č. j. 31 Af 6/2018- 49

Rubrum

Krajský soud v Hradci Králové rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Magdaleny Ježkové a soudců JUDr. Jany Kábrtové a Mgr. Tomáše Blažka ve věci žalobce: HST TECHNOLOGIC, s. r. o., IČ 64257339 Zámecká 221, 543 01 Vrchlabí zastoupen: JUDr. Ondřejem Trubačem, Ph.D. LL.M., advokátem Klimentská 1216/46, 110 00 Praha 1 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství se sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno v řízení o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 28. listopadu 2017, č. j. 50759/17/5200-11435-711918, takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Žalobce se včas podanou žalobou domáhal zrušení rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství (dále jen „žalovaný” nebo „OFŘ”) ze dne 28. 11. 2018, č. j. 50759/17/5200-11435- 711918, kterým žalovaný změnil rozhodnutí Finančního úřadu pro Královehradecký kraj ze dne 13. 4. 2016, č. j. 682066/16/2714-50524-606117 tak, že se doměřená daň z příjmu ve výši 528 460 Kč mění na částku 151 810 Kč a rovněž se mění výše penále z částky 107 692 Kč na částku 30 362 Kč, dále rozhodnutí ze dne 11. 4. 2016, č. j. 682164/16/2714-50524-606117 se mění tak, že doměřená daň z příjmu ve výši 184 110 Kč se snižuje na částku 0 Kč a současně penále ve výši 36 822 Kč se mění na 0 Kč. Rozhodnutím ze dne 11. 4. 2016, č. j. 682213/16/2714- 50524-606117, doměřená daň ve výši 46 740 Kč se mění na 0 Kč a penále se z částky 9 348 Kč mění na 0 Kč.

2. Předmětem sporu je položka odčitatelná od základu daně ve smyslu ustanovení § 34 odst. 4 až 8 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP”), tj. výdajů (nákladů) vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje (dále jen „VaV”), kterou žalobce vykázal v rámci Tabulky F. b) Přílohy č. 1 II. oddílu daňových přiznání a uplatňoval jako odečet na ř. 242, což nebylo správcem daně akceptováno z důvodu neprokázání oprávněnosti této odčitatelné položky dle výše uvedených ustanovení ZDP.

II. Obsah žaloby:

3. Žalobce své podání rozčlenil do dvou žalobních bodů, a to nezákonné ukončení daňové kontroly a oddělená evidence výdajů u mzdových nákladů. Nezákonné ukončení daňové kontroly:

4. Žalobce v tomto bodě namítá, že nedošlo k řádnému ukončení daňové kontroly za zdaňovací období r. 2011. Uvádí, že § 88 odst. 4 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“) nestanovuje povinnost dostavit se k projednání zprávy, kdy ale daňový řád primárně počítá se součinností a dobrovolným splněním povinnosti. Obdobně pak i důvodovou zprávou je stanovena subsidiarita ustanovení § 88 odst. 5 daňového řádu.

5. Dle tvrzení žalobce je zřejmé, že zprávu chtěl po důkladném seznámení se s ní podepsat. Své tvrzení, že k takovému odmítnutí nedošlo, opírá žalobce i o skutečnost, že o dva týdny později vyzýval žalobce ke stanovení lhůty.

6. Při vycházení ze skutečnosti, že žalobce písemně informoval správce daně až po doručení zpráv a dodatečných platebních výměrů, žalovaný pominul, že v mezidobí nebyl k další komunikaci důvod a žalobce vyčkával určení termínu. Žalobce se naopak domáhal, aby k předání zprávy došlo přede dnem podpisu. Legitimitu takového postupu žalobce opírá o rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 7. 2005, sp. zn. 4 Afs 21/2004, dle kterého předáním nepodepsaného výtisku před projednáním zprávy nedochází k dualitě zpráv o daňové kontrole. Že je takový postup nejen v souladu se zákonem, ale i vyjádřením součinnosti, vyjádřil dle žalobce Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku ze dne 8. 2. 2007, sp. zn. 2 Afs 93/2006, kde říká: „Účelem projednání zprávy o daňové kontrole je, aby správce daně seznámil daňový subjekt se svými závěry týkajícími se kontrolního nálezu, výsledku a způsobu jeho zjištění, jakož i se svým stanoviskem k případným vyjádřením a návrhům daňového subjektu.” Žádost o zaslání zpráv prostřednictvím datové schránky tak nemůže být vnímána jako vzdání se postupu podle § 84 odst. 4 daňového řádu.

