61 Af 9/2023

Rubrum

ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Krajský soud v Českých Budějovicích rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Michala Hájka, Ph.D., a soudců JUDr. Terezy Kučerové a Mgr. et Mgr. Bc. Petra Jiříka, ve věci žalobkyně: Zemědělské zásobování a nákup Strakonice, a. s., IČO 46678379 se sídlem Radošovice 83, 386 01 Radošovice zastoupena advokátem JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským se sídlem Palackého 151/10, 796 01 Prostějov proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství se sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 21. 8. 2023, čj. 27266/23/5200-11433-713076, a) takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.

III. Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Krajský soud v nynější věci posuzoval, zda žalobkyně dostatečně prokázala uskutečňování kontroly a hodnocení probíhající výzkumné a vývojové činnosti tak, aby splnila podmínky pro uznání daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Dále se krajský soud zabýval tím, zda žalobkyně splnila podmínku vedení oddělené evidence nákladů na projekt výzkumu a vývoje a zda jí předložená evidence byla dostatečně průkazná. Podklady, které žalobkyně v průběhu daňového řízení předložila, nebyly pro uznání odpočtu dostatečné, v části pak nesplnila ani podmínku vedení oddělené evidence. V takové situaci nebylo nutné k posouzení případu věcné hodnocení samotného projektu, a tedy ani ustanovení znalce.

2. Dne 14. 10. 2019 zahájil Finanční úřad pro Jihočeský kraj (dále jen „správce daně“) u žalobkyně daňovou kontrolu mimo jiné daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016. V průběhu daňové kontroly správci daně vznikla pochybnost ohledně uplatněného nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4, § 34a, § 34b a § 34c zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pro zdaňovací období roku 2016 (dále jen „zákon o daních z příjmů“).

3. Žalobkyně uplatnila v roce 2016 odčitatelnou položku od základu daně z příjmů právnických osob na podporu výzkumu a vývoje ve výši 7 379 079 Kč, a to v souvislosti s projektem nazvaným „Krmné směsi pro skot bez geneticky modifikovaných surovin“. Jeho cílem byl vývoj receptury krmiva a technologického postupu, který zajistí, aby při výrobě krmné směsi nedošlo ke kontaminaci geneticky modifikovanými organismy (dále jen „GMO“).

4. Žalobkyně dle správce daně předně neprokázala, že způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu byl fakticky realizován tak, jak si v projektu stanovila. Dále žalobkyně nerozptýlila pochybnosti o uplatnění skutečných mzdových nákladů, vykazovala také náklady kalkulované a neprokázala, že se konkrétní osoba podílela na projektu konkrétní činností v daném rozsahu.

5. Žalobkyně dle správce daně nevedla průkazně evidenci nákladů na projekt ani evidenci spotřebovaného materiálu na řešení projektu (evidence neprokazovala souvislost s projektem). To se týkalo i výdajů na prováděné testy.

6. Dodatečným platebním výměrem ze dne 30. 11. 2021, čj. 2185995/21/2211-50522-307699, správce daně žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 1 412 650 Kč a stanovil jí zároveň povinnost uhradit penále ve výši 282 530 Kč.

7. Žalovaný v záhlaví označeným rozhodnutím odvolání žalobkyně zamítl a dodatečný platební výměr správce daně potvrdil.

II. Shrnutí žaloby

8. Proti tomuto rozhodnutí podala žalobkyně dne 1. 11. 2023 žalobu ke Krajskému soudu v Českých Budějovicích.

9. Žalobkyně nejprve podrobně shrnula průběh dosavadního řízení. II.A Námitky týkající se ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty 10. Žalobkyně uvedla, že již v odvolání namítla nesprávné posouzení otázky, zda činnosti realizované v rámci projektu výzkumu a vývoje splňují definiční znaky výzkumu a vývoje, tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Dle žalobkyně žalovaný neunesl důkazní břemeno, když nesprávně vyhodnotil její odvolací námitky a dospěl k závěru, že sporné činnosti nelze podřadit pod výzkum a vývoj. Žalovaný argumentuje, že správce daně vyjádřil pochybnosti o přítomnosti ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty, avšak tyto pochybnosti nebyly důvodem pro zamítnutí odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Proto správce daně nepovažoval za nutné ustanovit znalce, neboť šlo o otázky, které mohl posoudit sám.

11. Žalobkyně považuje tento závěr za účelový a poukazuje na to, že správce daně nesprávně rezignoval na povinnost odborně vyhodnotit doložené důkazy technické povahy. Ze zprávy o daňové kontrole vyplývá, že správce daně zpochybňoval, zda projekt lze podřadit pod činnosti výzkumu a vývoje. Konkrétně odmítl zahrnutí opatření proti kontaminaci při skladování a logistických procesech mezi ocenitelné prvky novosti, neboť podle něj oddělené skladování musela žalobkyně řešit již před realizací projektu.

12. Správce daně rovněž nepovažoval za ocenitelný prvek novosti vývoj receptur pro výrobu krmných směsí bez GMO, protože žalobkyně již před projektem vyráběla různé krmné směsi a tvorbu receptur měla podle jeho názoru vyřešenou. Podle správce daně došlo „pouze“ k náhradě geneticky modifikovaného sójového šrotu za nemodifikovaný, což považoval za standardní úpravu výrobního procesu.

13. Dále zpráva o daňové kontrole konstatuje, že předložené zápisy z porad vývojového týmu neposkytují dostatečný obraz o průběhu prací na projektu, zejména ve vztahu k ocenitelnému prvku novosti a technické nejistotě. Správce daně měl proto pochybnosti, zda činnosti vymezené v projektu odpovídají definici výzkumu a vývoje podle zákona o podpoře výzkumu a vývoje. V této souvislosti zpráva poukazuje na to, že získání certifikace produktu nemusí nutně znamenat, že projekt splňuje podmínky výzkumu a vývoje.

14. Žalobkyně naopak zdůrazňuje, že v rámci projektu bylo nutné nalézt výrobní technologie a nastavit logistické procesy tak, aby se zabránilo kontaminaci krmných směsí bez GMO. Podle ní je nalezení technologického postupu, jak zabránit kontaminaci v rámci výroby na stejné výrobní lince, ocenitelným prvkem novosti. Původní postup výroby krmných směsí totiž neřešil úplné odstranění kontaminace. Vzhledem k tomu, že při skladování a logistických procesech docházelo ke kontaminaci i v rámci běžného provozu, musela žalobkyně zavést další opatření, jako například oddělené koše pro přepravu. Původní plán odděleného skladování nebyl dostatečný, a bylo proto nutné zavést další změny v procesu.

15. Podobně žalobkyně poukazuje na to, že vývoj receptur a technologického postupu pro výrobu krmných směsí bez GMO představoval významnou změnu technologického procesu. Bylo nutné přizpůsobit výrobní postupy, což si vyžádalo technické úpravy. V průběhu projektu bylo prováděno testování a vyhodnocování jednotlivých surovin a jejich vlastností, což potvrzují doložené laboratorní rozbory. Kromě toho žalobkyně předložila novou recepturu krmné směsi, záznamy z porad vývojového týmu, finanční a technickou zprávu k projektu a certifikaci potvrzující absenci GMO v konečném produktu.

16. Ze zprávy o daňové kontrole však nevyplývá, že by dle správce daně došlo na základě doložených podkladů k rozptýlení jeho pochybností. Zpráva neobsahuje závěr, že projekt skutečně splňuje podmínky ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Žalobkyně proto odmítá tvrzení žalovaného, že správce daně nevyvozoval žádné závěry ohledně materiální stránky projektu, když naopak zpráva obsahuje konkrétní argumentaci k této otázce. Zpochybnění přítomnosti ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty tedy bylo jedním z důvodů doměření daně.

17. Žalovaný se přitom v odvolacím řízení nezabýval námitkami žalobkyně k otázce ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Nehodnotil doložené důkazy ani neustanovil znalce k posouzení projektu výzkumu a vývoje. Žalobkyně v této souvislosti poukazuje na judikaturu, podle níž v případech, kdy rozhodnutí závisí na odborném posouzení, správce daně znalce ustanovit musí. Nejvyšší správní soud například v rozsudku ze dne 27. 9. 2016, čj. 1 Afs 174/2016-38, konstatoval, že znalecký posudek umožňuje správnímu orgánu komplexně zjistit a posoudit veškeré skutkové okolnosti projektu, včetně přítomnosti ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty. Podobně v rozsudku ze dne 11. 6. 2015, čj. 10 Afs 24/2014-119, č. 3273/2015 Sb. NSS, Nejvyšší správní soud uvedl, že pokud správní orgány nemají potřebné technické znalosti, musí ustanovit znalce k objektivnímu posouzení projektu. Daňový řád v § 95 odst. 1 písm. a) stanoví, že pokud rozhodnutí závisí na odborném posouzení, správce daně může ustanovit znalce, přičemž odborná literatura uvádí, že za určitých podmínek je to dokonce nezbytné (Baxa, J. a kol., Daňový řád. Komentář. Praha: Wolters Kluwer ČR, 2011, s. 543).

18. Žalobkyně tedy dovozuje, že bez odborného posouzení soudním znalcem nelze učinit relevantní závěr o tom, zda náklady spojené s projektem výzkumu a vývoje byly daňově uznatelné. Žalovaný proto pochybil, když se námitkami žalobkyně věcně nezabýval a nehodnotil doložené důkazy k vývojové činnosti. II.B Námitky týkající se kontroly a hodnocení řešení projektu 19. Žalovaný považuje odvolací námitky žalobkyně za nedůvodné a dovozuje, že z předložených důkazů nelze uzavřít, že by kontrola a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje skutečně probíhaly dle plánu. Tvrdí, že nebylo prokázáno konání pravidelných výrobních porad v každé etapě projektu, přičemž absence důkazu o faktickém provádění kontrol je podle něj sama o sobě důvodem k odepření celého odpočtu na podporu výzkumu a vývoje.

20. Žalobkyně však tyto závěry považuje za nesprávné a poukazuje na to, že kontrola a hodnocení projektu byly v řízení prokázány. To, že nebyla zajištěna úplná shoda mezi plánovanými a skutečně provedenými kontrolami, podle ní nepředstavuje zákonný důvod pro zamítnutí odpočtu.

21. Dále vytýká žalovanému, že se nevypořádal s její námitkou, že správce daně neunesl své důkazní břemeno, což je v rozporu s § 116 odst. 2 daňového řádu, podle kterého musí odvolací orgán vypořádat všechny důvody, v nichž odvolatel spatřuje nesprávnosti či nezákonnosti rozhodnutí. Rozhodnutí žalovaného je proto nepřezkoumatelné. K tomu žalobkyně odkázala na shora citovanou komentářovou literaturu a rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 4. 2004, čj. 4 Azs 27/2004-74, ze dne 18. 10. 2005, čj. 1 Afs 135/2004-73, č. 787/2006 Sb. NSS, a ze dne 27. 6. 2007, čj. 3 As 4/2007-58.

22. Žalovaný dále tvrdí, že otázka ocenitelného prvku novosti není pro rozhodnutí relevantní. Žalobkyně však poukazuje na to, že sama unesla své důkazní břemeno tím, že doložila řádné účetnictví. Pokud měl správce daně v úmyslu odpočet zamítnout, musel nejprve splnit svou důkazní povinnost a prokázat skutečnosti podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Mezi účastníky řízení není sporné, že žalobkyně splnila svou primární důkazní povinnost, a proto bylo na správci daně, aby prokázal důvodné pochybnosti. Ty však musí být natolik závažné, že naruší věrohodnost žalobkyní předložených důkazů. Tento požadavek formuloval i Krajský soud v Ostravě ve svém rozsudku ze dne 28. 1. 2019, čj. 25 Af 36/2018-46, stejně jako Krajský soud v Ústí nad Labem v rozsudku ze dne 21. 5. 2008, čj. 15 Ca 259/2006-44.

23. Žalobkyně dále upozorňuje, že správce daně obdržel čtyři zápisy z porad řešitelského týmu, které shrnují průběh jednotlivých etap projektu. Přestože správce daně považoval tyto záznamy za nedostatečné, nevydal žádnou výzvu k jejich doplnění. Žalobkyně proto namítá, že nemohla neunesením důkazního břemene způsobit negativní důsledky, pokud správce daně v tomto směru nevyužil žádný procesní prostředek. Správce daně se přitom otázkou ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty opakovaně zabýval, čímž fakticky uznal, že se jedná o podstatnou otázku.

24. Další argumentace žalovaného se opírá o § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, přičemž žalobkyně poukazuje na to, že její projekt splňuje požadavek na způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Žalovaný v této souvislosti neuvedl žádné konkrétní ustanovení, které mělo být porušeno, a nezdůvodnil, proč má být odpočet zamítnut. Žalobkyně dále zdůrazňuje, že zákon o daních z příjmů nestanoví žádné konkrétní požadavky na četnost a metodu kontrol, a proto nelze hodnotit jejich formu jako nedostatečnou.

25. Žalobkyně upozorňuje, že projekt výzkumu a vývoje je plánem do budoucna, a pokud kontrola neproběhla přesně podle předem stanoveného harmonogramu, nemůže to být důvodem pro odepření odpočtu. Stejně tak dosažení výsledku projektu není podmínkou pro uznání odpočtu. Jelikož se jedná o otázky daňového práva hmotného, je zcela nepřípustné dotváření práva v neprospěch daňového subjektu (srov. Melzer, F. Metodologie nalézání práva. Úvod do právní argumentace. 2. vydání. Praha: C. H. Beck, 2011, str. 238-239, a rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2008, čj. 8 Afs 49/2007-52, č. 2250/2011 Sb. NSS).

26. Žalobkyně dále namítá, že doložila zápisy z porad, výsledky laboratorních testů a další důkazy potvrzující provádění kontrol a hodnocení projektu. Svědecká výpověď Z.R. potvrdila konání pravidelných porad, přičemž absence písemných výstupů z některých setkání nemůže být důvodem pro zamítnutí odpočtu.

27. Žalobkyně v daňovém řízení prokázala, že kontroly a hodnocení projektu výzkumu a vývoje skutečně probíhaly, a proto považuje závěry žalovaného za rozporné s výsledky provedeného dokazování. Žalovaný však argumentuje údajnými nesrovnalostmi v evidenci odpracované doby, zejména poukazuje na chybějící záznamy řešitelského týmu k datu 5. 12. 2016 a na to, že v březnu 2016 R. nevykázala dvě hodiny práce. Žalobkyně tyto výtky odmítá jako nesmyslné a upozorňuje, že v evidenci odpracovaných hodin existovala pouze jediná chyba spočívající v nevykázání dvou hodin dne 6. 6. 2016, což bylo v řízení řádně vysvětleno. Záznamy správci daně prokazují účast všech řešitelů na poradách a jejich práci na projektu. Hodiny dne 5. 12. 2016 nebyly vykázány, neboť projekt byl již ukončen a tento den probíhalo pouze jeho závěrečné hodnocení, které nebylo součástí účetně vykázaných nákladů.

28. Správce daně rovněž namítá, že nemohl dohledat odpracované hodiny v některých termínech porad (1. 3. 2016, 6. 6. 2016, 1. 11. 2016 a 5. 12. 2016), což podle něj zpochybňuje jejich konání. Žalobkyně však doložila konkrétní zápisy z těchto porad, což jejich realizaci jednoznačně prokazuje. Argumentace žalovaného je tedy spekulativní a nemá oporu ve skutečnostech.

29. Žalovaný dále tvrdí, že skutečnost, že k hodnocení projektu došlo dne 5. 12. 2016, tedy po jeho formálním ukončení dne 30. 11. 2016, posiluje pochybnosti o provádění kontrolní činnosti. Žalobkyně tento argument považuje za zmatečný a poukazuje na to, že § 34c odst. 1 písm. b) zákona o daních z příjmů jednoznačně definuje dobu řešení projektu jako období, v němž dochází k odstraňování technické nejistoty a hledání ocenitelného prvku novosti. Závěrečné hodnocení projektu však logicky přichází až po jeho ukončení. Žalovaný tedy nesprávně zaměňuje období řešení projektu a jeho vyhodnocení, přičemž jeho závěr, že jde o zdroj pochybností, nemá oporu v právní úpravě ani v logice věci.

30. Další argumentace žalovaného se opírá o publikaci RYDVAL, T. Náklady na výzkum a vývoj jako položka odčitatelná od základu daně. Praha: C.H. Beck, 2021, kterou však žalovaný cituje vytrženě z kontextu. Tato publikace se zabývá prokazováním ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty, tedy aspekty, které žalovaný sám označil za irelevantní a odmítl se jimi zabývat.

31. Stejně tak žalovaný nesprávně interpretuje rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, v němž soud řešil situaci, kdy daňový subjekt doložil pouze finální výstup projektu, nikoli samotný průběh vývojové činnosti. Oproti tomu žalobkyně v projednávané věci doložila řadu důkazů dokládajících průběh řešení projektu, včetně laboratorních testů, zápisů z porad vývojového týmu a dalších dokumentů. Těmito důkazy se však žalovaný odmítl zabývat.

32. Žalovaný se v rámci svého rozhodnutí soustředí na izolované hodnocení zápisů z porad, přičemž tvrdí, že jsou příliš obecné a nelze z nich dovodit konkrétní vývoj projektu. Žalobkyně namítá, že žádný právní předpis nestanoví, jak mají být zápisy vedeny, a že v nich jsou uvedeny jak dosažené výsledky, tak další kroky v projektu. Žalovaný v tomto ohledu pouze účelově odmítá důkazní hodnotu předložených dokumentů. Pokud měl pochybnosti, měl vést se žalobkyní dialog a požádat o vysvětlení, což však nikdy neučinil. Žalobkyně dokonce nabízela ústní jednání či on-line formu komunikace, avšak správce daně a následně i žalovaný takovou možnost ignorovali. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 27. 9. 2017, čj. 1 Afs 102/2016-34, přitom výslovně uvedl, že daňové řízení nesmí probíhat jako „námořní bitva“, v níž daňový subjekt předkládá důkazy a správce daně je bez dalšího odmítá zvoláním „voda“.

33. Žalovaný fakticky hodnotí věcnou stránku projektu, tj. samotnou vývojovou činnost, když se zaměřuje na průběh vývojového procesu, pro který je přitom stěžejní odstraňování technické nejistoty a hledání ocenitelného prvku novosti. Samotnou vývojovou činnost přitom označil za irelevantní, když se odmítl zabývat otázkami ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Žalovaný si tak protiřečí.

34. Posouzení toho, jak byla vývojová činnost řešena, je možno činit pouze na základě komplexního hodnocení důkazů, kde budou všechny provedené důkazy hodnoceny mj. ve vzájemných souvislostech, jak vyžaduje ustanovení § 92 odst. 7 a § 8 odst. 1 daňového řádu. Pouhé izolované posuzování kontrol a hodnocení postupu řešení projektu nemůže z povahy věci dát odpověď na všechny otázky řešení průběhu projektu.

