7 Afs 161/2025

Rubrum

ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Davida Hipšra, soudkyně Jiřiny Chmelové a soudce Milana Podhrázkého v právní věci žalobkyně: KOH-I-NOOR PONAS s.r.o., se sídlem Na Vyšehradě 1091, Polička, zastoupena Mgr. Radkem Jamborem, advokátem se sídlem Benešova 1273/36, Jihlava, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové - pobočky v Pardubicích ze dne 18. 6. 2025, č. j. 52 Af 17/2024-104, takto:

Výrok

I. Kasační stížnost s e z a m í t á .

II. Žádný z účastníků n e m á právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci a rozsudek krajského soudu

1. Finanční úřad pro Pardubický kraj, Územní pracoviště ve Svitavách (dále jen „správce daně“), dvěma dodatečnými platebními výměry ze dne 11. 8. 2023 doměřil žalobkyni daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2019 do 31. 12. 2019 ve výši 619 780 Kč a za zdaňovací období od 1. 1. 2020 do 31. 12. 2020 ve výši 1 691 760 Kč; současně jí v obou případech stanovil penále ve výši 20 % doměřené daně. Důvodem doměření byla zjištění učiněná v rámci daňové kontroly, podle nichž žalobkyně v souvislosti s uplatněním odpočtu na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „VaV“) podle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, neunesla důkazní břemeno ohledně průkaznosti části uplatněných osobních (mzdových) nákladů a na ně navazujících režijních nákladů. Správce daně přitom za problematické považoval zejména způsob ocenění práce zaměstnanců za použití ročních průměrných hodinových sazeb, nesrovnalosti ve vykázaném rozsahu práce na jednotlivých projektech a vady ve způsobu výpočtu hodinové sazby. Rozhodnutím ze dne 24. 5. 2024, č. j. 12559/24/5200-11433-713211, žalovaný zamítl odvolání žalobkyně proti oběma dodatečným platebním výměrům a tato rozhodnutí potvrdil.

2. Rozhodnutí žalovaného následně žalobkyně napadla žalobou u Krajského soudu v Hradci Králové-pobočky v Pardubicích, který ji v záhlaví uvedeným rozsudkem zamítl. Ztotožnil se s daňovými orgány, že evidence mzdových nákladů vedená žalobkyní ve vztahu k projektům výzkumu a vývoje nesplňovala požadavek přehlednosti, průkaznosti a návaznosti na konkrétní účetní doklady. Krajský soud zdůraznil, že odpočet na podporu výzkumu a vývoje představuje daňové zvýhodnění, a proto je na místě klást na daňový subjekt zvýšené nároky při prokazování splnění všech zákonných podmínek.

3. Krajský soud poukázal zejména na to, že žalobkyně ocenila práci zaměstnanců na projektech výzkumu a vývoje za použití ročních průměrných hodinových sazeb jednotlivých pracovníků, a nikoli podle skutečně vynaložených nákladů v jednotlivých měsících. Vedle toho byla v evidenci zjištěna řada dalších nesrovnalostí, zejména případy, kdy vykázané hodiny přesahovaly skutečně odpracovanou dobu, chyběly popisy vykonávané práce nebo vykázané náklady neodpovídaly mzdovým podkladům. Soud se ztotožnil také se závěrem daňových orgánů, že žalobkyně při výpočtu průměrné hodinové sazby sice zahrnula náhrady mzdy za svátky a dovolenou, do jmenovatele výpočtu však již nezahrnula odpovídající hodiny svátků a dovolené.

4. Krajský soud dále uzavřel, že nedostatky evidence nebylo možno odstranit ani dodatečně předloženými tabulkovými přehledy několika zaměstnanců, ani výslechy pracovníků podílejících se na projektech. Podle jeho názoru totiž nešlo o jednotlivá drobná administrativní pochybení, nýbrž o soubor vad, které znevěrohodňovaly předloženou evidenci jako celek. Z tohoto důvodu soud považoval za správný i navazující závěr daňových orgánů o neuznání odpovídající části režijních nákladů, jejichž výpočet ze sporných mzdových nákladů vycházel.

II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného

5. Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) v zákonné lhůtě kasační stížnost. Navrhla, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek krajského soudu zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení.

6. Stěžovatelka nejprve namítá nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku. Tvrdí, že závěry krajského soudu o nepřípustnosti použití ročních průměrných hodinových sazeb jednotlivých zaměstnanců postrádají konkrétní věcné odůvodnění, z něhož by bylo patrné, proč a v čem byl její postup nezákonný či nesprávný. Současně uvádí, že se s její argumentací, podle níž roční průměr lépe než průměr měsíční zohledňuje nerovnoměrně vyplácené složky mzdy, zejména roční odměny, náhrady mzdy při dočasné pracovní neschopnosti, svátky a dovolenou, nevypořádal již správce daně a krajský soud tento nedostatek nenapravil.

7. Dále stěžovatelka namítá nesprávné právní posouzení této otázky. Tvrdí, že žádná obecně závazná právní norma použití ročních průměrů nevylučuje ani nezakazuje. Krajskému soudu vytýká i to, že ačkoli označil rozhodnutí Nejvyššího správního soudu, která podle ní použití ročních průměrů připouštějí, jejich obsah a závěry pominul, resp. bagatelizoval.

