č. j. 54 Af 25/2018- 67

Rubrum

Krajský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Jana Čížka a soudců JUDr. Bc. Kryštofa Horna a Mgr. Ing Lenky Bursíkové ve věci žalobkyně: Solitea, a.s., IČO: 01572377 se sídlem Drobného 555/49, Brno proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství se sídlem Masarykova 427/31, Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 5. 6. 2018, č. j. 24860/18/5200-11435-712083, takto:

Výrok

I. V řízení se namísto dosavadní žalobkyně, společnosti Byznys software, s. r. o., IČO: 18608001, pokračuje na straně žalující se společností Solitea, a.s., IČO: 01572377.

II. Rozhodnutí žalovaného ze dne 5. 6. 2018, č. j. 24860/18/5200-11435-712083, se ruší a věc se mu vrací k dalšímu řízení.

III. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení částku 15 342 Kč, a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozhodnutí.

IV. Žalobkyni se vrací zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč, a to ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozhodnutí.

Odůvodnění

Vymezení věci 1. Právní předchůdkyně žalobkyně, společnost Byznys software, s. r. o., IČO: 18608001 (dále jen „původní žalobkyně“) se žalobou podanou podle hlavy druhé, dílu prvního, části první zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), domáhala zrušení shora označeného rozhodnutí (dále jen „napadené rozhodnutí“), kterým žalovaný zamítl její odvolání a potvrdil dodatečné platební výměry Finančního úřadu pro Středočeský kraj (dále jen „správce daně“) ze dne 9. 5. 2017, č. j. 2653871/17/2120-50522-204023 (zdaňovací období roku 2012), č. j. 2653996/17/2120-50522-204023 (zdaňovací období roku 2013) a č. j. 2654238/17/2120-50522-204023 (zdaňovací období roku 2014), kterými správce daně žalobkyni podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění zákona 105/2016 Sb. (dále jen „zákon o daních z příjmů“) a § 147 a § 143 odst. 1 a 3 odst. 1 písm. a) zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, ve znění zákona č. 368/2016 Sb. (dále jen „daňový řád“) doměřil daň z příjmů právnických osob a současně žalobkyni předepsal penále dle § 251 daňového řádu (všechna uvedená rozhodnutí správce daně společně dále jen „platební výměry“).

2. Původní žalobkyně v žalobě předeslala, že v roce 2012 realizovala projekt vývoje nazvaný „Vývoj podnikových informačních systémů třídy BYZNYS“, v rámci kterého byl plánován výzkum a vývoj systému BYZNYS Win, BYZNYS VR a BYZNYS EVO. V rámci systému BYZNYS Win a BYZNYS VR byl plánován vývoj zcela nových aplikací a funkcionalit. V rámci systému BYZNYS EVO bylo naplánován vývoj zcela nového informačního systému. V letech 2013 a 2014 realizovala další projekt výzkumu a vývoje nazvaný „Vývoj podnikového informačního systému třídy BYZNYS“, který navazoval na předešlé vývojové činnosti a jehož cílem byl vývoj zcela nového systému BYZNYS EVO. Ve zdaňovacím období let 2012, 2013 a 2014 původní žalobkyně čerpala dvě dotace z Operačního programu Podnikání a inovace – ICT a strategické služby na projekt „Vývoj ERP pro 21 století“ (dále jen „první dotace“) a na projekt „Vývoj nových řešení“ (dále jen „druhá dotace“, společně s první dotací také jen „dotace“). Původní žalobkyně nijak nerozporovala skutková zjištění finančních orgánů kromě závěru, že v rámci dotací byl podpořen kompletní vývoj systému BYZNYS EVO. Vytýkala žalovanému nesprávné právní hodnocení. Procesní nástupnictví 3. Podle § 64 s. ř. s. nestanoví-li tento zákon jinak, použijí se pro řízení ve správním soudnictví přiměřeně ustanovení prvé a třetí části zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „o. s. ř.“). Podle § 103 o. s. ř. kdykoli za řízení přihlíží soud k tomu, zda jsou splněny podmínky, za nichž lze jednat ve věci (podmínky řízení).

4. Původní žalobkyně byla dne 1. 7. 2020 vymazána z obchodního rejstříku, neboť zanikla v důsledku fúze sloučením do nástupnické společnost Solitea, a.s., IČO: 01572377. Předtím došlo u původní žalobkyně k rozhodnému dni 1. 4. 2020 k rozdělení odštěpením se vznikem nové společnosti RentPoly, s. r. o., IČO: 09069488.

5. Podle § 107 odst. 1 o. s. ř. jestliže účastník ztratí po zahájení řízení způsobilost být účastníkem řízení dříve, než řízení bylo pravomocně skončeno, posoudí soud podle povahy věci, zda v řízení může pokračovat. Není-li možné v řízení ihned pokračovat, soud řízení přeruší. O tom, s kým bude v řízení pokračováno, soud rozhodne usnesením. Podle odst. 3 téhož ustanovení ztratí-li způsobilost být účastníkem řízení právnická osoba a umožňuje-li povaha věci pokračovat v řízení, jsou jejím procesním nástupcem, nestanoví-li zákon jinak, ti, kteří po zániku právnické osoby vstoupili do jejích práv a povinností, popřípadě ti, kteří po zániku právnické osoby převzali práva a povinnosti, o něž v řízení jde. Podle odst. 4 téhož ustanovení ten, kdo nastupuje do řízení na místo dosavadního účastníka řízení, musí přijmout stav řízení, jaký tu je v době jeho nástupu do řízení.

6. Podle § 240b odst. 1 daňového řádu dojde-li k přeměně právnické osoby rozdělením, aniž by bylo dostatečně zřejmé, v jakém rozsahu přechází daňová povinnost na její právní nástupce, určí právní nástupnictví ohledně daňových povinností správce daně; včas podané odvolání proti tomuto rozhodnutí má odkladný účinek.

7. Z bodů 8.1, 9.2. a 9.3. projektu rozdělení založeného ve sbírce listin obchodního rejstříku u společnosti RentPoly, s. r. o. vyplývá, že od žalobkyně odštěpovaným jměním byla tam specifikovaná nemovitá věc v k. ú. Příbram, přičemž projekt rozdělení výslovně uvádí, že další části jmění zůstávají původní žalobkyni. V projektu rozdělení není zmíněna žádná daňová pohledávka (byť dohadná či nejistá) vůči státu. Na nástupnickou společnost od původní žalobkyně nepřešli ani žádní zaměstnanci. Doměřená daň z příjmů právnických osob nesouvisí s nemovitostmi původní žalobkyně, nýbrž s jejím podnikem spočívajícím ve vývoji počítačových programů/systémů, přičemž spornou otázkou je uznatelnost mzdových nákladů souvisejících se zaměstnanci původní žalobkyně jakožto odečitatelné položky na realizaci projektu výzkumu a vývoje. Je tedy zcela zřejmé, že daňová povinnost, která je předmětem této žaloby, nepřešla na společnost RentPoly, s. r. o.

8. Podle § 61 odst. 1) zákona č. 125/2008 Sb., o přeměnách obchodních společností a družstev, ve znění zákona č. 298/2016 Sb. nástupnická společnost vstupuje do právního postavení zanikající společnosti, nestanoví-li zvláštní zákon něco jiného.

9. Soud proto rozhodl výrokem I. tohoto rozsudku o tom, že v řízení bude nadále místo původní žalobkyně pokračováno se společností Solitea, a.s., jakožto jejím univerzálním právním nástupcem.

10. Dále v odůvodnění soud pro stručnost označuje původní žalobkyni rovněž jen jako žalobkyni. Podmínky řízení a rozsah soudního přezkumu 11. Soud ověřil, že žaloba byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, po vyčerpání řádných opravných prostředků a splňuje všechny formální náležitosti na ni kladené. Jde tedy o žalobu věcně projednatelnou. Soud žalobu posoudil v rozsahu uplatněných žalobních bodů vycházeje ze skutkového a právního stavu ke dni vydání napadeného rozhodnutí (§ 75 odst. 1 a 2 s. ř. s.).

12. Soud o věci rozhodl bez jednání, neboť pro to byly splněny podmínky dle § 76 odst. 1 s. ř. s.

13. Dokazování soud neprováděl, neboť bylo možné rozhodnout toliko na základě obsahu správního spisu, který nevyžaduje provádění dokazování [např. rozsudek Nejvyššího správního soudu (dále jen „NSS“) ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008 - 117, č. 2383/2011 Sb. NSS] a na základě skutečností, které byly mezi účastníky nesporné (srov. § 120 odst. 3 o. s. ř., užitý na základě § 64 s. ř. s.). Skutková zjištění vyplývající ze správního spisu 14. Ze správního spisu soud zjistil, že dne 10. 12. 2015 provedl správce daně u žalobkyně místní šetření ve věci prověření nároku na odpočet za výzkum a vývoj za roky 2012-2014, při kterém žalobkyně předala správci daně oba výše citované projekty výzkumu a vývoje. Oba projekty obsahují technický popis charakteristik a funkcionalit daných systémů. Žalobkyně dále předala pro jednotlivá období evidenci mzdových nákladů s uvedením procenta, ve kterém se v jednotlivých měsících zaměstnanci podíleli na plnění projektů výzkumu a vývoje. Součástí předaných dokumentů byl i znalecký posudek znaleckého ústavu Deloitte Advisory s.r.o. ze dne 22. 8. 2013, který dochází k závěru, že činnosti obsahují ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty.