35. Žalovaný dále tvrdí, že laboratorní testy doložené žalobkyní nevykazují konkrétní návaznost na výzkumnou a vývojovou činnost v rámci řešeného projektu. Žalobkyně toto tvrzení odmítá jako důsledek nedostatku odborných znalostí na straně správce daně, který nerozumí technickým aspektům projektu a nemůže tak adekvátně posoudit jejich význam. Význam laboratorních testů spočívá v ověřování kvality a složení krmných směsí bez GMO. To bylo zásadním cílem projektu navazujícím na poptávku mlékáren po mléku od skotu krmeného těmito směsmi. Nejvyšší správní soud ve shora citovaném rozsudku čj. 10 Afs 24/2014-119 konstatoval, že správní orgány nemohou hodnotit technické aspekty projektu, pokud nemají odborné znalosti, a v takovém případě je nutné ustanovit znalce.

36. Dále žalovaný vytýká, že není patrné, jaká opatření žalobkyně přijala na základě výsledků testů. Žalobkyně však upozorňuje, že správce daně ani žalovaný se na tuto otázku v řízení neptali a otázku odstraňování technické nejistoty sami označili za irelevantní. Nyní však paradoxně vytýkají žalobkyni nedostatečné vysvětlení odborných aspektů projektu, přestože k nim neměli žádné dotazy a ignorovali nabídky na vysvětlení.

37. Rovněž je nesprávné hodnocení žalovaného, že svědecká výpověď pana R. byla obecná a nevypovídala o kontrolách a hodnocení. Správce daně se v rámci výslechu na konkrétní otázky kontrol a hodnocení neptal, což nelze klást žalobkyni k tíži. Žalovaný tak účelově zpochybňuje svědeckou výpověď, aniž by ji hodnotil ve spojitosti s ostatními důkazy.

38. Žalobkyně doložila dostatek důkazů k průběhu vývoje projektu. Pouze skutečnost, že správce daně doloženým důkazům nerozuměl nebo jim nechtěl rozumět, nemůže být důvodem k jejich odmítnutí. Pokud žalovaný proklamuje, že důkazy hodnotil „komplexně“, nic takového ve zprávě o daňové kontrole ani v jeho rozhodnutí obsaženo není. Rozhodnutí žalovaného je proto v rozporu s § 8 odst. 1 a § 92 odst. 7 daňového řádu, které vyžadují posouzení důkazů ve vzájemných souvislostech. K podpoře své argumentace žalobkyně citovala z rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 12. 2017, čj. 4 Afs 93/2017-38, a ze dne 16. 4. 2020, čj. 1 Afs 376/2019-38.

39. S ohledem na uvedené žalobkyně shrnuje, že v daňovém řízení byly doloženy kontroly a hodnocení prováděné v rámci projektu výzkumu a vývoje. Neexistuje žádná zákonná opora pro zamítnutí odpočtu na základě argumentace žalovaného. Závěry žalovaného jsou vnitřně rozporné, neboť na jedné straně odmítl hodnotit věcnou stránku projektu, zatímco na druhé straně žalobkyni vytýká, že věcnou stránku dostatečně neprokázala. II.C Námitka rozpornosti závěrů žalovaného 40. Žalobkyně dále podrobněji rozvedla námitku rozpornosti závěrů žalovaného.

41. Na jedné straně žalovaný tvrdí, že žalobkyně neprokázala návaznost doložených důkazů na výzkumnou a vývojovou činnost, a vytýká jí, že není zřejmé, k jakým konkrétním výsledkům v průběhu řešení projektu dospěla, jaká opatření na základě těchto výsledků přijala a jaký vliv měly tyto výsledky na průběh výzkumně-vývojové činnosti (viz např. odst. [56] a [57] rozhodnutí o odvolání). Současně však žalovaný namítá, že žalobkyně nevedla řádnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj.

42. Tento přístup činí rozhodnutí žalovaného vnitřně rozporným. Pokud žalovaný hodnotí evidenci nákladů na výzkum a vývoj, implicitně tím uznává, že byl doložen kompletní průběh realizace projektu, včetně kontrol a hodnocení, a že vývojová činnost byla skutečně realizována. Jinak by totiž bylo absurdní se evidencí vůbec zabývat. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55, výslovně uvedl, že před posuzováním evidence nákladů je nutné nejprve postavit najisto, zda projekt vůbec splňuje podmínky výzkumu a vývoje podle zákona o daních z příjmů. Pokud by tomu tak nebylo, nemělo by smysl se evidencí nákladů vůbec zabývat.

43. Jestliže tedy žalovaný v rozhodnutí na jedné straně uvádí, že žalobkyně nevedla dostatečnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj, z logiky věci to znamená, že ostatní podmínky pro uplatnění odpočtu splněny byly, tedy že byl prokázán průběh projektu včetně jeho hodnocení a že tento projekt odpovídal podmínkám stanoveným zákonem o daních z příjmů. II.D Námitky týkající se oddělené evidence a prokázání nákladů na výzkum a vývoj 44. Žalobkyně namítá, že závěry žalovaného o nesplnění podmínek oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj podle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů jsou nesprávné.

45. Žalobkyně uvedla, že tuto povinnost splnila. Je třeba odlišit mezi formálním požadavkem existence oddělené evidence a materiální otázkou prokázání souvislosti konkrétních nákladů s projektem výzkumu a vývoje. To žalovaný nepřípustně směšuje. Otázka, zda jednotlivé náklady skutečně souvisejí s projektem, spadá do roviny dokazování. Žalobkyně vytýká žalovanému, že tuto druhou rovinu řádně nezkoumal, neprovedl odpovídající dokazování a bez věcného posouzení jednotlivých nákladů dovodil nesplnění zákonné podmínky. K podpoře své argumentace žalobkyně odkázala na rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 10. 8. 2020, čj. 29 Af 68/2018-90. II.D.1 Osobní náklady 46. V oblasti osobních nákladů žalobkyně podrobně popisuje předloženou evidenci práce zaměstnanců, která zahrnuje identifikaci jednotlivých pracovníků, vymezení jejich role v projektu, rozsah jejich zapojení vyjádřený časovou dotací a popis vykonávaných činností. Z této evidence podle žalobkyně jednoznačně vyplývá, jaký podíl pracovního času byl věnován činnostem výzkumu a vývoje. Zda se vykázané náklady skutečně vztahují k řešení konkrétního projektu výzkumu a vývoje, vyžaduje, aby se správce daně zabýval věcnou stránkou daného projektu. To daňové orgány učinily pouze povrchně.

47. Žalobkyně zároveň zdůrazňuje, že právní úprava nestanoví konkrétní formu evidence, a proto odmítá požadavek žalovaného na evidenci jednotlivých činností v rámci každé hodiny či na detailní průběžné záznamy jako přehnaný. V této souvislosti žalobkyně odkázala na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, čj. 9 Afs 144/2016-51, a ze dne 10. 11. 2022, čj. 6 Afs 161/2021-57, a dále opětovně rozsudek Krajského soudu v Brně čj. 29 Af 68/2018-90. Z nich žalobkyně dovozuje, že jako dostačující může obstát i evidence založená na kvalifikovaném odhadu nebo podílovém určení rozsahu práce na projektu.

48. Na uvedené navazuje argumentace týkající se skutečnosti, že žalobkyně neuplatnila všechny evidované osobní náklady. K tomu uvádí, že uplatnění odpočtu představuje její právo, nikoli povinnost, a proto je oprávněna do odpočtu zahrnout pouze ty náklady, u nichž má za to, že jsou dostatečně průkazné. Skutečnost, že část nákladů neuplatnila, nelze podle jejího názoru vykládat v její neprospěch ani jako důkaz nedostatečné evidence. Žalobkyně u svých pracovníků před zahájením projektu stanovila maximální možnou míru zapojení do projektu formou procenta z celkově odpracovaných hodin. Uplatnila pak ze skutečných osobních nákladů pouze část odpovídající maximálnímu možnému zapojení zaměstnanců do projektu. K tomu žalobkyně odkázala na rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové – pobočka v Pardubicích ze dne 19. 9. 2018, čj. 52 Af 18/2016-181, který žalovaný účelově přehlíží.

49. Žalobkyně se dále samostatně věnuje kalkulovaným nákladům, zejména ve druhé etapě projektu, kde vysvětluje, že u některých profesí, typicky dělnických, není reálně možné přesně oddělit a evidovat čas věnovaný činnostem výzkumu a vývoje, neboť tyto činnosti probíhají paralelně s běžným výrobním procesem (k tomu žalobkyně poukázala na výpověď svědka Miroslava Bláhy).

50. Evidence nákladů při stanovení nákladů na výrobu 1 t krmné směsi zahrnující i mzdu dělníků byla naprosto přesná. Žalobkyně má přesné údaje z výrobního procesu a v daňovém řízení doložila, kolik tun krmné směsi ve druhé fázi projektu vyrobila. Z tohoto důvodu žalobkyně promítla tyto náklady do kalkulace výrobních nákladů a následně jejich odpovídající podíl alokovala na projekt výzkumu a vývoje. Tento postup podle ní odpovídá jak účetním předpisům, tak ekonomické realitě výrobního procesu a nebrání splnění požadavku identifikace nákladů podle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů.

51. K zahrnutí mzdy pana R. mezi mzdy dělníků žalobkyně poukázala na jeho svědeckou výpověď, dle které bylo jeho prací zajištění chodu výroby. Není tak pravdou, že by zapojení svědka bylo mnohem větší, aby jeho mzdové náklady spojené s výrobou nemohly být evidovány v rámci nákladů na výrobu 1 t krmné směsi. II.D.2 Náklady na materiál 52. Pokud jde o materiálové náklady, žalobkyně především zdůrazňuje, že jejich posouzení nelze oddělit od pochopení technické podstaty projektu, jeho cíle a průběhu jednotlivých etap.

53. Uvádí, že spotřeba materiálu byla neoddělitelně spojena se zkušební výrobou, která sloužila k ověření funkčnosti vyvíjené technologie v reálných provozních podmínkách. Právě tato fáze měla umožnit odstranění technické nejistoty. V průběhu druhé etapy, která trvala v období od 19. 2. 2016 – 31. 5. 2016, byl zaveden proplach výrobní linky s použitím pšenice potom, co byly zjištěny stopy GMO v krmných směsích pro skot dodávaných odběratelům. Materiálová spotřeba tedy podle žalobkyně nepředstavovala běžnou produkční činnost, ale nezbytný experimentální krok směřující k dosažení cíle projektu. Bylo zapotřebí zajistit, aby ani při výrobě většího objemu krmné směsi nedocházelo ke kontaminaci. Nešlo tedy tohoto cíle dosáhnout jinak než v rámci zkušební výroby vyrábět větší množství. Dosažení cíle projektu tak nebylo možné s malým množstvím vyráběné krmné směsi bez GMO free, jak si zřejmě představuje žalovaný. Přínos zkušební výroby spočíval nejen v tom, že žalobkyně krmné směsi testovala sama, ale i v tom, že měla zpětnou vazbu od svých zákazníků, kterým mléko vyprodukované skotem krmeným směsí bez GMO vyvíjenou žalobkyní testovala mlékárna. Náklady na zkušební výrobu žalobkyně uplatňovala pouze ve druhé etapě projektu, při níž využila materiál v hodnotě 6 422 736 Kč.

54. Žalovaný tyto skutečnosti vůbec nevzal v úvahu, neboť se nezabýval odbornou stránkou projektu. Neprovedl žádné dokazování, které by umožnilo posoudit technologickou nezbytnost vynaložených nákladů, zejména neustanovil znalce ani jinak neověřil tvrzení žalobkyně. Správce daně přetrvávající pochybnosti koncipoval na základě toho, zda lze uplatněné výdaje na materiál s ohledem na jeho množství podřadit pod náklady na řešení projektu výzkumu a vývoje.

55. Poukazuje-li žalovaný na to, že mu není patrné, z jakých konkrétních dávek se odebíraly vzorky pro testování, pak zcela přehlíží, že k doložení takových informací žalobkyně nebyla nikdy vyzvána. Přitom opakovaně nabízela součinnost.

56. K tvrzení žalovaného, že nedoložila provedené testy, ale doložila pouze výsledky laboratorních rozborů, z nichž není zřejmá návaznost na projekt výzkumu a vývoje, žalobkyně uvedla, že právě výsledky laboratorních testů jsou významné pro ověření, zda jsou krmné směsi bez GMO. II.D.3 Náklady na certifikaci 57. Žalobkyně v této souvislosti předně uvedla, že správce daně v tomto případě neunesl své důkazní břemeno podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu, neboť nevznesl konkrétní, kvalifikované a přezkoumatelné pochybnosti o souvislosti nákladů na certifikaci s projektem. K tomu žalobkyně poukázala na rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 21. 5. 2008, čj. 15 Ca 259/2006- 44.

58. Ze všech faktur, na které správce daně poukazuje, je patrné, že se týkají plnění v podobě rozboru krmných směsí na GMO. Je tak zřejmé, že se týkají projektu výzkumu a vývoje, který byl zaměřen na vývoj krmné směsi bez GMO. Rovněž z časového hlediska je patrné, že faktury zapadají do doby řešení projektu.

59. Žalovaný dovozuje, že doložené důkazní prostředky nejsou k prokázání souvislosti s projektem dostatečné. Neunesl-li však správce daně vlastní důkazní břemeno, nemohlo dojít k aktivaci důkazní povinnosti žalobkyně. K tomu žalobkyně poukázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 7. 2010, čj. 1 Afs 39/2010-124. Nedoložení důkazů před vydáním výzvy k prokázání skutečností, kdy žalobkyně takovou důkazní povinnost neměla, nemůže založit jakékoli pochybnosti. II.E Námitka nedostatečně zjištěného skutkového stavu věci 60. Žalobkyně namítá, že žalované rozhodnutí je nezákonné, protože daňové orgány nedostatečně zjistily skutkový stav věci potřebný pro rozhodnutí, čímž porušily ustanovení § 92 odst. 2 daňového řádu. Žalobkyně dokládala důkazy odborné povahy, které vyžadovaly znalecké posouzení, což daňové orgány odmítly. Bez odborného posouzení nemohou porozumět tomu, proč byl spotřebovaný materiál potřebný a jak souvisí s projektem výzkumu a vývoje. Laik v daném odvětví nemůže porozumět průběhu řešení projektu, provedeným testům, kontrolám a hodnocením.

61. Žalobkyně požadovala ústní jednání a místní šetření v provozovně, aby mohla správci daně objasnit problematiku projektu a vyjasnit nejasnosti. Daňové orgány to odmítly, což vedlo k nedostatečnému zjištění skutkového stavu. Žalovaný tvrdí, že neprovedení jednání nebylo pochybením, protože odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebyl uznán z důvodu neprokázání realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, nikoliv kvůli věcné stránce projektu.

62. Žalobkyně poukazuje na to, že daňové orgány nejprve neprovedení jednání odůvodňovaly pandemií Covid-19, ačkoli žalobkyně nabízela možnost videokonference. V odvolacím řízení již pandemie nemohla být důvodem pro neprovedení jednání. Žalovaný tvrdí, že jednání nebylo nutné, protože nebyla posuzována věcná stránka projektu výzkumu a vývoje. Žalobkyně však namítá, že odepření odpočtu nespočívá v nesplnění formálních náležitostí projektu, ale v neprokázání souvislosti výdajů s projektem a provedení kontrol a hodnocení.

63. Žalovaný zpochybňuje průběh řešení projektu a odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, který se zabývá doložením průběhu řešení projektu. Žalovaný uvádí, že není patrné, jak projekt probíhal, jaké byly výsledky a jaká opatření byla přijata. Žalobkyně je přesvědčena, že požadované jednání by mohlo vyjasnit tyto otázky. Správce daně rezignoval na povinnost řádně zjistit skutkový stav a snažil se dosáhnout stavu „non liquet “, což by vyhovovalo doměření daně. 64. „Přijít věcem na kloub“ je přitom tradičním přístupem daňové správy, kdy se zjišťuje, zda formální tvrzení odpovídá skutečnosti nebo zda se jedná o předstírání či zakrývání skutečného stavu věci (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 1 Afs 133/2019-34). II.F Žalobní petit 65. Žalobkyně navrhla, aby krajský soud rozhodnutí žalovaného zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení.

III. Shrnutí vyjádření žalovaného

66. Žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že s právním názorem žalobkyně nesouhlasí. Odkazuje na obsah spisového materiálu a konkrétní body napadeného rozhodnutí.

67. Žalobkyně namítá nezákonnost a nepřezkoumatelnost rozhodnutí, opakuje argumenty a hojně odkazuje na judikaturu, kterou vytrhává z kontextu. Tvrdí, že správní orgány nerozumí problematice, proto bylo nutné stanovit znalce, a že neprojevily ochotu nechat si nejasnosti vysvětlit. Žalovaný shrnuje, že žaloba je nepřehledná a zaměňuje nepřezkoumatelnost s nereagováním na každý argument. III.A Vyjádření žalovaného k námitkám týkajícím se ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty 68. Žalovaný uvádí, že formální podmínky kladené na projekt výzkumu a vývoje upravuje § 34c zákona o daních z příjmů, který vymezuje základní náležitosti dokumentu. Písemný projekt slouží jako základní dokument, kterým daňový subjekt prokazuje nárok na uplatnění odpočtu od základu daně a je nástrojem proti zneužívání odpočtu výdajů na výzkum a vývoj (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2017, čj. 10 Afs 77/2017-53, ze dne 14. 11. 2019, čj. 1 Afs 363/2018-113, a ze dne 3. 3. 2022, čj. 1 Afs 292/2020-49). Nesplnění i jedné z formálních náležitostí projektu znemožňuje uplatnění odpočtu, aniž by bylo třeba zkoumat ostatní podmínky (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2022, čj. 8 Afs 170/2020-49, č. 4379/2022 Sb. NSS).

69. Důvody pro odepření odpočtu v tomto případě spočívaly v nenaplnění formálních podmínek, konkrétně neprokázání faktické realizace kontrolní činnosti dle projektu výzkumu a vývoje a neunesení důkazního břemene žalobkyní ohledně souvislosti vynaložených nákladů s projektem. Uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Tato náležitost má přímou souvislost s cíli projektu, které jsou dosažitelné a vyhodnotitelné po jeho ukončení. Žalovaný odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 6. 2021, čj. 10 Afs 338/2020-45, dle něhož je uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu. Žalobkyně musí prokázat faktické uskutečňování kontrolních a hodnotících postupů, které byly v projektu vymezeny.

70. Žalovaný uvádí, že důkazní břemeno ohledně oprávněnosti uplatnění odčitatelné položky výzkumu a vývoje nese daňový subjekt. Správce daně vznesl důvodné pochybnosti ohledně faktické realizace kontroly a hodnocení projektu a souvislosti vykázaného materiálu s projektem. Tyto pochybnosti nebyly odstraněny, přičemž důkazní břemeno leželo na žalobkyni.

71. Závěry správce daně byly založeny na nenaplnění podmínek odpočtu, konkrétně neprokázání faktické realizace kontroly a souvislosti nákladů s projektem. Názor žalovaného se neodchýlil od názoru správce daně, a proto nebylo nutné žalobkyni v odvolacím řízení s tímto názorem seznamovat.

