8 Afs 16/2026

Rubrum

8 Afs 16/2026-46 ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Pavla Molka (soudce zpravodaj) a soudců Petra Mikeše a Ondřeje Bartoše v právní věci žalobce: město Třebíč, se sídlem Karlovo náměstí 104/55, Třebíč, zast. Mgr. Janem Bendou, advokátem se sídlem U Císařských lázní 368/7, Teplice, proti žalovanému: Finanční úřad pro Kraj Vysočina, se sídlem Tolstého 2, Jihlava, na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 18. 12. 2025, č. j. 30 A 58/2025-131, takto:

Výrok

I. Kasační stížnost s e z a m í t á .

II. Žalobce n e m á právo na náhradu nákladů řízení.

III. Žalovanému s e náhrada nákladů řízení n e p ř i z n á v á .

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Předmětem tohoto řízení je otázka, zda ve věci žalobkyně došlo k opakované daňové kontrole, která by představovala nezákonný zásah, či nikoli. Nejvyšší správní soud (dále též „NSS“) pokládá za vhodné pro přehlednost nejprve shrnout skutkový vývoj věci.

2. Žalobce dne 25. 1. 2021 podal řádné daňové přiznání k DPH (dále jen „DaP“) za období prosinec 2020. Dne 3. 1. 2023 podal pro totéž období dodatečné daňové přiznání k DPH (dále jen „DoDaP“), na jehož základě mu byl vrácen přeplatek na dani. Následně dne 26. 9. 2023 žalovaný kontaktoval žalobce a upozornil ho, že při uplatnění některých nároků na odpočet zahrnul doklady po tříleté lhůtě. V reakci na to podal žalobce dne 4. 10. 2023 pro 8 Afs 16/2026 toto období druhé DoDaP, přičemž z něj vyloučil některé opožděné doklady a výši koeficientu pro poměrný nárok na odpočet, aby odpovídal skutečnému poměru plnění uskutečněných v rámci ekonomické činnosti ku celkové činnosti žalobce jako obce. Žalovaný vydal dne 20. 11. 2023 k DoDaP dodatečný platební výměr a vrátil žalobci přeplatek.

3. Dne 25. 1. 2022 žalobce podal DaP za období prosinec 2021. Dne 4. 10. 2023 podal pro totéž období DoDaP s koeficientem upraveným stejně jako u druhého DoDaP za období prosinec 2020. Žalovaný vydal dne 20. 11. 2023 k DoDaP dodatečný platební výměr a vrátil žalobci přeplatek.

4. Za období prosinec 2022 podal žalobce DaP dne 25. 1. 2023. Následně dne 2. 9. 2024 podal též DoDaP za toto období, opět se shodně upraveným koeficientem. K tomuto DoDaP vydal žalovaný dodatečný platební výměr dne 30. 11. 2024 a vrátil žalobci přeplatek.

5. Mezitím se dne 16. 10. 2024 žalovaný se žalobcem znovu spojil telefonicky a pomocí e-mailu a dotazoval se ho na způsob výpočtu upraveného koeficientu, přičemž zároveň vyžádal zaslání evidence pro účely DPH k řádnému DaP za období prosinec 2020 a prosinec 2021. Tu žalobce poskytl dne 25. 10. 2024 spolu s vysvětlením svého postupu při určování koeficientu. Následně, dne 11. 12. 2024, sepsal žalovaný úřední záznam o nutnosti zahájit daňovou kontrolu a prověřit údaje uvedené v DoDaP za období prosinec 2020 a prosinec 2021.

