6 Afs 42/2026

Rubrum

6 Afs 42/2026 - 29 ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Filipa Dienstbiera, soudkyně Veroniky Juřičkové a soudce Štěpána Výborného v právní věci žalobce: Ústecký kraj, sídlem Velká Hradební 3118/48, Ústí nad Labem, zastoupený JUDr. Evou Machovou, advokátkou, sídlem Na Sadech 2033/21, České Budějovice, proti žalovanému: Ministerstvo financí, sídlem Letenská 525/15, Praha 1, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 1. 8. 2023, č. j. MF-17401/2018/1203-8, o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 27. 1. 2026, č. j. 15 Af 16/2023-84, takto:

Výrok

y III a IV rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 27. 1. 2026, č. j. 15 Af 16/2023-84, s e r u š í a věc s e v r a c í tomuto soudu k dalšímu řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení případu a rozsudku krajského soudu

1. Úřad Regionální rady regionu soudržnosti Severozápad (dále jen „správce daně“) platebním výměrem ze dne 12. 1. 2018, č. j. RRSZ 9500/2017, ve znění opravného rozhodnutí ze dne 17. 1. 2018, č. j. RRSZ 490/2018, podle § 22 odst. 2 písm. b) zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, a podle zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, vyměřil žalobci odvod ve výši 1 554 599 Kč za porušení rozpočtové kázně u projektu reg. č. CZ.1.09/1. 3. 00/18.00384 s názvem „SPŠ strojní a elektrotechnická, Ústí n. L., Revitalizace areálu školy 4. – 6. etapa + CEDOP“. Proti platebnímu výměru brojil žalobce odvoláním, které žalovaný rozhodnutím ze dne 1. 8. 2023, 6 Afs 42/2026 č. j. MF-17401/2018/1203-8, zamítl a platební výměr potvrdil. Žalobce podal proti rozhodnutí o odvolání žalobu ke Krajskému soudu v Ústí nad Labem.

2. Krajský soud zrekapituloval rozhodné skutečnosti vyplývající ze správního spisu. Mezi žalobcem a správcem daně byla dne 24. 9. 2009 uzavřena Smlouva č. CZ.1.09/1. 3. 00/18.00384 o poskytnutí dotace z rozpočtových prostředků Regionální rady regionu soudržnosti Severozápad na projekt s názvem „SPŠ strojní a elektrotechnická, Ústí n. L., Revitalizace areálu školy 4. – 6. etapa + CEDOP“. Dotace měla být poskytnuta ex post, na základě předložení žádosti o proplacení výdajů projektu za jednotlivé etapy. Poté, co proběhl audit operace, správce daně zahájil daňové řízení, v jehož rámci zjistil na straně žalobce celkem sedm pochybení. Žalovaný následně rozhodnutím ze dne 20. 11. 2020, č. j. MF-17401/2018/1203-3, tři ze sedmi zjištěných nedostatků potvrdil. Krajský soud rozsudkem ze dne 15. 3. 2023, č. j. 15 Af 2/2021-37, rozhodnutí ze dne 20. 11. 2020 zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Žalovaný v novém rozhodnutí o odvolání potvrdil dvě ze sedmi žalobcových pochybení. Za prvé, žalobce neuveřejnil dodatečné informace v souladu s § 49 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném do 30. 9. 2016 (dále jen „zákon o veřejných zakázkách“), na svých webových stránkách, čímž zvýhodnil některé uchazeče. Za druhé, žalobce umožnil podstatnou změnu v realizaci veřejné zakázky tím, že uzavřel Dodatek č. 1 ze dne 13. 2. 2009, kterým změnil podmínky úhrady za poskytnuté služby, přičemž tak změnil ekonomickou rovnováhu zakázky ve prospěch vybraného dodavatele.

