1 Afs 138/2025 – 78

Rubrum

Za nesrovnalost ve smyslu nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU. Přitom platí, že pokud příjemce dotace poruší příslušné podmínky ještě před tím, než je mu dotace přiznána, dochází k nesrovnalosti (a tedy i k počátku běhu prekluzivní lhůty) okamžikem uzavření smlouvy či právní mocí rozhodnutí o přiznání dotace.

Výrok

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Lenky Kaniové a soudců Ivo Pospíšila a Petra Pospíšila v právní věci žalobce: městys Cerhenice, se sídlem Školská 444, Cerhenice, zastoupeného JUDr. Jiřím Jarošem, Ph.D., advokátem se sídlem Na Pankráci 11/449, Praha 4, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 9. 2024, č. j. 25627/24/5100–10612–703694, v řízení o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Praze ze dne 26. 6. 2025, č. j. 41 Af 11/2024 – 125, takto:

Odůvodnění

I. Rozsudek Krajského soudu v Praze ze dne 26. 6. 2025, č. j. 41 Af 11/2024 – 125, a rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 9. 2024, č. j. 25627/24/5100–10612–703694, se zrušují a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení. II. Žalovaný je povinen nahradit žalobci na náhradě nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti částku 68 258 Kč k rukám jeho zástupce JUDr. Jiřího Jaroše, Ph.D., a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Poučení

I. Vymezení věci a rozsudek krajského soudu

1. Žalobce obdržel od Ministerstva životního prostředí na základě rozhodnutí ze dne 30. 11. 2014, ve znění rozhodnutí ze dne 30. 11. 2015 a ze dne 19. 5. 2016 dotaci na uskutečnění projektu „CZ.1.02/7. 1. 00/14.23161 Environmentální centrum Cerhenice“ v celkové výši 24 688 268,48 Kč, tj. 90 % způsobilých výdajů. Celkem 85 % způsobilých výdajů bylo poskytnuto z Evropského fondu pro regionální rozvoj a 5 % ze státního rozpočtu. V rámci projektu žalobce realizoval tři veřejné zakázky: (1) veřejnou zakázku malého rozsahu 2. kategorie na služby s názvem „ECC – projektová dokumentace“; (2) podlimitní veřejnou zakázku na stavební práce zadávanou v otevřeném řízení dle § 27 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, nazvanou „Environmentální centrum Cerhenice“ a (3) veřejnou zakázku malého rozsahu 2. kategorie na služby s názvem „Environmentální centrum Cerhenice – soubor technických a administrativních služeb II“.

2. Finanční úřad pro Středočeský kraj (dále jen „správce daně“) zahájil u žalobce dne 18. 3. 2019 daňovou kontrolu, na jejímž základě dospěl k závěru, že žalobce u všech tří výše uvedených zakázek porušil různá ustanovení zákona o veřejných zakázkách, a postupoval tak v rozporu s podmínkami stanovenými v oddílu B bodu 3 písm. a) rozhodnutí o dotaci. U první a třetí veřejné zakázky žalobce porušil § 147a odst. 1 písm. a) a odst. 2 zákona o veřejných zakázkách, neboť nezveřejnil smlouvy o dílo uzavřené s dodavateli do 15 dnů od uzavření. U druhé veřejné zakázky (stavební práce na environmentálním centru) se jednalo o tři okruhy porušení zákona o veřejných zakázkách – v oblasti uveřejňovacích povinností, umožnění podstatné změny smlouvy a netransparentně stanovené podmínky zadávací dokumentace. Správce daně tedy vydal dne 12. 8. 2023 dva platební výměry, kterými žalobci vyměřil odvod za porušení rozpočtové kázně do státního rozpočtu ve výši 313 083 Kč a do Národního fondu II ve výši 5 322 403 Kč. Žalobce podal proti uvedeným platebním výměrům odvolání, která žalovaný v záhlaví specifikovaným rozhodnutím zamítl.

