7 A 16/2026

Rubrum

ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Městský soud v Praze rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Lenky Loudové, soudce JUDr. Tomáše Švece, Ph.D., a soudkyně Mgr. Kateřiny Peroutkové ve věci žalobkyně: Ekoplanet s.r.o., IČO: 252 69 569 sídlem Ohrazenice 85, 511 01 Ohrazenice proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství sídlem Těšnov 65/17, 110 00 Praha 1 o žalobě na ochranu proti nečinnosti žalovaného spočívající v nevydání rozhodnutí o odvolání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 proti rozhodnutí kontrolní organizace takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.

III. Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Žalobkyně se svou žalobou domáhá ochrany před tvrzenou nečinností správního orgánu spočívající v tom, že žalovaný dosud nevydal rozhodnutí o podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025, kterým brojila proti dokumentu kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. označenému jako Zpráva o hodnocení a rozhodnutí č. H 112 2025 080 ze dne 29. 4. 2025 (dále jen „rozhodnutí Biokont“), a současně se jím domáhala přezkoumání postupu uvedené kontrolní organizace ze strany žalovaného.

II. Podstatný obsah žaloby

2. Žalobkyně předně v podané žalobě uvedla, že dne 4. 4. 2025 u ní proběhla ze strany kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. kontrola s tím, že dne 29. 4. 2025 bylo vydáno rozhodnutí Biokont. Žalobkyně proti tomuto rozhodnutí podala dne 26. 5. 2025 odvolání a současně podnět k přezkumu postupu kontrolní organizace. Žalovaný však ke dni podání žaloby nevydal žádné rozhodnutí o odvolání žalobkyně, ani nezahájil žádné řízení, ačkoli uplynulo více než devět měsíců. Nebylo rovněž rozhodnuto v související přestupkové věci. Následně žalobkyně upřesnila, že brojí proti konkrétní nečinnosti žalovaného ve věci podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025, o němž žalovaný dosud nevydal řádné, formální a přezkoumatelné vyřízení (sic!), ačkoli mu toto podání bylo prokazatelně doručeno a žalovaný z něj vycházel ve své navazující činnosti.

3. Žalobkyně v obecné rovině namítala, že žalovaný svou nečinností porušil čl. 11 a čl. 26 Listiny základních práv a svobod, a dále ust. § 6 zákona č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř.“). Poukázala dále na kumulativní postup vedoucí k likvidačnímu zásahu do podnikání spočívající v dlouhodobém sledu kroků sestávajících z výpovědi kontrolní organizace KEZ (pozn. soudu žalobkyně měla touto zkratkou patrně na mysli kontrolu ekologického zemědělství), opakovaného přerušování certifikace, nevydávání rozhodnutí, zahajování paralelních řízení, a z faktické blokace podnikání bez pravomocného rozhodnutí.

4. V rámci doplnění žaloby ze dne 11. 3. 2026 žalobkyně rozvedla, že rozhodnutí Biokont zasáhlo zcela zásadně do právního a podnikatelského postavení žalobkyně, neboť vedlo k faktickému přerušení bio certifikace a k dalším navazujícím důsledkům v oblasti ekologického zemědělství. Žalobkyně bezprostředně po doručení rozhodnutí Biokont napadla jeho závěry ve svém podání ze dne 26. 5. 2025 a domáhala se zásahu a přezkumu postupu kontrolní organizace ze strany žalovaného. Od samého počátku tedy požadovala, aby žalovaný jako dozorový orgán věc formálně vyřešil a poskytl jí zákonnou ochranu. Žalobkyně věc svými dalšími podáními opakovaně urgovala, upozorňovala na trvající nečinnost a domáhala se bezodkladného rozhodnutí o svém odvolání proti rozhodnutí Biokont. Žalovaný přes opakované výzvy a urgence nevydal žádné meritorní rozhodnutí, kterým by podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 zákonným a přezkoumatelným způsobem vyřídil. Namísto toho zasílal žalobkyni jen různá sdělení, časové osy, informativní reakce a korespondenci bez řádného výroku a jasného procesního vyústění. Takový postup má žalobkyně za nezákonný, neboť správní orgán nemůže nahradit rozhodnutí pouhou korespondencí v podobě dopisů, vysvětlení, časové osy či formálně neurčitými sděleními.

5. Žalobkyně dále zdůraznila, že žalovaný nemůže tvrdit, že by o podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 nevěděl nebo že mu nebylo doručeno, přesto o něm dosud řádně nerozhodl. Nečinnost žalovaného poté spatřovala v tom, že žalovaný dosud nevydal řádné, formální a přezkoumatelné meritorní vyřízení věci, ačkoli přijal a evidoval podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025, věc byla opakovaně žalobkyní urgována a doplňována, a žalobkyně uplatnila ochranu proti nečinnosti podle ust. § 80 s. ř. Nečinnost žalovaného je podle žalobkyně o to závažnější, že se týká oblasti ekologického zemědělství, tedy oblasti, kde má prodlení bezprostřední dopad na možnost podnikání, certifikace, výroby, zpracování a prodeje bio produkce.

6. Žalobkyně současně rekapitulovala prostředky ochrany proti nečinnosti žalovaného, které bezvýsledně vyčerpala, kdy konkrétně zmínila svoje podání ze dne 13. 11. 2025 a podání ze dne 3. 2. 2026 obsahující stížnost, resp. upozornění, na trvající nečinnost žalovaného.

7. Žalobkyně dále uvedla, že i v případě, že žalovaný zastával názor, že její podání ze dne 26. 5. 2025 nepředstavovalo opravný prostředek, byl povinen toto žalobkyni formálně, srozumitelně a přezkoumatelně sdělit.

