10 Afs 82/2024 – 133

Rubrum

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Michaely Bejčkové a soudců Faisala Husseiniho a Ondřeje Mrákoty ve věci žalobce: Mikroregion Porta Bohemica, Kamýk 65, zastoupeného advokátem Mgr. Janem Sedláčkem, Slovákova 279/11, Brno, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 9. 12. 2022, čj. 45320/22/5000–10612–706239, v řízení o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 25. 3. 2024, čj. 141 Af 3/2023–53, takto:

Výrok

I. Kasační stížnost se zamítá.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti v celkové výši 21 236 Kč k rukám jeho zástupce Mgr. Jana Sedláčka, advokáta, do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Žalobce je dobrovolným svazkem obcí. Ministerstvo životního prostředí poskytlo žalobci rozhodnutím o poskytnutí dotace ze 4. 4. 2014 peněžní prostředky z Fondu soudržnosti v celkové maximální výši 5 341 683,05 Kč, tedy ve výši 85 % celkových způsobilých výdajů projektu s názvem „Protipovodňová opatření pro Mikroregion Porta Bohemica“; účelem poskytnutí podpory mělo být zpracování digitálního povodňového plánu a pořízení hlásného a varovného systému pro obce regionu Porta Bohemica. Dále byly podle smlouvy o poskytnutí podpory z 15. 4. 2014, uzavřené mezi žalobcem a Státním fondem životního prostředí České republiky (SFŽP), žalobci poskytnuty peněžní prostředky ze SFŽP v celkové maximální výši 314 216,65 Kč, tedy ve výši 5 % celkových způsobilých výdajů projektu. Celková výše dotace tedy činila 5 655 899,70 Kč. Vlastní zdroje žalobce činily částku ve výši 628 433,30 Kč. Dotační prostředky ve výši 312 795,38 Kč ze SFŽP a ve výši 5 317 521,58 Kč z Fondu soudržnosti (prostřednictvím Ministerstva životního prostředí) byly žalobci připsány na účet dne 8. 12. 2014. V obou případech, rozhodnutí o dotaci i smlouvy o podpoře, byly prostředky poskytnuty v rámci národního Operačního programu Životní prostředí; prostředky poskytované z tohoto programu pocházejí z větší části z Evropského fondu pro regionální rozvoj a Fondu soudržnosti, z prostředků státního rozpočtu se přispívá na některé projekty.

2. Dne 26. 2. 2020 zahájil Finanční úřad pro Ústecký kraj jako správce daně u žalobce daňovou kontrolu. Jejím předmětem byla kontrola skutečností rozhodných pro vznik povinnosti odvodu za porušení rozpočtové kázně dle zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), u finančních prostředků poskytnutých na základě rozhodnutí a smlouvy. Daňová kontrola byla ukončena dne 6. 9. 2021 doručením oznámení o ukončení daňové kontroly z 3. 9. 2021, jehož přílohou byla zpráva o daňové kontrole.

3. Správce daně ve zprávě o daňové kontrole dospěl k závěru, že žalobce nevyřadil ze zadávacího řízení nabídky s termínem plnění odlišným od zadávací dokumentace a uzavřel smlouvu s dodavatelem neodpovídajícím zadávacím podmínkám. Žalobce tak nevyřadil nabídky dvou uchazečů, které obsahovaly návrhy smluv o dílo, jež nebyly v souladu se zadávacími podmínkami, a porušil tak § 76 odst. 1 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách. Žalobce podle správce daně porušil také § 82 odst. 7 písm. b) zákona o veřejných zakázkách, neboť umožnil podstatnou změnu smlouvy tím, že u uzavřené smlouvy o dílo se posunul termín o kalendářní měsíc a v případě dodatku č. 1 k této smlouvě o 4 měsíce. Podle správce daně také měl žalobce dle § 147a odst. 2 zákona o veřejných zakázkách povinnost uveřejnit na profilu zadavatele smlouvu uzavřenou na veřejnou zakázku včetně všech jejích změn a dodatků, a to ve lhůtě do 15 dnů od jejího uzavření. Smlouva o dílo byla podepsána dne 17. 2. 2014 a byla zveřejněna na profilu zadavatele dne 28. 2. 2014; dodatek č. 1 ke smlouvě o dílo z 19. 5. 2014 měl být uveřejněn do dne 3. 6. 2014 a dodatek č. 2 ke smlouvě o dílo z 3. 11. 2014 měl být zveřejněn do dne 18. 11. 2014, ovšem oba dodatky byly zveřejněny až 3. 4. 2015, tedy po marném uplynutí zákonné lhůty.