72. Žalovaný nesouhlasí s tím, že „neprokázání faktického provádění kontroly“ a „neprokázání souvislosti“ nelze posuzovat bez zkoumání věcné stránky projektu. Jedná se o prověřování formálních podmínek projektu výzkumu a vývoje podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Žalobkyně musí prokázat, co si v projektu sama stanovila, a v tomto ohledu ji tíží důkazní břemeno. III.B Vyjádření žalovaného k námitkám týkajícím se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu 73. Žalovaný konstatuje, že způsob kontroly a hodnocení v projektu výzkumu a vývoje si žalobkyně sama stanovila jako povinnou náležitost, a proto byla povinna doložit uskutečňování těchto postupů. Žalobkyně nedoložila zápisy z pravidelných výrobních porad, které měly probíhat každé pondělí, a výslech svědka R. nepřinesl nové informace. Porady se dle předložených zápisů měly uskutečnit ve dnech 1. 3. 2016, 6. 6. 2016, 1. 11. 2016 a 5. 12. 2016, a měli na nich být přítomni vždy všichni čtyři členové týmu. Dle předložených evidencí na společné poradě mohli být přítomni všichni pouze 1. 3. 2016. Ze zápisů je zřejmé, že porady probíhaly po ukončení jednotlivých etap projektu. Z předložených zápisů z porad nevyplývá, jak konkrétně kontrola projektu probíhala, jaká kritéria se hodnotila, ani jaká byla návaznost na další činnost v projektu.

74. Žalovaný nesouhlasí s tvrzením, že některá z námitek žalobkyně zůstala opomenuta. Z napadeného rozhodnutí je zřejmé, že důkazní břemeno ohledně náležitostí projektu leželo na žalobkyni. Pochybnosti správce daně se týkaly i faktického provádění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Na straně 28 dosavadního výsledku kontrolního zjištění správce daně výslovně uvádí, že „[p]okud daňový subjekt stanoví v projektu způsob kontroly postupů řešení projektu nebo způsob dosažených výsledků, pak o těchto skutečnostech musí existovat důkazní prostředky.“ 75. Stran námitky neprovedení materiálního přezkumu projektu nešlo o opomenutí odvolací námitky, nýbrž o výslovné konstatování nadbytečnosti takového postupu (viz body 33 až 36 napadeného rozhodnutí), neboť ani případná důvodnost této části odvolací argumentace by na závěru o nesplnění podmínek kladených na projekty výzkumu a vývoje nemohla ničeho změnit. (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 11. 2013, čj. 2 Afs 24/2012-34, č. 3002/2014 Sb. NSS). Ústavní soud rovněž v případě, že námitky stěžovatelů nejsou způsobilé změnit výrok rozhodnutí, tyto nevypořádává (viz např. bod 24 nálezu ze dne 28. 5. 2009, sp. zn. II. ÚS 2029/08). Požadavky kladené na orgány veřejné moci stran detailnosti odůvodnění nesmí být přemrštěné.

76. Žalovaný konstatuje, že žalobkyně se snaží zdůraznit, že kontrola a hodnocení probíhaly, ale neprokázala, že probíhaly v souladu s projektem výzkumu a vývoje.

77. Správní orgány hodnotily důkazní prostředky a požadovaly prokázání faktické realizace kontrolních postupů. Nedostatky v důkazech nelze odstranit vysvětlením činnosti. Výzkumně vývojová činnost musí být plánovitá a systematická, což žalobkyně neprokázala. Tvrzení, že žalobkyně nebyla vyzvána k doložení toho, kterých dávek se testy týkaly, žalovaný již v napadeném rozhodnutí považoval za účelové. Nedošlo k porušení čl. 11 odst. 5 Listiny. V nynějším případě se nejedná o správní trestání, ale o unesení důkazního břemene v daňovém řízení. Jedná se přitom o nadstandardní benefit, kdy je jeden výdaj uplatněn dvakrát, proto má stát prostřednictvím orgánů finanční správy zájem na striktním dohledu nad splněním příslušných podmínek.

78. Žalovaný se soustředil na posuzování faktického provádění kontrol a hodnocení, protože pochybnosti v tomto směru byly stěžejní. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, zdůrazňuje důležitost dokumentace vývojové činnosti. Z laboratorních testů není zřejmé, ke které dávce krmné směsi se vážou, ani jaké důsledky měly. Faktury ukazují, že testy si zadávala mlékárna GOLDSTEIG Käsereien Bayerwald. Svědecká výpověď pana R. byla obecná a nedoložila konkrétní informace. Podstatné je, že z předložených důkazních prostředků neplyne žádná jejich provázanost.

79. Napadené rozhodnutí není vnitřně rozporné. Důvodem vyloučení odpočtu bylo neprokázání faktické realizace kontrolní činnosti a souvislosti nákladů s projektem. Vývojová činnost žalobkyně nebyla hodnocena, proto námitky týkající se ocenitelného prvku novosti a neustanovení znalce nejsou relevantní. Žalobkyně neprokázala faktické uskutečnění kontrolních a hodnotících postupů a evidence mzdových nákladů byla neprůkazná. III.C Vyjádření žalovaného k namítané vnitřní rozpornosti jeho závěrů 80. Žalobkyně nesouhlasí se závěry žalovaného, který jí vytýká nedoložení návaznosti důkazů na výzkumně vývojovou činnost a nedostatky v evidenci nákladů. Posuzuje-li žalovaný evidenci nákladů, je zřejmé, že již nemá pochybnosti o řádném doložení průběhu realizace projektu včetně kontrol a hodnocení. Žalovaný konstatuje, že úvahy žalobkyně jsou zavádějící. Možnost uplatnění nákladů na výzkum a vývoj je vázána na splnění všech zákonných podmínek. Žalobkyně musí splnit formální požadavky na projekt, vést oddělenou evidenci výdajů a prokázat přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty. Zkoumání vedení oddělené evidence nákladů není podmíněno řádným doložením průběhu realizace projektu. Žalobkyně odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55, jehož pasáže však vytrhává z kontextu. Ani teoretické prokázání souvislosti nákladů nemůže prokázat oprávněnost odčitatelné položky, pokud nebyla prokázána samotná činnost výzkumu a vývoje.

81. Požadavek na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků není samoúčelný, ale umožňuje finančním orgánům zkoumat, zda kontrola a vyhodnocení proběhly, a zda lze záznamy o výsledcích kontroly užít při doložení nároku na odpočet (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, čj. 9 Afs 144/2016-51, bod 40). Správní orgány byly oprávněny zkoumat, zda kontrola a hodnocení projektu probíhaly, aby mohly prověřit, že vývojový proces skutečně probíhal. III.D Vyjádření žalovaného k námitkám týkajícím se oddělené evidence a prokázání nákladů na výzkum a vývoj 82. Žalovaný ve vyjádření k námitce oddělené evidence nákladů uvedl, že oddělená evidence musí současně splňovat požadavky průkaznosti, kontrolovatelnosti a dostatečné detailnosti, aby bylo možné jednotlivé náklady ověřit a přiřadit k projektu.

83. Ve vztahu k mzdovým nákladům žalovaný uvádí, že v částce 213 953 Kč žalobkyně neprokázala, že evidovaná doba odpovídá skutečně odpracované době zaměstnanců na projektu výzkumu a vývoje, a tedy neunesla důkazní břemeno. Evidence podle něj neobsahuje konkrétní údaje o tom, kdy, v jakém rozsahu a jakým způsobem jednotliví zaměstnanci na projektu pracovali ani jaké konkrétní činnosti vykonávali. Z předložených popisů činností nelze podle žalovaného propojit evidenci odpracované doby s konkrétními úkony v rámci projektu. Žalovaný současně výslovně uvádí, že problém nespočívá v samotné existenci oddělené evidence, ale v její neprůkaznosti. Připouští přitom, že forma evidence založená na podílu pracovního úvazku může být obecně akceptovatelná, pokud umožňuje jednoznačné oddělení nákladů na výzkum a vývoj.

84. K osobním nákladům ve druhé etapě projektu ve výši 266 684,93 Kč žalovaný konstatuje, že žalobkyně sama uvedla jejich kalkulovaný charakter, což podle něj neodpovídá požadavku na vedení oddělené evidence.

85. Žalobkyně nepředložila jmenovitý seznam pracovníků na dělnických pozicích ani jejich mzdové listy či jiné doklady o skutečném vynaložení těchto nákladů. Zvláštní výhradu žalovaný směřuje ke mzdě pracovníka R., která byla ve druhé etapě zahrnuta mezi kalkulované dělnické mzdy, a nikoliv vedena odděleně jako u ostatních členů řešitelského týmu; současně poukazuje na to, že jeho mzda není nijak evidována v první etapě projektu. Takto vedená evidence podle žalovaného neumožňuje ověřit, zda byly činnosti skutečně provedeny a náklady reálně vynaloženy, ani zda byly dostatečně odděleny od ostatních výdajů. V této souvislosti žalovaný odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 9 Afs 144/2016-51, podle něhož musí být identifikace jednotlivých nákladů v oddělené evidenci natolik jednoznačná, aby nevznikaly pochybnosti o jejich zařazení. Na tomto základě uzavírá, že žalobkyně v této části evidenční povinnost nesplnila a že nelze akceptovat náklady stanovené pouhou kalkulací na jednotku produkce.

86. Pokud jde o výdaje na spotřebovaný materiál, žalovaný dovozuje, že žalobkyně neprokázala jejich souvislost s projektem výzkumu a vývoje. Konkrétně uvádí, že nedoložila význam materiálu využitého ve zkušební výrobě ani provázanost mezi průběhem a výsledky této výroby a cíli projektu. Žalobkyně podle něj nevysvětlila přínos jednotlivých výrobních dávek, a to ani v návaznosti na tvrzené provedení 50 testů, jejichž počet navíc nedoložila. Ani z předložených laboratorních rozborů nelze podle žalovaného dovodit vazbu na projekt výzkumu a vývoje. Tvrzení o testování ze strany odběratelů či zpětné vazbě zákazníků žalobkyně nijak nedoložila. Žalovaný přitom výslovně uvádí, že neposuzoval, zda činnost naplňuje znaky výzkumu a vývoje (např. prvek novosti či odstraňování technické nejistoty), ale výhradně to, zda žalobkyně prokázala, že konkrétní výdaje byly vynaloženy v souvislosti s projektem výzkumu a vývoje.

87. Ve vztahu k nákladům na certifikaci žalovaný vysvětluje, že jeho pochybnosti vyplývají z nedostatečné projektové dokumentace. Podle ní není zřejmé, jak tyto náklady souvisejí s konkrétními výrobními dávkami ve druhé etapě projektu, v níž měla probíhat zkušební výroba. Dokumentace neuvádí, u které dávky byla zjištěna případná kontaminace, jaká opatření byla na základě těchto zjištění přijata ani zda byla účinná. III.E Vyjádření žalovaného k námitce nedostatečně zjištěného skutkového stavu 88. Žalovaný zdůrazňuje, že daňové řízení není ovládáno zásadou vyšetřovací, ale je povinností daňového subjektu, který si uplatňuje odčitatelnou položku od základu daně na výzkum a vývoj, aby nárokovaný odpočet prokázal. Žalobkyně mohla po celou dobu daňového řízení předkládat vyjádření a důkazní prostředky. Místní šetření a ústní jednání nemohly odstranit pochybnosti správce daně ohledně neprokázání realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a neunesení důkazního břemene o souvislosti vynaložených nákladů. Žalovaný neřešil věcnou stránku projektu. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, zmiňoval nutnost doložení dokumentace týkající se průběžné kontroly a hodnocení postupu při řešení projektu.

89. U odpočtu na výzkum a vývoj se jedná o nadstandardní benefit, proto musí žalobkyně vycházet z toho, že správce daně bude požadovat prokázání splnění všech nadstandardních povinností spojených s tímto benefitem (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2017, čj. 10 Afs 77/2017-56, ze dne 25. 5. 2020, čj. 8 Afs 72/2018-52; ze dne 10. 6. 2021, čj. 10 Afs 338/2020-45; ze dne 24. 8. 2022, čj. 2 Afs 194/2020-52, a usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 1. 2015, sp. zn. II. ÚS 3565/14). III.F Žalovaným navrhovaný petit 90. Žalovaný navrhl, aby krajský soud žalobu zamítl.

IV. Shrnutí žalobkyniny repliky

91. Žalobkyně v replice k vyjádření žalovaného poukazuje na rozsáhlost zjištění prvostupňového správce daně (50 stran zprávy) a žalovaného (20 stran). Argumentuje, že její věcná polemika se závěry daňových orgánů je přiměřená rozsahu zjištění a nelze ji stručně rozporovat. Odkazuje na judikaturu, která připouští obsáhlejší argumentaci v podobných případech (rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 29. 3. 2019, čj. 30 Af 121/2016-104).

92. Žalovaný uvádí, že žaloba je nepřehledná, ale žalobkyně tvrdí, že kopíruje strukturu rozhodnutí o odvolání, a pokud je nepřehledná, je to důsledkem rozhodnutí žalovaného. Žaloba je podle ní srozumitelná a přehledná.

93. Žalovaný vytýká žalobkyni, že zaměňuje tvrzení o nepřezkoumatelnosti rozhodnutí s nereagováním na každý argument. Žalobkyně tvrdí, že žalovaný se snaží kamuflovat nedostatky svého rozhodnutí a nezabývá se odvolacími důvody, zejména neunesením důkazního břemene správce daně. Podle § 116 odst. 2 daňového řádu musí žalovaný v odůvodnění rozhodnutí o odvolání vypořádat všechny důvody, v nichž odvolatel spatřuje nesprávnosti nebo nezákonnosti napadeného rozhodnutí. Rozhodnutí, které opomíjí některou z uplatněných námitek, je nepřezkoumatelné (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 6. 2007, čj. 3 As 4/2007-58, ze dne 18. 10. 2005, čj. 1 Afs 135/2004-73, a ze dne 8. 4. 2004, čj. 4 Azs 27/2004-74). Pokud žalovaný nereagoval na námitku neunesení důkazního břemene správcem daně, je napadené rozhodnutí nepřezkoumatelné.

94. Ve vztahu k otázce ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty žalobkyně uvedla, že nerozporuje, že k vyloučení odpočtu může dojít z důvodu nesplnění formálních náležitostí, ale poukazuje na skutkový stav v tomto případě. Správce daně rozporoval, zda projekt lze podřadit pod činnosti výzkumu a vývoje. Ve zprávě o daňové kontrole je uvedeno, že vývoj receptur krmných směsí bez GMO nezahrnuje ocenitelný prvek novosti, protože daňový subjekt vyráběl různé druhy krmných směsí i před realizací projektu. Správce daně měl pochybnosti o tom, že činnosti vymezené v projektu jsou činnosti výzkumu a vývoje podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a že předložené podklady prokázaly přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění technické nejistoty.

95. Žalobkyně tvrdí, že správce daně výslovně uváděl pochybnosti o tom, zda činnosti týkající se projektu jsou podřaditelné pod výzkum a vývoj. Otázky, zda projekt obsahuje ocenitelný prvek novosti či odstranění technické nejistoty, byly relevantní, protože správce daně je opakovaně zpochybnil a odůvodnil jimi doměření daně. Žalovaný odkazuje na poslední stránku zprávy o daňové kontrole, ale to nemůže změnit její skutečný obsah.

96. Pokud žalovaný chtěl odůvodnit doměrek pouze nesplněním formálních náležitostí, musel postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu. Žalovaný v odvolacím řízení neseznámil žalobkyni s jakoukoli názorovou změnou oproti posouzení správce daně. Nejvyšší správní soud dovozuje, že za dokazování se považují jakékoli zásahy do úvah správce daně, se kterými musí být daňový subjekt před vydáním rozhodnutí seznámen (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2022, čj. 10 Afs 436/2021-29).

97. Porušení ustanovení § 115 odst. 2 daňového řádu je zjevné. Změna právního názoru v tomto případě znamenala rozhodnutí v neprospěch žalobkyně o naplnění podmínek pro nárok na odpočet na výzkum a vývoj a zásah do jejích veřejných subjektivních práv. Rozhodnutí, kterým žalovaný zamítá odvolání a potvrzuje rozhodnutí správce daně, je třeba považovat za rozhodnutí v neprospěch odvolatele (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 7. 2020, čj. 10 Afs 173/2017-58).

98. Žalovaný odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 6. 2021, čj. 10 Afs 338/2020-45, ale přehlíží, že v tomto rozsudku není řešen postup dle § 115 odst. 2 daňového řádu, jehož porušení žalobkyně namítá. V případě rozsudku ze dne 10. 6. 2021 bylo doměření daně vystavěno na nesplnění prospektivnosti projektu výzkumu a vývoje, který trpěl formálními vadami. Žalovaný netvrdí, že by projekt neobsahoval formální náležitosti. Pochybnosti nespočívají v nedodržení formálních náležitostí podle § 34c zákona o daních z příjmů. Žalovaný své závěry staví na neprokázání faktického provádění kontroly a souvislosti vynaložených výdajů s projektem, což nejsou pouhé formální náležitosti projektu.

99. Žalovaný tvrdí, že faktické provádění kontroly a souvislost výdajů s projektem může zkoumat, aniž by se zabýval věcnou stránkou projektu. Žalobkyně namítá, že nelze posuzovat souvislost výdajů s projektem, aniž by byla zkoumána věcná stránka projektu a činnosti v rámci projektu. Bez toho nelze hodnotit, zda souvislost s projektem existuje. Obdobně nelze posuzovat, zda kontroly a hodnocení probíhaly, aniž by se žalovaný zabýval výsledky řešení a jeho průběhem.

100. Žalobkyně odkazuje na judikaturu, která trvá na tom, aby projekt výzkumu a vývoje byl zkoumán ve své komplexnosti a byla posuzována jeho věcná stránka. Krajský soud v Ostravě ve svém rozsudku ze dne 11. 5. 2023, čj. 22 Af 38/2022-80, uvádí, že správce daně nemůže zcela rezignovat na věcnou stránku projektu a důkazy o průběhu řešení projektu. Bez dostatečného porozumění technickým aspektům projektu nemohou správní orgány spolehlivě vyvrátit tvrzení, že projekt splňoval podmínky výzkumu a vývoje.

101. Je tedy patrné, že i při zkoumání formálních náležitostí projektu nelze zcela upozadit věcnou stránku projektu a důkazy o jeho průběhu. Žalovaný si protiřečí, když na jedné straně uvádí, že žalobkyně musí prokázat, co si v projektu stanovila, a na druhé straně tvrdí, že věcnou stránkou se zabývat nemusí.

102. Žalobkyně tvrdí, že projekt výzkumu a vývoje obsahuje způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, což splňuje formální podmínky podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Žalovaný podle ní zaměňuje formální náležitosti projektu s jeho faktickým průběhem a odmítá se zabývat průběhem projektu a dosaženými výsledky.

103. K faktickému průběhu kontrol a hodnocení žalobkyně doložila zápisy z porad řešitelského týmu a výsledky laboratorních kontrol pořízené v průběhu řešení projektu výzkumu a vývoje. To podle ní jednoznačně dokazuje, že kontroly a hodnocení probíhaly, a nedošlo k žádnému porušení zákona o daních z příjmů.