7. Formálně představuje projednání zprávy ústní jednání, o kterém je dle § 60 odst. 1 daňového řádu pořízen protokol. K doručení zprávy do vlastních rukou (tj. k postupu dle § 88 odst. 5 daňového řádu) může správce daně sáhnout až tehdy, když osobní účasti nemůže být dosaženo ani prostřednictví předvolání a pořádkové pokuty. V předmětné věci ale k žádnému stanovení data nedošlo, proto byla daňová kontrola ukončena v rozporu se zákonem.

8. K podpisu zprávy o daňové kontrole nakonec správce daně ani přikročit nemohl z důvodu nevyřízené stížnosti proti postupu správce daně, kdy dle § 261 odst. 4 daňového řádu je správce povinen vyřídit stížnost nejpozději do ukončení daňové kontroly. Zde žalobce odkázal i na komentář k daňovému řádu, který uvádí, že: „V opačném případě by vyřízení stížnosti po ukončení kontroly zbavovalo daňový subjekt možnosti na toto adekvátně v řízení reagovat, činilo by ze stížnosti fakticky neúčelný způsob obrany (když by na jakémkoli výsledku stejně nezáleželo, jelikož kontrola už by byla tak jako tak ukončena) a také by popíralo smysl výslovné povinnosti správce daně o stížnosti do ukončení daňové kontroly rozhodnout.” Napadené rozhodnutí je proto dle žalobce nezákonné. Oddělená evidence výdajů u mzdových nákladů:

9. Dle žalobce není pravdivé tvrzení žalovaného, že mzdové náklady nebyly vedeny pro jednotlivé projekty a účetní případy. Jak uvádí § 34 odst. 4 ZDP, musí být výdaje při realizaci projektů VaV evidovány odděleně od ostatních výdajů poplatníka. Rovněž z judikatury Nejvyššího správního soudu plyne, že evidence musí být vedena v takové podobě, aby umožnila oddělit náklady výzkumu a vývoje od ostatních nákladů a musí být patrný vztah na konkrétní projekt VaV.

10. Žalobcem byly předloženy celkové měsíční mzdové náklady VaV u každého pracovníka, členěné po jednotlivých projektech, přičemž již dříve byl správci daně poskytnut souhrn měsíčních výkazů pracovníka podílejícího se na VaV s uvedením počtu odpracovaných hodin. Tímto žalobce prokázal jak dobu, kterou každý z pracovníků na kterém z projektů odpracoval, tak i osobní náklady připadající na toho kterého pracovníka. Z uvedeného je proto nepochybné, že žalobcem byly mzdové náklady evidovány v souladu se zákonnými požadavky.

11. Pro úplnost žalobce uvádí, že podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, sp. zn. 9 Afs 144/2016, je povinnost oddělené evidence naplněna i tehdy, když daňový subjekt evidoval náklady paušálně podílem z veškerých osobních nákladů, kdy reálně takto uměle stanovený podíl zcela zřejmě nikdy nemohl vystihnout skutečně odpracovaný čas na projektech výzkumu a vývoje.

12. Z uvedených důvodů žalobce navrhuje, aby krajský soud zrušil výrok I. napadeného rozhodnutí a věc vrátil k dalšímu řízení. Rovněž se domáhá, aby žalovanému byla uložena povinnost nahradit náklady řízení.

III. Vyjádření žalovaného

13. Žalovaný ve svém vyjádření předeslal, že žalobní námitky v zásadě korespondují s námitkami, se kterými se vypořádal v rámci odvolacího řízení. Na závěrech učiněných v rámci rozhodnutí o odvolání žalovaný setrval a odkázal na odůvodnění tohoto rozhodnutí.