4. V důsledku těchto porušení rozpočtové kázně vydal správce daně 10. 9. 2021 dva platební výměry na odvod za porušení rozpočtové kázně: prvním uložil žalobci odvod do Národního fondu ve výši 1 259 646 Kč, druhým mu pak uložil odvod do státního rozpočtu ve výši 74 089 Kč.

5. Dne 20. 10. 2021 podal žalobce proti platebním výměrům odvolání. Žalovaný pak rozhodnutím ze dne 9. 12. 2022 jednak zamítl odvolání a potvrdil první platební výměr, jednak změnil druhý platební výměr tak, že opravil nesprávnou formulaci. Po opravě tak byl vyměřen „odvod do Státního fondu životního prostředí“ namísto odvodu do státního rozpočtu. Rozhodnutí žalovaného bylo žalobci doručeno dne 19. 12. 2022.

6. Proti rozhodnutí žalovaného poté podal žalobce žalobu ke Krajskému soudu v Ústí nad Labem. Krajský soud žalobě vyhověl a rozhodnutí žalovaného zrušil, protože podle jeho názoru marně uplynula prekluzivní lhůta pro stanovení vyměřených odvodů (krajský soud výslovně uvedl, že rozhodnutí žalovaného zrušil z jiných důvodů, než které byly uplatněny v žalobě, a k prekluzi přihlédl z moci úřední). Takto krajský soud věc vyhodnotil s ohledem na nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství.

7. Podle krajského soudu je potřeba zohlednit, že dotace byla poskytnuta zejména z rozpočtu Evropské unie. Nařízení 2988/95 je dle čl. 288 druhého pododstavce Smlouvy o fungování Evropské unie (SFEU) přímo aplikovatelným právním předpisem, který má obecnou působnost, je závazný a přímo použitelný ve všech členských státech, a musí mu tedy ustoupit taková ustanovení vnitrostátního právního předpisu, která jsou s ním v rozporu. Nesplnil–li hospodářský subjekt podmínky dotace poskytnuté (i jen částečně) z unijních zdrojů, jedná se o neoprávněný výdaj, tj. nesrovnalost ve smyslu nařízení 2988/95. Toto nařízení upravuje prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace (dle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního činí lhůta čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti), prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (dle čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého činí lhůta dvojnásobek lhůty pro zahájení řízení) i pro výkon rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (čl. 3 odst. 2 nařízení 2988/95). Okamžikem, od kterého se dle krajského soudu odvíjel počátek prekluzivní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace (4 roky) a vydání konečného rozhodnutí v dané věci (8 let), je v případě nevyřazení nabídek dvou uchazečů o veřejnou zakázku a uzavření smlouvy o dílo s vybraným dodavatelem, jehož nabídka měla být vyřazena, nejpozději okamžik uzavření smlouvy o podpoře – 15. 4. 2014 (v té době bylo již pravomocné rozhodnutí o dotaci vydané dne 4. 4. 2014). Co se týče okamžiku počátku běhu prekluzivní lhůty ve vztahu k nezveřejnění dodatků č. 1 a 2, ten nastal nejpozději dne 19. 11. 2014, neboť dodatek č. 1 měl být uveřejněn do dne 3. 6. 2014 a dodatek č. 2 do dne 18. 11. 2014. Krajský soud tak měl za to, že v případě žalobce nebyla dodržena ani čtyřletá lhůta pro zahájení řízení, jelikož daňová kontrola byla zahájena dne 26. 2. 2020, ani osmiletá lhůta pro vydání konečného rozhodnutí, jež bylo vydáno a nabylo právní moci až v prosinci roku 2022. Krajský soud odvodil počátek běhu prekluzivní lhůty od vzniku „nesrovnalosti“ ve smyslu čl. 1 nařízení 2988/95.