8. Stěžovatelka dále nesouhlasí se závěrem krajského soudu ohledně způsobu zohlednění svátků a dovolené při výpočtu hodinové sazby. Namítá, že náhrady mzdy za svátky a dovolenou představují součást celkových osobních nákladů zaměstnavatele, a proto mají být zahrnuty do nákladové složky vstupující do výpočtu hodinové sazby. Podle jejího názoru je třeba při stanovení hodinové sazby vycházet z celkových nákladů vynaložených na zaměstnance a tyto poměřovat skutečně odpracovanými hodinami tak, aby sazba odrážela reálné náklady práce. Opačný přístup by podle ní vedl ke zkreslení, resp. podhodnocení hodinové sazby, neboť by nezohledňoval všechny náklady, které zaměstnavatel musí na zaměstnance ze zákona vynaložit.

9. Stěžovatelka dále brojí proti závěru krajského soudu, že jí vedená mzdová evidence vztahující se k projektům výzkumu a vývoje byla neprůkazná jako celek. Tvrdí, že již v žalobě předložené tabulkové přehledy týkající se konkrétních zaměstnanců prokazují jednoznačné určení uplatněných mzdových výdajů, jejich oddělení od ostatních nákladů i jejich vazbu na jednotlivé projekty. Zdůrazňuje, že právní předpisy nestanoví konkrétní podobu evidence ani přesný způsob výpočtu hodinových nákladů práce, a dovozuje, že případné nejasnosti měly být vyloženy šetrněji vůči adresátu právní normy, nikoli k jeho tíži. Považuje proto za postačující evidenci založenou na mzdových listech, ručně vedených výkazech práce a následně zpracovaných měsíčních výkazech. Krajskému soudu vytýká, že tyto skutečnosti pominul a bez dostatečného důvodu převzal závěr daňových orgánů o nevěrohodnosti evidence jako celku. V této souvislosti namítá též nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku, neboť soud neuvedl, z jaké právní normy dovozuje nepřípustnost takto vedené evidence. Stěžovatelka dále namítá, že krajský soud i daňové orgány vyložily požadavky kladené na evidenci nákladů na výzkum a vývoj přepjatě formalisticky a v neprospěch daňového subjektu, ačkoli smyslem právní úpravy je podpora výzkumných a vývojových aktivit.

10. Konečně stěžovatelka nesouhlasí ani se závěrem krajského soudu o neuznání navazující části režijních nákladů, resp. části odpočtu na podporu výzkumu a vývoje za rok 2020 odvozené od správcem daně neuznaných mzdových nákladů. Tvrdí, že pokud byla oddělená evidence mzdových nákladů vedena správně a tyto náklady byly uplatněny v odpovídající výši, nebyl důvod ani pro neuznání souvisejících režijních nákladů za roky 2019 a 2020.

11. Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že kasační stížnost považuje za nedůvodnou. Ve vztahu k osobním nákladům žalovaný uvádí, že stěžovatelka vycházela z ročních průměrných hodinových sazeb, nikoli ze skutečně vyplacených mezd v jednotlivých měsících, a tím se odchýlila od skutečných osobních nákladů, takže nesplnila požadavek průkaznosti evidence. Podle žalovaného krajský soud své závěry dostatečně odůvodnil a správně vyšel z požadavku, aby uplatněné náklady byly prokazatelně skutečné. Stěžovatelkou zmiňovaná judikatura podle žalovaného na nyní posuzovanou věc nedopadá. V daném případě nebyl dán prostor pro výklad příznivější pro daňový subjekt, neboť zákon předpokládá přesné stanovení prokazatelně vynaložených nákladů, čemuž použití ročních průměrů neodpovídá.

12. Žalovaný dále uvádí, že mezi účastníky není sporné, že náhrady mzdy za svátky a dovolenou mohou vstupovat do celkových osobních nákladů zaměstnance. Sporné je pouze to, zda se při stanovení hodinové sazby musí odpovídajícím způsobem promítnout i čas připadající na svátky a dovolenou. Krajský soud podle žalovaného tuto otázku posoudil správně, neboť pokud stěžovatelka zahrnula náhrady mzdy za svátky a dovolenou do nákladové složky výpočtu, bylo nezbytné tyto skutečnosti odpovídajícím způsobem zohlednit i v počtu hodin, z nichž se hodinová sazba vypočítává.