14. K námitce nezákonného ukončení daňové kontroly žalovaný uvedl, že jde o námitku zcela účelovou. Jak plyne z úředního záznamu ze dne 5. 4. 2016, č. j. 638596/16/2714-60565- 601275, byl žalobce kontaktován ohledně domluvy termínu k projednání zprávy. Ten však po zjištění, že se na výsledku kontrolního zjištění nic nemění, převzetí odmítl, proto bylo přistoupeno k postupu dle § 88 odst. 5 daňového řádu a zpráva byla zaslána prostřednictvím datové schránky. Skutečnost, že zprávu bude žalobce ochoten projednat až potom, co se s ní seznámí, začal tvrdit až poté, co mu byly zaslány dodatečné platební výměry, a to až 4 dny po jejich doručení. Žalovaný rovněž dodává, že zpráva byla žalobci doručena 5. 4. 2016, k doručení dodatečných platebních výměrů došlo až 13. 4. 2016. Žalobce však ani v této dodatečné době svůj postoj k projednání zprávy nezměnil a správce daně nekontaktoval. Skutečnost ohledně odmítnutí projednání zprávy a důvod jejího zaslání datovou zprávou uvedl správce daně také do vyrozumění ze dne 5. 4. 2016, č. j. 637819/16/2714-60565-601275. Na tuto písemnost ale žalobce nereagoval.

15. Žalobcem citované rozsudky žalovaný nezpochybňuje, nicméně uvádí, že se jejich závěry na projednávanou věc nevztahují, jelikož v předmětné věci žalobce zaslání zprávy nepožadoval, nýbrž její projednání odmítl. Uvedené judikáty však řeší situaci, kdy zpráva o daňové kontrole byla žalobci poskytnuta k seznámení. K námitce nevyřízené stížnosti pak žalovaný uvádí, že ve spisovém materiálu není žádná taková evidována. První stížnost byla vyřízena téměř rok před ukončením daňové kontroly, další dvě byly podány až po ukončení daňové kontroly a správce daně je následně shledal nepřípustnými.

16. Ohledně druhé žalobní námitky žalovaný především odkázal na body 67 - 75 odůvodnění napadeného rozhodnutí.

17. Žalovaný uvedl, že dle § 34 odst. 4 ZDP a v návaznosti na toto ustanovení i dle bodu 5. pokynu D-288, musí být náklady související s realizací VaV evidovány odděleně od ostatních výdajů, přičemž jaká metodika vedení evidence bude zvolena, je věcí poplatníka. Oddělené evidování materiálových nákladů správce daně nerozporoval. Naopak poukázal na nesplnění oddělené evidence ve vztahu k mzdovým nákladům.

18. Z dokumentace, kterou žalobce předložil na podporu svých tvrzení, nejsou zřejmé náklady na jednotlivé konkrétní projekty ani jednotlivé účetní případy. Žalovaný tedy dodává, že v případě mzdových nákladů žalobce jejich oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty nevedl a jednotlivé účetní případy nezajistil ani jiným možným způsobem. Pro podporu svého tvrzení žalovaný odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016-51.

19. U žalovaného došlo ke změně právního názoru, když částečně akceptoval žalobcem doložený důkazní materiál, nicméně v případě mzdových nákladů nebyla doložena jejich oddělené evidence. Dodatečně dodanou evidenci pak nelze akceptovat, jelikož žalobce sám uvedl, že bude vycházet z údajů a dokumentů, které byly předloženy již dříve. Dle žalovaného však měly být mzdové náklady evidovány odděleně již při realizaci projektů VaV. Tato měla být k dispozici již v příslušném zdaňovacím období, k tomu však nedošlo.

20. Žalovaný rovněž zdůraznil, že jednotlivé výdaje vynaložené na projekt VaV zahrnované do odpočtu musí být vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů ve smyslu § 24 ZDP, přičemž vedená evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti oprávněnosti použití § 34 odst. 4 a 5 ZDP s tím, že důkazní břemeno je na poplatníkovi.

21. Doloženou evidenci mzdových nákladů nepovažuje žalovaný za dostatečně průkaznou, neboť jde o doložení přehledů odpracovaných hodin a výpočtů výše mzdových nákladů pro účely VaV, ale nejedná se o komplexní evidenci, jakožto ucelený systém nákladů souvisejících výhradně s VaV. Žalovaný tak s odkazem na výše uvedený judikát neshledal předloženou evidenci jako úplnou. Žalovaný rovněž podotkl, že na nutnost vést oddělenou evidenci byl žalobce upozorněn již při daňové kontrole za zdaňovací období roku 2008. V ostatním odkázal žalovaný na odůvodnění napadeného rozhodnutí.

22. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu zamítl.