II. Shrnutí argumentů kasační stížnosti a vyjádření žalobce

8. Proti rozsudku krajského soudu podal žalovaný (v řízení o kasační stížnosti stěžovatel) kasační stížnost. V něm uplatnil kasační důvody dle § 103 odst. 1 písm. a) a d) s. ř. s. Namítl tedy, že krajský soud posoudil rozhodné právní otázky nesprávně a zároveň zatížil svůj rozsudek vadou nepřezkoumatelnosti, resp. se dopustil jiné vady, která mohla mít za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé.

9. Stěžovatel se v prvé řadě domníval, že ve vztahu k odvodu uloženému do SFŽP se nejednalo o unijní prostředky, a proto vůbec nebylo namístě ve vztahu ke lhůtě pro uložení odvodu do SFŽP aplikovat nařízení 2988/95. Ohledně těchto prostředků, které byly poskytnuty z rozpočtu České republiky, tak nic nebránilo výpočtu prekluzivní lhůty dle § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel v rozhodném znění (nyní odst. 11).

10. Dále stěžovatel rozebral znění čl. 3 nařízení 2988/95 a poukázal na související judikaturu Soudního dvora Evropské unie (SDEU). Dle jeho názoru přitom byla vnitrostátní úprava „stíhání“ (resp. vymáhání poskytnutých finančních prostředků, u kterých nebyly splněny sjednané podmínky) porušení právních předpisů při implementaci projektů spolufinancovaných z rozpočtu EU komplexní a plně odpovídala možnostem, které v tomto směru čl. 3 nařízení 2988/95 ponechal členským státům k vlastní úpravě (konkrétně tomu tak bylo na základě čl. 3 odst. 3 daného nařízení). V souvislosti s tím se stěžovatel zabýval i analýzou pojmu „nesrovnalost“, jak o něm hovoří nařízení 2988/95. Podle jeho názoru tak dochází k nesrovnalosti ve smyslu porušení rozpočtové kázně nejdříve v okamžiku připsání finančních prostředků dotace na účet příjemce dotace (a ne v okamžiku uzavření smlouvy o poskytnutí dotace).

11. V návaznosti na svou argumentaci stěžovatel navrhl, aby NSS rozsudek krajského soudu zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení – případně aby kasační řízení přerušil a za účelem vyjasnění příslušné unijní úpravy předložil SDEU předběžnou otázku.

12. Žalobce naopak ve vyjádření ke kasační stížnosti navrhl, aby ji NSS zamítl. Žalobce se totiž plně ztotožňuje s tím, jak krajský soud ve věci rozhodl.

III. Položení předběžné otázky k SDEU a další průběh řízení

13. NSS po předběžném posouzení věci dospěl k závěru, že nelze vyloučit, že úprava lhůty podle § 44 odst. 9 rozpočtových pravidel může být v rozporu s pravidly stanovenými v čl. 3 nařízení 2988/95, resp. že odpověď na danou otázku jednoznačně nevyplývá z dosavadní judikatury SDEU. Rozhodl se proto usnesením ze dne 31. 7. 2024, čj. 10 Afs 82/2024–52, řízení podle § 48 odst. 1 písm. b) s. ř. s. přerušit a předložit SDEU dle čl. 267 Smlouvy o fungování Evropské unie předběžné otázky.

14. V usnesení čj. 10 Afs 82/2024–52 poukázal NSS mj. na následující právní úpravu, kterou ve věci považoval za rozhodnou:

15. Podle čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95 pro účely ochrany finančních zájmů Evropských společenství se přijímají obecná pravidla týkající se stejnorodých kontrol a správních opatření a sankcí postihujících nesrovnalosti s ohledem na právo Společenství.

16. Podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. Přitom podle pododstavce druhého téhož ustanovení v případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Pododstavec čtvrtý čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 stanoví, že promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci (…).

17. Z článku 3 odst. 3 nařízení 2988/95 plyne, že členské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 (…).

18. Podle § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel[1] správu odvodů za porušení rozpočtové kázně a penále vykonávají finanční úřady podle daňového řádu [zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád]. Porušitel rozpočtové kázně má při správě odvodů za porušení rozpočtové kázně postavení daňového subjektu (…) Odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.

