51 Af 14/2024

Plný text

č. j. 51 Af 14/2024 - 83 ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Krajský soud v Praze rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Lenky Oulíkové a soudců Josefa Straky a Karla Ulíka ve věci žalobce: M. L. sídlem X zastoupený advokátem Mgr. Jakubem Stránským sídlem Římská 103/12, 120 00 Praha 2 proti: žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 26. 11. 2024, č. j. 35835/24/5100-10612-712396, takto:

I. Rozhodnutí žalovaného ze dne 26. 11. 2024, č. j. 35835/24/5100-10612-712396, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci na náhradě nákladů řízení částku ve výši 18 004 Kč k rukám jeho zástupce advokáta Mgr. Jakuba Stránského, a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku. Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 2 51 Af 14/2024 Odůvodnění:

I. Vymezení věci

1. Soud se v této věci zabývá otázkou prekluze práva vyměřit odvod podle přímo použitelného nařízení Evropské unie.

2. Žalobci byla rozhodnutím Ministerstva životního prostředí ze dne 18. 11. 2015, č. j. X (dále „rozhodnutí MŽP o poskytnutí dotace“) v rámci Operačního programu Životní prostředí z Evropského fondu pro regionální rozvoj přiznána dotace ve výši X Kč. Dále byly žalobci na základě smlouvy o poskytnutí podpory č. X ze dne 24. 11. 2015 (dále „smlouva s SFŽP“) poskytnuty finanční prostředky ze Státního fondu životního prostředí ve výši X Kč. Prostředky byly žalobci poskytnuty za účelem financování projektu reg. č. X s názvem „X“, což měl být systém sběru a svozu biologicky rozložitelného komunálního odpadu v obcích S., N., P., K.

3. Finanční úřad pro Středočeský kraj (dále „správce daně“) oznámil žalobci dne 30. 6. 2021 zahájení daňové kontroly. Jejím předmětem bylo prověřit, zda v rámci zadávání veřejných zakázek a nakládání s veřejnými prostředky byly dodrženy všechny podmínky a povinnosti spojené s poskytnutím finančních prostředků. Správce daně vycházel z toho, že žalobce zadával veřejné zakázky hrazené z více než 50 % z peněžních prostředků z veřejných zdrojů.

4. Ve zprávě o daňové kontrole ze dne 13. 3. 2024 správce daně mj. konstatoval, že a) žalobce stanovil nesprávně předpokládané hodnoty jím zadávaných veřejných zakázek a v důsledku toho zadal samostatné výběrové řízení na veřejnou zakázku „X – nákup nakladače“ v režimu veřejné zakázky malého rozsahu druhé kategorie (označovanou jako veřejná zakázka č. 5), a samostatné výběrové řízení na veřejnou zakázku „X – nákup nakladače“ v režimu zjednodušeného podlimitního řízení (jako veřejnou zakázku č. 6), ačkoliv obě tyto samostatné veřejné zakázky měly být správně sloučeny do jedné nadlimitní veřejné zakázky, čímž žalobce porušil požadavky § 13 odst. 2 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách (dále jen „zákon o veřejných zakázkách“), a jednal v rozporu se zásadou transparentnosti podle § 6 zákona o veřejných zakázkách; b) žalobce v rámci výběrového řízení č. 5 předložil žalobce správci daně nabídku od společnosti X s.r.o. a obálky od obou podaných nabídek (J. L. a společnosti X s.r.o.) pouze v kopiích, čímž porušil podmínky pro poskytnutí dotace plynoucí ze smlouvy s SFŽP; c) žalobce v rámci veřejné zakázky č. 5 žalobce uzavřel smlouvu se společností X s.r.o. jakožto vítězným uchazečem této veřejné zakázky, aniž by řádně posoudil, zda nabídka učiněná touto společností splňuje kvalifikační požadavky uvedené v zadávací dokumentaci, dle závěru správce daně by přitom měla být společnost X s.r.o. z výběrového řízení správně vyloučena pro nesplnění těchto kvalifikačních požadavků; Na základě těchto zjištění správce daně dospěl k závěru, že žalobce porušil rozpočtovou kázeň ve smyslu § 44 odst. 1 písm. j) a b) zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech (dále „rozpočtová pravidla“). K porušení rozpočtové kázně mělo v případě prostředků poskytnutých předem (ex ante) dojít v okamžiku proplacení faktur vzešlých z chybně Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 3 51 Af 14/2024 provedeného výběrového řízení, tj. ve dnech 17. 12. 2015 a 18. 12. 2015, a v případě prostředků poskytnutých následně (ex post) v okamžiku přijetí peněžních prostředků žalobcem, tj. dne 16. 12. 2015 (srov. str. 38 zprávy o daňové kontrole).

5. Vzhledem k výsledkům daňové kontroly vydal správce daně dne 20. 3. 2024 následující platební výměry:  č. j. X, jímž žalobci vyměřil odvod do Národního fondu ve výši X Kč, a  č. j. X, jímž žalobci vyměřil odvod do Státního fondu životního prostředí ve výši X Kč.