3. Proti rozhodnutí žalovaného brojil žalobce žalobou, ve které zejména zpochybnil, že by se dopustil porušení rozpočtové kázně (porušení zákona o veřejných zakázkách) v souvislosti s druhou veřejnou zakázkou. Primárně nesouhlasil s tím, že by uzavření dodatku č. 5 ze dne 17. 12. 2015 ke Smlouvě o dílo č. 10/Sv/2014 ze dne 18. 11. 2014, jejímž předmětem bylo provedení stavebních prací na stavbě „Environmentální centrum Cerhenice“ (dále jen „smlouva o dílo“), představovalo podstatnou změnu této smlouvy. Dále napadl závěr žalovaného, že by porušil zásadu transparentnosti nejednoznačnou zadávací dokumentací. Namítl rovněž nepřiměřenost uloženého odvodu ve výši 25 % z hodnoty veřejné zakázky.

4. Krajský soud žalobu v záhlaví uvedeným rozsudkem zamítl. Ztotožnil se tak se závěrem žalovaného, že žalobce porušil § 82 odst. 7 písm. b) a c) zákona o veřejných zakázkách a zásadu rovného zacházení a zákazu diskriminace (§ 6 odst. 1 tohoto zákona) tím, že uzavřel dodatek č. 5 ke smlouvě o dílo, čímž umožnil podstatnou změnu práv a povinností z této smlouvy. Soud shrnul, že součástí zadávací dokumentace u veřejné zakázky na stavební práce na environmentálním centru Cerhenice byl mj. i krycí list rozpočtu, který mezi doplňkovými náklady uváděl také položku „Přeložka ČEZ 2 ks sloupů“, oceněnou částkou 187 963 Kč bez DPH, s poznámkou „předpokládaná fixní cena dodavatel přeložky ČEZ“. Smlouva o dílo pak zahrnovala stejný krycí list rozpočtu. V dodatku č. 5 smlouvy o dílo podepsaném dne 17. 12. 2015 však bylo ujednáno, že se předmět díla zužuje o položku „realizace přeložky ČEZ“ s tím, že tato přeložka byla uskutečněna prostřednictvím jiné společnosti (ČEZ), a zařazuje se mezi „méněpráce“. Ve prospěch závěru, že došlo k podstatné změně smlouvy, soud zejména zdůraznil, že zatímco před uzavřením tohoto dodatku byl zhotovitel odpovědný za řádné a včasné provedení celého díla včetně přeložky, po uzavření dodatku tomu tak již nebylo (pak již bylo na žalobci, aby přeložku zajistil). Původní návrh smlouvy (zahrnující rovněž provedení přeložky) měl potenciál odradit některé uchazeče o veřejnou zakázku od účasti v zadávacím řízení, a to jednak z důvodu určitých nejasností plynoucích ze zadávací dokumentace v souvislosti s provedením přeložky, a jednak s ohledem na větší náročnost pro menší dodavatele (kteří nemusí mít takovou vyjednávací sílu či personální vztahy se společností ČEZ). Postavení vybraného uchazeče po uzavření dodatku č. 5 tedy bylo jednoznačně výhodnější ve srovnání s tím, jak bylo původně nastaveno v zadávací dokumentaci.

5. Soud přisvědčil žalovanému také v tom, že žalobce porušil zásadu transparentnosti (§ 44 zákona o veřejných zakázkách) při stanovení podmínek zadávací dokumentace. Návrh smlouvy o dílo, který byl součástí zadávací dokumentace, totiž obsahoval nejednoznačnost a nejasnost v tom, na základě jakého dokumentu a v jaké fázi provedení díla bude uskutečněno vyplácení ceny díla. Nejasné stanovení části platebních podmínek a povinného obsahu smlouvy o dílo o jistotním účtu vedlo k tomu, že potenciální uchazeči neznali veškeré podrobnosti zadávací dokumentace tak, aby mohli zpracovat své nabídky.

6. Nakonec soud nepovažoval za důvodnou ani námitku žalobce zpochybňující přiměřenost odvodu za obě výše uvedená pochybení a za porušení uveřejňovacích povinností u druhé (stejné) veřejné zakázky. II. Průběh řízení před Nejvyšším správním soudem II.a Důvody kasační stížnosti a vyjádření žalovaného

7. Žalobce (stěžovatel) podal proti rozsudku krajského soudu kasační stížnost z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“), a navrhl, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek zrušil a vrátil věc krajskému soudu k dalšímu řízení.