6. Oznámení o zahájení daňové kontroly za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021, č. j. 8602/25/2910-60562-304408, ze dne 6. 1. 2025 bylo žalobci doručeno dne 9. 1. 2025. Zároveň s oznámením zaslal žalovaný výzvu k prokázání skutečností č. j. 8633/25/2910-60562-304408, ve které vyzval k prokázání oprávněnosti výše uplatněných nároků, na kterou žalobce odpověděl dne 24. 2. 2025 a odpověď dále doplnil dne 26. 2. 2025. Téhož dne žalovaný vydal další výzvu k prokázání skutečností č. j. 234455/25/2910-60562- 304408, ve které žalobce vyzval k prokázání správnosti použitého poměrného koeficientu. Na tuto výzvu žalobce odpověděl dne 18. 3. 2025. Následně, dne 23. 4. 2025, žalovaný vydal třetí výzvu k prokázání skutečností č. j. 552759/25/2910-60562-304408, ve které požadoval prokázání správnosti použitého koeficientu za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021 a prokázání, že vybraná zdanitelná plnění pro období prosinec 2020 byla uplatněna v zákonné lhůtě 3 roky v souladu s § 73 odst. 3 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty.

7. Žalobce se u Krajského soudu v Brně (dále jen „krajský soud“) bránil proti této daňové kontrole žalobou na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného. Konkrétně v petitu napadal ty části kontroly, které se zabývaly již dříve zastřeně kontrolovanými skutečnostmi. V žalobě namítal, že se jedná o kontrolu nezákonně opakovanou ve smyslu rozsudku NSS ze dne 10. 8. 2022, č. j. 10 Afs 122/2022-36, neboť kontakty ze strany žalovaného dne 26. 9. 2023 a ze dne 16. 10. 2024 překročily meze místního šetření, a založily tak ve smyslu rozsudku NSS ze dne 6. 2. 2023, č. j. 5 Afs 287/2021-32, skrytou daňovou kontrolu, jež v mezičase skončila uznáním nároků žalobce. To mělo být doloženo vydáním dodatečných platebních výměrů a vrácením přeplatků na dani. Podle žalobce zároveň nemohlo jít v případě daňové kontroly zahájené oznámením ze dne 6. 1. 2025 o daňovou 8 Afs 16/2026-47 pokračování kontrolu bezprostředně navazující, vzhledem k časovému rozestupu mezi skrytými kontrolami a formálně zahájenou daňovou kontrolou.

8. Krajský soud vyhodnotil jako rozhodnou otázku určení momentu začátku daňové kontroly. Ve svém rozhodnutí s odkazy na judikaturu NSS uvedl, že skrytá daňová kontrola nastává překročením hranic pouhého zjišťování podkladových informací a „mapování terénu,“ a to zejména tehdy, když správce daně ověřuje a zjišťuje správnost stanovení daňové povinnosti. Na tomto základě krajský soud dospěl k závěru, že kontakt ze strany žalovaného dne 26. 9. 2023 byl toliko projevem zásady vstřícnosti dle § 6 odst. 4 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu. Ani dodatečné platební výměry podle něj nebyly znakem provádění skryté daňové kontroly, neboť výsledek konkludentního vyměření daně není odvislý od skutkových a právních úvah správce daně.

9. Naopak požadavky žalovaného ze dne 16. 10. 2024 již překročily rámec vyhledávací činnosti, pročež krajský soud dovodil, že tímto dnem skutečně byla započata skrytá daňová kontrola. V návaznosti na to usoudil, že daňová kontrola zahájená dne 9. 1. 2025 nebyla kontrolou opakovanou, nýbrž, zejména vzhledem k relativně krátkému časovému intervalu mezi oběma událostmi, šlo pouze o pokračování v již fakticky probíhající daňové kontrole. Z těchto důvodů krajský soud neshledal, že by došlo k žalobcem namítanému nezákonnému zásahu, a žalobu zamítl.

II. Obsah kasační stížnosti, vyjádření žalovaného a replika žalobce

10. Žalobce (dále „stěžovatel“) podal proti napadenému rozsudku kasační stížnost z důvodů podle § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) s. ř. s. Navrhuje, aby NSS napadený rozsudek zrušil, věc vrátil krajskému soudu k dalšímu řízení a přiznal stěžovateli náklady řízení.

11. Stěžovatel v kasační stížnosti předně specifikuje dvě otázky, pro které je podle něj daňová kontrola nezákonně opakovanou – 1) nemožnost korigovat výši poměrného nároku na odpočet po propadnutí lhůty pro uplatnění nároku, když samotný odpočet v jiném poměru byl uplatněn včas, a 2) konstrukce výpočtu poměrného nároku na odpočet. V obou otázkách měl krajský soud postupovat v rozporu s obsahem spisu.

