62 Af 36/2025

Rubrum

č.j. 62 Af 36/2025-62 ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Krajský soud v Brně rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Davida Rause, Ph.D., a soudců Mgr. Filipa Skřivana a JUDr. Ing. Venduly Sochorové v právní věci žalobce: KOVÁŘ plus s.r.o. sídlem Podolí č. ev. 63 zastoupen JUDr. Vítem Buršou, advokátem sídlem Březolupy 591 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 31, Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 29. 10. 2025, č. j. 29689/25/5100-41452-706445, takto:

Výrok

I. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 29. 10. 2025, č. j. 29689/25/5100- 41452-706445, a rozhodnutí Finančního úřadu pro Zlínský kraj ze dne 30. 4. 2025, č. j. 629218/25/3309-50523-703696, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci na náhradě nákladů řízení 29 015 Kč do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jeho zástupce, JUDr. Víta Burši, advokáta.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Předmětem sporu v projednávané věci je posouzení včasnosti žádosti žalobce o prominutí penále, resp. otázka, zda přiznání odkladného účinku žalobě soudem před 1. 1. 2021 stavělo běh lhůty pro podání žádosti o prominutí penále. Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 2 62 Af 36/2025 2. Finanční úřad pro Zlínský kraj (dále jen „správce daně“) rozhodnutím ze dne 30. 4. 2025, č. j. 629218/25/3309-50523-703696, zastavil řízení o žádosti žalobce ze dne 9. 1. 2025 o prominutí penále vztahujícího se k doměřené dani z přidané hodnoty za zdaňovací období září-prosinec 2015 podle § 106 odst. 1 písm. e) zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu. Dospěl k závěru, že žádost podaná dne 9. 1. 2025 byla podána po uplynutí lhůty vyplývající z § 259a odst. 3 daňového řádu, která činí 3 měsíce ode dne právní moci platebního výměru, jímž bylo rozhodnuto o povinnosti uhradit penále. Lhůta podle správce daně uplynula 15. 3. 2021. Žalovaný napadeným rozhodnutím zamítl odvolání žalobce a potvrdil prvostupňové rozhodnutí.

II. Žaloba

3. Žalobce nesouhlasí se závěrem správních orgánů o opožděnosti žádosti. Ustanovení § 259a daňového řádu umožňuje žádat o prominutí části penále, pokud byla uhrazena daň. Žádost lze podat nejpozději do tří měsíců od právní moci rozhodnutí o stanovení daně, přičemž tato lhůta neběží po dobu řízení o posečkání daně a posečkání úhrady daně. Správní orgány při posuzování včasnosti žádosti zohlednily toliko řízení o žádosti o posečkání, nikoliv však odklad vykonatelnosti rozhodnutí o stanovení daně, k němuž došlo přiznáním odkladného účinku usnesením soudu. Účelem všech těchto institutů je umožnit daňovému subjektu nehradit po dobu posečkání či po dobu soudního odkladu vykonatelnosti doměřenou daň ve stanovené lhůtě. Jakýkoliv jiný výklad by popřel smysl těchto institutů. Pokud byla odložena vykonatelnost dodatečných platebních výměrů (a tím i povinnost platit daň), je zcela logické, že po tuto dobu nemohla běžet lhůta k podání žádosti o prominutí penále.

4. Přiznání odkladného účinku působí ex tunc, tzn. že žalobou napadené rozhodnutí po dobu přiznání odkladného účinku „pozbývá“ od počátku právní moci, tudíž nezačala běžet lhůta k úhradě ani lhůta pro podání žádosti o prominutí penále. Pokud byl žalobci povolen odklad vykonatelnosti soudem, byť před účinností zákona č. 283/2020 Sb., kterým se mění zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů, a další související zákony, nelze vydané rozhodnutí vymáhat a nebyl ani důvod daň hradit. Možnost podat žádost o prominutí penále je podle § 259a odst. 1 daňového řádu podmíněna právě uhrazením daně, v důsledku jejíhož doměření povinnost uhradit penále vznikla.