6. Žalovaný shora uvedeným rozhodnutím ze dne 26. 11. 2024 (dále „napadené rozhodnutí“) odvolání žalobce proti platebním výměrům zamítl a potvrdil závěry správce daně.

7. Žalobou podle § 65 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále „s. ř. s.“), se žalobce domáhá zrušení napadeného rozhodnutí.

II. Shrnutí argumentace účastníků

8. Žalobce namítá, že napadeným rozhodnutím mu byla uložena povinnost zaplatit odvody za porušení rozpočtové kázně, ačkoliv k zahájení daňové kontroly i k pravomocnému stanovení odvodů došlo až po uplynutí prekluzivních lhůt stanovených v čl. 3 odst. 1 Nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále „nařízení č. 2988/95“). Toto nařízení upravuje lhůty pro uložení sankce, které jsou sice označeny jako „promlčecí“, ale ve skutečnosti jde o lhůty prekluzivní, jak dovodil Nejvyšší správní soud (dále „NSS“) v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85 (dále „rozsudek NSS 4 Afs 52/2023-85“). Jednak jde o čtyřletou prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení, a jednak o osmiletou prekluzivní lhůtu pro uložení sankce. Dle žalobce měl přitom běh obou zmiňovaných lhůt započít 18. 12. 2015, tedy od nejpozdějšího data, které daňové orgány označily za okamžik porušení rozpočtové kázně. V takovém případě čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení skončila dne 18. 12. 2019, avšak správce daně zahájil daňovou kontrolu až dne 29. 6. 2021 (správně 30. 6. 2021 – pozn. soudu), tedy po jejím marném uplynutí. Osmiletá prekluzivní lhůta pro uložení sankce (vyměření odvodu) v daném případě skončila dne 18. 12. 2023. Žalovaný však vydal napadené rozhodnutí až dne 26. 11. 2024, tedy rovněž po jejím marném uplynutí. Žalobce je proto přesvědčen, že došlo k prekluzi a odvod již nebylo možno vyměřit.

9. Žalobce zároveň nesouhlasí se závěrem daňových orgánů, že by se na jeho případ měla aplikovat desetiletá prekluzivní lhůta podle § 44a odst. 11 zákon o rozpočtových pravidlech. Má naopak za to, že na jeho případ se plně aplikuje úprava nařízení č. 2988/95, a to z důvodu, že 85 % z celkového objemu poskytnutých prostředků pocházelo z Evropského fondu pro regionální rozvoj, tedy ze zdrojů Evropské unie. Skutečnost, že zbývající část prostředků byla poskytnuta z vnitrostátních zdrojů, dle názoru žalobce nebrání aplikaci nařízení č. 2988/95. K tomu opět poukazuje na závěry rozsudku NSS č. j. 4 Afs 52/2023-85, podle něhož při absenci komplexní vnitrostátní úpravy prekluzivních lhůt je nutno vycházet z prekluzivních lhůt upravených v nařízení č. 2988/95.

10. Žalovaný s žalobou nesouhlasí. Má za to, že nařízení č. 2988/95 nijak nelimituje oprávnění členských států stanovit lhůty a pravidla pro jejich počítání. Prekluzivní lhůty upravené nařízením č. 2988/95 lze aplikovat pouze tehdy, pokud členský stát nezahrne do Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 4 51 Af 14/2024 vnitrostátních předpisů vlastní, odlišnou úpravu lhůty. Právní řád České republiky však upravuje vlastní lhůty v § 44a odst. 11 rozpočtových pravidel, podle něhož lze odvod a penále vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně. Jedná se o jedinou „absolutní“ lhůtu, která platí pro celé řízení od jeho zahájení až po vydání rozhodnutí. Tato lhůta je také jediným limitem pro zahájení daňové kontroly. V judikatuře správních soudů přitom existují dva protichůdné názory, přičemž žalovaný se přiklání k tomu, který hovoří ve prospěch aplikace lhůty obsažené v zákoně o rozpočtových pravidlech. Žalovaný je proto přesvědčen, že na danou věc mohl aplikovat lhůtu pro vyměření odvodu dle vnitrostátní úpravy, která by skončila až 1. 1. 2026.

