č. j. 31 Af 30/2019 - 84

Rubrum

Krajský soud v Hradci Králové rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Magdaleny Ježkové a soudců JUDr. Jany Kábrtové a Mgr. Tomáše Blažka ve věci žalobce: J 4 s.r.o., IČO: 60935731 sídlem Průmyslová 96, 503 02 Předměřice nad Labem zastoupený společností poskytující daňové poradenství UNTAX, s.r.o. sídlem U Továren 256/14, 102 00 Praha 10 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 6. 2019, č. j. 22323/19/5200-11435-712486, takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Žalobce napadl žalobou dle § 65 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“), v záhlaví specifikované rozhodnutí, kterým žalovaný zamítl jeho odvolání proti třem rozhodnutím (dodatečným platebním výměrům) Finančního úřadu pro Královéhradecký kraj (dále jen „správce daně“) ze dne 28. 6. 2018. Správce daně uvedenými dodatečnými platebními výměry doměřil žalobci daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2014 do 31. 12. 2014 vyšší o částku 1 381 680 Kč, za zdaňovací období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015 vyšší o částku 44 270 Kč a za zdaňovací období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016 vyšší o částku 1 266 730 Kč; zároveň sdělil žalobci výši penále z doměřené daně.

2. Podle finančních orgánů si žalobce neoprávněně uplatnil odpočty od základu daně dle § 34 odst. 4 až 8 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „zákon o daních z příjmů“), ve znění účinném do 31. 12. 2013, resp. dle § 34 odst. 4 a 5 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů ve znění účinném od 1. 1. 2014. Žalobce uplatňoval tzv. odpočty na výzkum a vývoj za roky 2014 a 2015 na základě projektu č. 01/2013, nazvaného „Výzkum a vývoj nového elektrického agregátu -4E na pečení formového chleba“ (žalovaným označovaný též pouze „V01“). Odpočet na výzkum a vývoj za rok 2016 žalobce uplatňoval na základě následujících projektů: 1) projekt č. 01/2016, nazvaný „Jednoetážová nepřímotopná vysokoteplotní pec s řetězovým dopravníkem a litinovými deskami na pečení arabského chleba lavasch, bez zapařování“ (dále též „V02“); 2) projekt č. 02/2016, nazvaný „Jednoetážová tunelová peletková pásová pec typ PPP 2,5 57.725-2V, DU s destičkovým dopravním pásem na pečení chleba typu franzela, se šesti – trubkovým zapařováním“ (dále též „V03“). Finanční orgány dospěly při hodnocení uvedených projektů k závěru, že nesplňují ani formální náležitosti projektu výzkumu a vývoje definované v § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů (ve znění účinném do 31. 12. 2013), resp. § 34c téhož zákona (ve znění účinném od 1. 1. 2014). Proto se již ani nezabývaly otázkou, zda žalobce splnil také další zákonem předepsané podmínky pro uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj.

II. Shrnutí argumentace obsažené v žalobě

3. Žalobce předně namítl, že správce daně rozhodl v rozporu se zásadou ochrany legitimního očekávání. Rozhodnutí správce daně dle žalobce představují zásadní změnu jeho dosavadního dlouhodobého a opakovaně potvrzeného výkladu zákonných podmínek pro uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj. Navíc se jedná o změnu pro žalobce překvapivou, neboť byla učiněna ex post, nikoliv do budoucna. Jako taková jsou tudíž rozhodnutí správce daně v rozporu s principem ochrany legitimního očekávání, resp. principem závaznosti správního orgánu vlastní správní praxí a s principem ochrany dobré víry jednotlivce v práva konstituovaná akty aplikace práva.

4. Odpočty na výzkum a vývoj totiž žalobce začal uplatňovat počínajíc zdaňovacím obdobím kalendářního roku 2006. Od té doby správce daně provedl řadu šetření za účelem ověření, zda projekty realizované žalobcem splňují zákonné podmínky odpočtu na výzkum a vývoj. Například odpočet uplatněný žalobcem za zdaňovací období kalendářního roku 2008 byl předmětem daňové kontroly, která nezjistila žádná pochybení (v této souvislosti žalobce odkázal na zprávu o daňové kontrole č. j. 352915/12/228601608378 a protokol o ústním jednání č. j. 405360/12/228601608378 ze dne 26. 9. 2012). Odpočet uplatněný žalobcem za zdaňovací období kalendářního roku 2009 byl předmětem vyhledávací činnosti, přičemž správce daně odečet nezpochybnil (o čemž dle žalobce svědčí úřední záznam o vyhledávací činnosti č. j. 439895/11/228603603571 ze dne 7. 12. 2011). Všechny projekty výzkumu a vývoje realizované žalobcem v letech 2011 až 2013 měl správce daně také k dispozici, přičemž konstatoval, že projekty splňují formální náležitosti vyžadované zákonem o daních z příjmů (žalobce odkázal na protokol o ústním jednání č. j. 1654041/14/2701-60564-602179 ze dne 1. 12. 2014 a úřední záznam z místního šetření č. j. 1611950/14/2701-60564-602179 ze dne 4. 12. 2014). V několika případech si přitom žalobce nechal přítomnost prvku novosti a prvku výzkumné nebo technické nejistoty posoudit znalcem, přičemž správce daně měl tyto znalecké posudky k dispozici a nijak je nezpochybnil.

5. Žalobce zdůraznil, že po celou dobu, po kterou uplatňoval odpočty na výzkum a vývoj ve svých daňových přiznáních, si počínal stále stejným způsobem, a to jak při zpracování projektové dokumentace, tak i dokumentace zachycující realizaci jednotlivých projektů. Toto počínání žalobce bylo předmětem zájmu správce daně, bylo správci daně celkem podrobně známo a správce daně jej ani v náznaku nezpochybnil. Změna ustálené správní praxe správce daně je pro žalobce o to méně pochopitelná, že mezitím nedošlo k žádné změně dotčené právní úpravy obsažené v zákoně o daních z příjmů, resp. došlo pouze k formální změně této právní úpravy. Proto žalobce považuje změnu správní praxe správce daně za svévolnou.

6. Žalobce dále namítl, že správce daně neunesl důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu (dále jen „daňový řád“), neboť neprokázal existenci závažných pochybností ohledně vnitropodnikových směrnic výzkumu a vývoje předložených žalobcem.

7. Jak připouští i žalovaný, z platné právní úpravy nevyplývá, že by projekt výzkumu a vývoje nemohl být sepsán na více listech, či v několika dílčích materiálech, které ve svém komplexu zákonem stanovené podmínky naplňují. Součástí projektů výzkumu a vývoje proto mohou být i vnitropodnikové směrnice zpracované žalobcem, pokud obsahově korespondují se zákonnými požadavky na projekt. Podle názoru finančních orgánů okolnosti nasvědčují tomu, že žalobce vypravoval tyto směrnice až dodatečně, a jako takové nesplňují podmínku prospektivnosti projektů. Z judikatury Nejvyššího správního soudu ale plyne, že pochybnosti správce daně musí být natolik podložené (opřené o konkrétní skutečnosti) a závažné, aby tyto pochybnosti bylo možno považovat za „věrohodně vyvracející“ pravost důkazních prostředků předložených žalobcem. Zároveň je povinností správce daně tyto pochybnosti daňovému subjektu explicitně předestřít kvalifikovanou výzvou. V opačném případě nelze dovozovat, že na daňový subjekt přešlo důkazní břemeno.