12. Skrytá kontrola měla v případě první otázky vyplynout ze souhrnu jednání správce daně jako celku. Jelikož po prvním kontaktu žalovaného stěžovatel nepostupoval zcela v souladu s jeho názorem, některé z označených dokladů v DoDaP uplatnil znovu, a žalovaný přesto vydal dodatečný platební výměr, ve kterém obsah DoDaP z října 2023 akceptoval, jednalo se o skrytou kontrolu, na jejímž konci žalovaný uznal stěžovatelovy argumenty. Krajský soud zde měl pochybit tím, že posuzoval jednotlivá jednání správce daně samostatně, nikoli jako komplexní celek, ve kterém správce daně pojal podezření, vyzval stěžovatele k nápravě, ten na svém postoji trval a správce daně jeho názor akceptoval.

13. Pokud jde o druhou otázku, i zde stěžovatel poukazuje na to, že krajský soud měl ze souhrnu jeho jednání a jednání žalovaného jasně rozpoznat skrytou daňovou kontrolu. Žalovaný totiž byl o způsobu výpočtu poměrného nároku opakovaně informován, a ještě před formálním zahájením daňové kontroly stěžovateli vyplatil uplatněný nárok na odpočet. V tomto směru stěžovatel považuje za formalistickou úvahu, že by vrácení daňového přeplatku nemělo souvislost s prověřováním obsahu DoDaP, neboť jednotlivé části správy 8 Afs 16/2026 daní nelze oddělovat. Jestliže by správce daně pochyboval o správnosti dodatečných nároků, neměl ani v jednom případě vrátit přeplatek s odkazem na § 155 odst. 3 daňového řádu, jak učinil. Jeho postup lze vyložit jedině tak, že proběhla skrytá daňová kontrola a stěžovatel v ní svůj postup obhájil.

14. Nadto stěžovatel také upozorňuje, že v žalobě nenapadal celou daňovou kontrolu, nýbrž pouze její části týkající se uvedených otázek, o jejichž přezkumu se dozvěděl až z výzvy k prokázání skutečností ze dne 23. 4. 2025, č. j. 552759/25/2910-60562-304408, což je také důvod, proč specificky tuto výzvu napadal žalobou. Před jejím doručením se domníval, že otázky, jejichž kontrolu nyní napadá, již nebudou znovu prověřovány. Časový rozestup od skryté daňové kontroly tak správně neměl být počítán ve vztahu ke dni jejího formálního zahájení, nýbrž až k této výzvě, byl tedy o více než tři měsíce delší, než tvrdí napadený rozsudek. Krajský soud ovšem v rozporu s tím posuzoval daňovou kontrolu jako celek a za rozhodné datum označil právě její formální započetí.

15. Žalovaný reagoval na kasační stížnost obsáhlým vyjádřením. V něm nejprve poskytuje obsáhlou rekapitulaci veškerého dění ve věci od podání řádného DaP v lednu 2021 do podání žaloby stěžovatelem. Následně se ztotožňuje s posouzením krajského soudu, tedy že neformální kontakt mezi žalovaným a stěžovatelem v září 2023 nezahájil skrytou daňovou kontrolu, ovšem komunikace v říjnu 2024 již ano a že následná formálně zahájená daňová kontrola na ni přímo navazuje.