19. S ohledem na tuto právní úpravu položil NSS k SDEU následující předběžné otázky: 1) Umožňuje nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, a) vnitrostátní úpravu, která ve smyslu čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení stanoví delší lhůtu pro rozhodnutí ve věci (zde desetiletou), než která vyplývá z čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení, aniž by současně výslovně stanovila také samostatnou lhůtu pro zahájení řízení, tak jak ji upravuje ve svém čl. 3 odst. 1 pododstavec první nařízení 2988/95? b) členskému státu jako počátek lhůty pro vydání rozhodnutí určit – namísto okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo – první den následujícího kalendářního roku? 2) V případě, že bude odpověď na část a) první otázky kladná, umožňuje nařízení 2988/95 členskému státu, který využil oprávnění podle čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení, zahájit řízení ve lhůtě delší, než jaká plyne z čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95? Nebo je třeba – v případě, že vnitrostátní úprava zvláštní lhůtu pro zahájení řízení nestanoví – postupovat podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 a zahájit řízení ve lhůtě tam stanovené? 3) Je třeba v případě nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95, které vyvstaly při financování záměrů souvisejících s některou z politik Unie a v návaznosti na dotace poskytnuté částečně z unijních zdrojů a částečně ze zdrojů rozpočtu členského státu, postupovat jen podle nařízení 2988/95 (včetně lhůt a definic), tedy vztáhnout nařízení na nesrovnalost v celém jejím rozsahu? Nebo je třeba takto postupovat jen ve vztahu k oddělitelné části dotace poskytnuté z unijních zdrojů, a ve vztahu k oddělitelné části poskytnuté z rozpočtu členského státu naopak postupovat podle vnitrostátního předpisu?

20. V řízení o předběžné otázce před SDEU se k věci vyjádřila Evropská komise, Česká republika a také žalobce. Poté o věci rozhodl SDEU rozsudkem ze dne 27. 11. 2025, C–539/24. Na položené předběžné otázky odpověděl takto: 1) Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty. 2) Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila. 3) Článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.

21. Po obdržení rozsudku C–539/24 rozhodl NSS tak, že odpadla překážka řízení a v řízení se dle § 48 odst. 6 s. ř. s. pokračuje. Zároveň dal NSS účastníkům řízení možnost se k závěrům SDEU vyjádřit.

22. K věci se nejdříve vyjádřil stěžovatel ve stanovisku ze dne 3. 2. 2026. V něm korigoval některá svá dosavadní tvrzení a souhlasil s krajským soudem v posouzení otázky pochybení spočívajícího v nevyřazení nabídky, jež nesplňovala zadávací podmínky, ze zadávacího řízení. I podle stěžovatele takto žalobce pochybil ještě před vydáním rozhodnutí o dotaci (4. 4. 2014) a uzavřením smlouvy o podpoře (15. 4. 2014). V tomto případě lze počátek běhu promlčecí lhůty ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 počítat od data vydání rozhodnutí (od 4. 4. 2014), neboť tímto okamžikem porušil žalobce podmínky stanovené rozhodnutím a v důsledku toho byl poškozen rozpočet Společenství, resp. rozpočty Společenstvím spravované. Stěžovatel tedy již netrvá na datech, která uváděl dříve (15. 12. 2014 a 16. 12. 2014, kdy byly uhrazeny faktury dodavateli). V tomto směru tak již nezpochybňuje závěry krajského soudu vyslovené v bodě 57 napadeného rozsudku, které vycházely z rozsudku NSS ze dne 18. 3. 2022, čj. 5 Afs 4/2021–66, č. 4333/2022 Sb. NSS, v němž NSS posuzoval obdobný případ.

