15 Af 2/2023 – 72

Rubrum

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Martina Kříže, soudkyně Mgr. Věry Jachurové a soudce Mgr. Bc. Jana Schneeweise v právní věci žalobce: MB PHARMA s.r.o. IČO: 25687191 se sídlem Lužická 1893/9, Praha 2 zastoupený advokátem JUDr. Jakubem Hlínou se sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha 1 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství se sídlem Brno, Masarykova 427/31 o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 16. 12. 2022 č. j. 46828/22/5200–11433–710862 takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

1. Žalobou podanou u Městského soudu v Praze se žalobce domáhal zrušení rozhodnutí označeného v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“), kterým žalovaný v odvolacím řízení změnil tato dvě rozhodnutí Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“): dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015 ze dne 16. 3. 2021, č. j. 1817718/21/2002–52521–108684, kterým správce daně doměřil žalobci daň z příjmů právnických osob ve výši 3.042.470 Kč a současně mu stanovil povinnost uhradit penále ve výši 608.494 Kč; dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016 ze dne 16. 3. 2021, č. j. 1819004/21/2002–52521–108684, kterým správce daně doměřil žalobci daň z příjmů právnických osob ve výši 2.433.140 Kč a současně mu stanovil povinnost uhradit penále ve výši 486.628 Kč (dále společně jen „dodatečné platební výměry“).

2. Změna provedená napadeným rozhodnutím spočívá v tom, že v případě dodatečného platebního výměru vztahujícího se ke zdaňovacímu období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015 byla doměřená daň snížena na částku 1.554.010 Kč a stanovené penále bylo sníženo na částku 310.802 Kč; v případě dodatečného platebního výměru vztahujícího se ke zdaňovacímu období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016 byla doměřená daň snížena na částku 1.330 Kč a stanovené penále bylo sníženo na částku 266 Kč. Z odůvodnění napadeného rozhodnutí vyplývá, že správce daně dodatečnými platebními výměry doměřil žalobci daň z příjmů právnických osob za rozhodná zdaňovací období v návaznosti na zjištění učiněná při daňové kontrole ukončené dne 16. 2. 2021, která jsou zachycena ve zprávě o daňové kontrole č. j. 176174/21/2205–60562–304424 (dále jen „Zpráva“). Podle této zprávy správce daně po přezkoumání žalobcem předložených dokladů a účetnictví nabyl pochybnosti o oprávněnosti uplatnění odčitatelné položky od základu daně ve formě výdajů (nákladů) vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje (dále též „odpočet na VaV“) dle § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“) a o oprávněnosti uplatnění odpisů hmotného majetku (lyofilizačního zařízení a analytických přístrojů). Své pochybnosti vyjádřil správce daně ve Výzvě k prokázání skutečností č. j. 2208327/19/2205–60562–304424 ze dne 14. 11. 2019 (dále jen „Výzva 1“) a ve Výzvě k prokázání skutečností č. j. 753235/20/2205–60562–303752 ze dne 6. 4. 2020 (dále jen „Výzva 2“), jimiž žalobce vyzval k odstranění pochybností a k prokázání oprávněnosti a správnosti výše odpočtu na VaV a k prokázání oprávněnosti uplatnění odpisů do základu daně. Žalobce na tyto výzvy reagoval předložením vyjádření a důkazních prostředků, jež správce daně podrobil posouzení a vyhodnocení v návaznosti na všechny shromážděné důkazní prostředky předložené žalobcem či pořízené správcem daně v rámci vlastní vyhledávací činnosti. Podle výsledku kontrolního zjištění byly předmětem sporu v rámci daňové kontroly za zdaňovací období roku 2015 částky v celkové výši 16 013 469 Kč, z toho: 3 229 104 Kč – odpis lyofilizačního zařízení (Zpráva, rok 2015, bod 1), 4 604 600 Kč – odpis přístrojů (Zpráva, rok 2015, bod 2), 8 179 765 Kč – odpočet na VaV (Zpráva, rok 2015, bod 3) a za zdaňovací období roku 2016 částky v celkové výši 12 806 726 Kč, z toho: 5 278 566 Kč – odpis lyofilizačního zařízení (Zpráva, rok 2016, bod 1), 7 367 360 Kč – odpis přístrojů (Zpráva, rok 2016, bod 2), 160 800 Kč – část odpočtu na VaV (Zpráva, rok 2016, bod 3).

3. Na základě provedeného dokazování správce daně v rámci daňové kontroly dospěl k závěru, že odvolatel neunesl důkazní břemeno a neprokázal oprávněnost zahrnutí odpisů lyofilizačního zařízení a analytických přístrojů do základu daně zdaňovacího období roku 2015 a roku 2016, a dále že v těchto zdaňovacích obdobích neprokázal oprávněnost uplatnění odpočtu na VaV. Správce daně proto dodatečnými platebními výměry zvýšil základ daně za zdaňovací období roku 2015 o 16 013 469 Kč a za zdaňovací období roku 2016 o 12 806 726 Kč, doměřil žalobci daň z příjmů právnických osob vyšší o 3 042 470 Kč (rok 2015) a o 2 433 140 Kč (rok 2016) a současně mu stanovil povinnost uhradit penále ve výši 608 494 Kč (rok 2015) a ve výši 486 628 Kč (rok 2016).

4. V odvolacím řízení bylo doplněno dokazování. Pokud jde o odpisy lyofilizačního zařízení, žalovaný dospěl po posouzení věci k závěru, že závěry správce daně nelze potvrdit, a proto snížil základ daně o spornou částku odpisu lyofilizačního zařízení ve výši 3 229 104 Kč (zdaňovací období roku 2015) a o spornou částku odpisu ve výši 5 278 566 Kč (zdaňovací období roku 2016), čímž došlo i ke snížení doměřené daně z příjmů právnických osob za předmětná zdaňovací období a vyčísleného penále. Žalovaný nepřisvědčil ani závěrům správce daně, jež se týkaly odpisu přístrojů, a snížil proto základ daně o spornou částku odpisu přístrojů ve výši 4 604 600 Kč (zdaňovací období roku 2015) a o spornou částku odpisu ve výši 7 367 360 Kč (zdaňovací období roku 2016), čímž došlo i ke snížení doměřené daně z příjmů právnických osob za předmětná zdaňovací období a vyčísleného penále.