16. Podle žalovaného stěžovatel opomíjí, že pro jednotlivá zdaňovací období se vedou samostatná řízení, a proto nelze z jednání správce daně vztahujícího se ke zdaňovacímu období prosinec 2020 (neformální kontakt v září 2023) vyvozovat skrytou daňovou kontrolu za období prosinec 2021. Obdobně nelze z vrácení nadměrného odpočtu deklarovaného v DoDaP za období prosinec 2022 vyvozovat závěry ohledně existence, potažmo ukončení skryté daňové kontroly pro dvě prošetřovaná období. Dále žalovaný odmítá, že by kontakt ze září 2023 bylo možné jakkoli pokládat za skrytou daňovou kontrolu, a zdůrazňuje, že vzhledem k první otázce nastolené stěžovatelem v tomto bodě ani žádná komunikace neproběhla. Poukazuje také na to, že pokud v DoDaP z října 2023 nebyly vyloučeny všechny doklady, které žalovaný v předchozí komunikaci označil za opožděně uplatněné, nelze to automaticky pokládat za důkaz skryté daňové kontroly, natož za její ukončení. Žalovaný naopak vysvětluje, že v dané době o tomto DoDaP z jeho strany nepanovaly žádné pochybnosti, a zdůrazňuje, že v souladu s § 144 odst. 1 daňového řádu správce daně standardně podrobně nezkoumá obsah DoDaP, pokud o něm v danou chvíli nepochybuje. S odkazem na rozsudek NSS ze dne 22. 1. 2026, č. j. 8 Afs 9/2025-50, též uvádí, že výsledek vyměření daně v této situaci není odvislý od právních či skutkových úvah správce daně.

17. Žalovaný následně odmítá stěžovatelovu konstrukci, podle které skrytá daňová kontrola druhé z otázek započala již podáním dvou DoDaP v říjnu 2023, neboť od tohoto okamžiku měl být žalovaný seznámen se způsobem použitého výpočtu koeficientu. Jelikož ovšem až do října 2024 žalovaný neprováděl žádné prověřování, nemohl překročit rámec vyhledávací činnosti a tím zahájit skrytou daňovou kontrolu. Závěrem žalovaný také odmítá, že by datum formálního zahájení kontroly nebylo relevantní, neboť v oznámení o jejím započetí je zřetelně vymezen rozsah, a není tak jasné, proč se stěžovatel domníval, že pro jím napadanou oblast nebude kontrola probíhat. 8 Afs 16/2026-48 pokračování

18. Stěžovatel na vyjádření žalovaného reagoval replikou. V té upozorňuje, že dle jeho názoru je možné vztahovat na sebe vzájemně výsledky řízení pro různá zdaňovací období, neboť reprezentují shodně uplatňovaný právní názor žalovaného na identickou otázku. Dále trvá na tom, že již první neformální kontakt byl daňovou kontrolou, přičemž akceptování DoDaP z října 2023 ji prokazuje i přes nevyjmutí všech označených dokladů. Podotýká také, že v kasační stížnosti netvrdil započetí daňové kontroly podáním DoDaP v říjnu 2023, nýbrž prověřováním v září téhož roku. Trvá též na tom, že vyměřením daní byla ukončena skrytá daňová kontrola, což vylučuje aplikaci žalovaným označeného rozhodnutí NSS. Nakonec stěžovatel také odmítá, že by z obecného znění oznámení o zahájení daňové kontroly šlo odvodit, že se správce daně bude zabývat dvěma jím specifikovanými otázkami, tj. možností korigovat výši poměrného nároku na odpočet po propadlé lhůtě pro uplatnění nároku, když samotný odpočet v jiném poměru byl uplatněn včas, a konstrukcí výpočtu poměrného nároku na odpočet.

III. Posouzení Nejvyšším správním soudem

19. NSS posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal, zda napadený rozsudek netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.). Takové vady NSS neshledal, přistoupil tedy k posouzení kasačních námitek.