8. Žalobkyně shrnula, že nečinnost žalovaného znemožňuje právní jistotu v otázce bio certifikace, znemožňuje stabilní výkon ekologického podnikání, zasahuje do práva podnikat a vytváří dlouhodobý stav nejistoty, v němž žalobkyně není schopna plánovat výrobu, zpracování ani obchodní vztahy. To vše má reálné likvidační důsledky do podnikatelské činnosti žalobkyně.

9. V dalším doplnění žaloby ze dne 6. 4. 2026 žalobkyně poukázala na přípis žalovaného ze dne 21. 1. 2026, z něhož dovozuje mimo jiné, že se žalovaný vyhýbá skutečnému přezkumu, v čemž spatřuje porušení práva na spravedlivý proces. Žalobkyně má také za nesprávné tvrzení žalovaného obsažené v uvedeném přípise, že jde o občanskoprávní vztah, do kterého žalovaný nemůže zasahovat. Žalovaný se tak podle žalobkyně zprošťuje nezákonně své odpovědnosti, neboť kontrolní organizace vykonávají veřejnoprávní kontrolu, rozhodují o postavení subjektu v režimu ekologického zemědělství a podléhají dozoru žalovaného.

10. Žalobkyně dále namítala absenci správního spisu, když žalovaný neoznačil, jaké konkrétní podklady má k dispozici, čímž vznikla pochybnost, kde se správní spis nachází a zda vůbec existuje v zákonné podobě.

11. Žalovaný také podle žalobkyně nepřípustně omezil její práva, když jí sdělil, že další podání budou založena bez odpovědi, čímž žalovaný odmítl komunikovat s účastníkem řízení, omezil jeho procesní práva a porušil zásadu dobré správy.

12. Žalobkyně nakonec navrhla, aby soud vydal rozsudek, kterým konstatuje, že žalovaný je nečinný ve věci podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025, uloží žalovanému povinnost ve věci uvedeného podání rozhodnout nebo je zákonným a přezkoumatelným způsobem vyřídit ve lhůtě 30-ti dnů od právní moci rozsudku, a uloží žalovanému povinnost nahradit žalobkyni náklady řízení.

III. Vyjádření žalovaného a replika žalobkyně

13. Žalovaný ve svém vyjádření k žalobě předně shrnul, že dne 2. 7. 2025 kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. zaslala žalobkyni vyrozumění, že podané námitky budou vyřizovány v rámci přestupkového řízení. Dále dne 11. 8. 2025 zaslala kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. žalovanému i žalobkyni „Přezkoumání všech zaslaných podkladů společnosti Ekoplanet s.r.o.“, v němž se vypořádala s dokumenty zaslanými žalovaným ke zjištěným neshodám a konstatovala, že některé zjištěné neshody byly odstraněny, avšak část jich přetrvává (žalobkyni bylo toto přezkoumání doručeno dne 12. 8. 2025). Ze strany žalovaného bylo následně vedeno přestupkové řízení. K obnovení certifikace ze strany kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. nemohlo dojít z důvodu přetrvávajících neshod, a tedy pro nenaplnění podmínek pro vydání certifikátu dle § 22 odst. 1 zákona. Jelikož žalobkyně uvedené požadavky podle zjištění kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. nesplnila, nemohla jí být certifikace udělena. Žalovaný má za to, že shora uvedenými dokumenty je prokázané, že podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 bylo kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. řádně vyřízeno. Současně se domnívá, že ze strany kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. ani žalovaného nedošlo k nečinnosti tvrzené žalobkyní. Žalovaný sice připustil, že jak na straně kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o., tak i na straně žalovaného v navazujícím přestupkovém řízení, mohlo dojít k určitým prodlevám, ovšem tyto byly způsobeny jednak vysokou odbornou a právní složitostí věci, a jednak samotnou žalobkyní, jejíž podání jsou mnohdy značně nepřehledná, zmatečná a na hraně srozumitelnosti, o čemž ostatně svědčí i správní žaloba podaná v této věci.

14. Žalovaný dále namítl, že není ve věci pasivně legitimován. Žalobkyně se svou žalobou domáhá, aby soud uložil žalovanému rozhodnout o podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025. Takové rozhodnutí však žalovanému nepřísluší, neboť o udělení certifikace může podle zákona rozhodnout výhradně kontrolní organizace. Žalovaný není ve vztahu ke kontrolní organizaci Biokont CZ, s.r.o. odvolacím orgánem a nemůže za ni v těchto věcech rozhodovat. Stejně tak nemůže vydávat rozhodnutí o námitkách proti zjištění z kontroly provedené kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. (těmito se může zabývat toliko v rámci případného navazujícího řízení, k němuž je příslušný). Žalovaný má tudíž za to, že není pasivně legitimován podle § 79 odst. 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“). Podle žalovaného přitom judikatura správních soudů opakovaně vyjadřuje zásadu, že nelze uložit povinnost rozhodovat tam, kde tato povinnost ze zákona nevyplývá. Odkázal v tomto směru příkladmo na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2004, č. j. 2 Ans 1/2004–64.