5. Co se týče odpočtu na VaV (rok 2015), žalovaný konstatoval, že předmětem sporu je otázka, zda žalobce unesl důkazní břemeno a prokázal oprávněnost uplatnění odčitatelné položky na podporu VaV na ř. 242 daňového přiznání za zdaňovací období roku 2015, konkrétně zda splnil náležitosti projektu ve smyslu § 34c odst. 1 písm. e) ZDP a prokázal správnost oddělené evidence (mzdy, materiál, odpis) ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. V této souvislosti žalovaný předně uvedl, že položka odčitatelná od základu daně je daňovou kategorií a lze ji odečíst od základu daně pouze za splnění podmínek definovaných pro zdaňovací období 2015 a 2016 v § 34 odst. 4, 5 a § 34a až § 34e ZDP. Daňový subjekt tedy musí prokázat: a) existenci projektu (prospektivního dokumentu) s povinnými náležitostmi dle § 34c ZDP, b) vedení oddělené evidence výdajů (nákladů) vynaložených na realizaci projektů VaV dle § 34b odst. 1 písm. b) a c) ZDP, c) splnění věcných požadavků dle § 34b odst. 1 písm. a) ZDP, tedy že výdaje byly vynaloženy na: 1. experimentální či teoretické práce, 2. projekční a konstrukční práce, 3. výpočty, 4. návrhy technologií, 5. výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části související s realizací projektu VaV, přičemž dle Pokynu D–288 je základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasňování výzkumné či technické nejistoty. Žalovaný dále poznamenal, že právo uplatnit odpočet je beneficiem, neboť je tímto poplatníkům poskytnuta možnost uplatnit identické náklady vynaložené při realizaci VaV v základu daně podruhé (poprvé dle § 24 ZDP, podruhé dle § 34 ZDP). Je plně v rukou poplatníka a je pouze na něm, zda tohoto práva využije, přičemž pokud tak učiní, musí splnit veškeré podmínky dané zákonem. Důkazní břemeno k prokázání svých tvrzení (v tomto případě k prokázání oprávněnosti uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj v deklarované výši) nese poplatník (§ 92 odst. 3 a 4 daňového řádu).

6. Podle žalovaného správce daně neuznal odpočet na VaV uplatněný žalobcem ve výši 8 179 765 Kč na ř. 242 daňového přiznání za rok 2015 z důvodu nesplnění náležitostí projektu ve smyslu § 34c odst. 1 písm. e) ZDP a neprokázání správnosti oddělené evidence (mzdy, materiál, odpis) ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Uvedené výdaje dle žalobce souvisí s realizací projektu s názvem Projekt společnosti MB PHARMA s.r.o. Kvantifikace plasmidové DNA pomocí qPCR v roce 2015 (dále též „Projekt VaV 2015“) zahájeného dne 1. 1. 2015, s plánovanou dobou řešení do 31. 12. 2015, s plánovanou výši nákladů za zdaňovací období roku 2015 v celkové částce 8 608 000 Kč, přičemž dle projektu měl činnost odborně zajišťovat RNDr. M. M. K nesplnění podmínek dle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP žalobce v odvolání obdobně jako v průběhu daňové kontroly namítl, že jména všech osob nebylo možné v projektu uvést z objektivních příčin, neboť v průběhu let 2014 a 2015 došlo k podstatným personálním změnám v rámci jeho organizační struktury, přičemž takový případ jako výjimku z pravidla uvádí i GFŘ v dokumentu č. j. 89174/17/7100–10110–01213. Žalovaný po přezkoumání Projektu VaV 2015 a jeho náležitostí shodně se správcem daně konstatoval, že u předloženého projektu nebyly bezchybně splněny všechny zákonem stanovené náležitosti. Nedostatky byly shledány v náležitosti dle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP, kdy zákonná úprava této formální náležitosti výslovně požaduje, že projekt VaV má obsahovat „jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovně–právního vztahu k poplatníkovi“. V případě předloženého Projektu VaV 2015 je tato náležitost v projektu specifikovaná takto: „Projekt bude odborně zajišťovat (koordinovat) kvalifikovaný zaměstnanec společnosti MB PHARMA s.r.o.: RNDr. M. M., zaměstnanec na HPP – odborník v oblasti qPCR postupů“. Žádné další pracovníky zde odvolatel neuvedl. Přitom z předložených dokladů vyplývá, že do odpočtu na VaV byly zahrnuty i mzdové náklady dalších 8 osob (viz Zpráva, str. 21– 22), aniž by žalobce doložil „objektivní příčiny“ změny oproti projektu. Z předložených dohod o provedení práce, z pracovních smluv a ze seznamu zaměstnanců – ČSSZ, který je součástí postoupeného spisového materiálu (úřední záznam č. j. 1578767/21/2205–60562–303752) přitom vyplývá, že v průběhu roku 2015 došlo (u žalobce) k jediné změně, když po ukončení dohody o pracovní činnosti RNDr. L. T. byla uzavřena dohoda o pracovní činnosti s paní J. K. Ostatní pracovníci pracovali pro žalobce již v roce 2014 nebo od 1. 1. 2015. Náklady (výdaje) na mzdy těchto pracovníků (již za období leden 2015) posléze žalobce zahrnul do nákladů na VaV. Poukázat lze i na zápisy v laboratorním deníku, podle kterého (kromě v projektu uvedeného RNDr. M. M.) vykonávali činnost na projektu již od 2. 1. 2015 (tedy téměř bezprostředně po schválení projektu dne 12. 12. 2014) i další (v projektu neuvedení) pracovníci. Nelze tak přisvědčit argumentaci žalobce, že se jedná o výjimku z pravidla, resp. o případy, kdy z objektivních příčin nemohl poplatník před zahájením realizace projektu personální změny předpokládat. Nejednalo se totiž o žádnou personální výměnu pracovníků, ale z předložených podkladů je zřejmé, že se jednalo o navýšení z původně jednoho pracovníka na celý devítičlenný tým. Výjimku lze charakterizovat jako ojedinělou skutečnost mimo zaběhnutá stávající pravidla, skutečnost, která nemusí, ale výjimečně a ojediněle (z objektivních příčin) může nastat. Navýšení pracovníků u uvedeného projektu z jednoho pracovníka na devítičlenný tým tudíž nelze považovat za výjimku, která by omlouvala nesplnění jedné z povinných náležitostí projektu VaV. Projekt výzkumu a vývoje je základním a uceleným dokumentem, z čehož vyplývá, že musí bezpodmínečně obsahovat náležitosti uvedené v § 34c ZDP, tedy i náležitost uvedenou v § 34c odst. 1 písm e) ZDP. Žalovaný na podporu svých závěrů odkázal na judikaturu Nejvyššího správního soudu, konkrétně na rozsudky ze dne 18. 2. 2022, č. j. 1 Afs 5/2021–32 a ze dne 22. 7. 2022, č. j. 8 Afs 169/2020–56 a uzavřel, že souhlasí s postupem správce daně, který v dodatečném platebním výměru akcentoval nedostatek formálních náležitostí Projektu VaV 2015 spočívající v neuvedení všech osob, které budou odborně zajišťovat jeho řešení, a z uvedeného důvodu konstatoval nesplnění podmínek stanovených v § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Tento nedostatek bez dalšího znamená, že správce daně byl oprávněn uplatněný odpočet vyloučit ze základu daně v plné výši, tj. ve výši 8 179 765 Kč.