5. Přechodné ustanovení zákona č. 283/2020 Sb. popírá smysl § 157a daňového řádu zavedeného tímto zákonem, neboť podání žádosti o posečkání by po nabytí účinnosti zákona bylo zjevně bezdůvodné, pokud byl před jeho účinností povolen odklad soudem (nebylo by fakticky s čím posečkat s ohledem na přiznaný odkladný účinek). Důvodová zpráva k § 157a daňového řádu neřeší otázku běhu a počítání lhůty pro podání žádosti o prominutí. Jejím smyslem bylo pouze uzákonit, že stejné účinky jako posečkání má i odkladný účinek soudního rozhodnutí. Výklad, že i v rámci posečkání (včetně soudem povoleného odkladu vykonatelnosti) má daňový subjekt uhradit daň, aby mohl žádat o prominutí penále v zákonné lhůtě, nedává žádný smysl.

6. Podle § 73 odst. 3 s. ř. s. se přiznáním odkladného účinku pozastavují účinky napadeného rozhodnutí; rozhodnutí tudíž není vykonatelné. Znamená-li povolení odkladu vykonatelnosti průlom do právní moci rozhodnutí, musí se to odrazit i ve stavění běhu lhůty pro podání žádosti o prominutí penále. Jinak by došlo k absurdní situaci, že daňový subjekt sice nemusí hradit doměřenou daň, ale měl by žádat o prominutí penále v době, kdy ještě není najisto postaveno z důvodů probíhajícího soudního přezkumu rozhodnutí o stanovení daně, zda daň vůbec bude platit. Navíc by správce daně nemusel žádosti vyhovět, což by Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 3 62 Af 36/2025 vedlo k další absurditě, tj. k povinnosti hradit penále, nikoliv daň. Za daň ve smyslu § 259a daňového řádu je třeba považovat i penále a úroky. Nemá-li daňový subjekt povinnost platit daň, nemůže mít povinnost platit ani penále, tudíž mu nemůže běžet lhůta k podání žádosti o prominutí penále.

7. Další pochybení žalovaného spočívá v tom, že správce daně řízení zastavil podle § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu. Toto ustanovení cílí pouze na případy, v nichž nelze pokračovat v řízení přímo ze zákonem stanoveného důvodu. Není však aplikovatelné, je-li žádost o prominutí penále podána po uplynutí lhůty.

8. Upozorňuje rovněž na pochybení správce daně, který o žádosti rozhodl dvěma rozhodnutími. Žalobce podal jednu žádost o prominutí penále. Správce daně ji měl tedy posuzovat v jednom řízení a vydat o ní jedno rozhodnutí. Správce daně však řízení o žádosti v části zamítl při posuzování věcných důvodů a v části řízení zastavil.

9. Navrhl, aby soud zrušil napadené rozhodnutí žalovaného i jemu předcházející rozhodnutí správce daně.

III. Vyjádření žalovaného

10. Žalovaný s podanou žalobou nesouhlasí. Na základě přiznaného odkladného účinku žalobě usnesením Krajského soudu v Brně ze dne 30. 4. 2020 nedošlo ex lege k posečkání úhrady daně, neboť § 157a daňového řádu se podle přechodných ustanovení uplatní v případě přiznání odkladného účinku až po 1. 1. 2021. Přechodná ustanovení nijak nepopírají smysl právní úpravy. Lhůta pro podání žádosti o prominutí penále, která začala běžet dne 28. 3. 2020, se podle § 259a odst. 4 daňového řádu stavěla ode dne podání žádosti o posečkání úhrady daně zaevidované dne 3. 4. 2020 do dne 15. 12. 2020, kdy v důsledku porušení podmínky posečkání pozbylo rozhodnutí o posečkání účinnosti. Uplynula v pondělí 15. 3. 2021. Před tímto dnem nenastala žádná další skutečnost, s níž by daňový řád spojoval stavění nebo přerušení běhu lhůty. Existence odkladného účinku nemohla automaticky modifikovat běh lhůt upravených daňovým řádem. Usnesení krajského soudu ani Nejvyššího správního soudu o přiznání odkladného účinku neměla na běh lhůty žádný vliv. Žádost žalobce o prominutí penále podaná dne 9. 1. 2025 tedy byla podána po marném uplynutí lhůty, proto správce daně oprávněně řízení zastavil podle § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu.