15. Dále žalovaný uvedl, že certifikaci bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu podle § 22 zákona č. 242/2000 Sb., o ekologickém zemědělství a o změně zákona č. 368/1992 Sb., o správních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZEZ“) provádí kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. v režimu pověřené osoby dle § 29 ZEZ, zde konkrétně jako tzv. „kontrolní subjekt“ dle čl. 3 odst. 56 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2018/848 (dále též jen „Nařízení EU 2018/848“). Právnická osoba získává postavení kontrolního subjektu na základě veřejnoprávní smlouvy uzavřené se žalovaným podle čl. 40 Nařízení EU 2018/848 a čl. 28 a násl. Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2017/625 ze dne 15. března 2017 o úředních kontrolách a jiných úředních činnostech (dále též „Nařízení o úředních kontrolách“). V případě kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. došlo k uzavření této veřejnoprávní smlouvy dne 15. 8. 2022. Kontrolní subjekt následně vykonává kontrolní a certifikační činnost, avšak nikoli vůči všem zemědělcům, ale pouze vůči těm osobám, s nimiž má uzavřenou smlouvu o kontrolní činnosti dle § 2652 zákona č. 89/2012 Sb., občanský zákoník, ve znění pozdějších předpisů. Uzavření této smlouvy je pro zemědělce, kteří hodlají podnikat v ekologickém zemědělství, nezbytnou podmínkou této činnosti, což vyplývá z § 6 odst. 3 ZEZ. V případě žalobkyně byla tato smlouva uzavřena dne 1. 1. 2023. Ke dni 31. 12. 2025 pak byla kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. vypovězena. Smlouvu s jinou kontrolní organizací žalobkyně neuzavřela, proto žalovaný v současné době vede též řízení o zrušení registrace žalobkyně jako ekologického zemědělce podle ust. § 8 odst. 2 písm. c) ZEZ.

16. Žalovaný tedy uzavřel, že podle § 22 ZEZ náleží udělování a odebírání certifikátu bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu výhradně pověřenému subjektu (zde kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o.). Žalovaný ve vztahu k pověřeným osobám vykonává pouze dozor nad dodržováním požadavků stanovených Nařízením o úředních kontrolách. Pověřený subjekt je dále každoročně podroben též auditu Českého institutu pro akreditaci (ČIA), která prověřuje dodržování normy EN ISO/17020 pro kontrolní činnost a normy ČSN EN ISO/TEC 17065:2013 pro certifikační činnost. Pověřené subjekty jsou tedy akreditovány dle příslušných norem, ve kterých jsou specifikovány postupy a povinnosti ve vztahu ke kontrolním a certifikačním činnostem. Akreditace ČIA je pravidelně obnovována a je podmínkou pro výkon těchto činností, resp. k tomu, aby kontrolní subjekt mohl být k těmto činnostem pověřen ze strany žalovaného. Sám žalovaný však do těchto postupů žádným způsobem nevstupuje ani nezasahuje, a tyto jsou tak na něm zcela nezávislé. V rámci dozoru ze strany žalovaného je prováděna pouze kontrola plnění povinností pověřeného subjektu. V případě zjištění porušení těchto povinností zahajuje žalovaný s pověřeným subjektem řízení o přestupku podle § 33a odst. 3 ZEZ. Žalovaný však není oprávněn řešit odvolání žalobkyně proti pozastavení certifikace, neboť posouzení této otázky náleží výhradně kontrolní organizaci Biokont CZ, s.r.o. Současně žalovaný doplnil, že s kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. není v souvislosti s výkonem kontrolní činnosti u žalobkyně v současné době vedeno žádné přestupkové řízení.

17. Žalovaný tak uzavřel, že ve vztahu k žalobkyni může konat pouze ve věci navazujícího přestupkového řízení a ve věci registrace žalobkyně jakožto osoby podnikající v ekologickém zemědělství.

18. Žalovaný rovněž stručně shrnul vývoj v souvisejících správních řízeních zahájených v návaznosti na kontrolu kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o., kdy uvedl, že k zahájení řízení o přestupku žalobkyně došlo dne 20. 9. 2025 doručením oznámení žalobkyni. Dne 15. 1. 2026 vydal žalovaný rozhodnutí č. j. MZE-86929/2025-13112, jímž bylo rozhodnuto ve výroku I. o zastavení řízení o přestupku podle § 33a odst. 1 písm. l) ZEZ (neprokázání přímého použití látek nepovolených v ekologickém zemědělství), ve výroku II. pak o uznání viny žalobkyně ze spáchání přestupku podle § 33a odst. 1 písm. b) ZEZ. Proti tomuto rozhodnutí podala žalobkyně dne 2. 2. 2026 včasný a přípustný rozklad, na základě kterého bylo rozhodnutí zrušeno a věc vrácena žalovanému k novému projednání, a to rozhodnutím ministra zemědělství ze dne 16. 4. 2026, č. j. MZE-22820/2026-11155. V současné době žalovaný věc opětovně projednává, přičemž bude postupovat v souladu s právním názorem odvolacího orgánu. Pokud jde o řízení o zrušení registrace žalobkyně jako ekologického zemědělce dle § 8 odst. 2 písm. d) ZEZ, toto žalovaný zahájil oznámením ze dne 2. 2. 2026, č. j. MZE-8011/2026-13112, a to z důvodu, že smlouva o kontrolní činnosti uzavřená dne 1. 1. 2023 mezi kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. a žalobkyní byla ze strany kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. vypovězena ke dni 31. 12. 2025. Současně žalobkyně podle § 8 odst. 2 písm. c) do 30 dnů ode dne pozbytí platnosti smlouvy neuzavřela smlouvu novou. Řízení o zrušení registrace zatím nebylo ukončeno.