7. Ačkoliv výše uvedený závěr dle žalovaného sám o sobě postačuje k vyloučení uplatněného odpočtu na VaV ze základu daně roku 2015 v plné výši, vyjádřil se žalovaný v napadeném rozhodnutí i k odvolacím námitkám směřovaným k prokázání správnosti oddělené evidence. Konstatoval, že pokud jde o mzdové náklady (1 600 000 Kč), správci daně vznikly pochybnosti o tom, zda evidence výdajů na mzdy byla v průběhu roku vedena odděleně, když předložená tabulka mzdových nákladů střediska HLA dle měsíců obsahuje pouze celkové měsíční částky za celé středisko HLA, z nichž byla interním dokladem 31. 12. 2015 odúčtována částka 1 600 000 Kč na účet 521800 Mzdové náklady, věda a výzkum. Z této sumární tabulky nebylo zřejmé, kdy a kým byly jednotlivé části projektu prováděny, hodnoceny a kdy byly ukončeny. Také byly zahrnuty mzdové náklady dalších osob, jež v projektu nebyly uvedeny jako členové projektového týmu. Žalobce nejprve sdělil, že jinou evidenci, ze které by byla patrná detailní náplň práce jednotlivých pracovníků, nemá, v odpovědi na výzvu k prokázání skutečností (Výzva 1) ale poté předložil tabulky se zápisy s uvedením data, jména, činnosti a času od – do, jež označil za laboratorní deník. Správce daně při porovnání zápisů v laboratorním deníku a dokladů předložených v průběhu daňové kontroly zjistil nesrovnalosti v záznamech RNDr. M. a Ing. F., neboť některé zápisy o práci na projektu VaV kolidovaly s předloženými doklady o pracovních a služebních cestách (viz Zpráva, str. 25–31). S ohledem na nesrovnalosti v laboratorním deníku i na předchozí sdělení žalobce, že kromě předložených tabulek jinou evidenci u pracovníků nevedli, správce daně vyhodnotil tento důkazní prostředek jako nevěrohodný a konstatoval, že žalobce neprokázal, kdo a kdy se konkrétně na projektu VaV podílel, kolik času na řešení projektu strávil, a neprokázal ani počet celkově odpracovaných hodin na projektu VaV v roce 2015, a tím i výši mzdových nákladů zahrnutých do odpočtu na VaV (viz Zpráva, str. 30).

8. Vyjádření svědků, kteří byli k této otázce vyslechnuti, podle žalovaného nebyla zcela konkrétní, což je ovlivněno značným časovým odstupem od šetřených skutečností, nicméně z nich vyplývá, že nějaká písemná forma průběžného zaznamenávání prováděné činnosti existovala. Svědci ve výpovědích zmiňují deník nebo i laboratorní deník, což potvrzuje tvrzení žalobce, že provedená činnost při realizaci projektu byla zaznamenávána do laboratorního deníku. Jednoznačnější vyjádření svědků by s ohledem na značný časový odstup zřejmě poskytlo předložení laboratorního deníku svědkům, aby se k němu a k zápisům v něm uvedeným vyjádřili. Ani ve věci účasti osob na Projektu VaV 2015 si svědci nevzpomněli na všechny kolegy, kteří se měli podílet na řešení tohoto projektu. Tyto skutečnosti by bylo nutné došetřit např. výslechem ostatních pracovníků, jejichž mzdové náklady byly v rámci odpočtu uplatněny. Provedení dalšího šetření je však dle žalovaného nadbytečné, a to s ohledem na (výše popsaný) nedostatek zjištěný v náležitostech dokumentu Projekt VaV 2015, který bez dalšího znamená, že správce daně byl oprávněn uplatněný odpočet vyloučit ze základu daně v plné výši.

9. K evidenci kolagenázy žalovaný v napadeném rozhodnutí uvedl, že dle spisového materiálu správce daně na základě inventurních soupisů v návaznosti na vystavené faktury v roce 2015 mohlo být na řešení VaV použito maximálně 400 ks v celkové částce 257 996 Kč oproti žalobcem uplatněné částce 6 471 765 Kč (viz Zpráva, str. 22–23, 31, 61–62). K pochybnostem správce daně o správnosti uplatněné částky žalobce v odpovědi na výzvu k prokázání skutečností (Výzva 1) uvedl, že kolagenáza uvedená v inventurním soupisu nebyla použita pro účely VaV, ale v rámci projektu bylo pracováno s jinými šaržemi kolagenázy, které byly uskladněny na jiném skladu se samostatnou evidencí. Dodatečně předloženou evidenci kolagenázy na „jiném skladu se samostatnou evidencí“ správce daně nepovažoval za věrohodný důkazní prostředek prokazující, že si žalobce uplatnil odpočet na materiál (kolagenázu) na VaV v oprávněné výši, neboť čísla dokladů (příjemky a výdejky) v této nově předložené evidenci nemají návaznost na předložený účetní deník (viz str. 31 Zprávy). Ani z dokladů a písemností předložených v průběhu kontroly nevyplývá, že by žalobce měl mít nějaký materiál uskladněný na „jiném skladu se samostatnou evidencí“. Žalovaný s ohledem na odlišné číslování dokladů a absenci relevantních důkazů o „jiném skladu“ shodně se správcem daně konstatoval, že žalobce žádnými věrohodnými důkazními prostředky neprokázal, že výdaje za materiál spotřebovaný při realizaci projektu VaV uplatnil ve správné výši.

10. K odpisům chladicího boxu pak žalovaný uvedl, že správce daně ve Výzvě 1 vyjádřil pochybnosti o používání chladícího boxu výhradně pro účely projektu VaV, které vyplývaly z toho, že box byl pořízený již v roce 2013, byl tedy zřejmě používán i v roce 2014 a je reálný předpoklad, že mohl být v roce 2015 používán i pro jiné účely, než jenom pro účely předmětného projektu. Žalobce přitom v rámci odpočtu na VaV uplatnil celý roční odpis tohoto zařízení. Tím správce daně odpovídajícím způsobem prokázal, že o souladu se skutečností existují vážné a důvodné pochyby, čímž současně naplnil dikci § 92 odst. 5 daňového řádu. Bylo pak na žalobci, aby prokázal správnost svého původního tvrzení dalšími důkazy, které by toto zpochybnění jednoznačně a transparentně vyvrátily, popřípadě aby svá tvrzení korigoval. Došlo tedy k přenesení důkazního břemene zpět na žalobce, který ho však neunesl, neboť pouze setrval u tvrzení a žádné relevantní důkazní prostředky k věci nepředložil. Svědecké výpovědi sice potvrdily využívání chladicích boxů, což v průběhu daňové kontroly nebylo rozporováno, i proto správce daně ponechal daňový odpis chladících zařízení v daňově účinných nákladech. Výpovědi svědků však jednoznačně nepotvrdily, že chladicí box inv. č. 13DIM0002 byl v roce 2015 využíván pouze pro výše uvedený projekt. Žalobcem navržené svědecké výpovědi tedy nebyly způsobilé změnit závěry správce daně uvedené ve Zprávě ohledně neprokázání výhradního užívání chladicího boxu pro účely Projektu VaV 2015 a s tím souvisejícího odpisu zahrnutého do odpočtu na VaV.