15. Dne 22. 2. 2016 žalobkyně při dalším místním šetření předala správci daně dokumenty k dotacím, a to konkrétně podrobnosti o mzdách zaměstnanců, rozhodnutí o přidělení dotace a protokol o kontrole správce daně ve věci první dotace, ve kterém je uvedeno, že cílem projektu bylo vytvoření nového oddělení pro vývoj nové verze systému BYZNYS EVO. Za tímto účelem bylo vytvořeno 20 pracovních míst. Převážnou většinu způsobilých nákladů tvořily náklady na mzdy včetně pojistného. Byl vytvořen tým 20 stávajících zaměstnanců, s nimiž byly uzavřeny nové pracovní smlouvy. Na jejich uvolněná místa společnost přijala nové zaměstnance. Další projektovou dokumentaci k dotacím zaslala žalobkyně správci daně na jeho žádost elektronickou poštou dne 24. 2. 2016.

16. Před zahájením daňové kontroly tedy správce daně měl k dispozici značné množství rozhodujících dokumentů vztahujících se k dotacím a procesu jejich přidělování a proplácení, včetně plných žádostí, podnikatelského záměru, studie proveditelnosti, rozhodnutí o přidělení dotací a jejich podmínek stejně jako oba projekty výzkumu a vývoje.

17. Dne 15. 6. 2016 zahájil správce daně u žalobkyně daňovou kontrolu v rozsahu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2012-2014, a to pouze v rozsahu uplatněných odpočtů na výzkum a vývoj.

18. Dne 23. 6. 2016 správce daně vyzval žalobkyni k prokázání oprávněnosti uplatněných odpočtů s tím, že na základě dokumentů poskytnutých správci daně (přičemž ze spisu se nepodává, že by nějaké dokumenty byly správci daně poskytnuty od zahájení daňové kontroly do vyhotovení této výzvy) vyplývá, že dotace a předložené projekty na výzkum a vývoj se týkají vývoje téhož systému BYZNYS EVO, neboť popis produktu se částečně shoduje s cíli projektů na výzkum a vývoj a období čerpání dotací se časově překrývá s obdobími, za něž byly uplatněny odpočty. Správce daně došel k závěru, že daňovým subjektem nebyly odpočty uplatněny v souladu se zákonem o daních z příjmů, neboť na tyto výdaje (náklady) byla minimálně z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.

19. Dne 25. 7. 2016 se žalobkyně vyjádřila a s poukazem na pokyn Ministerstva financí k jednotnému postupu při uplatňování uvedených ustanovení ze dne 3. 10. 2005, č. j. 15/96 003/2005 (dále jen „pokyn D-288“) předestřela obdobnou argumentaci ohledně přípustnosti paralelní podpory mzdových nákladů z dotací, kterou později uplatnila v žalobě. Předložila k tomu mimo jiné evidenci nákladů – jmenný seznam zaměstnanců a jejich mezd na jednotlivých dotacích a evidenci nákladů pro účely daňového odpočtu (s určením procenta, ve kterém se v daném měsíci jednotliví zaměstnanci podíleli na plnění projektu výzkumu a vývoje). Žalobkyně takto hodlala prokázat, že dotace, které obdržela, nebyly určeny na podporu vývoje systému BYZNES EVO, ale na podporu určité části mzdových nákladů, které byly celé vyčleněny a v odpočtech na výzkum a vývoj nebyly uplatněny.

20. Dne 10. 1. 2017 byla žalobkyně seznámena s výsledkem kontrolního zjištění, ve kterém správce daně zopakoval závěry z výše uvedené výzvy a dále zejména na základě porovnání technických popisů aplikací a cílů v dotačních dokumentech (plná žádost, studie proveditelnosti, zpráva o realizace, podmínky poskytnutí dotací, podnikatelský záměr) a projektech výzkumu a vývoje opětovně došel k závěru, že dotace a projekt výzkumu a vývoje podpořily též činnost, tedy vývoj systému BYZNYS EVO. Nelze přitom dle něj vycházet z čistě účetního rozdělování nákladů, nýbrž z pohledu skutečné vykonávaných aktivit. Správce daně proto zvýšil základy daně žalobkyně o částku, která odpovídá částkám uvedeným ve výzvě k prokázání oprávněnosti odpočtů.

21. Dne 9. 2. 2017 se žalobkyně vyjádřila k výsledku kontrolního zjištění. Za nespornou označila skutečnost, že projektová dokumentace k dotačním projektům se částečně shoduje s projekty výzkumu a vývoje. Dotace však byly poskytnuty na vytvoření pracovních míst. Na realizaci dotačního projektu se však nemuseli podílet jen zaměstnanci na nově vzniklých pracovních místech. Dále pak žalobkyně uvedla, že v rámci projektu výzkumu a vývoje nebyl vytvářen jen systém BYZNYS EVO, ale rovněž systémy BYZNYS Win a BYZNYS VR, které nikterak z dotací podpořeny nebyly. Dotace mohla být a byla čerpána výhradně na mzdové náklady spojené s pracovní činností zaměstnanců na nově vytvořených pracovních místech. Vedle toho se však na projektu výzkumu vývoje (zejm. v části systémů BYZNYS Win a BYZNYS VR) podíleli i zaměstnanci, kteří pracovali zčásti i na dotačním projektu a zaměstnanci, jejichž mzdové náklady nebyly z dotace nijak podpořeny. Žalobkyně poukázala na zápis z jednání Koordinačního výboru s Komorou daňových poradců ze dne 18. 11. 2014, příspěvek na téma Kombinace daňově odečitatelné položky na podporu výzkumu a vývoje a různých forem veřejné podpory (dále jen „zápis z Koordinačního výboru“), ve kterém je řešen příklad zaměstnance, jenž se podílí na projektu výzkumu a vývoje a vykazuje konkrétní mzdový náklad (z celkové mzdy např. 100 000 Kč) odpovídající času strávenému řešením projektu (např. 50 % pracovního času). Současně pracuje na projektu, který je podpořen z veřejných zdrojů, a to ve zbývající části mzdového nákladu příslušného zaměstnance v určitém rozsahu (např. rovněž 50 % nákladů vynaložených na zbývajících 50 % pracovního času zaměstnance). Dle navrženého řešení lze odčitatelnou položku na výzkum a vývoj uplatnit i přes podporu z veřejných zdrojů, a to v rozsahu 50 000 Kč, která nebyla podpořena z veřejných zdrojů. Dle žalobkyně s uvedeným řešením vyslovilo Generální finanční ředitelství souhlas s odvoláním na pokyn D-288. Žalobkyně tedy má za to, že je nutné při uplatnění odčitatelných položek na podporu výzkumu a vývoje vždy zkoumat relevantní části mzdy konkrétního zaměstnance, nikoliv mzdu zaměstnance jako celek. Časový souběh dotací a projektů výzkumu a vývoje přitom není relevantní. Dotací byly podpořeny mzdy jednotlivých zaměstnanců na základě žádosti o platbu, nebyly podpořeny mzdy podílově a ostatní náklady lze do odpočtů zahrnout.

22. Správce daně dne 3. 5. 2017 projednal s žalobkyní zprávu o daňové kontrole, ve které se vyjádřil k námitkám žalobkyně k výsledku kontrolního zjištění. Uvedl, že samostatný vznik pracovních míst žalobkyni nic nepřináší. Z odpovědi Ministerstva průmyslu a obchodu na dotaz správce daně vyplynulo, že dotační projekty se týkaly vývoje nadstavbových prvků k již existujícímu systému BYZNYS EVO a vývoj jeho nové verze. Není zřejmé, zda se jedná o nový celistvý produkt či jednotlivé moduly (vylepšení), pro přijatelnost dotace to není rozhodující. Správce daně tak setrval na názoru, že z dotace byl podpořen kompletní vývoj systému BYZNYS EVO. Nikde v projektové dokumentaci není uvedeno, že by byla podpořena jen část systému. Jelikož se cíle dotací a projektů výzkumu a vývoje shodují, došlo k porušení § 34, resp. § 34b zákona o daních z příjmů. K námitce žalobkyně, že v projektu výzkumu a vývoje byl rovněž uveden vývoj systémů BYZNYS Win a BYZNYS VR, které nebyly z dotace podpořeny, správce daně konstatoval, že náklady na tyto systémy nejsou v projektu ani účetnictví nikterak odděleny. Navíc je v projektu u těchto systémů uvedeno jen průběžné vylepšování a zdokonalování již funkčních systémů, které nezahrnují prvek novosti. Správce daně odmítl názor, že veřejná podpora jednoho nákladu nediskvalifikuje z odpočtu ostatní náklady. Má za to, že pokud je podpořen celý projekt, je podpořen podílově a každý jednotlivý náklad je podpořen a vyloučen z odpočtu. Ze stejného důvodu nelze použít žalobkyní zmiňovaný příklad ze zápisu z Koordinačního výboru, neboť ten se týká zaměstnanců pracujících na různých projektech sledujících různé cíle. Závěr o neoprávněném uplatnění není založen na časovém překryvu, je však zmiňován pro dokreslení. Veškerá původní kontrolní zjištění zůstala beze změny.