8. První část kasační argumentace zpochybňuje, že by uzavřením dodatku č. 5 ke smlouvě o dílo došlo k porušení § 82 odst. 7 písm. b) a c) zákona o veřejných zakázkách. Vypuštění části díla (resp. její zúžení o realizaci přeložky) v hodnotě 1 % celkové ceny díla nemohlo dle stěžovatele představovat podstatnou změnu smlouvy o dílo; povaha i hodnota vypuštěné části díla je zcela marginální v porovnání se zbývajícím rozsahem díla. Soud měl navíc tuto otázku hodnotit jako otázku skutkovou, neboť není odborníkem na trh stavebních zakázek, a není tak schopen si sám vyhodnotit, zda požadavek na provedení předložky měl skutečně věcný potenciál odradit dodavatele od účasti v zadávacím řízení. Stěžovatel pro tyto účely předložil soudu znalecký posudek; ten jej však chybně, pro údajnou nadbytečnost, neprovedl jako důkaz. Zajištění provedení přeložky je naprosto standardním úkonem pravidelně se vyskytujícím u většiny staveb, a pro rozhodování dodavatele, zda se bude účastnit zadávacího řízení na veřejnou zakázku, je tedy zcela nepodstatné, zda dílo zahrnuje rovněž zajištění realizace přeložky subdodávkou od provozovatele distribuční soustavy či nikoliv. Odpovědnost vybraného dodavatele díla za vady přeložky se v posuzované věci vůbec nemohla uplatnit, a to ani kdyby přeložka zůstala součástí smlouvy o dílo, neboť by ji stejně realizovala ČEZ Distribuce a.s. prostřednictvím jí vybraného dodavatele.

9. Druhá část kasační argumentace rozporuje závěr soudu o nejednoznačnosti způsobu stanovení platebních podmínek v zadávací dokumentaci. Soudem zmiňovaná ustanovení návrhu smlouvy o dílo nemohla ve svém souhrnu u možných dodavatelů vyvolat nejednoznačnost ohledně podmínek úhrady plateb z úschovního účtu, a tedy vést k závěru o netransparentnosti zadávací dokumentace. Ani čl. XV.1 odst. 4 smlouvy o dílo, který byl v návrhu smlouvy ve skutečnosti ponechán omylem, nemohl způsobit jakoukoliv nejednoznačnost podmínek smlouvy.

10. Za třetí stěžovatel brojil proti závěru krajského soudu o přiměřenosti uloženého odvodu ve výši 25 % z částky poskytnuté dotace.

11. Žalovaný ve svém vyjádření uvedl, že se ztotožňuje se závěry napadeného rozsudku, a navrhl proto zamítnutí kasační stížnosti. II.b Přerušení řízení a další vyjádření účastníků

12. Nejvyšší správní soud usnesením ze dne 4. 11. 2025, č. j. 1 Afs 138/2025–53, přerušil řízení o kasační stížnosti do doby, než Soudní dvůr Evropské unie (dále jen „Soudní dvůr“) rozhodne o předběžné otázce, kterou mu předložil 10. senát NSS usnesením ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024–52. Po prostudování věci soud totiž dospěl k závěru, že je třeba zohlednit evropskou úpravu prekluzivní lhůty zakotvenou v čl. 3 odst. 1 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“), neboť dotační prostředky byly poskytnuty rovněž ze strukturálních fondů Evropské unie. Pokud by se na věc aplikovala tato unijní úprava, a nikoliv česká úprava obsažená v § 44a odst. 9 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění účinném do 19. 2. 2015, bylo by patrně nutno dospět k závěru, že daňové orgány stanovily stěžovateli odvod za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty.

13. Podle § 44a odst. 9 věty poslední rozpočtových pravidel platí: „Odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.

14. Unijní úprava však konstruuje prekluzivní lhůty v souvislosti se stanovením postihu za porušení podmínek dotace odlišně. Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 platí: „Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. (…) Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

15. Pro úplnost kasační soud podotýká, že byť toto nařízení označuje lhůty jako „promlčecí“, ze znění čl. 3 odst. 1, jakož i z jeho teleologického výkladu je třeba dovodit, že tyto lhůty mají povahu lhůty prekluzivní (srov. rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021 – 66, č. 4333/2022 Sb. NSS, odst. [28]).