104. Žalovaný přehlíží, že svědek Z.R. vypověděl, že se konaly pravidelné porady týmu. Okolnost, že z těchto porad nebyl pořizován písemný záznam, nemůže vést k odepření uplatněného odpočtu výzkumu a vývoje. Ani z projektu výzkumu a vývoje, kterým žalovaný argumentuje, neplyne, že by měly být z těchto porad vyhotovovány písemné výstupy. Ani ze zákona o daních z příjmů neplyne, že by daňový subjekt musel dokládat záznamy ze všech porad vývojového týmu.

105. Žalovaný v napadeném rozhodnutí neposoudil odvolací námitky žalobkyně týkající se aktivace důkazního břemene podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu.

106. Žalobkyně tvrdí, že pochybnosti musí být podloženy důkazy a vztahovat se k relevantním skutečnostem, což v tomto případě nebylo splněno. Žalovaný požaduje doložení celého průběhu projektu, což žalobkyně považuje za nepřiměřené. Žalobkyně k tomu poukazuje na závěry judikatury, že důkazní břemeno se aktivuje pouze při formulování jednoznačných pochybností založených na dostatečných indiciích (rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 19. 12. 2022, čj. 30 Af 49/2021-117). Žalovaný zpochybňuje pouze charakter činnosti žalobkyně, nikoliv její existenci.

107. Žalovaný uvádí, že se v napadeném rozhodnutí soustředil na posuzování faktického provádění kontrol a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje, neboť pochybnosti v tomto směru byly stěžejní. Žalobkyně namítá, že pokud se mělo jednat o stěžejní pochybnosti, nebyla k prokazování realizace kontrol a hodnocení v rámci výzvy k prokázání skutečností vůbec vyzvána. Ani žalovaný netvrdí opak.

108. V tomto směru nemohlo dojít k aktivaci její důkazní povinnosti, a takové důkazní břemeno, které ji netížilo, nemohla neunést. Daňový subjekt musí prokazovat skutečnosti k výzvě správce daně, který musí jasně formulovat své pochybnosti. Nejvyšší správní soud ve své judikatuře dovozuje, že nepřesnou formulaci ve výzvě nemůže správce daně následně zhojit jinou formou (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2022, čj. 6 Afs 156/2020- 57).

109. Žalovaný poukazuje na dosavadní výsledek kontrolního zjištění, což však podle žalobkyně nemůže představovat vypořádání odvolacích námitek. To přísluší pouze žalovanému jako odvolacímu orgánu.

110. Žalobkyně namítla, že nebyla řádně vyzvána k prokázání realizace kontrol a hodnocení v rámci výzvy k prokázání skutečností, což způsobuje nezákonnost napadaného rozhodnutí. Pokud nebylo v tomto směru aktivováno důkazní břemeno žalobkyně, nemohla je neunést.

111. Žalovaný vychází z premisy, že pokud nejsou prokázány veškeré kontroly a hodnocení, které obsahuje projekt výzkumu a vývoje, pozbývá daňový subjekt nárok na odpočet. Takové závěry však nemají zákonnou oporu. Projekt výzkumu a vývoje představuje plán vytvořený pro futuro, který nemusí být vždy naplněn. Ani v případě, kdy kontroly a hodnocení neproběhnou přesně dle plánu, není to důvod pro odepření nároku na odpočet. Doložené zápisy z porad řešitelského týmu a výsledky laboratorních kontrol dokládají, že kontroly a hodnocení probíhaly. Žalovaný se pokouší zneužít zjištění, že z pondělních porad nebyly vyhotovovány písemné výstupy, ale přehlíží, že jejich realizace byla prokázána výslechem svědka R.

112. Jestliže zákon o daních z příjmů nevyžaduje, aby provedené kontroly a hodnocení vždy striktně odpovídaly vymezeným kontrolám a hodnocením v projektu, nemůže žalovaný zákonné podmínky nároku na odpočet svévolně rozšiřovat. To s vědomím, že porady řešitelského týmu a laboratorní kontroly proběhly. Takový postup koliduje s čl. 11 odst. 5 Listiny.

113. Žalovaný se snaží odkazem na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 2. 2015, čj. 1 As 236/2014-22, navodit dojem, že zákaz dotváření práva v neprospěch daňového subjektu platí pouze v rovině správního trestání. Zákaz dotváření daňového práva hmotného v neprospěch daňového subjektu vyslovil Nejvyšší správní soud například v rozsudku ze dne 24. 6. 2008, čj. 8 Afs 49/2007-52, č. 2250/2011 Sb. NSS.

114. Žalovaný uvádí, že se soustředil na posuzování faktického provádění kontrol a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje. Za této situace však není jasné, jak mohou obstát závěry žalovaného, že žalobkyně nesplnila formální podmínky projektu výzkumu a vývoje. Žalovaný tak popírá své vlastní posouzení.

115. Žalovaný se dovolává rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, bez ohledu na skutková specifika tohoto případu. Nejvyšší správní soud se zabýval prokazováním výzkumně vývojové činnosti, na což žalovaný rezignoval. Jednalo se o situaci, kdy daňový subjekt doložil až finální řešení a nebyl doložen průběh řešení projektu výzkumu a vývoje. Proto nebylo možno seznat odstraňování technické nejistoty a ocenitelný prvek novosti. Oproti tomu v posuzovaném případě žalobkyně doložila řadu důkazů k průběhu projektu výzkumu a vývoje od zahájení až po jeho ukončení, dokládající tuto vývojovou činnost. Vlastním průběhem projektu výzkumu a vývoje, odstraňováním technické nejistoty a dosaženými řešeními, která byla kontrolována a testována, se však žalovaný odmítl zabývat.

116. Žalovaný uvádí, že z laboratorních testů není zřejmé, ke které dávce krmné směsi se vážou a jaké důsledky měly pro žalobkyni. Žalobkyně namítá, že žalovaný se věcnou stránkou odmítl zabývat. Projekt měl nalézt složení a technologický postup pro výrobu krmné směsi bez GMO na základě poptávky mlékárny. Testy mléka zadávala mlékárna. Žalobkyně nebyla vyzvána k doložení návaznosti testů na dávky krmné směsi.

117. Žalovaný tvrdí, že z předložených důkazů neplyne žádná provázanost. Žalobkyně však doložila celý průběh projektu, včetně nové receptury krmné směsi bez GMO, technologického postupu, laboratorních rozborů, zápisů z porad, finanční a technické zprávy, a osvědčení od certifikační společnosti. Důkazy dokládají vývoj nových receptur, jejich testování a úpravy technologického postupu.

118. V souvislosti s namítanou rozporností závěrů žalovaného se žalobkyně ohrazuje vůči tvrzení, že vytrhává cokoli z kontextu rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55. Z rozsudku plyne, že pokud správce daně zkoumá doloženou evidenci nákladů na výzkum a vývoj, nemůže zpochybňovat splnění ostatních podmínek. Tyto závěry se vztahují i na posuzování faktické realizace kontrol a hodnocení. Žalovaný zpochybňuje, zda realizovaná činnost je materiálně výzkumem a vývojem. Aplikace posledně citovaného rozsudku na posuzovaný případ ukazuje, že ostatní podmínky odpočtu výzkumu a vývoje byly splněny a nelze rozporovat realizaci kontrol a hodnocení, jak činí žalovaný. Tuto podmínku nadto žalovaný nesmyslně označuje za „formální“.

119. Žalobkyně v replice setrvává na stanovisku, že splnila zákonnou povinnost vést oddělenou evidenci nákladů na výzkum a vývoj podle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, a vytýká žalovanému, že tuto skutečnost přehlíží, přestože ji v řízení doložila.

120. Ve vztahu ke mzdovým nákladům žalobkyně odmítá závěr žalovaného o neunesení důkazního břemena a uvádí, že předložila evidenci odpracovaných hodin i detailní popis činností jednotlivých pracovníků. Z této evidence podle ní plyne, kolik času konkrétní zaměstnanci věnovali řešení projektu výzkumu a vývoje a umožňuje oddělit náklady na projekt od ostatních výdajů. Zdůrazňuje, že posouzení souvislosti mzdových nákladů s projektem je otázkou vyžadující zkoumání věcné stránky projektu, jeho průběhu a činností řešitelského týmu. To žalovaný neučinil.

121. K osobním nákladům ve druhé etapě projektu žalobkyně namítá, že jejich kalkulovaný charakter neznamená porušení § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Pokud se mzdy dělníků promítly do nákladů na výrobu 1 t krmné směsi, které byly vedeny odděleně, zůstává podle ní zákonná podmínka splněna, neboť právní úprava nevyžaduje členění nákladů podle jednotlivých kategorií.

122. Odmítá rovněž výtku absence seznamu pracovníků a mzdových dokladů s tím, že samotná realizace výroby nebyla zpochybněna a žalovaný ji uznal při posouzení daňové účinnosti podle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů. Podle žalobkyně je vnitřně rozporné, pokud žalovaný existenci výroby uznává, avšak současně zpochybňuje související osobní náklady při posuzování odpočtu za výzkum a vývoj. Žalobkyně dále zdůrazňuje, že náklady na výrobu vycházely z účetně evidovaných údajů výrobního střediska a odpovídají účetním předpisům; u pracovníka R. byla jeho hlavní pracovní náplň správně zachycena v nákladech výroby, zatímco činnost nad rámec výroby byla evidována samostatně.

123. Ve vztahu k materiálovým nákladům žalobkyně namítá, že žalovaný vůbec nezkoumal průběh projektu ani dosažená řešení, a proto nemohl kvalifikovaně posoudit jejich souvislost s projektem výzkumu a vývoje. Zdůrazňuje, že projekt nespočíval pouze v nalezení receptury krmné směsi bez GMO, ale i ve vývoji technologického postupu výroby, manipulace se surovinami, skladování, logistiky, střídání výroby a čištění výrobní linky s cílem zabránit kontaminaci GMO. K dosažení tohoto cíle bylo podle žalobkyně nezbytné testovat výrobu ve větších objemech, neboť pouze tak bylo možné ověřit funkčnost technologie v reálných podmínkách. Spotřeba materiálu tak představovala nezbytný předpoklad ověření výsledků projektu a bez ní by nebylo možné vyhodnotit, zda nedochází ke kontaminaci. Žalobkyně dále uvádí, že pokud žalovaný nerozuměl návaznosti laboratorních rozborů na projekt, měl postupovat podle § 95 daňového řádu a ustanovit znalce. Tím, že tak neučinil a důkazy odmítl hodnotit pro jejich odbornou náročnost, podle žalobkyně porušil § 92 odst. 2 daňového řádu, § 8 odst. 1 daňového řádu i § 102 odst. 3 a 4 daňového řádu.

124. Pokud jde o náklady na certifikaci, žalobkyně odmítá pochybnosti žalovaného jako nedostačující pro aktivaci její důkazní povinnosti podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Zdůrazňuje, že z předložených faktur je zřejmé, že se týkají laboratorních rozborů krmných směsí na přítomnost GMO, a jejich vazba na projekt zaměřený na vývoj produktu bez GMO je tudíž evidentní. Nelze podle ní požadovat, aby daňové doklady obsahovaly detailní návaznost na interní výrobní dávky či technologické postupy. Žalobkyně rovněž poukazuje na to, že správci daně nabízela součinnost a možnost objasnění nejasností. To daňové orgány odmítly.

125. Žalovaný zdůrazňuje, že daňové řízení není ovládáno zásadou vyšetřovací, ale je povinností daňového subjektu, který si uplatňuje odčitatelnou položku od základu daně na výzkum a vývoj, aby nárokovaný odpočet prokázal. To však dle žalobkyně nepředstavuje argument proti provedení znaleckého posudku. Bez odborného posouzení nelze porozumět tomu, proč byl třeba využit spotřebovaný materiál a proč je dána souvislost uplatněných výdajů s projektem. Laik v daném odvětví nemůže porozumět průběhu řešení projektu a provedeným testům, kontrolám a hodnocením.

126. Žalovaný uvádí, že místní šetření s prohlídkou výrobního zařízení a ústní jednání nemohly odstranit pochybnosti správce daně ohledně neprokázání realizace způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Žalobkyně namítá, že při místním šetření si mohl správce daně učinit obrázek o potřebě množství spotřebovaného materiálu. Při ústním jednání mohlo dojít k vyjasnění sporných okolností. Daňové orgány však neměly zájem o vyjasnění a postupovaly účelově ve snaze doměřit daň žalobkyni.

V. Shrnutí dupliky žalovaného

127.Žalovaný v následné duplice připomíná, že předmětem sporu je, zda žalobkyně splnila všechny zákonné podmínky pro uplatnění odpočtu výdajů na projekt výzkumu a vývoje podle zákona o daních z příjmů.

128. Žalovaný tvrdí, že správce daně důkazní břemeno unesl a žalobkyně neprokázala faktickou realizaci kontrolní činnosti, způsobu hodnocení projektu a souvislosti vynaložených nákladů s projektem. Touto otázkou se ve svém rozhodnutí dostatečně zabýval.

129. Žalovaný nepopírá, že správce daně se zabýval otázkou novosti a technické nejistoty, ale konečné závěry založil na neprokázání faktické realizace kontrol a hodnocení projektu a souvislosti nákladů s projektem.

130. Důvody doměrku jsou seznatelné z napadeného rozhodnutí a zprávy o daňové kontrole (závěrečné shrnutí na straně 50). Polemika žalobkyně neobstojí. Žalovaný setrvává na názoru správce daně s tím, že nebylo nutné žalobkyni seznamovat postupem dle § 115 odst. 2 daňového řádu.

131. Faktické provádění kontroly a souvislost výdajů s projektem výzkumu a vývoje souvisí s prověřováním podmínek kladených na formalizovaný projekt [§ 34 odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů]. Žalobkyně musí prokázat, co si v projektu sama stanovila, tedy skutečnou realizaci kontrolní činnosti dle projektu.

132. V žalobkyní poukazovaném rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 11. 5. 2023, čj. 22 Af 38/2022-80, byla řešena jiná otázka než ve zde posuzované věci. Nadto proti tomuto rozsudku byla podána kasační stížnost. Důvody pro odepření odpočtu spočívaly ve zde řešeném případě v nenaplnění podmínek formálního charakteru, tedy neprokázání faktické realizace kontrolní činnosti a neunesení důkazního břemene žalobkyní stran prokázání souvislosti vynaložených nákladů s projektem výzkumu a vývoje.

133. Žalobkyně tvrdí, že žalovaný zaměňuje formální náležitosti projektu s jeho faktickým průběhem, aniž by se projektem a dosaženými výsledky vůbec zabýval. Žalovaný považuje tento náhled za zavádějící. Způsob kontroly a hodnocení v projektu výzkumu a vývoje si žalobkyně sama stanovila, proto byla povinna doložit a prokázat uskutečňování hodnotících a kontrolních postupů. Daňový subjekt musí být schopen prokázat, co si v projektu výzkumu a vývoje sám stanovil [tedy nastavení povinných formálních aspektů dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů]. Správce daně požadoval doložit vzájemně provázané podklady dokumentující činnost žalobkyně při provádění výzkumu a vývoje. Způsob kontroly a hodnocení si žalobkyně sama nastavila (v rámci 4 etap projektu). Součástí dokumentace je nejen projektová dokumentace, ale i průběžná dokumentace týkající se průběžné kontroly a hodnocení postupu při řešení projektu (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55).

134. Žalovaný uvádí, že zápisy z porad nepřinesly průkazné informace o tom, jakým konkrétním způsobem kontrola projektu probíhala. Z laboratorních testů není zřejmé, ke které vyrobené dávce krmné směsi se vážou, ani jaké důsledky měly pro žalobkyni a její činnost v rámci projektu. Skutečnost, že z porad týmu nebyly vypracovány písemné výstupy, důkazní pozici žalobkyně nevylepšuje. Svědek R. sice potvrdil, že porady týmu pravidelně probíhaly, ale nic konkrétního k nim neuvedl.

135. Žalovaný nesouhlasí s názorem žalobkyně o plytkém konstatování o přenosu důkazního břemene na žalobkyni ohledně nastavených náležitostí projektu. Správce daně zpochybnil faktickou realizaci stanoveného způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, souvislosti vykázaného materiálu s projektem výzkumu a vývoje a pochybnosti vyprecizoval v dosavadním výsledku kontrolního zjištění. Žalobkyně se mýlí v tom, že by se žalovaný v napadeném rozhodnutí sdělenými pochybnostmi správce daně vůbec nezabýval a bez dalšího je pouze přijal. Nejednalo se o extenzivní požadavky správce daně, ale o podstatné požadavky formálního charakteru. Rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 19. 12. 2022, čj. 30 Af 49/2021-117, nepovažuje žalovaný za přiléhavý, neboť správní orgány po žalobkyni nepožadují doložit veškerou myslitelnou průběžnou dokumentaci, ale doložit to, co sama tvrdí.

136. Žalovaný uvádí, že žalobkyně byla k prokazování realizace kontrol a hodnocení vyzvána, rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2022, čj. 6 Afs 156/2020-57, na danou věc nedopadá. Správce daně formuloval důvodné pochybnosti již ve výzvě čj. 1293829/20/2211-60561-307357 a poté je precizoval v dosavadním výsledku kontrolního zjištění. Žalobkyně si byla vědoma, v čem pochybnosti správce daně spočívají, neboť na ně adekvátně reagovala.

137. Žalovaný nikterak nerozporuje, že v průběhu realizace projektu mohou obecně nastat změny, tyto však musí být ze strany daňového subjektu řádně zdokumentovány a musí být vysvětleno, proč k nim dochází.

138. Žalovaný konstatuje, že žalobkyně zaměňuje formální a materiální podmínky a snaží se hranice mezi nimi relativizovat. Žalovaný nevytýká žalobkyni nesplnění formálních náležitostí projektu, ale podmínek formálního charakteru obecně kladených na činnosti ve výzkumu a vývoji. Uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu výzkumu a vývoje dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Žalobkyně neprokázala, že kontrola a hodnocení byly v rámci řešení projektu prováděny tak, jak si je nastavila.

139. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, žalovaný aplikoval z důvodu nutnosti řádně zdokumentovat průběh procesu vývojové činnosti. Žalobkyně proces vývojové činnosti náležitě nezdokumentovala. Výsledky laboratorních testů měly být ukazatelem, co z nich žalobkyně pro svou činnost vyvodila. Žalobkyně však stran testů prováděných zákazníky, které měly být významným zdrojem informací o kontaminaci vyráběných krmných směsí, nic nedoložila. V zápisech z porad není uveden žádný odkaz na prováděné laboratorní testy. Žalobkyně předložila projekt s povinnými náležitostmi, ale faktické uskutečnění kontrolních a hodnotících postupů neprokázala.

140. Žalovaný setrvává na tom, že z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55, vyplývá, že v daném případě byla rozporována přítomnost ocenitelného prvku novosti, zatímco ve zde řešeném případě byl odpočet výzkumu a vývoje odepřen z důvodu neprokázání faktické realizace kontrol a hodnocení postupu řešení projektu. Nesplnění podmínek pro uznání odčitatelné položky na podporu výzkumu a vývoje vyvolává pochybnosti o existenci samotného vývojového procesu.