8. Žalobce je toho názoru, že pochybnosti správce daně ohledně věrohodnosti vnitropodnikových směrnic předložených žalobcem, související s okamžikem jejich vzniku, nelze považovat za dostatečně závažné. Správce daně tudíž věrohodně nevyvrátil tvrzení žalobce o prospektivnosti předložených projektů výzkumu a vývoje. Jako takové tudíž nelze tyto pochybnosti považovat za postačující k tomu, aby mohly způsobit přenesení důkazního břemene zpět na žalobce.

9. Pokud by bylo možné posoudit důkazní prostředky předložené žalobcem jakožto nevěrohodné pouze na základě skutečnosti, že byly předloženy až v průběhu daňové kontroly, znamenalo by to ve svém důsledku nezákonné omezení práva žalobce na předkládání důkazních prostředků zaručeného v § 86 odst. 3 písm. c) daňového řádu. Právo žalobce předkládat důkazní prostředky v průběhu daňové kontroly je ale omezeno pouze § 88 odst. 3 daňového řádu (tj. před seznámením daňového subjektu s výsledkem kontrolního zjištění není toto právo nijak omezeno). Okolnost, že žalobce nejprve prohlásil, že už žádné důkazní prostředky k dispozici nemá, a následně přesto další důkazní prostředky správci daně předložil, nelze považovat za skutečnost věrohodně vyvracející pravost (věrohodnost) důkazních prostředků dodatečně předložených žalobcem.

10. Správce daně dále pochybil tím, že pochybnosti ohledně věrohodnosti (pravosti) vnitropodnikových směrnic nevyjevil žalobci výzvou k prokázání skutečností vydanou na základě § 92 odst. 4 daňového řádu (žalobce se tak seznámil s těmito pochybnostmi až v rámci seznámení s výsledkem kontrolního zjištění).

11. Podle judikatury Nejvyššího správního soudu je daňový subjekt oprávněn v průběhu daňového řízení upravovat a měnit svá tvrzení a v závislosti na těchto změnách i předkládat či navrhovat důkazní prostředky. Zároveň však musí však počítat s tím, že k jeho dalším tvrzením, která uvede v reakci na zjištění nepravdivosti či neúplnosti tvrzení dřívějších, bude správce daně přistupovat s podstatně větší nedůvěrou a bude k jejich prokázání vyžadovat přesvědčivé a spolehlivé důkazy. Pochybnosti ohledně pravdivosti (věrohodnosti) důkazního prostředku předloženého žalobcem tedy způsobují zvýšené nároky na další důkazní prostředky předložené žalobcem, avšak v žádném případě nezbavují správce daně povinnosti hodnotit dotčený důkazní prostředek z dalších judikaturou vymezených hledisek, tzn. z hlediska zákonnosti a z hlediska závažnosti (důležitosti) pro rozhodnutí. Proto bylo povinností správce daně přistoupit k vystavení výzvy dle § 92 odst. 4 daňového řádu.

12. Správce daně dále pochybil, neboť žalobcem předložené vnitropodnikové směrnice hodnotil pouze z hlediska jejich věrohodnosti, nikoliv však podle dalších výše vedených hledisek na základě jejich vlastního obsahu. Žalovaným učiněný závěr o tom, že směrnice jsou nevěrohodné mimo jiné i z toho důvodu, že „ve směrnicích je doplněno prakticky jen to, co v projektech samotných chybí“, je rovněž pouhou spekulací (dohadem), která navíc dokládá předpojatost žalovaného při hodnocení důkazů.

13. Žalobce připouští, že výše uvedené okolnosti mohly založit pochybnosti správce daně ohledně pravdivosti (věrohodnosti) předložených vnitropodnikových směrnic. Tyto okolnosti však nebyly natolik závažné, aby mohly způsobit přenesení důkazního břemene na žalobce. Jedná se totiž o pouhé dohady (spekulace) a podezření (indicie), k jejichž prověření správce daně mohl a měl provést další dokazování. Správce daně však k dalšímu dokazování za účelem prověření pravdivosti (věrohodnosti) dotčených směrnic nepřistoupil, namísto toho konstatoval přenesení důkazního břemene na žalobce a neunesení důkazního břemene žalobcem. Okolnost, že žalobce nepředložil předmětné vnitropodnikové směrnice správci daně již při zahájení daňové kontroly, nelze pokládat ani za doklad procesní taktiky nebo jiných postranních úmyslů žalobce. Pozdější předložení vnitropodnikových směrnic žalobcem přímo souvisí s úmrtím bývalého jednatele žalobce, což bylo správci daně dobře známo.

14. Žalobce rozporuje také výklad zákonných požadavků kladených na náležitosti projektu výzkumu a vývoje obsažený v rozhodnutích finančních orgánů – dle žalobce se jedná o extenzivní výklad, provedený bez ohledu na účel dotčené právní úpravy.

15. V obecné rovině žalobce připouští, že odpočet na výzkum a vývoj představuje pro poplatníka určité beneficium, díky němuž si může již jednou uplatněné náklady odečíst de facto podruhé, což implikuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti. Při posuzování formálních požadavků na projekty výzkumu a vývoje však dle žalobce nelze zcela odhlédnout od základních atributů výzkumu a vývoje, kterými jsou „prvek novosti“ a „prvek výzkumné nebo technické nejistoty“. Požadavek na co nejvyšší možnou míru konkrétnosti projektu výzkumu a vývoje a požadavek na přítomnost „prvku novosti“ a „prvku nejistoty“ jsou přitom do značné míry protichůdné, neboť projekt sepsaný před samotným zahájením výzkumné a vývojové činnosti, má-li v sobě obsahovat prvky technické a výzkumné nejistoty, musí nevyhnutelně být do určité míry obecný. Jinak řečeno projekt nemůže být zároveň maximálně konkrétní i prospektivní. Dogmatické lpění na co nejpřesnějším vymezení cíle činnosti výzkumu a vývoje proto popírá smysl právní úpravy, jejímž cílem je motivovat daňové subjekty k této činnosti, která má širší společenský přínos. Žalobce v této souvislosti odkázal na rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové, pobočka Pardubice ze dne 16. 11. 2016, č. j. 52 Af 17/2016 – 84.