16. Dne 27. 11. 2025 vydal Soudní dvůr rozsudek ve věci C–539/24 Mikroregion Porta Bohemica, ve kterém uvedl následující odpovědi na předložené otázky:

1. Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty.

2. Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila.

3. Článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.

17. Usnesením ze dne 5. 1. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025 – 58, Nejvyšší správní soud vyslovil, že se v řízení pokračuje, a vyzval účastníky k podání případného vyjádření k dopadům závěrů rozsudku Soudního dvora na nyní posuzovanou věc.

18. Stěžovatel ve svém vyjádření konstatoval, že odvod za porušení rozpočtové kázně ve výši 25 % z částky poskytnuté dotace mu byl stanoven po uplynutí prekluzivní lhůty, k čemuž měl krajský soud při rozhodování o žalobě přihlédnout. Stejně tak Nejvyšší správní soud je povinen k této skutečnosti přihlédnout z úřední povinnosti. Stěžovatel tedy navrhl, aby kasační soud zrušil jak napadený rozsudek, tak rozhodnutí žalovaného. Vzhledem k tomu, že dotace byla stěžovateli poskytnuta z části z prostředků EU, je třeba na posuzovanou věc aplikovat prekluzivní lhůty stanovené v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, a nikoliv § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel, který je s tímto nařízením v rozporu.

19. Konkrétně stěžovatel vysvětlil, že pokud jde o porušení rozpočtové kázně spočívající v údajné podstatné změně závazku, k tomuto pochybení došlo dne 17. 12. 2015 uzavřením dodatku č. 5 ke smlouvě o dílo. Rozhodnutí o poskytnutí dotace bylo vydáno ještě před tím, dne 30. 11. 2014. Za okamžik vzniku nesrovnalosti je tak třeba považovat den uzavření dodatku č. 5; od tohoto dne začala plynout osmiletá lhůta pro stanovení odvodu, která skončila dne 17. 12. 2023. Správce daně však uložil stěžovateli odvod dvěma platebními výměry ze dne 12. 8. 2022, které nabyly právní moci až dne 9. 9. 2024, kdy bylo stěžovateli doručeno rozhodnutí žalovaného. K pravomocnému uložení odvodu tedy došlo až po uplynutí osmileté prekluzivní lhůty ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95.

20. Pro úplnost stěžovatel dodal, že právo správce daně k uložení odvodu prekludovalo i ve vztahu k druhé údajné nesrovnalosti – netransparentnosti zadávacích podmínek z důvodu nejasného stanovení způsobu úhrady ceny díla. Nesrovnalost vznikla nejpozději ke dni uzavření smlouvy o dílo dne 18. 11. 2014, což však bylo přede dnem rozhodnutí o poskytnutí dotace, a proto začala čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení o nesrovnalosti plynout až dnem rozhodnutí o poskytnutí dotace, tj. 30. 11. 2014 (stěžovatel ve skutečnosti ve svém vyjádření uvádí rok 2024, jedná se však o zjevnou chybu v psaní, pozn. NSS). Prvním úkonem směřujícím k šetření nesrovnalosti bylo zahájení daňové kontroly dne 19. 3. 2019, tedy až po uplynutí čtyřleté prekluzivní lhůty (k tomu došlo dne 30. 11. 2018).

21. Žalovaný ve svém vyjádření uvedl, že z důvodu jednotného metodického přístupu akceptuje závěry rozsudku Soudního dvora, jelikož má za to, že je lze v daném případě aplikovat. Nepovažoval proto za nutné se již k věci dále vyjadřovat a ponechal posouzení na úvaze Nejvyššího správního soudu. III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem

22. Nejvyšší správní soud při posuzování kasační stížnosti hodnotil, zda jsou splněny podmínky řízení. Zjistil, že kasační stížnost má požadované náležitosti a je projednatelná. Důvodnost kasační stížnosti posoudil v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

23. Kasační stížnost je důvodná.

24. Předně se kasační soud zabýval otázkou prekluze práva příslušného orgánu (daňových orgánů) uložit stěžovateli jako příjemci dotace postih za nedodržení povinností spojených s čerpáním dotace. K případné prekluzi je povinen přihlédnout z úřední povinnosti, neboť prekludovanému, a tudíž již neexistujícímu (zaniklému) právu nelze poskytovat ochranu (k tomu přiměřeně srov. např. nález ÚS ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, N 38/52 SbNU 387).

