2 Afs 41/2026

Rubrum

ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Evy Šonkové a soudců Karla Šimky a Václava Štencla v právní věci žalobkyně: COME vending s. r. o., IČO: 47666960, se sídlem Masarykova třída 342/39, Opava, zastoupená JUDr. Zdeňkem Kramperou, advokátem se sídlem Kořenského 1107/15, Praha 5, proti žalovanému: Finanční úřad pro Moravskoslezský kraj, se sídlem Na Jízdárně 3162/3, Ostrava, proti rozhodnutím žalovaného ze dne 25. 4. 2024, č. j. 1613672/24/3216-50521-806256, 1613658/24/3216-50521-806256 a 1613600/24/3216-50521-806256, o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 29. 1. 2026, č. j. 22 Af 17/2024-33, takto:

Výrok

Rozsudek Krajského soudu v Ostravě ze dne 29. 1. 2026, č. j. 22 Af 17/2024-33, s e r u š í a věc s e v r a c í tomuto soudu k dalšímu řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. V záhlaví označenými rozhodnutími žalovaný zamítl námitky žalobkyně proti vyrozuměním ze dne 29. 2. 2024, č. j. 575837/24/3216-50521-806256, č. j. 575849/24/3216-50521-806256 a č. j. 575878/24/3216-50521-806256 o úroku z neoprávněného jednání správce daně podle § 254 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění do 31. 12. 2020, a úroku z nesprávně stanovené daně podle § 254 daňového řádu, ve znění od 1. 1. 2021, za zdaňovací období leden 2012, únor 2012 a březen, duben, květen, červen, říjen, listopad, prosinec 2012, který byl předepsán do evidence daní na osobní účet žalobkyně dne 20. 2. 2024 ve výši 0 Kč.

2. Žalobkyně se proti napadeným rozhodnutím žalovaného bránila žalobou, které Krajský soud v Ostravě (dále „krajský soud“) vyhověl, napadená rozhodnutí pro nepřezkoumatelnost zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.

3. Krajský soud nejprve ze správního spisu zrekapituloval, že žalobkyně podala v průběhu roku 2012 řádná a také dodatečná daňová přiznání k dani z přidané hodnoty (dále „DPH“) za zdaňovací období leden až červenec 2012 a říjen až prosinec 2012. Správce daně dne 10. 9. 2013 zahájil u žalobkyně daňovou kontrolu, v jejímž důsledku vydal ve dnech 27. 6., 30. 6. a 1. 7. 2014 dodatečné platební výměry na DPH za uvedená zdaňovací období. Proti dodatečným platebním výměrům podala žalobkyně odvolání, která byla zamítnuta rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství (dále „OFŘ“) ze dne 20. 6. 2016, č. j. 27815/16/5300-22441-711458 (dále „rozhodnutí OFŘ z roku 2016“). Rozsudkem krajského soudu ze dne 23. 4. 2018, č. j. 22 Af 71/2016-36, bylo rozhodnutí OFŘ z roku 2016 zrušeno a věc mu byla vrácena k dalšímu řízení. OFŘ v dalším řízení vydalo dne 14. 2. 2019 rozhodnutí č. j. 5781/19/5300-22441-705341 (dále „rozhodnutí OFŘ z roku 2019“), jímž dodatečné platební výměry vydané v r. 2014 s výjimkou dodatečného platebního výměru za zdaňovací období červenec 2012 změnilo. Současně rozhodnutím ze dne 14. 2. 2019, č. j. 5754/19/5300-22441-705341, zrušilo dodatečný platební výměr na DPH za zdaňovací období červenec 2012 a řízení v této věci zastavilo.