20. Kasační stížnost není důvodná.

21. NSS předně upozorňuje, že část argumentů stěžovatele je fakticky zopakováním žalobních námitek, na které již krajský soud odpověděl. Jedná se konkrétně o námitky poukazující na stěžovatelův trvající názor, podle něhož první neformální kontakt ze strany žalovaného v září 2023 byl zahájením skryté daňové kontroly. V kasační stížnosti stěžovatel jen znovu popisuje sled událostí a uvádí, že krajský soud tyto posuzoval odděleně a nikoli jako komplexní jednání správce daně. To ovšem neodpovídá obsahu rozhodnutí krajského soudu, neboť napadený rozsudek naopak tuto argumentaci vyvrací v bodech 33 až 37, přičemž zejména v bodě 34 popisuje sérii úkonů spojených se zmíněným neformálním kontaktem a konstatuje, že ani ty nelze označit za provádění daňové kontroly. Kasační stížnost proti závěrům napadeného rozsudku nestaví novou polemiku a ani nelze dovozovat, že by stěžovatel touto formou poukazoval na nevypořádání některých žalobních námitek, a tedy na nepřezkoumatelnost rozsudku. Dle § 104 odst. 4 s. ř. s. je kasační stížnost nepřípustná, opírá-li se jen o jiné důvody, než které jsou uvedeny v § 103 s. ř. s. Jak NSS již vícekrát uvedl, smyslem kasační stížnosti není před vyšší instancí zopakovat vypořádání žalobních bodů, kterými se již zabýval krajský soud, nýbrž polemizovat se závěry krajského soudu, a tím prověřit jejich zákonnost (srov. usnesení NSS ze dne 30. 6. 2020, č. j. 10 As 181/2019-63, č. 4051/2020 Sb. NSS, bod 5, nebo bod 16 rozsudku NSS ze dne 29. 6. 2023, č. j. 3 Afs 231/2022-46, či bod 19 rozsudku NSS ze dne 22. 3. 2023, č. j. 2 Afs 60/2022- 47). Zmíněné kasační námitky jsou tak nepřípustné.

22. K námitce, že doměření daně na základě DoDaP je důkazem akceptace stěžovatelova postupu při výpočtu daně, NSS uvádí, že stěžovatel odhlíží od judikatury NSS, včetně dvou rozsudků citovaných krajským soudem. Rozsudek ze dne 25. 5. 2016, č. j. 3 Afs 190/2015- 73, konkrétně uvádí, že správce daně u konkludentního vyměření „daň žádným způsobem nezkoumá, nehodnotí, neposuzuje zákonnost výše základu daně, daně a jejich právního 8 Afs 16/2026 a skutkového základu. Jak správně uvedl městský soud, správce daně v případě konkludentního vyměření nevykonává žádnou činnost (aktivitu). Naopak k vyměření daně dojde bez jeho jakéhokoliv přičinění – fikcí – přímo ze zákona. Výsledek konkludentního vyměření tedy není odvislý od skutkových a právních úvah správce daně.“ (obdobně v bodě 34 rozsudku ze dne 27. 11. 2019, č. j. 1 Afs 54/2019-25). K témuž názoru NSS dospěl také v rozhodnutí, na které odkazuje ve svém vyjádření žalovaný, tj. v bodě 33 rozsudku č. j. 8 Afs 9/2025-50, kde bylo řečeno, že „za chybné je proto nutno považovat základní stěžovatelčino východisko, že správce daně při konkludentním doměření daně na základě dodatečného daňového přiznání aplikoval určitý právní názor, který následně změnil […]. Konkludentní doměření daně totiž nebylo výsledkem žádného skutkového či právního posouzení skutečností tvrzených stěžovatelkou v dodatečném daňovém přiznání, ale výsledkem bezvýhradné akceptace těchto tvrzení ze strany správce daně. Z žádného ustanovení zákona nevyplývá správci daně povinnost provést skutkové a právní posouzení tvrzení obsažených v dodatečném daňovém přiznání. Z toho plyne též to, že konkludentní doměření daně nemohlo u stěžovatelky vyvolat legitimní očekávání v tom směru, že takto stanovená daň již nebude v budoucnu (samozřejmě v rámci běžící prekluzivní lhůty) dále prověřována prostřednictvím kontrolních postupů.“ Přestože stěžovatel v replice rozporoval aplikovatelnost tohoto rozsudku na nyní projednávanou věc kvůli jím tvrzené existenci ukončené skryté daňové kontroly, blíže svůj názor nezdůvodňuje a sám doměření v tomtéž odstavci označuje za konkludentní. Není tak důvod, proč by tato nedávná judikatura nemohla být na posuzovanou věc použita. NSS proto potvrzuje úvahu krajského soudu uvedenou v bodě 35 napadeného rozsudku. Konkludentní vyměření daně nelze vykládat jako potvrzení stěžovatelova postupu ze strany žalovaného a zakončení skryté daňové kontroly.