25. S ohledem na závěry rozsudku Soudního dvora ve věci C–539/24 Mikroregion Porta Bohemica je třeba v projednávané věci posoudit prekluzivní lhůtu pro stanovení odvodu za porušení rozpočtové kázně podle unijní úpravy, konkrétně podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, a nikoliv podle § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel, který je s uvedenou unijní úpravou v rozporu. O tom ostatně ani není mezi účastníky řízení sporu, jak vyplývá z jejich vyjádření poskytnutých v návaznosti na vydání rozsudku Soudního dvora.

26. Nařízení č. 2988/95 stanovuje v čl. 3 odst. 1 dvě prekluzivní lhůty. Jednak lhůtu pro zahájení stíhání nesrovnalosti (viz první pododstavec tohoto ustanovení), která činí čtyři roky od okamžiku, kdy k nesrovnalosti (ve smyslu čl. 1 odst. 1 tohoto nařízení) došlo. „Stíháním“ ve smyslu tohoto ustanovení lze rozumět řízení, jehož účelem je uložení sankce (viz čl. 5 nařízení č. 2988/95), tedy rovněž daňové řízení vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně. Dále čl. 3 odst. 1 ve čtvrtém pododstavci stanovuje prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí o postihu ze strany příslušného orgánu, která se rovná dvojnásobku lhůty pro zahájení stíhání nesrovnalosti, tj. činí osm let. Uplynutím této lhůty tedy zaniká právo příslušného orgánu postihnout příjemce dotace za to, že se dopustil nesrovnalosti v souvislosti s čerpáním dotace.

27. Z čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 vyplývá, že počátek prekluzivní lhůty, ať již se jedná o čtyřletou prekluzivní lhůtu pro zahájení stíhání, či osmiletou lhůtu pro stanovení postihu za nesrovnalost, se odvíjí od okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo. Podle čl. 1 odst. 2 uvedeného nařízení se nesrovnalostí rozumí jakékoli porušení právního předpisu vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v jejichž důsledku je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Unie (viz rozsudky ze dne 6. 10. 2015, ve věci C–59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und–export, či ze dne 10. 4. 2025, ve věci C–657/23, Ministerstvo zemědělství). Obdobně Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023 – 85, konstatoval, že za nesrovnalost ve smyslu uvedeného nařízení je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU. Přitom platí, že pokud příjemce dotace poruší příslušné podmínky ještě před tím, než je mu dotace přiznána, dochází k nesrovnalosti (a tedy i k počátku běhu prekluzivní lhůty) okamžikem uzavření smlouvy či právní mocí rozhodnutí o přiznání dotace.

28. V nyní posuzované věci byl předmětem sporu odvod za porušení rozpočtové kázně ve výši 25 % z hodnoty veřejné zakázky na stavební práce s názvem „Environmentální centrum Cerhenice“ (jednalo se o druhou zakázku uskutečněnou v rámci projektu, na který byla stěžovateli poskytnuta dotace, viz výše odst. 1), který správce daně uložil stěžovateli za tři porušení dotačních podmínek. V takovém případě je nutno určit počátek běhu prekluzivní lhůty pro každé pochybení (resp. nesrovnalost v terminologii nařízení č. 2988/95) zvlášť. Předmětem kasační stížnosti byla dvě porušení dotačních podmínek (umožnění podstatné změny smlouvy a netransparentně stanovené podmínky zadávací dokumentace); v souvislosti s oběma však daňové orgány stanovily odvod za porušení rozpočtové kázně po uplynutí příslušné prekluzivní lhůty, jak soud vysvětlí níže.