23. Stěžovatel však trvá na tom, že krajský soud posoudil nesprávně problematiku pochybení spočívajícího v neuveřejnění dodatků ke smlouvě o dílo ze dne 17. 2. 2014. Toho se žalobce podle krajského soudu dopustil až poté, co nabylo právní moci rozhodnutí o dotaci a byla uzavřena smlouva o podpoře; za počátek běhu prekluzivní lhůty je tedy třeba považovat den, kdy zmíněná pochybení nastala. Dle § 147a odst. 2 zákona o veřejných zakázkách měly být dodatky zveřejněny do 15 dnů od jejich uzavření. V případě dodatku č. 1, jenž byl uzavřen dne 19. 5. 2014, tak lhůta pro jeho zveřejnění běžela do 3. 6. 2014, v případě dodatku č. 2 uzavřeného dne 3. 11. 2014 běžela ona 15denní lhůta do 18. 11. 2014. Krajský soud přitom dospěl k závěru, že prekluzivní lhůta začala běžet nejpozději od 19. 11. 2014 (viz bod 59 rozsudku). Stěžovatel je ovšem toho názoru, že okamžik, od kterého začíná běžet promlčecí lhůta, je nutno stanovit přesně, přičemž je také stěžejní postavit najisto, zda se nemůže jednat o opakovanou či pokračující nesrovnalost. Tyto skutečnosti mají dle stěžovatele zásadní význam pro počátek a konec běhu promlčecí lhůty ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95. Podle stěžovatele je třeba mít za to, že nezveřejnění dodatků ve stanovené lhůtě představuje trvající protiprávní jednání (v terminologii nařízení 2988/95 „pokračující nesrovnalost“), které trvalo až do okamžiku uveřejnění těchto dodatků – tedy 3. 4. 2015. Až od tohoto data dle stěžovatele začala běžet promlčecí (prekluzivní) lhůta.

24. Žalobce se ve svém následném vyjádření opětovně přihlásil ke správnosti závěrů krajského soudu, které by ve světle rozsudku SDEU C–539/24 měly dle jeho názoru vést k zamítnutí kasační stížnosti.

IV. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu

25. Kasační stížnost není důvodná.

26. Bez ohledu na stanovisko stěžovatele ze dne 3. 2. 2026 (viz bod [22] výše) je zřejmé, že právo stěžovatele na vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně (v terminologii rozpočtových pravidel) zaniklo v důsledku marného uplynutí lhůty „pro zahájení stíhání“ ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 (zde NSS poznamenává, že ačkoli nařízení 2988/95 hovoří o „promlčecích dobách“, je zřejmé, že ve skutečnosti zde jde o lhůty prekluzivní – srov. rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2024, čj. 4 Afs 52/2023–85, bod 20).

27. Na základě rozsudku C–539/24 je totiž zjevné, že při posouzení prekluze práva uložit odvod (či zahájit v tomto směru řízení) je nutné vycházet ze lhůt uvedených v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95. Ostatně v tomto smyslu byl zcela v souladu s názorem SDEU závěr NSS vyjádřený již v rozsudku ze dne 19. 6. 2024, čj. 3 Afs 248/2023–135. V jeho bodě 31 NSS uvedl, že příslušná vnitrostátní právní ustanovení „neobsahují komplexní úpravu prekluzivních lhůt, která by odpovídala čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95. Zejména neobsahují úpravu lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace, nenaplňují tedy v judikatuře SDEU akcentované pravidlo dvojnásobku prekluzivní lhůty pro zahájení řízení“ (NSS takto vyložil úpravu zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, což ale na věci nic nemění, neboť daný zákon obsahoval podobnou úpravu jako samotná rozpočtová pravidla, jimiž se NSS zabývá ve stávajícím řízení).

28. Jak vyplývá z nařízení 2988/95, konkrétně z jeho čl. 3 odst. 1, promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1 [„stíháním“ ve smyslu tohoto ustanovení lze rozumět řízení, jehož účelem je uložení správního opatření nebo sankce (viz čl. 4 a 5 nařízení 2988/95), tedy rovněž daňové řízení – zde daňovou kontrolu – vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně]. Česká republika přitom v rozpočtových pravidlech neupravila možnost delší lhůty pro zahájení takového řízení, kterou jí otevíral čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95. Pro případ takové situace uvedl SDEU v bodě 27 rozsudku C–539/24, že „pokud příslušné vnitrostátní orgány nestanovily promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, která by se lišila od lhůty uvedené v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, musí k zahájení stíhání nutně dojít ve čtyřleté lhůtě stanovené v tomto ustanovení“ (NSS poznamenává, že s ohledem na okolnosti posuzovaného případu se zabýval jen prekluzivní lhůtou pro zahájení „stíhání“ nesrovnalosti, nikoli lhůtou pro vydání rozhodnutí o postihu ze strany daňových orgánů, neboť ve věci marně uplynula již první z těchto lhůt; zabývat se detailně lhůtou pro vydání rozhodnutí by bylo nadbytečné).