4. Rozsudkem krajského soudu ze dne 5. 11. 2020, č. j. 22 Af 18/2019-43, bylo rozhodnutí OFŘ z roku 2019 zrušeno a věc mu byla vrácena k dalšímu řízení. OFŘ následně vydalo tři rozhodnutí, jimiž postupně zrušilo dodatečné platební výměry a řízení zastavilo. Konkrétně se jednalo o rozhodnutí ze dne 27. 1. 2022, č. j. 3502/22/5300-22441-705341, jímž byl zrušen dodatečný platební výměr za zdaňovací období leden 2012 a řízení zastaveno, dále rozhodnutí ze dne 3. 3. 2022, č. j. 8357/22/5300-22441-705341, jímž byl zrušen dodatečný platební výměr za zdaňovací období únor 2012 a řízení zastaveno, a rozhodnutí ze dne 7. 4. 2022, č. j. 13209/22/5300-22441-705341, jímž byly zrušeny dodatečné platební výměry za zdaňovací období březen, duben, květen, červen, říjen, listopad a prosinec 2012 a všechna tato řízení zastavena. V návaznosti na uvedená rozhodnutí OFŘ o zrušení dodatečných platebních výměrů žalovaný vydal dne 25. 3. 2022 vyrozumění č. j. 1326124/22/3216-50521-803344 o předpisu úroku podle § 254 daňového řádu za zdaňovací období leden 2012 v celkové výši 105 047 Kč, vyrozumění č. j. 1326200/22/3216-50521-803344 o předpisu úroku podle § 254 daňového řádu za zdaňovací období únor 2012 ve výši 198 960 Kč a dne 11. 5. 2022 vyrozumění č. j. 2332785/22/3216-50521-803344 o předpisu úroku podle § 254 daňového řádu za zdaňovací období březen, duben, květen, červen, říjen, listopad, prosinec 2012 v celkové výši 2 349 553 Kč. Předepsané částky byly poukázány na bankovní účet žalobkyně.

5. Ke kasační stížnosti OFŘ však byl rozsudek krajského soudu č. j. 22 Af 18/2019-43 zrušen rozsudkem Nejvyššího správního soudu (dále „NSS“) ze dne 5. 5. 2023, č. j. 5 Afs 5/2021-29. Krajský soud poté vydal dne 22. 11. 2023 rozsudek č. j. 22 Af 18/2019-81, kterým žalobu proti rozhodnutí OFŘ z roku 2019 zamítl. Následně žalovaný zaslal žalobkyni v bodě [1] identifikovaná vyrozumění o předpisu úroku podle § 254 daňového řádu za zdaňovací období leden 2012, únor 2012 a březen, duben, květen, červen, říjen, listopad, prosinec 2012 dne 20. 2. 2024 ve výši 0 Kč s tím, že v důsledku žalovaný eviduje nedoplatek na uvedeném úroku ve výši dříve předepsaného, sděleného a vyplaceného úroku za příslušná zdaňovací období.

6. V návaznosti na aktuální judikaturu NSS dospěl krajský soud k závěru, že dodatečné platební výměry za uvedená zdaňovací období ve znění změnového rozhodnutí OFŘ z roku 2019 (tzv. „obživlé“ rozhodnutí) zůstaly v právní moci a jimi doměřená DPH, modifikovaná změnovým rozhodnutím OFŘ z roku 2019, se stala splatnou. Pro posouzení věci není podle krajského soudu rozhodné, že kasační rozsudek NSS, jakož i následně vydaný rozsudek krajského soudu č. j. 22 Af 18/2019-81 byly vydány po uplynutí objektivní lhůty pro stanovení daně ve smyslu § 148 odst. 5 daňového řádu.