11. Podle § 73 odst. 3 s. ř. s. se přiznáním odkladného účinku žalobě pozastavují účinky napadeného rozhodnutí pouze do budoucna. Přiznání odkladného účinku nemůže vést ke zpětnému revidování stavu, který nastal dříve, než se rozhodnutí stalo vykonatelným.

12. Nesouhlasí s tím, že by vzniklá situace měla být absurdní, jak míní žalobce. Daňový řád odděluje fázi procesní aktivity (podání žádosti v zákonné lhůtě) od fáze hmotněprávního posouzení (splnění podmínek vyhovění žádosti). Úhrada daně je podmínkou pro vydání kladného rozhodnutí, nikoli podmínkou pro podání žádosti. Toto zúžení pojmu daň pro účely prominutí penále je logické, neboť není důvod podmiňovat prominutí penále jeho předchozí úhradou.

13. K rozdělení řízení o žádosti nejprve obecně uvádí, že žádost o prominutí penále se vztahovala k penále stanovenému víc platebními výměry. Správce daně tedy nebyl povinen rozhodnout o celé žádosti jediným rozhodnutím. V nyní projednávaném případě nicméně ze správního spisu ani z napadeného rozhodnutí nevyplývá, že by bylo o nějaké části žádosti rozhodnuto věcně. Správce daně vydal rozhodnutí o zastavení řízení o žádosti o prominutí penále ve vztahu k obdobím září–prosinec 2015, jelikož shledal, že žádost byla podána po uplynutí Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 4 62 Af 36/2025 zákonné lhůty. Tvrzení žalobce, že správce daně část žádosti zamítl a v části řízení zastavil, tak neodpovídá skutkovému stavu.

IV. Posouzení věci

14. Žaloba je důvodná.

15. Soud předesílá, že obdobnou právní otázkou se zabýval již v rozsudku ze dne 11. 3. 2026, č. j. 62 Af 20/2025-78, který se týkal stejného žalobce. Na závěry tohoto rozsudku tak soud v podrobnostech odkazuje.

16. Podle § 259a odst. 1 daňového řádu daňový subjekt je oprávněn požádat správce daně o prominutí části penále, pokud byla uhrazena daň, v důsledku jejíhož doměření povinnost uhradit penále vznikla.

17. Podle § 259a odst. 3 daňového řádu žádost o prominutí penále lze podat nejpozději do 3 měsíců ode dne právní moci platebního výměru, kterým bylo rozhodnuto o povinnosti uhradit penále.

18. Podle § 259a odst. 4 daňového řádu lhůta pro podání žádosti podle odstavce 3 neběží po dobu a) řízení o povolení posečkání úhrady daně, v důsledku jejíhož doměření povinnost uhradit penále vznikla, b) posečkání úhrady daně, v důsledku jejíhož doměření povinnost uhradit penále vznikla.

19. V rozsudku č. j. 62 Af 20/2025-78 soud vyložil, že zákon stanoví dvě formální podmínky pro podání žádosti o prominutí penále. První podmínkou je, že byla uhrazena daň, v důsledku jejíhož doměření povinnost uhradit penále vznikla. Zákonodárce v tomto případě neužil legislativní zkratku daň bez dalšího (tj. ve smyslu § 2 odst. 3 daňového řádu), nýbrž omezil rozsah tohoto pojmu užitím slovního spojení daň, v důsledku jejíhož doměření povinnost uhradit penále vznikla. Podmínkou prominutí penále (obdobně úroku z prodlení) je tedy uhrazení samotné doměřené daně (bez jejího příslušenství), což je navíc i logické, neboť není důvod podmiňovat prominutí příslušenství jeho předchozí úhradou (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2022, č. j. 6 Afs 183/2021-41). Druhou formální podmínkou je podání žádosti ve lhůtě 3 měsíců ode dne právní moci platebního výměru, kterým bylo rozhodnuto o povinnosti uhradit penále.

