku vyhodnotil v rozporu s v posudku uvedenými závěry, navržené důkazy neprovedl, pověřil doplněním spisového materiálu osoby podjaté, napadená rozhodnutí byla vydána po uplynutí prekluzivní lhůty pro doměření daně.

10. Žalobní bod a) se týká znaleckého posudku Mgr. Ondřeje Topinky.

11. V tomto žalobním bodě žalobce uvádí, že žalovaný sice akceptoval právní názor správního soudu a zadal vyhotovení znaleckého posudku za účelem odlišení projektu VaV DuGIS ve stadiu jeho zpracování k 31. 12. 2008 a k 31. 12. 2009 a komerční aplikace na základě smlouvy o dílo se společností LASSELSBERGER, a.s. (dnes LB MINERALS, s.r.o.). Pro tento klíčový důkaz ale ustanovil zcela nekompetentního znalce Mgr. Topinku, který hned v úvodu znaleckého posudku zdůraznil, že není schopen ani oprávněn posoudit některé položené otázky, zejména aspekty novosti projektu, případně postupů, které vedly k výsledku, a který nedisponuje žádnými znalostmi v problematice, která je předmětem Projektu VaV DuGIS, nedisponuje žádnými znalostmi ani v oborově obdobné problematice, nemá žádné znalosti v oboru geomatiky, geoinformatiky ani geologie. Vzhledem k tomu, že v předmětné věci se jedná o důlní geografický informační systém, měl být dle názoru žalobce ustanoven znalec v oboru informační technologie, geografických datových systémů, geomatiky, geoinformatiky nebo geologie. Žalobce se zásadním způsobem neztotožňuje s tvrzením žalovaného, že pro objektivní posouzení rozdílnosti verzí DuGIS stačí porovnat zdrojové kódy, a tedy, že ustanovení znalce v oboru kybernetika je přiléhavé. Žalobce podtrhuje, že předmětem posouzení nemělo být programování samotné, nýbrž výsledek programování, tj. jednotlivé aplikace a funkcionality ve vztahu k uživateli, když výjimečnost VaV DuGIS žalobce shledává právě v tom, že se jedná o komplexní informační systém vyvinutý pro usnadnění těžby nerostů a procesů s těžbou souvisejících.

12. Zadáním znaleckého posudku znalci zcela mimo jeho obor/specializaci namísto zadání znalci či znaleckému ústavu, jehož odvětvím jsou informační technologie, geografické datové systémy, geomatika, geoinformatika nebo geologie, žalovaný zcela rezignoval na požadavek řádného a správného zjištění zkoumaných skutečností, v důsledku čehož se odvolací řízení stalo jen formálním a předem odsouzeným k neúspěchu žalobce.

13. Mgr. Topinka navíc ke znaleckému úkolu přistoupil zcela neodpovědně, nevyžádal si součinnost žalobce ani třetích osob pro spuštění poskytnutých verzí, přestože žalobce deklaroval připravenost součinnost poskytnout (Podání z 16. 3. 2018 a z 11. 5. 2018), neprovedl posouzení podstatné části správci daně poskytnutých podkladů (např. zdrojových kódů části VaV DuGIS Extenze Lom 3D, analýzu rozdílů zdrojových kódů části VaV DuGIS Core obsahující prvky novosti a technické nejistoty), nepřizval si žádného konzultanta, ačkoli v dané problematice není ani laikem, nemá totiž o předmětu Projektu VaV DuGIS ani ponětí. Mgr. Topinka nedisponuje ani žádnými obecnými znalostmi o výzkumu a vývoji.

14. Při zpracování znaleckého posudku se Mgr. Topinka věnoval toliko kvantitativnímu, zcela mechanickému srovnání zdrojových kódů za pomoci verzovacího systému GIT. Ze zdrojových kódů ale nelze poznat, jak DuGIS komplexně funguje, jaké problémy jsou v něm řešeny, jaké výzkumně vývojové činnosti byly prováděny předtím, nežli byla přidána či upravena funkcionalita DuGIS. Ze zdrojových kódů nelze vyčíst množství provedených analýz, porovnávání a testování výsledků, navržených i zavržených algoritmů. Je běžnou praxí, že před vlastním psaním kódu (programováním aplikace) probíhá velké množství činností, které zdrojový kód nemůže zachytit. Jedná se zejména o analytické a návrhové činnosti, při kterých se provádí např. rešerše podkladů, návrh konceptu řešení SW, zpracování detailní technické specifikace řešení SW, návrh datových modelů pro ukládání dat, návrh workflows, návrh správy uživatelů, návrh integrace s okolními SW a systémy a mnohé další. Všechny tyto činnosti jsou velmi časově náročné a vyžadují odborné znalosti jak v řešené problematice, tak v oblasti IT. Vlastní zdrojové kódy tak představují pouze jednu z činností tvorby SW. Posuzovat proto jakýkoliv SW vytvořený v rámci výzkumu a vývoje (tj. i aplikaci VaV DuGIS) pouze z pohledu zdrojových kódů, tj. zúžit toto posuzování pouze na úroveň zdrojových kódů, je z pohledu znalce naprosto chybné a v rozporu s běžnou praxí výzkumu a vývoje.

15. Předložený neúplný znalecký posudek neodpověděl na žádnou z otázek, které jsou dle právního názoru správního soudu i žalobce pro věc klíčové. Předmětné řízení je tedy stejně jako již jednou provedené odvolací řízení stiženo zásadní procesní vadou, kdy nebyl a vzhledem k výstupu znalce nemohl být zjištěn skutkový stav potřebný pro rozhodnutí o uplatněných výdajích vynaložených na realizaci projektu vývoje a výzkumu ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Znalecký posudek vyhotovený Mgr. Topinkou z důvodů shora uvedených nemůže nahradit absentující nebo nedostatečné odborné technické znalosti žalovaného i soudu, neboť tento znalec pro danou věc potřebnými odborně technickými znalostmi vůbec nedisponuje.

16. Nepravdivé tvrzení žalovaného, že žalobce nepředložil znalcem požadované doklady, konkrétně zdrojové kódy aplikace 2005, je základem pro závěr žalovaného, že žalobce neprokázal vynaložení výdajů dle § 34 ZDP na výzkum a vývoj při realizaci Projektu DuGIS a neunesl důkazní břemeno. Znalec o žádnou součinnost žalobce však zcela překvapivě vůbec nepožádal, nepožádal ani o zdrojové kódy 2005. Žalovaný vyzval žalobce k předložení software prostředí důlního geografického informačního systému (DuGIS), který byl dle Smlouvy o dílo v r. 2005 majetkem společnosti Lasselsberger a.s., a který byl v r. 2005 použit k plnění díla dle této smlouvy a k jehož oživení mělo dojít 31. 12. 2005. Software prostředí důlního geografického informačního systému (DuGIS) představovaly instalační soubory, tj. spustitelné prostředí aplikace, se kterým pracovali koncoví uživatelé ve společnosti Lasselsberger, a ty byly správci daně poskytnuty ve verzi 12/2007. Tato verze nebyla znalcem ale vůbec vyhodnocena, přitom je klíčovým důkazním prostředkem žalobce pro rozptýlení vzniklých pochybností správce daně.

17. Hodnocení důkazních prostředků žalovaným, tj. že z předložených důkazních prostředků včetně vypracovaného znaleckého posudku vyplývá existence jednoho řešení informačního systému DuGIS, je v rozporu se zjištěným skutkovým stavem, ze znaleckého posudku totiž nic takového nevyplývá, ani vyplývat nemůže, protože znalecky posudek de facto žádné nové skutkové okolnosti neobjasnil.

18. Hodnocení žalovaného, že pro nedostatek zdrojových kódů komerční verze nebyl znalec schopen posoudit výzkumnou nejistotu nebo novátorský přístup, neodpovídá závěrům znaleckého posudku, podle kterého znalec deklaroval, že pro nedostatek oprávnění a současně neznalost ve věci není schopen, ani oprávněn posoudit některé položené otázky, zejména aspekty novosti projektu, případně postupů, které vedly k výsledku. Žalobce předložil zdrojové kódy 2008 a 2009, tedy kontrolovaných let, ze kterých jsou právě vidět práce programátorů na Projektu VaV DuGIS.

19. Žalovaný tvrdí, že nesouhlasí s tvrzením žalobce, že lze pro danou věc porovnat zkompilované aplikace, neodůvodnil ale, proč s tím nesouhlasí. Předané zdrojové kódy verzí 2008 a 2009 právě prokazují práce programátorů v letech 2008 a 2009 a jejich analýzou lze dospět k závěru, zda v šetřených letech vyvíjel žalobce informační systém nebo ne, a zda to, co vyvíjel, je podřaditelné pod Projekt VaV DuGIS, a zda jde o vývojové práce splňující definici výzkumu a vývoje v zákoně o daních z příjmů. Spuštěním komerční verze 2007 je zřejmá odlišnost od vývojových verzí 2008 a 2009. Žalobce předložil, co si žalovaný vyžádal. Žalobce nemohl tušit, že se znalec ujme úkolu způsobem, jakým to učinil, tedy pro posudek klíčové otázky týkající se aspektů novosti projektu a postupů, které vedly k výsledku, a priori nezodpoví s odůvodněním nedostatku kompetence, informační systém DuGIS ani nespustí a neseznámí se s ním.

20. Hodnocení žalovaného, že není zjevné, zda doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., měl k dispozici zdrojové kódy i komerční verze 12/2007, je rovněž nepravdivé. Doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., zcela jasně a konkrétně uvedl, na základě jakých podkladů Stanovisko vydal: zdrojové kódy komerční verze 12/2007 k dispozici neměl. Doc. Staněk se v rámci posouzení zabýval nejen zdrojovými kódy, ale i funkcionalitou zkompilovaných aplikací, které měl k dispozici a které hodnotil, neboť jedním z úkolů hodnotitele bylo porovnat nástroje a funkcionality Projektu DuGIS vytvořené v období leden 2008 až prosinec 2009 s komerční verzí 12/2007 DuGIS pro společnost Lasselsberger a.s. Při analýze aplikací se tedy zabýval výskytem nástrojů a funkcionalit Projektu DuGIS, identifikovaných v tabulce č. 1 v porovnání s nástroji a funkcionalitami obsaženými v komerční verzi DuGIS verze 12/2007. Toto hodnocení prováděl na základě zkompilovaných aplikací, tj. přímo porovnával funkcionality nástrojů ve spuštěných aplikacích. Porovnávání zdrojových kódů komerční aplikace provádět nemohl, protože tyto neměl k dispozici. Na základě analýzy nástrojů přímo v aplikacích došel hodnotitel k jednoznačnému závěru, že žádné nástroje a funkcionality uvedené v tabulce č. 1 se v komerční verzi DuGIS verze 12/2007 nevyskytují. Toto stanovisko je jasné a jednoznačné a zcela konkrétně je tato skutečnost prokázána s ohledem na funkcionality v tabulce č. 1.

21. Žalobce opakovaně konstatuje, že modul Lom 3D a modul SVT nejsou jedno a totéž, jde o zcela odlišné moduly, které jsou oba součástí Projektu DuGIS. Uvedené tvrzení, že hodnotitel popisuje ve svém Stanovisku modul Lom 3D, tj. že pracoval s komerčními verzemi aplikace DuGIS, neboť v Projektu DuGIS i v harmonogramu Projektu DuGIS je tento modul označen jako SVT. nikoli Lom 3D (označení ve Smlouvě o dílo), je zcela mylné. Tyto moduly jsou zcela odlišné, tj. neoznačují stejný aplikační modul, každý poskytuje zcela odlišnou funkcionalitu. Název Lom 3D byl využit pro označení nástrojů a funkcionalit vytvořených v rámci dílčího výsledku (úkolu) Projektu DuGIS pojmenovaného „digitální modelování geologického podloží“. Názvem SVT byl v Projektu DuGIS označován jiný samostatný dílčí úkol. V tomto případě se tedy jedná o zcela mylnou asociaci žalovaného s následným vyvozením chybných závěrů. Dále je nutné uvést, že modul Lom 3D byl následně využit a nasazován i v komerční aplikaci (na základě smlouvy o dílo), naproti tomu výsledky z dílčího úkolu SVT nebyly v komerční aplikaci využity.

22. Tvrzení žalovaného, že modul Lom 3D nese v Projektu DuGIS označení modul SVT, je tedy naprosto mylné. Žalovaný si tuto skutečnost, přestože na ni byl v daňovém řízení žalobcem opakovaně upozorňován, nijak neověřil. Rovněž toto tvrzení žalobce ničím nevyvrátil. Znalec se proto měl modulem Lom 3D ve svém znaleckém posudku zabývat. K problematice neposkytnutí zdrojových kódů ke komerční verzí software DuGIS žalobce opakuje, že o tyto kódy správce daně nikdy nepožádal, a žalobce si nemohl dovodit, že na absenci zdrojových kódů komerční verze 12/2007 žalovaný postaví své rozhodnutí, když dle odborných znalostí žalobce bylo a je možno z předaných podkladů jasně prokázat rozdílnost mezi komerční verzí a vývojovým informačním systémem. Není tedy pravda, že nebylo možné porovnávat, jestli modul Lom 3D (ne)byl součástí již komerční verze aplikace DuGIS, protože ke komerční verzi nebyly zdrojové kódy poskytnuty. Znalec mohl snadno toto porovnání provést pomocí předaných aplikací, tedy mohl toto zjistit po spuštění a analýze těchto aplikací v jejich uživatelském rozhraní, mohl provést analýzu nástrojů a jejich funkcionalit.