19. V replice k vyjádření žalovaného žalobkyně uvedla, že tvrzení žalovaného o nedostatku jeho pasivní legitimace je v rozporu s právem Evropské unie a vnitrostátní právní úpravou, neboť žalovaný vykonává dozor nad kontrolními organizacemi, uzavírá s nimi veřejnoprávní smlouvy, nese odpovědnost za fungování kontrolního systému ekologického zemědělství a sám zahájil a vede navazující přestupkové řízení a řízení o zrušení registrace. Proto nepochybně vystupuje jako orgán veřejné moci zasahující do práv žalobkyně a je tak podle ní pasivně legitimován. Dále žalobkyně poukázala na vnitřní rozpory ve vyjádření žalovaného, které spatřovala v tom, že tento na jedné straně tvrdí, že není oprávněn rozhodovat, ale na straně druhé zahájil přestupkové řízení, vede řízení o zrušení registrace žalobkyně a hodnotí skutkové okolnosti a důkazy. Žalobkyně rovněž poukázala na to, že žalovaný nevede ve věci žádný formální správní spis, nevypořádal podání žalobkyně, řádně nehodnotí důkazy, vychází převážně z podkladů kontrolních organizací, neprovedl nezávislý přezkum postupu kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. a že nahradil námitky proti kontrole přestupkovým řízením. Žalobkyně poté shrnula, že postup žalovaného je v rozporu s čl. 5 a čl. 39 Nařízení EU 2018/848 a čl. 16 a čl. 41 Listiny základních práv Evropské unie.

IV. Posouzení věci Městským soudem v Praze

20. O žalobě rozhodl soud podle ust. § 79 a násl. s. ř. s. po jejím projednání, k němuž nařídil jednání, neboť nebyly splněny zákonné podmínky pro rozhodování bez nařízení jednání.

21. V rámci nařízeného jednání pak soud provedl dokazování následujícími listinami: - inspekční zprávou č. 112 2025 080 z kontroly provedené 4. 4. 2025, - rozhodnutím Biokont, - odvoláním žalobkyně ze dne 26. 5. 2025, - urgencí odvolání ze dne 30. 6. 2025, - vyrozuměním Biokont CZ, s.r.o. k námitkám ze dne 2. 7. 2025, - přípisem žalovaného ze dne 18. 7. 2025, č. j. MZE-53875/2025-13112, - přezkoumáním zaslaných podkladů Biokont CZ s.r.o. ze dne 11. 8. 2025, - podáním žalobkyně ze dne 13. 11. 2025 označeným jako stížnost na nečinnosti Ministerstva zemědělství ve věci řízení o přestupku a certifikace ekologického zemědělství - oznámením žalovaného o zahájení správního řízení ze dne 19. 9. 2025, č. j. MZE- 60417/2025-13112, - oznámením o zahájení řízení ve věci zrušení registrace osoby podnikající v ekologickém, zemědělství ze dne 4. 2. 2026, č. j. MZE-8011/2026-13112, - veřejnoprávní smlouvou ze dne 15. 8. 2022, - smlouvou o kontrolní činnosti ze dne 1. 1. 2023, - výpovědí smlouvy k 31. 12. 2025, - oznámením žalovaného o zahájení řízení o přestupku ze dne 19. 9. 2025, č. j. MZE- 60417/2025-13112, - rozhodnutím žalovaného ze dne 15. 1. 2026, č. j. MZE-86929/2025-13112, - přípis ministra zemědělství ze dne 21. 1. 2026, č. j. MZE-1985/2026-13112, - upozornění žalobkyně ze dne 3. 2. 2026 na trvající nečinnost a nevyřízení odvolání - rozhodnutím ministra zemědělství ze dne 16. 4. 2026, č. j. MZE-22820/2026-11155.

22. Ostatní důkazní návrhy soud pro nadbytečnost zamítl a navržené důkazy neprováděl. Jde zejména o sdělení žalovaného ze dne 9. 3. 2026, č. j. MZE-17187/2026-13112, soupis spisu sp. zn. MZE-37364/2025, když předmětem sporu v projednávané věci není nakládání s podáními žalobkyně, jejich evidence ani průběh řízení. Za nadbytečné také soud považoval dokazování dalšími žalobkyní označenými výzvami a urgencemi. Navrhovaný zvukový záznam z jednání s kontrolními organizacemi měl prokázat, že ve věci žalobkyně nebyl veden správní spis. Účastnickým výslechem měla být prokazována neférovost průběhu kontroly u žalobkyně. Ani tyto skutečnosti nebyly pro posouzení nečinnosti podstatné.