III. Předběžná otázka a přerušení řízení

11. Soud zjistil, že v řízení vedeném u „NSS pod sp. zn. 10 Afs 82/2024 byla Soudnímu dvoru Evropské unie (dále „SDEU“) položena předběžná otázka týkající se souladu úpravy § 44a odst. 9 (od 1. 1. 2016 odst. 11 – pozn. zdejšího soudu) rozpočtových pravidel s právem EU. Konkrétně NSS usnesením ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024-52, položil následující předběžné otázky: 1) „Umožňuje [nařízení č. 2988/95] a) vnitrostátní úpravu, která ve smyslu čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení stanoví delší lhůtu pro rozhodnutí ve věci (zde desetiletou), než která vyplývá z čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení, aniž by současně výslovně stanovila také samostatnou lhůtu pro zahájení řízení, tak jak ji upravuje ve svém čl. 3 odst. 1 pododstavec první nařízení 2988/95? b) členskému státu jako počátek lhůty pro vydání rozhodnutí určit – namísto okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo – první den následujícího kalendářního roku? 2) V případě, že bude odpověď na část a) první otázky kladná, umožňuje nařízení 2988/95 členskému státu, který využil oprávnění podle čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení, zahájit řízení ve lhůtě delší, než jaká plyne z čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95? Nebo je třeba – v případě, že vnitrostátní úprava zvláštní lhůtu pro zahájení řízení nestanoví – postupovat podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 a zahájit řízení ve lhůtě tam stanovené? 3) Je třeba v případě nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95, které vyvstaly při financování záměrů souvisejících s některou z politik Unie a v návaznosti na dotace poskytnuté částečně z unijních zdrojů a částečně ze zdrojů rozpočtu členského státu, postupovat jen podle nařízení 2988/95 (včetně lhůt a definic), tedy vztáhnout nařízení na nesrovnalost v celém jejím rozsahu? Nebo je třeba takto postupovat jen ve vztahu k oddělitelné části dotace poskytnuté z unijních zdrojů, a ve vztahu k oddělitelné části poskytnuté z rozpočtu členského státu naopak postupovat podle vnitrostátního předpisu?“ 12. Zdejší soud shledal, že zodpovězení předběžných otázek ze strany SDEU – potažmo následně ze strany NSS ve věci sp. zn. 10 Afs 82/2024 – může mít vliv na posouzení nynější žaloby. Proto usnesením ze dne 20. 1. 2025, č. j. 51 Af 14/2024-47, přerušil řízení do doby, než bude rozhodnuto o předběžných otázkách položených ve věci Mikroregion Porta Bohemica vedené SDEU pod sp. zn. C-539/24. Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 5 51 Af 14/2024 13. SDEU o předběžné otázce rozhodl rozsudkem ze dne 27. 11. 2025, Mikroregion Porta Bohemica, C-539/24 (dále jen „rozsudek SDEU C-539/24“), v němž na položené otázky odpověděl takto: 1) Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 [nařízení č. 2988/95] musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty. 2) Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila. 3) Článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.

14. V návaznosti na zodpovězení předběžných otázek rozhodl NSS rozsudkem ze dne 31. 3. 2026, č. j. 10 Afs 82/2024-133 (dále „rozsudek NSS č. j. 10 Afs 82/2024-133“; k jeho obsahu viz níže).

15. Tím zároveň odpadl důvod pro přerušení řízení vedeného před zdejším soudem. Z tohoto důvodu zdejší soud usnesením ze dne 15. 4. 2026, č. j. 51 Af 14/2024-75, rozhodl o pokrčování v řízení.

IV. Další vyjádření účastníků

16. Soud současně s rozhodnutím o pokračování v řízení vyzval k účastníky k vyjádření.

17. Žalobce uvedl, že i nadále považuje žalobu za důvodnou, a setrvává na závěru, že řízení o vyměření odvodů byla zahájena po uplynutí prekluzivních lhůt stanovených v čl. 3 nařízení č. 2988/95. Podle jeho názoru došlo k uplynutí čtyřleté prekluzivní lhůty tím, že daňová kontrola, která u něj odhalila nesrovnalost, byla zahájena až dne 30. 6. 2021, ačkoli lhůta pro zahájení případného přezkumu dle uvedeného nařízení uplynula nejpozději dne 18. 12. 2019. K uplynutí osmileté prekluzivní lhůty pak mělo dojít tím, že rozhodnutí o uložení sankce bylo vydáno až dne 26. 11. 2024, přestože příslušná lhůta uplynula nejpozději dne 18. 12. 2023. Žalobce je dále přesvědčen, že na jeho věc plně dopadají závěry rozsudků SDEU C-539/24 a NSS č. j. 10 Afs 82/2024-133, z nichž dovozuje, že při posuzování prekluze je nutno vycházet ze lhůt uvedených v čl. 3 nařízení č. 2988/95. Ve zbytku odkázal na svou dosavadní argumentaci obsaženou v žalobě, na níž setrvává 18. Žalovaný sdělil, že s ohledem na závěry rozsudků SDEU C-539/24 a NSS č. j. 10 Afs 82/2024-133 již na svém předchozím vyjádření k žalobě nesetrvává. Naopak připustil, že v případě nesrovnalostí zjištěných na straně žalobce (viz odst. 4 výše) nebyla lhůta pro Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 6 51 Af 14/2024 vyměření odvodu z převážné části dodržena. Současně připomněl, že u všech prověřovaných veřejných zakázek se jednalo o porušení kvalifikovaná jako tzv. pokračující nesrovnalost ve smyslu závěrů rozsudku NSS ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 4/2024-4, což se v posuzované věci projevuje následovně:  U veřejné zakázky č. 6, kde nesrovnalost spočívala v jejím samostatném vyčlenění z jedné větší veřejné zakázky, je třeba okamžik vzniku tzv. pokračující nesrovnalosti vztáhnout k okamžiku dovršení smluvního plnění. To nastalo nejpozději dne 17. 12. 2015, kdy bylo plnění uhrazeno. Tímto dnem počala běžet čtyřletá prekluzivní lhůta dle čl. 3 nařízení č. 2988/95, která uplynula dne 17. 12. 2019. Jelikož daňová kontrola byla zahájena až oznámením ze dne 30. 6. 2021, nebyla tato lhůta zachována.  U části veřejné zakázky č. 5, kde nesrovnalost spočívala jednak v jejím samostatném vyčlenění, a jednak v nedostatečném posouzení kvalifikačních předpokladů vybraného dodavatele, je třeba okamžik vzniku pokračující nesrovnalosti také vztáhnout k dovršení smluvního plnění. To nastalo nejpozději dne 18. 12. 2015. Tímto dnem počala běžet čtyřletá prekluzivní lhůta, která uplynula dne 18. 12. 2019. Oznámení o zahájení daňové kontroly ze dne 30. 6. 2021 tak bylo učiněno až po jejím marném uplynutí.  U zbývající části veřejné zakázky č. 5, kde nesrovnalost spočívala v neuchování originální dokumentace z výběrového řízení po dobu 10 let od ukončení projektu, jde o pokračující (trvající) nesrovnalost po celou dobu existence archivační povinnosti. Vzhledem k tomu, že dotace byla vyplacena dne 16. 12. 2015, skončila by tato povinnost dne 16. 12. 2025. Zahájení daňové kontroly dne 30. 6. 2021 tedy nastalo v rámci čtyřleté prekluzivní lhůty dle čl. 3 nařízení č. 2988/95, která byla v tomto rozsahu zachována. Pokud jde o osmiletou lhůtu pro vydání rozhodnutí, ta uplyne dne 16. 12. 2033. V této části tedy lhůta k vyměření odvodu dodržena byla V. Posouzení věci 19. Mezi účastníky není sporné, že dotační prostředky, které byly žalobci poskytnuty, pocházely z převážné části ze zdrojů Evropské unie (žalobce se této skutečnosti výslovně dovolává a stejně tak žalovaný z ní vycházel v napadeném rozhodnutí). Předmětem sporu nejsou ani skutkové okolnosti, které vedly k závěru o porušení rozpočtové kázně.