3. Krajský soud dále uvedl, že v projednávané věci je nutné zohlednit také evropskou úpravu, neboť smlouva o poskytnutí dotace na evropskou úpravu přímo odkazuje a dotace byla poskytnuta zejména z rozpočtu Evropské unie. Pochybení žalobce představují dle krajského soudu nesrovnalosti dle čl. 1 odst. 2 nařízení Rady (ES) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, jelikož se žalobce dopustil nedostatku transparentnosti nebo rovného zacházení při hodnocení, čímž měl být poškozen rozpočet regionální rady a tím i Evropského fondu pro regionální rozvoj. Článek 3 nařízení č. 2988/95 obsahuje vlastní úpravu prekluzivních lhůt týkajících se získávání neoprávněně poskytnutých plateb (dotací). Z judikatury SDEU dle krajského soudu vyplývá, že za okolností, kdy bylo porušení unijního práva zjištěno až poté, co došlo k poškození, začíná běžet prekluzivní lhůta od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, a sice od okamžiku, kdy došlo jak k jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, které představuje porušení unijního práva, tak k poškození rozpočtu Unie nebo rozpočtů Unií spravovaných. V projednávané věci je okamžikem, kdy došlo k nesrovnalosti, nutno rozumět nejpozději okamžik uzavření smlouvy o poskytnutí dotace (24. 9. 2009). K zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace došlo až dne 24. 4. 2017, tedy zjevně po uplynutí čtyřleté lhůty pro zahájení řízení. Dle krajského soudu nedošlo ani k dodržení prekluzivní lhůty pro vydání konečného rozhodnutí, jelikož rozhodnutí o odvolání bylo vydáno až 1. 8. 2023 (téhož dne nabylo právní moci). Ustanovení § 22 odst. 11 zákona o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů nebylo možno využít, neboť krajský soud vycházel z unijní úpravy.

II. Kasační stížnost a další vyjádření ve věci

4. Žalovaný (dále též „stěžovatel“) podal proti napadenému rozsudku krajského soudu kasační stížnost, v níž namítá, že krajský soud nesprávně posoudil okamžik počátku běhu prekluzivní lhůty. Stěžovatel odkazuje na rozsudek SDEU ze dne 21. 12. 2011, ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, de l Outre-mer, des Collectivités territoriales et de 6 Afs 42/2026 - 30 pokračování l’immigration (dále jen „rozsudek Ministre de l’Intérieur“), ve kterém SDEU připomněl, že narušení volného pohybu služeb způsobené porušením ustanovení směrnice 92/50 přetrvává během celé doby provádění smluv uzavřených v rozporu s touto směrnicí. Porušení proto trvalo po celou dobu následného provádění smlouvy o dílo, neboť narušení volného pohybu služeb přetrvává během celé doby provádění smluv uzavřených v rozporu se směrnicí č. 92/50. Lhůta pro rozhodnutí o uložení odvodu proto začala běžet až dnem, kdy nesrovnalost skončila. Krajský soud odkazoval na nepřípadnou judikaturu, vůbec nevzal v potaz, že se žalobce vytýkaných pochybení dopustil v rámci veřejné zakázky. Napadený rozsudek je nepřezkoumatelný, neboť krajský soud neodůvodnil, proč lze závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, vztáhnout na projednávanou věc. Krajský soud nezohlednil okolnosti, které měly přerušit běh prekluzivní lhůty. Současně je třeba zkoumat, zda konkrétní projekt byl či nebyl realizován v rámci víceletého programu, neboť by v tomto případě prekluzivní lhůta pro zahájení řízení běžela až od definitivního skončení takového programu. Závěrem stěžovatel namítá, že žalobce disponuje dostatečným odborným úředním aparátem a zastoupení advokátem tak v posuzované věci nebylo účelné. Krajský soud se však účelností vynaložených nákladů vůbec nezabýval, naopak žalobci náhradu nákladů řízení bez dalšího přiznal.