IV. Přezkoumání věci krajským soudem

23. Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v řízení podle části třetí hlavy druhé dílu prvního zákona č. 150/2002 Sb., s. ř. s., ve znění pozdějších předpisů (dále „s. ř. s.“) bez nařízení jednání, když žalobce i žalovaný vyslovili s tímto postupem souhlas. Po prostudování obsahu správního spisu v kontextu s žalobními námitkami pak usoudil následovně.

24. Z průběhu správního řízení je zřejmé, že daňová kontrola daně z příjmu právnických osob za zdaňovací období roku 2011 byla u žalobce zahájená dne 10. 12. 2014 a za zdaňovací období roku 2012 a 2013 dne 4. 6. 2015. Dne 24. 6. 2015 vyzval správce daně žalobce k prokázání, že uplatněný odpočet daně dle § 34 odst. 4 a 5 ZDP uplatnil ve správné výši. Žalobce na výzvu písemně reagoval dne 20. 10. 2015. Výsledky kontrolního zjištění byly žalobci následně zaslány do jeho datové schránky, a to dne 2. 1. 2016. Žalobce na takto zaslané písemnosti reagoval dne 23. 2. 2016 písemností nazvanou „Vyjádření k výsledkům kontrolního zjištění“, vyjádřil nesouhlas se závěry správce daně ohledně neuznání položky odčitatelné od základu daně na VaV a ke svému tvrzení doložil další důkazní prostředky. Dále je z průběhu správního řízení zřejmé, že na základě vyjádření žalobce nedošlo ke změně výsledku kontrolního zjištění, a proto správce daně přistoupil k projednání zprávy o daňové kontrole. Dne 5. 4. 2016 zaslal žalobci do datové schránky zprávu o výsledku daňové kontroly, když dospěl k závěru, že žalobce odmítl projednání zprávy při osobním jednání. Tato okolnost byla zachycena v úředním záznamu vytvořeném správcem daně dne 5. 4. 2016, tímto úkonem považoval správce daně zprávy za projednané a daňové kontroly za ukončené. V návaznosti na to pak zaslal žalobci dne 13. 4. 2016 dodatečné platební výměry. Dne 18. 4. 2016 byla správci daně doručena písemnost, v níž žalobce sdělil, že po prostudování zpráv o daňové kontrole je připraven je podepsat, když předtím vyjádří zásadní nesouhlas se závěry a s postupem správce daně. V reakci na tuto písemnost správce daně žalobci sdělil, k datu 2. 4. 2016, že již na základě výsledků daňových kontrol byly vydány dodatečné platební výměry, proti nimž může žalobce uplatnit řádný opravný prostředek. Na toto sdělení žalobce reagoval písemností ze dne 20. 4. 2016, v níž uvedl, že tvrzení správce daně o jeho odmítnutí projednání zpráv při osobním jednání je nepravdivé, neboť on správce daně informoval, že se chce se zprávami seznámit a žádá o jejich zaslání do datové schránky. Výslovně v telefonátu uvedl, že osobní projednání a podepsání zpráv neodmítá, o čemž se správce daně opakovaně pokusil učinit opačný závěr.

25. V průběhu daňové kontroly uplatnil žalobce 3 stížnosti proti postupu správce daně. V první z nich, podané dne 2. 4. 2015, označuje postup správce daně za šikanizující a zbytečně zatěžující. Tato byla jako nedůvodná zamítnuta. Další 2 stížnosti, ze dne 20. 4. a ze dne 26. 4. 2016, kterými bylo namítáno neukončení daňové kontroly a nezákonný postup správce daně, byly posouzeny jako nepřípustné.

26. Proti dodatečným platebním výměrům se žalobce odvolal, a to podáním ze dne 16. 5. 2016, které následně dále doplnil. V těchto podáních žalobce argumentoval, že poskytnuté důkazy prokazují splnění formálních podmínek dle § 34 odst. 4 ZDP. Dne 9. 10. 2017 bylo žalobci doručeno rozhodnutí žalovaného, ve kterém byl vyzván, aby se vyjádřil k dokazování provedenému žalovaným a ke změně právního názoru správce daně, ke kterému v rámci řízení dospěl odvolací orgán. Tímto rozhodnutím dal odvolací orgán žalobci zapravdu ohledně materiálových nákladů, ve vztahu ke mzdovým nákladům žalovaný konstatoval, že žalobcem nebyla vedena jejich oddělená evidence v členění na jednotlivé projekty.