20. Podle § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu správce daně rozhodnutím řízení zastaví, jestliže nelze v řízení pokračovat z důvodů, které stanoví zákon. Judikatura dovodila, že jestliže uplynula lhůta pro podání žádosti o prominutí penále podle § 259a odst. 3 daňového řádu, nemůže správce daně postupovat jinak, než řízení o žádosti zastavit podle § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 5. 2025, č. j. 2 Afs 199/2021-77). Námitka, že správce daně nemohl zastavit řízení ani v případě podání žádosti po uplynutí lhůty, tudíž není důvodná.

21. Námitka, že správce daně rozhodl o jedné žádosti dvěma samostatnými rozhodnutími, je nepřípadná. Jak správně uvádí žalovaný, ze správního spisu ani z napadeného rozhodnutí nevyplývá, že by se rozhodnutí správce daně týkalo jen části žádosti a o jiné části žádosti by bylo rozhodnuto odlišně (věcně). V napadeném rozhodnutí bylo přezkoumáváno rozhodnutí správce daně ze dne 30. 4. 2025, č. j. 629218/25/3309-50523-703696, kterým bylo jako celek zastaveno řízení o žalobcově žádosti zaevidované dne 9. 1. 2025. Uplatněná námitka tak patrně v žalobě zůstala nedopatřením a původně se vztahovala k žalobcově jiné věci (viz obdobně koncipovaná žaloba ve věci 62 Af 20/2025). Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 5 62 Af 36/2025 22. Stěžejní námitkou je, zda přiznání odkladného účinku soudem před 1. 1. 2021 mělo vliv na běh lhůty pro podání žádosti o prominutí penále.

23. S účinností od 1. 1. 2021 bylo zákonem č. 283/2020 Sb. do daňového řádu vloženo ustanovení § 157a, podle něhož úhrada daně je posečkána ode dne přiznání odkladného účinku v řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví nebo před Ústavním soudem. Toto posečkání skončí uplynutím dne, kdy rozhodnutí soudu ve věci související se stanovením daně nabylo právní moci. Úhrada daně je tedy v těchto případech ze zákona posečkána, přičemž po dobu posečkání neběží lhůta pro podání žádosti o prominutí penále. Podle bodu 5. přechodných ustanovení zákona č. 283/2020 Sb. posečkání úhrady daně podle § 157a zákona č. 280/2009 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, nastane pouze v případě daně, u níž byl odkladný účinek v řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví nebo před Ústavním soudem, přiznán ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.

24. Podle uvedeného přechodného ustanovení je tedy posečkání daně ze zákona je spojeno s rozhodnutím soudu o přiznání odkladného účinku tehdy, pokud byl odkladný účinek přiznán ode dne nabytí účinnosti zákona č. 283/2020 Sb. To koresponduje také s žalovaným odkazovanou důvodovou zprávou k tomuto zákonu, která uvádí: „Navrhuje se přechodné ustanovení, které aplikuje vznik posečkání úhrady daně z důvodu přiznání odkladného účinku v rámci soudního přezkumu rozhodnutí o stanovení daně pouze na případy daní, kdy byl tento odkladný účinek přiznán ode dne nabytí účinnosti nové právní úpravy. Není ambicí pomocí nové právní úpravy posečkání vznikajícího ex lege ingerovat do starších případů, kde již přinejmenším z části došlo k vydání individuálních rozhodnutí o povolení posečkání z uvedeného důvodu, a tedy řešit otázku osudu těchto konkrétních rozhodnutí a přechodného režimu, pro což neexistuje pádný věcný důvod.“ Tato právní úprava podle soudu nevzbuzuje žádné výkladové pochybnosti.