141. Žalovaný v duplice setrvává na závěru, že žalobkyně neunesla důkazní břemeno a její evidence nákladů na výzkum a vývoj není dostatečně průkazná. Ve vztahu k mzdovým nákladům zdůrazňuje, že žalobkyně neprokázala skutečné časové ani věcné přiřazení práce zaměstnanců k projektu; předložené popisy činností považuje za obecný výčet, který nelze propojit s evidencí pracovní doby. Odkazuje přitom na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, čj. 1 Afs 429/2018-41, č. 3977/2020 Sb. NSS, podle něhož musí být výdaje vynaloženy v souvislosti s realizací projektu. Námitku potřeby odborného posouzení odmítá s tím, že jde o nedostatek důkazů, nikoli o odbornou otázku. Žalobkyně nijak nevysvětluje, k čemu správce daně potřebuje odborné znalosti, aby propojil její pracovní aktivity na činnostech, které žalobkyně deklaruje, že v rámci výzkumu a vývoje činila.

142. K tvrzené rozpornosti svých závěrů žalovaný uvádí, že posouzení daňové účinnosti podle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů a posouzení podmínek odpočtu podle § 34 a § 34b téhož zákona sledují odlišná kritéria; odpočet na výzkum a vývoj představuje daňový benefit se zvýšenými požadavky na prokázání nároku.

143. U osobních nákladů ve druhé etapě projektu žalovaný trvá na tom, že jejich kalkulovaný charakter neodpovídá požadavku oddělené evidence podle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů; poukazuje i na nejasné zařazení mzdy pracovníka R.

144. Ve vztahu k materiálovým nákladům žalovaný zdůrazňuje, že posuzoval pouze prokázání jejich souvislosti s projektem výzkumu a vývoje; absence konkrétních údajů o přínosu jednotlivých výrobních dávek podle něj brání jejich uznání a nevyžaduje ustanovení znalce.

145. U nákladů na certifikaci setrvává na tom, že předložené doklady neprokazují jejich vazbu na projekt, jelikož chybí propojení s konkrétními výrobními dávkami a návaznost na zjištěnou kontaminaci a přijatá opatření.

146. Žalovaný nesouhlasí s tím, že měl být proveden znalecký posudek. Žalobkyně neprokázala způsob kontroly a hodnocení projektu a neunesla důkazní břemeno stran souvislosti vynaložených nákladů s projektem výzkumu a vývoje. Uvedené nedostatky formálního charakteru nelze odstranit při místním šetření či ústním jednání.

VI. První rozsudek krajského soudu, zrušující rozsudek Nejvyššího správního soudu a následná vyjádření účastníků řízení

147.Krajský soud rozsudkem ze dne 9. 4. 2025, čj. 61 Af 9/2023-71, žalobu zamítl. Dospěl totiž k závěru, že žalobkyně neprokázala uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, přičemž správce daně své důkazní břemeno v tomto ohledu naopak unesl.

148. Nejvyšší správní soud rozsudkem ze dne 24. 10. 2025, čj. 5 Afs 84/2025-56, rozsudek krajského soudu zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Nejvyšší správní soud nejprve dovodil, že rozhodnutí žalovaného je přezkoumatelné (odst. 42). Nejvyšší správní soud uvedl, že „rozsudku krajského soudu co do posouzení otázek přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty nelze ničeho vytknout. Již z rozhodnutí žalovaného, byť převážná část kontrolních zjištění skutečně směřovala právě k otázce prvku novosti, je zjevné, že důvodem neuznání odpočtu nesplnění této podmínky nebylo. Krajský soud proto implicitně posoudil tuto námitku tak, že tato podmínka byla naplněna. Ostatně takto k věci přistupoval i žalovaný, neboť jinak by posuzování způsobu kontroly a hodnocení projektu postrádalo logiku, nebyl-li by naplněn zásadní předpoklad – tedy to, že se o výzkum a vývoj vůbec jedná. Není proto vadou, pokud se krajský soud námitkami stěžovatelky vedenými tímto směrem blíže nezabýval.“ 149.Dále však dovodil, že „[z]ávěr krajského soudu o nesplnění podmínky - prokázání faktické realizace kontrol a hodnocení projektu - Nejvyšší správní soud shledal nepřezkoumatelný, resp. nemající dostatečnou oporu ve zjištěném skutkovém stavu a ve spise (viz např. soudem aprobovaná nesouvislost zkušebních protokolů Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 11. 4. 2016 s dalšími materiálně i časově souvisejícími výstupy; krajský soud aproboval nepotvrzení konání porad svědkem R. – v tomto případě je však např. z protokolu ze dne 1. 9. 2021 zcela zjevné, že svědek byl správcem daně dotazován výhradně k otázce novosti, byl dotazován např. na svoji pracovní náplň, na předmět projektu, kdo zadával úkoly, kdo je hodnotil, co konkrétně on objevil, jaké jsou odlišnosti řešeného projektu oproti stávajícímu stavu, zda byla sepsána směrnice, kdo byli odběratelé, etc.; na všechny otázky svědek odpovídal, v tomto směru potom zcela logicky kladla svědkovi otázky i stěžovatelka; nelze tudíž jeho výpověď bez dalšího hodnotit tak, že neprokázala realizaci faktické kontroly a hodnocení projektu, pokud se dokazování tímto směrem vůbec neubíralo). Žalovaný potažmo krajský soud nevyhodnotili veškeré podklady ve všech souvislostech, které stěžovatel k prokázání svého tvrzení předložil.“ Za této situace krajský soud pochybil, pokud se pro nadbytečnost nezabýval dalšími důvody neuznání odpočtu. Dle Nejvyššího správního soudu „[t]akový postup však nemůže obstát za situace, kdy neobstál závěr o neprokázání realizace kontroly a hodnocení projektu.“ 150.Nejvyšší správní soud uzavřel, že „nezpochybňuje závěry krajského soudu vycházející z jím citované judikatury NSS týkající se povinnosti prokázat oprávněnost uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Tato odčitatelná položka, kterou zákonodárce v rámci konstrukce daně z příjmů zvolil (obdobně jako např. uplatnění daňové ztráty), zcela jistě představuje určitý benefit pro určitý okruh poplatníků, kteří splní zákonem stanovené podmínky. Nicméně naplnění či nenaplnění těchto podmínek zákonem striktně stanovených (viz § 34a an. zákona o daních z příjmů) musí být posuzováno v rámci řádně a korektně (nikoli nadstandardně) vedeného dokazování; důkazní prostředky, které daňový subjekt navrhuje a předkládá musí být hodnoceny ve všech souvislostech. Pokud zcela ‚běžnými důkazními prostředky‘ ve svém souhrnu daňový subjekt oprávněnost odpočtu prokáže, není žádný legitimní důvod požadovat další ‚nadstandardní‘ důkazy. To platí např. o hodnocení zápisů z porad v kontextu s ostatními důkazními prostředky, které stěžovatel předkládal. Závěr o splnění či nesplnění podmínek pro uplatnění odpočtu musí přitom vycházet z řádně zjištěného skutkového stavu.“ 151.Žalovaný ve svém vyjádření po zrušujícím rozsudku Nejvyššího správního soudu uvedl, že jeho rozhodnutí je přezkoumatelné, neboť jinak by jej Nejvyšší správní soud taktéž zrušil.

152. Žalovaný trvá na tom, že žalobkyně neprokázala faktickou realizaci kontroly a hodnocení projektu podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Zdůrazňuje, že odpočet na výzkum a vývoj představuje výjimku z obecného pravidla jednorázového uplatnění nákladu, a tedy daňový benefit, u něhož lze požadovat splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených. Podle žalovaného žalobkyně nepředložila dostatečné důkazy o tom, že kontrolní mechanismy stanovené v projektu (zejména pravidelné porady a laboratorní testy) byly skutečně realizovány a jakým způsobem byly vyhodnocovány; zápisy z porad jsou podle něj obecné, neobsahují konkrétní hodnoticí kritéria ani závěry a nejsou provázány s dalšími kroky řešení projektu. Tento závěr se neopíral pouze o výpověď svědka R..

153. Žalovaný nesouhlasí s tím, že by po žalobci požadoval „nadstandardní“ důkazy při hodnocení zápisů z porad, potažmo při hodnocení splnění podmínek pro oprávněné uplatnění odpočtu. Daňové orgány požadovaly po žalobci doložit to, co sám tvrdí, tedy provádění nastaveného způsobu kontroly a hodnocení postupu při řešení projektu. Výstupy z kontrol musí obsahovat jasná hodnotící kritéria a také to, zda byla naplněna či nikoliv.

154. Žalobkyně dle žalovaného dále neprokázala, že evidovaná doba byla skutečně dobou odpracovanou zaměstnanci při řešení projektu. Konkrétně žalovaný uvádí, že u osobních nákladů ve druhé etapě projektu nelze akceptovat jejich kalkulovaný charakter a že nejsou vedeny odděleně a průkazně, přičemž problematické je i zařazení mzdy pracovníka R..

155. U materiálových nákladů žalobkyně podle něj neprokázala přínos jednotlivých výrobních dávek pro projekt ani jejich systematické vyhodnocení, což by bylo při tvrzeném experimentálním charakteru činností očekávatelné. U nákladů na certifikaci pak chybí vazba těchto výdajů na konkrétní výrobní dávky a není možné ověřit souvislost testování s průběhem a výsledky projektu.

156. Žalobkyně ve svém vyjádření po zrušujícím rozsudku Nejvyššího správního soudu v otázce kontroly a hodnocení řešení projektu zdůrazňuje, že žalovaný nadále prosazuje nepřípustně „nadstandardní“ důkazní požadavky. Žalobkyně zdůrazňuje, že Nejvyšší správní soud shledal závěr o neprokázání kontroly a hodnocení projektu nepřezkoumatelným a bez opory ve spise, a proto je další polemika žalovaného nedůvodná. Uvádí, že doložila více důkazů o průběhu kontroly (zejména zápisy z porad řešitelského týmu a laboratorní testy). Konkrétně rozvádí průběh jednotlivých porad  dne 1. 3. 2016, kdy došlo k vyhodnocení první etapy projektu (analýza stávajícího stavu a návrh realizace),  dne 6. 6. 2016, kdy byla vyhodnocena druhá etapa (zkušební výroba),  dne 1. 11. 2016, kdy proběhlo vyhodnocení třetí etapy (výroba GMO free krmiva),  dne 5. 12. 2016, kdy proběhlo závěrečné vyhodnocení projektu.

157. U každé z těchto porad žalobkyně uvádí konkrétní složení účastníků a odkazuje na předložené zápisy z porad. Současně tvrdí, že účast pracovníků na těchto poradách koresponduje s evidencí odpracovaných hodin na projektu, kterou žalovaný měl k dispozici. Pokud se v jednom případě (6. 6. 2016) objevuje nesoulad v evidenci pracovní doby jedné pracovnice, žalobkyně jej vysvětluje jako administrativní pochybení, které podle ní nemůže zpochybnit průběh samotné porady ani její význam v rámci projektu. Poslední schůzka dne 5. 12. 2016 se týkala vyhodnocení projektu, přičemž tento den již nemají řešitelé v evidenci pracovní doby evidovány žádné hodiny, neboť řešení projektu skončilo k 30. 11. 2016.

158. Předložené testy Státního veterinárního ústavu Jihlava a společnosti Genetic ID (Europe) se týkaly pouze vyrobených krmných směsí bez GMO a testovala se pouze přítomnost geneticky modifikovaných surovin ve vyrobené krmné směsi. Již toto dokládá souvislost s projektem, když je patrné, že souvisí s cílem projektu a hledaným řešením. V protokolu k testu je vždy uvedena dávka krmné směsi, která byla testována, což opět dokládá souvislost s projektem.

159. To, zda výdaje byly oprávněně uplatněny v rámci odčitatelné položky a zda je dána návaznost výdajů s uplatněnými náklady na výzkum a vývoj, je otázkou unesení důkazního břemene. K takovému dokazování vůbec nedošlo. Formální náležitost vyhlášeného projektu nijak nesouvisí s posouzením, zda je předložená evidence nákladů průkazná a zda je patrná souvislost uplatněných výdajů v rámci odpočtu s projektem vědy a výzkumu. To je totiž otázkou skutkovou, která se musí stát předmětem dokazování (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, čj. 1 Afs 429/2018-41).

160. Ve vztahu k oddělené evidenci nákladů žalobkyně uvádí, že podmínku § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů splnila, neboť oddělenou evidenci doložila. Zdůrazňuje rozdíl mezi otázkou formální existence oddělené evidence a otázkou průkaznosti a věcné souvislosti nákladů s projektem, které žalovaný nepřípustně směšuje.

161. K materiálovým nákladům žalobkyně uvádí, že žalovaný zcela přehlíží průběh řešení projektu, zejména zavedení technologického opatření (proplachu výrobní linky), a nehodnotí předložené důkazy o jeho realizaci. Podle žalobkyně nelze posuzovat souvislost výdajů s projektem bez věcného posouzení jeho průběhu a řešení.

162. K nákladům na certifikaci žalobkyně odkazuje na svou předchozí žalobní argumentaci.

VII. Právní hodnocení krajského soudu

163.Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobních bodů. Vycházel přitom ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 s. ř. s.). Krajský soud ve věci rozhodl bez jednání dle § 51 s. ř. s.

164. Žaloba není důvodná.

165. Krajský soud považuje v úvodu svého právního hodnocení za potřebné uvést, že povinnost posoudit všechny žalobní námitky neznamená, že krajský soud je povinen reagovat na každou dílčí argumentaci a tu obsáhle vyvrátit. Jeho úkolem je totiž vypořádat se s obsahem a smyslem žalobní argumentace (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 4. 2014, čj. 7 As 126/2013-19). Tento závazek přitom nemůže být chápán tak, „že vyžaduje za všech okolností podrobnou odpověď na každý jednotlivý argument účastníka (srovnej např. rozsudek ve věci Van de Hurk v. The Netherlands, ze dne 19. 4. 1994, Series No. A 288). To by mohlo vést zejména u velmi obsáhlých podání až k absurdním a kontraproduktivním důsledkům jsoucím v rozporu se zásadou efektivity a hospodárnosti řízení. Podstatné podle názoru Nejvyššího správního soudu je, aby se městský soud ve svém rozhodnutí vypořádal se všemi základními námitkami účastníka řízení tak, aby žádná z nich nezůstala bez náležité odpovědi. Odpověď na základní námitky však v sobě může v některých případech konzumovat i odpověď na některé námitky dílčí a související “ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 4. 2009, čj. 9 Afs 70/2008-130). Ostatně i Ústavní soud v této souvislosti konstatoval, že „[n]ení porušením práva na spravedlivý proces, jestliže obecné soudy nebudují vlastní závěry na podrobné oponentuře (a vyvracení) jednotlivě vznesených námitek, pakliže proti nim staví vlastní ucelený argumentační systém, který logicky a v právu rozumně vyloží tak, že podpora správnosti jejich závěrů je sama o sobě dostatečná“ (srov. nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08, bod 68, a obdobně též například rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 3. 2013, čj. 8 Afs 41/2012-50, ze dne 6. 6. 2013, čj. 1 Afs 44/2013-30, a ze dne 3. 7. 2013, čj. 1 As 17/2013-50). Krajský soud tímto reaguje na skutečnost, že žalobní argumentace je nejen velmi obsáhlá, ale zároveň přes formální členění na jednotlivé kapitoly i značně repetitivní a nepřehledná. Ve světle výše uvedeného přistoupil následně krajský soud k posouzení žalobních námitek. VII.A K námitkám nepřezkoumatelnosti 166.Krajský soud se nejprve zabýval námitkami nepřezkoumatelnosti, jejichž důvodnost by sama o sobě postačovala ke zrušení žalobou napadeného rozhodnutí. Těmto námitkám nepřisvědčil.

167. V otázce požadavků na kvalitu odůvodnění správního rozhodnutí lze poukázat například na rozsudek ze dne 16. 6. 2006, čj. 4 As 58/2005-65, v němž Nejvyšší správní soud konstatoval, že z rozhodnutí správního orgánu musí být mimo jiné patrno, „proč správní orgán považuje námitky účastníka za liché, mylné, nebo vyvrácené, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč považuje skutečnosti předestírané účastníkem za nerozhodné, nesprávné, nebo jinými řádně provedenými důkazy vyvrácené, podle které právní normy rozhodl, jakými úvahami se řídil při hodnocení důkazů“. Jinými slovy z rozhodnutí správního orgánu musí plynout, jaký skutkový stav vzal správní orgán za rozhodný, jak uvážil o pro věc podstatných skutečnostech, resp. jakým způsobem rozhodné skutečnosti posoudil. Povinnost odůvodnit rozhodnutí však z druhé strany nemůže být chápána tak, že vyžaduje podrobnou odpověď na každý argument účastníků řízení (srov. obdobně například nález Ústavního soudu ze dne 27. 3. 2012, sp. zn. IV. ÚS 3441/11). Rozhodnutí správních orgánů obou stupňů tvoří z hlediska soudního přezkumu jeden celek a není proto vyloučeno, aby případné mezery odůvodnění tato rozhodnutí vzájemně zaplňovala (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 10. 2014, čj. 6 As 161/2013-25).

168. Pokud jde o otázku nepřezkoumatelnosti rozhodnutí pro nesrozumitelnost, lze poukázat na rozsudek ze dne 25. 4. 2013, čj. 6 Ads 17/2013-25, v němž Nejvyšší správní soud dovodil, „že rozsudek by byl nepřezkoumatelný pro nesrozumitelnost, pokud by z něj nebylo lze jednoznačně dovodit, jakým právním názorem je správní orgán po zrušení svého rozhodnutí vázán a jak má v dalším řízení postupovat (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 3 Ads 80/2009-132 ze dne 22. září 2010), nebo pokud by z něj nevyplývalo, podle kterých ustanovení a podle jakých právních předpisů byla v kontextu podané správní žaloby posuzována zákonnost napadeného správního rozhodnutí (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 7 As 28/2008-76 ze dne 21. srpna 2008), pokud by jeho odůvodnění bylo vystavěno na rozdílných a vnitřně rozporných právních hodnoceních téhož skutkového stavu (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 4 Azs 94/2007-107 ze dne 31. ledna 2008), či pokud by jeho výrok byl vnitřně rozporný nebo by z něj nebylo možno zjistit, jak vlastně soud rozhodl (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 2 Ads 58/2003 ze dne 4. prosince 2003, 133/2004 Sb. NSS) a v některých jiných speciálních případech. Nicméně, s tímto kasačním důvodem je nutno zacházet obezřetně, neboť zrušením rozhodnutí soudu pro nepřezkoumatelnost se oddaluje okamžik, kdy základ sporu bude správními soudy uchopen a s konečnou platností vyřešen, což není v zájmu ani účastníků řízení (v případě nositelů veřejných subjektivních práv je ve hře též jejich základní právo na rozhodnutí věci bez zbytečných průtahů podle čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, resp. na projednání věci v přiměřené lhůtě podle čl. 6 odst. 1 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod), a koneckonců ani ve veřejném zájmu na hospodárnosti řízení před správními soudy, nemluvě o nákladech, jež jsou se soudním přezkumem spojeny.“ Jakkoli uvedené závěry Nejvyšší správní soud vyslovil v souvislosti s rozsudkem soudu, lze je nepochybně vztáhnout též na rozhodnutí správního orgánu.