23. Správce daně následně dne 9. 5. 2017 vydal platební výměry, kterými doměřil daň a předepsal penále dle § 251 odst. 1 písm. a) daňového řádu a které byly odůvodněny zprávou o daňové kontrole. Proti nim žalobkyně podala odvolání na základě argumentů v podstatě totožných těm, které uvedla v žalobě.

24. Napadeným rozhodnutím žalovaný odvolání žalobkyně zamítl a platební výměry potvrdil. Ztotožnil se s důvody, pro které správce daně dospěl k závěru, že projekty výzkumu a vývoje směřují ke stejnému cíli jako dotace, tj. k vývoji kompletního systému BYZNYS EVO, přičemž uvedl i další argumenty, proč tomu tak dle něj je (srov. zejm. zmínky o obsahu podnikatelského záměru k dotacím v bodě 42 napadeného rozhodnutí). Dále uvedl, že žalobkyně uplatnila v rámci odpočtů na realizaci projektu výzkumu a vývoje toliko mzdové náklady. Jelikož byly mzdové náklady (avšak dle tvrzení žalobkyně na jiné – nově přijaté – zaměstnance) podpořeny také z dotace, vyhodnotil žalovaný, že došlo k porušení výše citovaných ustanovení zákona o daních z příjmů zapovídající odpočty v případě přijetí jiné veřejné podpory. Žalovaný odmítl argument, že náklady byly z dotace podpořeny individuálně, neboť z rozhodnutí o poskytnutí dotace vyplývá, že dotace byly určeny k pokrytí 50% způsobilých výdajů dotačních projektů, mezi které se řadily v podstatě všechny druhy výdajů (nákladů). Žalobkyně přitom vykázala na realizaci dotačních projektů (které se dle žalovaného týkaly vývoje nového systému třídy BYZNYS EVO, tedy totožného cíle jako měly projekty výzkumu a vývoje) mzdové náklady včetně pojistného a další náklady za nájemné, služby poradců, expertů a studie. Z výkazů práce žalovaný dospěl k závěru, že všichni zaměstnanci, jejichž mzdy byly podpořeny dotací, byli u žalobkyně s plným pracovním úvazkem na dotačních projektech. Všichni se tedy věnovali pouze vývoji nového systému třídy BYZNYS EVO. Ve chvíli, kdy byl tento systém vytvořen, došlo k podpoře celého tohoto projektu podílově. Správce daně se proto nezabýval správností rozdělení mzdových nákladů dle žalobkyní předložené evidence, neboť veškeré mzdové náklady vyhodnotil jako vztahující se k projektu částečně podpořenému dotací. Žalovaný k tomu jako odvolací orgán toliko poukázal na jisté nesrovnalosti v této evidenci (srov. bod 49 napadeného rozhodnutí). Dále žalovaný převzal argumentaci správce daně. Dodal, že druh výdaje „mzdy“ byl nesporně z veřejných zdrojů podpořen a dotace byla určena na kompletní vývoj softwaru, nikoliv na konkrétní výdaje. Vždy je dle žalovaného nutno sledovat účel dotace, resp. na co konkrétně mohou být výdaje použity. Uzavřel, že žalobkyně oprávněnost odpočtů neprokázala. K otázce penále žalovaný uvedl, že kontrola uplatnění odpočtů je složitý proces, přičemž mohla nastat situace, kdy k doměření daně nemuselo dojít nebo k němu mohlo dojít z jiných důvodů, než správce daně očekával.

25. Z rozhodnutí o poskytnutí první dotace ze dne 18. 8. 2011 a rozhodnutí o poskytnutí druhé dotace ze dne 12. 7. 2012 a souvisejících podmínek dotace (v obou případech srov. jejich hlavu I., články X. a XII. a hlavu II., článek I., body 1.5, 4.1 a 4.2), které jsou rovněž součástí správního spisu, plyne, že žalobkyně se zavázala vytvořit do 31. 12. 2013 celkem 20 nových pracovních míst, resp. do 28. 2. 2015 celkem 15 nových pracovních míst, přičemž vytvářením pracovních míst se míní čistý nárůst ročních pracovních jednotek, kterými se rozumí počet pracovníků na plný pracovní úvazek za období jednoho roku, přičemž u pracovníků, kteří se na realizaci projektu nepodílejí za 100% své pracovní doby se započítá zlomek roční pracovní jednotky. Jejich vytvoření nesmělo být doprovázeno souvztažným rušením těchto míst. Dotace na osobní náklady byla poskytována na hrubé mzdy zaměstnanců na nově vytvořených pracovních místech a povinné odvody zaměstnavatele na sociální zabezpečení, veřejné zdravotní pojištění a státní politiku zaměstnanosti, a to maximálně v rozsahu 50% způsobilých výdajů. Žalobkyně byla povinna prokázat, že tyto osobní náklady se vztahují k odborným pracovním místům vytvořeným v přímé souvislosti s realizací projektu. Obsah žaloby 26. Žalobkyně má za to, že napadené rozhodnutí je založeno na nesprávném výkladu ustanovení § 34b odst. 2 písm. a) zákona o daních z příjmu, resp. § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmu ve znění účinném do 31. 12. 2013. Odkazuje přitom na pokyn D-288. Uvádí, že rozhodující je dle ní vymezení nákladu, který lze uplatnit v rámci odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Z pokynu D-288 vyplývá, že za takový náklad má být považována příslušná část mezd nebo platů zaměstnanců, odpovídajících jejich úvazku na řešení projektu nebo se na projektu podílejících. Nákladem není myšlena mzda konkrétního zaměstnance jako celek, ale její část vynaložená ke konkrétnímu účelu. Žalobkyně v tomto směru znovu poukázala na zápis z Koordinačního výboru.

27. Žalobkyně předně uvádí, že dle ní vůbec nebyl projekt výzkumu a vývoje podpořen dotacemi, neboť jejich primárním cílem bylo posilování konkurenceschopnosti podnikatelského sektoru a zvyšování počtu kvalifikovaných pracovních míst (jejich počet byl také závazným ukazatelem u obou dotací). Oproti tomu cílem projektu výzkumu a vývoje je čistě vývoj software, který má prvky ocenitelné novosti. Části mzdových nákladů podpořené v rámci dotací žalobkyně neuplatnila jako odečitatelné položky na podporu výzkumu a vývoje. Zbývající mzdové náklady souvisejících s realizací projektu výzkumu a vývoje však jako odčitatelná položka na podporu výzkumu a vývoje měly být dle žalobkyně uznány.

28. I kdyby však platilo, že v rámci dotací byly podpořeny činnosti shodné s projektem výzkumu a vývoje, stále platí, že z těchto projektů nebyly související mzdové náklady podpořeny podílově, nýbrž individuálně. Tomu odpovídal i postup žalobkyně, která mzdové náklady dělila na části a evidovala zvlášť.

29. Z dotačních dokumentů přitom plyne, že mzdy jako způsobilý náklad nebyly v dotačních programech podpořeny podílově tak, že by veškeré mzdy byly v určitém podílu podpořeny dotací, ale jen v určitých částech, a to maximálně do výše 50 % způsobilých výdajů (způsobilým výdajem přitom byly v zásadě pouze mzdy nových zaměstnanců, což žalovaný nereflektuje v bodě 44 napadeného rozhodnutí, kde uvádí, že dotace mohly být užity na všechny druhy výdajů). Pokud se pracovník nepodílí na realizaci dotačního projektu ze 100%, je způsobilým výdajem poměrná část mzdy odpovídající podílu pracovního času pracovníka prokazatelně odpracovaného na projektu. Nelze zaměňovat situaci, kdy jsou způsobilé náklady z dotace hrazeny maximálně do určité výše (jako je tomu v případě žalobkyně), a kdy jsou veškeré náklady související s projektem hrazeny z určité části. Je totiž rozdíl mezi situací, kdy jsou nejprve vymezeny jen některé náklady jako způsobilé a poté je určeno, z jaké části budou maximálně podpořeny, a situací, kdy je určeno, v jaké přesně vyčíslené části (podílu) budou podpořeny všechny související náklady dotačního projektu. Jen druhá situace je podílovým financováním ve smyslu pokynu D-288, které vylučuje uplatnění odpočitatelných položek na výzkum a vývoj. Pro oprávněnost uplatnění odčitatelných položek na podporu výzkumu a vývoje v případě žalobkyně jsou rozhodující konkrétní podmínky dotačních projektů a typ dotace (zda jde o přímou podporu pracovního místa např. prostřednictvím nástrojů aktivní politiky zaměstnanosti, kdy jsou všechny náklady financovány podílově, nebo o podporu konkrétních nákladů, kdy jde o financování individuální), který byl žalobkyni přiznán. To však finanční orgány nezkoumaly.