11. Co se týče odpočtu na VaV (rok 2016), žalovaný v napadeném rozhodnutí uvedl, že správce daně neuznal část odpočtu na VaV uplatněného na ř. 242 daňového přiznání za rok 2016 ve výši 1 296 844 Kč, konkrétně částku ve výši 160 800 Kč odpovídající uplatněným mzdovým nákladům, a to z důvodu neprokázání správnosti oddělené evidence mezd ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Jak vyplývá ze spisového materiálu a ze Zprávy (viz str. 47–53, 63), z důvodu zjištěných nesrovnalostí mezi evidencí práce dle laboratorního deníku a skutečností vyplývající z účetnictví, kdy ve dnech 15.–16. 3. 2016, 18.–19. 7. 2016 a 6. 12. 2016 byla v laboratorním deníku vykázána činnost na realizaci Projektu VaV 2016, ale podle účetních dokladů byl RNDr. M. M. v těchto dnech na služebních cestách mimo pracoviště v Ostravě, vyhodnotil správce daně předloženou evidenci práce ve formě laboratorního deníku za nevěrohodnou a z odpočtu na VaV vyloučil celou částku uplatněných mzdových nákladů. Žalovaný se nicméně nepřiklonil ke kategorickému závěru správce daně o nevěrohodnosti všech údajů v laboratorním deníku a posoudil spornou částku ve výši 160 800 Kč odlišně, neboť za neprokázanou ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP považuje pouze částku 7 990 Kč odpovídající mzdovým nákladům za sporné dny. Z uvedených důvodů snížil základ daně za zdaňovací období roku 2016 o částku 152 810 Kč (tj. 160 800 Kč – 7 990 Kč), čímž došlo i ke snížení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016.

12. V žalobě proti napadenému rozhodnutí žalobce předně poukázal na to, že cílem správy daní je v souladu s ustanovením § 1 odst. 2 daňového řádu správné zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady. Správce daně je tak povinen zjišťovat, posuzovat a přihlížet ke všem skutečnostem, které v rámci správy daní vyjdou najevo, a to bez ohledu na to, zda jsou ve prospěch či v neprospěch daňového subjektu. Žalobce připomenul též nález ze dne 18. 4. 2006, sp. zn. II. ÚS 664/04, ve kterém Ústavní soud mimo jiné konstatoval, že při výběru daní nelze vycházet pouze z fiskálního zájmu státu, cílem musí být vybrání daně ve výši správně stanovené. Dále žalobce uvedl, že materiální hledisko cíle správy daní není jediným korektivem jednání orgánů finanční správy, neboť ty jsou rovněž povinny postupovat v souladu se základními zásadami daňového řízení uvedenými v ustanoveních § 5 až § 9 daňového řádu. Z nich žalobce jmenovitě zmínil zásadu přiměřenosti, zásadu volného hodnocení důkazů a zásadu materiální pravdy. Dle přesvědčení žalobce orgány finanční správy v nyní projednávané věci nepostupovaly v souladu s materiálním hlediskem cíle správy daní a ani v souladu se základními zásadami daňového řízení.

13. Následně se žalobce vymezil proti závěru žalovaného o nedostatku formálních náležitostí Projektu VaV 2015 spočívajícím v neuvedení všech osob, které budou odborně zajišťovat jeho řešení, na jehož základě žalovaný konstatoval nesplnění podmínek stanovených v § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Žalobce má za to, že se orgány finanční správy dopustily při hodnocení projektu výzkumu a vývoje s názvem „Kvantifikace plasmidové DNA pomocí qPCR v roce 2015“ (Projekt VaV 2015), a to zejména u výčtu osob odborně se podílejících se na řešení předmětného projektu, nepřiměřené přísnosti, aniž by v souladu se zásadou volného hodnocení důkazů a materiální pravdy vzaly v potaz skutkové okolnosti daného případu, které svědčí o oprávněnosti uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj. Dle žalobce nebylo před zahájením realizace Projektu VaV 2015 z objektivních příčin možné vymezit jména všech osob, které budou na předmětném projektu podílet, neboť v průběhu let 2014 a 2015 došlo k podstatným personálním změnám v rámci jeho organizační struktury. Orgány finanční správy se však zejména dopustily nepřípustného formalismu, když v zásadě žádným způsobem nezkoumaly povahu činností vykonávaných jednotlivými pracovníky v rámci Projektu 2015, respektive nerozlišovaly, zda ta která osoba ve skutečnosti odborně zajišťovala řešení Projektu 2015, či zda se jednalo o osobu, která se na Projektu 2015 podílela toliko pomocnou, nekvalifikovanou prací, jejíž podstatou nebylo zajištění odborného řešení Projektu 2015. Žalobce zdůraznil, že odbornou část Projektu 2015 zajišťoval toliko RNDr. M. M., u kterého byly v Projektu 2015 uvedeny údaje o jeho kvalifikaci a pracovněprávním vztahu k žalobci. Ostatní pracovníci, konkrétně: – K. R., která působila na pozici laborantky provádějící qPCR analýzu; – M. K., který působil na pozici technického pracovníka provádějícího izolaci nukleových kyselin; – L. G., která působila na pozici laborantky provádějící qPCR analýzu; – M. B., který působil na pozici laboranta provádějícího qPCR analýzu; – J. B., který působil na pozici technického pracovníka provádějícího izolaci nukleových kyselin; – V. F., který působil na pozici technického pracovníka provádějícího izolaci nukleových kyselin; – L. T., která působila na pozici laborantky provádějící qPCR analýzu; – J. K., která působila na pozici technické pracovnice provádějící izolaci nukleových kyselin se sice na předmětném vědeckém zkoumání podíleli, avšak nikoliv v rovině jeho odborného zajištění. Jinými slovy, na samotném popisu Projektu VaV 2015 byl uveden pouze specialista v oblasti qPCR (tj. RNDr. M. M.), přičemž ostatní shora jmenovaní pracovníci mající prokazatelně pracovněprávní vztah k žalobci, jejichž osobní náklady byly následně zahrnovány do odpočtu na výzkum a vývoj, nemuseli být v Projektu VaV 2015 uvedeni, neboť v pozicích laborantů a technických pracovníků vykonávali toliko pomocné práce a zpracovávali dílčí procesy bez odborného vlivu na materiální výsledek vědeckého zkoumání. Tento závěr dle mínění žalobce podporuje nejen publikovaný názor Ing. P. Š., jenž žalobce v žalobě citoval, ale též judikatura správních soudů (žalobce na tomto místě citoval z rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové, ze dne 09. 12. 2020, č. j. 52 Af 40/2019–104 a dále z rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 21. 12. 2020, č. j. 29 Af 149/2018–61).

14. Žalobce dále namítl, že dostatečným způsobem prokázal, že konkrétní pracovníci, kteří se měli na Projektu VaV 2015 podílet, pracovali na konkrétní činnosti výzkumu a vývoje, a to v konkrétní dobu, přičemž tyto skutečnosti jsou mimo jiné zachyceny v předloženém laboratorním deníku jakožto evidenci prokazatelně konkretizující ten který výdaj nejen ve vazbě na účetnictví, ale rovněž ve vazbě na výzkumně–vývojovou činnost. Dle žalobce není pochyb o tom, že se dotčení pracovníci na činnostech výzkumu a vývoje v rámci Projektu VaV 2015 podíleli, o čemž ostatně svědčí samotný materiální výstup předmětného projektu v podobě Australian certificate of grant standard patent no. 2018333356, evropského patentu číslo 3682013 a United States Patent no. US 11,220,666 B2, patentový spis, číslo přihlášky 2017–797, číslo dokumentu 307 743 a patentový spis, číslo přihlášky 2017–537, číslo dokumentu 308 157, či svědecké výpovědi.