16. Finanční orgány vytýkají projektům výzkumu a vývoje předložených žalobcem, že neobsahují „způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků“. Projekty žalobce mají být v tomto směru příliš obecné, a to i z hlediska vymezení cílů výzkumu a vývoje. Podle názoru žalobce je však napadené rozhodnutí v tomto směru nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů, neboť žalovaný neuvádí, z jakých konkrétních důvodů považuje zmiňované náležitosti projektů výzkumu a vývoje za nedostatečné. Pojmy jako „průběžná kontrola“, „mistr“ či „vedoucí výroby“ jsou natolik běžně zavedené, že nelze žalobci klást k tíži, že jejich obsah přesněji nevymezil. Žalovaným učiněný závěr ohledně „nedostatečně uvedených způsobech kontroly“ realizace projektů je proto nepodložený.

17. Žalobce zdůraznil, že je strojírenským podnikem založeným v roce 1994, který se zabývá výrobou pekařské techniky. Žalobci není zřejmé, jaké jiné testování, než ověření funkčnosti nové techniky na několika stupních (jak je uvedeno v projektech), by měl definovat. Podle názoru žalobce je takové testování dostatečné a jediné možné.

18. Ve vztahu k neurčitosti vymezení cílů výzkumu a vývoje se dle žalobce žalovaný uchyluje jen k obecným proklamacím. Žalobce v podaném odvolání, resp. jeho doplnění ze dne 27. 8. 2019 přesně popsal vymezení cílů projektů a neshledal v nich žádnou neurčitost. V žalobě na tuto argumentaci plně odkázal.

III. Shrnutí vyjádření žalovaného k žalobě a repliky žalobce

19. Žalovaný ve vyjádření k žalobě předně konstatoval, že námitka, podle níž správce daně rozhodl v rozporu se zásadou ochrany legitimního očekávání, byla poprvé vznesena až v žalobě. Žalobce navíc nespecifikuje žádné konkrétní rozhodnutí správních orgánů či správních soudů, jež by se týkalo skutkově obdobné věci, a od něhož se v projednávaném případě správní orgány odchýlily. Podle žalovaného tak z ničeho nevyplývá, že by existovala jednotná, ustálená a dlouhodobá správní praxe v podobě nečinnosti a tolerance jednání, kterého se v dané věci dopustil žalobce, tedy v podobě nezpochybnění dřívějšího počínání žalobce ze strany správce daně. Proto nelze dovodit, že by na straně žalobce mohlo být s odkazem na takovou správní praxi založeno legitimní očekávání v tom smyslu, že by jednání žalobce bylo možné považovat za souladné se zákonem. Postup správce daně je naopak dlouhodobě konstantní.

20. Žalovaný dále odmítl, že by správce daně neunesl své důkazní břemeno a neprokázal existenci závažných pochybností ohledně vnitropodnikových směrnic výzkumu a vývoje předložených žalobcem. Správce daně vydal dne 2. 11. 2017 výzvu k prokázání skutečností, kterou vyzval žalobce, aby předložil veškeré důkazní prostředky, kterými disponuje, a které nebyly doposud doloženy, které by prokazovaly, že do příslušných daňových tvrzení uplatnil odečet nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje v souladu se zákonem. Ve výzvě jsou uvedeny konkrétní pochybnosti správce daně, jsou zde uvedeny konkrétní skutečnosti, které v předložených projektech chyběly. Výzva splňuje veškeré náležitosti, které vyplývají z daňového řádu nebo z judikatury. Správce daně tímto unesl své důkazní břemeno, které přešlo zpět na žalobce. Žalovaný podrobně zdůvodnil svoje pochybnosti, které považuje za závažné, především ve vztahu k dodatečnému vyhotovení „vnitropodnikových směrnic“. Není pravdou, že vnitropodnikové směrnice byly hodnoceny pouze z hlediska věrohodnosti, nikoliv z hlediska jejich obsahu, jak uvádí žalobce. Právě především obsah byl nakonec tím, co způsobilo důvodné pochybnosti, pro něž byly prohlášeny za dodatečně vyhotovené.

21. K námitce extenzivního výkladu zákonných požadavků kladených na náležitosti projektu výzkumu a vývoje žalovaný uvedl, že projekt V01 neobsahuje předpokládané náklady na řešení v jednotlivých letech řešení projektu, není zde uvedena forma pracovněprávního vztahu u osob odborně zajišťujících řešení projektu a rovněž není uveden způsob kontroly a hodnocení řešení projektu. U projektu V02 bylo správcem daně zjištěno, že nebyla uvedena forma pracovněprávního vztahu u osob odborně zajišťujících řešení projektu, a nebyl uveden způsob kontroly a hodnocení řešení projektu. U projektu V03 správce daně konstatoval totožné nedostatky jako u projektu V01 s tím, že nebyl dostatečně popsán ani cíl projektu, resp. principiální změna u předmětné pece, která měla být nově vyvíjena.

22. Ve vztahu k vnitropodnikovým směrnicím žalovaný dospěl k závěru, že byly předloženy až poté, co správce daně vytkl určité nedostatky výzvou ohledně dokumentace výzkumu a vývoje a byla provedena revize spisového materiálu, který měl zesnulý Ing. J. M.ve své kanceláři. Informace o osobě zesnulého Ing. J. M. a o tom, že měl mít u žalobce na starosti výzkum a vývoj, byla správci daně sdělena až při projednávání zprávy o DK. Pan M. je ve směrnici č. IV uveden jako osoba v hlavním pracovním poměru a rovněž jako jeden z jednatelů schvalující tuto směrnici. Jeho podpis však již zde chybí. V dalších směrnicích č. V až VIII jeho jméno již uvedeno není. Pan M. zemřel dle dostupných záznamů správce daně až dne 22. 1. 2016, tedy až po vydání všech předložených směrnic. Pokud by byly směrnice nad všechny pochybnosti uznány správcem daně a poté žalovaným jako platné, z celé věci by logicky vyplývalo, že agendu týkající se výzkumu a vývoje museli již za života pana M. převzít další jednatelé žalobce, Ing. J. Č. aj.D.r, kteří jsou ve směrnicích č. V až VIII uvedeni jako jejich jediní schvalovatelé. Pan M. by tak nebyl jediný, kdo o směrnicích mohl vědět, byť je mohl mít právě on uloženy ve své kanceláři. Dle žalovaného je proto s podivem, že směrnice, pokud skutečně nebyly vypracovány dodatečně, nebyly panem D., který se účastnil zahájení daňové kontroly, nikterak zmíněny. Žalovaný dodal, že v jednotlivých směrnicích jsou uvedeny projekty, kterých se týkají, nicméně v samotných projektech není o směrnicích žádná zmínka.

23. Věrohodnost předložených směrnic je tedy dle žalovaného zpochybněna jak vyjádřením žalobce o kompletnosti projektů při zahájení daňové kontroly, tak také jejich předložením až po vydání výzvy správcem daně. Dalším faktem zavdávajícím pochybnost o pravosti předložených směrnic je dále to, že je ve směrnicích doplněno prakticky jen to, co v projektech samotných chybí. Tvrzení žalobce o tom, že směrnice jsou nedílnou součástí projektů, proto nebylo prokázáno.