30. Závěr finančních orgánů o tom, že dotace byla poskytnuta na kompletní vývoj systému BYZNYS EVO, je opřen jen o částečnou shodu slovního popisu produktu v dokumentaci vztahující se k žádosti o dotaci a v projektu výzkumu a vývoje. Smyslem dotační projektové dokumentace není ale popsat do naprostého detailu přesný průběh realizace projektu a veškeré dílčí či marginální činnosti, které budou v rámci projektu realizovány za účelem dosažení stanovených cílů, zejména pokud není žádáno o jejich podpoření dotací. Žalovaný a správce daně zcela ignorovali žalobkyní předložené důkazní prostředky, z nichž vyplývá, že v rámci projektu výzkumu a vývoje nazvaného „Vývoj podnikových informačních systémů třídy BYZNYS“ nebyl vyvíjen pouze systém BYZNYS EVO, ale také systémy BYZNYS Win a BYZNYS VR. I přes částečnou shodu slovního popisu vykonávaných činností se tedy v rámci dotačních projektů a projektu výzkumu a vývoje fakticky nejednalo o totožnou činnost. Přinejmenším vývoj systémů BYZNYS Win a BYZNYS VR nebyl ani z části podpořen z dotace, a proto náklady s ním související mohly být zcela zahrnuty do odpočtu dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Vedle zaměstnanců, jejichž mzdy byly podpořeny z prostředků dotace, a proto nebyly uplatňovány jako náklady vynaložené na projekt výzkumu a vývoje, se na projektu výzkumu a vývoje podíleli i zaměstnanci žalobkyně, kteří zčásti pracovali na dotačních projektech, a zčásti na projektu výzkumu a vývoje (zejména na vývoji systémů BYZNYS Win a BYZNYS VR), a také zaměstnanci, jejichž mzdové náklady nebyly z dotace vůbec nijak podpořeny.

31. Zaměstnanci, kteří se podílí na realizaci dotačního projektu, se mohou na jeho realizaci podílet i pouze částečně. To však neznamená, že se na realizaci dotačního projektu nemohou – vedle zaměstnanců, jejichž mzdové náklady jsou podpořeny dotací – podílet i jiní zaměstnanci příjemce dotace. Z tohoto důvodu se také k jednotlivým žádostem o platbu dotace dokládá podrobný rozpis mzdových nákladů na jednotlivé, jmenovitě určené zaměstnance, ve kterém je uveden i přesný rozsah hodin, které konkrétní zaměstnanec strávil prací na realizaci dotačního projektu. Veškeré takto vynaložené náklady, které byly byť jen z části podpořené dotací, nebyly vykázány v rámci odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Dotace je vyplacena na základě žádosti o platbu, kterou vypracuje sám příjemce dotace v mezích rozhodnutí, podmínek a dalších pravidel. Nedílnou součástí žádosti o platbu je i rozpis způsobilých výdajů za etapu. Dotací byly tedy v případě žalobkyně podpořeny mzdové náklady jednotlivých, jmenovitě určených zaměstnanců, uvedených v žádosti o platbu, nikoliv paušálně, resp. podílově veškeré mzdové nálady všech zaměstnanců, kteří se podíleli na dotačních projektech, popř. všech zaměstnanců žalobkyně. Samotná skutečnost, že se zaměstnanec podílí na realizaci dotačních projektů, tedy neznamená, že na jeho činnost (mzdové náklady) je poskytnuta dotace.

32. V tomto kontextu žalobkyně namítá, že závěr žalovaného spočívající v tom, že projekty byly z veřejných zdrojů financovány podílově, tj. každý jednotlivý náklad související s daným projektem z určené části financován z veřejných zdrojů, nemá oporu v provedeném dokazování, resp. nevyplývá ze zjištění o tom, že všichni zaměstnanci, na jejichž mzdové náklady byly čerpány finanční prostředky v rámci dotačního projektu, byli u žalobkyně zaměstnáni na hlavní pracovní poměr s plným pracovním úvazkem na dotačních projektech (srov. bod 45 napadeného rozhodnutí). Žalovaný zcela opomíjí výše uvedenou skutečnost, že vedle zaměstnanců, jejichž mzdy byly podpořeny z prostředků dotace, a proto nebyly uplatňovány jako náklady vynaložené na projekt výzkumu a vývoje, se na projektu výzkumu a vývoje podíleli i zaměstnanci žalobkyně, kteří zčásti pracovali na dotovaném projektu, a zčásti na projektu výzkumu a vývoje, a také zaměstnanci, jejichž mzdové náklady nebyly z dotace vůbec nijak podpořeny. Žalobkyně proto také nesouhlasí se závěrem, že z její strany předložené evidence mzdových nákladů nemají vazbu na konkrétní činnosti (výstupy), které jednotliví pracovníci realizovali, a nelze je tak „osvědčit“ za správné ani provést k důkazu. Poukázal-li žalovaný na jisté rozpory v evidencích, jde o drobná administrativní pochybení, která nejsou důvodem pro neuplatnění odpočtu jako celku, správce daně měl pouze v případě konkrétních pochybností z odpočtu vyjmout a nepřiznat ty náklady, které v důsledku administrativního pochybení byly uplatněny duplicitně.

33. Závěr finančních orgánů o tom, že dotace byla poskytnuta na kompletní vývoj systému BYZNYS EVO, finanční orgány zakládají také na tom, že období čerpání dotace se časově překrývá s obdobími, za něž byly uplatněny odpočty na podporu výzkumu a vývoje. To však žalobkyně nepovažuje za relevantní pro posouzení zákonnosti uplatnění odčitatelných položek. Časový souběh dotačních projektů a projektů výzkumu a vývoje není zákonem zakázán, a jeho existenci nelze proto klást žalobkyni k tíži.