5. Žalobce ve vyjádření ke kasační stížnosti zdůraznil, že krajský soud na věc správně aplikoval unijní právo. Žalobce se dále ztotožnil se závěry krajského soudu, že prekluzivní lhůta počala běžet uzavřením smlouvy na poskytnutí dotace, a tudíž marně uplynula před zahájením řízení. To stejné platí dle žalobce také v případě prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí. Výklad uváděný stěžovatelem nelze použít s ohledem na závěry SDEU v rozsudku ze dne 27. 11. 2025 ve věci C-539/24 Mikroregion Porta Bohemica (dále jen „rozsudek Mikroregion Porta Bohemica“). Naopak podle výkladu SDEU je v projednávané věci okamžikem, kdy došlo k nesrovnalosti, okamžik uzavření smlouvy o poskytnutí dotace. Pokud došlo k prekluzi práva zahájit řízení, není rozhodné, zda měly následné úkony stěžovatele vliv na běh lhůty. Případné přerušení běhu lhůty nemá vliv na běh prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí, neboť tato lhůta má absolutní povahu. Žalobce nesouhlasí s tím, že by přisouzené náklady byly nepřiměřené. Projednávaná věc netvoří běžnou agendu žalobce, vyžaduje speciální znalosti z oblasti práva EU, pro které žalobce nemá personální zabezpečení. Navíc žalobci byla přisouzena částka ve výši 10 200 Kč, což je vzhledem k náročné problematice symbolická částka.

III. Posouzení Nejvyšším správním soudem

6. Nejvyšší správní soud při posuzování kasační stížnosti hodnotil, zda jsou splněny podmínky řízení, přičemž dospěl k závěru, že stížnost má požadované náležitosti, byla podána včas a osobou oprávněnou, a je tedy projednatelná.

7. Poté přezkoumal napadený rozsudek krajského soudu v rozsahu kasační stížnosti a v rámci uplatněných důvodů, ověřil při tom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti podle § 109 odst. 3 a 4 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, (dále jen „s. ř. s.“), a shledal, že kasační stížnost je důvodná.

8. Stěžovatel v kasační stížnosti zejména namítá, že krajský soud nesprávně určil okamžik začátku běhu prekluzivní lhůty k zahájení řízení a lhůty k vydání rozhodnutí o vrácení dotace. 6 Afs 42/2026

9. Nejvyšší správní soud se předně ztotožnil se závěrem krajského soudu, že na projednávanou věc je třeba aplikovat úpravu prekluzivních lhůt stanovenou v nařízení č. 2988/95. Ze smlouvy o poskytnutí dotace vyplývá, že dotace byla žalobci poskytnuta zejména z rozpočtu Evropské unie, je proto třeba zohlednit unijní úpravu (nařízení č. 2988/95). SDEU v nedávném rozsudku Mikroregion Porta Bohemica dospěl k závěru, že pro posouzení prekluze práva uložit odvod za porušení rozpočtové kázně je nutné vycházet ze lhůt uvedených v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, neboť česká právní úprava (konkrétně zákon č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech) nestanovuje lhůtu pro zahájení řízení ve věci uložení odvodu, a proto nelze aplikovat samostatně upravenou desetiletou lhůtu k uložení tohoto odvodu. Čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec nařízení č. 2988/95 je totiž nutno vykládat v tom smyslu, že „členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty.“ Čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 pak musí být vykládán v tom smyslu, že „brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila.“ Při absenci vnitrostátní úpravy se proto ve smyslu čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 uplatní osmiletá prekluzivní lhůta jakožto dvojnásobek délky čtyřleté lhůty pro zahájení řízení. S ohledem na podobnost úpravy tohoto institutu lze závěry plynoucí z tohoto rozsudku aplikovat i v nyní projednávané věci týkající se rozpočtových pravidel územních rozpočtů (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 4. 2026, č. j. 3 Afs 10/2024-105).

10. Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 platí, že lhůta k zahájení řízení o odvodu, tj. slovy nařízení promlčecí doba pro zahájení stíhání, činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

11. Nejvyšší správní soud předesílá, že ačkoli čl. 3 nařízení č. 2988/95 označuje lhůty jako lhůty promlčecí, ze znění citovaného ustanovení, jakož i z jeho teleologického výkladu vyplývá, že jde o lhůty prekluzivní (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 4/2024-58, a obdobně též stanovisko generálního advokáta Manuela Campos Sánches-Bordony ze dne 8. 9. 2016 ve věci C-584/15, Glencore Céréales France). 6 Afs 42/2026 - 31 pokračování

12. Z čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 vyplývá, že je třeba rozlišovat mezi prekluzivní lhůtou pro zahájení řízení a mezi prekluzivní lhůtou pro rozhodnutí o odnětí neoprávněně získané výhody. Lhůta pro zahájení stíhání činí čtyři roky, přičemž tuto lhůtu lze přerušit úkonem, který se týká dané nesrovnalosti (výkladem těchto úkonů se Nejvyšší správní soud zabýval v rozsudku ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 7/2025-45, v bodě 34). Naopak lhůta pro rozhodnutí je dvojnásobná, činí tedy osm let, přičemž tuto lhůtu již nelze žádným úkonem prodloužit. Pro dodržení této lhůty je podstatné, aby v jejím průběhu nabyla daná správní rozhodnutí o odnětí neoprávněně získané výhody právní moci (rozsudek č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 36).

13. Za okamžik vzniku nesrovnalosti je považován ten okamžik, kdy dojde ke kumulativnímu naplnění dvou podmínek: 1) došlo k porušení unijních či vnitrostátních předpisů přispívajících k zajištění řádného řízení projektů financovaných z unijních finančních prostředků, a 2) došlo k potenciálnímu ohrožení či ke skutečnému poškození rozpočtu Unie (rozsudek č. j. 2 Afs 7/2025-45, bod 30 a tam odkazovaná judikatura).

14. Z čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 dále vyplývá, že při posuzování otázky prekluze je třeba určit, zda daná nesrovnalost byla jednorázová, pokračující či opakovaná. U jednorázových nesrovnalostí totiž počíná prekluzivní lhůta běžet od okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo. Naopak u pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží prekluzivní doba ode dne, k němuž daná nesrovnalost skončila.

15. Je zřejmé, že krajský soud nesrovnalosti žalobce hodnotil jako jednorázové, neboť za okamžik rozhodný pro začátek běhu prekluzivních lhůt určil okamžik vzniku nesrovnalosti (uzavření smlouvy na poskytnutí dotace). V důsledku tohoto závěru měl krajský soud za to, že v projednávané věci marně uplynula jak lhůta pro zahájení řízení, tak lhůta pro rozhodnutí o odnětí dotace. Stěžovatel namítá, že nesrovnalosti žalobce jsou ve skutečnosti pokračujícími nesrovnalostmi, jelikož je nutné na věc aplikovat závěry SDEU z rozsudku Ministre de l’Intérieur, neboť nesrovnalosti představují porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek.

16. Aplikací závěrů z rozsudku Ministre de l’Intérieur v případě nesrovnalostí představujících porušení pravidel při zadávání veřejné zakázky se Nejvyšší správní soud zabýval opakovaně, přičemž dovodil, že závěry SDEU je nutné v těchto věcech aplikovat (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 6. 2024, č. j. 3 Afs 248/2023-135, ze dne 15. 4. 2026, č. j. 9 Afs 146/2024-51, ze dne 26. 5. 2026, č. j. 8 Afs 62/2023-104, ze dne 18. 6. 2026, č. j. 10 Afs 244/2023-68, a další). V nyní projednávané věci Nejvyšší správní soud neshledal žádné důvody pro to, aby se od svých dřívější závěrů odklonil.