23. Znalec si ale nezajistil instalaci těchto aplikací. Znalec mohl také provést analýzu instalačních adresářů aplikací, při níž by zjistil, že knihovny pro modul Lom 3D nejsou součástí předané komerční verze DuGIS, a proto v ní ani nemohly být k dispozici. Tyto knihovny jsou v instalačním adresáři aplikace jasně identifikovatelné (jsou obsaženy v samostatné složce). Je tedy s podivem, že jako odborník na problematiku ÍT se tímto znalec vůbec nezabýval. Znalec tak měl minimálně dvě možnosti, jak mohl zjistit rozdíly v nástrojích a funkcionalitách poskytnutých verzí naprosto nezávisle na zdrojových kódech. Zdrojové kódy komerční verze aplikace proto nebyly pro porovnání verzí vůbec potřeba.

24. Hodnocení znaleckého posudku žalovaným je tak zcela excesívní, svévolné a zcela v rozporu se zákonnými zásadami hodnocení důkazů.

25. Žalobce nikdy netvrdil, že v případě dvou verzí DuGIS - komerční a vývojové jde o dvě zcela odlišné verze se zcela rozdílnými funkcionalitami. Tvrdil, že na základě Projektu VaV DuGIS byl vytvořen nový komplexní systém DuGIS pro zefektivnění plánování těžby pomocí geografických a geologických dat, pro podporu správy nemovitého majetku a územního plánování, standardizaci struktury geodat, podporu činností managementu, digitální modelování geologického podloží, sledování a vyhodnocování těžby, a to pro potřeby různých důlních společností. Naproti tomu komerční produkt byl vytvořen na základě smluv o dílo se společností Lasselsberger (resp. LB MINERALS) dle požadavků tohoto klienta, zpracování dílčích a poměrně přesně specifikovaných úkolů, jejichž výstup byl již v okamžiku zadání poměrně přesně predikován. Tento komerční produkt byl logicky rozšiřován i o některé vybrané komponenty a funkcionality vytvořené v rámci Projektu VaV DuGIS. Protože byl komerční projekt individuálně určen klientovi, měl í různá individuální řešení. Nikdy tedy nebyl vývojový projekt rozšiřován o řešení vyhotovená v rámci komerčního produktu, naopak samozřejmě ano. Některé funkcionality vytvořené v rámci Projektu VaV, např. modul pro digitální modelování geologického podloží nebo modul SVT, nebyly do této konkrétní komerční verze vůbec nikdy začleněny. Některé funkcionality byly vytvořeny na základě smlouvy o dílo jen pro tohoto klienta, Lasselsberger (resp. LB MINERALS).

26. Rovněž není pravda, že žalobce až na třetí výzvu správce daně uvedl, že existují dvě verze – komerční a vývojová. Tato skutečnost byla správci daně známa od samého začátku daňové kontroly, kdy mu byl mimo jiné předložen kompletní Projekt VaV DuGIS včetně oponentury vyhotovené doc. Čadou a Ing. Karlem Jedličkou z června 2006, ve kterém již je konkretizováno, že v případě Projektu VaV DuGIS se nejedná o implementaci již existujícího systému v podmínkách zákazníka, naopak že je zde dán potenciál stát se pilotní aplikací, která posune oblast GIS k další skupině uživatelů. Zaměstnancům správce daně byly různé verze fyzicky předvedeny rovněž dne 4. 4. 2012 v rámci probíhající daňové kontroly, správce daně měl k dispozici kompletní účetnictví žalobce, z něhož rovněž existence komerčního DuGIS vyplývala. Správce daně tedy po celou dobu daňové kontroly věděl o existenci komerční a vývojové verze, tvrzený časový nesoulad mezi verzemi byl průkazně vyvrácen již v průběhu daňové kontroly.

27. Žalobní bod b) se týká dalších návrhů na dokazování.

28. V tomto žalobním bodě žalobce namítá, že podáním ze dne 18. 8. 2018 navrhl provedení veškerých žalobcem v průběhu daňové kontroly a následného odvolacího řízení navržených, ale doposud neprovedených důkazních prostředků, zejména svědeckých výpovědí a vyhodnocení Informačního systému jako takového, neboť správní soud shledal tuto žalobní námitku daňového subjektu jako důvodnou (str. 28 rozsudku Krajského soudu v Plzni sp. zn. 30 Af 39/2015). Žalobce dále navrhl provedení výslechu doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., k posouzení obsahu podkladů pro jeho stanovisko a k prokázání možnosti porovnání verze komerční 12/2007 a verzí vývojových, neboť ze stanoviska jasně vyplývá, že v průběhu roku 2008 a 2009 probíhaly práce na Projektu VaV DuGIS dle jeho Harmonogramu, že tyto práce jsou aplikovaným výzkumem (obsahují ocenitelné prvky novosti i výzkumné nejistoty), a tedy že jejich výsledky rozhodně nemohly být součástí komerčního řešení ke dni 31. 12. 2007.

29. Žalovaný neshledal nutnost provedení těchto důkazů, neboť svědecké výpovědi by dle jeho názoru neměly dostatečnou důkazní sílu prokázat sporné skutečnosti bez dalšího odůvodnění. Žalovaný tak v doplněném odvolacím řízení pokračoval v postupu, kdy svévolným hodnocením důkazů a současně odmítnutím navržených a předložených důkazních prostředků zcela účelově cílil k doměření daně, resp. k jejímu potvrzení a zamítnutí odvolání proti jejímu doměření. Žalobce má za to, že předložil celou řadu důkazních prostředků k prokázání rozdílnosti komerční verze 12/2007 a verzí vývojových k 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009 k vyvrácení pochybnosti správce daně o tom, že v letech 2008 a 2009 nevyvíjel činnost na Projektu VaV DuGIS.

30. Žalovaný stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., z důvodů, že nemohl verifikovat, co bylo obsahem podkladů jeho stanoviska (obsah konzultací), nevyhodnotil jako důkazní prostředek, přestože materiální podklady byly správci daně spolu se stanoviskem předány a závěry doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., nebyly ani relevantně zpochybněny, ani vyvráceny.

31. Správce daně nehodnotil žádný z předložených dokladů vyjmenovaných na str. 24 - 25 žaloby. Zejména není hodnocen samotný Projekt VaV DuGIS, ani vlastní výsledek činnosti na tomto projektu, s výjimkou tvrzeného rozporu v pracovní činnosti Ing. Vacka, nejsou hodnoceny pracovní výkazy jednotlivých pracovníků na Projektu VaV DuGIS pracujících. Žalovaný zhodnotil Vyjádření k projektu výzkumu a vývoje Důlního geografického Informačního systému (DuGIS), prováděného firmou GEOREAL spol. s r.o. vypracované v červnu 2006 Západočeskou univerzitou, Fakultou aplikovaných věd, tak, že z něho sice vyplývá, že se nejedná o implementaci již existujícího systému v podmínkách zákazníka a že je dán potenciál stát se pilotní aplikací, nicméně s ohledem na datum vypracování (červen 2006) není z tohoto vyjádření dovoditelné, že činnosti ve vztahu k Projektu DuGIS vymezené v § 34 odst. 4 ZDP budou skutečně prováděny i v letech následujících, resp. v roce 2008 a 2009. Žalovaný nijak nevyhodnotil, že Vyjádření se týká celého Projektu VaV DuGIS, kde jsou v Harmonogramu uvedeny práce, které mají být v letech 2008 a 2009 prováděny. Rovněž žalovaný nijak nevyhodnotil, že právě toto Vyjádření již prokazuje, že v roce 2005 a 2006 vedle vývojového Projektu VaV DuGIS existovala komerční verze a že vývojový projekt není implementací již existujícího komerčního systému zákazníka žalobce.

32. Čestná prohlášení čtyř zaměstnanců žalobce (Ing. K. V. ml., Ing. L. V., Ing. M. V. a Ing. F. Z.) byla zhodnocena správcem daně tak, že je nelze považovat za důkazy, že činnosti uvedené v těchto prohlášeních byly skutečně realizovány tak, jak jsou v nich uvedeny. Pokud správce daně nevyslechne osoby, které čestné prohlášení podepsaly, úmyslně tím zatemňuje skutkový stav. Dle žalovaného čestná prohlášení zaměstnanců, pracovní smlouvy a výkazy práce formálně potvrzují, že probíhaly činnosti spojené s výzkumem a vývojem, ale co bylo skutečně obsahem pracovních činností, resp. oddělení běžných činností žalobce od činností spojených s projektem VaV, z nich prokázat nelze. Tím spíše by měli být zaměstnanci ve věci vyslechnuti. Stejnou vadou jako nepřiznání důkazní síly čestným prohlášením zaměstnanců je stiženo i hodnocení stanoviska Ing. K. V. st., který měl být rovněž vyslechnut v tzv. účastenském výslechu.

33. Žalovaný neshledal nutnost provedení navržených svědeckých výpovědí Ing. F. Z., Ing. L. V., Ing, L. K., Ing. M. V., Ing. L. H., Ing. T. V., Ph.D., RNDr. L. A. a Ing. P. F., Ph.D. K návrhu žalobce doplnit hodnocení důkazního prostředku - ohledání věci - samotného informačního systému jako výsledku Projektu VaV, které v rámci probíhající kontroly provedly úřední osoby, se správce daně a žalovaný nevyjádřil vůbec.

34. Žalobce považuje takový postup za arogantní projev libovůle správce daně. Podstatným způsobem byla porušena zásada volného hodnocení důkazů, která neznamená, že by správce daně ve svém rozhodování měl na výběr, které z provedených důkazů provede a vyhodnotí a které nikoli, nebo o které z provedených důkazů své skutkové závěry nebo zjištění opře a které opomene. Výsledkem výslechu daňovým subjektem navržených osob mělo být objasnění, jaké činnosti tyto osoby prováděly v rámci Projektu VaV DuGIS, z čehož lze následně dovodit, zda činnosti těchto osob lze či nelze podřadit mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu daně z příjmů právnické osoby, eventuelně objasnění, zda o pracích na Projektu VaV DuGIS věděly z titulu např. poskytovaných konzultací jiné osoby (navržený svědek Fiala a Aron). Procesnímu právu daňového subjektu navrhovat důkazy odpovídá povinnost správce daně nejen o vznesených důkazních návrzích rozhodnout, ale také – pokud jim nevyhoví – ve svém rozhodnutí vyložit proč, z jakých důvodů tak činí. Přitom neakceptování důkazního návrhu daňového subjektu je v mezích zákona jen tehdy, je-li daňovým subjektem tvrzena skutečnost, která nemá vypovídací potenciál a nebo jde o nadbytečnost důkazu, tj. argument, podle něhož určité tvrzení, k jehož ověření nebo vyvrácení je důkaz navrhován, bylo již v dosavadním řízení bez důvodných pochybností, tj. s praktickou jistotou, ověřeno nebo vyvráceno, V daném případě nemůže správce daně tvrdit, že je jisté na základě zjištěných skutečností, že v letech 2008 a 2009 neprobíhaly práce na Projektu výzkumu a vývoje DuGIS tak, jak je deklaroval žalobce, a nebo že navržené výslechy svědků a ohledání vlastního Projektu VaV, který je předmětem sporu, nemají vypovídací potenciál.

35. Žalobní bod c) je nazván „shrnutí“.