20. Jádrem sporu byla pouze otázka, zda se lhůta pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně určuje podle nařízení č. 2988/95, nebo zda je možné aplikovat zvláštní vnitrostátní úpravu podle zákona o rozpočtových pravidlech. Ani tato otázka však v průběhu soudního řízení nezůstala spornou, neboť žalovaný se s ohledem na závěry rozsudku SDEU C-539/24 přiklonil k závěru, že na danou věc dopadá výlučně úprava prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95, a v tomto směru rovněž připustil, že část odvodu byla vyměřena po marném uplynutí příslušné lhůty (viz odst. 18 výše). Navzdory tomuto závěru však žalovaný nepřistoupil k uspokojení žalobce postupem podle § 62 s. ř. s., ani nebylo napadené rozhodnutí zrušeno v rámci dozorčích prostředků finanční správy.

21. Za této situace soudu nezbývá než žalobu věcně projednat, a to navzdory skutečnosti, že mezi účastníky již v zásadě panuje shoda ohledně podstaty sporné právní otázky. Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 7 51 Af 14/2024 22. Soud o žalobě rozhodl bez jednání, neboť shledal důvod pro postup podle § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s. Soud zároveň nepovažoval za nezbytné jednání nařizovat, neboť veškeré rozhodné skutečnosti bylo možno zjistit z napadeného rozhodnutí, podání účastníků a obsahu správního spisu.

23. Žaloba je důvodná.

24. Předně je třeba zdůraznit, že i když nařízení č. 2988/95 sice užívá pojem „promlčecí doba“, ve skutečnosti však o prekluzivní lhůtu (srov. žalobcem odkazovaný rozsudek NSS č. j. 4 Afs 52/2023-85; dále např. rozsudky NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, nebo ze dne 9. 8. 2018, č. j. 9 Afs 280/2017-57). Nařízení č. 2988/5 přitom upravuje délku prekluzivní lhůty i počátek jejího určení odlišně než vnitrostátní rozpočtová pravidla.

25. Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 „[p]romlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.“ 26. Podle čl. 3 odst. 3 téhož nařízení „[č]lenské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.“ 27. Podle § 44a odst. 11 poslední věty rozpočtových pravidel „[o]dvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.

28. Žalobce měl od počátku za to, že v daném případě bylo možno vyměřit odvod ve lhůtě určené výlučně podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 (stanovícího základní lhůtu čtyřletou a nejzazší dvojnásobnou – osmiletou), zatímco daňové orgány měly v době vyměřovacího řízení za to, že s ohledem na čl. 3 odst. 3 téhož nařízení bylo možno na daný případ uplatnit delší lhůtu upravenou v § 44a odst. 11 poslední věty rozpočtových pravidel (stanovícího desetiletou lhůtu počítanou až od 1. ledna roku následujícího pro roce, kdy došlo k porušení rozpočtové kázně).

29. Jak již bylo naznačeno výše, předmětná otázka byla takřka plně zodpovězena rozsudkem SDEU C-539/24 ve spojení s rozsudkem NSS č. j. 10 Afs 82/2024-133, a to ve prospěch výkladu zastávaného žalobcem. Nutno podotknout, že k tomuto výkladu tendovala judikatura NSS již v době před vydáním rozsudku SDEU C-539/24 (srov. např. žalobcem uváděný rozsudek NSS č. j. 4 Afs 52/2023-85 nebo rozsudek NSS ze dne 19. 6. 2024, č. j. 3 Afs 248/2023-135).