17. SDEU se v rozsudku Ministre de l’Intérieur zabýval otázkou, od kterého okamžiku běží čtyřletá prekluzivní lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95 – zda se použije datum vyplacení podpory příjemci nebo datum, ke kterému příjemce využil dotaci a porušil pravidla pro zadávání veřejných zakázek (viz body 50 a 54 rozsudku). Konstatoval, že „narušení volného pohybu služeb způsobené porušením ustanovení směrnice 92/50 přetrvává během celé doby provádění smluv uzavřených v rozporu s touto směrnicí“ (bod 56 rozsudku) a „porušení pravidel směrnice 92/50 příjemcem dotace z EFRR (Evropského fondu pro regionální rozvoj – pozn. NSS) s cílem realizovat dotovanou akci, které vede k neoprávněnému výdaji a poškozuje tak unijní rozpočet, přetrvává během celé doby provádění smlouvy protiprávně uzavřené mezi poskytovatelem služeb a příjemcem této dotace, 6 Afs 42/2026 takže taková nesrovnalost musí být považována za ‚pokračující nesrovnalost‘ ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95“ (bod 58 rozsudku). Čtyřletá prekluzivní lhůta stanovená pro účely zpětného vymáhání dotace neoprávněně vyplacené příjemci proto podle SDEU počíná běžet „dnem, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o protiprávně zadané zakázce“ (body 59, 62 a 69 rozsudku).

18. Směrnice 92/50 byla později zrušena a nahrazena Směrnicí Evropského parlamentu a Rady 2004/18/ES ze dne 31. března 2004 o koordinaci postupů při zadávání veřejných zakázek na stavební práce, dodávky a služby, která byla účinná v době rozhodné pro nyní projednávanou věc a jejímž cílem bylo obdobně jako v případě směrnice 92/50 zajistit vedle volného pohybu zboží a služeb také koordinaci postupů při zadávání veřejných zakázek. Proto jsou závěry rozsudku Ministre de l’Intérieur použitelné i na situaci žalobce, ke které došlo v době účinnosti směrnice 2004/18/ES. Dalším cílem směrnice 2004/18/ES bylo zajistit dodržování zásad z ní odvozených, jako jsou zásada rovného zacházení, zásada zákazu diskriminace a zásada transparentnosti. Do českého právního řádu byla tato směrnice promítnuta v nové právní úpravě, kdy byl přijat zákon o veřejných zakázkách z roku 2006 (viz důvodovou zprávu k tomuto zákonu, dle které je hlavním důvodem přípravy nového zákona zajištění transpozice směrnice 2004/18/ES). Zmíněné zásady byly konkrétně upraveny v § 6 zákona o veřejných zakázkách (viz též bod 35 rozsudku č. j. 3 Afs 248/2023-135).

19. V projednávané věci se žalobce dopustil nesrovnalostí tím, že 1) neuveřejnil dodatečné informace v souladu s § 49 zákona o veřejných zakázkách, když neuveřejnil dodatečnou informaci ze dne 11. 4. 2008 způsobem, jakým poskytl neomezený a přímý dálkový přístup k zadávací dokumentaci, tj. na svých webových stránkách. Tím porušil zásadu rovného zacházení a zásadu transparentnosti v zadávacím řízení stanovenou v § 6 zákona o veřejných zakázkách, neboť ostatní dodavatelé, kteří si zadávací dokumentaci vyzvedli, tyto informace od žalobce obdrželi; 2) umožnil podstatnou změnu v realizaci veřejné zakázky tím, že uzavřel Dodatek č. 1 ze dne 13. 2. 2009, kterým změnil podmínky úhrady za poskytnuté služby, přičemž tak změnil ekonomickou rovnováhu zakázky ve prospěch dodavatele, čímž narušil hospodářskou soutěž tím, že dle původních podmínek úhrady mohl odradit potencionální uchazeče o veřejnou zakázku, čímž také postupoval v rozporu s § 6 zákona o veřejných zakázkách.