36. V tomto žalobním bodě žalobce sumarizuje, že správce daně i žalovaný hodnotil předložené důkazy zcela účelově, drtivou většinu navržených důkazů neprovedl, a ačkoliv si byl vědom rozsudku Krajského soudu v Plzni z předchozího soudního řízení, nechal vypracovat znalecký posudek znalcem zcela mimo posuzovaný obor vývojových prací a nadto akceptoval nezodpovězení pro věc klíčových otázek a závěry znaleckého posudku nepravdivě interpretoval. Znalecký posudek vyhotovený pro věc neoprávněným znalcem, který nezodpověděl podstatnou část otázek, nemohl nahradit absentující odborné technické znalosti žalovaného v daném oboru. Žalovaný tak nesplnil podmínku vázanosti právním názorem soudu ve věci, když ve věci neustanovil oprávněného a navíc věci znalého soudního znalce. Z obou napadených rozhodnutí je zřejmé, že žalovaný odvolání žalobce řádně neprojednal, nepřihlédl k žalobcem tvrzeným skutečnostem, neprovedl, případně správně nehodnotil provedené důkazy a pokud se týče skutkové stránky věci, zcela přejal skutková zjištění správce daně, aniž se dostatečně vypořádal s odvolacími námitkami žalobce, který mj. namítal neprovedení dalších důkazů správcem daně, které žalobce v daňovém řízení navrhoval. Žalovaný neakceptoval návrh žalobce na vyhotovení revizního posudku ve věci. Obě rozhodnutí žalovaného jsou tak zatížena vadou nepřezkoumatelnosti. Všechna výše uvedená procesní pochybení měla za následek nesprávné a neúplné zjištění skutkového stavu a jsou dle názoru žalobce takové intenzity, že měla vliv na rozhodnutí ve věci samé. Celé daňové řízení je tak stiženo nezákonností spočívající zejména v nezákonném ustanovením znalce, excesívní interpretaci znaleckého posudku, opomenutí důkazů, tj. navržené důkazy nebyly provedeny a současně buď nebylo odůvodněno, proč by bylo provedení navržených důkazů irelevantní nebo nadbytečné, anebo odůvodnění nadbytečností nebo předčasností není dovoženo ze skutkových zjištění žalovaného a není logicky ani věcně přesvědčivým způsobem odůvodněno. Z těchto porušení přímo plyne porušení zásady volného hodnocení důkazů a materiální pravdy. Výše popsaný postup správce daně má vady takové intenzity, že jsou příčinou chybějícího správného zjištění skutkového stavu a mají tak vliv na rozhodnutí ve věci samé (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 8. 2013, č.j. 5 Afs 83/2012-46). Obě napadená rozhodnutí jsou vadná, i pokud se týče právního hodnocení věci, s nímž žalobce zásadně nesouhlasí, když má za to, že splnil všechny zákonné předpoklady pro odpočet nákladů. Obě napadená rozhodnutí byla vydána žalovaným po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Žalobce má za to, že uplatnil po právu odpočet dle § 34 ZDP na výdaje spojené s realizací prací na Projektu VaV DuGIS ve zdaňovacím období 2008 i 2009.

37. V žalobním bodě d) žalobce namítá porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení: Žalovaný v odvolacím řízení pověřil k provádění úkonů uložených odvolacím orgánem stejné osoby, které byly činné v prvním stupni, konkrétně Mgr. I. S. a Ing. H. J., čímž byl zásadně narušen princip dvojinstančnosti daňového řízení a úkony jimi provedené byly provedeny osobami podjatými dle § 77 daňového řádu. Podle rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 1. 8. 2016, č.j. 15 Af 8/2014-62, správce daně v odvolacím řízení pověří k provádění úkonů uložených odvolacím orgánem podle § 115 odst. 1 daňového řádu jiné úřední osoby než ty, které byly činné v prvním stupni. Podle tohoto rozsudku ustanovení § 77 daňového řádu upravuje případ tzv. „absolutní podjatosti“, tedy situace, kdy je pracovník správce daně vyloučen vždy za splnění uvedené podmínky, tedy účasti v daňovém řízení jako pracovník jiného stupně. Žalovaný však tuto situaci aproboval, čímž zatížil svůj postup procesní vadou. Ing. J. se osobně podílela na ustanovení znalce, jednání s ním, jeho výslechu, nelze tedy mít za to, že se nejedná o takovou vadu řízení, která by nemohla mít vliv na zákonnost meritorního rozhodnutí, neboť se tím Ing. J. nepřímo podílela i na rozhodovacím procesu.

38. V dalším soud odkazuje na úplné znění žaloby. Vyjádření žalovaného k žalobě 39. Ve vyjádření k žalobě žalovaný uvedl, že obsahově se jedná o námitky, které byly již z větší části předmětem odvolání proti rozhodnutím správce daně prvního stupně a které byly vypořádány konkrétními argumenty v odůvodnění žalobou napadených rozhodnutí.

40. Žalovaný se dále vyjadřuje k těmto žalobním námitkám: a) Znalecký posudek, b) Další návrhy na dokazování, c) Shrnutí k předchozím námitkám, d) Porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení, e) Vyjádření žalobce k seznámení se zjištěnými skutečnostmi a f) Prekluze.

41. K bodu a) „Znalecký posudek“ žalovaný uvedl, že akceptoval názor Krajského soudu v Plzni, že skutkový stav vyžaduje zásadní doplnění. Zásadním důkazem v této věci měl být znalecký posudek, který umožní posoudit obsah výchozí komerční verze aplikace DuGIS platné k 31. 12. 2007 a její odlišení od podoby časově následně vytvořených verzí aplikace DuGIS v rámci Projektu DuGIS ve stavu k 1. 1. 2008 (dále také „v2008“) a k 31. 12. 2009 (dále také „v2009“), odlišení jednotlivých verzí aplikace objasní i dosud spornou otázku, v čem spočívá rozdílnost těchto verzí a jaké práce tak musely být k jejich vytvoření vykonány. Předmětem posouzení bylo porovnání jednotlivých verzí aplikace DuGIS, tj. verzí předaného softwaru, zdrojových kódů a funkčnosti, jež do oboru znalce Mgr. Ondřeje Topinky (Kybernetika, odvětví výpočetní technika) spadají. Pro danou věc tak nebylo z hlediska výše uvedeného posouzení v této fázi daňového řízení rozhodné, že znalec Mgr. Ondřej Topinka nemá vzdělání ani zkušenosti v oblasti geomatika, geoinformatika a geologie. Z tohoto důvodu také na otázky mimo jeho obor znalec neodpověděl a tuto skutečnost také u odpovědi na příslušnou otázku zdůraznil. Vzhledem k tomu, že předmětná výzkumně-vývojová činnost žalobce je deklarována jako vývoj software (aplikace), bylo zcela logické ustanovit znalce z oboru Kybernetika. Dalším důvodem, pro který nebylo možné zodpovědět některé otázky, byla skutečnost, že pro objektivní posouzení rozdílnosti jednotlivých verzí je zapotřebí srovnání zdrojových kódů, v grafické prezentaci softwaru není možné vidět práci programátora, jež předcházela tomuto vývoji. Jelikož nebyly zdrojové kódy pro verzi 2005 a 12/2007 dodány, nebylo možné toto objektivní srovnání provést. Předmětem posouzení mělo být jak programování samotné, tak výsledek programování, žalovaný nicméně zdůrazňuje, že v důsledku absence podkladů (resp. absence podkladů k verzi z roku 2005 a z roku 2007) ani nebylo možné uvést, do jaké míry se jednotlivé verze aplikace DuGIS lišily, přitom je zcela zřejmé, že srovnání komerční verze 2005 a 12/2007 s vývojovými (Projekt DuGIS) verzemi v2008 a v2009 by mohlo zcela rozptýlit předestřené pochybnosti správce daně, potažmo žalovaného. Na základě znaleckého posudku a výslechu znalce tak nebylo prokázáno a doloženo tvrzení žalobce o existenci dvou odlišných verzí DuGIS – komerční a vývojové, resp. že Projekt DuGIS (vývojová verze spojená s odpočtem na VaV) naplňuje požadavek na ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné či technické nejistoty.

42. K námitce žalobce, že byl znalec Mgr. Ondřej Topinka při zpracování znaleckého posudku nesoučinný, odkazuje žalovaný na bod [86] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. na bod [89] rozhodnutí č.j. 41748/18.

43. K odůvodnění rozhodnutí správce daně o ustanovení znalce odkazuje žalovaný zejména na bod [79] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. bod [82] rozhodnutí č.j. 41748/18. Na základě znaleckých skutkových závěrů pak žalovaný učinil právní závěry o tom, zda vytvářený projekt má povahu projektu VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Pokud správce daně vyhodnotí prováděné činnosti jako výsledek výzkumu a vývoje, eventuálně provede další navržené důkazy. K takové situaci však v dané věci nedošlo (nebylo prokázáno a doloženo tvrzení žalobce o existenci dvou odlišných verzí DuGIS – komerční a vývojové), a nejevilo se tak jako důvodné provádět další důkazní prostředky (především svědecké výpovědi, dále ohledání věci - samotného informačního systému a revizní znalecký posudek). Žalovaný tak neshledal důvod pro vypracování dalšího znaleckého posudku, neboť v dané fázi daňového řízení (kdy nebyly žalobcem doloženy veškeré podklady), nebylo zapotřebí dalšího znalce v „geo“ oblastech do řízení přibírat. Žalovaný zdůrazňuje, že s ohledem na absenci podkladů (zdrojových kódů komerční aplikace DuGIS) nebylo možné tvrzení žalobce o existenci dvou verzí bezpochyby ověřit, ani zjistit případně rozdílnost mezi komerční verzí 12/2007 a vývojovou verzí v2008 a v2009. Je třeba vyzdvihnout, že žalobce, ač apeluje na jeho připravenost poskytnout součinnost znalci, veškeré podklady pro komplexní posouzení jednotlivých verzí aplikace DuGIS nepředložil, byť k tomu byl opakovaně vyzýván. Žalovaný v bodě [81] napadeného rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. v bodě [84] rozhodnutí č.j. 41748/18 vysvětlil, že pro takové objektivní posouzení a srovnání předmětných aplikací je třeba porovnat zdrojové kódy, ze kterých je zřejmá práce programátora. Žalovaný je přesvědčen, že ohledně nepředložených zdrojových kódů komerční aplikace DuGIS verze 12/2007 se jedná o klíčový důkazní prostředek, který by v případě jeho předložení potvrdil, příp. vyvrátil pochybnosti správce daně o existenci dvou rozdílných verzí aplikace.

44. K bodu b) „Další návrhy na dokazování“ žalovaný sdělil, že další návrhy důkazů, tj. i svědecké výpovědi, by byly případné ve chvíli, kdy by byly činnosti žalobce vyhodnoceny jako výzkumně- vývojové činnosti. V takovém případě by došlo k hodnocení jednotlivých výdajů (nákladů) vynaložených v souvislosti s VaV (tj. faktický podíl zaměstnanců na činnostech Projektu DuGIS ve vztahu ke všem činnostem vykonávaným v rámci pracovního poměru, zda lze do odpočtu na VaV zahrnout veškeré žalobcem uplatněné náklady apod.). Pracovní smlouvy, čestná prohlášení zaměstnanců a výkazy práce mohou potvrdit, že se zaměstnanci podíleli na činnostech souvisejících s Projektem DuGIS, nikoliv však, že se jedná o výzkumně-vývojové činnosti, k čemuž je zapotřebí znaleckého posouzení. Jelikož ve vazbě na znalecký posudek nedošlo k vyhodnocení činností žalobce jako výzkumně-vývojových činností, nepřistoupil žalovaný k provedení dalších návrhů. Podklady pro jednoznačné konstatování, že se v případě Projektu DuGIS jednalo o VaV, nejsou kompletní.

45. K žalobcem předloženému Stanovisku doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., žalovaný odkazuje na body [71] a [72] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [74] a [75] rozhodnutí č.j. 41748/18, a k hodnocení Stanoviska na bod [84] a [85] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [87] a [88] rozhodnutí č.j. 41748/18, a sděluje, že porovnání nástrojů aplikací je klíčem pro posouzení jejich funkcionalit a hledání vzájemných rozdílností, avšak včetně zdrojových kódů: doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., své hodnocení taktéž postavil na analýze zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací – toto hodnocení proběhlo mezi verzemi v2008 a v2009. Ve vztahu k verzi 12/2007 uvedl jen obecný závěr, avšak není z něho zřejmé, jakými postupy k tomuto závěru dospěl, resp. pro porovnání verzí v2008 a v2009 potřeboval zdrojové kódy a zkompilované aplikace, tj. stejně tak k porovnání ve vztahu k verzi 12/2007 by bylo zapotřebí zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací, nicméně tato skutečnost ze Stanoviska nevyplývá, žalovanému tak není zřejmé, na základě jakých podkladů ke svým závěrům dospěl. Žalovaný má za to, že hodnotil všechny předložené důkazní prostředky, případně se s jejich neprovedením v žalobou napadených rozhodnutích vypořádal.

46. K žalobcem namítanému ohledání věci – samotného informačního systému jako výsledku Projektu VaV žalovaný uvádí, že výsledkem znaleckého posouzení mělo být odlišení verze 12/2007 (komerční) od verze k 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009 (vývojové), pokud tedy tyto dvě odlišné verze existují (nikoliv jen srovnání verze 2008 a 2009, neboť právě činnost v letech 2008 a 2009 je deklarována jako výzkumně-vývojová činnost a tato měla být porovnána s obdobím předcházejícím). Jelikož ke komerční verzi nebyly veškeré podklady předloženy, nebylo možné navázat komplexnějším hodnocením nástrojů aplikací v jednotlivých verzích (tj. zda tyto byly skutečně vyvinuty v průběhu let 2008 až 2009 a nebyly obsaženy již v komerční verzi, jak tvrdí žalobce), tj. i ohledání věci – samotného informačního systému jako výsledku projektu VaV.