29. Správce daně zahájil „stíhání“, zde tedy daňovou kontrolu, dne 26. 2. 2020. Přitom u žádného z pochybení, která stěžovatel ve vztahu k žalobci zjistil, lhůta k zahájení „stíhání“ nepočala běžet až po 25. 2. 2016.

30. Ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 počátek běhu prekluzivní lhůty nastává v okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, resp. kdy tato nesrovnalost skončila (v případě „pokračující nebo opakované“ nesrovnalosti dle čl. 3 odst. 1 pododstavce druhého nařízení 2988/95).

31. Ať už by přitom šlo o u zjištěných pochybení o nesrovnalosti jednorázové, pokračující nebo opakované, přicházela by v úvahu jen následující data, od kterých by bylo možné odvíjet počátek běhu prekluzivní lhůty: – 4. 4. 2014 (rozhodnutí o dotaci) nebo 15. 4. 2014 (uzavření smlouvy o podpoře) v případě pochybení, která nastala ještě před těmito daty (viz např. rozsudky čj. 4 Afs 52/2023–85 a 5 Afs 4/2021–66), a to – dle okolností – s výhradou následující odrážky; – 15. 12. 2014 nebo 16. 12. 2014, kdy žalobce uhradil zhotoviteli smlouvu o dílo, neboť tím by bylo u dosavadních pokračujících nesrovnalostí „dovršeno plnění“ ze smlouvy (viz rozsudek čj. 3 Afs 248/2023–135 s odkazem na rozsudek SDEU ze dne 21. 12. 2011, ve věci C 465/10, Ministre de l’Intérieur, de l’Outre mer, des Collectivités territoriales et de l’Immigration); – 3. 6. 2014 a 18. 11. 2014, kdy marně uplynula lhůta pro zveřejnění dodatků č. 1 a 2 ke smlouvě o dílo, resp. 3. 4. 2015, kdy žalobce tyto dodatky uveřejnil – počátek běhu prekluzivní lhůty by se určil podle typu nesrovnalosti na základě principů uvedených ve shora zmíněné judikatuře; podobně by tomu bylo u samotného uzavření „problematického“ dodatku č. 1 ze dne 19. 5. 2014.

32. Jak již bylo řečeno, všechna tato data předcházejí dni zahájení daňové kontroly o více než čtyři roky, takže je nepochybné, že správci daně (resp. žalovanému) lhůta pro zahájení „stíhání“ marně uplynula, a to s důsledkem prekluze práva takové řízení zahájit. S ohledem na tuto skutečnost se zde NSS blíže nezabývá jednotlivými typy nesrovnalostí, jak byly shrnuty výše, a výslovně u nich neurčuje konkrétní okamžik počátku běhu prekluzivní lhůty, neboť to vzhledem k okolnostem věci není nutné (resp. jde o nadbytečné řešení hypotetických variant).

33. Pro úplnost NSS dodává, že ve světle rozsudku SDEU C–539/24 není důvod pochybovat ani o správnosti závěru krajského soudu spočívajícího v tom, že lhůty dle nařízení 2988/95 bylo za daného právního stavu třeba aplikovat ve vztahu ke všem dotačním prostředkům, pokud alespoň část z nich pocházela z prostředků Evropské unie. Jak totiž výslovně SDEU uvedl v bodě 42 daného rozsudku, „článek 3 nařízení č. 2988/95 se vztahuje na nesrovnalost, k níž došlo v rámci spolufinancovaného projektu, aniž je třeba uplatnit odlišná pravidla promlčení, pokud jsou touto nesrovnalostí dotčeny i finanční zájmy členských států“. V bodě 44 na to navázal: na třetí otázku je třeba odpovědět tak, že článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu“ (k „nedělitelnosti“ nesrovnalosti podle původu finančních prostředků viz bod 40 citovaného rozsudku; obdobně již dříve např. rozsudek čj. 4 Afs 52/2023–85, bod 14, či ze dne 27. 5. 2024, čj. 3 Afs 113/2022–36, bod 35).