24. Žalobce reagoval na vyjádření žalovaného replikou, v níž namítl, že k úmrtí pana M. došlo před zahájením daňové kontroly. Vzhledem k výši obratu a objemu majetku spravovaného žalobcem lze považovat za přirozené, že po úmrtí jednatele se převzetí jím prováděných administrativních činností zbylými jednateli neobešlo bez potíží. Úvahy žalovaného o tom, že v době úmrtí pana M. mohli o existenci směrnic vědět, jsou proto spekulativní. Také další pochybnosti ohledně věrohodnosti směrnic uváděné žalovaným jsou pouhými dohady. Například ze skutečnosti, že pan M. měl u žalobce na starosti oblast výzkumu a vývoje, nelze vyvozovat závěr, že jím musely být signovány všechny součásti projektové dokumentace.

25. Žalobce dále trvá na tom, že správce daně mu nesdělil kvalifikovanou výzvou pochybnosti ohledně věrohodnosti předložených vnitropodnikových směrnic. Výzva k prokázání skutečností ze dne 2. 11. 2017 nemůže obsahovat takové pochybnosti již jen proto, že žalobce předložil předmětné směrnice správci daně až coby součást odpovědi na uvedenou výzvu. Podle žalobce je přitom nepřípustné, aby byl daňový subjekt seznámen s pochybnostmi správce daně, které se následně stanou důvodem pro doměření daně, až v závěru daňové kontroly, při seznámení s výsledkem kontrolního zjištění. Správce daně takovým postupem „podlamuje možnost daňového subjektu unést jeho důkazní břemeno“.

26. Podle názoru žalobce lze existenci pochybností ohledně doby vzniku vnitropodnikových směrnic výzkumu a vývoje předložených žalobcem vyvrátit či potvrdit pouze na základě dalšího dokazování. Žalobce proto navrhl, aby byly za tímto účelem v řízení před soudem provedeny důkazy výslechem následujících svědků: J. D. (jednatel žalobce), Ing. J. Č. (bývalý jednatel žalobce), A. C. (externí účetní žalobce, která poskytovala konzultace zesnulému panu M. při zpracování podkladů pro uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj).

IV. Ústní jednání

27. Během jednání konaného dne 12. 5. 2021 zástupce žalobce shrnul obsah žaloby. Zdůraznil, že správce daně rozhodl v rozporu se zásadou ochrany legitimního očekávání. Žalobce je dlouhodobě fungujícím průmyslovým podnikem, dlouhodobě se věnuje také výzkumu a vývoji. Správce daně u něj v minulosti prověřoval uplatněné odpočty na výzkum a vývoj a nevytkl mu žádné vady v jeho postupu, žalobce byl proto názoru, že je uplatňuje řádně. Tím byla založena ustálená rozhodovací praxe správního orgánu, s níž je žalobou napadené rozhodnutí v rozporu. K rozložení důkazního břemene zástupce žalobce uvedl, že u žalobce došlo nešťastnou shodou okolností k úmrtí jednoho z jednatelů, a to zrovna jednatele, který měl na starosti vedení výzkumu a vývoje. V důsledku toho žalobce nepředložil správci daně veškeré materiály týkající se výzkumu a vývoje najednou, vnitropodnikové směrnice doložil až v průběhu daňové kontroly. Z toho ale nelze dovozovat, že předmětné směrnice byly zhotoveny dodatečně. Žalobce nesouhlasí také s požadavky kladenými finančními orgány na projekty výzkumu a vývoje, zejména požadavky na vymezení předmětu jednotlivých projektů považuje za nesplnitelné. Pověřený pracovník žalovaného odkázal na žalobou napadené rozhodnutí a na nejnovější judikaturu Nejvyššího správního soudu (rozsudky ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 – 52, a ze dne 4. 11. 2020, č. j. 1 Afs 270/2020 – 26). Konstatoval, že Nejvyšší správní soud zde potvrdil právní závěry, k nimž žalovaný v napadeném rozhodnutí dospěl. Zástupce žalobce poté k dotazu soudu sdělil, že navrhuje, aby bylo doplněno dokazování o listiny, které v žalobě označil v souvislosti s námitkou týkající se zásady ochrany legitimního očekávání (viz výše bod 4 rozsudku). Zároveň požádal soud o stanovení lhůty k jejich dodatečnému doložení. Soud této žádosti vyhověl, uložil žalobci, aby předmětné listiny doložil do tří dnů, a odročil jednání na 19. 5. 2021.

28. Žalobce poté zaslal soudu jednak listiny vyjmenované výše v bodě 4 rozsudku, jednak další související listiny (protokol o ústním jednání ze dne 21. 12. 2011, č. j. 445973/11/228603603603571, a reakci žalobce na dotazy správce daně zachycené v uvedeném protokolu ze dne 19. 1. 2012). Během jednání konaného dne 19. 5. 2021 soud konstatoval podstatný obsah všech těchto listin. Zástupce žalobce k nim uvedl, že z reakce žalobce na dotazy správce daně ze dne 19. 1. 2012 vyplývá, že v projektech výzkumu a vývoje prověřovaných v minulosti správcem daně byly cíle jednotlivých projektů formulovány obdobným způsobem, jako v nyní posuzovaných případech. Přístup správce daně při hodnocení projektů se však „z ničeho nic“ zásadně změnil. Pověřený pracovník žalovaného k tomu konstatoval, že rozhodovací praxe finančních orgánů reflektovala vývoj judikatury, která přibližně od roku 2014 klade velký důraz právě na formální náležitosti projektů výzkumu a vývoje. Zástupce žalobce na to reagoval námitkou, že předmětná judikatura se zformovala až poté, co žalobce sepsal posuzované projekty výzkumu a vývoje. Závěrem uvedl, že žalovaný zahájil „frontové tažení“ proti všem osobám, které uplatňovaly odpočet na výzkum a vývoj, „masivním“ způsobem potírá projekty výzkumu a vývoje a snaží se i na drobných formálních pochybeních odebrat příslušnou daňovou výhodu subjektům, které se snaží posunout vědění ve svém oboru vpřed. Žalovaný dokonce „nemravnými odměnami“ pobízel pracovníky finančních úřadů, aby doměrky v těchto případech byly co nejvyšší. Dle žalobce se jedná o systémově nesprávný přístup a „predační“ způsob výběru daní.

V. Posouzení věci krajským soudem

29. Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v rozsahu žalobních námitek v řízení podle části třetí hlavy druhé dílu prvního soudního řádu správního.

30. Jádrem sporu v této věci je otázka, zda žalobce splnil formální náležitosti stanovené zákonem pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje.

31. Z předloženého daňového spisu vyplývá, že v projektech výzkumu a vývoje předložených žalobcem při zahájení daňové kontroly dne 27. 9. 2017 absentují některé základní zákonné náležitosti. Správce daně konstatoval, že projekt V01 neuvádí předpokládané náklady na řešení v jednotlivých letech řešení projektu, formu pracovněprávního vztahu u osob odborně zajišťujících řešení projektu a způsob kontroly a hodnocení řešení projektu. Ve vztahu k projektu V02 správce daně zjistil, že projekt neuvádí formu pracovněprávního vztahu u osob odborně zajišťujících řešení projektu a způsob kontroly a hodnocení řešení projektu. V případě projektu V03 pak správce daně konstatoval totožné nedostatky jako u projektu V01, navíc shledal, že v projektu není dostatečně popsán jeho cíl, neboť neuvádí, jakou principiální změnu přináší pec, která měla být předmětem vývoje daného projektu.