13. Žalovaný dále poukazuje na to, že daňové orgány ani krajský soud nezaložily své závěry na tom, že by stěžovatelka nevedla mzdovou evidenci odděleně nebo že by zvolila nepřípustnou formu evidence, nýbrž na tom, že tato evidence nebyla vedena průkazně. Poukazuje na řadu zjištěných nesrovnalostí mezi evidencí práce, docházkou, odváděcími průvodkami a mzdovými podklady, včetně případů, kdy uplatněné mzdové náklady převyšovaly mzdu vykázanou ve mzdových listech nebo kdy evidované údaje vzájemně nekorespondovaly. Má za to, že nešlo o jednotlivá drobná administrativní pochybení, ale o více významných rozporů, které znevěrohodňovaly evidenci jako celek, přičemž tabulkové přehledy předložené stěžovatelkou v žalobě tyto nedostatky zvrátit nemohly. K námitce přepjatého formalismu žalovaný dodává, že odpočet na podporu výzkumu a vývoje představuje daňové zvýhodnění, jehož uplatnění je spojeno se splněním přísných zákonných podmínek, včetně požadavku na řádnou a průkaznou evidenci. K tomu žalovaný dodává, že režijní náklady byly uplatněny v návaznosti na mzdové náklady a že vzhledem k neprůkaznosti evidence mzdových nákladů nemohly být uznány ani náklady režijní.

III. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu

14. Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal přitom, zda napadený rozsudek netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

15. Kasační stížnost není důvodná.

16. Stěžovatelka předně namítá, že napadený rozsudek, potažmo rozhodnutí žalovaného jsou nepřezkoumatelné. Tvrdí, že krajský soud ani žalovaný dostatečně nevysvětlili, proč a v čem byl její postup při použití ročních průměrných hodinových sazeb jednotlivých zaměstnanců nezákonný či věcně nesprávný. Ve vztahu ke krajskému soudu zejména uvádí, že jeho závěry jsou založeny převážně na odkazu na judikaturu, nikoli na konkrétním věcném odůvodnění opřeném o právní úpravu. Dále namítá, že krajský soud, potažmo již daňové orgány, se řádně nevypořádaly s její argumentací, podle níž roční průměr lépe než průměr měsíční zohledňuje nerovnoměrně vyplácené složky mzdy, zejména roční odměny, náhrady mzdy při dočasné pracovní neschopnosti, svátky a dovolenou. Současně krajskému soudu vytýká, že neuvedl, z jaké právní normy dovozuje nepřípustnost jí zvoleného způsobu vedení mzdové evidence a výpočtu hodinové sazby.

17. Podle konstantní judikatury se za nepřezkoumatelné považuje mimo jiné takové rozhodnutí, v němž nebyly vypořádány všechny námitky; dále rozhodnutí, z jehož odůvodnění není zřejmé, proč právní argumentaci účastníka řízení soud považoval za nedůvodnou a proč námitky považoval za liché, mylné či vyvrácené (rozsudky NSS ze dne 28. 8. 2007, č. j. 6 Ads 87/2006-36, č. 1389/2007 Sb. NSS, či ze dne 11. 8. 2004, č. j. 5 A 48/2001-47, č. 386/2004 Sb. NSS). Nepřezkoumatelnost však na druhou stranu není projevem nenaplněné subjektivní představy účastníka řízení o tom, jak měl krajský soud rozhodnout, resp. jak podrobně měl být rozsudek odůvodněn. Nepřezkoumatelným v obecné rovině nečiní rozsudek krajského soudu ani to, pokud tento soud se souhlasnou poznámkou odkáže na odůvodnění napadeného rozhodnutí správního orgánu, jestliže se s ním ztotožní (rozsudek NSS ze dne 19. 7. 2024, č. j. 2 Afs 43/2023-44, bod 12 a tam citovaná judikatura), a rovněž to, pokud krajský soud nebuduje vlastní závěry na podrobném vyvracení jednotlivě vznesených žalobních tvrzení, pakliže proti nim postaví vlastní ucelený argumentační systém, vůči němuž žalobní argumentace neobstojí (rozsudek NSS ze dne 3. 4. 2014, č. j. 7 As 126/2013-19, či nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08). Nepřezkoumatelnost je nutno vyhradit výjimečným situacím a vykládat v jejím skutečném smyslu, tj. jako nemožnost přezkoumat určité rozhodnutí pro nemožnost zjistit v něm jeho obsah nebo důvody, pro které bylo vydáno (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 5. 12. 2017, č. j. 2 As 196/2016-123).

18. Krajský soud se námitkou použití ročních průměrných hodinových sazeb výslovně zabýval v bodech 38 až 45 napadeného rozsudku. V bodě 39 uvedl, že využití ročních nákladů je třeba považovat za problematické, neboť mzdové náklady kalkulované za použití ročního průměru mohou a zpravidla budou mít za důsledek odlišnosti od nákladů skutečných. V bodě 40 poukázal na rozsudek NSS ze dne 24. 10. 2022, č. j. 8 Afs 168/2020- 51, z něhož dovodil, že judikatura zpravidla připouští využití měsíčních průměrů, a dále na rozsudek NSS ze dne 22. 6. 2023, č. j. 10 Afs 16/2021-74, v němž se Nejvyšší správní soud k použití ročních průměrů postavil odmítavě. V bodě 41 se krajský soud dále věnoval rozsudku NSS ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57, a vysvětlil, že sice roční mzdu a priori nevyloučil za situace, kdy bylo možné ji porovnat se mzdou vyplacenou v jednotlivých měsících a daňový subjekt předložil oba srovnávané ukazatele, přičemž právě tato okolnost v nyní posuzované věci chyběla. V bodě 42 se dále zabýval rozsudkem NSS ze dne 28. 2. 2025, č. j. 3 Afs 301/2023-68. Připustil, že kasační soud zmínil měsíční či i roční průměry, současně však zdůraznil, že tak učinil jen v obecné rovině, aniž by na půdorysu konkrétního typu nákladů otázku přípustnosti ročních průměrů podrobně rozebral. V návaznosti na tyto úvahy pak krajský soud v bodě 45 uzavřel, že vykazování ročních mzdových průměrů bylo nutno považovat jako jeden z prvků směřující k neprůkaznosti evidence žalobkyně. Z uvedeného je zřejmé, že krajský soud svou úvahu neopřel o pouhý obecný odkaz na judikaturu, nýbrž konkrétně vysvětlil, jaké závěry z ní pro nyní posuzovanou věc dovodil a proč.