34. Ke zrušení napadeného rozsudku nemohou vést ani další argumenty, které stěžovatel uvedl ve vyjádření ze dne 3. 2. 2026, a to zejména v bodech 11 a 12. Stěžovatel zdůrazňuje, že jeho kasační stížnost je nadále přípustná, i když on sám od některých svých dosavadních závěrů ustoupil, a odkazuje k tomu na rozsudek NSS ze dne 20. 11. 2024, čj. 6 Afs 202/2023–55. Tento odkaz však není přiléhavý. V případě řešeném šestým senátem šlo o otázku, zda může být kasační stížnost přípustná navzdory tomu, že stěžovatel v ní vyvracel pouze jeden z několika nezávislých důvodů, které vedly krajský soud ke zrušení napadeného správního rozhodnutí. Podle šestého senátu kasační stížnost přípustná byla (tedy nesměřovala jen proti důvodům napadeného rozsudku) protože případná korekce závěrů krajského soudu ze strany NSS mohla pro stěžovatele vést k pozitivním důsledkům z hlediska samostatných „nároků“. V nyní posuzované věci však krajský soud zrušil stěžovatelovo rozhodnutí z jediného důvodu (proti němuž od počátku míří kasační argumentace, takže o přípustnosti kasační stížnosti nemůže být pochyb). Navíc stěžovatel v této souvislosti konkrétně neuvádí, proč by měl být rozsudek krajského soudu zrušen, jestliže by promlčecí lhůta v případě nezveřejnění dodatků měla začít běžet až 3. 4. 2015. Pokud tím snad stěžovatel měl za cíl „zachytit“ absolutní osmiletou lhůtu [viz závěry SDEU v jeho odpovědi 1) rozsudku C–539/24], nic to nemění na tom, že daňovou kontrolu nezahájil ve zde rozebírané čtyřleté lhůtě (srov. body [31] a [32]). Úkolem NSS přitom není odpovídat na teoretické otázky v případě, že kterákoli z myslitelných odpovědí vede ke stejnému závěru, tj. že možnost vyměřit odvod za porušení rozpočtové kázně je prekludována.

35. NSS se tak neztotožňuje s argumenty stěžovatele o tom, že krajský soud věc nesprávně posoudil po právní stránce. Kasační důvod dle § 103 odst. 1 písm. a) s. ř. s. není naplněn. Stejně tomu tak je u kasačního důvodu dle § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. Rozsudek krajského soudu netrpí nepřezkoumatelností, naopak je pečlivě a podrobně odůvodněn. Krajský soud se nedopustil ani žádné vady řízení, která by mohla mít za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé.

V. Závěr a náklady řízení

36. Z výše uvedených důvodů tedy dospěl NSS k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji zamítl.

37. Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o § 60 odst. 1 a § 120 s. ř. s. Stěžovatel ve věci neměl úspěch, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalobce měl úspěch, má proto právo na náhradu nákladů řízení o žalobě i kasační stížnosti.

38. V řízení o kasační stížnosti představovaly náklady řízení žalobce odměna a náhrada hotových výdajů žalobcova advokáta. Ten v řízení o kasační stížnosti učinil tři úkony právní služby, kterými jsou vyjádření ke kasační stížnosti a další dvě písemná podání ve věci (vyjádření k SDEU v řízení o předběžné otázce a vyjádření k závěrům SDEU) [§ 11 písm. d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif)]. Za každý z prvních dvou úkonů právní služby (vyjádření ke kasační stížnosti a vyjádření k SDEU) náleží zástupci mimosmluvní odměna ve výši 3 100 Kč [§ 9 odst. 4 písm. d) ve spojení s § 7 bodem 5 advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024] a paušální náhrada hotových výdajů ve výši 300 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu v relevantním znění), celkem tedy 6 800 Kč. V případě třetího úkonu (vyjádření k závěrům SDEU) náleží zástupci mimosmluvní odměna ve výši 10 300 Kč [§ 7 bod 6 a § 9 odst. 5 ve spojení s § 10b odst. 5 písm. a) advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025, přičemž výše peněžitého plnění, o něž v řízení jde, překračuje maximální částku 500 000 Kč – viz bod [4] výše] a paušální náhrada hotových výdajů ve výši 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025), celkem tedy 10 750 Kč. Jelikož je advokát žalobce plátcem DPH, je třeba tyto částky zvýšit o daň z přidané hodnoty (21 %), tedy o částku 3 686 Kč (zaokrouhleno na celé koruny nahoru dle § 146 odst. 1 daňového řádu). Náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti tak celkově činí částku 21 236 Kč.