23. Z takto provedeného dokazování soud zjistil, že dne 4. 4. 2025 byla u žalobkyně provedena kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. kontrola, při které bylo prověřeno dodržování platných právních předpisů ekologického zemědělství. Průběh a výsledky kontroly byly shrnuty v inspekční zprávě č. 112 2025 080, na základě které kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. vydala dne 29. 4. 2025 rozhodnutí Biokont, ve kterém konstatovala tam uvedené zásadní neshody a porušení platných právních předpisů žalobkyní s tím, že bude žalovanému dán podnět k zahájení řízení o přestupku. Žalobkyně na to žalovanému a kontrolní organizaci Biokont CZ, s.r.o. doručila podání ze dne 26. 5. 2025 označené jako odvolání proti rozhodnutí Biokont, ve kterém reagovala na jednotlivé kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. zjištěné a v rozhodnutí Biokont uvedené neshody. Podáním ze dne 29. 6. 2025 žalobkyně urgovala u žalovaného a kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. vyřízení jejího podání ze dne 26. 5. 2025. Žalovaný svým přípisem ze dne 18. 7. 2025 sdělil žalobkyni mimo jiné, že vydávání a rušení certifikátů je plně v kompetenci kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o., a dále o podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 nijak nerozhodoval. Dne 11. 8. 2025 kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. přezkoumala podklady zaslané žalobkyní a učinila závěr o odstranění některých neshod s tím, že některé neshody naopak přetrvávají. Svým podáním ze dne 29. 4. 2025 učinila kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. u žalovaného podnět k zahájení řízení o přestupku s tím, že v rámci kontroly žalobkyně provedené dne 4. 4. 2025 bylo zjištěno více porušení Nařízení EU 2018/848. Žalovaný dne 12. 9. 2025 zahájil s žalobkyní řízení ve věci podezření ze spáchání přestupků podle ust. § 33a odst. 1 písm. l) a podle ust. § 33a odst. 1 písm. b) ZEZ. Dne 15. 8. 2022 uzavřel žalovaný s kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. veřejnoprávní smlouvu o kontrolní a certifikační činnosti v ekologickém zemědělství, jejímž předmětem je oprávnění kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. vydávat certifikát bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu a provádět kontroly a další odborné úkony. Dne 1. 1. 2023 uzavřela žalobkyně s kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. smlouvu o kontrolní činnosti a vydávání certifikátů o původu bioproduktů, biopotravin a ostatních bioproduktů, jejímž předmětem byl výkon kontrolní činnosti kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. u osob podnikajících v ekologickém zemědělství, tj. u žalobkyně, za účelem vydávání certifikátů na jejich produkci v souladu s platnými právními předpisy. Tuto smlouvu poté kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. ke dni 31. 12. 2025 vypověděla písemnou výpovědí ze dne 8. 10. 2025. Přípisem ze dne 23. 1. 2026, č. j. MZE-1985/2026-13112, ministr zemědělství reagoval na opakované stížnosti a urgence žalobkyně. Rozhodnutím žalovaného ze dne 15. 1. 2026, č. j. MZE-86929/2025-13112, bylo rozhodnuto ve výroku I. o zastavení řízení o přestupku podle § 33a odst. 1 písm. l) ZEZ (neprokázání přímého použití látek nepovolených v ekologickém zemědělství), ve výroku II. pak o uznání viny žalobkyně ze spáchání přestupku podle § 33a odst. 1 písm. b) ZEZ (nevedení záznamů o ekologické produkci podle přímo použitelného předpisu Evropské unie upravujícího ekologickou produkci a označování ekologických produktů. Toto rozhodnutí žalovaného bylo rozhodnutím ministra zemědělství ze dne 16. 4. 2026, č. j. MZE- 22820/2026-11155, zrušeno (kromě výroku I.) a v tomto rozsahu byla věc vrácena žalovanému k novému projednání. Oznámením ze dne 2. 2. 2026, č. j. MZE-8011/2026- 13112, doručeným žalobkyni dne 7. 2. 2026 žalovaný zahájil řízení o zrušení registrace žalobkyně jako ekologického zemědělce podle § 8 odst. 2 písm. d) ZEZ, a to z důvodu, že smlouva o kontrolní činnosti uzavřená dne 1. 1. 2023 mezi kontrolní organizací Biokont CZ, s.r.o. a žalobkyní byla ze strany kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. vypovězena ke dni 31. 12. 2025. Současně žalobkyně podle § 8 odst. 2 písm. d) do 30 dnů ode dne pozbytí platnosti smlouvy neuzavřela smlouvu novou.

24. S ohledem na shora zjištěný skutkový stav, podle kterého žalovaný o odvolání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 proti rozhodnutí Biokont skutečně nijak nerozhodoval, zůstává pro posouzení vlastní důvodnosti žaloby podstatné to, zda žalovaný měl zákonnou povinnost o podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 rozhodnout či nikoli. Ve správním soudnictví se totiž nelze dovolávat ochrany proti jakékoliv tvrzené pasivitě správního orgánu. Soud může poskytnout ochranu před nečinností správního orgánu jen tehdy, pokud je žalobou požadována ochrana proti nečinnosti správního orgánu spočívající v tom, že správní orgán nerozhodl o věci samé, či nevydal osvědčení, přestože tak byl v souladu se zákonem povinen učinit. Ustanovení § 79 odst. 1 s. ř. s. tak chrání před nečinností správního orgánu spojenou s nerozhodováním ve věci samé (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2004, č. j. 2 Ans 1/2004-64, č. 670/2005 Sb.).

25. Podle ust. § 79 odst. 1 s. ř. s. [t]en, kdo bezvýsledně vyčerpal prostředky, které procesní předpis platný pro řízení u správního orgánu stanoví k jeho ochraně proti nečinnosti správního orgánu, může se žalobou domáhat, aby soud uložil správnímu orgánu povinnost vydat rozhodnutí ve věci samé nebo osvědčení. To neplatí, spojuje-li zvláštní zákon s nečinností správního orgánu fikci, že bylo vydáno rozhodnutí o určitém obsahu nebo jiný právní důsledek.

26. Podle ust. § 79 odst. 2 s. ř. s. [ž]alovaným je správní orgán, který podle žalobního tvrzení má povinnost vydat rozhodnutí nebo osvědčení.

27. Podle ust. § 6 odst. 1 ZEZ [o]soba, která hodlá podnikat v ekologickém zemědělství (dále jen "žadatel"), podá v souladu s přímo použitelnými předpisy Evropské unie, ministerstvu žádost o registraci; pro žadatele začíná období přechodu na ekologickou produkci dnem, kdy byla jeho žádost o registraci doručena ministerstvu.

28. Podle ust. § 6 odst. 3 ZEZ [ž]adatel je povinen uzavřít s osobou pověřenou vydávat certifikát podle čl. 35 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2018/848, vybranou ministerstvem podle § 29 (dále jen "pověřená osoba") smlouvu o kontrolní činnosti podle zvláštního právního předpisu.