25. Pokud byl žalobě proti rozhodnutí o stanovení daně přiznán odkladný účinek před 1. 1. 2021, nemá to za následek automatické posečkání úhrady daně. To ovšem neznamená, že by tato skutečnost byla z hlediska běhu lhůty pro podání žádosti o prominutí penále zcela bez významu.

26. Podle § 73 odst. 3 s. ř. s. přiznáním odkladného účinku se pozastavují do skončení řízení před soudem účinky napadeného rozhodnutí.

27. Podle § 107 s. ř. s. se pak mimo jiné § 73 odst. 3 s. ř. s. užije přiměřeně i při přiznání odkladného účinku kasační stížnosti Nejvyšším správním soudem.

28. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 23. 1. 2020, č. j. 10 Afs 290/2017-67, uvedl, že ze znění § 73 s. ř. s. vyplývá, že přiznáním odkladného účinku se pozastavují účinky napadeného správního rozhodnutí. O jaké právní účinky se v konkrétním případě jedná, určuje povaha rozhodnutí správního orgánu. Soud by tedy měl vždy zvážit, jaké účinky žalobou napadené rozhodnutí vyvolává a jaký případný dopad do sféry žalobce by mělo jejich odložení. Přitom přihlédne k charakteru žalobou napadeného rozhodnutí a posoudí, odkdy je nutné přiznat odložení účinků správního rozhodnutí, a to s ohledem na zájem žalobce, ale i společnosti. Pokud správní orgán uložil povinnost k plnění, typicky se bude jednat o zaplacení doměřené daně/cla, a žalobě proti tomuto správnímu rozhodnutí byl přiznán odkladný účinek, pozastavují se účinky správního rozhodnutí zpětně ke dni právní moci rozhodnutí správního orgánu. Tzn. že lhůta k plnění začne znovu od počátku běžet od právní moci meritorního rozhodnutí v řízení o žalobě. „Jiný výklad [např. že odkladný účinek Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 6 62 Af 36/2025 působí až od právní moci (resp. vykonatelnosti) rozhodnutí o přiznání odkladného účinku] by byl s ohledem na povahu věci a účinky žalobou napadených správních rozhodnutí (rozhodnutí o odvolání proti dodatečným platebním výměrům) zjevně absurdní a byl by popřen samotný smysl přiznání odkladného účinku žalobě. S ohledem na povahu nyní projednávané věci a dotčenou právní úpravu by totiž přiznání odkladného účinku žalobě zcela postrádalo smysl, neboť stěžovatel by byl nucen celní dluh přes přiznání odkladného účinku žalobě ve stanovené době uhradit, aby případně mohl splnit podmínky pro upuštění úroků z posečkání.“ 29. Zároveň platí, že pokud již v mezidobí od pravomocného rozhodnutí správního orgánu do právní moci usnesení o přiznání odkladného účinku žalobě nastaly skutečnosti předvídané napadeným rozhodnutím, nelze je ignorovat a zůstávají odkladným účinkem nedotčeny. Jinými slovy, přiznání odkladného účinku pozastavuje účinky správního rozhodnutí, nerevidují se však ty, které již nastaly. Smyslem působení odkladného účinku do minulosti tedy je zejména ochránit žalobce před tím, aby do budoucna (po přiznání odkladného účinku) byl nucen s ohledem na systematiku daňových předpisů (např. právě pro zachování lhůty pro prominutí příslušenství daně) plnit odloženou povinnost (srov. též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 10. 2024, č. j. 9 Afs 157/2024-25).