32. Správce daně vytkl žalobci uvedené nedostatky ve výzvě ze dne 2. 11. 2017. V reakci na danou výzvu žalobce předložil správci daně vnitropodnikové směrnice s tím, že tyto směrnice obsahují cíle projektů, náklady na řešení projektů v jednotlivých letech, jmenovité seznamy pracovníků v hlavním pracovním poměru a způsob kontroly řešení projektů. Podle žalobce jsou předmětné vnitropodnikové směrnice nedílnou součástí projektů.

33. Správce daně však považoval za nevěrohodné tvrzení žalobce, že předmětné směrnice byly vypracovány již před zahájením řešení jednotlivých projektů a že tvořily jejich nedílnou součást. Poukázal na skutečnost, že projekty nijak nezmiňují existenci dalších listin, které by je doplňovaly nebo byly jejich součástí. Sám žalobce navíc dne 27. 9. 2017 uvedl, že předložené projekty jsou kompletní a v konečné podobě. Teprve následně, poté, co mu správce daně vytkl jejich nedostatky, žalobce předložil také vnitropodnikové směrnice. Správce daně také zjistil nesrovnalosti mezi údaji uvedenými v projektech a ve směrnicích. Například projekt V01 ze dne 28. 1. 2013 stanovil celkové předpokládané náklady ve výši 4 800 000 Kč, směrnice č. IV s uvedeným datem 23. 1. 2013 stanovila celkové předpokládané náklady daného projektu ve výši 9 800 000 Kč. Dodatkem č. 1 ze dne 20. 5. 2014 sice byla přehodnocena výše předpokládaných celkových nákladů projektu na částku 8 360 000 Kč, avšak směrnice č. V s uvedeným datem 18. 12. 2013 a směrnice č. VI s uvedeným datem 17. 12. 2014 nadále stanovily náklady ve stejné výši jako směrnice č. IV. Obdobné nesrovnalosti byly zjištěny také u projektu V02 a směrnice č. VII. Projekt V02 ze dne 6. 1. 2016 stanovuje celkové předpokládané náklady ve výši 5 500 000 Kč a dobu řešení projektu od 6. 1. do 30. 9. 2016. Směrnice č. VII s uvedeným datem 5. 1. 2006 stanovila výši celkových předpokládaných nákladů ve výši 6 500 000 Kč a dobu řešení projektu od 6. 1. 2016 do 30. 6. 2017.

34. Během projednávání zprávy o daňové kontrole žalobce správci daně sdělil, že výzkum a vývoj u něj měl na starosti nyní již zesnulý Ing. J. M.. K dodatečnému předložení vnitropodnikových směrnic tak došlo z toho důvodu, že byly uloženy v kanceláři J. M. a žalobce teprve dodatečně zjistil jejich existenci. Správce daně ani na základě tohoto vysvětlení nezměnil své závěry, které následně aproboval i žalovaný. Ten v napadeném rozhodnutí k odvolacím námitkám týkajícím se vnitropodnikových směrnic uvedl, že J. M. byl zmíněn jako jeden z jednatelů schvalující tuto směrnici pouze ve směrnici č. IV. V dalších směrnicích (směrnice č. V až VIII) však již jeho jméno není uvedeno, jako jejich jediní schvalovatelé jsou zde uvedeni další jednatelé společnosti Ing. J. Č. a pan J. D.. Žalovaný proto konstatoval, že pokud by směrnice uznal jako platné, z celé věci by logicky vyplývalo, že agendu týkající se výzkumu a vývoje museli již za života J. M. (který zemřel dne 22. 1. 2016, tedy až poté, co měly být všechny směrnice vydány) převzít další jednatelé žalobce. J. M. by tak nebyl jediný, kdo o směrnicích mohl vědět, byť je mohl mít právě on uloženy ve své kanceláři. Žalovanému se tak jeví jako vysoce nepravděpodobné, že J. D. nebo A. C. (smluvní účetní) nevěděli o tom, že projekty jsou tvořeny i směrnicemi. Pokud směrnice skutečně existovaly již v době zahájení daňové kontroly, měli na to správce daně upozornit již v daný moment, např. podáním informace, že zbývající materiály budou doplněny. Skutečnost, že tak neučinili, dle žalovaného svědčí o tom, že směrnice byly vypracovány až dodatečně, s cílem zhojit chybějící náležitosti předložených projektů.

35. Žalovaný tedy potvrdil stanovisko správce daně, že dodatečně předložené směrnice nemohou odstranit chybějící náležitosti jednotlivých projektů. Tvrzení žalobce, podle nějž směrnice jsou nedílnou součástí projektů, žalovaný považoval za neprokázané.

36. Žalovaný dále konstatoval, že i kdyby směrnice byly uznány jako nedílná součást projektů předložených při zahájení daňové kontroly, způsoby kontroly hodnocení a postupu řešení projektů v nich obsažené by nemohly být uznány jako bezchybné splnění zákonem požadované formální náležitosti. Podle směrnic měla kontrola provádění jednotlivých projektů probíhat průběžně ve třech úrovních: (i) kontrola na úrovni parťáků, (ii) kontrola na úrovni mistrů, (iii) kontrola na úrovni vedoucího výroby. Také kontrola po elektrotechnické stránce měla probíhat průběžně a měl ji zajišťovat Ing. M. F.. Ve vztahu k projektu V02 bylo ve směrnici č. VII navíc uvedeno, že ve druhé fázi bude kontrola probíhat kontrolní montáží v Nizozemí u společnosti BVT. Žalovaný tedy považoval i toto vymezení způsobu kontroly a hodnocení řešení projektů za nedostatečné.

37. Při hodnocení závěrů finančních orgánů krajský soud vycházel z § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, podle nějž může poplatník uplatnit odpočet na podporu výzkumu a vývoje. Podstatou tohoto zvýhodnění je zavedení zvláštní položky odčitatelné od základu daně, a to ve výši nákladů (výdajů), které poplatník v rámci svých aktivit v oblasti výzkumu a vývoje vynaložil. Dochází tak ke dvojímu uplatnění příslušných nákladů, neboť náklady vynaložené na výzkum a vývoj je možné uplatnit jako náklad ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů (náklad na dosažení, zajištění a udržení příjmů) a poté totožné náklady uplatnit ještě jednou jako odpočet na podporu výzkumu a vývoje (ve formě položky odčitatelné od základu daně).