29. Podle ust. § 8 odst. 2 písm. c) ZEZ [m]inisterstvo též zruší registraci, jestliže smlouva o kontrolní činnosti podle § 6 odst. 3 pozbude platnosti a osoba podnikající v ekologickém zemědělství do 30 dnů ode dne pozbytí platnosti smlouvy neuzavře smlouvu s pověřenou osobou.

30. Podle ust. § 22 odst. 1 ZEZ [c]ertifikát bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu vydá pověřená osoba na žádost do 30 dnů ode dne provedení kontroly, u rostlinných produktů pěstovaných na orné půdě a rostlinných produktů z trvalých kultur nejpozději do sklizně dané plodiny, a to nejméně na 1 kalendářní rok, nejdéle však na 26 měsíců, pokud osoba podnikající v ekologickém zemědělství splnila požadavky tohoto zákona a přímo použitelných předpisů Evropské unie. Tento certifikát je osoba podnikající v ekologickém zemědělství povinna uchovávat po dobu 5 let.

31. Podle ust. § 29 odst. 1 ZEZ [m]inisterstvo může s organizační složkou státu uzavřít dohodu nebo může na základě výsledků řízení provedeného formou výběru žádosti uzavřít s právnickou osobou veřejnoprávní smlouvu, na základě níž je pověřená osoba oprávněna vydávat certifikát bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu a provádět kontroly a další odborné úkony. Pověřená osoba, která je organizační složkou státu, se považuje za kontrolní orgán a pověřená osoba, která je právnickou osobou, se považuje za kontrolní subjekt podle přímo použitelného předpisu Evropské unie.

32. Podle ust. § 30 odst. 1 ZEZ [s]mlouvu podle § 29 odst. 1 uzavře ministerstvo na dobu neurčitou. Tato smlouva musí obsahovat výpovědní lhůtu a důvody, za kterých může ministerstvo smlouvu vypovědět, k nimž zejména patří porušení povinnosti pověřené osoby stanovené tímto zákonem. Tím nejsou dotčeny další způsoby ukončení smluvního vztahu s pověřenou osobou podle čl. 33 písm. b) nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2017/625.

33. Podle ust. § 33b ZEZ [p]řestupky podle tohoto zákona projednává ministerstvo.

34. Podle ust. čl. 3 bodu 56 Nařízení EU 2018/848 [p]ro účely tohoto nařízení se rozumí „kontrolním subjektem“ pověřený subjekt podle definice v čl. 3 bodě 5 nařízení (EU) 2017/625 nebo subjekt uznaný Komisí či Komisí uznanou třetí zemí k provádění kontrol ve třetích zemích pro účely dovozu ekologických produktů a produktů z přechodného období do Unie.

35. Podle ust. čl. 3 bodu 5 Nařízení o úředních kontrolách [p]ro účely tohoto nařízení se rozumí „pověřeným subjektem“ samostatná právnická osoba, na kterou byly příslušnými orgány přeneseny některé úkoly úřední kontroly nebo některé úkoly související s jinými úředními činnostmi.

36. Podle ust. čl. 28 bodu 1 Nařízení o úředních kontrolách [p]říslušné orgány mohou přenést některé úkoly úřední kontroly na jeden nebo více pověřených subjektů v souladu s podmínkami uvedenými v článku 29 nebo na fyzické osoby v souladu s podmínkami uvedenými v článku 30. Příslušný orgán zajistí, aby pověřený subjekt nebo fyzická osoba, na něž byly takové úkoly přeneseny, měly nezbytné pravomoci k jejich účinnému výkonu.

37. Ze shora uvedené platné právní úpravy se podává, že ZEZ svěřuje žalovanému mimo jiné pravomoc rozhodovat ve věci žádosti o registraci osoby, která hodlá podnikat v ekologickém zemědělství, jakož i ve věci zrušení takové registrace, pokud mezi osobou podnikající v ekologickém zemědělství a pověřenou osobou uzavřená smlouva o kontrolní činnosti podle § 6 odst. 3 ZEZ pozbude platnosti a osoba podnikající v ekologickém zemědělství do 30 dnů ode dne pozbytí platnosti smlouvy neuzavře (novou) smlouvu s pověřenou osobou. Dále je z citované právní úpravy zřejmé, že ZEZ svěřuje žalovanému také pravomoc projednávat přestupky na úseku ekologického zemědělství.