30. Přiznání odkladného účinku v řízení před správním soudem i před 1. 1. 2021 tedy podle soudu mělo vliv na běh lhůty podle § 259a odst. 3 daňového řádu a stavělo běh lhůty pro podání žádosti o prominutí penále zpětně ke dni právní moci platebních výměrů. V opačném případě, jak správně upozorňuje žalobce, by daňový subjekt navzdory přiznanému odkladnému účinku byl nucen dlužnou daň zaplatit. Pokud by tak neučinil, nemohl by podat žádost o prominutí penále, neboť by nesplnil jednu z formálních podmínek pro její podání. Argumentace žalovaného, že jde o dvě oddělené fáze (fázi procesní aktivity a fázi hmotněprávního posouzení žádostí), není přiléhavá. Jak uhrazení daně (dle § 259a odst. 1), tak podání žádosti ve lhůtě 3 měsíců (§ 259a odst. 3) jsou formální podmínky stanovené daňovým řádem, bez nichž nelze žádost věcně posuzovat (tj. zkoumat její důvodnost). Trvat na nutnosti podání žádosti ve lhůtě 3 měsíců, přestože by žádosti nemohlo být vyhověno z důvodu absence úhrady daně (jejíž úhrada byla odložena přiznáním odkladného účinku soudem), postrádá jakýkoli smysl. Uvedený výklad není v rozporu ani s přechodným ustanovením zákona č. 283/2020 Sb., jak se domnívá žalovaný. Přechodné ustanovení do daňových předpisů začleňuje další zákonný důvod posečkání daně a upravuje, odkdy přiznání odkladného účinku soudem po 1. 1. 2021 vyvolává shodné důsledky jako posečkání daně. Nijak se však nevyslovuje k důsledkům, které přiznání odkladného účinku soudem vyvolávalo před provedenou novelizací.

31. Výše vyslovené závěry o stavění běhu lhůty podle § 259a odst. 3 daňového řádu v důsledku přiznání odkladného účinku soudem i před 1. 1. 2021 platí za splnění následujících podmínek. Odkladný účinek musí být žalobě přiznán před uplynutím lhůty podle § 259a odst. 3 daňového řádu. Bylo by v rozporu se smyslem zákona a s principem právní jistoty, pokud by si daňový subjekt mohl prostřednictvím přiznání odkladného účinku žalobě proti rozhodnutí o povinnosti zaplatit penále zachovat lhůtu, která již před přiznáním odkladného účinku marně uplynula. Zároveň se musí jednat o daň, která nebyla v plné výši zaplacena. Ve vztahu k zaplacené dani sice rozhodnutí o přiznání odkladného účinku může formálně existovat, z povahy věci však nemůže vyvolávat účinky odložení platební povinnosti. Doba, po kterou v důsledku přiznání odkladného účinku neběží lhůta k podání žádosti o prominutí penále, tedy končí dnem, kdy daňový subjekt uhradil v plné výši dlužnou daň. Tím totiž splní formální podmínku § 259a odst. 1 daňového řádu. Od okamžiku úhrady daně mu již Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 7 62 Af 36/2025 nic nebrání v tom, aby mohl žádost o prominutí penále podat (srov. přiměřeně rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 29. 8. 2024, č. j. 30 Af 31/2022-47). Závěr žalovaného, že přiznání odkladného účinku usnesením č. j. 62 Af 21/2020-238 na věc nemohlo mít vliv, tedy neobstojí. Soud nicméně dále hodnotil, zda tento nesprávný závěr žalovaného mohl mít vliv na zákonnost rozhodnutí ve věci samé 32. V nynějším případě platební výměry, kterými byla žalobci doměřena daň a stanoveno penále, nabyly právní moci dne 27. 3. 2020. Proti rozhodnutí o stanovení daně se žalobce bránil žalobou; zdejší soud usnesením ze dne 30. 4. 2020, č. j. 62 Af 21/2020-238, přiznal žalobě odkladný účinek (rozhodnutí nabylo právní moci 4. 5. 2020). Zdejší soud poté rozsudkem ze dne 24. 11. 2022, č. j. 62 Af 21/2020-331, žalobu zamítl (rozsudek nabyl právní moci dne 30. 11. 2022). Žalobce podal proti tomuto rozsudku kasační stížnost. Nejvyšší správní soud přiznal kasační stížnosti odkladný účinek usnesením ze dne 4. 1. 2023, č. j. 6 Afs 275/2022-38, které nabylo téhož dne právní moci. Kasační stížnost poté zamítl rozsudkem ze dne 31. 1. 2024, č. j. 6 Afs 275/2022-101, který nabyl právní moci dne 6. 2. 2024.