169. Krajský soud v rozsáhlém textu žaloby a taktéž poměrně rozsáhlé replice identifikoval následující konkrétní námitky nepřezkoumatelnosti pro nedostatek důvodů či nesrozumitelnost.

170. Žalobkyně vytkla žalovanému, že se jejími námitkami týkajícími se uznatelnosti nákladů spojených s projektem nezabýval po věcné stránce. To však žalovaný podrobně vysvětlil v odstavcích 33 až 36 svého rozhodnutí, kde opakovaně zdůraznil, že k neuznání těchto nákladů vedlo nesplnění podmínek formálního charakteru. Nebylo proto zapotřebí zabývat se uskutečněním projektu po věcné stránce. V odstavci 93 pak žalovaný shrnul, že za této situace nebylo zapotřebí ustanovit znalce ani provádět místní šetření. Na této úvaze krajský soud nic nepřezkoumatelného neshledal. Je zcela zřejmé, jakým způsobem žalovaný věc posoudil a z jakých důvodů.

171. Je pak nedůvodná též námitka, dle které žalovaný neuvedl žádné konkrétní ustanovení, které mělo být porušeno, a nezdůvodnil, proč má být odpočet zamítnut. Žalovaný uvedl, že „[u]vedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu VaV dle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP“. K tomu dodal, že „[p]o zahájení realizace projektu VaV pak daňový subjekt v rámci vedení průběžné dokumentace a evidence postupů řešení projektu vede takové evidence a zajišťuje takové podklady, které lze užít jako důkazní prostředky pro doložení skutečností tvrzených v projektu VaV, tj. doložení a prokázání uskutečňování kontrolních a hodnotících postupů, jež nejsou v zásadním rozporu s tím, co daňový subjekt v projektu VaV vytyčil. Daňový subjekt tedy musí být schopen prokázat, co si v projektu VaV sám stanovil. Vzhledem k tomu, že striktní podmínky uplatňování této odčitatelné položky je třeba vnímat i s ohledem na zabránění jejího spekulativního a účelového uplatňování a doložení, že daňový subjekt skutečně prováděl činnost výzkumu a vývoje, je dle odvolacího orgánu nutné trvat i na prokázání skutečné realizace kontrolní činnosti tak, jak byla vymezena v projektu VaV.“ Jedná se o závěry přezkoumatelné a zároveň i věcně správné. Pokud zákonodárce stanoví formální podmínku stanovení způsobu kontroly v samotném písemném projektu, pak z toho samozřejmě plyne i to, že musí být kontrolovatelné i její skutečné naplňování v praxi. V opačném případě by se jednalo o podmínku zcela bezobsažnou.

172. Žalobkyně spatřuje rozhodnutí žalovaného vnitřně rozporným, neboť na jedné straně odmítl hodnotit věcnou stránku projektu, zatímco na druhé straně žalobkyni údajně vytýká, že věcnou stránku dostatečně neprokázala. Krajský soud neshledal, že by rozhodnutí žalovaného takovouto vadou trpělo.

173. Žalovaný uvedl, že odpočet žalobkyni „nebyl přiznán z důvodu nesplnění nikoliv věcných podmínek odpočtu (k neakceptování došlo z důvodu neprokázání realizace kontroly a hodnocení, neprůkaznost vedené evidence nákladů, potažmo její nevedení, a tedy neunesení důkazního břemene stran souvislosti vynaložených výdajů s projektem VaV), materiální podmínky správcem daně (tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti, resp. odstraňování technické nejistoty) tak nebyly konečně hodnoceny.“ Žalobkyně dovozuje rozpornost těchto závěrů na základě odlišných hodnocení některých v žalobě popsaných aspektů věci a vede v této souvislosti se žalovaným obsáhlou polemiku. Z toho však nelze dovozovat vnitřní rozpornost žalobou napadeného rozhodnutí, potažmo nepřezkoumatelnost pro nesrozumitelnost ve smyslu shora citované judikatury. Způsob, jakým žalovaný věc posoudil, je i v této souvislosti z odůvodnění jeho rozhodnutí patrný.

174. Dále žalobkyně uplatnila námitku nepřezkoumatelnosti spočívající v nevypořádání námitky neunesení důkazního břemene správce daně. Žalovaný se touto otázkou zabýval v odstavcích 44 až 62 svého rozhodnutí. Ačkoli se v odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí vzájemně prolíná otázka vzniku důvodných pochybností správce daně a otázka následného neunesení důkazního břemene ze strany žalobkyně, odpověď na odvolací námitku v něm nalézt lze.

175. Žalovaný uvedl, že „[p]orady se dle předložených zápisů měly uskutečnit ve dnech 1. 3. 2016, 6. 6. 2016, 1. 11. 2016 a 5. 12. 2016, na nichž měli být přítomni vždy všichni 4 členové týmu. Z předložené evidence odpracovaných hodin na projektu však vyplynulo, že všichni dotčení zaměstnanci (K., R., P a pan R.) se projektu věnovali zároveň pouze ve dnech 1. 3. 2016, 7. 11. 2016, 11. 11. 2016 a 14. 11. 2016. Dle těchto evidencí tak společné poradě mohli být přítomni všichni pouze 1. 3. 2016. Tyto nesrovnalosti odvolatel nevysvětlil, a to ani nyní v odvolání.“ Dále žalovaný mimo jiné uvedl, že „[j]e třeba rovněž souhlasit se správcem daně, že pokud si daňový subjekt sám v projektu určí způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, musí být zároveň schopen doložit její provádění.“ Žalovaný následně citoval z výzvy k odstranění pochybností, z níž dle jeho názoru plyne, že předložené zápisy byly z pohledu správce daně nedostatečné. Tyto úvahy jsou přezkoumatelné.

176. Žalovaný dle žalobkyně nereagoval na námitku, dle které nelze hodnotit k její tíži, že neuplatnila veškeré osobní náklady. Žalovaný však v této souvislosti uvedl, že „[s]kutečnost, že odvolatel v rámci osobních nákladů vynaložených na projekt VaV uplatnil méně, než jaké mu ve skutečnosti vznikly, pouze prohlubují pochybnosti odvolacího orgánu, že byly uplatněny náklady skutečně na projekt vynaložené, které by odrážely realitu. Je pravdou, že daňový subjekt nemusí uplatnit veškeré náklady, ale v tomto případě při zohlednění dalších okolností a nejasností stran toho, že zaměstnanci skutečně v tvrzeném rozsahu na projektu VaV pracovali, přispěly odvolacímu orgánu k závěru o neprůkaznosti vedené evidence.“ 177.Žalobkyně uplatnila též námitku vnitřní rozpornosti rozhodnutí žalovaného opřenou o rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55. Jelikož vypořádání této námitky má úzkou souvislost s meritorními závěry krajského soudu, vyjádří se k ní níže v příslušné pasáži odůvodnění tohoto rozsudku. VII.B K námitkám týkajícím se ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty 178.K námitkám týkajícím se ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty krajský soud poznamenává, že tato otázka nepředstavovala důvod pro neuznání odpočtu. Těmito námitkami proto nebylo zapotřebí se dále zabývat, jak potvrdil i Nejvyšší správní soud ve shora citovaném rozsudku čj. 5 Afs 84/2025-56. Krajský soud tedy na tomto místě pouze opakuje závěry vyslovené již v jeho prvním rozsudku.

179. Lze připustit, že správce daně skutečně v rámci zprávy o daňové kontrole dílčím způsobem zpochybnil existenci prvku novosti. Zároveň však v samém závěru zprávy o daňové kontrole jednoznačně shrnul důvody neuznání daňového odpočtu, přičemž prvním z nich bylo, že „daňový subjekt nedoložil dokumentaci ke způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, tak jak si sám stanovil v projektu V+V, předložená dokumentace nedokládá průběh vlastního vývojového procesu, nelze z ní určit jak proces tvorby nového technologického postupu a souvisejících kontrolních a technologických kroků probíhal “. Dalšími důvody bylo nevedení průkazné evidence odpracovaných hodin na projektu, nevedení průkazné evidence spotřeby materiálu na projekt, neprokázání souvislosti nákladů na prováděné testy s projektem a nevedení oddělené evidence dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Žalovaný závěry správce daně potvrdil a nejednalo se tak o změnu právního názoru ve smyslu § 115 odst. 2 daňového řádu.

180. Absence materiálních znaků výzkumu a vývoje (ocenitelný prvek novosti a odstraňování stavu technické nejistoty) tedy důvodem pro neuznání odpočtu nebyla, přestože se žalobkyně obsáhle pokouší přesvědčit soud o opaku. Krajský soud souhlasí se žalovaným, že tímto důvodem byl především formální nedostatek spočívající v neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení. Je podstatné zdůraznit, že povaha vytýkaného pochybení je skutečně formální, neboť přestože s výzkumným procesem souvisí (osvědčuje jeho průběh), přímo se netýká ocenitelného prvku novosti a odstraňování stavu technické nejistoty, tj. samotného jádra výzkumu a vývoje jako takového. Uvedené pochybení má však značný vliv na možnost daňových orgánů kontrolovat skutečný průběh projektu, a právě proto se jedná o skutečnost, která uznání daňového odpočtu neumožňuje.

181. Krajský soud přitom neshledal, že by odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí trpělo vnitřní rozporností, jak se žalobkyně snaží dovodit s odkazem na rozsudek ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55. Žalobkyně vychází z toho, že uskutečňování kontroly a hodnocení lze podřadit pod samotný průběh výzkumu a vývoje. S tímto východiskem se však krajský soud – jak plyne ze shora uvedeného – neztotožnil. To má vliv i na závěr o aplikovatelnosti posledně citovaného rozsudku na nynější věc.

182. Nejvyšší správní soud v něm uvedl, „že primárně je nutné v daňovém řízení postavit najisto, zda projekt (či jeho části) lze považovat za výzkum a vývoj. Nejde-li totiž o činnosti spadající svou povahou pod výzkum a vývoj, bylo by absurdní zabývat se doloženou evidencí; i kdyby totiž doložená evidence prokazovala náklady tvrzené daňovým subjektem, nemohla by prokázat oprávněnost odčitatelných položek ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, neboť právě s ohledem na vykonávané činnosti by se o podporu výzkumu a vývoje nemohlo jednat.“ 183.V tehdejší věci Městský soud v Praze zrušil rozhodnutí žalovaného pro nepřezkoumatelnost, jelikož správce daně dle názoru městského soudu hodnotil odborné otázky bez příslušných odborných znalostí. Městský soud uzavřel, že prvotně se měl správce daně (resp. žalovaný) zabývat tím, zda činnosti vykonávané v rámci projektu jsou materiálně činnostmi výzkumu a vývoje (k čemuž měl oslovit znalce), a teprve poté, co by měl tuto otázku postavenou najisto, se měl zabývat průkazností předložené evidence uplatňovaných nákladů.

184. Nejvyšší správní soud však dospěl k závěru, že „[j]elikož stěžovatel postavil své rozhodnutí na tom, že důvodem neuznání odpočtu za projekt komplex SC je neunesení důkazního břemene žalobkyní, tj. neprůkaznost doložené evidence, je důsledkem tohoto přístupu stěžovatele (jím učiněné korekce názoru správce daně) právě s ohledem na rozložení důkazního břemene v daňovém řízení také to, že nadále již nebylo sporné, zda projekt komplex SC je svou povahou projektem výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů.“ Z toho důvodu zrušovací důvod městského soudu neobstál, jelikož otázku, zda projekt splňoval podmínky výzkumu a vývoje již nebylo zapotřebí řešit. Městský soud se tak měl zaměřit na otázku průkaznosti doložené evidence.

185. V nynější věci však závěry daňových orgánů nesměřují k tomu, že by projekt nebyl „svou povahou projektem výzkumu a vývoje“, nýbrž především k tomu, že jeho faktický průběh nebylo možné s ohledem na absenci podrobnějších kontrolních výstupů podrobit kontrole (to by pro neuznání odpočtu postačovalo samo o sobě). Dalším důvodem neuznání odpočtu byla neprůkaznost doložené evidence, resp. její nesplnění podmínky jejího odděleného vedení. Ani tyto závěry však v nynější věci znalecké zkoumání nevyžadovaly (viz dále). VII.C K námitkám týkajícím se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu 186.Námitky týkající se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu jsou z části důvodné. VII.C.1 Obecná východiska 187.Dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů platí, že „[o]d základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.“ 188.Dle § 34 odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů projekt (projektová dokumentace) výzkumu a vývoje obsahuje „způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků“.

189. Obecně lze k otázce uplatňování odpočtu podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů poukázat například na relativně nedávný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 12. 2024, čj. 1 Afs 21/2024-34, dle něhož „[v]ýkladem podmínek uplatnění odpočtu podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů se NSS ve své judikatuře opakovaně zabýval. Východiskem je, že tento odpočet představuje výjimku ze základního daňového principu, podle něhož lze výdaj (náklad) od základu daně uplatnit u téhož poplatníka pouze jednou (§ 24 zákona o daních z příjmů). Jedná se o de facto daňový bonus, neboť náklady vynaložené na realizaci výzkumu a vývoje mohou být uplatněny dvakrát: jednou jako daňově uznatelné náklady ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů, podruhé právě ve formě odpočtu podle § 34 odst. 4 téhož zákona (srov. rozsudky NSS ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014-56, ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, či ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020 - 49).“ 190.Dále uvedl, že „[o]dpočet podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů poplatníka zvýhodňuje oproti jiným subjektům na trhu a poskytuje mu tak konkurenční výhodu. Tato skutečnost již sama o sobě odůvodňuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti odpočtu. Jde-li o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených (srov. rozsudky NSS ze dne 24. 11. 2017, čj. 10 Afs 77/2017 - 53, ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 - 52, či ze dne z 10. 6. 2021, č. j. 10 Afs 338/2020 - 45, dále usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 1. 2015, sp. zn. II. ÚS 3565/14). Zákon o daních z příjmů proto stanoví řadu formálních a materiálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně vyžadovat (srov. rozsudek NSS ze dne 29. 11. 2023, č. j. 5 Afs 283/2022 - 42)“ (důraz doplněn).

191. Dále lze poukázat například na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2024, čj. 5 Afs 56/2024-70, č. 4656/2025 Sb. NSS, dle něhož „již jen nesplnění jediné formální náležitosti projektu má za následek, že nárok na odpočet nelze uznat (viz výše uvedený rozsudek NSS č. j. 6 Afs 60/2014-56 anebo rozsudky NSS ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016-20, a ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020-49, č. 4379/2022 Sb. NSS). V případě nesplnění formálních požadavků tedy už ani není nutno se zabývat splněním věcných podmínek, které zákon stanoví pro vznik nároku na odpočet. Chybějící formální náležitosti v předložených projektech nelze dodatečně zhojit odkazem na další dokumentaci či podklady dokumentující vlastní realizaci jednotlivých projektů (viz blíže rozsudky NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019-54, a ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57)“ (důraz doplněn).

192. Z uvedeného je patrno, že požadavky na to, aby daňový subjekt mohl odpočet na podporu výzkumu a vývoje úspěšně uplatnit, jsou značně přísné. Je přitom zapotřebí splnit veškeré požadované podmínky.

193. K otázce způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků lze poukázat na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 8. 2024, čj. 6 Afs 76/2024-42, dle něhož „požadavek na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje není samoúčelný, ale má mimo jiné umožnit finančním orgánům zkoumat, zda kontrola a vyhodnocení proběhly, a pokud skutečně proběhly, zda lze případné záznamy o výsledcích kontroly použít při doložení nároku na odpočet (rozsudek ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016-51). Požadavek na stanovení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků není naplněn, pokud se projekt o způsobu kontroly a hodnocení nezmiňuje, anebo tak činí zcela nedostatečně, tedy nestanoví, jakým způsobem a na základě jakých kritérií bude po věcné stránce hodnoceno, zda a do jaké míry byl projekt úspěšný (viz již odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 8 Afs 170/2020-49)“ (důraz doplněn).

194. Krajský soud na tomto místě považuje za nutné nejprve uvést, že písemný projekt, který žalobkyně v průběhu daňového řízení předložila, uvedené požadavky nesplňuje, neboť způsob kontroly a hodnocení vymezuje pouze velice vágně. Pro první etapu stanoví jako způsob kontroly plnění pouze „pravidelné výrobní porady vedoucích pracovníků každé pondělí od 8:00“. Pro druhou a třetí etapu pak „pravidelné výrobní porady a laboratorní rozbory na obsah GMO“ a pro čtvrtou etapu „laboratorní testy a obdržení osvědčení “. Podle jakých kritérií hodnocení mělo probíhat, tak z projektu není vůbec patrné. Tento nedostatek však daňové orgány žalobkyni nevytkly, a není proto určující ani pro posouzení věci ze strany krajského soudu.

195. Zároveň je třeba zopakovat, co v této souvislosti konstatoval Nejvyšší správní soud ve zrušujícím rozsudku čj. 5 Afs 84/2025-56, tedy že „naplnění či nenaplnění těchto podmínek zákonem striktně stanovených (viz § 34a an. zákona o daních z příjmů) musí být posuzováno v rámci řádně a korektně (nikoli nadstandardně) vedeného dokazování; důkazní prostředky, které daňový subjekt navrhuje a předkládá musí být hodnoceny ve všech souvislostech. Pokud zcela ‚běžnými důkazními prostředky‘ ve svém souhrnu daňový subjekt oprávněnost odpočtu prokáže, není žádný legitimní důvod požadovat další ‚nadstandardní‘ důkazy.“ VII.C.2 K námitce neunesení důkazního břemene správce daně v otázce kontroly a hodnocení postupu řešení projektu 196.Žalobkyně v tomto ohledu předně namítla, že na ni (mimo jiné) v otázce kontroly a hodnocení údajně vůbec nepřešlo důkazní břemeno, neboť svůj díl důkazního břemene neunesl již správce daně. S tímto závěrem krajský soud nesouhlasí.

197. Správce daně ve výzvě k prokázání skutečností ze dne 5. 5. 2020 uvedl, že předložené zápisy z porad řešitelského týmu jsou pouze rámcové a agregované a neposkytují podrobný obraz o tom, jaké práce na projektu probíhaly (strana 11 výzvy). S tímto hodnocením se krajský soud zcela ztotožnil.

198. Například již první z pouhých čtyř předložených zápisů uvádí pouze následující: „Projednávaný úkol:

1. Průzkum známých řešení, studium materiálů o výrobě GMO free krmiv Získávání informací o výrobě bez GMO z okolního trhu, konzultace s podniky stejného zaměření, spolupráce se Spolkem pro komodity a krmiva – sekce krmiv.

2. Navržení technologických postupů a receptury pro výrobu GMO free krmiv Podle získaných informací dohodnut postup výroby, vytvořeny receptury krmných směsí, do kterých byly zapracovány suroviny bez GMO s ohledem na vybilancování živin.