29. První nesrovnalost (resp. porušení podmínek dotace) spočívala v uzavření dodatku č. 5 ke smlouvě o dílo na stavební práce Environmentální centrum Cerhenice, kterým mělo dojít k podstatné změně práv a povinností vyplývajících ze smlouvy, a tedy k porušení § 82 odst. 7 písm. b) a c) zákona o veřejných zakázkách. K uzavření tohoto dodatku došlo 17. 12. 2015, tedy již po dni rozhodnutí o poskytnutí dotace ze dne 30. 11. 2014 (k tomu NSS poznamenává, že postupně došlo ještě ke dvěma změnám rozhodnutí o poskytnutí dotace – ze dne 30. 11. 2015 a ze dne 19. 5. 2016; stěžovatel byl nicméně vázán podmínkami poskytnutí dotace již od právní moci původního rozhodnutí o poskytnutí dotace, a proto je třeba počátek případné prekluzivní lhůty, pakliže by k nesrovnalosti došlo ještě před přiznáním dotace, odvíjet od data prvního rozhodnutí o poskytnutí dotace). Pokud jde o čtyřletou lhůtu pro zahájení „stíhání nesrovnalosti“ (čl. 3 odst. 1 první pododstavec nařízení č. 2988/95), ta byla v případě tohoto porušení dotačních podmínek splněna, neboť k zahájení daňové kontroly, která vyústila v uložení dvou odvodů za porušení rozpočtové kázně, došlo dne 18. 3. 2019, tj. ještě před uplynutím této lhůty dne 17. 12. 2019. Nejvyšší správní soud však dospěl k závěru, že v případě uvedené nesrovnalosti byla překročena osmiletá prekluzivní lhůta pro uložení postihu (čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec nařízení č. 2988/95). Tato lhůta totiž uplynula dne 17. 12. 2023, zatímco k pravomocnému stanovení odvodů za porušení rozpočtové kázně došlo až rozhodnutím žalovaného ze dne 6. 9. 2024, které nabylo právní moci dne 9. 9. 2024.

30. Druhou nesrovnalostí bylo netransparentní stanovení podmínek zadávací dokumentace (konkrétně se jednalo o nejasnosti v souvislosti s vyplácením ceny díla). Vzhledem k tomu, že k tomuto pochybení došlo ještě před přiznáním dotace (nejpozději ke dni uzavření smlouvy o dílo, která obsahovala tato nejasná ujednání, tj. dne 18. 11. 2014), počíná zde běh prekluzivní lhůty okamžikem právní moci rozhodnutí o přiznání dotace, tedy 30. 11. 2014. Čtyřletá lhůta pro zahájení stíhání nesrovnalosti tak uplynula dne 30. 11. 2018, tj. ještě před tím, než došlo k zahájení daňové kontroly (dne 18. 3. 2019) vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně. Nejvyšší správní soud proto konstatuje, že v případě této nesrovnalosti nebyla dodržena ani čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení.

31. Nejvyšší správní soud závěrem zdůrazňuje, že povinnost podrobit se vyměření odvodu není časově bezbřehá, neboť je vázána prekluzivními lhůtami, k nimž je povinen správní orgán přihlížet z úřední povinnosti (srov. již zmíněný nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 1169/07). Prekluze práva uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně je přitom vadou natolik závažnou, že brání na základě dalších námitek uplatněných v tomto řízení o kasační stížnosti věcnému přezkoumání žalobou napadeného rozhodnutí i rozsudku krajského soudu. Vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty je proto zapotřebí považovat za nezákonné, k čemuž by měl krajský soud přihlédnout z úřední povinnosti. V důsledku toho došlo v řízení o žalobě k vadě, která měla za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé. Tím byl naplněn důvod kasační stížnosti uvedený v § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. IV. Závěr a náklady řízení

32. Nejvyšší správní soud z výše uvedených důvodů shledal kasační stížnost důvodnou, a napadený rozsudek krajského soudu proto dle § 110 odst. 1 s. ř. s. zrušil. Jelikož již v řízení před krajským soudem byly dány důvody pro zrušení rozhodnutí správního orgánu [§ 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s.], zrušil Nejvyšší správní soud i rozhodnutí žalovaného a vrátil mu věc k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). V něm se bude žalovaný řídit závazným právním názorem vysloveným v tomto rozsudku.