19. Neobstojí ani tvrzení stěžovatelky, že její argumentace o vhodnosti ročních průměrů zůstala nevypořádána již na úrovni daňových orgánů. Žalovaný v bodech 61 a 62 svého rozhodnutí výslovně vysvětlil, že roční průměr představuje toliko statistickou střední hodnotu, která při kolísání měsíčních sazeb osobních nákladů, celkově odpracovaných hodin i hodin odpracovaných na projektech VaV nemůže vyjadřovat skutečné hodnoty osobních nákladů v jednotlivých měsících, a že zákon předpokládá stanovení přesné výše nákladů prokazatelně vynaložených na realizaci projektů VaV. Obdobně se s touto argumentací vypořádal i krajský soud, který v bodě 39 napadeného rozsudku uvedl, že použití ročních nákladů je třeba považovat za velice problematické, neboť může a zpravidla bude docházet k odlišnostem od nákladů skutečných, a dále doplnil, že stěžovatelka nepředložila propočty možných rozdílů mezi výsledkem s ročním průměrem a výsledkem měsíčního průměru, případně ve vztahu ke skutečně vyplacené mzdě určitého zaměstnance.

20. Nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku nelze dovozovat ani z toho, že krajský soud neuvedl, z jaké právní normy plyne nepřípustnost jí zvoleného způsobu vedení mzdové evidence. Krajský soud v bodě 26 napadeného rozsudku výslovně uvedl, že přesný způsob vedení evidence zákon nestanoví a prakticky ani nemůže a že každý subjekt volí svůj způsob evidence v závislosti na svých potřebách, způsobu a typu podnikání. Zároveň však dodal, že evidence musí být odpovídající požadavkům, hodnověrná a odrážející realitu. V návaznosti na to v bodě 32 uzavřel, že evidence ve formě mzdových listů k vyhodnocení nákladů nepostačuje a k hodnověrnému a prokazatelnému ověření nevede ani použití ručně vedených výkazů práce jednotlivými zaměstnanci a následně zpracovaných měsíčních výkazů práce.

21. Z odůvodnění napadeného rozsudku i rozhodnutí žalovaného je tak zřejmé, v čem byl spatřován stěžovatelčin postup za nedostatečný. Úvahy žalovaného i krajského soudu jsou srozumitelné a umožňují přezkum. Skutečnost, že stěžovatelka se závěry krajského soudu a žalovaného věcně nesouhlasí a považuje jejich argumentaci za nepřesvědčivou, sama o sobě nepřezkoumatelnost nezakládá.

22. Stěžovatelka dále brojí proti závěrům krajského soudu ohledně neprůkaznosti jí vedené mzdové evidence. Nejvyšší správní soud v této souvislosti úvodem připomíná, že řízení o kasační stížnosti je ovládáno zásadou dispoziční a spočívá v přezkumu závěrů krajského soudu o uplatněných žalobních bodech, nikoliv v novém přezkumu správnosti závěrů správních orgánů. Soud není oprávněn ani povinen za stěžovatelku kasační argumentaci domýšlet, jelikož by tím přestal být nestranným rozhodčím sporu a přebíral by roli advokáta jedné z jeho stran (rozsudek NSS ze dne 14. 8. 2019, č. j. 8 As 153/2019- 39, a rozsudek rozšířeného senátu NSS ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008-78, č. 2162/2011 Sb. NSS).

23. Stěžovatelka pouze obecně uvádí, že jí vedená evidence byla přehledná, srozumitelná, oddělená a průkazná a že případné nedostatky měly nanejvýš povahu drobných administrativních pochybení. Takto pojatá kasační argumentace nemůže obstát. Krajský soud totiž nezaložil svůj závěr o neprůkaznosti evidence na obecné výhradě proti její formě, nýbrž na konkrétních zjištěních rozvedených zejména v bodě 32 napadeného rozsudku. Uvedl, že evidence ve formě mzdových listů k vyhodnocení nákladů nepostačuje, že k hodnověrnému a prokazatelnému ověření nevede ani použití ručně vedených výkazů práce jednotlivými zaměstnanci a následně zpracovaných měsíčních výkazů práce, že v několika případech chyběl popis práce a že u vybraných zaměstnanců vykázané hodiny na projektech výzkumu a vývoje přesáhly objem pracovní doby strávené zaměstnancem na pracovišti. Krajský soud dále poukázal i na případ zaměstnance P. B., u něhož náklady vykázané na práce na projektu přesáhly superhrubou mzdu. Již tyto nedostatky podle krajského soudu vedly k zásadnímu zpochybnění evidence žalobkyně. V bodě 33 napadeného rozsudku krajský soud dále uzavřel, že za situace, kdy bylo zjištěno více takových nedostatků, nemůže obstát námitka, že šlo pouze o jednotlivá drobná administrativní pochybení.