3. Objednání GMO free sóji Proběhl výběr vhodného dodavatele GMO free sóji Dosažené výsledky projektu: Dohodnut technologický postup a receptury pro výrobu GMO free krmiva. Objednána GMO free sója a zahájena zkušební výroba GMO free krmiv. Při pravidelných pondělních výrobních poradách byly vyhodnocovány postupy výroby GMO free krmiv a operativně přijímána opatření zamezující kontaminaci vyrobených GMO free KS. Příští kroky řešení projektu: Pokračovat ve zkušební výrobě GMO free krmných směsí. Průběžně testovat vyrobené GMO free směsi na případnou přítomnost GMO, zejména v sóji, kterou by mohly obsahovat vyrobené GMO free KS v důsledku nějaké kontaminace ve výrobním procesu.“ 199.Z uvedeného je patrno, že zápis neobsahuje v podstatě žádná konkrétní specifika probíhajícího projektu. Uvádí-li zápis například, že byl „[d]ohodnut technologický postup a receptury pro výrobu GMO free krmiva“, pak není zřejmé, jaký o jaký technologický postup a recepturu se mělo jednat. Dle zápisu sice „[p]ři pravidelných pondělních výrobních poradách byly vyhodnocovány postupy výroby GMO free krmiv a operativně přijímána opatření zamezující kontaminaci vyrobených GMO free KS“, ale z ničeho není patrné, jak žalobkyně příslušné postupy vyhodnocovala a jaká operativní opatření přijímala. Podobně obecné jsou i další z předložených zápisů.

200. Uvedené pochybnosti správce daně dále rozvinul na stranách 26 až 28 dosavadních kontrolních zjištění, kde dále poukázal na nesrovnalosti ohledně účastí řešitelů projektu na jednotlivých poradách. Správce daně dále uvedl, že „[p]okud daňový subjekt stanoví v projektu způsob kontroly postupů řešení projektu nebo způsob dosažených výsledků, pak o těchto skutečnostech musí existovat důkazní prostředky.“ 201.Jak již krajský soud shora uvedl, požadavky na úspěšné uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje jsou vysoké. Pokud tedy žalobkyně předložila v rámci daňové kontroly k otázce kontroly a hodnocení takřka nic neříkající zápisy s tím, že písemné výstupy z jednotlivých porad ani nepořizovala, pak správci daně důvodně vznikla pochybnost o skutečném průběhu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Za této situace své důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu unesl, neboť pochybnost vyplynula přímo z podkladů předložených žalobkyní.

202. Lze připustit, že správce daně formuloval samotný výrok výzvy k odstranění pochybností ze dne 5. 5. 2020 poměrně obecně („Prokažte, že nárok na odpočet na podporu výzkumu a vývoje ve výši 7 379 079,00 Kč vykázaný na ř. 242 v podaném přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016 byl uplatněn v souladu s ustanoveními § 34 odst. 4, § 34a, § 34b a § 34c zákona o daních z příjmů“). Žalobkyni však muselo být z odvodnění výzvy nepochybně zřejmé, v čem pochybnosti správce daně spočívají. Konkrétně na obecnost předložených zápisů pak správce daně žalobkyni upozornil nejen ve výzvě k odstranění pochybností, ale také v rámci dosavadních kontrolních zjištění, kde uvedl, že neposkytují „úplný a podrobný obraz o tom, jak práce na projektu probíhaly.“ Správce daně žalobkyni vysvětlil, proč předložené podklady dle jeho názoru nepostačují. O situaci připomínající „námořní bitvu“ se tedy nejednalo. Nebylo tak povinností správce daně nad rámec původní výzvy k odstranění pochybností žalobkyni opakovaně vyzývat k doložení dalších skutečností, popřípadě se blíže a konkrétněji žalobkyně na průběh řešení projektu doptávat. Žalobkyni nic nebránilo, aby v průběhu daňového řízení doplnila další důkazy, pokud je snad měla k dispozici (nic takového ovšem ani netvrdí).

203. Krajský soud v této souvislosti poznamenává, že Nejvyšší správní soud v rozsudku čj. 5 Afs 84/2025-56 těmto úvahám krajského soudu nic nevytkl. VII.C.3 K námitkám (ne)prokázání uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu 204.Krajský soud v návaznosti na zrušující rozsudek Nejvyššího správního soudu přisvědčil žalobní argumentaci, dle které žalobkyně dostatečně prokázala uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu.

205. Krajský soud považoval za nutné zabývat se nejprve tím, jaký závazný právní názor z rozsudku Nejvyššího správního soudu čj. 5 Afs 84/2025-56 vlastně vyplývá, neboť v jeho poměrně stručném odůvodnění spatřuje jisté pnutí. Nejvyšší správní soud v souvislosti s posouzením neprokázání realizace kontroly a hodnocení projektu vytkl krajskému soudu:  nepřezkoumatelnost spočívající v tom, že stejně jako žalovaný (sic!) nevyhodnotil veškeré žalobkyní předložené podklady ve všech souvislostech;  nedostatečnou oporu závěrů krajského soudu, které dle Nejvyššího správního soudu nemají oporu ve spisu (konkrétně se neztotožnil s hodnocením zkušebních protokolů Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 26. 4. 2016 – pozn.: dne 11. 4. 2016 došlo doručení zakázky, nikoli vyhotovení protokolů; k tomu viz kolonka „Vyřízeno dne“ – s dalšími materiálně i časově souvisejícími výstupy a svědecké výpovědi pana R.);  chybný postup spočívající se v tom, že se krajský soud nezabýval dalšími žalobními námitkami, což „nemůže obstát za situace, kdy neobstál závěr o neprokázání realizace kontroly a hodnocení projektu“;  přehnaně přísné hodnocení zápisů z porad v kontextu s ostatními důkazními prostředky.

206. Pokud je původní posouzení krajského soudu (vyložené ve zrušeném rozsudku na několika stranách) nepřezkoumatelné, přičemž stejného pochybení se měl dopustit i žalovaný, pak není zřejmé, proč Nejvyšší správní soud neshledal nepřezkoumatelnost i jeho rozhodnutí, neboť žalovaný byl postaven před totožné otázky, které řešil krajský soud.

207. Přes konstatovanou nepřezkoumatelnost rozsudku krajského soudu se pak Nejvyšší správní soud přesto vymezil k věcnému posouzení relevantních důkazů ze strany krajského soudu (zkušební protokoly, svědecká výpověď, zápisy z porad).

208. Pokud je posouzení krajského soudu ve vztahu k neprokázání realizace kontroly a hodnocení projektu nepřezkoumatelné, pak je předčasné hodnotit, zda bylo zapotřebí zabývat se dalšími žalobními námitkami, jelikož pro neuznání odpočtu postačí nesplnění byť jedné z formálních podmínek. Přesto Nejvyšší správní soud dovodil, že posouzení krajského soudu neobstálo a měl se tedy dalšími námitkami (podmínkami uznání odpočtu) zabývat. To nasvědčuje tomu, že Nejvyšší správní soud považoval podmínku uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu za splněnou.

209. Z uvedeného krajský soud dovodil, že ačkoli Nejvyšší správní soud uvedl jako jedno z pochybení krajského soudu nepřezkoumatelnost jeho posouzení, ve skutečnosti věc sám (přinejmenším částečně) fakticky posoudil po věcné stránce. Pokud by totiž skutečně byla zrušujícím důvodem nepřezkoumatelnost, pak by krajský soud musel stejným způsobem postupovat vůči rozhodnutí žalovaného, neboť ani ten dle Nejvyššího správního soudu nehodnotil „veškeré podklady ve všech souvislostech“. To by však bylo zčásti v kolizi nejen s výtkami nesprávného hodnocení důkazů, ale především konstatovaným pochybením spočívajícím v nevypořádání zbylých žalobních námitek. Proto i krajský soud dále přistoupil k věcnému hodnocení. V tomto ohledu zohlednil i to, že zrušení rozhodnutí žalovaného pro nepřezkoumatelnost by jen dále oddalovalo věcné řešení celého případu.

210. Krajský soud proto při opětovném posouzení této otázky dospěl k závěru, že předložené zkušební protokoly Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 26. 4. 2016 (včetně faktury a objednacího listu), jakož i zkušební protokoly společnosti Genetic ID a dále zápisy z porad řešitelského týmu spolu s obecným konstatováním svědka R. („Průběh prací byl konzultován a vyhodnocován na pravidelných poradách týmu. A z vyhodnocení stavu vycházely další požadavky na jednotlivé členy týmu.“) svědčí ve svém souhrnu o tom, že žalobkyně kontrolu a hodnocení postupu řešení projektu skutečně prováděla.

211. Zápisy z porad řešitelského týmu ve spojení se svědeckou výpovědí svědka R. svědčí o tom, že se tým řešitelů skutečně scházel, byť náplň těchto schůzek zachycují uvedené důkazní prostředky jen v obecné rovině. Ze zkušebních protokolů pak vyplývá, že žalobkyně nechávala testovat výsledný produkt, což taktéž podporuje závěr o uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Dílčí nesrovnalosti v evidenci pracovní doby jednotlivých řešitelů projektu a dat pořízení předložených zápisů, na které poukázaly daňové orgány a které žalobkyně taktéž rozporuje, mají v této souvislosti jen podružnou povahu.

212. Z odůvodnění rozsudku Nejvyššího správního soudu čj. 5 Afs 84/2025-56 je patrno, že nepřikládal žádný význam chybějícímu vymezení hodnotících kritérií a kontrole jejich naplňování (nijak se k této otázce nevyjádřil), což přitom představovalo v této souvislosti hlavní argumentační linii krajského soudu v jeho původním rozsudku, na niž navázal svůj závěr o tom, že žalobkyní předložené důkazy tento nedostatek nepřekonaly. S tímto vědomím a ve světle závěru Nejvyššího správního soudu stran nepřípustného požadování „nadstandardních“ důkazů krajský soud hodnotí tento svůj původní požadavek jako příliš přísný.

213. Ve vztahu k otázce uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu tedy nevyvstala potřeba zpracování znaleckého posudku. VII.D K námitkám týkajícím se oddělené evidence a prokázání nákladů na výzkum a vývoj 214.Krajský soud se dále zabýval námitkami týkajícími se oddělené evidence a prokázání nákladů na výzkum a vývoj. Těmto námitkám zčásti přisvědčil.

215. Krajský soud na tomto místě předesílá, že v obecné rovině souhlasí s žalobkyní v tom, že je třeba odlišit mezi formálním požadavkem existence oddělené evidence a materiální otázkou prokázání souvislosti konkrétních nákladů s projektem výzkumu a vývoje (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, čj. 1 Afs 429/2018-41, č. 3977/2020 Sb. NSS, odst. 54). Žalovaný přitom nedostatek oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj vytkl pouze u části osobních nákladů. Zároveň však žalobkyní předložené podklady nebyly dostatečně průkazné. VII.D.1 Osobní náklady 216.Námitkám souvisejícím s doložením osobních nákladů krajský soud přisvědčil jen částečně.

217. Žalobkyní uplatněné osobní náklady jsou rozdělené do dvou skupin: a) osobní náklady na osoby, které odborně zajišťovaly řešení projektu (K., J.R., V.P. a Z.R.), ve výši 213 953 Kč a b) osobní náklady na výrobu krmné směsi bez GMO ve druhé etapě projektu ve výši 266 684,93 Kč.

218. Správce daně k tomu ve výzvě k prokázání skutečností ze dne 5. 5. 2020 ve vztahu k osobním nákladům ve skupině a) uvedl, že neobdržel specifikaci hodin a dnů, které příslušné osoby na projektu skutečně odpracovaly. Z předložených materiálů není rovněž patrné, jaké práce uvedení pracovníci vykonávali. Ve vztahu k osobním nákladům ve skupině b) pak správce daně postrádal jmenovitý seznam pracovníků podílejících se na řešení projektu. Krajský soud souhlasí s tím, že absence takovýchto podkladů zakládala v této fázi důvodnou pochybnost správce daně, a tedy i přenos důkazního břemene na žalobkyni.

219. Pokud jde o skupinu osobních nákladů pod bodem a), žalobkyně své důkazní břemeno následně unesla. Žalobkyně totiž v průběhu daňového řízení v této souvislosti předložila mzdové listy uvedených osob, tabulku „Evidence odpracovaných hodin na projektu VaV“, listinu nazvanou „Popis činností osob podílejících se na projektu VaV“, interní sdělení o stanovení maximálního procentního úvazku na projekt výzkumu a vývoje ze dne 28. 1. 2016, dokumenty a interní sdělení týkající se odměn. Jakkoli z těchto dokumentů nelze určit, kdy konkrétně se který z pracovníků věnoval té které činnosti v rámci projektu výzkumu a vývoje, je možné z nich vyčíst alespoň to, jaká byla náplň práce jednotlivých osob, kolik hodin se řešení projektu věnovaly a jaká byla jejich odměna. Jedná se o souhrn důkazů, které se vzájemně doplňují a tvoří o osobních nákladech ve skupině a) ucelený obrázek. Požadavek na podrobnější evidenci by patrně odporoval závěrům Nejvyššího správního soudu ve zrušujícím rozsudku čj. 5 Afs 84/2025-56 v podobě nepřípustnosti požadovat nadstandardní důkazy.

220. Krajský soud nepovažuje za podstatné, že žalobkyně do této skupiny nákladů nezapočetla mzdu pana R. v období od 1. 2. 2016 do 31. 5. 2016 s tím, že ta měla být zahrnuta do kalkulovaných osobních nákladů v rámci druhé etapy projektu. Rozhodnutí žalobkyně uplatnit tyto náklady v rámci jiné skupiny osobních nákladů neprůkaznost předložené evidence nezpůsobuje.

221. Jako nedostatečnou vyhodnotil krajský soud naopak evidenci osobních nákladů ve skupině b). K té žalovaný žalobkyni především vytkl, že se nejedná o evidenci oddělenou. Tuto evidenci shledal i neprůkaznou, neboť „neobsahovala údaje, z nichž by bylo možno zjistit důvod výdaje (identifikaci osoby, která vykonala činnost při realizaci projektu, dobu činnosti) a samotný výdaj (výše výdaje, doba vynaložení)“ (odst. 75 rozhodnutí žalovaného).

222. Žalobkyně v této souvislosti poskytla výpočet osobních nákladů na 1 tunu vyrobené krmné směsi.

223. Účastníci řízení k této otázce shodně poukazují na rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 9 Afs 144/2016-51. Dovozují z něj však zcela odlišné závěry. Zatímco žalobkyně zdůrazňuje, že Nejvyšší správní soud připustil evidenci osobních (mzdových) nákladů skrze stanovení podílu pracovního úvazku určených zaměstnanců, žalovaný naopak klade důraz na to, že evidence osobních nákladů musí být natolik jednoznačná, aby nevznikaly pochybnosti o jejich zařazení.

224. Nejvyšší správní soud v posledně citovaném rozsudku uvedl, „že vyúčtování mzdových nákladů daných ustanoveným podílem pracovního úvazku věnovaného u určených zaměstnanců na realizaci projektu výzkumu a vývoje vyhovuje požadavku na evidování výdajů (nákladů), aby bylo dostatečně konkrétně patrno, jaký výdaj (náklad) se váže k projektu výzkumu a vývoje, a aby nemohlo dojít k jejich záměně s jinými výdaji (náklady) nesouvisejícími s realizací projektu výzkumu a vývoje. Je totiž zřejmé, že podíl je vztažen ve stanovené výši k veškerým mzdovým nákladům na konkrétního zaměstnance v jednotlivých měsících, tedy ke všem jednotlivým nákladům (výdajům) takto evidovaným v účetnictví. I zde by mohla být evidence podrobnější, nicméně svůj účel, tedy nezaměnitelné přiřazení k jednotlivým nákladům, ve svých důsledcích splňuje“ (důraz doplněn). Tento závěr převzal Nejvyšší správní soud i žalobkyní citovaném rozsudku čj. 6 Afs 161/2021-57.

225. Dle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2025, čj. 4 Afs 215/2024-37, „bylo povinností žalobkyně vést podrobnou evidenci nákladů (výdajů), z níž je patrné, kolik hodin strávil který zaměstnanec prací na jednotlivých projektech, jaký materiál byl pro potřeby kterého projektu pořízen apod. (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 11. 2020, č. j. 1 Afs 270/2020-26). Mzdové náklady musí být v evidenci zachyceny tak, aby odpracované hodiny daného pracovníka byly přiřaditelné ke konkrétnímu projektu výzkumné a vývojové činnosti. Náklady na materiál na výzkum a vývoj musí být z daňového hlediska evidovány odděleným způsobem, jenž musí být zcela transparentní. Vedení oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj je současně daňovým konstruktem, který vyžaduje na nákladových účtech oddělené evidování nákladů s jasnou, přehlednou a dohledatelnou vazbou na konkrétní projekt (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 6. 2024, č. j. 9 Afs 63/2024-50). Jakkoli s sebou takový postup nese vyšší administrativní zatížení žalobkyně, je třeba mít na zřeteli, že odpočet nákladů (výdajů) na výzkum a vývoj podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů představuje jisté beneficium, a pokud má daňový subjekt zájem z něj těžit, musí splnit striktní podmínky stanovené zákonodárcem“ (důraz doplněn).

226. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 21. 11. 2025, čj. 3 Afs 115/2024-65, dále uvedl, že „není možné vycházet jen z jakési modelové kalkulace možných výdajů na VaV (srov. například rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne ze dne 18. 8. 2022, č. j. 10 Afs 54/2020-77, a ze dne 28. 2. 2025, č. j. 3 Afs 301/2023-68), tzn., že nepostačí vést výdaje vynaložené na VaV odděleně od ostatních výdajů, aniž by tato evidence odpovídala skutečnosti.“ 227.Uvedené vede krajský soud k závěru, že osobní náklady lze obecně vzato evidovat i formou kalkulace na základě stanoveného podílu pracovní doby. Takováto evidence se však musí vztahovat ke konkrétním zaměstnancům. Tento požadavek krajský soud nepovažuje za nijak přemrštěný, neboť evidence osobních nákladů musí umožňovat účinnou kontrolu ze strany daňových orgánů (tedy i možnost kontrolovat, zda se určení zaměstnanci na projektu výzkumu a vývoje skutečně podíleli). Žalobkyně však žádný jmenovitý seznam zaměstnanců podílejících se na řešení projektu v rámci jeho druhé etapy (vyjma již výše uvedených členů řešitelského týmu) nepředložila. Jmenovitě v této souvislosti zmiňuje pouze pana R., který však evidentně nebyl jediným zaměstnancem, který se na zkušební výrobě podílel. Nedostála tedy své povinnosti vést v tomto ohledu oddělenou evidenci, což ve výsledku vede i k tomu, že předložená evidence nemůže být ve vztahu k osobním nákladům ve skupině b) ani průkazná. Nelze-li předloženou evidenci spojit s konkrétními zaměstnanci, nejedná se o otázku, která by vyžadovala znalecké zkoumání.

228. Pro úplnost krajský soud poznamenává, že žalobkyni lze přisvědčit potud, že jí nelze klást k tíži, pokud se rozhodla uplatnit náklady v menší míře například z důvodu administrativní náročnosti jejich evidování. K tomu žalobkyně přiléhavě poukázala na rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové – pobočka Pardubice ze dne 19. 9. 2018, čj. 52 Af 18/2016-181, dle něhož „[p]okud tak žalobce uplatnil pouze některé výdaje vynaložené na VaV s ‚ohledem na jejich prokazatelnost, administrativní náročnost a jejich evidenci‘, nemůže být toto bráno k tíži daňového subjektu, když se daňový subjekt tímto sám vystavil negativnímu ekonomickému dopadu, a to nemožnosti odečíst všechny výdaje vynaložené na VaV.“ To však s ohledem na shora uvedené nemá na posouzení nynější věci vliv.