15. Žalobce se nadto ohradil proti postupu orgánů finanční správy, které toliko na základě několika dílčích administrativních pochybení v případě dvou pracovníků (RNDr. M. M. a Ing. V. F.) zcela nepřípustným způsobem vylučují v zásadě celý uplatněný mzdový náklad zahrnutý do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, byť v bodě 128 napadeného rozhodnutí žalovaný obdobné argumentaci žalobce vyhověl, jak plyne z jeho konstatování: „Je však zřejmé, že předmětných materiálních výstupů by nebylo dosaženo bez činnosti, kterou měla podle Projektu VaV 2016 provádět pouze jedna osoba, a to RNDr. M. M. S ohledem na tuto skutečnost a také na to, že kromě nesrovnalostí, které odvolatel nepopírá a považuje je za administrativní pochybení, údaje uvedené v laboratorním deníku správce daně konkrétně nerozporoval, se odvolací orgán v tomto konkrétním případě nepřiklání ke kategorickému závěru správce daně o nevěrohodnosti všech údajů v laboratorním deníku“.

16. Žalobce nesouhlasí ani se závěrem žalovaného týkajícím se evidence kolagenázy a setrvává ve svém přesvědčení, že ve vztahu k Projektu VaV 2015 splnil veškeré potřebné předpoklady pro uplatnění odpočtu VaV. Celý výzkumný Projekt VaV 2015 se zabýval zejména experimenty, které vyústily k finalizaci a postupné certifikaci dvou komerčních produktů, a to Collagenase MB a Lyzodol®. Kolagenáza má budoucí slibný potenciál pro léčbu diabetes melitus zaměřenou na transplantaci nefunkčních Langerhansových ostrůvků příjemci a směs bakteriálních lyzátů ve formě doplňku stravy pod názvem LYZODOL® je od roku 2016 uvedena na trh. Oba produkty jsou patentově chráněny. Konkrétní výstupy z Projektu VaV 2015 jsou tedy bezpochyby prokázány. Orgány finanční správy však nepřípustným a nepřiměřeným způsobem vylučují celý uplatněný náklad spjatý s materiálem zahrnutý do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Namísto toho, aby žalovaný hodnotil jednotlivé nákladové skupiny zvlášť, a řádně tak rozlišoval věcnou stránku věci, vylučuje veškeré náklady zahrnuté do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje en bloc toliko na základě tvrzeného parciálního pochybení u mzdových nákladů. Jestliže žalovaný shledal údajné pochybení u mzdových nákladů, měl se uchýlit toliko k jejich poměrnému snížení v rámci nákladů zahrnutých do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje a ostatní náklady (tj. v daném případě náklady spjaté s materiálem) ponechat v uplatněné výši.

17. Žalobce namítl též nesprávnost závěru žalovaného, který se týká odpisů chladícího boxu. Orgánům finanční správy vytýká, že nepřípustným a nepřiměřeným způsobem vylučují celý uplatněný náklad spjatý s odpisy chladícího boxu zahrnutý do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Namísto toho, aby žalovaný hodnotil jednotlivé nákladové skupiny zvlášť, a řádně tak rozlišoval věcnou stránku věci, vylučuje veškeré náklady zahrnuté do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje en bloc toliko na základě tvrzeného parciálního pochybení u mzdových nákladů. Jestliže žalovaný shledal údajné pochybení u mzdových nákladů, měl se uchýlit toliko k jejich poměrnému snížení v rámci nákladů zahrnutých do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje a ostatní náklady (tj. v daném případě náklady spjaté s daňovými odpisy) ponechat v uplatněné výši.

18. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu zamítl. Ve vyjádření k žalobě předně podotkl, že žalobní námitky byly žalobcem de facto uplatněny již v rámci odvolacího řízení. Postoj žalovaného ohledně těchto námitek je seznatelný z napadeného rozhodnutí, v němž se žalovaný vyčerpávajícím způsobem vypořádal s předmětnou věcí, a to jak po stránce skutkové, tak po stránce právní. Vzhledem k tomu, že žalovaný na svých dosavadních závěrech zcela setrvává, odkázal v plném rozsahu na odůvodnění napadeného rozhodnutí.

19. Žalovaný konstatoval, že právo poplatníka na uplatnění odčitatelné položky od základu daně ve formě výdajů (nákladů) vynaložených při realizaci projektu VaV, tedy tzv. dvojí uplatnění nákladů (tedy dle § 24 ZDP a dále dle § 34 ZDP), je výrazným benefitem, a proto je na místě jej svázat s dosti formálními a detailními požadavky. Jedním z těchto požadavků je splnění formální náležitosti projektu VaV ve smyslu § 34c odst. 1 písm. e) ZDP, tedy uvedení jmen všech osob, jež odborně zajišťují nebo budou zajišťovat řešení projektu, včetně jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi. Žalobce v Projektu VaV 2015 toliko uvedl, že jej bude zajišťovat (koordinovat) jeho zaměstnanec RNDr. M. M.; žádní jiní pracovníci žalobce již v předmětném projektu uvedeni nebyli. Nicméně do odpočtu na podporu VaV žalobce bez dalšího, tedy bez doložení objektivních příčin pro změnu projektu, zahrnul i mzdové náklady dalších 8 osob – zaměstnanců žalobce (Mgr. K. R., Mgr. M. K., L. G., Mgr. M. B., RNDr. J. B., CSc., Ing. V. F., RNDr. L. T., J. K.), které však v Projektu VaV 2015 vymezeny nebyly. V tomto ohledu nebyly u předmětného projektu splněny zákonem stanovené formální náležitosti dle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Minimálně již v době schválení předmětného projektu byla žalobci známa jména pracovníků, jež se budou podílet na jeho řešení, tudíž žalobcem tvrzenou personální situaci nelze klasifikovat jinak než jako navýšení pracovníků, kteří se od samého začátku podíleli na řešení Projektu VaV 2015, z jednoho pracovníka RNDr. M. M. na devítičlenný tým.

20. Podle žalovaného se nelze ztotožnit s argumentací žalobce, že odbornou část Projektu VaV 2015 zajišťoval toliko RNDr. M. M., přičemž ostatní pracovníci vykonávali „toliko“ pomocné práce, a proto nemuseli být v projektu uvedeni. V této souvislosti si nelze nepovšimnout jistého argumentačního progresu u žalobce, který nejprve v odvolacím řízení tvrdil, že nemohl pracovníky v předmětném projektu vymezit z důvodu podstatných personálních změn v rámci jeho organizační struktury, aby následně v žalobě konstatoval, že tito pracovníci vykonávali „toliko pomocné práce a zpracovávali dílčí procesy bez odborného vlivu“. Žalovanému sice nepřísluší posuzovat odbornost či kvalifikaci osob podílejících se na řešení předmětného projektu (na rozdíl od posuzování jeho formálních náležitostí), nicméně za situace, kdy se pracovní tým tvořený z těchto pracovníků od samého počátku podílel na řešení Projektu VaV 2015, měl být v tomto projektu také i vymezen, neboť se dozajista nejednalo o tým pracovníků, kteří se „jen mohli“ účastnit na jeho řešení, nýbrž se jednalo o specializovanou vysoce kvalifikovanou skupinu osob odborně se podílejících, a tedy i zajišťujících řešení Projektu VaV 2015.