27. Shora naznačený procesní postup žalovaného včetně ukončení daňové kontroly považuje žalobce s odkazem na ust. § 88 odst. 4 a 5 daňového řádu za nezákonný. Tomuto závěru nemohl krajský soud přisvědčit.

28. Z jednotlivých ustanovení daňového řádu, konkrétně ustanovení § 88 odst. 4 je patrné, že zprávu o daňové kontrole podepisuje kontrolovaný daňový subjekt a úřední osoba. Správce daně po podpisu předá stejnopis zprávy o daňové kontrole kontrolovanému daňovému subjektu. Podpisem zprávy o daňové kontrole je ukončeno její projednání, zpráva o daňové kontrole se považuje za oznámenou a současně ukončena daňová kontrola. Následné ustanovení, tedy § 88 odst. 5 zmíněného procesního předpisu pak upravuje situaci, kdy kontrolovaný daňový subjekt odmítne seznámit se se zprávou o daňové kontrole nebo ji projednat a nebo se jejímu projednání vyhýbá. V takovém případě je povinností správce daně doručit tuto zprávu daňovému subjektu do vlastních rukou, přičemž den doručení zprávy o daňové po kontrole představuje den jejího projednání a ukončení daňové kontroly.

29. Krajský soud tedy ve smyslu uplatněných žalobních námitek zkoumal, zda postup správce daně odpovídal požadavkům shora vzpomínaného ustanovení daňového řádu. K tomu z průběhu daňového řízení zjistil, že ve správním spise je založen úřední záznam ze dne 5. 4. 2016, č. j. 638596/16/2714-60565-601275, z něhož lze seznat, že žalobce byl správcem daně kontaktován ohledně domluvy termínu k projednání zpráv o daňových kontrolách daně z příjmů za zdaňovací období roku 2011, 2012 a 2013. V úředním záznamu je dále uvedeno, že žalobce však po zjištění, že se na výsledku kontrolních závěrů nic nemění, převzetí odmítl, proto správce daně zvolil postup dle § 88 odst. 5 daňového řádu, který zohledňuje nastalou situaci, a zprávy žalobci zaslal prostřednictvím datové schránky. Je tak zřejmé, že den doručení zpráv se pokládá ve smyslu uvedené právní úpravy za den jejich projednání a současně ukončení daňových kontrol. Postup správce daně odpovídal požadavkům daňového řádu na ukončení daňových kontrol a z obsahu správního spisu nevyplývá nic ve prospěch tvrzení žalobce uvedeného v podané žalobě, tedy že chtěl zprávu po důkladném seznámení podepsat. Pokud se žalobce začal domáhat projednání zpráv o daňových kontrolách až 4 dny poté, co mu byly zaslány dodatečné platební výměry, správce daně již nebyl povinen k takovému požadavku, s ohledem na shora uvedené, přihlédnout.

30. K otázce nevyřízené stížnosti před ukončením daňové kontroly krajský soud z průběhu daňového řízení zjistil, že žalobce podal stížnost, v níž označil postup správce daně za „šikanizující“ a zbytečně zatěžující dne 2. 4. 2015, stížnost byla správcem daně vyřízena k datu 28. 4. 2015, tedy v dostatečném předstihu před ukončením daňových kontrol. Další stížnost podaná k datu 20. 4. 2016 byla správcem daně důvodně posouzena dne 26. 4. 2016 jako nepřípustná, neboť byla podána až po ukončení předmětných daňových kontrol a námitky v ní uvedené tedy žalobce mohl uplatnit v odvolání proti dodatečným platebním výměrům. Poslední stížnost podal žalobce k datu 26. 4. 2016 a správcem daně byla opět posouzena jako nepřípustná z důvodů uvedených u předcházející stížnosti.

31. Na základě shora uvedených skutečností krajský soud konstatuje, žalobní námitku zpochybňující procesní postup správce daně při ukončení daňové kontroly tedy nelze považovat za důvodnou.