23. V bodech 36 až 42 rozsudku č. j. 8 Afs 9/2025-50 NSS také shrnul závěry dosavadní judikatury, podle níž „konkludentně stanovit daň nebude možné tehdy, obsahuje-li daňové tvrzení na první pohled (prima vista) zcela zjevné a jednoduše odhalitelné nesprávnosti či chyby takového rázu, které by měl správce daně bez nutnosti jakéhokoli podrobnějšího zkoumání či právního posouzení odhalit (typicky zjevná chyba v počtech, zdanění příjmů od daně zjevně osvobozených apod.).“ Žádnými konkrétními nesprávnostmi odhalitelnými na první pohled, které by žalovaný před konkludentním vyměření daně přehlédl, však stěžovatel neargumentuje, a v bodě 13 kasační stížnosti pouze obecně poukazuje na to, že pohledem obecných zásad správy daní nemůže obstát úvaha, že proces vrácení daňového přeplatku na základě dodatečného přiznání nemá žádnou souvislost s prověřováním obsahu předmětného dodatečného přiznání.

24. Jak již bylo uvedeno v bodě 21 tohoto rozsudku, NSS v nyní řešené věci znovu neposuzuje možnost zahájení skryté daňové kontroly v rámci komunikace mezi žalovaným a stěžovatelem v září 2023. Je však třeba upozornit, že právě až dvě DoDaP z října 2023 mohla založit jakékoli pochybnosti o otázkách, které stěžovatel nastolil – možnosti korigovat výši poměrného nároku na odpočet po propadlé lhůtě pro uplatnění nároku, když samotný odpočet v jiném poměru byl uplatněn včas, a konstrukci výpočtu poměrného nároku na odpočet. Z toho důvodu nedává chronologicky smysl argumentace v kasační stížnosti, podle které by žalovaný v případě pochybností nevrátil následně přeplatek na dani s využitím § 155 odst. 3 daňového řádu. Jelikož odlišně vypočtený koeficient se do sféry žalovaného dostal až s těmito DoDaP a, jak bylo výše osvětleno, správce daně při konkludentním doměření daně neprovádí skutkové ani právní posouzení skutečností, jen 8 Afs 16/2026-49 pokračování těžko mohl mít žalovaný pochybnosti o otázkách, se kterými se doposud nesetkal a neposuzoval je.

25. Pokud jde o stěžovatelovu námitku, podle které krajský soud chybně vymezil časový interval mezi skrytou daňovou kontrolou započatou v říjnu 2024 a daňovou kontrolou jím vymezených otázek, NSS považuje toto tvrzení za účelové. Stěžovatel tvrdí, že kontrolu těchto otázek již v důsledku předchozích konkludentních doměření daně neočekával a dozvěděl se o ní až z výzvy v dubnu 2025 č. j. 552759/25/2910-60562-304408, neboť z obecného znění oznámení o zahájení daňové kontroly to nevyplývalo. Tím ovšem ignoruje jak výše citované závěry rozsudku č. j. 8 Afs 9/2025-50, že konkludentní doměření daně nemůže v tomto směru vyvolat legitimní očekávání, tak i prostý fakt, že v oznámení o zahájení daňové kontroly je rozsah vymezen na „uplatněný nárok na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění uvedených v dodatečných přiznáních k dani z přidané hodnoty.“ Pokud stěžovatel uvádí, že na základě svého nepodloženého očekávání dospěl k názoru, že jím nastolené otázky již nebudou kontrolovány, a nevyčetl toto ani z první výzvy, pak NSS nemůže než poukázat na jeho odpověď na tuto výzvu, která se obsáhle věnuje právě vysvětlování otázek, o kterých měl být stěžovatel dle svých současných tvrzení přesvědčen, že již nebudou předmětem kontroly. K tomu lze doplnit, že druhá výzva se již výslovně zaměřila právě na tyto otázky: „…Konkrétně prokažte, že Vámi použitý poměrný koeficient za zdaňovací období prosinec 2020 ve výši 17 % a použitý poměrný koeficient za zdaňovací období prosinec 2021 ve výši 22 % odpovídal skutečnému poměru plnění uskutečněných v rámci ekonomické činnosti na Vaší celkové činnosti v roce 2020 a v roce 2021.“