47. Tvrzení žalobce, že správce daně již od počátku daňové kontroly věděl, že existuje komerční a vývojová verze, se nezakládá na pravdě, neboť o existenci dvou odlišných verzí DuGIS, s rozdílnými nástroji a funkcionalitami, se zmínil žalobce až v reakci na třetí výzvu k prokázání skutečností, a to ve vazbě na správcem daně sdělené pochybnosti, tj. existenci DuGIS již od července roku 2005 (shoda názvu s Projektem DuGIS), přičemž správci daně nebylo zřejmé, že se jedná o dvě odlišné verze DuGIS, tj. komerční - vytvořená pouze pro společnost LASSELSBERGER (nyní LB MINERALS) a vývojová verze pro potřeby různých důlních společností. Tuto skutečnost sdělil žalobce až v reakci na třetí výzvu k prokázání skutečností. Naopak správce daně měl pochybnosti o tom, že existovalo pouze jedno řešení informačního systému DuGIS, které bylo od roku 2005 dále rozvíjeno, přičemž tyto pochybnosti nebyly dosud rozptýleny.

48. V případě hodnocení Projektu DuGIS, že „z něho sice vyplývá, že se nejedná o implementaci již existujícího systému v podmínkách zákazníka a že je dán potenciál stát se pilotní aplikací“ nejde o hodnocení žalovaného, nýbrž o uvedení stanoviska autorů Vyjádření k Projektu DuGIS z června 2006 (bod [89] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. bod [92] rozhodnutí č.j. 41748/18).

49. K bodu c) „Shrnutí k předchozím námitkám“ žalovaný zdůraznil, že snaha správce daně správně zjistit a stanovit daň vychází z prioritní povinnosti daňového subjektu dokazovat vše, co sám tvrdí. K hodnocení technických aspektů projektu bylo třeba vypracovat znalecký posudek, kdy výsledkem znaleckého posouzení mělo být odlišení verze 12/2007 (komerční) od verze k 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009 (vývojové), pokud tedy tyto dvě odlišné verze existují (nikoliv jen srovnání verze v2008 a v2009, neboť právě činnost v letech 2008 a 2009 je deklarována jako výzkumně- vývojová činnost a tato měla být porovnána s obdobím předcházejícím). Vzhledem ke skutečnosti, že ke komerční verzi nebyly žalobcem veškeré podklady předloženy, nebylo možné navázat komplexnějším hodnocením nástrojů aplikací v jednotlivých verzích. Důkazní břemeno leželo na žalobci, kdy nelze přisvědčit jeho tvrzení, že znalec Mgr. Ondřej Topinka, ani správce daně o zdrojové kódy komerční verze DuGIS nikdy nepožádali, neboť z průběhu daňového řízení vyplývá, že v rámci daňové kontroly byly vydány tři výzvy k prokázání skutečností, v nichž byl žalobce vyzván k prokázání oprávněnosti uplatnění předmětné odčitatelné položky a následně v rámci doplnění odvolacího řízení k předložení kompletních podkladů pro účely zpracování znaleckého posudku, resp. k posouzení, do jaké míry se lišily jednotlivé verze aplikace DuGIS (viz bod [82] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. bod [85] rozhodnutí č.j. 41748/18). Jelikož ve vazbě na znalecký posudek nedošlo k vyhodnocení činností žalobce jako výzkumně-vývojových činností, nepřistoupil žalovaný k provedení dalších návrhů. Podklady pro jednoznačné konstatování, že se v případě Projektu DuGIS jednalo o VaV, nejsou kompletní. Znalec Mgr. Ondřej Topinka ostatně sám ve znaleckém posudku potvrdil, že neměl k dispozici veškeré podklady, kdy pro objektivní zhodnocení jsou potřeba zdrojové kódy, z nichž je zřejmá práce programátora, které však k verzi 2005, resp. 12/2007 předloženy nebyly. Předmětem posouzení mělo být jak programování samotné, tak výsledek programování, nicméně v důsledku absence podkladů, nebylo možné toto komplexní posouzení provést. Ostatně doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., své hodnocení taktéž postavil na analýze zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací – toto hodnocení proběhlo mezi verzemi v2008 a v2009. Ve vztahu k verzi 12/2007 uvedl jen obecný závěr, avšak není z něho zřejmé, jakými postupy k tomuto závěru dospěl. Pokud doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., pro detailní srovnání verzí v2008 a v2009 potřeboval jak zkompilované aplikace, tak zdrojové kódy, tak i v případě verze 12/2007 by k tomuto detailnímu srovnání mohlo dojít za situace, kdy by kromě zkompilovaných aplikací měl k dispozici i zdrojové kódy (viz dále body [71], [84] a [85] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [74], [87] a [88] rozhodnutí č.j. 41748/18).

50. Žalovaný uzavřel, že žalobce nepředložil veškeré požadované podklady pro účely vypracování znaleckého posudku (zdrojová data nezálohoval, starší komerční verzi software DuGIS již nemá k dispozici, zdrojové kódy komerční verze 12/2007 nepředložil), kdy bez těchto podkladů není možné dospět k závěru, že žalobce při řešení Projektu DuGIS ve zdaňovacím období 2008 a 2009 uskutečňoval výzkumně-vývojovou činnost ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP, čímž důkazní břemeno v této věci neunesl.

51. K bodu d) „Porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení“ žalovaný zdůraznil, že správce daně prvního stupně, který prováděl doplnění nebo odstranění vad na základě uložení této povinnosti odvolacím orgánem a dle jeho pokynů, se v daném případě nepodílel na hodnocení důkazů či samotném rozhodování. Hodnocení důkazů v této fázi odvolacího řízení bylo již zcela jen v kompetenci žalovaného, který při hodnocení důkazních prostředků mj. přezkoumával, zda byly důkazní prostředky doplněny, či vady odstraněny v souladu se zákonem. Žalovaný v intencích rozsudku Krajského soudu v Plzni uložil správci daně doplnit podklady pro rozhodnutí, přičemž jednoznačně specifikoval, jaké vady řízení je třeba napravit a které důkazy je třeba provést, včetně specifikace otázek pro zpracování znaleckého posudku. Poté, co správce daně tyto podklady doplnil, nově zjištěné důkazy a skutečnosti vyhodnotil již žalovaný a toto hodnocení sdělil žalobci v Seznámení se zjištěnými skutečnostmi. Názor z rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 1. 8. 2016, č.j. 15 Af 8/2014-62, lze uplatnit i na případ žalobce, který svou námitku postavil toliko na obecném tvrzení nepřípustnosti postupu žalovaného, avšak konkrétně neuvedl možné reálné důsledky tohoto pochybení. V uvedeném rozsudku ostatně Krajský soud v Ústí nad Labem námitce porušení dvojinstančnosti řízení nepřisvědčil. K tomuto žalobnímu bodu se žalovaný podrobně vyjádřil pod body [95] až [97] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [98] až [100] rozhodnutí č.j. 41748/18.

52. K bodu e) „Vyjádření žalobce k seznámení se zjištěnými skutečnostmi“ má žalovaný za to, že se k reakci žalobce na zjištěné skutečnosti a k jeho návrhům a námitkám vyjádřil v napadených rozhodnutích. Žalobce především zpochybnil znalecký posudek (viz bod [17] těchto rozhodnutí) a dále namítal porušení dvojinstančnosti daňového řízení (viz bod [18] uvedených rozhodnutí). K odvolací námitce pod bodem [17] se žalovaný vyjádřil pod body [78] až [94] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. pod body [81] až [97] rozhodnutí č.j. 41748/18, a k odvolací námitce pod bodem [18] pod body [95] až [97] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. pod body [98] až [100] rozhodnutí č.j. 41748/18. Žalovaný se v napadených rozhodnutích vyjadřoval velmi podrobně zejména k námitkám žalobce, že byl ustanoven zcela nekompetentní znalec, že při zpracování posudku postupoval žalovaný zcela nesprávně, že jeho závěry jsou založeny na nesprávném posouzení věci a že znalec nebyl součinný. Žalovaný povinnosti vypořádat se s předloženými důkazy a návrhy dostál.

53. K bodu f) „Prekluze“ žalovaný uvedl, že za zdaňovací období 2008 začala běžet lhůta pro stanovení daně ve smyslu § 47 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZSDP“), od 31. 12. 2008. Původní tříletá prekluzivní lhůta by uplynula dne 31. 12. 2011, tato však byla přerušena zahájením daňové kontroly dne 21. 11. 2011 a lhůta pro stanovení daně začala běžet znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu a uplynula by dne 22. 11. 2014. Ve lhůtě pro stanovení daně byl vydán a doručen dodatečný platební výměr za ZO 2008 (ze dne 3. 11. 2014), čímž byla prodloužena lhůta pro stanovení daně o 1 rok dle § 148 odst. 2 daňového řádu, tj. do 22. 11. 2015. Proti dodatečnému platebnímu výměru bylo podáno odvolání, o kterém žalovaný rozhodl rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, čímž došlo k prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok (§ 148 odst. 2 daňového řádu), tj. do 22. 11. 2016. Žalobce napadl rozhodnutí o odvolání žalobou, lhůta pro stanovení daně tak byla ve smyslu § 148 odst. 4 daňového řádu stavěna od 21. 12. 2015 do 26. 10. 2017. Konec prekluzivní lhůty nově připadl na 1. 10. 2018 (tj. první pracovní den, v pátek dne 28. 9. 2018 byl státní svátek). Žalovaný vydal rozhodnutí č.j. 41748/18/5200-11435- 711926 dne 18. 9. 2018 a toto rozhodnutí nabylo právní moci dne 24. 9. 2018, tj. rozhodnutí o odvolání bylo vydáno a doručeno ve lhůtě pro stanovení daně, přičemž oznámení tohoto rozhodnutí o odvolání mělo za následek prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok v souladu s § 148 odst. 2 daňového řádu.

54. Za zdaňovací období 2009 začala běžet lhůta pro stanovení daně ve smyslu § 47 ZSDP od 31. 12. 2009. Původní tříletá prekluzivní lhůta by uplynula dne 31. 12. 2012, tato však byla přerušena zahájením daňové kontroly dne 21. 11. 2011 a lhůta pro stanovení daně začala běžet znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu a uplynula by dne 22. 11. 2014. Ve lhůtě pro stanovení daně byl vydán a doručen dodatečný platební výměr za ZO 2009 (ze dne 3. 11. 2014), čímž byla prodloužena lhůta pro stanovení daně o 1 rok dle § 148 odst. 2 daňového řádu, tj. do 22. 11. 2015. Proti dodatečnému platebnímu výměru bylo podáno odvolání, o kterém žalovaný rozhodl rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, čímž došlo k prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok (§ 148 odst. 2 daňového řádu), tj. do 22. 11. 2016. Žalobce napadl rozhodnutí o odvolání žalobou, lhůta pro stanovení daně tak byla ve smyslu § 148 odst. 4 daňového řádu stavěna od 21. 12. 2015 do 26. 10. 2017. Konec prekluzivní lhůty nově připadl na 1. 10. 2018 (tj. první pracovní den, v pátek dne 28. 9. 2018 byl státní svátek). Žalovaný vydal rozhodnutí č.j. 41745/18/5200-11435-711926 dne 18. 9. 2018 a toto rozhodnutí nabylo právní moci dne 24. 9. 2018, tj. rozhodnutí o odvolání bylo vydáno a doručeno ve lhůtě pro stanovení daně, přičemž oznámení tohoto rozhodnutí o odvolání mělo za následek prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok v souladu s § 148 odst. 2 daňového řádu. Další podání účastníků řízení 55. V replice ze dne 4. 2. 2019 žalobce uvedl, že důvodně očekával, že znalec ve znaleckém posudku odpoví (bude hledat odpověď) na zadání, a k tomu byly ze strany žalobce poskytnuty potřebné podklady – zejména instalační balíčky, jejichž prostým porovnáním znalec mohl a měl dojít k závěru, zda výstupy projektu VaV DuGIS, na který uplatnil žalobce za zdaňovací období r. 2008 a r. 2009 odčitatelnou položku od základu daně, přesahují výstupy předešlé (zvláště verzi 12/2007) a zda tento „přesah“ lze podřadit pod činnosti vymezené v § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje. K tomu byl žalobce připraven poskytnout veškerou součinnost, tj. zejména umožnit přístup k datům na serveru, neboť jiným způsobem toto nelze zajistit. Ustanovený znalec se ale k zásadní otázce, zda výstupy Projektu DuGIS za období 2008 a 2009 přesahují výstupy předešlé zvláště komerční verzi 12/2007 natolik, že nešlo o pouhé zlepšení dosavadních charakteristik, ale významný zásah do existující aplikace, nevyjádřil s odůvodněním, že jeho obor je kybernetika – výpočetní technika, a proto není schopen ani oprávněn posoudit některé položené otázky – zejména aspekty novosti projektu důlního SW, popř. postupů, které vedly k výsledku. Znalec se soustředil toliko na mechanické porovnání zdrojových kódů jednotlivých verzí a na skutečnosti, že neměl k dispozici zdrojové kódy 12/2007, o které si ale nikdy nepožádal, postavil znalec nepravdivě nemožnost porovnat jednotlivé verze. Žalovaný účelově zcela převzal závěry znalce, že pro objektivní zhodnocení jsou potřeba zdrojové kódy, z nichž je zřejmá práce programátora, které ve verzi 12/2007 předloženy nebyly, aniž by se vypořádal s faktem, že žalobce předal pro účely vyhotovení znaleckého posudku a opakovaně k prokázání svých tvrzení instalační soubory SW prostředí důlního geografického informačního systému ve verzi 12/2007, se kterým pracovali koncoví uživatelé ve společnosti Lasselsberger. Totiž pouhým spuštěním všech verzí je seznatelné, že nejde o shodná řešení, že komerční verze obsahuje nástroje (funkcionality), které nebyly v Projektu VaV vůbec řešené, a naopak že neobsahuje nástroje nebo celé moduly v Projektu VaV řešené. Žalobce tedy unesl důkazní břemeno, neboť mimo jiné předložil spustitelné aplikace verzí komerční 12/2007, 12/2008 a 12/2009 a ty jasně a přesvědčivě dokazují, že komerční verze 12/2007 se liší o celé moduly s vývojovými verzemi 12/2008 a 12/2009, a dokládají, jaké práce byly na verzích 12/2008 a 12/2009 vykonány, a dle názoru žalobce dokládají i to, že tyto práce splňují podmínky pro uplatnění odpočtu dle § 34 ZDP.