30. V tomto směru lze citovat klíčovou pasáž NSS č. j. 10 Afs 82/2024-133, odst. 27–28: „Na základě rozsudku C-539/24 je totiž zjevné, že při posouzení prekluze práva uložit odvod (či zahájit v tomto směru řízení) je nutné vycházet ze lhůt uvedených v čl. 3 odst. 1 nařízení Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 8 51 Af 14/2024 2988/95. Ostatně v tomto smyslu byl zcela v souladu s názorem SDEU závěr NSS vyjádřený již v rozsudku ze dne 19. 6. 2024, čj. 3 Afs 248/2023-135. V jeho bodě 31 NSS uvedl, že příslušná vnitrostátní právní ustanovení ,neobsahují komplexní úpravu prekluzivních lhůt, která by odpovídala čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95. Zejména neobsahují úpravu lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace, nenaplňují tedy v judikatuře SDEU akcentované pravidlo dvojnásobku prekluzivní lhůty pro zahájení řízení' (NSS takto vyložil úpravu zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, což ale na věci nic nemění, neboť daný zákon obsahoval podobnou úpravu jako samotná rozpočtová pravidla, jimiž se NSS zabývá ve stávajícím řízení). Jak vyplývá z nařízení 2988/95, konkrétně z jeho čl. 3 odst. 1, promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1 [„stíháním“ ve smyslu tohoto ustanovení lze rozumět řízení, jehož účelem je uložení správního opatření nebo sankce (viz čl. 4 a 5 nařízení 2988/95), tedy rovněž daňové řízení – zde daňovou kontrolu – vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně]. Česká republika přitom v rozpočtových pravidlech neupravila možnost delší lhůty pro zahájení takového řízení, kterou jí otevíral čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95. Pro případ takové situace uvedl SDEU v bodě 27 rozsudku C-539/24, že pokud příslušné vnitrostátní orgány nestanovily promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, která by se lišila od lhůty uvedené v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, musí k zahájení stíhání nutně dojít ve čtyřleté lhůtě stanovené v tomto ustanovení“ (zdůraznění doplněno zdejším soudem).

31. Jak navíc konstatoval rozsudek SDEU C-539/24 v odst. 25, „členský stát nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek čtyřleté promlčecí doby pro zahájení stíhání stanovené v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, aniž předtím využil možnosti, kterou mu skýtá čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení, a sice stanovit delší lhůtu, než je tato čtyřletá promlčecí lhůta pro zahájení stíhání.“ To znamená, že pokud se členský stát (zde Česká republika) nerozhodl zavést úpravu lhůty pro zahájení řízení delší než čtyři roky, pak zároveň nemůže stanovit delší lhůtu než osm let (dvojnásobku čtyřleté lhůty) pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce v podobě vyměření odvodu. S tímto požadavkem je zjevně v rozporu úprava § 44a odst. 11 rozpočtových pravidel, která stanoví lhůtu desetiletou, navíc počítanou až od 1. ledna následujícího roku, kdy došlo k porušení. Předmětné ustanovení je tedy v rozporu s unijním právem (srov. rozsudek NSS ze dne 10. 2. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025-78, odst. 27).

32. S odkazem na výše uvedené lze shrnout, že český právní řád neobsahuje vlastní úpravu lhůt pro zahájení řízení o vrácení dotace, tedy nevyužívá možnost předvídanou v čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95. Za úpravu tohoto druhu nelze považovat žalovaným aplikovaný § 44a odst. 11 rozpočtových pravidel, který jednak upravuje toliko „absolutní“ lhůtu pro vlastní vyměření odvodu a nikoli lhůtu specificky pro zahájení řízení, a jednak je vzhledem ke způsobu stanovení délky dané lhůty v rozporu s unijní úpravou.

33. Pro úplnost lze doplnit, že aplikaci nařízení 2988/95 nebrání skutečnost, že z prostředků poskytnutých v celkové výši X Kč pocházela část také z vnitrostátních zdrojů (v rozsahu částky X Kč). Judikatura je již konzistentní v závěru, že pokud byla alespoň část prostředků poskytnuta ze zdrojů Evropské unie, pak se ve vztahu ke všem dotačním prostředkům aplikuje úprava lhůt dle nařízení 2988/95 (srov. rozsudek SDEU C-539/24, odst. 40, nebo rozsudky NSS 10 Afs 82/2024-133, odst. 33, a 4 Afs 52/2023-85, odst. 14). Pro nyní posuzovanou věc proto není rozhodné, zda a o kolik prostředky poskytnuté žalobci ze Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 9 51 Af 14/2024 zdrojů Evropské unie převyšovaly prostředky poskytnuté mu ze zdrojů Státního fondu životního prostředí.