34. Vedle výše uvedeného okruhu žalobních bodů žalobkyně namítla, že žalovaný postupoval nezákonně, pokud po provedení opakovaného místního šetření a po obdržení doplňujících podkladů od žalobkyně zahájil daňovou kontrolu, aniž by ji před tím vyzval k podání dodatečných daňových přiznání za kontrolovaná období ve smyslu ustanovení § 145 odst. 2 daňového řádu. Tím zároveň v rozporu s judikaturou a principy daňového řízení vystavil žalobkyni nutnosti čelit stanovené sankci v podobě penále dle § 251 daňového řádu. Vyjádření žalovaného a replika žalobkyně 35. Žalovaný ve vyjádření v žalobě uvedl, že se s žalobními námitkami vypořádal již v napadaném rozhodnutí, na jehož odůvodnění odkázal. Setrval na názoru o správnosti závěrů učiněných správcem daně o tom, že vývojové práce na projektech výzkumu a vývoje byly realizovány v rámci dotačních projektů. Z hodnocených důkazních prostředků jednoznačně vyplývá, že se žalobkyně zavázala v rámci dotačních projektů k vývoji nových modulů systémů třídy BYZNYS EVO a k vývoji jeho nadstavbových řešení. Dotace byly určeny k pokrytí max. 50 % způsobilých výdajů dotačních projektů a umožňovaly (podle pravidel způsobilosti výdajů) využít peněžní prostředky z přímé podpory na mzdové náklady v rámci nově vytvořených pracovních míst. Přímá podpora však explicitně souvisela s komplexním vývojem nové generace systémů třídy BYZNYS EVO, který je současně předmětem projektů výzkumu a vývoje. Žalovaný nesouhlasí s argumentací, že i kdyby platilo, že v rámci dotačních projektů byly podpořeny činnosti shodné s projekty výzkumu a vývoje, stále platí, že u těchto projektů nebyly mzdové náklady podpořeny podílově, nýbrž individuálně. Z výkazů práce je zřejmé, že všichni zaměstnanci, na jejichž mzdové náklady byly čerpány finanční prostředky v rámci dotace, byli u žalobkyně zaměstnáni na hlavní pracovní poměr s plným pracovním úvazkem na dotačních projektech a vykonávali stejné činnosti, které jsou popsané ve studii proveditelnosti a podnikatelském záměru obou dotací. Vzhledem k tomu, že v okamžiku, kdy byla vytvořena nová verze systému BYZNYS EVO, došlo k finanční podpoře z veřejných zdrojů tohoto dotačního projektu, tedy všech nákladů souvisejících s vývojem tohoto programu (do stanovené výše), lze podle názoru žalovaného konstatovat, že předmětné dotační projekty byly z veřejných zdrojů podpořeny podílově, neboť každý jednotlivý náklad související s daným projektem byl z určené části (50 %) financován z veřejných zdrojů. Z žalobkyní předložené evidence není zřejmé, jaké konkrétní činnosti (výstupy) byly jednotlivými zaměstnanci v rámci projektů výzkumu a vývoje realizovány, navíc jsou v nich zřejmé rozpory (srov. bod 49 napadeného rozhodnutí). Vznik pracovních míst jako takový nelze separovat. Skutečnost, že žalobkyně musela vynaložit i další výdaje nad rámec dotace však neznamená, že tyto výdaje lze zahrnout do odpočitatelné položky na výzkum a vývoj. Odkaz na zápis z Koordinačního výboru neshledává žalovaný přiléhavým, neboť citované závěry se týkají zaměstnance, který se podílí jak na projektu výzkumu a vývoje, tak na projektu, který je podpořen z veřejných zdrojů, přičemž předmět projektu výzkumu a vývoje je odlišný od projektu podpořeného dotací; v případě žalobkyně je však předmět projektů stejný. Částečná shoda projektové dokumentace k dotačním projektům s obsahem projektů výzkumu a vývoje byla pro posouzení uznatelnosti žalobkyní uplatněných odpočtů na výzkum a vývoj klíčovou indicií. Systémy (dle žalobkyně z dotace nepodpořené) BYZNYS Win a BYZNYS VR měly být vyvíjeny v rámci projektu výzkumu a vývoje realizovaného ve zdaňovacím období 2012, předpokládané výdaje (náklady) na řešení projektu výzkumu a vývoje nejsou rozděleny z hlediska jednotlivých vyvíjených systémů, avšak jsou stanoveny souhrnně za celý projekt výzkumu a vývoje. V projektu výzkumu a vývoje jsou uvedeni zaměstnanci, kteří měli řešení projektu výzkumu a vývoje zajišťovat, není však patrné, vývojem kterého systému by se tito jednotliví zaměstnanci měli zabývat. Žalobkyně předložila evidenci mzdových nákladů, avšak ani v této evidenci nebylo žádným způsobem rozlišeno, jaké osobní náklady měly být vynaloženy v souvislosti s vývojem systémů BYZNYS Win a BYZNYS VR, a které osobní náklady měly být vynaloženy v souvislosti s řešením vývoje systému BYZNYS EVO. Pokud žalobkyně tvrdí, že vývoj systémů BYZNYS Win a BYZNYS VR nebyl ani z části podpořen z dotace, tížilo ji důkazní břemeno, které neunesla, správce daně tedy k těmto výdajům (nákladům) přistupoval jako k celku. Stran námitky, že odčitatelnou položku nelze odmítnout pouze na základě časové souvislosti dotačních projektů a projektů výzkumu a vývoje žalovaný uvedl, že závěr správce daně není vystavěn pouze na skutečnosti, že dotační projekty a projekty výzkumu a vývoje se vzájemně časově překrývají; časová souběžnost byla toliko jednou z indicií.

36. K otázce penále a neučinění výzvy k podání dodatečného daňového přiznání žalovaný uvedl, že správce daně nemůže výzvu vydávat libovolně bez jakéhokoliv důvodu, aby pouze formálně prodloužil lhůtu, v níž je oprávněn prověřovat daňovou povinnost. Pro prodloužení lhůty ke stanovení daně musí mít správce daně věcné, nikoliv jen formální důvody. Ve výzvě proto musí objasnit důvody, na základě nichž mu vzniklo důvodné podezření, že dojde k doměření daně. Dle žalovaného je § 145 odst. 2 daňového řádu dispozitivní a dává správci daně pouhou možnost tohoto postupu využít, nikoliv povinnost. Správce daně nedisponoval před zahájením daňové kontroly dostatkem relevantních informací, na jejichž základě by existoval již před zahájením daňové kontroly důvodný předpoklad (resp. vyšší míra pravděpodobnosti) doměření daně, a nemohl vyzvat žalobkyni k podání dodatečných daňových tvrzení. Formulace výzvy k podání dodatečného přiznání (tzn. objasnění důvodů) by tak nebyla jednoznačná, neboť proces kontroly (revize) odčitatelné položky na projekty výzkumu a vývoje představuje poměrně složitou daňovou problematiku, a nelze vždy přijmout konečné skutkové či právní závěry pouze na základě místního šetření.

37. Žalobkyně v replice s poukazem na dotační podmínky zopakovala, že dotace je zaměřena na zvýšení počtu ročních pracovních jednotek, kterými se rozumí počet pracovníků zaměstnaných na plný pracovní úvazek za období jednoho roku, přičemž pracovníci, kteří se nepodílejí na projektu ze 100 % pracovního času, se započítávají zlomkem. Naproti tomu projekt výzkumu a vývoje byl zaměřen na výsledek. Nejde tedy o dvojí podporu téhož. Pokud jde o nezákonnost penále, žalovaný před zahájením daňové kontroly provedl místní šetření a měl k dispozici podklady od žalobkyně, které se předmětu kontroly úzce týkaly. Posouzení věci soudem Právní úprava 38. Jádrem projednávaného sporu je posouzení možnosti uplatnění odečitatelných položek na výzkum a vývoj za situace, kdy některé mzdové položky (strany se rozcházejí v tom, zda se dotčení zaměstnanci podíleli na totožném projektu či nikoliv) byly podpořeny rovněž z dotací.

39. Podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů ve znění účinném do 31. 12. 2013 platilo, že od základů daně lze odečíst 100 % výdajů (nákladů), které poplatník vynaložil v daném zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, při realizaci projektů výzkumu a vývoje (…). Pokud vynaložené výdaje (náklady) souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje pouze zčásti, je možné od základů daně odečíst pouze tuto jejich část. Výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Tento odpočet nelze uplatnit (mimo jiné) na ty výdaje (náklady), na které již byla i jen zčásti poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.

40. Podle § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů ve znění účinném k 1. 1. 2014 jsou výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které a) poplatník vynaložil při realizaci projektu výzkumu a vývoje (…), b) jsou výdaji (náklady) na dosažení zajištění a udržení příjmů a c) jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů). Podle odst. 2 písm. a) téhož ustanovení výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu nejsou (mimo jiné) výdaje (náklady), na něž byla byť jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů. Odst. 3 téhož ustanovení pak stanoví, že pokud výdaje (náklady) podle odstavce 1 souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje pouze zčásti, zahrnují se do výdajů vynaložených na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu pouze jejich poměrné části.

41. Ministerstvo financí vydalo k aplikaci uvedených ustanovení zákona o daních z příjmů pokyn D-288, který slouží k zajištění jednotného postupu při uplatňování těchto ustanovení tím, že správcům daně poskytuje návod k posuzování uplatněných odpočtů nákladů od základu daně za projekty výzkumu a vývoje. V reakci na novelizaci právní úpravy byl tento pokyn upraven Sdělením ze dne 3. 10. 2014, č. j. MF - 11384/2014/15. Předmětem tohoto návodu je mimo jiné právě i otázka posuzování „souběžné podpory“ z různých veřejných zdrojů.

42. Zmíněný pokyn je interní normativní instrukcí, která pro správce daně představuje pokyn nadřízeného orgánu vůči orgánu služebně podřízenému. Nejedná se tedy o obecně závazný předpis, kterým by soud při svém rozhodování byl vázán. Závazný je primárně pro správce daně, který je povinen se jím řídit (srov. rozsudky NSS ze dne 7. 9. 2012, č. j. 2 Afs 55/2012 - 24 a ze dne 27. 9. 2016, č. j. 1 Afs 174/2016 - 38). Pokyn D-288 tak lze na posouzení věci použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zákonem o daních z příjmů (srov. rozsudek NSS ze dne 25. 10. 2006, č. j. 8 Afs 3/2005 - 59).

43. Je patrné, že pokud jde o vyloučení výdajů (nákladů), na něž byla poskytnuta jiná veřejná podpora, tak se výše uvedená rozhodující ustanovení zákona o daních z příjmů v obou časových verzích shodují – nelze takto uplatnit výdaje (náklady), na něž již byla i jen zčásti poskytnuta. Jazykovým výkladem lze dojít k závěru, že zákonodárce nemínil vyloučit veškeré náklady vzniklé při realizaci projektu výzkumu a vývoje, který byl ve své části podpořen i z jiných veřejných zdrojů, ale jen jednotlivé nákladové položky, které byly takto podpořeny. Závěr, že dílčí podpora jiných položek z veřejných zdrojů nediskvalifikuje celý projekt výzkumu a vývoje, podporuje i samotné znění pokynu D-288.