20. Oběma výše uvedenými nesrovnalostmi žalobce porušil pravidla pro zadávání veřejných zakázek (§ 6 zákona o veřejných zakázkách). Na věc je proto v souladu se závěry výše citované judikatury nutné aplikovat závěry rozsudku Ministre de l’Intérieur a kvalifikovat posuzované nesrovnalosti jako nesrovnalosti pokračující, neboť porušení pravidel zadávání veřejných zakázek vedoucí k neoprávněnému výdaji přetrvává během celé doby provádění smlouvy protiprávně uzavřené. Okamžikem rozhodným pro počátek běhu prekluzivních lhůt pro zahájení řízení a rozhodnutí o vrácení dotace je až okamžik dovršení plnění smlouvy. Krajský soud počátek běhu prekluzivních lhůt nesprávně odvodil od okamžiku uzavření smlouvy na poskytnutí dotace, z tohoto důvodu dospěl k minimálně předčasnému závěru o uplynutí obou prekluzivních lhůt. Nejvyšší správní soud z tohoto důvodu přistoupil ke zrušení napadeného rozsudku (resp. jeho části) a věc vrátil krajskému soudu k dalšímu řízení. Krajský soud bude muset v novém projednání věci určit okamžik, kdy došlo k dovršení plnění smlouvy, a v návaznosti na tuto skutečnost opětovně posoudit, zda marně uplynuly prekluzivní lhůty, případně, zda nenastala některá ze skutečností s účinky přerušení běhu prekluzivní lhůty, či nikoliv. Předmětem veřejné zakázky byla 6 Afs 42/2026 - 32 pokračování rámcová smlouva č. 1425/2008/INV-1/EP na „Získávání dotací z fondů EU“, jež mimo jiné zahrnuje poskytování služeb poradenství, přípravu žádostí a dokumentace nebo dohled nad realizací prostřednictvím jednotlivých „Prováděcích smluv“. Ve vztahu k dotovanému projektu je pak relevantní Prováděcí smlouva č. ZINV-RR-25/INV/2009 na dohled nad realizací projektu ze dne 21. 8. 2009. V tomto kontextu Nejvyšší správní soud avizuje, že rámcová smlouva a na ni navazující prováděcí smlouva nejsou obsaženy ve správním spise zaslaném Nejvyššímu správnímu soudu stěžovatelem. Posouzení těchto smluv a na ně navazujících dokumentů je však stěžejním pro určení okamžiku dovršení plnění z nich vyplývajícího, bude proto nutné, aby si krajský soud potřebné podklady pro své rozhodnutí obstaral.

21. Krajský soud výrokem I napadeného rozsudku rozhodl, že se v řízení pokračuje; výrokem II rozhodl, že ministerstvo pro místní rozvoj není osobou zúčastněnou na řízení; výrokem III zrušil rozhodnutí o odvolání; a výrokem IV uložil stěžovateli povinnost zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení. I když se stěžovatel dle petitu kasační stížnosti domáhal zrušení celého napadeného rozsudku, z obsahu kasačních námitek vyplývá, že stěžovatel fakticky brojí pouze proti výrokům III a IV. Nejvyšší správní soud proto přistoupil ke zrušení napadeného rozsudku pouze v tomto rozsahu, neboť pouze na tyto výroky měla zjištěná nezákonnost vliv.

22. Jelikož má výrok o náhradě nákladů akcesorickou povahu, nebylo již třeba, aby se Nejvyšší správní soud zabýval námitkou, že krajský soud neměl žalobci přiznat náhradu nákladů řízení. Výrok o náhradě nákladů řízení je totiž namístě zrušit společně s výrokem ve věci samé.

IV. Závěr a náklady řízení

23. Z výše uvedených důvodů Nejvyšší správní soud výroky III a IV rozsudku krajského soudu podle § 110 odst. 1 věty první s. ř. s. zrušil a věc vrátil krajskému soudu k dalšímu řízení. V něm bude krajský soud vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§ 110 odst. 4 s. ř. s.), že okamžikem rozhodným pro počátek běhu prekluzivních lhůt pro zahájení řízení a rozhodnutí o vrácení dotace je až okamžik dovršení plnění smlouvy. Návazně krajský soud posoudí, kdy v projednávané věci nastal okamžik dovršení plnění smlouvy. Poté opět posoudí, zda již skutečně uplynuly lhůty pro zahájení řízení a pro vydání rozhodnutí o odnětí dotace, či nikoliv.

24. Podle § 110 odst. 3 věty první s. ř. s. krajský soud v novém rozhodnutí rozhodne také o náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti. P o u č e n í : Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné. V Brně dne 30. července 2026 JUDr. Filip Dienstbier, Ph.D. předseda senátu