32. Dále se krajský soud zabýval žalobní námitkou dotýkající se oddělené evidence výdajů u mzdových nákladů, tedy otázkou aplikace ustanovení § 34 odst. 4 ZDP, dle něhož „Od základu daně lze odečíst 100 % výdajů (nákladů), které poplatník vynaložil v daném zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání při realizaci projektů výzkumu a vývoje, které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů návrhů technologií výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části a na certifikaci výsledků dosažených prostřednictvím projektů výzkumu a vývoje. Pokud vynaložené výdaje (náklady) souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje pouze zčásti, je možné od základu daně odečíst pouze tuto jejich část. Výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů poplatníka).“ Výkladem tohoto ustanovení lze jednoznačně přisvědčit názoru správce daně i žalovaného, že takto nastavené zákonné podmínky pro uplatnění výdajů v daném případě jasně vyžadují samostatnou evidenci oddělenou od ostatních výdajů poplatníka, a to s ohledem na řádně vedené účetnictví.

33. V návaznosti na uvedenou právní úpravu dále nelze odhlédnout od skutečnosti, že další postup stanovící podrobnější podmínky pro akceptaci odčitatelné položky obsahuje Pokyn Ministerstva financí ČR D-288 ze dne 3. 10. 2005, č. j. 15/96 003/2005 k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 ZDP. K jeho použití při výkladu jednotlivých ustanovení ZDP při projednávání věci lze konstatovat, že správce daně v souladu s judikaturou správních soudů využil metodiku tohoto pokynu, navzdory tomu, že se nejedná o právní předpis. Lze souhlasit s názorem žalovaného, že správní orgány mají povinnost se těmito pokyny řady D ve své právní praxi řídit a výjimkou z této zásady může být pouze ta skutečnost, že by se daná praxe neslučovala s obecně závaznými právními předpisy (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 1. 2013, č.j. 5 Afs 17/2012-25). Uvedený Pokynu D-288 uvádí, že poplatník je povinen vést o výdajích (nákladech), u kterých aplikuje ust. § 34 odst. 4 a 5 ZDP, oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a jednotlivé účetní případy. Tato evidence musí splňovat požadavek přehlednosti, prokazatelnosti a oprávněnosti použití ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona s tím, že důkazní břemeno je na poplatníkovi. Takto nastavené požadavky Pokynu jsou naprosto v souladu se zákonnými podmínkami stanovenými ust. § 34 odst. 5 ZDP.

34. Otázkou odděleného evidování nákladů vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje se zabýval ve své judikatuře i Nejvyšší správní soud. Ve svém rozsudku ze dne 12. 1. 2017, č.j. 9 Afs 144/2016-51 uvedl, že „Zákon o daních z příjmů v § 34 odst. 4 stanovuje, že výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektů výzkumu a vývoje musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Smysl oddělené evidence Nejvyšší správní soud spatřuje ve vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, t.j. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady).“ 35. V projednávané věci je zřejmé, že správce daně v průběhu daňové kontroly zjistil, že žalobce materiálové náklady na VaV účtoval na analytických účtech příslušných k jednotlivým projektům. Skutečnost, že materiálové náklady byly evidovány odděleně, tak správce daně nerozporoval, což uvedl také ve zprávách o daňových kontrolách. Poukázal u nich tedy pouze na nesplnění oddělené evidence ve vztahu ke mzdovým nákladům. V případě materiálových nákladů tak bylo zřejmé, že žalobce se zákonným ustanovením řídil a podmínku oddělené evidence výdajů (nákladů) ve vztahu k projektům VaV průkazným způsobem naplnil. Nastalé okolnosti pak způsobily, že žalovaný tuto skutečnost v odvolacím řízení zohlednil. V případě mzdových nákladů však takový závěr neučinil.

36. Jak dále vyplynulo z obsahu správního spisu, žalobce předložil správci daně v rámci kontroly tabulky, v nichž je uveden: celkový počet odpracovaných hodin, počet odpracovaných hodin na všech projektech VaV, měsíční osobní náklady a podle počtu odpracovaných hodin na všech projektech VaV je vypočtena poměrná část osobních nákladů vztahujících se k VaV. Hodnocením těchto důkazů přisvědčil krajský soud závěru žalovaného, že z takto předložených evidencí nejsou zřejmé náklady na jednotlivé konkrétní projekty ani na jednotlivé účetní případy. Žalobce tedy nepochybně v případě mzdových nákladů nevedl jejich oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a jednotlivé účetní případy a takovou evidenci nezajistil ani jiným možným způsobem. Žalobce tak nedostál požadavku stanovenému ve shora vzpomínaném Pokynu D-288, který vyžaduje, aby poplatník je povinen vést oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a na jednotlivé účetní případy. Tato evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti oprávněnosti použití ustanovení § 34 odst. 4 a 5 ZDP. Daná situace, tedy vyžaduje, aby žalobce účtoval s využitím analytických účtů tak, jak postupoval v případě materiálových nákladů.