33. Žalobce uvádí, že na běh lhůty k podání mělo vliv jak přiznání odkladného účinku žalobě ze strany zdejšího soudu a přiznání odkladného účinku kasační stížnosti ze strany Nejvyššího správního soudu, tak i několik probíhajících řízení o posečkání a následný průběh posečkání úhrady daně.

34. Ze správního spisu vyplývá, že k posečkání daně došlo v průběhu běhu této lhůty opakovaně. Pro běh nyní řešené lhůty přitom byla relevantní především následující posečkání. Poprvé žalobce podal žádost o posečkání dne 3. 4. 2020, této žádosti bylo vyhověno, přičemž následně správce daně rozhodnutím ze dne 4. 2. 2021, č. j. 53609/21/3309-50523-703696 (viz č. l. 48 správního spisu) deklaroval, že dnem 15. 12. 2020 pozbylo rozhodnutí o posečkání účinnosti z důvodu nesplnění podmínek. Později pak žalobce podal žádost o posečkání dne 6. 2. 2024, které bylo vyhověno rozhodnutím ze dne 30. 5. 2024, č. j. 922317/24/3309-50523-703696 (viz č. l. 31 správního spisu). Následně však bylo posečkání přerušeno dne 26. 8. 2024 z důvodu porušení podmínky posečkání (to vyplývá z úředního záznamu správce daně ze dne 7. 2. 2025, č. j. 161158/25/3309-50523- 703696, č. l. 2 vyhledávací části správního spisu, nebo také zápis projednání posuzované úlevy, č. j. 250863/25/3340-11450-712089, č. l. 3 vyhledávácí části správního spisu). Poslední žádost o posečkání žalobce podal dne 5. 9. 2024; ta byla ale zamítnuta rozhodnutím ze dne 18. 11. 2024, č. j. 1606168/24/3309-50523-703696 (viz č. l. 36 správního spisu), přičemž toto rozhodnutí nenabylo právní moci před podáním žalobcovy žádosti o prominutí penále dne 9. 1. 2025.

35. Ze správního spisu dále vyplývá, že daň za všechna nyní řešená zdaňovací období byla v celém rozsahu uhrazena ke dni 28. 11. 2024 (viz úřední záznam správce daně ze dne 7. 2. 2025, č. j. 161158/25/3309-50523-703696, č. l. 2 vyhledávací části správního spisu). Daň tedy byla uhrazena až po skončení řízení o žalobě u krajského i Nejvyššího správního soudu.

36. Pro nynější věc to na základě shora provedeného výkladu znamená, že lhůta pro podání žádosti o prominutí penále, jež počala běžet po právní moci platebních výměrů, jimiž byla stanovena povinnost uhradit penále (27. 3. 2020), tj. dne 28. 3. 2020, neběžela ode dne podání žádosti o posečkání (3. 4. 2020). Poté byl ve lhůtě pro podání žádosti přiznán žalobě proti rozhodnutí o stanovení daně odkladný účinek, který pozastavil účinky rozhodnutí o stanovení daně, zpětně ke dni právní moci platebních výměrů až do právní moci meritorního Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 8 62 Af 36/2025 rozhodnutí soudu v řízení o žalobě, tj. do 30. 11. 2022. Tříměsíční lhůta tak znovu začala běžet 1. 12. 2022 a uplynula by 1. 3. 2023. Proti rozsudku krajského soudu však byla podána kasační stížnost, které byl rovněž přiznán odkladný účinek (usnesením Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 1. 2023). K přiznání odkladného účinku došlo po 1. 1. 2021, zde tak už je nutno aplikovat § 157a daňového řádu a vycházet z toho, že úhrada daně byla posečkána ode dne přiznání odkladného účinku do právní moci rozhodnutí Nejvyššího správního soudu o kasační stížnosti (tj. od 4. 1. 2023 do 6. 2. 2024; konec lhůty tak byl odsunut o 398 dní a uplynula by 2. 4. 2024; ze lhůty zbývalo 56 dní). Již dne 6. 2. 2024 však žalobce podal další žádost o posečkání, tudíž došlo k dalšímu stavění běhu lhůty, která se opětovně rozběhla až od přerušení posečkání z důvodu porušení podmínek (26. 8. 2024). Dne 5. 9. 2024 nicméně žalobce podal další žádost o posečkání (ze lhůty uběhlo dalších 9 dní), kterou správce daně zamítl (18. 11. 2024), avšak žalobce podal žádost o prominutí penále (9. 1. 2025) ještě předtím, než rozhodnutí o zamítnutí nabylo právní moci a lhůta mohla opět začít běžet.