21. Žalovaný odkázal na závěr rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2021 ve věci sp. zn. 1 Afs 163/2021, z nějž plyne, že trvání na požadavcích pro splnění formálních náležitostí projektu VaV současně představuje „jeden z nástrojů proti zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj, a to především s ohledem na jeho atraktivitu pro daňové subjekty, spočívající v daňovém zvýhodnění skrze ‚druhý‘ odpočet výdajů od základu daně“, jakož i na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 2. 2022, sp. zn. 1 Afs 5/2021, v jehož bodě 13 je uvedeno, že: „Jestliže je projekt výzkumu a vývoje prospektivním dokumentem (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 Afs 60/2014 – 56), je třeba trvat na tom, aby bylo předem určeno, kteří zaměstnanci a s jakou kvalifikací se budou na výzkumu a vývoji podílet.“ Tvrzení žalobce týkající se nepřípustného formalismu označil žalovaný za zcela liché, neboť se zabýval všemi žalobcem uvedenými skutkovými i jinými okolnostmi, které však nebyly sto zvrátit závěr o nesplnění formálních podmínek pro uplatnění daňového odpočtu.

22. Co se týče žalobní námitky týkající se vedení oddělené evidence mzdových nákladů, žalovaný odkázal na body [105] až [113] napadeného rozhodnutí, kde se touto problematikou zabýval. Co se týče materiálního výstupu předmětného projektu (viz patentový spis, potvrzení o udělení australského, evropského a amerického patentu na kolagenázu), žalovaný zdůraznil, že samotné naplnění cíle Projektu VaV 2015 souvisí toliko s jeho věcnou stránkou, avšak na otázku, zda a jak byla vedena oddělená evidence mzdových nákladů ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, nedává uvedený materiální výstup projektu žádnou odpověď. Dodal, že otázka, zda byly mzdové výdaje vedeny odděleně, byla posuzována spíše okrajově a pro dokreslení dané věci, a žalovaný tak pro nadbytečnost již v tomto směru neprováděl další šetření.

23. Ohledně žalobcova odkazu na bod [128] napadeného rozhodnutí žalovaný zdůraznil, že uvedený bod se týká zdaňovacího období roku 2016, kdy se na projektu s názvem „Proces testování při přípravě výrobních postupů kolegenázy, související analytické metody, standardizace dokumentace ve formě SOP (kultivace, izolace enzymu), příprava pro konzultaci na SUKL“ (dále jen „Projekt VaV 2016“) podílel a odborně jej zajišťoval RNDr. M. M. a kde byly uplatněny mzdové výdaje tohoto pracovníka ve výši 160.800 Kč. Jiní pracovníci v uvedeném projektu uvedeni nebyli a ani nebyly uplatňovány jiné mzdové výdaje. Z uvedeného je tak evidentní odlišný skutkový základ Projektu VaV 2015 a Projektu VaV 2016, přičemž u Projektu VaV 2016 formální nedostatky ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP nebyly shledány. Nelze tak přisvědčit tvrzení žalobce, že jeho argumentace stran administrativního pochybení u vedení oddělené evidence mzdových výdajů u obou těchto projektů byla posuzována odlišně.

24. Pokud jde o evidenci kolagenázy a odpisu chladícího boxu, žalovaný nejprve opětovně uvedl, že samotný materiální výstup Projektu VaV 2015 nemá vliv na posouzení naplnění podmínek uvedených v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Žalovaný nerozporuje naplnění cíle předmětného projektu, nicméně splnění vytýčeného cíle projektu v dané věci není dostačujícím předpokladem pro přiznání nároku na odpočet VaV. V řízení nebylo prokázáno, že výdaj za materiál spotřebovaný při realizaci předmětného projektu byl žalobcem uplatněn ve správné výši, a to s ohledem na odlišné číslování dokladů a absenci relevantních důkazních prostředků týkajících se „jiného skladu“. Ani ve věci daňového odpisu chladícího boxu žalobce neunesl důkazní břemeno stran splnění podmínek pro uplatnění tohoto daňového odpisu v rámci odpočtu na podporu VaV. Žalovaný opětovně zdůraznil, že v případě Projektu VaV 2015 nebyly splněny formální náležitosti dokumentu podle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP, což má samo o sobě za následek nemožnost uplatnit odpočet na podporu VaV, resp. jeho vyloučení v plné výši, pročež v takovém případě již není obecně třeba zabývat se splněním ostatních zákonných podmínek pro daňový odpočet na podporu VaV. Další zkoumání přípustnosti nákladů spojených s materiálem (kolagenázy) a daňového odpisu chladícího boxu, zahrnutých do odpočtu na podporu VaV, je tedy nadbytečné, nehledě k tomu, že v těchto otázkách neunesl žalobce své důkazní břemeno.

25. Žalovaný závěrem svého vyjádření uvedl, že jak správce daně, tak i žalovaný postupovali v řízení tak, aby skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji, o čemž svědčí vydání výzev k prokázání skutečností, čímž došlo k přechodu důkazního břemene na žalobce. V dalším řízení žalobce vždy dostal příležitost vyjádřit se k závěrům správce daně, potažmo žalovaného, a předložit důkazy, kterými by pochybnosti vyvrátil. S ohledem na následné neunesení důkazního břemene, resp. vzhledem k nenaplnění formálních podmínek Projektu VaV 2015 nemůže žalobce spravedlivě požadovat odpočet uplatňovaných nákladů na podporu VaV a nadto se dovolávat popření základního cíle správy daní a porušení základních zásad daňového řízení.

26. V replice k vyjádření žalovaného žalobce poznamenal, že vyjádření nepřináší žádné nové rozhodné okolnosti, jež by měly vliv na nyní projednávanou věc, a žalovaný se v něm dostatečným způsobem nevypořádal s uplatněnými žalobními důvody a odkazovanou judikaturou. Žalobkyně proto setrvává na na tom, že orgány finanční správy se při hodnocení Projektu VaV 2015 dopustily nepřiměřené přísnosti, a to zejména u výčtu osob odborně se podílejících na řešení předmětného projektu, když nevzaly v potaz objektivní příčiny, pro které nebylo možné vymezit jména všech osob podílejících se na tomto projektu, natožpak aby zkoumaly povahu činností vykonávaných jednotlivými pracovníky v rámci projektu. Žalobce dostatečně prokázal, že konkrétní pracovníci, kteří se měli na Projektu VaV 2015 podílet, pracovali na konkrétní činnosti výzkumu a vývoje, a to v konkrétní dobu, přičemž tyto skutečnosti jsou mimo jiné zachyceny v předloženém laboratorním deníku jakožto evidenci prokazatelně konkretizující ten který výdaj nejen ve vazbě na účetnictví, ale rovněž ve vazbě na výzkumně–vývojovou činnost. K evidenci kolagenázy a odpisům chladícího boxu žalobce v replice zopakoval, že pokud žalovaný shledal údajné pochybení u mzdových nákladů, měl se uchýlit toliko k jejich poměrnému snížení v rámci nákladů zahrnutých do daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje a ostatní náklady (tj. náklady spjaté s materiálem a daňovými odpisy) měl ponechat v uplatněné výši.