34. Při určení lhůty pro zahájení řízení proto nezbývá než na nyní posuzovanou věc aplikovat úpravu „promlčecí doby pro zahájení stíhání“ podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, která je čtyřletá a počíná běžet od okamžiku, „kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1.“ 35. Pojmem stíhání ve smyslu předmětného ustanovení lze rozumět řízení, jeho účelem je uložení sankce ve smyslu čl. 5 nařízení č. 2988/95, tedy rovněž daňové řízení vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně (srov. rozsudek NSS ze dne 10. 2. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025-78, odst. 26).

36. Pojem nesrovnalost je definován v čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 a rozumí se jím jakékoli porušení právního předpisu vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v jejichž důsledku je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Unie (srov. též rozsudek NSS ze dne 10. 2. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025-78, odst. 27, a tam citované rozsudky SDEU ze dne 6. 10. 2015, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und-export, C-59/14, či ze dne 10. 4. 2025, Ministerstvo zemědělství, C-657/23). Za nesrovnalost ve smyslu nařízení č. 2988/95 je nutno považovat též porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU (srov. žalobcem odkazovaný rozsudek NSS 4 Afs 52/2023, odst. 16). Ke vzniku nesrovnalosti ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 není třeba, aby příjemci dotace byly dotační prostředky vyplaceny, postačí, pokud mu byly přiznány (rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, odst. 25).

37. Nesrovnalost je pokračující nebo opakovaná ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95, pokud se jí dopustí hospodářský subjekt, jenž těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, kterými se porušuje stejné ustanovení unijního práva (srov. rozsudek SDEU ze dne 11. 1. 2007, ve věci C-279/05 Vonk Dairy Products BV, odst. 41). Pojem nesrovnalost, která skončila ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95, musí být chápán tak, že odkazuje na den, kdy skončila poslední operace tvořící tutéž opakovanou nesrovnalost (srov. rozsudek SDEU ve věci C-52/14 Pfeifer & Langen II, odst. 66).

38. V případě, že správce daně uložil příjemci dotace povinnost odvodu za porušení rozpočtové kázně za více nesrovnalostí, je třeba určit počátek běhu prekluzivní lhůty pro každou nesrovnalost zvlášť (rozsudky NSS ze 10. 2. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025-78, č. j. 10 Afs 82/2024- 133, odst. 31).

39. V nyní posuzované věci daňové orgány zjistily jednu nesrovnalost u veřejné zakázky č. 6 a tři nesrovnalosti u veřejné zakázky č. 5 (srov. odst. 4 výše).

40. Jak již bylo uvedeno (viz odst. 4 výše), v nyní posuzované věci spočívaly hlavní nesrovnalosti v zadání dvou samostatných veřejných zakázek, označených jako veřejná zakázka č. 5 a veřejná zakázka č. 6, ačkoli podle zjištění správce daně tvořily tyto zakázky jeden funkční celek a byly zadávány v časové i místní souvislosti. Za těchto okolností měly být zadány společně jako jediná nadlimitní veřejná zakázka (viz str. 16–19 a 21–27 zprávy o daňové kontrole).

41. K završení procesu neoprávněného zadání veřejné zakázky č. 6 došlo úhradou plnění na základě faktury č. X vystavené žalobcem vítěznému uchazeči (společnosti XX, s. r. o.), k níž došlo dne 17. 12. 2015. Tento den soud považuje za okamžik uskutečnění poslední operace Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 10 51 Af 14/2024 zahrnující tutéž nesrovnalost (srov. odst. 37) spočívající v neoprávněném vyčlenění samostatné veřejné zakázky. Od tohoto okamžiku počala běžet čtyřletá prekluzivní lhůta k zahájení „stíhání“ ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, která uplynula dne 17. 12. 2019. Jelikož správce daně oznámil žalobci zahájení daňové kontroly až dne 21. 6. 2021, učinil tak až po jejím marném uplynutí. Odvod za tuto nesrovnalost proto již nemohl být vyměřen.

42. V rámci neoprávněně zadané veřejné zakázky č. 5 došlo současně k další nesrovnalosti spočívající v tom, že žalobce řádně neposoudil splnění technických a kvalifikačních předpokladů vítězného uchazeče (společnosti X s. r. o.) podle podmínek zadávací dokumentace, ačkoli podle zjištění správce daně by tyto předpoklady ve skutečnosti splněny nebyly (viz str. 9–15 zprávy o daňové kontrole). K završení procesu neoprávněně zadané veřejné zakázky č. 5, spojeného s výběrem takto nedostatečně posouzeného uchazeče, došlo úhradou plnění na základě faktury č. X vystavené tímto uchazečem, která byla uhrazena dne 18. 12. 2015. Tento den soud považuje za okamžik uskutečnění poslední operace (srov. odst. 37) zahrnující předmětné nesrovnalosti, spočívající jak v neoprávněném vyčlenění samostatné veřejné zakázky, tak v nedostatečném posouzení kvalifikačních předpokladů vybraného uchazeče. Od tohoto okamžiku počala běžet čtyřletá prekluzivní lhůta k zahájení „stíhání“ ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, která uplynula dne 18. 12. 2019. Jelikož správce daně oznámil žalobci zahájení daňové kontroly až dne 21. 6. 2021, učinil tak až po jejím marném uplynutí. Odvod za tuto nesrovnalost proto již nemohl být vyměřen.