38. Smyslem poskytnutí výhody daňovému subjektu spočívající ve dvojím uplatnění nákladů vynaložených na činnosti výzkumu a vývoje je podpora zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (vědecké ústavy), tak také podnikatelskými subjekty. Jak konstatoval Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018 – 41, úmyslem zákonodárce bylo „podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím tedy zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti. Není-li daňový subjekt schopen zajistit celý výzkumný a vývojový proces z vlastních (ať již materiálních či pracovních) zdrojů, nemůže využívat daňové zvýhodnění právě u těch činností, které sám nezajišťuje. Smyslem úpravy je stimulovat tyto osoby v investování tzv. rizikového kapitálu do výzkumu a vývoje, tedy vytváření podmínek pro výzkum a vývoj uvnitř podniku“ (viz také rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2011, č. j. 8 Afs 13/2011 – 81).

39. Z důvodu vysoké atraktivity uvedeného institutu pro daňové subjekty ovšem zákon zároveň předepisuje určité formální a materiální podmínky, které je třeba pro jeho úspěšné uplatnění splnit.

40. Hlavní formální podmínkou je vypracování tzv. projektu výzkumu a vývoje před zahájením řešení projektu. Zákon o daních z příjmů ve znění účinném do 31. 12. 2013 stanovil náležitosti projektu v § 34 odst. 5 (dnes jsou tyto náležitosti obdobně vymezeny v § 34c téhož zákona). Podle uvedeného ustanovení projekt výzkumu a vývoje musí obsahovat „zejména základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou obchodní firma nebo název poplatníka, jeho sídlo a identifikační číslo, bylo-li přiděleno, popřípadě jméno a příjmení poplatníka, je-li poplatník fyzickou osobou, místo jeho trvalého pobytu a místo podnikání, dobu řešení projektu (datum zahájení a datum ukončení řešení projektu), cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu, jména a příjmení osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, datum, místo, jméno a příjmení oprávněné osoby, která projekt schválila před zahájením jeho řešení; oprávněnou osobou se rozumí poplatník, je-li fyzickou osobou, nebo osoba vykonávající funkci statutárního orgánu poplatníka anebo osoba, která je členem statutárního orgánu poplatníka.“ 41. Nutno dodat, že nesplnění této formální podmínky je v judikatuře správních soudů hodnoceno jako dostatečný důvod pro nepřiznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Nejedná se o přepjatý formalismus, ale o nástroj k zabránění zneužívání uvedeného institutu (viz rozsudek krajského soudu ze dne 26. 8. 2013, č. j. 31 Af 80/2012 – 25, a rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014 – 56, ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016 – 20, a ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017 – 53).

42. Dále je třeba uvést, že v daňovém řízení je to primárně daňový subjekt, koho tíží důkazní břemeno. Podle § 92 odst. 3 daňového řádu je povinností daňového subjektu prokázat „všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v řádném daňovém tvrzení, dodatečném daňovém tvrzení a dalších podáních“. Jedná se o základní zásadu ovládající dokazování v daňovém řízení. Daňové řízení ovládáno zásadou vyšetřovací, nýbrž je založeno na prioritní povinnosti daňového subjektu dokazovat vše, co sám tvrdí. Podle § 92 odst. 4 daňového řádu dále platí, že „pokud to vyžaduje průběh řízení, může správce daně vyzvat daňový subjekt k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně, a to za předpokladu, že potřebné informace nelze získat z vlastní úřední evidence“. Správce daně podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu naopak prokazuje „skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem“. Prokáže-li správce daně v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu důvodné pochybnosti o tom, že ve vztahu k tvrzením uvedeným v daňovém přiznání je účetnictví daňového subjektu věrohodné, úplné, průkazné nebo správné, přesouvá se v takovém případě důkazní břemeno opět na daňový subjekt, který musí svými dalšími tvrzeními podloženými důkazy pochybnosti správce daně rozptýlit. V takovém případě je daňový subjekt i přes splnění své prvotní povinnosti povinen dle § 92 odst. 3 a 4 daňového řádu prokázat soulad svých tvrzení s faktickým uskutečněním sporného účetního případu doložením dalších důkazních prostředků, které by jeho tvrzení osvědčily (srov. přiměřeně rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007 – 119).

43. V nyní posuzované věci krajský soud považuje za nutné primárně určit, zda obstojí postup finančních orgánů, které při posuzování formálních podmínek žalobcem uplatněných odpočtů vycházely pouze z projektů předložených žalobcem v den zahájení daňové kontroly. Žalobce namítl, že bylo povinností správce daně a žalovaného zohlednit rovněž dodatečně předložené vnitropodnikové směrnice, které jsou nedílnou součástí projektů. Správce daně podle žalobce neunesl své důkazní břemeno, neboť neprokázal existenci závažných pochybností ohledně vnitropodnikových směrnic výzkumu a vývoje předložených žalobcem (ke shrnutí těchto námitek viz body 6-13 rozsudku).

44. Krajský soud dává žalobci za pravdu v tom, že projekt výzkumu a vývoje může být sepsán i na více listech či v několika dílčích materiálech, které mohou naplnit zákonem stanovené podmínky teprve ve svém komplexu. Zákon ani judikatura správních soudů skutečně nevylučují takový postup. Například v rozsudku ze dne 29. 11. 2013, č. j. 2 Afs 24/2012 – 34, Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že v daném případě nebylo nutné trvat na tom, aby projekt výzkumu a vývoje byl obsažen v jednotném dokumentu, jestliže některé náležitosti byly obsaženy v jiných dokumentech. Zároveň však NSS v citovaném rozsudku připustil, že posuzovaná věc byla „značně specifická“, neboť ustanovení § 34 odst. 5 bylo do zákona o daních z příjmů vloženo až v době, kdy daňový subjekt začínal s realizací první etapy předmětného projektu. Právě s ohledem na novou právní úpravu si byl vědom formálních deficitů projektu a snažil se je napravit prostřednictvím zařazení dalších dokumentů obsahujících nezbytné náležitosti.

45. V dalších svých rozhodnutích, v nichž se zabýval formou projektu výzkumu a vývoje, již proto Nejvyšší správní soud spíše akcentoval, že projekt výzkumu a vývoje by měl mít ideálně podobu jednoho uceleného dokumentu. Například v rozsudku ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014 – 56, NSS v bodě 42 uvedl, že „není úkolem správce daně a správních soudců, aby sami aktivně a teprve dodatečně propojovali jinak nesouvisející dokumenty a dovozovali z nich formální a obsahové náležitosti projektu“. Výše zmiňovaný charakter odpočtu nákladů na výzkum a vývoj (de facto dvojí odečet nákladů ze základu daně) totiž implikuje „zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti.“ Obdobně v rozsudku ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 – 52, Nejvyšší správní soud zdůraznil, že odpočet na podporu výzkumu a vývoje představuje nadstandardní benefit, po daňovém subjektu proto může být požadováno splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených. Zákon nemůže dle NSS kazuisticky domýšlet všechny možné formální náležitosti jakéhokoli písemného projektu výzkumu a vývoje. Záleží tak na každém daňovém subjektu, jak svůj písemný projekt pojme. Daňový subjekt ovšem musí být srozuměn s tím, že charakter odpočtu na podporu výzkumu a vývoje zvyšuje nároky kladené na něj při prokazování oprávněnosti uplatněného odpočtu (body 19 a 30-31 cit. rozsudku).