37. Z výše uvedeného je zřejmé, že neobstojí závěr správních orgánů, že k uplynutí lhůty pro podání žádosti o prominutí penále došlo 15. 3. 2021. Ostatně z předloženého správního spisu soud zjistil, že správce daně v některých písemnostech sám vycházel z toho, že přiznání odkladného účinku soudem před 1. 1. 2021 mělo vliv na běh lhůty a že lhůta pro podání žádosti o prominutí penále ke dni podání žádosti neuplynula (viz úřední záznam správce daně ze dne 7. 2. 2025, č. j. 161158/25/3309-50523-703696, č. l. 2 vyhledávací části správního spisu, nebo zápis projednání posuzované úlevy, č. j. 250863/25/3340-11450-712089, č. l. 3 vyhledávácí části správního spisu). Správce daně i žalovaný tak pochybili, pokud při posuzování běhu lhůty podle § 259a odst. 3 daňového řádu nezohlednili odkladné účinky přiznané soudem a řízení o žádosti zastavili pro marné uplynutí lhůty. Námitka je proto důvodná.

V. Závěr a náklady řízení

38. Soud z výše uvedených důvodů shledal žalobu důvodnou a napadené rozhodnutí bez jednání (za splnění podmínek § 51 odst. 1 s. ř. s.) zrušil podle § 78 odst. 1 s. ř. s. a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Vzhledem k tomu, že nezákonností je zasaženo i prvostupňového rozhodnutí správce daně, soud zrušil dle § 78 odst. 3 s. ř. s. také prvostupňové rozhodnutí o zastavení řízení. Správní orgány opětovně posoudí včasnost podané žádosti v intencích výše vyslovených závěrů soudu.

39. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl dle § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. V dané věci měl žalobce plný úspěch, proto má právo na náhradu nákladů řízení vůči neúspěšnému žalovanému. Náklady řízení žalobce představuje zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč a odměna za zastoupení. Soud přiznal zástupci žalobce odměnu za dva úkony právní služby dle ustanovení § 11 odst. 1 písm. g) advokátního tarifu (příprava a převzetí věci, žaloba), ve výši 2 × 10 300 Kč [§ 7, § 10b odst. 5 písm. a) advokátního tarifu; viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 7. 2025, č. j. 1 Afs 54/2025-42] a paušální náhradu nákladů s těmito úkony spojenými ve výši 2 × 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu), celkově 21 500 Kč. Vzhledem k tomu, že advokát doložil, že je plátcem daně z přidané hodnoty, soud zvýšil přiznanou odměnu o 4 515 Kč odpovídající této dani. Celkově tedy soud přiznal žalobci náhradu nákladů řízení ve výši 29 015 Kč. K její úhradě stanovil žalovanému přiměřenou lhůtu. Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 9 62 Af 36/2025 Poučení: Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud. Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout. Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie. Brno 22. července 2026 David Raus v.r. předseda senátu Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L. 10 62 Af 36/2025 Shodu s prvopisem potvrzuje: R. L.