27. Při ústním jednání před soudem konaném dne 11. 4. 2024 setrvali účastníci na svých dosavadních procesních stanoviscích. Žalobce prostřednictvím svého právního zástupce odkázal na žalobu a v ní uplatněné námitky. Konstatoval, že vyloučení odpočtu na VaV ze základu daně je v napadeném rozhodnutí vystavěno na závěru žalovaného o formálním nedostatku Projektu VaV 2015, který ale dle přesvědčení žalobce neexistuje. Je skutečností, že v Projektu VaV 2015 bylo uvedeno pouze jméno RNDr. M. M. Nebylo zapotřebí v něm uvádět ostatní pracovníky, kteří se na projektu podíleli, neboť měli jen pomocnou úlohu; projekt odborně zajišťoval pouze RNDr. M. M. Žalovaný v dané věci pochybil, protože nezjišťoval, jaké činnosti vykonávali ostatní pracovníci, kteří se na projektu podíleli. Žalovaný při ústním jednání před soudem odkázal na napadené rozhodnutí a vyjádření k žalobě. Akcentoval, že jádrem sporu je odpočet na VaV, což je významný daňový benefit, s čímž jsou spojeny vyšší nároky jak na formální, tak i na věcnou stránku projektu. Žalobce nejprve argumentoval organizačními změnami, které ale správce daně nezjistil. Posléze otočil a začal tvrdit, že ostatní zaměstnanci, kteří se na projektu podíleli, byli jen pomocní pracovníci. S tím ovšem žalovaný nesouhlasí. Nešlo jen o pomocné pracovníky; odbornost je zřejmá z jejich náplně práce.

28. Při rozhodování o žalobě soud vycházel zejména z této právní úpravy:

29. Podle § 34 odst. 4 ZDP (ve znění účinném pro zdaňovací období roku 2015) od základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.

30. Podle § 34c odst. 1 ZDP projektem výzkumu a vývoje se rozumí dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a který obsahuje a) základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou 1. obchodní firma nebo název a adresa sídla poplatníka, je–li poplatníkem daně z příjmů právnických osob, 2. jméno, adresa sídla podnikatele a adresa místa trvalého pobytu poplatníka, je–li poplatníkem daně z příjmů fyzických osob, 3. daňové identifikační číslo, pokud bylo přiděleno, b) dobu řešení projektu, kterou je doba ode dne zahájení do dne ukončení řešení projektu, c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, d) předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu, e) jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, g) den a místo schválení projektu, h) jméno a podpis odpovědné osoby za projekt výzkumu a vývoje.

31. Podle § 34b odst. 1 ZDP výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které a) poplatník vynaložil při realizaci projektu výzkumu a vývoje na 1. experimentální či teoretické práce, 2. projekční a konstrukční práce, 3. výpočty, 4. návrhy technologií, 5. výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části související s realizací projektu výzkumu a vývoje, b) jsou výdaji (náklady) na dosažení zajištění a udržení příjmů a c) jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).

32. Podle § 92 odst. 3 daňového řádu daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních.

33. Podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu správce daně prokazuje skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem.

34. Po provedeném řízení soud dospěl k závěru, že žaloba, jejíž žalobní body směřují výlučně proti závěrům žalovaného týkajícím se daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2015, není důvodná.

35. Nelze než přisvědčit závěru žalovaného, že žalobcem zpracovaný Projekt VaV 2015 v rozporu s § 34c odst. 1 písm. e) ZDP neobsahoval zákonem vyžadovanou náležitost, a sice jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi. Žalobce v Projektu VaV 2015 uvedl, že „Projekt bude odborně zajišťovat (koordinovat) kvalifikovaný zaměstnanec společnosti MB PHARMA s.r.o.: RNDr. M. M., zaměstnanec na HPP – odborník v oblasti qPCR postupů“. Z výsledků daňového řízení je ale zřejmé, že řešení projektu odborně zajišťovali i další výše jmenovaní zaměstnanci žalobce, jejichž mzdové náklady žalobce následně zahrnul do odpočtu na podporu VaV. Soud neuvěřil žalobci, že tito další zaměstnanci vykonávali pouze pomocnou, nekvalifikovanou práci. Již ze samotného názvu projektu, jehož předmětem byla „Kvantifikace plasmidové DNA pomocí qPCR“, lze usuzovat na to, že se jednalo o projekt vysoce odborně zaměřený, na jehož zajišťování mohly participovat pouze odborně erudované osoby. Tomu ostatně nasvědčuje i skutečnost, že většina z osmi zaměstnanců žalobce, kteří na projektu pracovali, byly vysokoškolsky vzdělané osoby (Mgr. K. R., Mgr. M. K., Mgr. M. B., Ph.D., RNDr. J. B., CSc., Ing. V. F., RNDr. L. T.). Takto kvalifikované osoby by žalobce zajisté nepověřil výkonem pomocných, nekvalifikovaných prací.