44. Rozhodné pasáže pokynu D-288 cituje žalobkyně a žalovaný jejich znění nerozporuje. Uvedený pokyn v části 8. „Výdaje (náklady), na které byla byť jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů“ uvádí (zvýraznění a číslování odstavců doplněno soudem): „[i] Odpočet nelze uplatnit na ty výdaje (náklady) výzkumu a vývoje, na které byla i jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů. V případě, že projekty podporované z veřejných zdrojů, např. podle zákona o podpoře výzkumu a vývoje, jsou v souladu s tímto zákonem financovány podílově, tj. každý jednotlivý náklad související s daným projektem je z určené části financován z veřejných prostředků, je zřejmé, že veškeré takto podpořené náklady projektu je nutné při stanovení odpočtu od daně vyloučit. [ii] Dále je nutné při stanovení odpočtu vyloučit ty jednotlivé výdaje (náklady), které jsou sice zahrnuty v nepodpořených projektech výzkumu a vývoje, ale jsou podpořeny „samostatně“ z veřejných zdrojů, a to ve výši odpovídající tomuto jednotlivému výdaji. (…) [iv] Na náklady, na které již byla i jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů nelze uplatnit odpočet dle § 34 odst. 4 zákona. Pokud však byla poskytnuta podpora k nákladům, které se nevztahují k projektu výzkumu a vývoje (včetně mzdových prostředků nevztahujících se k projektu výzkumu a vývoje) nemá tato veřejná podpora (např. dotace od úřadu práce na úhradu mzdových nákladů, uplatněná sleva na dani podle §35a a §35b zákona o daních z příjmů) vliv na uplatnění odčitatelné položky dle § 34 odst. 4 a 5.“ 45. Pokyn výslovně zmiňuje jednotlivé položky a rozlišuje, zda byly podpořeny podílově (tedy že každá jednotlivá položka je financována např. v určitém konstantním procentním poměru z jiných veřejných zdrojů) nebo samostatně (tedy že některé jednotlivé položky z jiných veřejných zdrojů byť i částečně financovány jsou a některé nejsou).

46. V prvním citovaném odstavci pokyn vylučuje náklady projektů, které byly „paralelně“ podpořeny tak, že každý jejich jednotlivý náklad byl podpořen z jiných veřejných zdrojů. Ve druhém odstavci vylučuje u „nepodpořených“ (tedy nikoliv „plošně“ či „podílově“ podpořených) projektů náklady, které byly podpořeny samostatně. Ve čtvrtém odstavci pak pokyn (poněkud nadbytečně) uvádí, že jiná veřejná podpora, která se nevztahuje k projektu výzkumu a vývoje, nemá vliv na možnost odpočtu položek nákladů, které se projektu výzkumu a vývoje týkají. Vymezení nákladů 47. Z napadeného rozhodnutí (srov. zejm. bod 43) vyplývá, že žalobkyně uplatnila v rámci odpočtů na realizaci projektu výzkumu a vývoje toliko mzdové náklady, které správce daně odmítl jako celek. Žalobkyně přitom v rámci daňové kontroly uvedla, že uplatnila odečitatelné položky v rámci projektu výzkumu a vývoje jednak na mzdové náklady zaměstnanců, které z dotace nebyly podpořeny vůbec, a dále také na mzdové náklady, které sice byly dotací částečně podpořeny, avšak nikoliv v uplatněné části, která odpovídá rozsahu, ve kterém na dotačních projektech nepracovali. Je tedy nutno vymezit, jak široká část výdajů (nákladů) má být posuzována ve vztahu k tomu, zda na ní byla rovněž, byť i jen z části, poskytnuta veřejná podpora.

48. Soud má za to, že za situace, kdy právní úprava, jak je popsáno výše, vyžaduje individuální hodnocení jednotlivých položek nákladů a rovněž pokyn D-288 v části 5., písm. a), bodu druhém výslovně instruuje finanční orgány, aby za náklad považovaly příslušnou část mezd nebo platů zaměstnanců, odpovídající jejich úvazku na řešení projektu nebo se na projektu podílejících, nelze při uplatnění zásady in dubio pro mitius za jednotlivý náklad považovat mzdové náklady za zdaňovací období jako celek, ale je nutno posuzovat přípustnost uplatnění odpočtu výdaje (nákladu) na každou měsíční (srov. § 141 zákona č. 262/2006 Sb., zákoník práce, ve znění pozdějších předpisů) výplatu mzdy pro každého zaměstnance jednotlivě. Soud zohlednil i účel odečitatelných položek na výzkum a vývoj, kterým je, jak bude uvedeno níže, podpora zaměstnanosti kvalifikovaných pracovníků. Pokud by každá dílčí podpora měsíční mzdy zaměstnance znamenala diskvalifikaci veškerých mzdových nákladů na tohoto zaměstnance v průběhu celého projektu výzkumu a vývoje, pak by těžko tento institut mohl naplňovat svůj účel v podpoře zvyšování zaměstnanosti. Skutečnost, že byla mzda zaměstnance podpořena v jiném měsíčním období jinou veřejnou podporou, sama o sobě nevylučuje, aby byla v jiném měsíčním období uplatněna jako odpočet na projekt výzkumu a vývoje. Soud tedy uzavírá, že za posuzovaný „náklad“ je nutno považovat každou měsíční výplatu mzdy každého zaměstnance nebo její část v rozsahu, ve kterém se daný zaměstnanec v daném měsíci podílí na projektu výzkumu a vývoje. Souběh podpory 49. Zároveň však nelze přehlédnout jasný úmysl zákonodárce spočívající v jeho nevůli podpořit stejný výdaj paralelně odpočtem i jinou veřejnou podporou. Jak bylo demonstrováno výše, zákon o daních z příjmů a pokyn D-288 vycházejí z individuálního hodnocení každého jednotlivého nákladu. Není vyloučeno, aby některé náklady spadající do projektu výzkumu a vývoje byly podpořeny ve formě odpočtů a jiné byly podpořeny z jiných veřejných zdrojů. Právní úprava vylučuje pouze souběh obou typů podpor u jednotlivého nákladu. Přitom není vyloučeno ani to, že se určité náklady vztahují k realizaci výzkumu a vývoje jen částečně. Je tedy možné, aby mzdové náklady konkrétního zaměstnance byly v jednom výplatním období podpořeny jednou formou a v jiném období pak jinou formou. V obecné rovině by bylo možné i to, aby v rámci stejného výplatního období byla mzda jednoho zaměstnance podílejícího se na realizaci projektu výzkumu a vývoje podpořena odpočtem a v jiné části byla podpořena v rámci jiného projektu výzkumu a vývoje nebo i jiné veřejné podpory, která však nesleduje stejný účel. Soud je však toho názoru, že v rámci měsíčního období není možné mzdovým nákladům téhož zaměstnance přiznat podporu v podobě odpočtu tehdy, pokud jsou tytéž činnosti v rámci stejného měsíční období podpořeny z jiného veřejného zdroje, byť formálně v rámci jiného projektu, neboť by tím byl zcela popřen v úvodu tohoto odstavce popsaný úmysl zákonodárce. Účel obou typů podpory 50. Soud se tedy musel zabývat otázkou, jaký je účel obou typů podpory v projednávaném případu. První typ směřuje k podpoře aktivit, které poplatník vyvíjí v rámci výzkumu a vývoje. Podstatou zvýhodnění zavedeného výše citovanými klíčovými ustanoveními daňového řádu je zavedení zvláštní položky odčitatelné od základu daně, a to ve výši nákladů (respektive výdajů), které poplatník v rámci svých aktivit v oblasti výzkumu a vývoje vynaložil; dochází tak de facto ke dvojímu uplatnění příslušných nákladů. Náklady vynaložené na výzkum a vývoj je možné uplatnit jako náklad ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů (náklad na dosažení, zajištění a udržení příjmů) a poté totožné náklady uplatnit ještě jednou jako odpočet na podporu výzkumu a vývoje, tj. ve formě položky odčitatelné od základu daně. Jak NSS dříve vyložil (srov. rozsudek ze dne 28. 7. 2011, č. j. 8 Afs 13/2011 - 81), smyslem poskytnutí výhody daňovému subjektu spočívající ve dvojím uplatnění nákladů vynaložených na činnosti výzkumu a vývoje je podpora zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (vědecké ústavy), tak také podnikatelskými subjekty. Z citovaného ustanovení vyplývá úmysl zákonodárce podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím tedy zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti (srov. také rozsudek NSS ze dne 3. 10. 2018, č. j. 1 Afs 96/2018 - 42, body 32-34).