56. V duplice ze dne 27. 2. 2019 žalovaný sdělil, že ani v průběhu daňové kontroly vedené u žalobce, ani v průběhu odvolacího řízení a následně doplněného odvolacího řízení po zrušujícím rozsudku zdejšího soudu nebyly ze strany žalobce předloženy všechny verze komerční verze aplikace DuGIS, jak mylně uvádí žalobce. Žalovaný zdůrazňuje, že byla předložena pouze jedna komerční verze aplikace DuGIS, a to verze 12/2007. V případě verzí vývojových aplikace DuGIS byly žalobcem předloženy verze platné k datu 1. 1. 2008 a k datu 31. 12. 2009, nikoliv však verze 12/2008 a 12/2009. Žalovaný předestírá, že žalobcem byly předloženy výstupy projektu k 1. 1. 2008, tj. na samotném počátku a výstupy až na konci roku 2009, nikoliv mezistupeň/mezikrok v podobě verze platné k 12/2008. Předmětem důkazního řízení v dané věci mělo být odlišení komerční verze a vývojové verze aplikace DuGIS (přičemž existence těchto dvou odlišných verzí nebyla doposud jednoznačně prokázána) v jednotlivých vývojových etapách, tj. odlišení těchto dvou verzí, jak tvrdí žalobce. Je však nutné trvat na tom, že ze strany žalobce nedošlo k předložení celé série komerční a vývojové verze aplikace DuGIS, ale k předložení pouze jedné komerční verze 12/2007 a dále vývojové verze platné k datu 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009. Jak žalovaný v žalobou napadených rozhodnutích o odvolání uvedl a následně rovněž ve svém vyjádření k žalobě, komplexní srovnání, resp. odlišení těchto dvou verzí (komerční a vývojové) tak nebylo možné. Žalovaný pro úplnost dodává, že žalobce byl ze strany správních orgánů také vyzván k předložení původní pilotní verze komerční verze aplikace DuGIS z roku 2005 (tato byla vytvořena na základě Smlouvy o dílo se společností LASSESBERGER, dnes LB MINERALS), tato však nebyla žalobcem předložena, neboť již nebyla k dispozici. Posouzení věci krajským soudem 57. Účastníci řízení souhlasili s rozhodnutím soudu o věci samé bez jednání.

58. Soud přezkoumal napadené výroky rozhodnutí v mezích žalobních bodů (§ 75 odst. 2 věta prvá s. ř. s.).

59. Žaloba je důvodná.

60. Soud předesílá, že neshledal, že by napadená rozhodnutí byla nepřezkoumatelná (nebo vnitřně rozporná anebo že by v nich absentovaly důvody pro rozhodnutí).

61. K této námitce lze obecně uvést, že jak vyplývá z bohaté a konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu, nepřezkoumatelnost pro nesrozumitelnost napadeného rozhodnutí bude dána např. tehdy, nebude-li z něj vůbec možno zjistit, jak správní orgán rozhodl, ať už pro úplnou absenci výroku nebo jeho vnitřní rozpornost (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 10. 2004, č.j. 6 A 127/2002-28), případně pro zásadní nesrozumitelnost odůvodnění (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 9. 2003, č.j. 7 A 547/2002-24). I přes určité vady, jimiž je rozhodnutí zatíženo, se však o nepřezkoumatelnost pro nesrozumitelnost jednat nebude tehdy, je-li nedostatky možno odstranit výkladem rozhodnutí jako celku, a to v kontextu proběhlého řízení, obsahu správního spisu a podání účastníků (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 8. 2006, č.j. 1 Afs 38/2006-72). Nepřezkoumatelnost pro nedostatek důvodů je pak způsobena především nedostatkem skutkových důvodů rozhodnutí, např. pokud se správní orgán nezabýval všemi relevantními okolnostmi věci (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 12. 2003, č.j. 2 Ads 58/2003-75), nebo není-li zřejmé, z jakých skutkových závěrů žalovaný vycházel, z jakých podkladů učinil své skutkové závěry a jakými úvahami se řídil při jejich hodnocení (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 8. 2007, č.j. 6 Ads 87/2006-36). Nepřezkoumatelnost rozhodnutí pro nedostatek důvodů tak má místo zejména tehdy, opomene-li správní orgán na námitku účastníka zcela (i implicitně) reagovat. Přehlédnout nicméně nelze fakt, že správní orgány (a soudy) nemají povinnost vypořádat se s každou dílčí námitkou, pokud proti tvrzení účastníka řízení postaví právní názor, v jehož konkurenci námitky jako celek neobstojí (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 2. 2019, č.j. 8 Afs 267/2017-38).

62. Soud tuto vadu v napadených rozhodnutích neshledal. Je z nich totiž patrné jak to, jak žalovaný rozhodl, tak i to, jaké důvody jej k jeho rozhodnutí vedly. Ostatně lze mít za to, že ani žalobce tuto vadu v napadených rozhodnutích fakticky nespatřoval, protože celý další obsah žaloby je založen na polemice právě se závěry, které správní orgán v předmětných věcech učinil. Pokud by vskutku v napadených rozhodnutích absentovaly důvody pro rozhodnutí, sotva by mohla být podaná žaloba koncipována takto polemickým způsobem (nebylo by s čím polemizovat). V napadených rozhodnutích jako celku pak nelze shledat ani vnitřní rozpornost, naopak, rozhodnutí jsou vnitřně logicky koherentní, když závěry, ke kterým žalovaný dospěl, vyplývají z jeho skutkových závěrů a jím podaného výkladu aplikace relevantní právní úpravy. To, zda jsou tyto závěry správné, je předmětem dalšího přezkumu, nicméně je nutno zdůraznit, že jen to, že se žalobce neztotožňuje se skutkovými či právními závěry žalovaného, neznamená, že jsou příslušná rozhodnutí nepřezkoumatelná.

63. Žalobce namítal – v obecné rovině – prekluzi. K otázce uplynutí lhůty pro vyměření daně soud ve spisech ověřil správnost žalovaným uváděných skutkových okolností. Stav do vydání rozhodnutí o odvolání z roku 2015 soud posuzoval již v řízení o žalobě z roku 2015. Rozhodnutí o odvolání z roku 2015 prodloužila lhůtu pro stanovení daně do 22. 11. 2016. Podle § 148 odst. 4 písm. a) daňového řádu Lhůta pro stanovení daně neběží po dobu řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem. V daném případě lhůta pro stanovení daně neběžela od podání žaloby vedené pod sp. zn. 30Af 39/2015 (tj. od 21. 12. 2015) do nabytí právní moci rozsudku ze dne 27. 9. 2017, č.j. 30Af 39/2015-161 (tj. do 26. 10. 2017). Soud se ztotožnil s žalovaného interpretací relevantních zákonných ustanovení [§ 47 odst. 1 a 2 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, a § 148 odst. 1, 2, 3 a 4 písm. a) ve spojení s § 264 odst. 4 daňového řádu (jakož i § 41 s. ř. s.)] a jejich aplikací na projednávané věci. S ohledem na obecnou formulaci námitky prekluze soud tudíž souhlasně odkazuje na přehledné odůvodnění obsažené ve vyjádření žalovaného k bodu f) žaloby a uzavírá, že lhůta pro vyměření daně měla skončit až poté, co právě projednávanou žalobou napadená rozhodnutí o odvolání nabyla dne 24. 9. 2018 právní moci.

64. Žalobce namítal porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení.

65. Podle § 115 odst. 1 daňového řádu V rámci odvolacího řízení může odvolací orgán provádět dokazování k doplnění podkladů pro rozhodnutí nebo k odstranění vad řízení, anebo toto doplnění nebo odstranění vad uložit správci daně, který napadené rozhodnutí vydal, se stanovením přiměřené lhůty.

66. Podle § 77 odst. 1 daňového řádu Úřední osoba je z řízení nebo jiného postupu při správě daní vyloučena pro podjatost, jestliže a) je předmětem řízení nebo jiného postupu právo nebo povinnost její nebo osoby jí blízké, b) se v téže věci na řízení nebo jiném postupu podílela na jiném stupni, nebo c) její poměr k osobě zúčastněné na správě daní nebo k předmětu daně vzbuzuje jiné pochybnosti o její nepodjatosti.

67. Názor z rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 1. 8. 2016, č.j. 15 Af 8/2014-62, publ. pod č. 3471/2016 Sb. NSS, jehož se tu žalobce dovolává, byl shrnut do této právní věty: „Správce daně v odvolacím řízení pověří k provádění úkonů uložených odvolacím orgánem podle § 115 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, jiné úřední osoby než ty, které byly činné v prvním stupni.“ 68. V odůvodnění citovaného rozsudku Krajský soud v Ústí nad Labem k námitce, že úkony v odvolacím řízení prováděly stejné úřední osoby (in concreto úřední osoba I. P.), které tak činily v řízení před správcem daně, zejména uvedl: „Toto ustanovení [= ustanovení § 77 odst. 1 písm. b) daňového řádu] upravuje případ tzv. „absolutní podjatosti“, tedy situace, kdy je pracovník správce daně vyloučen vždy za splnění uvedené podmínky, tedy účasti v daňovém řízení jako pracovník jiného stupně. […] Je zřejmé, že záměrem zákonodárce bylo při zakotvení odvolacího řízení posouzení věci a případně i doplnění řízení odvolacím orgánem samotným, zároveň však dal odvolacímu orgánu možnost uložit doplnění dokazování, tak jako tomu bylo i v daném případě, prostřednictvím úkonů správce daně, který prostřednictvím úřední osoby I. P. úkony fakticky prováděl. Uložením provedení určitého úkonu správci daně a jeho provedením se však věc nevrací zpět do prvoinstančního řízení, ale zůstává v rámci řízení odvolacího. Je tedy možno konstatovat, že úřední osoby správce daně v uvedeném případě provádí úkony v odvolacím řízení, tedy v téže věci v jiném stupni, než tak činily jako správce daně. Zákonodárce pak výslovně vyloučil úřední osoby z podílu na téže věci na řízení nebo jiném postupu na jiném stupni. Pokud žalovaný uvedl, že zásada dvojinstančnosti nebyla porušena, neboť úřední osoby správce daně pouze prováděly jednotlivé úkony v rámci procesu dokazování, ale nepodílely se na hodnocení zjištěných skutečností ani nebyly jinak zapojeny do rozhodování odvolacího orgánu, pojímá vyloučení úředních osob podle § 77 odst. 1 písm. b) daňového řádu příliš úzce, neboť se vyloučení neomezuje jen na podíl na rozhodování, ale na veškeré úkony v odvolacím řízení. Uvedený zdánlivý rozpor mezi ustanovením § 77 odst. 1 písm. b) a § 115 odst. 1 daňového řádu lze interpretovat tak, že správce daně v odvolacím řízení pověří k provádění úkonů uložených odvolacím orgánem správci daně jiné úřední osoby než ty, které byly činné v prvním stupni (obdobně i Lichnovský, O., Ondrýsek, R. a kolektiv, Daňový řád. Komentář.