33. Podle § 110 odst. 3 věty druhé s. ř. s. v případě, že Nejvyšší správní soud zruší rozhodnutí žalovaného, rozhodne o nákladech řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení před krajským soudem.

34. Podle § 60 odst. 1 s. ř. s., ve spojení s § 120 s. ř. s., má úspěšný stěžovatel právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů proti žalovanému, který neměl ve věci úspěch. Stěžovateli náleží náhrada za zaplacené soudní poplatky – 3 000 Kč za podání žaloby a 5 000 Kč za podání kasační stížnosti.

35. V řízení o žalobě i kasační stížnosti byl stěžovatel zastoupen advokátem JUDr. Jiřím Jarošem, Ph.D. Pro určení výše nákladů na zastoupení se užije vyhláška č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (dále jen „advokátní tarif“). V řízení před krajským soudem učinil zástupce stěžovatele některé úkony právní služby přede dnem nabytí účinnosti novely advokátního tarifu provedené vyhláškou č. 258/2024 Sb., a tudíž se odměna za ně stanoví podle advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024 (čl. II vyhlášky č. 258/2024 Sb.). Jedná se o dva úkony právní služby, a to: převzetí a příprava zastoupení a sepsání správní žaloby [§ 11 odst. 1 písm. a), d) advokátního tarifu ve znění do 31. 12. 2024], za něž náleží odměna ve výši 6 200 Kč (3 100 Kč za každý úkon) a paušální náhrada hotových výdajů ve výši 600 Kč (300 Kč za každý úkon – viz § 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění do 31. 12. 2024), celkově tedy 6 800 Kč. Za účinnosti advokátního tarifu v aktuálním znění učinil zástupce stěžovatele v řízení před krajským soudem dva úkony právní služby spočívající v sepsání repliky a účasti na jednání dne 26. 6. 2025 [§ 11 písm. odst. 1 písm. d) a g) advokátního tarifu]. Při stanovení výše odměny za uvedený úkon vycházel soud z § 7 ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025, podle něhož „[v]e věcech žalob, kasačních stížností a dalších právních věcí projednávaných podle soudního řádu správního, jde–li o rozhodnutí vydané správcem daně, se považuje za tarifní hodnotu a) výše peněžitého plnění nebo cena věci anebo práva, nejvýše však částka 500 000 Kč, nebo b) částka 113 000 Kč, nelze–li hodnotu věci nebo práva vyjádřit v penězích nebo lze–li ji zjistit jen s nepoměrnými obtížemi.“ Výše peněžitého plnění v posuzované věci (částka 5 635 486 Kč představující odvody za porušení rozpočtové kázně) převyšuje 500 000 Kč. Odměna za jeden úkon právní služby proto činí 10 300 Kč. K té je dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu třeba připočíst paušální částku náhrady hotových výdajů ve výši 450 Kč za každý úkon právní služby. Za dva úkony právní služby tak jde o částku 21 500 Kč. Zástupce stěžovatele JUDr. Jiří Jaroš, Ph.D. vykonává advokacii ve společnosti Jaroš s.r.o., která je plátcem DPH [§ 137 odst. 3 písm. b) zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu, ve spojení s § 64 s. ř. s.], soud proto zvýšil náhradu zastoupení o částku této daně. Celkově se tedy v řízení o žalobě jedná o částku 34 243 Kč.

36. V řízení o kasační stížnosti učinil zástupce stěžovatele dva úkony právní služby spočívající v sepisu kasační stížnosti a vyjádření k rozsudku Soudního dvora C–539/24 [§ 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu]. Za zastupování v řízení o kasační stížnosti tak stěžovateli náleží odměna ve výši 21 500 Kč (§ 7 ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025, § 13 odst. 4 advokátního tarifu), po započítání DPH se jedná o částku 26 015 Kč.

37. Celkově je tedy žalovaný povinen uhradit stěžovateli náklady řízení ve výši 68 258 Kč, a to k rukám jeho zástupce JUDr. Jiřího Jaroše, Ph.D., ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.