51. Je však zřejmé, že tento generální účel odpočtů na výzkum a vývoj je prospěšný především z hlediska státní politiky zaměstnanosti (a v širším ohledu i z hlediska zvyšování konkurenceschopnosti a inovativnosti národní ekonomiky). Pro samotný daňový subjekt však současně přináší prospěch v podobě ekonomického zvýhodnění provádění projektů výzkumu a vývoje, které s sebou nesou riziko marně vynaložených nákladů, pokud nebudou projekty úspěšné, ale rovněž možný přínos v podobě zvýšení konkurenceschopnosti či ziskovosti, pokud projekty úspěšné budou. V tomto je pak nutno u konkrétních projektů spatřovat individuální účel těchto odpočtů.

52. V tomto kontextu je pak nutné upozornit na to, že nejinak je tomu u dotací. Tvrdí-li žalobkyně (a žalovaný nerozporuje), že dotační programy mají za cíl zvýšení zaměstnanosti a tvorbu kvalifikovaných pracovních míst, jistě jde o generální účel těchto dotací. Jelikož však žalobkyně pro jejich získání musela předložit konkrétní projekty a naplnit tato nové pracovní místa konkrétním úkolem, je tento úkol rovněž podpořen a tvoří tak individuální účel dotace. Aplikace na projednávaný případ 53. Soud tedy konstatuje, že v obecné rovině souhlasí se závěry žalovaného, podle kterých dotace i projekty výzkumu a vývoje představovaly podporu vývoje systému BYZNYS EVO.

54. Žalovaným a správcem daně zmíněné (a žalobkyní ostatně nerozporované) podobnosti v technickém popisu tohoto systému v dotačních dokumentech a projektech výzkumu a vývoje, stejně jako jejich časová souvislost, jsou způsobilé důvodně vyvolat pochybnost na straně správce daně. Soud nemá co vytknout stanovisku žalovaného, který jak v napadeném rozhodnutí, tak ve vyjádření k žalobě uvedl, že tyto aspekty byly indiciemi (z toho podobnost popisu klíčová a časová souvislost jen ilustrativní) pro uvedený závěr o totožnosti objektů obou podpor. Lze souhlasit s tím, že projektové dokumenty sice nemusejí (a ani nemohou) obsahovat veškeré detaily prací při vývoji tak komplexního produktu, jakým informační systém bezpochyby je. Je také velmi dobře představitelné, že některé porovnávané atributy (např. zmínky o „třívrstvé architektuře“, které se opakují v popisech dotačních dokumentů i v projektech výzkumu a vývoje) jsou u různých typů softwaru zcela obvyklé, nijak nedefinují výsledný produkt a mohou popisovat velké množství zcela rozdílných výstupů. Bylo však na žalobkyni, aby tvrdila a prokázala, že přes veškerou podobnost (či dokonce shodu) v popisech a ostatně i v názvech byl v rámci projektů výzkumu a vývoje realizován jiný produkt BYZNYS EVO či jeho část než v případě prací podpořených z dotace. Jakkoliv je to pro soud obtížně představitelné, nemůže to zcela vyloučit. Avšak žalobkyně takový fakt v řízení před správcem daně neprokázala a ani v žalobě nepřednesla konkrétní a jasně srozumitelné argumenty, proč by z jí předložených dokumentů měly takové závěry plynout. Omezila se na opakování odvolacích námitek, které pak v VII. části žaloby „Vyjádření k argumentaci žalovaného“ doplnila především o pouhý nesouhlas s těmito závěry. Za těchto okolností však značně snížila svoji šanci na úspěch prostřednictvím tohoto svého argumentu.

55. V daném případě tedy soud dospěl k závěru, že generální účely (podpora zaměstnanosti kvalifikovaných pracovníků) i individuální účely (podpora vývoje systému BYZNYS EVO) obou typů podpor jsou v projednávaném případě shodné, a proto nelze ve vztahu k témuž mzdovému nákladu (mzdovým nákladům na konkrétního zaměstnance v jednotlivém měsíčním období) uplatnit paralelně v jedné části odpočet na výzkum a vývoj a v jiné části dotaci. Tímto postupem by byl zcela vyprázdněn smysl příslušných ustanovení § 34, resp. §34b zákona o daních z příjmů, vylučující z odpočtů náklady jinak podpořené z veřejných zdrojů. Jinými slovy, pokud v daném měsíci byly mzdové náklady konkrétního zaměstnance podpořeny dotací, je vyloučen odpočet jakékoliv jiné části daného měsíčního mzdového nákladu na projekty výzkumu a vývoje.

56. Pokud by se daný zaměstnanec věnoval jiné části projektu výzkumu a vývoje, než byl vývoj systému BYZNYS EVO (tedy systémům BYZNYS Win a BYZNYS VR), pak by sice odpočet přípustný byl, nic takového však žalobkyně neprokázala a ani mzdové náklady v tomto směru nikterak nerozdělovala, jak poukázal žalovaný zejm. v bodě 55 napadeného rozhodnutí. Problematikou oddělování nákladů se NSS podrobněji zabýval v rozsudku ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016 - 51, v němž uvedl, že „[s]mysl oddělené evidence Nejvyšší správní soud spatřuje ve vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady).“ Pokud však žalobkyně v daném případě realizovala projekt výzkumu a vývoje, jehož předmět se částečně překrýval s účelem přijaté dotace, měla výdaje evidovat v ještě podrobnějším rozdělení tak, aby mohla prokázat, že její zaměstnanci v některých měsíčních období realizovali části projektu výzkumu a vývoje, které dotací podpořeny nejsou.

57. Z výše uvedených důvodů však nelze souhlasit s žalovaným, že dotace podporovaly veškeré náklady podílově a že tedy se celé mzdové náklady vtahují k projektu výzkumu a vývoje, který je podpořen dotací (srov. 47 napadeného rozhodnutí). Dotace mohly podporovat pouze náklady na nové zaměstnance, a to do maximální výše 50% nákladů. Není však podstatné, zda daný měsíční náklad jinou veřejnou podporou např. dle uzavřených dotačních smluv podpořen být mohl či měl, ale zda skutečně podpořen byl. Ne nutně musela být dotace v každém měsíčním období uplatněna a proplacena. Z napadeného rozhodnutí ani správního spisu ostatně není zřejmé, kteří zaměstnanci jsou „noví“, a tedy na mzdy kterých zaměstnanců dotace vůbec mohla být pobírána. Mzdové náklady nebyly podpořeny podílové, nýbrž individuálně. Každý jednotlivý mzdový náklad dotací podpořen být mohl a nemusel. Pokud v daném měsíčním období nebyla dotační podpora na některého zaměstnance poskytnuta (buď proto, že nebyl „nový“ nebo proto, že se nepodílel na dotačním projektu nebo proto, že žalobkyně na jeho mzdu dotaci neuplatnila), není uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj na jeho mzdu či její část v daném měsíci vyloučeno. Žalovaný se však tím, zda konkrétní mzdy zaměstnanců byly v konkrétních měsících dotačně podpořeny, nezabýval. Ačkoliv žalobkyně předložila evidence mzdových nákladů, žalovaný ani správce daně je v tomto směru nevyhodnotili (vedeni mylným závěrem, že veškeré mzdové náklady jsou dotací podpořeny podílově). Nosné závěry rozhodnutí tedy skutečné nemají oporu v provedeném dokazování, které je nutno v tomto směru doplnit.

58. Žalobkyni je tedy nutno přisvědčit v tom, že rozhodnutí správce daně a žalovaného jsou skutečně založena na nesprávném právním posouzení uznatelnosti odečitatelných položek. Tento okruh žalobních bodů je důvodný. Výzva k dodatečnému daňovému tvrzení 59. Podle § 143 odst. 3 věty druhé daňového řádu, zjistí-li správce daně nové skutečnosti nebo důkazy mimo daňovou kontrolu, na jejichž základě lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, postupuje podle § 145 odst. 2 daňového řádu. Podle jeho věty první, pokud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu.