2. Vydání. Praha: C. H. Beck, 2011, str. 160). V uvedeném případě tak však správce daně nepostupoval a odvolací orgán jeho procesní postup aproboval, čímž zatížil svůj postup procesní vadou, nicméně soud v daném případě musí v intencích ustanovení § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s. zvážit, zda se jedná o natolik intenzivní vadu, která mohla mít za následek nezákonné rozhodnutí ve věci samé. V daném případě soud zvážil, že žalobce sám neuvedl, v čem mělo být postupem úřední osoby negativně ovlivněno řízení či rozhodování odvolacího orgánu. Žalobce svou námitku postavil toliko na obecném tvrzení nepřípustnosti postupu, avšak konkrétně neuvedl možné reálné důsledky tohoto pochybení. Dále je nutno vzít v úvahu roli uvedené úřední osoby v odvolacím řízení, přičemž z ničeho nevyplývá, že by se skutečně podílela na rozhodovacím procesu nebo ovlivnila důkazní hodnotu opatřených důkazních prostředků. Soud tedy musí konstatovat, že se v daném případě nejedná o takovou vadu řízení, která by zakládala závěr o tom, že by toto pochybení mělo vliv na zákonnost meritorního rozhodnutí o odvolání žalobce.“ 69. Z uvedeného je zřejmé, že i Krajský soud v Ústí nad Labem, byť hovoří o případu tzv. „absolutní podjatosti“, by ke zrušení napadeného rozhodnutí odvolacího orgánu přistoupil toliko tehdy, kdyby byly zjištěny reálné důsledky úkonů prováděných toutéž úřední osobou, která byla činná v prvním stupni, a kdyby se tato úřední osoba skutečně podílela na rozhodovacím procesu nebo ovlivnila důkazní hodnotu opatřených důkazních prostředků.

70. V právě projednávané věci v řízení před správcem daně prováděly úkony i Ing. H. J., vedoucí referátu DPPO v kontrolním oddělení Finančního úřadu v Plzni, a Mgr. I. S., referent kontrolního oddělení Finančního úřadu v Plzni. V odvolacím řízení – po zrušením původních rozhodnutí o odvolání zdejším soudem – žalovaný podle § 115 odst. 1 daňového řádu uložil doplnění podkladů pro rozhodnutí a odstranění vad správci daně, který rozhodoval v prvním stupni. V přípisu ze dne 19. 1. 2018, č.j. 2977/18/5200-11435-711926. žalovaný Finančnímu úřadu pro Plzeňský kraj zřetelně vymezil rámec doplnění řízení – spisového materiálu. Odvolací finanční ředitelství uložilo doplnění řízení – spisového materiálu správci daně – Finančnímu úřadu pro Plzeňský kraj, nikoli konkrétním úředním osobám (Mgr. I. S. a Ing. H. J.). Ze spisového materiálu se nepotvrzuje, že by se Ing. H. J. osobně podílela na ustanovení znalce a jednání s ním. Rozhodnutí o ustanovení znalce ze dne 28. 2. 2018, č.j. 341499/18/2301-61561- 402339, vyřizovala paní J. Z. a podepsala Ing. M. K., ředitel sekce. Příslušné dokumenty znalci předávala paní J. Z. Výslechu znalce dne 16. 7. 2018 se Ing. H. J. spolu s paní J. Z. jako úřední osoba sice zúčastnila, avšak z protokolu o výslechu není nijak patrno, že by správce daně kladl znalci nepřiměřené otázky nebo že by nějak omezoval právo daňového subjektu (nebo jeho zástupkyně) klást znalci otázky či do položených otázek a poskytnutých odpovědí jakkoli zasahoval. V protokolu o výslechu daňový subjekt ani jeho zástupkyně nevyjádřili žádné výhrady k průběhu výslechu. Soud kvituje vyjádření žalovaného, že správce daně prvního stupně, který prováděl doplnění nebo odstranění vad na základě uložení této povinnosti odvolacím orgánem a dle jeho pokynů, se v daném případě nepodílel na hodnocení důkazů či samotném rozhodování. Hodnocení důkazů v této fázi odvolacího řízení bylo již zcela jen v kompetenci žalovaného, který při hodnocení důkazních prostředků mj. přezkoumával, zda byly důkazní prostředky doplněny, či vady odstraněny v souladu se zákonem. Ani v právě přezkoumávaných věcech tedy nebyly zjištěny nežádoucí reálné důsledky úkonů prováděných toutéž úřední osobou, která byla činná v prvním stupni, a/nebo skutečný podílel takovéto úřední osoby na rozhodovacím procesu či nepřípustné ovlivnění důkazní hodnoty opatřených důkazních prostředků. Soud se tudíž neztotožňuje s žalobcem v tom, že provádění úkonů uvedenými úředními osobami představuje takovou vadu řízení, která by mohla mít vliv na zákonnost meritorního rozhodnutí.

71. Jelikož zde nebyla shledána ani nepřezkoumatelnost rozhodnutí, ani překročení lhůty pro vyměření daně a ani porušení principu dvojinstančnosti řízení, je nutno se soustředit na přezkum věci samé.

72. Hmotněprávní pravidla (resp. vodítka) pro posouzení věci jsou obsažena v příslušných ustanoveních zákona o daních z příjmů a zákona o podpoře výzkumu a vývoje, jakož i pokynu Ministerstva financí D – 288 ze dne 3. 10. 2005, č.j. 15/96003/2005, k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů, ve znění aktualizací (dále jen „Pokyn D – 288“).

73. Podle § 23 odst. 1 ZDP je základem daně rozdíl, o který příjmy, s výjimkou příjmů, které nejsou předmětem daně, a příjmů osvobozených od daně, převyšují výdaje (náklady), a to pří respektování jejich věcné a časové souvislosti v daném zdaňovacím období.

74. Podle § 34 odst. 4 ZDP (ve znění účinném pro zdaňovací období 2008 a 2009) Od základu daně lze odečíst 100 % výdajů (nákladů), které poplatník vynaložil v daném zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, při realizaci projektů výzkumu a vývoje, které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části a na certifikaci výsledků dosažených prostřednictvím projektů výzkumu a vývoje. Pokud vynaložené výdaje (náklady) souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje pouze zčásti, je možné od základu daně odečíst pouze tuto jejich část. Výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Tento odpočet nelze uplatnit na služby, licenční poplatky (§ 19 odst. 7) a nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob s výjimkou výdajů (nákladů) vynaložených za účelem certifikace výsledků výzkumu a vývoje, a dále na ty výdaje (náklady), na které již byla i je n zčásti poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.

75. Formální požadavky kladené na projekt VaV jsou vymezeny v § 34 odst. 5 ZDP (ve znění účinném pro zdaňovací období 2008 a 2009).

76. Podle § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje (ve znění účinném pro zdaňovací období 2008 a 2009) Pro účely tohoto zákona se rozumí výzkumem a vývojem systematická tvůrčí práce konaná za účelem získání nových znalostí nebo jejich využití. Dále se rozlišuje a) výzkum, kterým je systematická tvůrčí práce rozšiřující poznání, včetně poznání člověka, kultury nebo společnosti, metodami umožňujícími potvrzení, doplnění či vyvrácení získaných poznatků, prováděná jako 1. základní výzkum, kterým jsou experimentální nebo teoretické práce prováděné s cílem získat znalosti o základech či podstatě pozorovaných jevů, vysvětlení jejich příčin a možných dopadů při využití získaných poznatků, nebo 2. aplikovaný výzkum, kterým jsou experimentální nebo teoretické práce prováděné s cílem získání nových poznatků zaměřených na budoucí využití v praxi; ta část aplikovaného výzkumu, jehož výsledky se prostřednictvím vývoje využívají v nových výrobcích, technologiích a službách, které jsou určeny k podnikání podle zvláštního právního předpisu, se označuje jako průmyslový výzkum, b) vývoj, kterým je systematické tvůrčí využití poznatků výzkumu nebo jiných námětů k produkci nových nebo zlepšených materiálů, výrobků nebo zařízení anebo k zavedení nových či zlepšených technologií, systémů a služeb, včetně pořízení a ověření prototypů, poloprovozních nebo předváděcích zařízení.

77. V bodě 3. Pokynu D – 288 je mezi „činnostmi prováděnými poplatníkem při realizaci projektů, které lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů“ pod písmenem i) uveden vývoj softwaru založený na tvůrčím využití poznatků výzkumu, pokud je cílem projektu systematické vyjasnění vědecké nebo technické nejistoty, zejména vývoj operačních systémů, programovacích jazyků, řízení dat, komunikačního softwaru, vývoj internetové technologie, výzkum metod projektování, vývoje, používání nebo údržby softwaru, vývoj nových softwarových technologií, vývoj nových pouček a algoritmů v oblasti teoretické počítačové vědy.

78. Oproti tomu mezi „činnostmi, které nelze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů“ je v bodě 4. Pokynu D – 288 pod písmenem e) uveden standardní vývoj softwaru a počítačová údržba, kterými jsou zejména implementace (ladění a úpravy) existujícího systému v podmínkách zákazníka, přidání uživatelské funkčnosti k aplikačním programům, řešení technických problémů, údržba softwaru, podpora nebo úprava existujících systémů, předvádění nebo překlady počítačových jazyků, příprava uživatelské dokumentace.

79. V uvedeném pokynu se na základě výše citovaných právních předpisů zdůrazňuje, že základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty.

80. Pro případy tohoto druhu má zakladatelský význam zejména rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2015, č.j. 10 Afs 24/2014-119, publ. pod č. 3273/2015 Sb. NSS: „

29. Nejprve je třeba podotknout, že finální zhodnocení, zda projekty stěžovatele lze považovat za projekty výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, náleží správním orgánům. Jedná se o otázku právní. Povinností správních orgánů však v takovém případě bylo náležitě zjistit veškeré skutkové okolnosti a náležitě posoudit veškeré aspekty zpochybněných projektů stěžovatele. […]

31. Řádné hodnocení projektů stěžovatele ve smyslu jejich podřazení pod ustanovení § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů nelze provést bez odborného hodnocení stěžovatelem předkládanými a namítanými technickými hledisky předmětných projektů. […]

33. Správní orgány se tedy měly technickými aspekty projektů stěžovatele, což však vyžaduje technické znalosti. Není sporu o tom, že úřední osoby v projednávaném případě technickými znalostmi nedisponovaly. Správní orgány toto nezpochybnily, ale dovodily, že technické znalosti, ani odbornost úředních osob, nejsou pro posouzení věci nezbytné. Zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění účinném pro právě projednávanou věc (dále jen „daňový řád“), tyto situace upravuje v ustanovení § 95 odst. 1 písm. a), podle kterého závisí-li rozhodnutí na posouzení otázek, k nimž je třeba odborných znalostí, které správce daně nemá, může správce daně ustanovit znalce k prokázání skutečností pro správné zjištění a stanovení daně. […] Znalecký posudek by v projednávané věci umožnil správním orgánům komplexně zjistit a posoudit veškeré skutkové okolnosti spočívající v charakteru projektů stěžovatele, včetně jejich technické stránky (přítomnost technické nejistoty a ocenitelného prvku novosti). Pouze na základě všech těchto skutečností ve spojení s již použitými a správcem daně zjištěnými skutečnostmi lze dospět ke správnému závěru o tom, zda stěžovatel oprávněně uplatnil odpočet nákladů na projekty výzkumu a vývoje od základu daně dle ustanovení § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Bez dostatečného porozumění technických aspektů projektů stěžovatele totiž správní orgány nemohly spolehlivě vyvrátit závěr stěžovatele o tom, že jeho projekty splňovaly podmínky výzkumu a vývoje.