24. Krajský soud přitom těmito závěry navázal na konkrétní zjištění podrobně popsaná v rozhodnutí žalovaného. Žalovaný poukázal zejména na případ zaměstnance M. H., který měl podle odváděcích průvodek dne 20. 8. 2019 odpracovat na projektu výzkumu a vývoje 23 hodin, ačkoli podle evidence docházky v tento den čerpal dovolenou (bod 49 rozhodnutí žalovaného). Dále uvedl případy V. H. a P. M., kteří měli podle průvodek v jediném dni odpracovat 38, respektive 32 hodin (bod 50). Upozornil rovněž na průvodky, podle nichž datum zahájení práce následovalo až po datu jejího ukončení (bod 49). Ve vztahu k ručně vedeným výkazům práce žalovaný zjistil, že z nich v řadě případů nebylo možné jednoznačně určit, kdy, v jakém rozsahu a jakou konkrétní činnost zaměstnanec na příslušném projektu vykonával (body 59, 68 a 87), ani zda šlo skutečně o činnost výzkumnou a vývojovou, nebo o běžnou pracovní činnost (bod 87). U zaměstnance P. B. pak žalovaný doložil, že mzdové náklady vykázané za březen 2019 na projektech výzkumu a vývoje činily celkem 55 322,83 Kč, zatímco jeho superhrubá mzda za tento měsíc činila pouze 52 614 Kč (bod 48). Žalovaný navíc odkázal na další nesrovnalosti mezi počtem hodin vykázaných na projektech výzkumu a vývoje a skutečně odpracovanými hodinami podle evidence docházky, podrobně zachycené ve zprávě o daňové kontrole (body 53 a 65). Krajský soud tedy svůj závěr nezaložil na ojedinělém formálním nedostatku, ale na souboru konkrétních rozporů, které ve svém úhrnu zpochybňovaly věrohodnost a průkaznost předložené evidence.

25. V bodě 35 dále krajský soud uvedl, že evidence vedená žalobkyní byla posouzena jako neprůkazná. Zdůraznil přitom, že vykazované náklady mají být náklady skutečnými, tedy opřenými o řádně vedenou evidenci, a že právě neprůkaznost vedené evidence žalobkyni neumožnila unést důkazní břemeno při prokazování nákladů ve smyslu § 24 odst. 1 a § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů.

26. Na tyto nosné důvody stěžovatelka v kasační stížnosti konkrétně nereaguje. Setrvává pouze na obecném tvrzení, že evidence byla vedena přehledně, srozumitelně a průkazně, že umožňovala jednoznačné určení uplatněných mzdových výdajů a že případné zjištěné nedostatky měly nanejvýš povahu drobných administrativních pochybení. Tím však konkrétní skutková zjištění, z nichž vyšli žalovaný a krajský soud, nijak nevyvrací. Taková argumentace nepostačuje, neboť, jak připomněl rozšířený senát v rozsudku ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008-78, č. 2162/2011 Sb. NSS, míra precizace námitek určuje i rozsah soudní ochrany a není na místě, aby soud za účastníka spekulativně domýšlel další argumenty (obdobně rozsudky NSS ze dne 22. 12. 2021, č. j. 8 As 201/2019-80, a ze dne 27. 1. 2022, č. j. 9 Afs 268/2019-86).

27. Nelze proto přisvědčit ani námitce, že krajský soud pochybil, pokud nepřikládal rozhodný význam tabulkovým přehledům týkajícím se tří konkrétních zaměstnanců. Jak krajský soud uvedl v bodě 36 napadeného rozsudku, tyto přehledy nemohly zvrátit závěr o tom, že v evidenci žalobkyně bylo identifikováno více druhů nepřesností, které vedly k její nevěrohodnosti jako celku. Jestliže stěžovatelka v kasační stížnosti poukazuje právě na tyto přehledy a dovozuje z nich průkaznost evidence, ani tato námitka není důvodná. Uvedené přehledy samy o sobě nevyvracejí všechna pochybení, z nichž krajský soud vyšel, a stěžovatelka ani konkrétně neuvádí, jak by právě jejich předložením měla být tato jednotlivá zjištění zvrácena.