60. Rozšířený senát NSS v usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014 - 55, č. 3566/2017 Sb. NSS, v bodech 54-62 uvedl, že princip uvedený v § 5 odst. 3 daňového řádu, podle kterého správce daně šetří práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů a třetích osob (…) v souladu s právními předpisy a používá při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní, vyžaduje, aby případné nesprávné tvrzení opravil daňový subjekt sám mimo daňovou kontrolu. V takovém případě totiž daňový subjekt nebude stíhat povinnost uhradit z rozdílu oproti poslední známé daňové povinnosti penále (srov. § 251 odst. 4 daňového řádu a contrario). Uzavřel, že „[p]okud se tedy správce daně jinak než na základě daňové kontroly (zejména z poznatků při správě jiných daní, z informací od jiných orgánů či soukromých subjektů či z vlastní vyhledávací činnosti) dozví o skutečnostech či důkazech nasvědčujících tomu, že by daňovému subjektu měla být určitá daň doměřena, je zásadně povinen daňový subjekt o tom zpravit a vyzvat jej k podání dodatečného daňového tvrzení.“ Tuto povinnost správce daně nemá pouze výjimečně. Pokud by „samotné zpravení daňového subjektu o tom, jaké informace má správce daně k dispozici, mohlo vést ke zmaření cíle správy daní, tedy správného stanovení daně, lze od výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení upustit a bez dalšího u daňového subjektu zahájit daňovou kontrolu. O takové případy se bude jednat zejména tehdy, bude-li mít správce daně poznatky ukazující na předchozí podvodné jednání daňového subjektu související se zjištěnými informacemi či na to, že daňový subjekt by se snažil následným jednáním (typicky úpravami svých povinných evidencí nebo jinými kroky nepřípustně zakrývajícími skutečný stav věci) zmařit správné stanovení daně.“ Dle citovaného rozhodnutí uvedené neplatí, zahajuje-li správce daně daňovou kontrolu bez konkrétních důvodů vztažených ke kontrolovanému daňovému subjektu. Soud souhlasí se závěry Krajského soudu v Brně vyjádřenými v rozhodnutí ze dne 5. 4. 2017, č. j. 30 Af 10/2015 - 51, dle kterých je pro vznik povinnosti správce daně vydat výzvu k dodatečnému daňovému tvrzení stěžejní existence důvodného předpokladu, že daň bude doměřena. Jak připomněl NSS v rozsudku ze dne 19. 1. 2017, č. j. 9 Afs 46/2016 - 33, „otázka věcné správnosti následně doměřené daně není pro posouzení zákonnosti postupu, který k doměření daně povede, rozhodná. Volba mezi daňovou kontrolou a výzvou k předložení dodatečného daňového přiznání se odvíjí od množství a kvality informací, které správce daně potřebuje, aby dle svého právního posouzení mohl daň doměřit. Důvodný předpoklad, že daň bude doměřena, proto nezahrnuje posouzení věcné správnosti názoru správce daně.“ 61. Jak soud zjistil výše (viz bod 16 tohoto rozsudku), správce daně před zahájením daňové kontroly disponoval veškerými podstatnými podklady, na kterých později založil platební výměry. V průběhu daňové kontroly nezískal žádné informace, které by podstatným způsobem změnily jeho náhled na projednávanou problematiku. Z dílčích dodatečných zjištění se správce daně pouze utvrzoval v názoru ohledně neuznatelnosti odečitatelných položek na výzkum a vývoj, který sice formuloval až ve výzvě k prokázání skutečností ze dne 23. 6. 2016, tj. 8 dní po zahájení daňové kontroly, nicméně na základě rozboru dokumentů získaných před zahájením daňové kontroly. Je tedy zjevné, že správce dané před zahájením daňové kontroly důvodně předpokládal (nebo alespoň mohl důvodně předpokládat), že daň bude následně doměřena. Byla ostatně doměřena ve stejné výši a v zásadě ze stejných důvodů, jak správce daně uvedl ve výzvě k prokázání skutečností ze dne 23. 6. 2016. Soud také podotýká, že daňová kontrola byla zahájena právě pouze v rozsahu odečitatelných položek na podporu výzkumu a vývoje a jen pro dotčená zdaňovací období. Správce daně ani žalovaný přitom neuvedli žádné výjimečné důvody, pro které by v takovém případě neměli dle výše uvedené judikatury povinnost výzvu k dodatečnému daňovému tvrzení učinit (např. že by se důvodně obávali manipulace s evidencí ze strany žalobkyně atp.). Za této situace pak je nutno jednoznačně dojít k závěru, že penále bylo vyměřeno nezákonně.

62. Tento žalobní bod je tedy rovněž důvodný. Závěr a náklady řízení 63. Jelikož soud shledal, že skutkový stav zjištěný finančními orgány nemá oporu v podkladech, které jsou součástí správního spisu, a to v důsledku nesprávného hodnocení charakteru dotační podpory (viz bod 57 tohoto rozsudku), a v části týkající se penále je navíc napadené rozhodnutí nezákonné, zrušil jej podle § 76 odst. 1 písm. b) a § 78 odst. 1 s. ř. s. a podle § 78 odst. 4 s. ř. s. vyslovil, že se věc vrací žalovanému k dalšímu řízení.

64. Právním názorem soudu je v dalším řízení správní orgán vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.). V dalším řízení žalovaný předně vyhodnotí evidence mzdových nákladů předložené žalobkyní a optikou výše vysvětleného právního hodnocení posoudí, zda a případně v jakém rozsahu žalobkyně prokázala oprávněnost odpočtů týkajících se mzdových nákladů za jednotlivé zaměstnance a jednotlivé měsíce zvlášť. Může při tom rovněž odstranění vad uložit správci daně podle § 115 odst. 1 daňového řádu. Finanční orgány rovněž odstraní nezákonné stanovení penále v platebních výměrech.

65. Žalobkyně spolu s podáním žaloby nesplnila svou poplatkovou povinnost, k čemuž ji následně soud dne 8. 8. 2018 vyzval. Žalobkyně v reakci na to včas zaplatila soudní poplatek duplicitně, a to v částce 3 000 Kč kolkovými známkami na podání doručeném soudu dne 22. 8. 2018 a ve stejné částce také převodem na bankovní účet dne 23. 8. 2018 (viz záznamy o složení na čl. 24 a 25 soudního spisu).

66. Podle § 10 odst. 1 věty druhé zákona č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o soudních poplatcích“) platí, že soud vrátí přeplatek na soudním poplatku, bylo-li zaplaceno více, než činila poplatková povinnost.

67. V dané věci žalobkyně na soudním poplatku zaplatila dvakrát více, než činila její poplatková povinnost, proto soud rozhodl o vrácení přeplatku ve výši 3 000 Kč. Tato částka bude žalobkyni vrácena z účtu soudu do třiceti dnů od právní moci tohoto rozsudku (§ 10a odst. 1 zákona o soudních poplatcích).

68. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalovaný nemá právo na náhradu nákladů řízení, neboť ve věci neměl úspěch. Žalobkyně měla ve věci úspěch, a má proto právo na náhradu nákladů řízení. Náklady řízení zahrnují zaplacený soudní poplatek za zahájení řízení ve výši předepsané zákonem o soudních poplatcích (tj. ve výši 3 000 Kč) a náklady na zastoupení advokátem před soudem. Náklady na zastoupení tvoří odměna za zastupování a náhrada hotových výdajů. Výše odměny za zastupování se stanoví v souladu s § 35 odst. 2 s. ř. s. dle vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění pozdějších předpisů (dále jen „advokátní tarif“). Zástupci původní žalobkyně, Mgr. Bc. Janu Spáčilovi, LL. M., advokátu, náleží za řízení před soudem odměna za tři úkony právní služby ve smyslu § 11 odst. 1 písm. a) a d) advokátního tarifu (převzetí zastoupení, sepis žaloby, replika) ve výši 3 100 Kč za úkon dle § 9 odst. 4 písm. d) ve spojení s § 7 bodem 5 advokátního tarifu, celkem tedy 9 300 Kč. Vedle odměny přísluší zástupci též náhrada hotových výdajů v paušální výši 300 Kč za každý z úkonů právní služby dle § 13 odst. 1 a 4 advokátního tarifu, celkem 900 Kč. Jelikož je zástupce původní žalobkyně společníkem právnické osoby zřízené podle zvláštních předpisů upravujících výkon advokacie, která je plátcem DPH, patří k nákladům řízení rovněž částka, která odpovídá příslušné sazbě daně, vypočtená z výše určené odměny za zastupování a náhrad (§ 57 odst. 2 s. ř. s.). Náhrada za DPH činí tedy 2 142 Kč. Náhradu nákladů řízení v celkové výši 15 342 Kč je žalovaný povinen uhradit přímo aktuální žalobkyni, a to ve lhůtě 30 dnů od právní moci rozsudku (§ 54 odst. 7 s. ř. s.).

69. Soud nerozhodl podle § 149 odst. 1 o. s. ř., užitého na základě § 64 s. ř. s., o úhradě nákladů řízení k rukám zástupce původní žalobkyně, neboť mu v důsledku zániku původní žalobkyně podle § 448 odst. 1 věty druhé zákona č. 89/2012 Sb., občanského zákoníku, ve znění pozdějších předpisů, zaniklo udělené zmocnění (z udělené plné moci totiž nevyplývá, že by mělo přetrvat i v případě zániku původní žalobkyně). Ze stejného důvodu soud toto rozhodnutí doručuje přímo aktuální žalobkyni a nikoliv zástupci.