43. S veřejnou zakázkou č. 5 souvisí rovněž poslední zjištěná nesrovnalost spočívající v porušení povinnosti uchovávat originály obálek uchazečů z výběrových řízení. Součástí smlouvy uzavřené mezi žalobcem a SFŽP bylo totiž i ujednání v čl. III bodu 6 oddílu C písm. a), jímž se žalobce zavázal dodržovat pravidla stanovená v tzv. Závazných pokynech, přičemž bod 5 těchto pokynů stanovil, že „[d]oba, po kterou musí být příjemci veškeré originální dokumenty související s realizací zakázky uchovávány, je stanovena v právním aktu o poskytnutí dotace nebo závazných předpisech upravujících oblast zadávání zakázek, nejméně však po dobu 10 let od finančního ukončení projektu, zároveň alespoň po dobu 3 let od ukončení programu v článku 90 a násl. nařízení Rady (ES) č. 1083/2006“ (srov. str. 19 zprávy o daňové kontrole). Z průběhu veřejné zakázky č. 5 (viz odst. 42 výše) je nicméně zřejmé, že její závěrečná fáze probíhala na sklonku roku 2015, tudíž smluvní povinnost žalobce uchovávat originály dokumentace související s realizací zakázky po dobu 10 let od finančního ukončení projektu musela trvat nejméně do roku 2025. Teprve v průběhu tohoto roku by bylo možno uvažovat o tom, že další nedodržování této povinnosti již nepředstavuje nesrovnalost. Běh prekluzivních lhůt podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 se přitom odvíjí až od skončení poslední nesrovnalosti (srov. odst. 37 výše). Před rokem 2025 proto nemohla začít běžet žádná z prekluzivních lhůt vztahujících se k porušení povinnosti uchovávat originály dokumentace. Za této situace je zřejmé, že k zahájení daňové kontroly (21. 6. 2021) i k pravomocnému stanovení odvodu (26. 11. 2024) došlo ještě v době trvání uvedené povinnosti, a logicky tedy i před započetím běhu prekluzivních lhůt odvíjejících se od posledního okamžiku možné nesrovnalosti vzniklé porušením předmětné povinnosti. V této dílčí části proto k vyměření odvodu po marném uplynutí prekluzivní lhůty nedošlo.

44. Soud tedy shrnuje, že pouze v jediném případě, v němž zjištěná nesrovnalost spočívala v neuchovávání originální dokumentace, byla zachována lhůta pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně. V případě všech ostatních nesrovnalostí zjištěných správcem daně však bylo vyměřovací řízení zahájeno až po uplynutí čtyřleté prekluzivní lhůty podle Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 11 51 Af 14/2024 čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, a proto již v tomto rozsahu nebylo možno odvod za porušení rozpočtové kázně vyměřit.

45. Soud si proto musel zodpovědět otázku, zda napadené rozhodnutí jako celek obstojí, jestliže v případě jedné z nesrovnalostí je lhůta pro vyměření odvodu zachována. Dospívá však k závěru, že nikoliv.

46. Jak vyložil rozšířený senát NSS v usnesení ze dne 30. 10. 2018, č. j. 1 Afs 291/2017-33, „[p]ři stanovení výše odvodu je třeba zvažovat všechny podstatné okolnosti konkrétního porušení rozpočtové kázně a vycházet z principu přiměřenosti, tedy rozumného poměru mezi závažností porušení rozpočtové kázně a výší za ně předepsaného odvodu. Pokud tedy okolnosti konkrétního případu vyvolávají otázku ohledně závažnosti porušení dané povinnosti, musí správce daně zvážit, zda je důvod k odvodu v plné výši čerpaných či poskytnutých prostředků státního rozpočtu, či pouze k odvodu odpovídajícímu závažnosti a významu porušení povinnosti.“ 47. Žalovaný i správce daně sice při úvaze o stanovení výše odvodu zohledňovali závažnost jednotlivých zjištěných pochybení, přičemž rozhodující důraz kladli zejména na rozdělení nadlimitní veřejné zakázky na dvě menší a na nedůvodné zvýhodnění jednoho z uchazečů. Tato pochybení hodnotili jako závažná a nasvědčující úmyslné snaze žalobce manipulovat zadávací řízení (viz str. 33-34 zprávy o daňové kontrole ve spojení s odst. 61 napadeného rozhodnutí). Právě míru ovlivnění výsledku veřejné zakázky přitom považovali za klíčové kritérium pro posouzení závažnosti porušení rozpočtové kázně, z něhož vycházeli při stanovení výše odvodu (viz str. 36-37 zprávy o daňové kontrole ve spojení s odst. 64 napadeného rozhodnutí). Naproti tomu pochybení spočívající v neuchovávání originálů dokumentace nebylo z hlediska závažnosti prakticky akcentováno, a to tím spíše, že ze své povahy nemohlo mít žádný vliv na výsledek veřejné zakázky, přestože právě tento aspekt správní orgány obou stupňů zdůrazňovaly jako klíčový faktor v neprospěch žalobce ve prospěch přísnějšího stanovení odvodu. Naproti tomu pochybení spočívající v neuchovávání originálů dokumentace nemohlo z povahy věci výsledek veřejné zakázky jakkoli ovlivnit, ostatně ani daňové orgány obou stupňů jej při hodnocení míry závažnosti prakticky nijak nezdůrazňovaly.