26. Nehledě na výše uvedené NSS upozorňuje, že ač stěžovatel v bodě 14 kasační stížnosti tvrdí, že před krajským soudem napadal konkrétně výzvu ze dne 23. 4. 2025, č. j. 552759/25/2910-60562-304408, petit jeho žaloby tomu neodpovídal. NSS nadto odkazuje na svou judikaturu, která dovodila, že samotná výzva na prokázání skutečností zpravidla nemůže být posuzována odděleně od daňové kontroly. Konkrétně v rozsudku ze dne 3. 2. 2016, č. j. 6 Afs 84/2015-31, uvedl: „Prostřednictvím žaloby na ochranu před nezákonným zásahem nelze podrobovat testu zákonnosti jednotlivé procesní úkony správního orgánu, které zpravidla směřují k vydání rozhodnutí a samy o sobě nepředstavují zásah do práv účastníka řízení. Lze k tomu uzavřít, že výzvu k prokázání skutečností učiněnou v rámci daňové kontroly zpravidla nelze považovat za nezákonný zásah.“ Krajský soud tedy nepochybil, když od bodu 43 napadeného rozsudku posuzoval daňovou kontrolu jako celek.

27. Je tedy nepochybné, že rozhodným datem pro konec intervalu v rámci posouzení, zda se v daném případě jednalo o pokračování ve skrytě zahájené daňové kontrole, bylo datum formálního započetí daňové kontroly oznámením stěžovateli dne 9. 1. 2025. Počátkem tohoto intervalu pak bylo zahájení skryté daňové kontroly v říjnu 2024, které v řízení před NSS nebylo zpochybněno. Stěžovatel sice dovozoval, že tato v mezičase také skončila vydáním konkludentního platebního výměru, neuvedl však konkrétně, o jaký se mělo jednat. NSS ze spisu vyvozuje, že mělo jít o platební výměr za období prosinec 2022 vydaný v listopadu 2024. Jak již bylo dovozeno výše v bodě 22 tohoto rozsudku, vydání konkludentního platebního výměru nelze vykládat jako schválení stěžovatelova postupu, tím spíše, že se jedná o výměr pro odlišné období a správce daně zde neprováděl právní ani skutkové hodnocení. 8 Afs 16/2026

28. NSS závěrem konstatuje, že si je vědom, že v nedávné době byla rozšířenému senátu usnesením ze dne 27. 3. 2026, č. j. 8 Afs 46/2025-67, předložena otázka posuzování okamžiku materiálního zahájení daňové kontroly. Tato otázka ovšem není pro nyní posuzovanou věc rozhodná. Žádná linie judikatury, jež má sjednotit rozhodování rozšířeného senátu ve zmíněné věci, neprosazuje, že by byla materiální daňová kontrola zahájena již neformálním upozorněním správce daně na daňové doklady uplatněné daňovým subjektem po tříleté lhůtě, jak nyní prosazuje stěžovatel. Jedna z těchto judikatorních linií naopak prosazuje, že k materiálnímu zahájení daňové kontroly dojde na základě požadování dokladů od daňového subjektu, k čemuž v nynější věci došlo až požadavkem žalovaného ze dne 16. 10. 2024, ovšem v této otázce jsou argumentace žalovaného, stěžovatele i napadeného rozsudku ohledně zahájení skryté daňové kontroly ve shodě. Zároveň, i pokud by rozšířený senát dospěl k tomu, že samotné vyžádání evidence ještě nezahajuje materiálně daňovou kontrolu, nemůže to ve zde projednávaném případě nijak změnit výsledek posouzení NSS, neboť v takové situaci by v žádném případě nebylo možno hovořit o nezákonně opakované daňové kontrole.

IV. Závěr a náklady řízení

29. S ohledem na výše uvedené dospěl NSS k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 s. ř. s. zamítl.

30. O náhradě nákladů řízení rozhodl NSS v souladu s § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatel nebyl v řízení úspěšný, nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly, proto mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal. P o u č e n í : Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné. V Brně 6. srpna 2026 Pavel Molek předseda senátu