34. Je zřejmé, že správce daně je při posuzování splnění podmínek ustanovení § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů ve velmi obtížné situaci. Toho si bylo ostatně vědomo i Ministerstvo financí, které k provedení tohoto ustanovení vydalo samostatný metodický pokyn. Nejvyšší správní soud výše vysloveným závěrem nepředjímá, že ve všech sporech týkajících se posouzení projektů výzkumu a vývoje je bez výjimky nezbytné provést znalecké posouzení. Předkládá-li však daňový subjekt tvrzení, která nelze bez odborného posouzení označit za zcela irelevantní, není možno jejich hodnocení odmítat. Nejvyšší správní soud si je vědom náročnosti takového postupu pro správce daně, nicméně tato potřeba je dána záměrem zákonodárce podpořit daňovým zvýhodněním výzkum a vývoj. Pokud je tato možnost daňovým subjektům zákonem o daních z příjmu nabídnuta, nelze ji v praxi neumožnit z důvodu, že posouzení splnění podmínek je složité a nákladné.“ 81. V předchozím rozsudku ze dne 27. 9. 2017, č.j. 30Af 39/2015-161, došel zdejší soud k tomu, že správce daně v průběhu daňové kontroly a žalovaný v průběhu odvolacího řízení dospěli k vlastnímu právnímu posouzení povahy prací při vytváření dílčích verzí aplikace VaV DuGIS, avšak bez přihlédnutí k technickým aspektům projektu. Hodnocení technických aspektů projektu za účelem prokázání přítomnosti ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty přitom vyžaduje technické znalosti, kterými správce daně, žalovaný, stejně jako správní soud nedisponují. Protože zaměření prováděných důkazů na odborný aspekt problému je v dané věci relevantní, na vzniklou situaci dopadá ust. § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu. Znalecký posudek přitom v projednávané věci umožní posoudit obsah výchozí komerční verze aplikace DuGIS platné ke konci roku 2007 a tím umožní její odlišení od podoby časově následně vytvořených verzí této aplikace ve stavu daném k 1. 1. 2008 a k 31. 12. 2009. Odlišení jednotlivých verzí aplikace objasní i dosud spornou otázku, v čem tkví rozdílnost jednotlivých verzí a jaké práce tak musely být vykonány k jejich vytvoření. Zodpovězením těchto technických otázek bude vytvořen spolehlivý skutkový základ pro právní úsudek správce daně, zda projekt žalobce byl vytvořen, či zdokonalen v letech 2008 a 2009 výkonem činností podřaditelných pod výzkum a vývoj ve smyslu § 34 odst. 4 ZD. Tímto způsobem však žalovaný nepostupoval, ač žalobce na podporu svých tvrzení předkládal jemu dostupný listinný doklad, a to stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., ze dne 2. 4. 2015, jehož obsah měl být žalovaným vyhodnocen jako další podnět pro vypracování znaleckého posudku. Žalobce v průběhu daňové kontroly i v průběhu odvolacího řízení předkládal tvrzení, která bez odborného posouzení nelze označit za zcela irelevantní, proto nebylo možno tato tvrzení vyvracet pouhou dedukcí vycházející sice z dosud provedených důkazů, leč bez posouzení odborných aspektů. Zásadním důkazem bude vypracování znaleckého posudku za účelem odlišení projektu vyvíjeného pro komerční účely na základě smlouvy o dílo pro společnost Lasselsberger a Projektu VaV DuGIS ve stadiu jeho zpracování ke dni 31. 12. 2008 a 31. 12. 2009. Na základě definice technických aspektů těchto projektů a jejich rozdílností, bude nezbytné hodnotit dosud provedené důkazy, eventuálně provést další navržené důkazy pro posouzení rozsahu vynaložených výdajů na činnosti v rámci projektu realizované, pokud správce daně v rámci právního posouzení vyhodnotí prováděné činnosti jako výsledek výzkumu a vývoje.

82. V dalším řízení žalovaný především nechal vyhotovit znalecký posudek a vyslechnout ustanoveného znalce.

83. K těmto důkazním prostředkům se žalovaný v napadených rozhodnutích vyjádřil zejména tak, že veškerá zkoumání a zjištění vycházejí z analýzy zdrojových kódů, a to verze 2008 a 2009 (jiné neměl Znalec k dispozici). Tyto dvě verze Znalec porovnal pomocí verzovacího systému GIT a konstatoval následující (viz také kapitola 3 Závěr). Při zaměření se na čistě programátorskou část, jež je výstupem know-how realizátora projektu (odvolatele), odvolatel postupoval běžným programovacími technikami a metodami dostupnými v době vývoje (dle posuzované verze 2008) s využitím části kódů sdílených na internetu. Ve verzi 2009 došlo k úpravám funkcí, metod a tříd ve stávajícím kódu z roku 2008, ale také k přidání nových funkcí, které součástí verze 2008 nebyly (podrobněji kapitola 2.3.1 Srovnání verzí 2008 a 2009 jádra aplikace). Část změn lze dle Znalce považovat za údržbu systému, zejména ošetření chyb, přejmenování parametrů a vlastností tříd atd., část za rozšíření systému - např. více možností připojení k databázovým serverům atd. a část za nové prvky a funkce systému. Jaké technické problémy změnám předcházely, není Znalec z výsledného zdrojového kódu schopen posoudit, a to z důvodu absence dalších podkladů, resp. zdrojových kódů aplikace DuGIS z roku 2005 a násl. Znalec tak dále nebyl schopen posoudit rozdíly mezi verzemi aplikace DuGIS z roku 2007, 2008 a 2009 a potvrdit tak, že výstupy Projektu DuGIS za období 2008 a 2009 přesahují výstupy předešlé (zvláště komerční verzi 12/2007, příp. verzi Projektu DuGIS 12/2007) natolik, že nešlo o pouhé zlepšení dosavadních charakteristik (funkcionalit), ale o významný zásah do existující aplikace (software) rozšiřující její funkčnost, využitelnost, přínos. Stejně tak nebylo možné posoudit, zda součástí funkcionalit je nový algoritmus či ojedinělá vlastnost softwaru, kterou by bylo možné vymezit, a to jak na úrovni obchodní společnosti, tak v kontextu produkčních schopností trhu, zejména ve srovnání s již existujícím aplikačním softwarem DuGIS 12/2007 (dle Smlouvy o dílo). Z důvodu absence podkladů nemohl Znalec ani posoudit, zda odvolatel při řešení Projektu DuGIS hledal předtím neodhalené jevy, struktury nebo vztahy.

84. V návaznosti na vypracovaný Znalecký posudek Znalec při výslechu dne 16. 7. 2018 objasnil skutečnosti v něm uvedené, a tedy, že na základě předaných materiálů nelze posoudit rozdíl mezi komerční a vývojovou verzí vzhledem k absenci zdrojových kódů komerční verze. Znalci byly předány pouze zkomprimované programy, které nebylo možné spustit z důvodu chybějícího napojení na zdrojová data nebo na server, který se nacházel ve vnitřní sítí společnosti (viz také odpověď na otázku č. 4 Znaleckého posudku, strana 18). Znalec dále uvedl, že spuštění programu, jež nezná a není odborníkem na problematiku důlních informačních systémů, příp. geomodelování, vizualizace geografických dat, by vlastní spuštění otázku neřešilo, neboť není schopen posoudit přidané funkčnosti jinak než z hlediska programování a toto poskytují zdrojové kódy. Na otázku zástupce odvolatele, zda si Znalec zajistil přístup k nainstalovaným verzím, Znalec odpověděl, že předané verze byly nainstalovány na technologický počítač Znalce a spuštěny, ale práce se softwarem není možná díky absenci zdrojových dat, tj. přístup k verzím zajištěn byl, nebyl zajištěn přístup ke zdrojovým datům. Na otázku, zda si Znalec pro spuštění aplikace zajistil platformu ArcGIS Engine Runtime, Znalec odpověděl, že pro vlastní spuštění softwaru nebylo toto běhové prostředí potřeba, aplikace se spustila a vyžadovala přístup ke vzdálenému serveru, server nebyl dostupný a tím bylo zkoumání této aplikace ukončeno. Zástupce odvolatele se tázal, kde a jak se seznámil s komerční verzí DuGIS z roku 2007 (nejstarší dochovaná verze), jejímž předchůdcem byla komerční verze DuGIS z roku 2005, tj. zda si aplikací spustil na vlastním počítači nebo navštívil společnost LB MINERALS. Znalec odpověděl, že „verze 12/2007 se nacházela na předaném médiu, postup instalace byl shodný a výsledek spuštění jako u verzí 2008, 2009, rozdíl, pokud si dobře pamatuji, je ve startovací obrazovce, kde je uvedena společnost LASSELSBERGER. Zkoumáním grafického rozhraní, a to i v případě korektního napojení na datové servery nelze relevantně porovnat SW, Pro objektivní posouzení rozdílů je zapotřebí srovnání zdrojových kódů. které pro verzi 2005 a 12/2007 nebyly dodány. V grafické prezentaci SW není možné vidět práci programátora, která předcházela tomuto vývoji.“ Na otázku, z jakého důvodu nebyla ze strany Znalce vyžádána součinnost po odvolateli, technická podpora, aby měl plnohodnotný přístup ke spustitelným aplikacím verze DuGIS k 1. 1. 2008 a k 31. 12. 2009 a komerční verzi k DuGIS 12/2007 včetně ukázkových dat (připojení do datového skladu), Znalec opětovně uvedl, že pro objektivní posouzení softwaru je nutné zkoumat zdrojové kódy, nikoliv grafický výstup nebo zkompilovanou aplikaci. Zdrojové kódy si Znalec prostřednictvím správce daně vyžádal od odvolatele, což ostatně uvedl i ve Znaleckém posudku. Znalec dále uvedl, že analýza zdrojových kódů probíhala zejména formou strojového porovnání dvou časově rozdílných verzí, jež měl k dispozici (ze statistických důvodů, pro bližší představu o rozsahu změn mezi verzemi), tímto způsobem není schopen posoudit výzkumnou nejistotu nebo novátorský přístup, neboť nemá k dispozici rozsah a obsah změn, jež předcházely vydání verzí. V závěru Znalec na otázku zástupce odvolatele, zda bylo možné z podkladů, které mu byly prostřednictvím správce daně předány, učinit závěr, že existovaly dvě odlišné verze DuGIS – komerční a vývojová, uvedl, že se domnívá, že nebylo možné provést objektivní srovnání bez vyžádání zdrojových kódů komerční aplikace.

85. Žalovaný tedy došel k tomu, že žalobce správcem daně, resp. Znalcem požadované podklady (pro účely vypracování Znaleckého posudku) nepředložil, jinými slovy nepředložil veškeré podklady (zdrojová data nezálohoval, starší komerční verzi software DuGIS již nemá k dispozici, zdrojové kódy komerční verze 12/2007 nepředložil), bez kterých není možné dospět k závěru, že žalobce při řešení Projektu DuGIS ve zdaňovacím období 2008 a 2009 uskutečňoval výzkumně-vývojovou činnost ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP, čímž důkazní břemeno v této věci neunesl.

86. K tomuto hodnocení znaleckého posudku a výslechu znalce soud uvádí, že žalovaný má za to, že předložení označených podkladů je pro posouzení celé záležitosti naprosto fatální.

87. Jestliže nemá být možné splnit vymezený znalecký úkol bez označených podkladů, je třeba se v prvé řadě zabývat otázkou, zda byl žalobce dostatečně vyzván k jejich předložení. Soud v obecné rovině souhlasí s žalovaným, že důkazní břemeno nese primárně poplatník a je právě na něm, aby předložil správci daně natolik kvalitní důkazní prostředky, které rozptýlí pochybnosti správce daně, zvláště pak, byl-li k tomu správcem daně vyzván. Povinností správce daně (odvolacího orgánu) není vyhledávat za daňový subjekt důkazní prostředky hovořící v jeho prospěch a k jejich předložení jej speciálně (a opakovaně) vyzývat. Prioritní důkazní břemeno, které poplatník v souvislosti s uplatněním odčitatelné položky na VaV musí splnit, je unesení důkazního břemene, zda konkrétní jím realizovaný projekt výzkumu a vývoje naplňuje věcné podmínky zákona o daních z příjmů ve vazbě na zákon o podpoře VaV a Pokyn D-288. Současně ovšem v daném případě nelze ztrácet se zřetele zásadu vzájemné spolupráce osob zúčastněných na správě daní a správce daně jako jednu ze základních zásad správy daní (§ 6 odst. 2 daňového řádu). Měly-li mít zejména zdrojové kódy komerční verze 12/2007 pro posouzení věci tak stěžejní význam, měl být žalobce k jejich předložení vyzván explicitně. Z obsahu správních spisů však soud dochází k tomu, že takováto výslovná výzva v daném případě učiněna nebyla. Že tu nedostatky lze nalézt, plyne i z ne zcela jasného vyjádření žalovaného, který v napadených rozhodnutích uvádí, že odvolací orgán přisvědčuje námitce, že v daňovém spise není žádný záznam, že si Znalec prostřednictvím správce daně zdrojové kódy vyžádal, nicméně tato skutečnost vyplývá přímo ze Znaleckého posudku, kde na předmětnou výzvu Znalec jednoznačně odkazuje (viz kapitola 2.3.4 Srovnání kódu s komerční verzí 2005).

88. Jestliže nemá být možné splnit vymezený znalecký úkol bez označených podkladů, je pak třeba se v druhé řadě zabývat otázkou, zda takovýto názor byl náležitě odůvodněn.