48. S ohledem na uvedené je zřejmé, že stanovený odvod spočívá v převažující míře na okolnostech vyplývajících z nesrovnalostí, u nichž již nebylo možné vyměřovací řízení zahájit z důvodu marného uplynutí prekluzivních lhůt. Jestliže přitom marně uplynula lhůta pro samotné zahájení řízení, je nadbytečné dále zkoumat, zda by byla dodržena lhůta pro vydání rozhodnutí (srov. odst. 28 in fine rozsudku NSS č. j. 10 Afs 82/2024-133). Z tohoto důvodu soud napadené rozhodnutí zrušil pro podstatnou procesní vadu podle § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s.

VI. Závěr a rozhodnutí o náhradě nákladů řízení

49. S ohledem na uvedené lze shrnout, že napadené rozhodnutí potvrdilo výši odvodu za porušení rozpočtové kázně, k jehož stanovení došlo na základě nesrovnalostí, k jejichž postihu bylo nutno zahájit řízení nejpozději ve čtyřleté prekluzivní lhůtě podle čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95, která však v případě nejzávažnějších nesrovnalostí nebyla dodržena. Proto soud přistoupil ke zrušení napadeného rozhodnutí pro podstatnou vadu řízení [§ 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s.] / pro nezákonnost (§ 78 odst. 1 s. ř. s.). Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 12 51 Af 14/2024 50. V dalším řízení je žalovaný vázán právním názorem soudu, že pro běh prekluzivní lhůty pro zahájení řízení se aplikuje úprava nařízení 2988/95, a dále že v případě nesrovnalostí spočívajících v rozdělení veřejné zakázky na dvě menší a v nedostatečném zhodnocení vítězného uchazeče tato lhůta již marně uplynula. Na žalovaném tak bude, aby posoudil, zda poslední zjištěná nesrovnalost spočívající v porušení povinnosti uchovávat originály dokumentace – ve vztahu k níž dosud k prekluzi nedošlo – může s ohledem na závažnost a význam tohoto porušení (srov. § 44a odst. 4 zákona o rozpočtových pravidlech ve spojení se závěry usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 30. 10. 2018, č. j. 1 Afs 291/2017-33) odůvodnit stanovení odvodu v původní výši určené vydanými platebními výměry 51. O náhradě nákladů řízení rozhodl soud v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s. tak, že uložil žalovanému povinnost zaplatit náhradu nákladů řízení žalobci, který byl ve věci plně úspěšný.

52. Celková výše nákladů řízení žalobce činí 18 004 Kč a skládá se z těchto položek:  3 000 Kč za soudní poplatek za podání žaloby,  6 200 Kč jako odměna advokáta za dva úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení a sepis žaloby), přičemž sazba za jeden úkon činí 3 100 Kč (§ 7 bod 5, § 9 odst. 5, § 11 odst. 1 písm. a), d) a g) advokátního tarifu účinného do 31. 12. 2024; ve spojení s čl. II vyhlášky č. 258/2024 Sb.),  600 Kč jako paušální náhrada hotových výdajů za dva úkony právní služby učiněné do 31. 12. 2024, přičemž sazba činí 300 Kč za jeden úkon (§ 13 odst. 1 a 4 advokátního tarifu, účinného do 31. 12. 2024, ve spojení s čl. II vyhlášky č. 258/2024 Sb.),  5 150 Kč jako odměna advokáta za jeden půlúkon právní služby po 1. 1. 2025 (vyjádření ze dne 27. 4. 2026), jehož výše je určena podle tarifní hodnoty odvislé od výše peněžitého plnění, nejvýše však částkou 500 000 Kč [§ 7 odst. 6 a § 10b odst. 5 písm. a) advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025], přičemž v tomto případě jde o jednoduché sdělení k věci [§ 11 odst. 2 písm. h) ve spojení s § 11 odst. 3 advokátního tarifu účinného po 1. 1. 2025]  450 Kč za jednu paušální náhradu hotových výdajů po 1. 1. 2025 za vyjádření ze dne 27. 4. 2026 (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025)  2 604 Kč jako náhrada za daň z přidané hodnoty ve výši 21 % z výše uvedených částek (vyjma soudního poplatku), a to na základě aplikace § 57 odst. 2 s. ř. s., neboť advokát je plátcem této daně,  za důvodně vynaložený úkon právní služby soud neshledal návrh na přiznání odkladného účinku, který byl zamítnut pro neosvědčení podstatných skutečností zamítnut.

53. Náhrada nákladů řízení je splatná ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku podle § 54 odst. 7 s. ř. s., a to k rukám zástupce žalobce (§ 149 odst. 1 zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu) (výrok III.). Poučení : Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R. 13 51 Af 14/2024 soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie. Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz. Praha 28. května 2026 Lenka Oulíková v. r. předsedkyně senátu Shodu s prvopisem potvrzuje: Bc. D. R.