28. Neobstojí proto ani námitka stěžovatelky, že krajský soud i daňové orgány vyložily požadavky kladené na evidenci nákladů na výzkum a vývoj přepjatě formalisticky a v neprospěch daňového subjektu. V nyní posuzované věci totiž nešlo o prosazování jediné přípustné formy evidence, ale o požadavek, aby evidence uplatněných nákladů byla průkazná, kontrolovatelná a umožňovala propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými náklady. Takový požadavek odpovídá judikatuře Nejvyššího správního soudu, podle níž musí být identifikace výdajů v oddělené evidenci natolik jednoznačná, aby bylo možné propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými náklady (srov. rozsudek NSS ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016-51, bod 47). Současně platí, že odpočet na podporu výzkumu a vývoje představuje daňové zvýhodnění, s nímž jsou spojeny zvýšené nároky na prokázání splnění všech zákonných podmínek (srov. rozsudky NSS ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017-53, bod 19, ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018-52, bod 19, a ze dne 10. 6. 2021, č. j. 10 Afs 338/2020-45, bod 18). Požadavek krajského soudu na průkaznost evidence osobních nákladů proto nelze považovat za požadavek jdoucí nad rámec zákona.

29. Žalovaný i krajský soud považovali za jeden z prvků svědčících o neprůkaznosti evidence též použití ročních mzdových průměrů. K tomu stěžovatelka uvádí, že žádná obecně závazná právní norma použití ročních průměrů nevylučuje ani nezakazuje. Krajskému soudu současně vytýká, že ačkoli označil rozhodnutí Nejvyššího správního soudu, která podle ní použití ročních průměrů připouštějí, jejich obsah a závěry pominul, resp. bagatelizoval.

30. K tomu Nejvyšší správní soud uvádí, že stěžovatelce lze přisvědčit pouze potud, že zákon o daních z příjmů výslovně nestanoví jedinou přípustnou metodu výpočtu osobních nákladů na projekty výzkumu a vývoje. Z toho však neplyne, že jakýkoli takový postup obstojí bez dalšího. Rozhodující je, zda zvolená metoda umožňuje průkazně vyjádřit skutečně vynaložené náklady. Krajský soud proto správně nevycházel z úvahy, zda je stěžovatelkou zvolený postup výslovně zakázán, nýbrž z toho, zda v posuzované věci obstojí z hlediska průkaznosti a věrného zachycení skutečně vynaložených nákladů. Současně krajský soud v bodě 40 napadeného rozsudku odkázal na rozsudek NSS ze dne 24. 10. 2022, č. j. 8 Afs 168/2020-51, z něhož dovodil, že judikatura Nejvyššího správního soudu zpravidla připouští využití měsíčních průměrů, a dále na rozsudek NSS ze dne 22. 6. 2023, č. j. 10 Afs 16/2021-74, v němž se Nejvyšší správní soud k použití ročních průměrů postavil odmítavě. Nejvyšší správní soud dodává, že jeho pozdější judikatura tento přístup dále potvrdila. Například v rozsudku ze dne 12. 11. 2025, č. j. 4 Afs 189/2024-43, výslovně zdůraznil, že mzdový náklad vypočtený pouze na bázi ročního průměru nemusí odpovídat skutečně zaúčtovanému osobnímu nákladu v jednotlivých měsících a neumožňuje řádné propojení s jednotlivými účetními doklady.

31. Jestliže stěžovatelka namítá, že krajský soud opomněl, resp. bagatelizoval judikaturu Nejvyššího správního soudu, která podle jejího názoru připouští použití ročních průměrů, ani tomuto tvrzení nelze přisvědčit. Krajský soud výslovně zmínil, že i v judikatuře Nejvyššího správního soudu se ojediněle objevují závěry připouštějící v určité míře práci s ročními údaji. V bodě 42 napadeného rozsudku poukázal na rozsudek NSS ze dne 28. 2. 2025, č. j. 3 Afs 301/2023-68, a uvedl, že kasační soud v něm zmínil měsíční či i roční průměry, avšak pouze v obecné rovině. V bodě 41 napadeného rozsudku se pak zabýval rozsudkem NSS ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57, a vysvětlil, že Nejvyšší správní soud v něm roční mzdu a priori nevyloučil, avšak za situace, kdy bylo možné ji porovnat se mzdou vyplacenou v jednotlivých měsících a kdy oba tyto ukazatele předložil daňový subjekt.

32. Z uvedeného je zřejmé, že krajský soud tuto judikaturu nezamlčel, nýbrž na ni výslovně poukázal a současně vysvětlil, za jakých podmínek se v ní připouští práce s ročními údaji. Stěžovatelka však proti těmto konkrétním závěrům nijak nebrojí. Netvrdí, že by její věc byla skutkově a právně srovnatelná s případy, v nichž Nejvyšší správní soud připustil práci s ročními údaji, ani že by na její případ dopadaly závěry citované judikatury za tam vyložených podmínek. Setrvává pouze na obecném tvrzení, že krajský soud tuto judikaturu bagatelizoval. Za této situace nemůže její argumentace obstát. Nejvyšší správní soud proto uzavírá, že krajský soud právní otázku neposoudil nesprávně, pokud použití ročních mzdových průměrů v nyní posuzované věci hodnotil jako další prvek směřující k neprůkaznosti evidence žalobkyně. Tato kasační námitka tedy není důvodná.