46. Jestliže tedy žalobce tvrdil, že nedílnou součástí v nynější věci posuzovaných projektů výzkumu a vývoje byly od počátku i další dokumenty (vnitropodnikové směrnice), pak po něm správce daně legitimně požadoval, aby toto své tvrzení prokázal. A to tím spíše, že pochybnosti správce o věrohodnosti uvedeného tvrzení vznikly i na základě dalších skutečností. Předně, žalobce při zahájení daňové kontroly předložil správci daně projekty výzkumu a vývoje s tím, že tyto projekty jsou kompletní a v konečné podobě. Teprve následně, poté, co mu správce daně vytkl jejich nedostatky, žalobce předložil také vnitropodnikové směrnice. Ze samotných projektů zároveň není patrná jejich provázanost s dalšími dokumenty, projekty nijak nezmiňují existenci dalších listin, které by je doplňovaly. Mezi údaji uvedenými v projektech a ve směrnicích také existují určité nesrovnalosti (v podrobnostech viz výše bod 33 rozsudku).

47. Krajský soud je přitom názoru, že se jedná o dostatečně závažné skutečnosti vzbuzující pochybnosti o věrohodnosti žalobcem dodatečně předložených vnitropodnikových směrnic. Soud souhlasí s hodnocením finančních orgánů, že výše shrnuté skutečnosti svědčí o účelovosti postupu žalobce, tedy dodatečného předložení těchto směrnic. Na uvedeném závěru nemůže nic změnit ani následné tvrzení žalobce, že k dodatečnému předložení vnitropodnikových směrnic došlo z důvodu úmrtí J. M., který měl u žalobce na starosti agendu výzkumu a vývoje. Věrohodnost daného vysvětlení přesvědčivě vyvrátil žalovaný, s jehož argumentací shrnutou v bodě 34 tohoto rozsudku se soud ztotožňuje a v podrobnostech na ni odkazuje.

48. Soud zároveň neshledal, že by správce daně postupoval nesprávně, jestliže své pochybnosti ohledně věrohodnosti (pravosti) vnitropodnikových směrnic žalobci nesdělil výzvou k prokázání skutečností vydanou na základě § 92 odst. 4 daňového řádu. Správce daně přenesl důkazní břemeno na žalobce již výzvou k prokázání skutečností ze dne 2. 11. 2017. V této výzvě uvedl, jaké vady vykazují žalobcem předložené projekty výzkumu a vývoje, a vyzval žalobce, aby předložil veškeré důkazní prostředky, které by dokazovaly, že uplatnil odpočet na podporu výzkumu a vývoje v souladu se zákonem. Žalobce následně předložil správci daně zmiňované směrnice, správce daně ale měl o jejich pravosti pochybnosti, které žalobci sdělil v rámci seznámení daňového subjektu s výsledkem kontrolního zjištění. Žalobce tak měl možnost na výhrady správce daně reagovat, což učinil ve vyjádření doručeném správci daně dne 15. 2. 2018. S argumentací obsaženou v tomto vyjádření se pak správce daně řádně vypořádal ve zprávě o daňové kontrole. S dalšími tvrzeními uplatněnými žalobcem až během projednání zprávy o daňové kontrole se řádně vypořádal žalovaný v napadeném rozhodnutí. Správce daně tedy nijak neporušil procesní práva žalobce v průběhu daňové kontroly. Žalobce měl dostatečný prostor k tomu, aby unesl své důkazní břemeno, což se mu ale nepodařilo.

49. K námitce žalobce, že správce daně nepřípustně omezil jeho právo na předkládání důkazních prostředků v průběhu daňové kontroly, krajský soud připomíná, že předložení vnitropodnikových směrnic až v průběhu daňové kontroly nebylo jediným důvodem, který vzbudil pochybnosti správce daně o jejich věrohodnosti. Nelze přisvědčit ani námitce žalobce, podle níž měl správce daně vést další dokazování za účelem ověření pravosti dotčených směrnic. Byl to žalobce, koho tížilo důkazní břemeno ohledně dané otázky, nikoliv správce daně. V této souvislosti soud podotýká, že neprovedl důkazy, které žalobce navrhl v replice k vyjádření žalovaného k žalobě, tj. výslech svědků J. D., Ing. J. Č. a A. C. (viz bod 26 rozsudku). Žalobci nic nebránilo v tom, aby tyto důkazy navrhl již v daňovém řízení, v němž jej tížilo důkazní břemeno. Soudy ve správním soudnictví sice mohou výjimečně doplňovat dokazování provedené ve správním řízení, není však jejich úkolem nahrazovat činnost správních orgánů.

50. Krajský soud tedy uzavírá, že finanční orgány nepochybily, jestliže vycházely toliko z projektů výzkumu a vývoje předložených žalobcem v den zahájení daňové kontroly. Žalobce neprokázal, že by vnitropodnikové směrnice byly jejich nedílnou součástí.

51. Tyto projekty pak zcela zjevně neobsahují některé základní náležitosti, které zákon o daních z příjmů předepisuje pro projekty výzkumu a vývoje. Projekty V01 a V03 neuvádí předpokládané náklady na řešení v jednotlivých letech řešení projektu. Žádný z projektů neuvádí formu pracovněprávního vztahu u osob odborně zajišťujících řešení projektu a způsob kontroly a hodnocení řešení projektu. V projektu V03 zároveň není dostatečně popsán jeho cíl.

52. Žalobce uplatnil konkrétní námitky ve vztahu k vymezení způsobu kontroly a hodnocení řešení projektů a k vymezení cílů výzkumu a vývoje, a to v části žaloby, v níž rozporuje výklad zákonných požadavků kladených na náležitosti projektu ze strany finančních orgánů.

53. Pokud jde o kontrolu a hodnocení řešení projektů, jednotlivé projekty k této problematice uvádí toliko následující: „Po skončení projektu bude na projekt zpracován oponentní posudek od nezávislé odborně způsobilé osoby, který zhodnotí dosažení cílů i účelnost vynaložených prostředků. Jedním z požadovaných výstupů úkolu je i možná průmyslově právní ochrana nových řešení.“ Krajský soud konstatuje, že takové vymezení, které je zcela obecné, nelze považovat za dostatečné. Jak výstižně uvedl Krajský soud v Brně v rozsudku ze dne 28. 2. 2018, č. j. 31 Af 35/2016 – 144, daňový subjekt by měl by mít u každého projektu „postaveno zcela najisto, jak bude následně hodnotit, zda a do jaké míry byl projekt úspěšný a jakým způsobem se pozitivně promítne do jeho hospodářské činnosti. Je proto zcela legitimní po něm požadovat, aby v písemném projektu předem jasně vymezil, jak konkrétně bude úspěšnost výzkumu a vývoje následně hodnotit. To v projednávané věci žalobkyně nesplnila. Na základě zcela obecné metodiky hodnocení, údajně použitelné pro jakýkoliv projekt výzkumu a vývoje, nelze určit, co by považovala za úspěšnou či neúspěšnou realizaci projektu.“ Žalobce v nyní posuzované věci těmto požadavkům zcela jistě nedostál.