38. Naproti tomu ZEZ nesvěřuje žalovanému pravomoc samostatně přezkoumávat kontroly či další odborné úkony provedené právnickou osobou, se kterou uzavřel veřejnoprávní smlouvu (§ 29 odst. 1 ZEZ), na základě níž je taková pověřená osoba oprávněna vydávat certifikát bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu a provádět kontroly a další odborné úkony. Právní úprava kontrolního systému na úseku ekologického zemědělství je obsažena zejména v hlavě V. ZEZ. Z této právní úpravy se pak podává, že oprávnění k provádění kontrol má žalovaným pověřená osoba, která je organizační složkou státu, nebo pověřená osoba, která je právnickou osobou, jíž je v tomto případě kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. Konstrukce kontrolního systému podle ZEZ přitom vůbec nepředpokládá, že by kontroly prováděné pověřenými osobami byly samostatně přezkoumatelné ze strany žalovaného, resp. že by proti jejich závěrům či průběhu byl přípustný nějaký opravný prostředek, o němž by rozhodoval žalovaný. Nic takového zákonodárce nezamýšlel, jak vyplývá i z důvodové zprávy k ZEZ (srov. kupř. odůvodnění k § 27 – 29 ve zvláštní části důvodové zprávy, podle kterého [m]odel kontrolního systému pro ekologické zemědělství v České republice bude obdobný jako v EU, tj. Ministerstvo zemědělství jako úřad státní správy bude kompetentním orgánem pro dozor nad pověřenou organizací, jejímž úkolem je kontrola všech stupňů produkce, zpracování a odbytu bioproduktů a biopotravin v České republice. Ostatní orgány státní správy (Státní veterinární správa České republiky, Státní rostlinolékařská správa České republiky, Česká zemědělská a potravinářská inspekce a Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský) provádějí příslušné kontroly a zkoušky v rámci své působnosti. Tímto návrhem zákona nejsou dotčeny zvláštní právní předpisy (zákon č. 166/1999 Sb., č. 147/1996 Sb., č. 92/1996 Sb. apod.). Dozor nad dodržováním tohoto zákona provádí Ministerstvo zemědělství. Ministerstvo zemědělství může na základě výsledků výběrového řízení uzavřít smlouvu s právnickou osobou (dále jen "pověřená osoba"), na základě níž je pověřená osoba oprávněna vydávat osvědčení o původu bioproduktu nebo osvědčení o biopotravině, provádět kontroly a další odborné úkony. Pověřená osoba musí splňovat zákonem předepsané podmínky. Pokud nedojde uzavření smlouvy s žádnou osobou, nebo vznikne mezi tím prodleva, bude osvědčování i kontrolu provádět Ministerstvo zemědělství.)

39. Jakékoli námitky proti konkrétní kontrole provedené pověřenou osobou je tak možné uplatnit v rámci případného řízení o přestupku kontrolované osoby nebo v řízení o zrušení registrace osoby podnikající v ekologickém zemědělství. V těchto řízeních poté žalovaný jako příslušný správní orgán rozhoduje a je též povinen se v rámci nich vypořádat se všemi relevantními námitkami účastníka řízení, tj. i s námitkami proti závěrům či průběhu kontroly provedené pověřenou osobou jakožto jednoho z podkladů rozhodnutí v řízení o přestupku nebo ve věci zrušení registrace.

40. Soud tak dospěl k závěru, že žalovaný není nečinný, neboť nebyl povinen ani oprávněn na základě podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 samostatně přezkoumávat rozhodnutí Biokont. Toto podání žalobkyně nadto nezůstalo zcela bez odezvy, když bylo postoupeno kontrolní organizaci Biokont CZ, s.r.o., která je vyřídila přezkoumáním zaslaných podkladů Biokont CZ, s.r.o. ze dne 11. 8. 2025. Námitkami žalobkyně uvedenými v jejím podání ze dne 26. 5. 2025 se také žalovaný bude muset zabývat v rámci probíhajícího řízení o přestupku a řízení o zrušení registrace, pokud je žalobkyně uplatnila, resp. uplatní.

41. Na uvedeném závěru nic nemění ani skutečnost, že rozhodnutí Biokont obsahuje v závěru poučení o možnosti podání odvolání proti tomuto rozhodnutí, neboť Biokont CZ, s.r.o. coby pověřená osoba nemůže svým nesprávným poučením o opravném prostředku jakkoli založit povinnost žalovaného o něm rozhodovat.

42. Jak naznačeno v bodě 23, v řízení podle § 79 a násl. s. ř. s. se lze domáhat ochrany proti nečinnosti správního orgánu pouze v případě, že má správní orgán povinnost vydat rozhodnutí nebo osvědčení, jimž koresponduje subjektivní nárok stěžovatele na vydání rozhodnutí či osvědčení v dané věci (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 6. 2007, č. j. 4 Ans 10/2006-59, obdobně též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 5. 2009, č. j. 9 Ans 1/2008-135). V projednávané věci tedy nebyl naplněn jeden z definičních znaků pro ochranu proti nečinnosti správního orgánu podle § 79 s. ř. s., a to konkrétně povinnost vydat rozhodnutí, a proto žalobkyně nemůže úspěšně namítat nečinnost žalovaného, který pouze dospěl k závěru, že mu nepřísluší o odvolání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 rozhodovat a přezkoumávat tak rozhodnutí Biokont.

43. Kromě toho žalobkyně bez ochrany nezůstane, když námitky proti rozhodnutí Biokont může uplatňovat v souvisejícím řízení přestupkovém i v řízení o zrušení registrace žalobkyně jako ekologického zemědělce.

44. K námitce žalobkyně, že žalovaný vykonává dozor nad kontrolními organizacemi, převzal podnět k přestupku a vede řízení o zrušení registrace, avšak současně tvrdí, že není kompetentní rozhodnout o podaném odvolání, soud uvádí následující. Pokud jde o pravomoci k projednání přestupku a vedení řízení o zrušení registrace, tyto jsou žalovanému výslovně svěřeny ust. § 33b ZEZ, resp. ust. § 8 ZEZ. ZEZ naproti tomu žalovanému nesvěřil pravomoc přezkoumávat závěry či průběh jednotlivých kontrol provedených kontrolními organizacemi. Tu poté nelze dovozovat ani z obecné povinnosti žalovaného k výkonu dozoru nad dodržováním ZEZ a předpisů Evropské unie, neboť ZEZ současně nestanoví (obdobně jako v případě projednávání přestupků a rozhodování o zrušení registrace) konkrétní způsob výkonu dozoru žalovaného, který by spočíval též v samostatném přezkoumávání kontrol provedených kontrolními organizacemi. Žalobkyně nadto sama v rámci ani jednoho ze svých četných podání v této věci neuvedla žádné konkrétní ustanovení ZEZ či jiného obecně závazného právního předpisu, ze kterého by vyplývala povinnost žalovaného na základě jejího podání ze dne 26. 5. 2025 vést správní (či jiné) řízení a vydat rozhodnutí.