37. V případě evidence vedené žalobcem tedy absentovala podrobnější informace o podrobnější členění výdajů, když žalobce doložil přehled odpracovaných hodin a výpočtů výše mzdových nákladů pro účely VaV, ale nedoložil komplexní evidenci jakožto ucelený systém nákladů souvisejících výhradně s výzkumem a vývojem. Je tedy nepochybné, že v případě mzdových nákladů nebyla žalobcem doložena jejich oddělená evidence. Lze rovněž přisvědčit žalovanému, že dodatečně dodanou evidenci pak nelze akceptovat, jelikož žalobce sám uvedl, že bude vycházet z údajů a dokumentů, které byly předloženy již dříve. V daném případě však bylo potřebné, aby mzdové náklady byly evidovány odděleně již při realizaci projektů VaV. Taková evidence měla být k dispozici již v příslušném zdaňovacím období, což se však v případě žalobce nestalo. Žalovaný tedy důvodně nepovažoval doloženou evidenci mzdových nákladů za dostatečně průkaznou, neboť se jednalo o doložení přehledu odpracovaných hodin a výpočtu výše mzdových nákladů pro účely VaV, ale nejednalo se o komplexní evidenci jakožto ucelený systém nákladů souvisejících výhradně s VaV.

38. Krajský soud nemohl ve světle shora uvedeného přisvědčit ani žalobní námitce, dle níž žalobcem provedená evidence osobních nákladů odpovídala požadavkům stanoveným Nejvyšším správním soudem ve shora uvedeném rozsudku ze dne 12. 1. 2017, č.j. 9 Afs 144/2016-51, kde tento soud k osobním nákladům uvedl, že „vyúčtování mzdových nákladů daných ustanoveným podílem pracovního úvazku věnovaného u určených zaměstnanců na realizaci projektu výzkumu a vývoje vyhovuje požadavku na evidování výdajů (nákladů), aby bylo dostatečně konkrétně patrno, jaký výdaj (náklad) se váže k projektu výzkumu a vývoje, a aby nemohlo dojít k jejich záměně s jinými výdaji (náklady) nesouvisejícími s realizací projektu výzkumu a vývoje. Je totiž zřejmé, že podíl je vztažen ve stanovené výši k veškerým mzdovým nákladům na konkrétního zaměstnance v jednotlivých měsících, tedy ke všem jednotlivým nákladům (výdajům) takto evidovaným v účetnictví.“ Nejvyšší správní soud připustil, že „I zde by mohla být evidence podrobnější, nicméně svůj účel, tedy nezaměnitelné přiřazení k jednotlivým nákladům, ve svých důsledcích splňuje.“ Tento názor krajský soud akceptuje, nicméně upozorňuje, že skutkové okolnosti v nyní projednávané věci nebyly identické s okolnostmi, které tvořily základ při rozhodování před Nejvyšším správním soudem. Z žalobcem předložených tabulek nebyly zřejmé mzdové náklady na jednotlivé konkrétní projekty ani jednotlivé účetní případy. V případě mzdových nákladů tedy žalobce jejich oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty nevedl, takže účel, jehož splnění Nejvyšší správní soud vyžadoval, tedy nezaměnitelné přiřazení k jednotlivým nákladům, nebyl v projednávané věci, na rozdíl od případu vedeného u Nejvyššího správního soudu pod sp. zn. 9 Afs 144/2016, naplněn. Žalobní námitka zpochybňující postup žalovaného při posouzení evidence mzdových nákladů je tedy nedůvodná.

39. Krajský soud z výše uvedených důvodů žalobu dle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.

40. Výrok o nákladech řízení se opírá o ustanovení § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobce nebyl ve věci úspěšný, právo na náhradu nákladů řízení mu proto nevzniklo. Ze spisu nevyplynulo, že by žalovanému náklady řízení nad rámec jeho běžné úřední činnosti vznikly.