54. Žalobce polemizuje především s výhradami, které měl žalovaný k vymezení kontroly a hodnocení řešení projektů obsažené ve vnitropodnikových směrnicích (viz výše body 16 a 17 tohoto rozsudku). Předmětné výhrady ale netvoří nosné důvody žalobou napadeného rozhodnutí, žalovaný je uvedl v podstatě obiter dictum. Krajský soud se ztotožnil se závěrem žalovaného, podle nějž předmětné směrnice nelze nepovažoval za součást žalobcem předložených projektů výzkumu a vývoje. Proto by bylo nadbytečné vyjadřovat se k tomu, zda by obstálo vymezení kontroly a hodnocení řešení projektů obsažené v těchto směrnicích.

55. Dále žalobce namítl, že lpění na co nejpřesnějším vymezení cíle činnosti výzkumu a vývoje popírá smysl právní úpravy, jejímž cílem je motivovat daňové subjekty k dané činnosti (viz výše bod 15). Krajský soud k této námitce uvádí, že povinností daňového subjektu je stanovit v projektu jeho „cíle, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení.“ Cílem výzkumné a vývojové činnosti musí být dosažení jedinečného řešení, které lze odlišit od běžné činnosti inovačního charakteru. Základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty (viz § 2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků). Z těchto důvodů je nutné formulovat cíl v projektu výzkumu a vývoje „dostatečně jasně, aby bylo zřejmé, v čem daňový subjekt spatřuje prvek novosti, resp. prvek odstranění technické nejistoty, v čem se řešení liší od současného stavu a jaký bude jeho přínos“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 10 Afs 77/2017 – 53).

56. Finanční orgány vytkly projektu V03, že v něm není dostatečně popsán jeho cíl, neboť neuvádí, jakou principiální změnu přináší pec, která měla být předmětem vývoje daného projektu. Krajský soud s uvedeným hodnocením projektu V03 souhlasí, stejně jako se závěrem, že takový projekt nesplňuje výše citované požadavky kladené judikaturou Nejvyššího správního soudu na vymezení cíle činnosti výzkumu a vývoje. Nelze přisvědčit argumentaci žalobce, podle níž jsou tyto požadavky z povahy věci nesplnitelné. Ostatně o opaku svědčí i skutečnost, že v projektech V01 a V02 jim dostál.

57. Žalobce také namítl, že správce daně rozhodl v rozporu se zásadou ochrany legitimního očekávání. Rozhodnutí správce daně dle žalobce představují zásadní změnu jeho dosavadního dlouhodobého a opakovaně potvrzeného výkladu zákonných podmínek pro uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj (viz body 3-5 rozsudku).

58. Podle judikatury Nejvyššího správního soudu je správní praxí zakládající legitimní očekávání „ustálená, jednotná a dlouhodobá činnost (příp. i nečinnost) orgánů veřejné správy, která opakovaně potvrzuje určitý výklad a použití právních předpisů. Takovou praxí je správní orgán vázán. Lze ji změnit, pokud je změna činěna do budoucna, dotčené subjekty mají možnost se s ní seznámit a je řádně odůvodněna závažnými okolnostmi“ (usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 21. 7. 2009, č. j. 6 Ads 88/2006 – 132).

59. Aby mohl ověřit, zda v nyní posuzovaném případě nedošlo k ustavení takové správní praxe, jež by byla způsobilá založit žalobci legitimní očekávání ve smyslu citované judikatury, krajský soud provedl dokazování listinami, které mu za tímto účelem žalobce předložil (viz body 27 a 28 rozsudku). Z těchto listin plyne, že správce daně u žalobce skutečně v minulosti prováděl šetření, v nichž se zabýval splněním zákonných podmínek odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Neplyne z nich ovšem, jaký byl přesný obsah projektů výzkumu a vývoje prověřovaných správcem daně v předchozích zdaňovacích obdobích. Nelze z nich tedy dovodit téměř žádné bližší závěry o možné správní praxi správce daně. Výjimkou je v tomto ohledu dokument založený na č. l. 58-59 soudního spisu, který zachycuje přípis zaslaný žalobcem správci daně dne 19. 1. 2012 v reakci na dotazy vznesené správcem daně během ústního jednání ze dne 21. 12. 2011 (zachycené v protokolu č. j. 445973/11/228603603603571). Žalobce zde cituje cíle jednotlivých projektů z projektů výzkumu a vývoje prověřovaných správcem daně v rámci daňové kontroly na daň z příjmů za zdaňovací období 2008. Z těchto citací je ovšem zřejmé, že všechny tyto projekty obsahovaly (kromě jiného) vymezení toho, jakou principiální změnu přináší (např. u prvního z popisovaných projektů: „Principielní změnou je pečení volných těst se sázením batonů na síťový pás u dvoutážové pece, což bylo u dosavadních pecí PPC a PPP problematické. Další jmenované vyvíjené prvky jsou konstruovány s ohledem na použití u dvouetážové pece. Další principielní změnou je navrhnout konstrukci pece pro pekárny s malou délkou výrobní haly“). Právě absenci tohoto prvku přitom správce daně vytkl žalobci v nyní posuzovaném případě. Z žalobcem předložených listin tedy neplyne, že by správce daně rozhodl v rozporu se zásadou ochrany legitimního očekávání.

60. Krajský soud dodává, že si je vědom problematické praxe finanční správy spočívající v přiznávání cílových odměn pracovníkům jednotlivých správců daně za doměření daně z příjmů v oblasti odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, na kterou odkazoval zástupce žalobce během soudního jednání (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018 – 113). V nyní posuzované věci však nic nenasvědčuje tomu, že by dotčené úřední osoby jednaly z jiných pohnutek než ve snaze o důsledné dodržování zákona o daních z příjmů. Požadavky, které správce daně a žalovaný kladli na žalobce, nijak nevybočují z mezí toho, co ve vztahu k relevantním ustanovením zákona upravujícím podmínky k uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje dovozuje konstantní judikatura správních soudů.

VI. Závěr a náklady řízení

61. Krajský soud z výše uvedených důvodů shledal, že námitky uplatněné žalobcem jsou nedůvodné. Jelikož v řízení nevyšly najevo ani žádné vady, k nimž musí přihlížet z úřední povinnosti, zamítl žalobu dle § 78 odst. 7 s. ř. s.

62. Výrok o nákladech řízení se opírá o ustanovení § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobce nemá právo na náhradu nákladů řízení, neboť ve věci neměl úspěch; žalovanému správnímu orgánu, kterému by jinak jakožto úspěšnému účastníku řízení právo na náhradu nákladů řízení příslušelo, náklady řízení nad rámec jeho běžné úřední činnosti nevznikly.