7. Ve vztahu k otázce, zda žalovanému poté, co došlo k obživnutí rozhodnutí OFŘ z roku 2019 podle § 124a daňového řádu, svědčilo právo vydat žalobkyni vyrozumění o úroku ve výši 0 Kč, který ve svém důsledku znamenal, že žalovaný eviduje u žalobkyně nedoplatek ve výši dříve předepsaných, sdělených a vyplacených úroků za předmětná zdaňovací období, krajský soud zdůraznil, že „obživnutím“ správního rozhodnutí zanikl právní titul pro předepsání a vyplacení úroku dle § 254 daňového řádu, čímž žalobkyně na tento již vyplacený úrok ztratila nárok. Úrok podle § 254 daňového řádu má charakter reparace daňového subjektu za nezákonné nebo nesprávné jednání správce daně a je příslušenstvím daně, které sleduje její osud (§ 2 odst. 5 daňového řádu). Lze jej proto požadovat v rámci lhůty pro placení daně dle § 160 daňového řádu. Má-li daňový subjekt (v pozici oprávněného) právo požadovat úrok dle § 254 daňového řádu v rámci lhůty pro placení daní, pak správce daně je oprávněn ve stejné lhůtě vydat vyrozumění o novém předepsaném úroku v důsledku „obživlého“ správního rozhodnutí ve smyslu § 124a daňového řádu a současně daňovému subjektu sdělit, že u něj v důsledku toho eviduje nedoplatek, který zaniká až po marném uplynutí lhůty pro placení daně (§ 153 odst. 4 daňového řádu).

8. Podle § 160 odst. 1 daňového řádu lhůta pro placení daně činí 6 let a začne běžet dnem splatnosti daně. Podle právní úpravy účinné do roku 2020 mohla mít jedna daň za jedno zdaňovací období stanoveno více lhůt pro placení daně. To je podle krajského soudu případ žalobkyně, neboť k prvnímu doměření DPH za předmětná zdaňovací období došlo dodatečnými platebními výměry z roku 2014 a k druhému doměření došlo změnou těchto dodatečných platebních výměrů, která nastala „obživlým“ rozhodnutím OFŘ z roku 2019. Novela daňového řádu č. 283/2020 Sb. se na posuzovaný případ nevztahuje, neboť dle přechodných ustanovení se uplatní až ve vztahu ke lhůtám týkajícím se daní, jejichž původní (tj. ne náhradní) den splatnosti nastal od 1. 1. 2021, což není případ žalobkyně.

9. S ohledem na vše uvedené dospěl krajský soud k závěru, že žalovaný byl sice oprávněn vydat vyrozumění o úroku dle § 254 daňového řádu ve výši 0 Kč a o existenci nedoplatku žalobkyně v návaznosti na „obživlé“ rozhodnutí OFŘ z roku 2019, avšak současně bylo jeho povinností zabývat se otázkou prekluze práva pro placení daně (a přihlížet k ní z moci úřední), což neučinil. Žalobkyně sice prekluzi namítala, ale nesprávně argumentovala lhůtou pro stanovení daně dle § 148 odst. 5 daňového řádu. Krajský soud proto shledal napadená rozhodnutí nepřezkoumatelnými a žalovanému nařídil, aby se v dalším řízení z úřední povinnosti zabýval během lhůt pro placení daně ve vztahu ke dvěma výše specifikovaným doměřením daní za předmětná zdaňovací období a ověřil, zda byly úroky dle § 254 daňového řádu ve výši 0 Kč, o nichž byla žalobkyně informována v bodě [1] tohoto rozsudku identifikovanými vyrozuměními, předepsány v rámci lhůty pro placení daní dle § 160 daňového řádu. Současně krajský soud žalovanému stanovil povinnost zaplatit žalobkyni náklady řízení.

II. Argumentace účastníků řízení

10. Proti rozsudku krajského soudu podal žalovaný (stěžovatel) kasační stížnost.

11. Stěžovatel namítá, že nejen žalovaný, ale i soud je povinen v rámci soudního přezkumu zkoumat, zda došlo k uplynutí lhůt pro stanovení a placení daně, z úřední povinnosti, a to bez ohledu na to, zda je v napadeném rozhodnutí obsažena úvaha správce daně ohledně trvání těchto lhůt. Stěžovatel uvádí, že se k trvání lhůty pro placení daně vyjádřil implicitně, když vypořádal argumentaci žalobkyně. V duchu napadeného rozsudku krajského soudu by každé rozhodnutí správce daně muselo obsahovat úvahu o běhu prekluzivních lhůt, přičemž například rozhodnutí o stanovení daně takovou úvahu běžně neobsahují. Není důvod, aby na rozhodnutí o námitkách byly kladeny odlišné nároky. K samotnému trvání lhůty pro placení daně stěžovatel namítá, že podle § 160 odst. 7 daňového řádu neskončí lhůta pro placení daně před lhůtou pro stanovení daně, přičemž ve zbytku odkazuje na své vyjádření k žalobě.