45. Soud se neztotožňuje ani s tvrzením žalobkyně, že žalovaný její podání ze dne 26. 5. 2025 formálně nijak nevyřídil, neboť k její urgenci ze dne 29. 6. 2025 žalovaný svým přípisem ze dne 18. 7. 2025 žalobkyni sdělil mimo jiné, že vydávání a rušení certifikátů je plně v kompetenci kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o., které podání žalobkyně včetně dalších dokladů postoupil. Kontrolní organizace Biokont CZ, s.r.o. poté dne 11. 8. 2025 podklady zaslané žalobkyní přezkoumala a učinila závěr o odstranění některých neshod s tím, že některé neshody naopak přetrvávají. Výsledky tohoto přezkumu následně doručila žalobkyni i žalovanému. Žalobkyni proto nelze přisvědčit v tom, že žalovaný byl ohledně jejího podání ze dne 26. 5. 2026 nečinný zcela.

46. Žalobkyně rovněž namítala, že žalovaný ve věci jejího podání ze dne 26. 5. 2025 nevedl správní spis. Tuto skutečnost, kterou žalovaný nijak nepopírá, však soud považuje za vcelku logickou. Měl-li žalovaný za to, že není příslušným správním orgánem ve věci kontroly a certifikace, pak pochopitelně žádné správní (přezkumné či odvolací) řízení nezahajoval a nevedl, pročež nezaložil a nevedl ve věci žádný správní spis. Soud má současně s ohledem na shora uvedené za to, že žalovaný skutečně nebyl oprávněn rozhodnutí Biokont přezkoumávat, pročež tedy ani nebyl povinen vést ve věci správní spis. Za této situace soud v nevedení správního spisu ve věci podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 nespatřuje žádné pochybení ze strany žalovaného. Naproti tomu to neznamená, že by podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025, následná podání a odpovědi žalovaného nebyly žalovaným řádně evidovány v rámci obecné spisové služby, což je zřejmé již z toho, že je byl schopen soudu předložit a rovněž i ze skutečnosti, že na podání žalobkyně bylo žalovaným reagováno.

47. Co se týče přípisu ministra zemědělství ze dne 23. 1. 2026, č. j. MZE-1985/2026-13112, který žalobkyně označila za zásadní důkaz, je z doplnění žaloby ze dne 6. 4. 2026 zřejmé, že žalobkyně nepochopila jeho obsah a smysl. Tato totiž listina nijak neprokazuje, že by žalovaný byl povinen ve věci podání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 vydat rozhodnutí. Předmětným přípisem ministr zemědělství toliko reagoval na četné urgence a stížnosti ze strany žalobkyně, kterou současně poučil o tom, jak bude naloženo s případnými dalšími podáními žalobkyně v téže věci bez uvedení nových skutečností. Tato listina tedy rovněž mimo jiné svědčí o tom, že žalovaný na odvolání žalobkyně ze dne 26. 5. 2025 proti rozhodnutí Biokont a související urgence reagoval, byť ne tak, jak si zřejmě představovala žalobkyně.

48. Soud se tak neztotožňuje ani s tvrzením žalobkyně, že jí žalovaný srozumitelně nesdělil, že odvolání žalobkyně proti rozhodnutí Biokont nepovažuje za opravný prostředek, o kterém by měl rozhodovat, když přinejmenším z přípisů ze dne 18. 7. 2025, č. j. MZE-53875/2025- 13112, resp. ze dne 23. 1. 2026, č. j. MZE-1985/2026-13112, vyplývá, že samotné provádění kontroly plnění podmínek právních předpisů v oblasti ekologického zemědělství a s tím související proces certifikace je plně v kompetenci kontrolní organizace.

49. Pokud jde o obecné odkazy na porušení jednotlivých ustanovení Listiny základních práv a svobod, Nařízení EU 2018/848 a Listiny základní práv Evropské unie soud uvádí, že žalobkyně je nijak konkrétně neodůvodnila, a proto se těmito tvrzeními nemohl podrobněji zabývat. Žalobkyně je povinna vylíčit, jakých konkrétních nezákonných kroků, postupů, úkonů, úvah, hodnocení či závěrů se měl žalovaný vůči ní tvrzenou nečinností dopustit, a rovněž je povinna ozřejmit svůj právní náhled na to, proč se má jednat o nezákonnosti. Právní náhled na věc se přitom nemůže spokojit toliko s obecnými odkazy na určitá ustanovení právních předpisů bez souvislosti se skutkovými výtkami, pročež je nelze považovat ani za řádné žalobní body.

V. Závěr a náklady řízení

50. S ohledem na všechny shora uvedené skutečnosti soud žalobu důvodnou neshledal, a proto ji podle § 81 odst. 3 s. ř. s. zamítl.

51. O náhradě nákladů řízení rozhodl v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s., podle kterého nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Žalobkyně ve věci úspěšná nebyla (žaloba byla jako nedůvodná zamítnuta), a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému, kterému by jakožto úspěšnému účastníku řízení právo na náhradu nákladů řízení příslušelo, soud náhradu nákladů řízení nepřiznal, neboť mu nad rámec jeho běžné administrativní agendy žádné náklady nevznikly. Poučení: Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud. Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout. Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie. V Praze dne 13. srpna 2026 JUDr. Lenka Loudová v. r. předsedkyně senátu