89. Žalobce ve vyjádření ke skutečnostem zjištěným v rámci odvolacího řízení, datovaném dne 18. 8. 2018 a došlém žalovanému dne 20. 8. 2018, mimo jiné namítal, že prostým porovnáním zdrojových kódů nelze učinit objektivní posouzení všech činností realizovaných při výzkumu a vývoji SW, protože zdrojové kódy nemohou zachytit činnosti realizované v rámci analýzy a návrhu řešení. Objektivní porovnání proto mohlo být provedeno na základě poskytnutých instalačních balíčků verzí aplikací DuGIS z 1. 1. 2008 a 31. 12. 2008 a komerční verze z 12/2007, které byly spustitelné a umožňovaly porovnání jejich nástrojů (funkcionalit). Porovnání nástrojů v uživatelském rozhraní spustitelných aplikací je základním klíčem pro posuzování jejich funkcionalit, tj. pro hledání vzájemných rozdílností, identifikaci nových funkčností (novostí) atd. Základní porovnání nástrojů spuštěných aplikací je proto zásadní pro případnou další analýzu aplikací, tj. funkčnost jednotlivých nástrojů a jejich podobnost. Zdrojové kódy komerční verze 12/2007 by proto pro posouzení aplikací nepřinesly vůbec nic nového, a to z jednoduchého důvodu. Při spuštění komerční verze 12/2007 DuGIS by znalec zjistil, že tato verze vůbec neobsahuje nástroje (tj. funkcionalitu) implementovanou do verze 2009 VaV DuGIS v letech 2008 a 2009 (rozsah těchto nástrojů lze zjistit porovnáním verzí 2008 a 2009 VaV DuGIS, ke kterým jsou k dispozici zdrojové kódy a instalační soubory). Znalec tak mohl zjistit, že pokud tyto nástroje nejsou obsaženy v uživatelském rozhraní komerční verze 12/2007 DuGIS, pak nejsou ani obsaženy v instalačním adresáři komerční aplikace, resp. že instalační adresář neobsahuje zkompilované knihovny zdrojových kódů (soubory DLL), které jsou naopak součástí verze 2009 VaV DuGIS. Zabývat se pak zdrojovými kódy komerční aplikace 12/2007 DuGIS by bylo ze strany znalce naprosto zbytečné.

90. Za této situace měl žalovaný před sebou v zásadě jen dvě akceptovatelné možnosti. Tou první bylo podrobně odůvodnit názor, že v důsledku absence zdrojových kódů komerční verze aplikace DuGIS není možné verifikovat rozhodná tvrzení žalobce a není tedy ani možné zjistit případnou rozdílnost mezi komerční verzí 12/2007 a vývojovou verzí 2008 a 2009. Tou druhou možností bylo uvažovat o znalci, který by i bez chybějících zdrojových kódů dokázal posoudit obsah výchozí komerční verze aplikace DuGIS platné k 31. 12. 2007 a její odlišení od podoby časově následně vytvořených verzí aplikace DuGIS v rámci Projektu DuGIS ve stavu k 1. 1. 2008 a k 31. 12. 2009, kdy odlišení jednotlivých verzí aplikace objasní i dosud spornou otázku, v čem spočívá rozdílnost těchto verzí a jaké práce tak musely být k jejich vytvoření vykonány. Jelikož tak žalovaný neučinil, zatížil svá rozhodnutí procesní vadou, která mohla mít za následek nezákonná rozhodnutí o věci samé.

91. Dále se žalovaný zabýval žalobcem předloženým stanoviskem doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., ze dne 2. 4. 2015 k projektu výzkumu a vývoje – Důlní geografický informační systém.

92. K tomuto stanovisku se žalovaný v napadených rozhodnutích vyjádřil zejména tak že nemohl verifikovat, co skutečně bylo obsahem všech podkladů pro vypracování Stanoviska doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D. (dále také „hodnotitel“), a to i s ohledem na odvolatelem předloženou žádost o zpracování stanoviska ze dne 16. 3. 2015 adresovanou hodnotiteli, v níž odvolatel sděluje, že u společnosti GEOREAL probíhá daňová kontrola, která zpochybnila vynaložené výdaje na VaV informačního systému DuGIS v předmětném zdaňovacím období. Přičemž i Znalec v kapitole 2.1 Postup zkoumání znalce upozornil na skutečnost, že nemá k dispozici postupy ani záznamy o revizi a změnách kódů, které vedly k cílenému a předanému výsledku, jež uvádí ve svém Stanovisku doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., na základě poskytnutých podkladů a dalších informací, které byly zjištěny při konzultacích s pracovníky společnosti GEOREAL. Stanovisko při vyhodnocení zjištěného skutkového stavu nebylo postupem podle § 8 odst. 1 daňového řádu uznáno jako důkazní prostředek prokazující odvolatelem tvrzené skutečnosti. Ze Stanoviska vyplývá, že hodnotitel porovnal údajnou verzi VaV k 1. 1. 2008 s verzí VaV k 31. 12. 2009 a rozdíly uvedl do Tabulky č.

1. Z rozdílů by mělo být seznatelné, že projekt se vyvíjel, zaznamenával změny, že odvolatel postupoval v souladu s harmonogramem Projektu DuGIS. Na straně 3 Stanoviska je popisována funkcionalita Synchronizace údajů se SAP, tj. synchronizace technologických a chemických analýz vzorků vrtů mezi informačními systémy SAP (do kterého jsou tyto analýzy prvotně ukládány) a DuGIS. Předmětem Smlouvy o dílo, přesněji dle Dodatku č. 3, resp. Rozšíření systému DuGIS č. 4 ze dne 6. 6. 2008, je rozšíření DuGIS o nadstavbu pro geologické modelování lomů. Na straně 1 tohoto dodatku je popsán současný stav: „V systému DuGIS jsou k dispozici veškeré geologické vrty organizace LB MINERALS. K vrtům jsou evidovány popisné atributy, petrografie, technologické a chemické hodnoty. Technologické a chemické hodnoty jsou primárně evidovány v SAP a pomocí nové aktualizační utility jsou přenášeny do databáze systému DuGIS.“ Bylo mimo jiné požadováno doplnění DuGIS tak, aby bylo možné pomocí chemických a technologických hodnot z databáze DuGIS a prostorových dat provádět výpočty zásob, vizualizovat rozložení zásob v lomech ve 3D. Dle dodatku se jedná o stav k 6. 6. 2008 (podpis dodatku). Ve Stanovisku na straně 6 hodnotitel přiřadil Synchronizaci údajů se SAP pod činnosti „Návrh, vývoj a testování verze DuGIS 1.1“, které měly probíhat v období od 1. 10. 2008 od 31. 7. 2009. Ve společnosti LB MINERALS už byla synchronizace provedena. Z uvedeného tak vyplývají pochybnosti o tom, co bylo vlastně porovnáváno (zda byly porovnávány verze skutečně vyvíjené dle harmonogramu Projektu DuGIS), kdy činnosti na Projektu DuGIS probíhaly (a zda vůbec), resp. pochybnosti o tom, že funkcionality Projektu DuGIS jsou novátorské, tj. pokud byly vytvořeny, tak zda tyto nebyly již součástí komerční verze DuGIS vytvořené pro potřeby LB MINERALS. Tomu by odpovídal i stručný závěr hodnotitele na straně 9 Stanoviska, kde v odstavci „Porovnání nástrojů VaV DuGIS verze v2009 s komerční verzí 12/2007 DuGIS pro společnost Lasselsberger a.s.“ neuvedl žádné přehledné tabulky rozdílů a velice stručně konstatoval, že se v komerční verzi nevyskytují žádné nástroje a funkcionality uvedené v Tabulce č. 1 Stanoviska. Rovněž skutečnost, že hodnotitel popisuje ve svém Stanovisku modul Lom 3D nasvědčuje tomu, že pracoval s komerčními verzemi aplikace DuGIS, neboť v Projektu DuGIS i v harmonogramu Projektu DuGIS je tento modul označen jako Sledování a vyhodnocování těžby (SVT), nikoli Lom 3D (označení ve Smlouvě o dílo). Odvolací orgán dále uvádí, že ze Stanoviska vyplývá, že hodnotitel nalezl rozdíly mezi verzemi v2008 a v2009, a to na základě porovnání poskytnutých zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací (strana 2 Stanoviska), Z uvedeného vyplývá, že i hodnotitel při svém porovnání vycházel nejen ze zkompilovaných aplikací, ale i ze zdrojových kódů. Nelze tak souhlasit s tvrzením odvolatele, že zdrojové kódy nejsou pro objektivní posouzení podstatné. Ze Stanoviska naopak nevyplývá, jak hodnotitel dospěl k závěru uvedenému na straně 9 Stanoviska (postup při porovnání verze v2008 a v2009 hodnotitel uvedl), tj. zda měl k dispozici zdrojové kódy i komerční verze 12/2007, které Znalci poskytnuty nebyly, nelze tedy přisvědčit tvrzení odvolatele, že měl Znalec k dispozici stejné podklady. Tomu odpovídá vyjádření Znalce ke Stanovisku v kapitole 2.1 Postup zkoumání znalce Znaleckého posudku. Dle odvolacího orgánu je s podivem, že k porovnání verze v2008 a v2009 hodnotitel uvedl detailní popis jeho postupu i závěrů z porovnání vyplývajících a ke zcela klíčové otázce v nyní projednávané věci, tedy k porovnání a odlišení vývojové verze DuGIS od komerční verze 12/2007 (o jejichž existenci má odvolací orgán pochybnosti) se vyjádřil zcela lhostejně bez jakéhokoli uvedení postupu, na jehož základě k uvedenému závěru dospěl.

93. K tomuto hodnocení stanoviska doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., soud uvádí, že z údajů ve stanovisku je dostatečně zřejmé, na základě jakých podkladů svou expertizní činnost provedl. Z těchto údajů plyne, že hodnotitel zdrojové kódy komerční verze 12/2007 k dispozici neměl. Na rozdíl od ustanoveného znalce tedy doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., respektovaný odborník z katedry matematiky a deskriptivní geometrie Institutu čistých technologií těžby a užití energetických surovin Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava, našel řešení, jak zodpovědět stěžejní skutkové otázky tohoto případu i bez zdrojových kódů komerční verze 12/2007. Hodnotitel posoudil výskyt nástrojů a funkcionalit Projektu DuGIS, identifikovaných v tabulce č. 1, v porovnání s nástroji a funkcionalitami, obsaženými v komerční verzi DuGIS verze 12/2007, na základě zkompilovaných aplikací, tj. přímo porovnával funkcionality nástrojů ve spuštěných aplikacích. Na základě analýzy nástrojů přímo v aplikacích došel hodnotitel k jednoznačnému závěru, že žádné nástroje a funkcionality uvedené v tabulce č. 1 se v komerční verzi DuGIS verze 12/2007 nevyskytují. I soud považuje toto stanovisko za jasné a jednoznačné a předmětnou skutečnost za zcela konkrétně prokázanou s ohledem na funkcionality v tabulce č. 1.

94. Soud dodává, že posuzování dalších žalobních námitek by bylo v tomto případě předčasné, protože nemá smysl, aby se soud dále zabýval správností nebo zákonností závěrů správního orgánu vyslovených v rozhodnutích vycházejících z nedostatečně zjištěného skutkového stavu nebo následujících po chybném procesním postupu, když výsledkem řádně vedeného správního řízení mohou být jiná rozhodnutí o věci samé. Rozhodnutí soudu 95. Jelikož žaloba je důvodná, soud podle § 78 odst. 1 s. ř. s. zrušil napadená rozhodnutí pro vady řízení a a současně podle § 78 odst. 4 s. ř. s. vyslovil, že věci se vracejí k dalšímu řízení žalovanému.

96. V dalším řízení je správní orgán vázán právním názorem, který vyslovil soud ve zrušujícím rozsudku (§ 78 odst. 5 s. ř. s.). Náklady řízení 97. Žalobce, který měl ve věci plný úspěch, má podle § 60 odst. 1 věty prvé s. ř. s. proti žalovanému správnímu orgánu, který ve věci úspěch neměl, právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů řízení před soudem v celkové výši 16 200 Kč, skládající se ze zaplaceného soudního poplatku za žalobu proti dvěma rozhodnutím správního orgánu ve výši 6 000 Kč a dále z odměny advokáta za tři úkony právní služby po 3 100 Kč podle § 7, § 9 odst. 4 písm. d) a § 11 odst. 1 písm. a) a d) advokátního tarifu (= 9 300 Kč) a z náhrady hotových výdajů – výdajů na vnitrostátní poštovné, místní hovorné a přepravné za tři úkony právní služby po 300 Kč podle § 13 odst. 1 a 3 advokátního tarifu (= 900 Kč). Za úkony právní služby podle § 11 odst. 1 advokátního tarifu se považují 1) převzetí a příprava zastoupení, 2) žaloba a 3) replika. Užití advokátního tarifu u daňových poradců umožňuje ustanovení § 35 odst. 2 s. ř. s., v jehož smyslu za zastupování účastníka jinou osobou než advokátem, která vykonává specializované právní poradenství podle zvláštních zákonů, týká-li se návrh oboru činnosti v nich uvedených, náleží odměna; pro určení její výše, nestanoví-li zvláštní právní předpis jinak, se užije obdobně zvláštní právní předpis, jímž jsou stanoveny odměny a náhrady advokátům za poskytování právních služeb. Ke splnění povinnosti nahradit náklady řízení bylo žalovanému určeno platební místo podle § 149 odst. 1 o. s. ř. per analogiam ve spojení s § 64 s. ř. s. a stanovena přiměřená lhůta podle § 160 odst. 1 části věty za středníkem o. s. ř. ve spojení s § 64 s. ř. s. (s přihlédnutím k možnostem žalovaného tuto platbu realizovat).