33. Stěžovatelka dále namítá, že se krajský soud nesprávně ztotožnil s daňovými orgány v otázce promítnutí náhrad mzdy za svátky a dovolenou do výpočtu hodinové sazby. Podle jejího názoru mají tyto náhrady vstupovat mezi celkové osobní náklady zaměstnance, nikoli však do časového základu, z něhož se hodinová sazba odvozuje, neboť jen tak lze zjistit skutečnou cenu jedné odpracované hodiny práce. Této námitce Nejvyšší správní soud přisvědčil.

34. Mezi účastníky není sporné, že náhrady mzdy za dovolenou a svátky lze zahrnout do celkových osobních nákladů zaměstnance. K náhradě mzdy za dovolenou se ostatně již vyjádřil Nejvyšší správní soud v rozsudcích ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, a ze dne 16. 12. 2019, č. j. 7 Afs 62/2019-32. V nich dospěl k závěru, že náhrada mzdy za dovolenou představuje osobní náklad způsobilý být zahrnut do odpočtu na podporu VaV. Mezi účastníky je sporné pouze to, jak uvedený náklad při použití průměrné hodinové sazby správně rozvrhnout. Žalovaný v napadeném rozhodnutí vyšel z rozsudku NSS ze dne 24. 10. 2022, č. j. 8 Afs 168/2020-51, v němž Nejvyšší správní soud uvedl, že mzdové náklady na konkrétní projekt lze vypočítat podle následujícího vzorce: Mzdové náklady =

35. Z tohoto vzorce žalovaný dovodil, že jsou-li v čitateli zahrnuty náhrady mzdy za dovolenou a svátky, musí se do jmenovatele zahrnout také hodiny této placené nepřítomnosti. Tento závěr opřel o § 348 odst. 1 písm. b) zákoníku práce a o rozsudek NSS ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, jakož i o rozsudek Soudního dvora ze dne 15. 9. 2011 ve věci Williams a další, C-155/10. Krajský soud žalovanému v tomto ohledu přisvědčil. V bodě 47 napadeného rozsudku uvedl, že pro účely co možná nejvěrnějšího výpočtu průměru jako podkladového ukazatele je namístě při použití hodnot náhrad za dovolenou zohlednit též odpovídající počet hodin či dnů dovolené, resp. svátků.

36. Nejvyšší správní soud se otázkou zahrnutí náhrady mzdy za dovolenou do odpočtu na VaV zabýval v rozsudcích ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, a ze dne 16. 12. 2019, č. j. 7 Afs 62/2019-32. V nich uzavřel, že náhrada mzdy za dovolenou zaměstnance podílejícího se na realizaci VaV může být zahrnuta do odpočtu na VaV. U zaměstnance, který vykonává vedle činností VaV také běžné pracovní činnosti, se náhrada mzdy za dovolenou zahrne do odpočtu pouze v části odpovídající prokázanému a odděleně evidovanému poměru těchto činností. Nejvyšší správní soud dále při tomto výkladu přihlédl též k právu na placenou dovolenou jakožto základní zásadě sociálního práva Evropské unie. Poukázal na to, že by nebylo přípustné rozlišovat mezi náhradou mzdy za čerpanou dovolenou a náhradou za nevyčerpanou dovolenou proplacenou při skončení pracovního poměru. Takové rozlišení by totiž mohlo zaměstnavatele, popř. zprostředkovaně i zaměstnance, finančně motivovat k nečerpání dovolené. Otázkou konkrétního výpočtu poměrné části náhrady mzdy za dovolenou se však v uvedených rozsudcích nezabýval.

37. Podle Nejvyššího správního soudu výpočet prosazovaný žalovaným, který zahrnuje dobu čerpání dovolené do jmenovatele hodinové sazby, nelze opřít o závěry výše uvedené judikatury. Problematičnost tohoto postupu lze ukázat na příkladu zaměstnance, který vykonává práci výlučně na VaV a v rozhodném období čerpá dovolenou. Náhrada mzdy za dovolenou takového zaměstnance představuje náklad, který by mu měl být v celém rozsahu přiznán v rámci odpočtu na VaV. Zahrne-li se však náhrada mzdy do čitatele hodinové sazby a současně se do jejího jmenovatele zahrne doba čerpání dovolené, hodinová sazba se sníží. Je-li následně tato nižší sazba násobena pouze hodinami skutečně odpracovanými na VaV, část nákladů odpovídající době dovolené se do odpočtu vůbec nepromítne. Tento postup by tak neumožnil uplatnit náhradu mzdy za dovolenou v plném rozsahu ani u zaměstnance, který vykonával výlučně činnosti VaV.