III. Posouzení Nejvyšším správním soudem

12. Kasační stížnost je přípustná a lze ji projednat.

13. Podstata kasační stížnosti spočívá v námitce, že krajský soud nebyl oprávněn zrušit napadená rozhodnutí pro nepřezkoumatelnost z důvodu absence explicitní úvahy žalovaného o běhu prekluzivní lhůty podle § 160 daňového řádu.

14. Úvodem je třeba krajskému soudu přisvědčit, že ustanovení daňového řádu upravující úhradu úroků hrazených správcem daně nestanoví pro postup správce daně formalizované správní řízení, které by mělo být zakončeno vydáním rozhodnutí podle § 101 a násl. daňového řádu ani podle § 65 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (srov. rozsudek NSS ze dne 23. 2. 2023, č. j. 2 Afs 47/2022-42, bod 16). Daňový subjekt se může domoci „zprocesnění“ postupu správce daně podáním námitky podle § 254 odst. 5 daňového řádu, ve znění účinném do 31. 12. 2020, případně podle § 251a odst. 4 daňového řádu, ve znění nyní účinném, o níž je správce daně povinen vydat rozhodnutí. Proti takovému rozhodnutí lze podat žalobu ke správnímu soudu podle § 65 a násl. s. ř. s. (srov. rozsudek NSS ze dne 10. 4. 2026, č. j. 5 Afs 266/2025-37, bod 25).

15. Rovněž lze s krajským soudem souhlasit, že k uplynutí lhůty pro stanovení daně za příslušná zdaňovací období nedošlo. Jak plyne z krajským soudem citovaného rozsudku NSS ze dne 11. 10. 2023, č. j. 1 Afs 275/2022-43, bod 40 (a navazující judikatury, viz např. rozsudky NSS ze dne 12. 6. 2025, č. j. 9 Afs 42/2025-32, bod 23, a ze dne 19. 6. 2026, č. j. 7 Afs 230/2025-56, bod 36), v případě „obživnutí“ zrušeného rozhodnutí o stanovení daně je daň stanovena ke dni právní moci „obživlého“, původně zrušeného rozhodnutí. V důsledku kasačního rozsudku soudu jsou účinky tohoto rozhodnutí pouze obnoveny. V posuzovaném případě tedy došlo ke stanovení daně dnem právní moci rozhodnutí OFŘ z roku 2019, tedy 14. 2. 2019. Námitka, že daň nebyla stanovena v objektivní desetileté prekluzivní lhůtě podle § 148 odst. 5 daňového řádu, je proto, jak správně uzavřel krajský soud, nedůvodná.

16. Z ustálené judikatury NSS dále vyplývá, že úrok z neoprávněného jednání správce daně, resp. z nesprávně stanovené daně podle § 254 daňového řádu představuje příslušenství daně ve smyslu § 2 odst. 4 a 5 daňového řádu (srov. např. rozsudek NSS ze dne 18. 1. 2024, č. j. 4 Afs 314/2022-19, bod 20). Zároveň platí, že neuhrazené příslušenství daně představuje podle § 153 daňového řádu nedoplatek daňového subjektu, který zaniká až marným uplynutím lhůty pro placení daně podle § 160 daňového řádu, která činí 6 let (srov. rozsudky NSS ze dne 10. 6. 2015, č. j. 2 Afs 234/2014-43, č. 3290/2015 Sb. NSS, bod 16, a ze dne 15. 9. 2016, č. j. 9 Afs 128/2016-39, č. 3485/2016 Sb. NSS, bod 45). Obdobně proto musí platit i pro již uhrazený úrok z neoprávněného jednání správce daně, resp. z nesprávně stanovené daně, že jej může správce daně „zrušit“ (tj. vydat vyrozumění o úroku ve výši 0 Kč a tím fakticky po daňovém subjektu uhrazenou částku požadovat zpět) pouze ve lhůtě pro placení daně.