229. Nesplnění podmínky vedení oddělené evidence dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů samo o sobě postačuje k zamítnutí žaloby. K významu naplnění formálních podmínek odpočtu výdajů na vědu a výzkum srov. vedle judikatury citované v části VII.C.1 tohoto rozsudku například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2021, čj. 1 Afs 404/2020-40, dle něhož „[u]platnění odečitatelné položky výzkumu a vývoje představuje určitou formu benefitu či daňového bonusu. Je proto logické, že zákonodárce pro jeho využití stanoví podmínky, včetně těch formální povahy, které stěžovatelce mohou připadat jako podružné. Tato skutečnost však nic nemění na nutnosti jejich splnění v případě, že daňový subjekt chce využít možnosti odpočtu těchto výdajů. […] O významu dodržení formálních požadavků svědčí rovněž judikatura, podle níž nesplňuje-li projekt výzkumu a vývoje formální náležitosti stanovené zákonem, není soud povinen přezkoumat věcně závěry správce daně v tom směru, zda skutečně materiálně odpovídají definici vývoje a výzkumu. Takový postup Nejvyšší správní soud označil za nadbytečný, neboť ani případná důvodnost této části žalobní argumentace by nemohla nic změnit na závěru o nesplnění podmínek kladených na projekty výzkumu a vývoje v ustanovení § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 3. 2018, č. j. 3 Afs 304/2016-37, nebo ze dne 29. 11. 2013, č. j. 2 Afs 24/2012-34).“ 230.Krajský soud je toho názoru, že mezi uvedené formální podmínky lze zařadit i podmínku vedení oddělené evidence nákladů na projekt výzkumu a vývoje. Jakkoli se jedná o podmínku formální povahy, s ohledem na charakter uplatňovaného odpočtu (fakticky dvojí uplatnění týchž nákladů) je na jejím splnění zapotřebí bezpodmínečně trvat, neboť bez oddělené evidence nelze uplatněné náklady na projekt výzkumu a vývoje efektivně kontrolovat. Nejvyšší správní soud ve shora citované judikatuře opakovaně uvedl, že k neuznání odpočtu postačuje nesplnění byť jediné ze stanovených formálních podmínek projektu. Tím ovšem nelze rozumět pouze samotnou projektovou dokumentaci, nýbrž projekt výzkumu a vývoje jako takový včetně příslušných evidencí.

231. Z důvodu procesní ekonomie se však krajský soud přesto vypořádal i se zbylými žalobními námitkami, aby umožnil jejich případný věcný přezkum Nejvyššímu správnímu soudu v případě podání kasační stížnosti. VII.D.2 Náklady na materiál 232.Krajský soud se dále zabýval námitkami týkajícími se uplatněnými náklady za použitý materiál. Těmto námitkám nepřisvědčil.

233. Žalobkyní uplatněné náklady na materiál jsou rozdělené do dvou skupin: a) náklady na spotřebu sójového šrotu bez GMO ve výši 5 793 114,01 Kč a b) náklady na spotřebovanou pšenici určenou k proplachu zařízení na výrobu krmných směsí ve výši 629 622,71 Kč.

234. Správce daně své pochybnosti ve vztahu k nákladům za materiál zdůvodnil ve výzvě k prokázání skutečností ze dne 5. 5. 2020 poměrně obsáhle. Žalobkyně v této souvislosti předložila podrobné sestavy, byť sama následně údaj o vyrobených krmných směsích bez GMO pro skot označila za nesprávný, protože příslušná sestava zahrnovala i krmné směsi s obsahem GMO. Pracovníci správce daně taktéž osobně navštívili sídlo žalobkyně, kde si prohlédli i výrobní zařízení a získali základní informace o jeho fungování. Správce daně vyložil, že mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů lze dle pokynu Ministerstva financí č. D-288 zařadit mimo jiné výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu a dále zkušební provoz a zkušební výrobu, pokud jsou prováděny za účelem vyhodnocení hypotéz, sestavení vzorce a specifikací nového výrobku. Správce daně uzavřel, že má „pochybnosti, zda lze výrobu jednotlivých druhů KS GMO free pro skot v rozsahu 32 až 505 t, 341 výrobními příkazy a 1 668 dávkami považovat za výše uvedené činnosti, zvláště když výrobní zařízení umožňuje vyrobit KS s požadovanými vlastnostmi v podstatně nižším množství 1,2 až 2 tuny, a daňový subjekt potřebu vyrobit taková množství jednotlivých druhů KS GMO free pro skot v předaných podkladech nevysvětluje.“ 235.Krajský soud souhlasí s tím, že uvedené skutečnosti představují dostatečnou pochybnost, která přenesla důkazní břemeno na žalobkyni. Úvaha správce daně vycházející z ověřených vlastností výrobního zařízení navázaná na značný rozsah deklarovaných zkušebních dávek představuje racionální úvahu, která nevyžaduje zvláštní odborné znalosti.

236. Ve vztahu k proplachu pšenicí správce daně poukázal na skutečnost, že v období od 18. 2. 2016 do 14. 4. 2016 k němu nedocházelo a žádný jiný způsob vyčištění výrobního zařízení není v žádném podkladu, který správce daně obdržel, uveden a popsán. Dále správce daně uvedl, že „pokud výroba jednotlivých druhů KS probíhala v různých kalendářních dnech a na základě různých výrobních příkazů zařazovaných do výroby v období od 18. 2. do 1. 6. 2016, muselo by být provedeno velmi mnoho zkoušek od počátku výroby KS GMO free k ověření, zda výroba KS byla nebo nebyla úspěšná z pohledu obsahu GMO v povolené výši 0,9%. V žádném podkladu, který správce daně obdržel, není způsob ověřování obsahu geneticky modifikovaných surovin (sóji) u jednotlivých výrobních příkazů a dávek uveden, ani není uvedena jejich četnost. První faktura za takovéto zkoušky byla vystavena 26. 4. 2016 (faktura STÁTNÍ VETERINÁRNÍ ÚSTAV JIHLAVA, var. symbol 16400070, int. číslo 40/315).“ 237.Taktéž tyto úvahy nevyžadují odborné znalosti. Z předložených podkladů dle správce daně jednoduše neplyne, proč v určitém období nedocházelo k proplachu pšenicí (ač je dle žalobkyně zapotřebí k vyčištění výrobního zařízení a zabránění kontaminaci) a dále není zřejmý způsob ověřování obsahu GMO. Správce daně tak účinně zpochybnil nutnost deklarovaného množství zkušebních dávek.

238. Jinými slovy správce daně nezpochybnil nezbytnost samotné zkušební výroby (popřípadě použití pšenice k proplachu výrobního zařízení), nýbrž její značný rozsah (cca 3 225 t), a to na základě žalobkyní poskytnutých podkladů. Nečinil tedy sám jakékoli odborné úvahy týkající se výrobního procesu, k nimž by postrádal kompetenci. Krajský soud v tomto ohledu nemá správci daně, potažmo žalovanému co vytknout. Je naopak pochopitelné, že čím déle zkušební výroba trvá a čím jsou náklady na ni vyšší, tím více je třeba dbát na to, aby vztah k těchto nákladů k projektu výzkumu a vývoje byl dostatečně doložený. Požadavek daňových orgánů na doložení návaznosti zkušebních dávek na ověřování dosažených výsledků není nijak přehnaný. V opačném případě by bylo možné rozšiřovat zkušební výrobu (a tedy i množství uplatněných nákladů na materiál použitých v rámci výzkumu a vývoje) v podstatě neomezeně a tím i neomezeně umocňovat následnou daňovou výhodu.

239. Žalobkyně v této souvislosti opakovaně správci daně a žalovanému vytkla, že neprovedli žádné dokazování, které by umožnilo posoudit technologickou nezbytnost vynaložených nákladů. Žalovaný k tomu ve svém rozhodnutí přiléhavě konstatoval, že „[o]dvolatel sice uvedl, že v průběhu vyvstala potřeba proplachů pšenicí, ale kdy a v návaznosti na jaké zjištění či test se tak stalo opět není nikde zaznamenáno. Zaznamenán není ani kupř. následující vývoj stran proplachů (např. jak bylo určeno dostatečné množství pšenice na proplach, počet proplachů atp.). Správce daně, ani nyní odvolací orgán, nehodnotili, jaké množství materiálu bylo pro nalezení vhodného technologického postupu v rámci zkušební výroby, ani proč dané kroky byly činěny tak, jak je odvolatel činil či snad zda byly vhodné a správné, tedy otázky odborného charakteru. Co však hodnotí a je v jejich kompetenci a jsou schopni posoudit, je právě prokázání návaznosti na projekt VaV, tedy vč. toho, že není zřejmé, jaký přínos jednotlivé dávky vyrobené směsi měly pro projekt VaV. Ustanovení znalce proto v tomto ohledu nebylo na místě.“ 240.Žalobkyně své důkazní břemeno v souvislosti s rozsahem uplatňovaných nákladů za materiál neunesla. Ostatně i v podané žalobě se v podstatě pouze pokouší přenést zpět odpovědnost za zjištěný skutkový stav na daňové orgány. Krajský soud nezpochybňuje, že projekt výzkumu a vývoje byl zaměřený nejen na nalezení vhodné receptury krmné směsi, ale i na způsob její výroby. Pouhé tvrzení, že bylo zapotřebí zajistit, aby ani při výrobě většího objemu krmné směsi nedocházelo ke kontaminaci, ovšem není bez dalšího ve vztahu k rozsahu zkušební výroby dostačující.

241. Žalobkyně k tomu předložila výsledky některých laboratorních testů (soubory 12.1_ZZN_kopie faktur na certifikaci.pdf a 007Příloha_č._6_FA_státní_veterinární_ústav_Jihlava.pdf). Krajský soud nesouhlasí s žalovaným v tom, že z nich není patrná návaznost na projekt výzkumu a vývoje, resp. že se vůbec vztahují k žalobkyní vyvíjené krmné směsi (viz dále část VII.D.3). Tato souvislost je evidentní přinejmenším u zkušebních protokolů Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 26. 4. 2016, které lze propojit i s objednacím listem vystaveným žalobkyní. Nicméně ani v případě zkušebních protokolů společnosti Genetic ID nevznikly s ohledem na jejich věcné zaměření a dobu vyhotovení v tomto ohledu krajskému soudu významnější pochybnosti.

242. Žalobkyně nicméně ani neuvedla, proč by z nich měla plynout potřeba testovací výroby v deklarovaném rozsahu. Pokud přitom zkušební výroba probíhala již od 19. 2. 2016 do 31. 5. 2016, jak plyne například ze žalobkyní předložené technické a finanční zprávy projektu, pak není zřejmé, proč žalobkyně prvně zadávala testování vzorků až v dubnu téhož roku (dle objednacího listu došlo k odběru staršího ze dvou předložených vzorků až 7. 3. 2016 a druhého až 7. 4. 2016; vzorky byly dle protokolů Státního veterinárního ústavu Jihlava doučené až dne 11. 4. 2016).

243. S ohledem na množství vyrobené krmné směsi, resp. jednotlivých dávek, by navíc bylo očekávatelné, že žalobkyně bude k testování vzorků přistupovat mnohem častěji, resp. dříve, aby si nutnost další testovací výroby ověřila. První doložené laboratorní výsledky však pochází až z konce dubna (protokoly Státního veterinárního ústavu Jihlava jsou datovány až dnem 26. 4. 2016). Laboratorní zprávy od společnosti Genetic ID pak pocházejí až z května a června roku 2016. Jedná se o celkem pět odlišných protokolů – Analysebericht (některé mají více stran a vztahují se k více vzorkům). Překročení požadovaných hodnot obsahu GMO ve výši 0,9 % se v protokolech společnosti Genetic ID objevilo pouze u vzorků B00145050_800001 a B00145049_800001 analyzovaných koncem června 2016, tedy po ukončení zkušební výroby. Není z nich ani zřejmé, kdy, resp. v které fázi zkušební výroby, došlo k samotnému odběru vzorků. Nelze z nich dovozovat tedy potřebu celkově velmi obsáhlé testovací výroby.

244. Z uvedeného je patrno, že žalobkyně prováděla zkušební výrobu od 19. 2. 2016 přinejmenším do 26. 4. 2016 (den vyhotovení protokolů Státního veterinárního ústavu Jihlava) bez toho, aby měla (doložené) laboratorní rozbory.

245. Pokud jde o proplach výrobního zařízení pšenicí, pak žalobkyně tvrdí, že se jednalo o reakci na informace od jejích odběratelů, což nedokládá, a dále na výsledky testování u Státního veterinárního ústavu Jihlava. Proplach byl dle žalobkyně zaveden poprvé dne 14. 4. 2016. Protokoly Státního veterinárního ústavu Jihlava jsou však datovány až dnem 26. 4. 2016. Ostatně analýzy vzorků dle protokolů probíhaly ve dnech 11. 4. – 22. 4. 2016. Návaznost zavedení proplachů na předchozí (sic!) zjištění žalobkyně tedy v předložených podkladech chybí. Stále přitom platí, že předložené doklady nedokládají potřebu značného objemu zkušební výroby, což je z pohledu uznatelnosti nákladů na použitý materiál klíčové.

246. Krajský soud neposuzuje, zda zvolený technologický postup byl optimální nebo nezbytný, nýbrž pouze to, zda žalobkyně doložila, proč musela zkušební výrobu provádět v rozsahu větším než 3 000 t, resp. jak jednotlivé výrobní dávky v rámci takto rozsáhlé zkušební výroby přispívaly k řešení výzkumných otázek. Žalobkyně přitom souvislost uplatňovaných nákladů na materiál s projektem výzkumu a vývoje v deklarovaném rozsahu neprokázala. Důkazní břemeno v této souvislosti leželo na ní. Ostatně nic žalobkyni nebránilo ani v tom, aby nechala zpracovat znalecký posudek, který požadovala. VII.D.3 Náklady na certifikaci 247.Důvodné jsou naopak námitky týkající se nákladů na certifikaci.

248. Správce daně ve výzvě ze dne 5. 5. 2020 vyjádřil pochybnost ve vztahu k doloženým fakturám Státního veterinárního ústavu Jihlava a společnosti Genetic ID.

249. Faktury společnosti Genetic ID jsou sice vystavené na žalobkyni, avšak zadavatelem byla společnost GOLDSTEIG Käsereien Bayerwald, GmbH. Z těchto faktur pak není patrná vazba na zkušební výrobu krmných směsí bez GMO. Dle správce daně množství zkoušek fakturovaných od externích dodavatelů neodpovídá počtu druhů krmných směsí bez GMO pro skot a počtu výrobních příkazů vyráběných v různých dnech. První zkoušky byly prováděny až v závěru měsíce dubna a následně v měsíci květnu, přičemž ze všech předaných podkladů není patrné, jak bylo prováděno hodnocení zkušební výroby krmné směsi bez GMO od 19. 2. 2016 do doby první laboratorní zkoušky.

250. Krajský soud dospěl k závěru, že takto vyjádřené pochybnosti v rozsahu nákladů na certifikaci k přenosu důkazního břemene na žalobkyni nevedly. Předně nesouhlasí s tím, že by z předložených faktur nebyla patrná vazba na prováděnou zkušební výrobu (jiná otázka samozřejmě je, zda se jednalo o doklady dostatečné k prokázání potřeby zkušební výroby v deklarovaném rozsahu).

251. Pokud jde o fakturu Státního veterinárního ústavu Jihlava, pak ta je vystavená na žalobkyni, předmětem plnění je testování vzorků na přítomnost GMO a má časovou souvislost s probíhající zkušební výrobou. Taktéž faktury společnosti Genetic ID jsou vystavené na žalobkyni (byť zadavatelkou zkoušek byla společnost GOLDSTEIG Käsereien Bayerwald) a předmětem plnění je testování krmiva pro zvířata (Futtermittel ), k němuž docházelo v časové souvislosti s probíhající zkušební výrobou. Tyto faktury jsou navíc navázány na konkrétní zkušební protokoly (Analysebericht ).

252. Pokud žalobkyně nenechávala provádět více testů, nemá to samo o sobě vliv na věrohodnost vynaložení nákladů na certifikaci jako takových (tato skutečnost je naopak významná z pohledu uplatněných nákladů na materiál – viz shora). Žalobkyně ostatně doložila, že proces výzkumu a vývoje vyvršil ve vydání certifikátu ze dne 12. 9. 2016, dle něhož „Krmné směsi pro skot na mléko neobsahují GMO – Geneticky modifikované organismy dle Nařízení (ES) č. 1829/2003 a č. 1830/2003“.

253. Za této situace nebylo zapotřebí ve vztahu k nákladům na certifikaci požadovat po žalobkyni další (nadstandardní) důkazy. VII.E K námitce nedostatečně zjištěného skutkového stavu věci 254.Krajský soud nepřisvědčil ani námitce nedostatečně zjištěného skutkového stavu věci, což ostatně plyne již ze shora uvedeného.

255. Lze tedy shrnout, že ve vztahu k důvodům pro neuznání daňového odpočtu nebylo zapotřebí odborných znalostí, a tedy ani ustanovení znalce. Bylo na žalobkyni, aby pochybnosti správce daně rozptýlila a správcem daně (účinně) zpochybněné skutečnosti prokázala. K tomu však s ohledem na shora vyloženou povahu vzniklých pochybností nemohlo postačovat pouhé „vysvětlení“ v rámci ústního jednání. Ostatně žalobkyni nic nebránilo ani v tom, aby věc vysvětlovala v rámci svých písemných podání. Podstatné však je, jaké důkazní prostředky za účelem prokázání svých tvrzení předložila.

256. Argumentace, dle které na jedné straně žalobkyně mohla údajně všechny pochybnosti při pouhém ústním jednání rozptýlit, avšak na straně druhé je pro pochopení věci nezbytné ustanovení znalce (tedy odborného znaleckého zkoumání), je nadto vnitřně nesoudržná.

257. Při absenci podstatných informací neměly daňové orgány čemu „přijít na kloub“, neboť by tím v podstatě nahrazovaly potřebnou procesní aktivitu žalobkyně. Žalobkynin odkaz na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 1 Afs 133/2019-34, tak v této souvislosti není přiléhavý.

VIII. Závěr a náklady řízení

258.Na základě shora uvedeného dospěl krajský soud k závěru, že přes úspěšnost některých námitek žaloba jako celek není důvodná (viz odstavce 229 a 230 shora), a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.

259. O náhradě nákladů řízení krajský soud rozhodl dle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s., podle kterého nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů řízení před soudem proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl.

260. Žalobkyně nebyla ve věci úspěšná, a nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. V případě procesně úspěšného žalovaného nevyšlo najevo, že by vynaložil náklady nad rámec své běžné činnosti, proto mu soud náhradu nákladů nepřiznal. Poučení: Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud. České Budějovice 15. července 2026 JUDr. Michal Hájek, Ph.D. v. r. předseda senátu Za správnost vyhotovení: J. M.