38. Odkaz žalovaného na rozsudek Soudního dvora ve věci Williams a další, C-155/10, na uvedeném nic nemění. Soudní dvůr se v tomto rozsudku zabýval požadavky vyplývajícími z práva zaměstnance na placenou dovolenou, konkrétně otázkou, jaké složky odměny musí být zohledněny při určení odměny náležející zaměstnanci za dobu jejího čerpání. Zdůraznil, že zaměstnanec musí být během dovolené z hlediska odměny postaven do situace srovnatelné s obdobím, kdy pracuje. Neřešil však způsob daňového rozvržení osobních nákladů zaměstnavatele mezi činnosti VaV a jiné pracovní činnosti ani konstrukci hodinové sazby pro účely odpočtu na podporu VaV. Pokud žalovaný odkazuje na § 348 odst. 1 písm. b) zákoníku práce, podle něhož se doba dovolené považuje za výkon práce, z tohoto ustanovení bez dalšího neplyne povinnost zahrnout tuto dobu do jmenovatele hodinové sazby. Uvedené ustanovení totiž primárně upravuje pracovněprávní účinky čerpání dovolené, nikoli způsob rozvržení osobních nákladů zaměstnavatele pro daňové účely. Pokud však žalovaný z této skutečnosti dovozuje, že se doba dovolené nemá odlišovat od pracovní doby, pak by tato argumentace spíše vedla k závěru, že pokud by se doba čerpání dovolené zahrnovala do jmenovatele hodinové sazby, musela by se odpovídajícím způsobem promítnout i do posledního členu vzorce, tedy do rozsahu, kterým se takto vypočtená sazba na konci násobí.

39. V nyní posuzované věci je rozhodné, v jakém rozsahu osobní náklady zaměstnance skutečně zatěžují realizaci VaV. Pokud by byl přijat výklad zastávaný žalovaným a aprobovaný krajským soudem, mohlo by to vést k tomu, že část nákladů, které jsou jinak způsobilé být zahrnuty do odpočtu na podporu VaV, by se při výpočtu hodinové sazby do odpočtu vůbec nepromítla. Takový důsledek je přitom obtížně slučitelný se závěry rozsudku NSS ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, z něhož plyne, že náhrada mzdy za dovolenou zaměstnance podílejícího se na realizaci VaV je osobním nákladem způsobilým být zahrnutým do odpočtu, a že nelze bez rozumného důvodu vytvářet takový výklad, který by zaměstnavatele, popř. zprostředkovaně i zaměstnance, finančně motivoval k nečerpání dovolené. Krajský soud proto pochybil, pokud v tomto dílčím ohledu přisvědčil závěru žalovaného.

40. Tímto dílčím závěrem však Nejvyšší správní soud nevyslovuje, že naopak výklad zastávaný stěžovatelkou je bez dalšího správný a použitelný ve všech případech. Je si vědom, že i tento přístup by mohl v některých specifických případech vést k neodpovídajícím výsledkům, pokud by neumožňoval přiměřené a věrné rozvržení osobních nákladů podle skutečného rozsahu činností VaV. Závěry vyslovené výše proto znamenají pouze to, že z judikatury, na niž odkázal žalovaný, ani z § 348 odst. 1 písm. b) zákoníku práce neplyne povinnost zahrnovat dobu čerpání dovolené do jmenovatele hodinové sazby způsobem, který žalovaný a krajský soud přijaly. Nejvyšší správní soud proto v nyní posuzované věci uzavírá, že úvaha přijatá žalovaným a aprobovaná krajským soudem v tomto dílčím ohledu neobstojí.

41. Toto pochybení zároveň samo o sobě nemůže vést ke zrušení napadeného rozsudku. Krajský soud totiž na uvedené dílčí úvaze své rozhodnutí samostatně nezaložil a v bodě 48 napadeného rozsudku výslovně uvedl, že šlo o nedostatek víceméně aritmetické povahy, který by bylo možno při absenci dalších vad patrně napravit. Nosný důvod zamítnutí žaloby naopak spočíval v závěru, že stěžovatelka neunesla důkazní břemeno ohledně průkaznosti uplatněných mzdových nákladů, neboť jí vedená evidence byla jako celek posouzena jako neprůkazná. Nejvyšší správní soud přitom v předchozích částech tohoto rozsudku shledal, že závěr krajského soudu o neprůkaznosti evidence obstojí. Za této situace nemůže dílčí nesprávnost právní úvahy týkající se promítnutí svátků a dovolené do výpočtu hodinové sazby ničeho změnit na zákonnosti výsledku věci. I kdyby byla tato otázka posouzena ve prospěch stěžovatelky, nemělo by to vliv na nosný závěr, že evidence neumožňovala průkazně ověřit skutečně vynaložené osobní náklady na projekty výzkumu a vývoje.

42. Z výše uvedeného důvodu nemůže být důvodná ani námitka směřující proti neuznání navazující části režijních nákladů. Krajský soud v bodech 53 a 54 napadeného rozsudku správně vyšel z toho, že režijní náklady byly stěžovatelkou vykázány s použitím vstupních údajů, jejichž součástí byly právě sporné mzdové náklady na VaV. Jestliže tedy neobstál základ, z něhož stěžovatelka při jejich výpočtu vycházela, nemohl obstát ani navazující výpočet těchto nákladů.

IV. Závěr a náklady řízení

43. Nejvyšší správní soud na základě shora uvedených závěrů neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).

44. O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 a odst. 7 s. ř. s. za použití § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, tudíž nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly. P o u č e n í : Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné. V Brně 20. srpna 2026 David Hipšr předseda senátu