17. Ve vztahu k charakteru lhůty pro placení daně krajský soud správně konstatoval, že lhůta podle § 160 daňového řádu (oproti předchozí právní úpravě) je lhůtou prekluzivní a správce daně je povinen přihlížet k zániku práva vymáhat daňový nedoplatek z úřední povinnosti (srov. rozsudek NSS ze dne 9. 2. 2012, č. j. 1 Afs 14/2012-24, č. 2627/2012 Sb. NSS, bod 18). Na druhou stranu, jak konstatoval již Ústavní soud v nálezu sp. zn. I. ÚS 1169/07 ze dne 26. 2. 2009 (N 38/52 SbNU 387), který povinnost přihlížet k prekluzi daňové povinnosti z úřední povinnosti dovodil, „[k]rajský soud, resp. Městský soud v Praze je povinen zabývat se tím, zda daň nebyla vyměřena či doměřena, přestože právo státu k tomu již zaniklo; pokud se tak stalo, musí rozhodnutí pro nezákonnost zrušit a vrátit věc správnímu orgánu k dalšímu řízení. Pokud žalobce prekluzi nenamítal a soud poté, co se touto otázkou - jak bylo jeho povinností - zabýval, dospěl k závěru, že k prekluzi nedošlo, není nutné, aby se otázkou prekluze výslovně zaměstnával v odůvodnění svého rozhodnutí (tj. platí zde obdobný postup, jaký byl shora popsán u zkoumání absolutní neplatnosti nebo jako v rozhodnutí č. 319/2004 Sb. NSS u nicotnosti). Nenamítal-li žalobce prekluzi práva vyměřit nebo doměřit daň v řízení před krajským soudem, vyhoví Nejvyšší správní soud kasační stížnosti (k námitce nebo z úřední povinnosti), pokud k prekluzi tohoto práva skutečně došlo.“ (bod 27). Nemá-li povinnost výslovně odůvodňovat závěr, že k prekluzi nedošlo, správní soud, tím spíše tuto povinnost nelze požadovat po správci daně, navíc v rozhodnutí o námitce podle § 159 daňového řádu. Ze skutečnosti, že žalovaný nedoplatek na úroku podle § 254 daňového řádu do evidence daní na osobní daňový účet žalobkyně předepsal a v rozhodnutí o námitce se zabýval pouze žalobkyní namítaným uplynutím objektivní desetileté lhůty pro stanovení daně podle § 148 odst. 5 daňového řádu, lze dovodit, že uplynutí lhůty pro placení daně podle § 160 daňového řádu neshledal. Pokud krajský soud dospěl k jinému závěru, bylo jeho povinností tento svůj závěr řádně odůvodnit a žalobě z tohoto důvodu vyhovět. Nebylo nicméně možné zrušit napadená rozhodnutí pouze z důvodu absence explicitního odůvodnění dodržení lhůty podle § 160 daňového řádu.

18. Nejvyšší správní soud proto shledal napadený rozsudek nezákonným, neboť závěr krajského soudu, že napadená rozhodnutí jsou nepřezkoumatelná, je nesprávný [§ 103 odst. 1 písm. a) s. ř. s.]. V navazujícím řízení krajský soud zejména vyjasní počátek a trvání běhu lhůty podle § 160 daňového řádu ve vztahu k jednotlivým nedoplatkům, a poté vyjádří svůj názor na to, zda byla tato lhůta zachována.

IV. Závěr a náklady řízení

19. S ohledem na vše výše uvedené NSS podle § 110 odst. 1 věty první před středníkem s. ř. s. zrušil rozsudek krajského soudu a věc mu vrátil k dalšímu řízení. V souladu s § 110 odst. 4 s. ř. s. je krajský soud vázán právním názorem uvedeným v tomto rozhodnutí. O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti rozhodne krajský soud (§ 110 odst. 3 s. ř. s.). P o u č e n í : Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné. V Brně dne 21. srpna 2026 Eva Šonková předsedkyně s e n á t u