36. Sám jednatel žalobce RNDr. M. M. do protokolu při ústním jednání konaném dne 9. 4. 2019 k dotazu správce daně, jaké konkrétní činnosti prováděli jednotliví pracovníci a zaměstnanci u Projektu VaV 2015, uvedl, že „prováděli laboratorní a výzkumné činnosti“, což v žádném případě nelze ztotožnit s prováděním pomocných prací. Nepravdivost žalobcova tvrzení, že odbornou část Projektu 2015 zajišťoval toliko RNDr. M. M., zatímco ostatní pracovníci se sice na předmětném vědeckém zkoumání podíleli, avšak nikoliv v rovině jeho odborného zajištění, neboť vykonávali toliko pomocné práce a zpracovávali dílčí procesy bez odborného vlivu na materiální výsledek vědeckého zkoumání, prokazují také v řízení provedené výslechy svědků – dalších zaměstnanců žalobce participujících na předmětném projektu. Konkrétně lze poukázat na výpověď RNDr. J. B., CSc., jenž při jednání konaném dne 9. 7. 2021 za účasti zástupce žalobce mj. vypověděl, že všechny roky, co pracoval pro žalobce, pracoval „jako vědecký pracovník, problematika vědy a výzkumu a vývoje. Měl jsem na starosti odborné věci.“ Na otázku správce daně, v jaké pozici ve společnosti pracoval, jmenovaný svědek odpověděl, že „jako odborný pracovník pro vývoj a výzkum.“ Svědek dále uvedl, že v letech 2015 a 2016 „zodpovídal za odbornou problematiku, která se týkala aktuálně řešených témat.“ Mgr. M. B., Ph.D., při jednání konaném dne 18. 8. 2021 za účasti zástupce žalobce v rámci své svědecké výpovědi na otázku správce daně, v jaké pozici ve společnosti pracoval, odpověděl slovy: „Jsem odborný pracovník doteďka ve vědě a výzkumu.“ Jeho odpověď na otázku správce daně, co bylo náplní jeho práce, zněla takto: „To byla odborná činnost související s výzkumnými projekty a jinými vývojovými činnostmi ve firmě.“ 37. Ani soud nepřehlédl značný argumentační posun, k němuž v průběhu času došlo u žalobce. Ten v řízení před správcem daně nikdy netvrdil, že by jeho další zaměstnanci, jejichž mzdové náklady žalobce rovněž zahrnul do odpočtu na podporu VaV, vykonávali při realizaci Projektu VaV 2015 pouze pomocnou, nekvalifikovanou práci (proto se také správce daně a žalovaný touto otázkou blíže nezabývali), ale v průběhu daňové kontroly a stejně tak i v odvolání se hájil výhradně tím, že jména všech zaměstnanců nebylo možné v Projektu VaV 2015 uvést z objektivních příčin, neboť v průběhu let 2014 a 2015 došlo k podstatným personálním změnám v rámci jeho organizační struktury. Žalovaný nicméně v napadeném rozhodnutí pravdivost této žalobcovy argumentace vyvrátil. Poukázal přitom na zjištění vyplývající z předložených dohod o provedení práce, pracovních smluv, seznamu zaměstnanců žalobce a laboratorního deníku, podle kterých v průběhu roku 2015 došlo (u žalobce) pouze k jediné změně spočívající v tom, že po ukončení dohody o pracovní činnosti RNDr. L. T. byla uzavřena dohoda o pracovní činnosti s paní J. K. Ostatní pracovníci, jejichž mzdové náklady žalobce následně zahrnul do odpočtu na podporu VaV, pro žalobce pracovali již v roce 2014 nebo nejpozději od 1. 1. 2015. Soud se s ohledem na tato zjištění plně ztotožňuje s názorem žalovaného, že na straně žalobce nedošlo k žádné podstatné personální změně, jež by mu bránila uvést v Projektu VaV 2015 jména ostatních zaměstnanců odborně zajišťujících řešení tohoto projektu. Nutno dodat, že žalobce v žalobě sice zopakoval i svou tezi o podstatných personálních změnách v rámci jeho organizační struktury, tyto však nijak nespecifikoval a nedoložil, a neuvedl ani žádné jiné skutečnosti, které by byly způsobilé zpochybnit správnost opačných závěrů žalovaného, jež vycházejí z konkrétních skutkových zjištění.

38. Pokud žalobce vytkl žalovanému orgánům finanční správy nepřiměřenou přísnost a nepřípustný formalismus, jehož se podle něj měly dopustit při hodnocení Projektu VaV 2015 z hlediska splnění podmínek stanovených v § 34c odst. 1 písm. e) ZDP, učinil tak neprávem. Žalobce, stejně jako kterýkoliv jiný daňový subjekt uplatňující odpočet na VaV, zkrátka musí akceptovat skutečnost, že ZDP předepisuje řadu materiálních a formálních podmínek, jejichž splnění je nutné k uznání odpočtu nákladů od základu daně. Jednou z nich je vypracování a včasné předložení formalizovaného projektu výzkumu a vývoje, jehož konkrétní povinné náležitosti výslovně stanoví citovaný zákon. Projekt výzkumu a vývoje, jenž slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt v budoucnu správci daně prokáže nárok na uplatnění odpočtu na VaV, není dokumentem samoúčelným. Jedná se o výchozí předpoklad pro uplatnění odečitatelné položky výzkumu a vývoje a současně o jeden z nástrojů proti zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj, a to především s ohledem na jeho atraktivitu pro daňové subjekty. Odpočet na VaV představuje výjimku ze základního daňového principu, podle nějž platí, že jeden výdaj lze v základu daně uplatnit u téhož poplatníka pouze jednou. O výdaje (náklady) uplatněné v rámci odpočtu na VaV si totiž daňový subjekt již jednou snížil základ daně a výdaje uplatňuje podruhé. Jde tedy de facto o daňový bonus, jehož využití zvýhodňuje daňový subjekt i oproti jiným subjektům na trhu, a poskytuje mu tak konkurenční výhodu. Tato skutečnost již sama o sobě implikuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti. Jde–li tudíž o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených. Bezchybné formální náležitosti, resp. existence kvalitně zpracovaného projektu ještě před zahájením jeho realizace, jsou základní podmínkou pro bezproblémové uplatnění odpočtu (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2020 č. j. 8 Afs 72/2018–52).

39. Jak Nejvyšší správní soud výslovně konstatoval v rozsudku ze dne 22. 7. 2022 č. j. 8 Afs 169/2020–56, „požadavek daňových orgánů na předložení řádných projektů obsahujících všechny zákonem stanovené náležitosti není projevem přepjatého formalismu. Nejedná se pouze o formální administrativní informace, ale o podstatné náležitosti projektu, které správci daně umožňují věcnou kontrolu toho, zda byly výdaje vynaloženy za účelem předpokládaným v § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, tj. zda byla v rámci projektu realizována výzkumná a vývojová činnost. Na řádnosti této dokumentace je nezbytné trvat i s ohledem na to, aby bylo zabráněno spekulativnímu a účelovému uplatňování odpočtů (srov. rozsudek NSS čj. 7 Afs 411/2019 54, bod 45, a tam citovanou judikaturu).“ V témže rozsudku Nejvyšší správní soud dovodil, že „nesplnění jedné z formálních náležitostí podle § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů má za následek nemožnost uplatnit odpočet podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů (srov. rozsudek NSS čj. 6 Afs 60/2014– 56, bod 47, nebo rozsudek NSS z 27. 4. 2017, čj. 7 Afs 261/2016–20, bod 22). V takovém případě již není obecně třeba zabývat se splněním ostatních zákonných podmínek pro odpočet výdajů na výzkum a vývoj.“ (poznámka soudu: formální náležitosti projektu výzkumu a vývoje byly do 31. 12. 2013 upraveny v ustanovení § 34 odst. 5 ZDP)

40. V napadeném rozhodnutí žalovaný přiléhavě poukázal též na rozsudek ze dne 18. 2. 2022 č. j. 1 Afs 5/2021–32, v němž se Nejvyšší správní soud výslovně vyjádřil k formální náležitosti projektu výzkumu a vývoje zakotvené v § 34c odst. 1 písm. e) ZDP ve znění účinném od 1. 1. 2014. Uvedl přitom, že „(f)ormální náležitosti tedy nejsou pouze doplňkem, jehož nesplnění by bylo možné zhojit předložením jiných podkladů. Naopak jde o náležitosti, které zákonodárce spojil s nárokem na odpočet, který je svou povahou pro daňové subjekty výhodný a atraktivní. Tato skutečnost přitom odůvodňuje to, aby požadavky na splnění podmínek takového odpočtu byly přísnější. Jinak řečeno, zákon o daních z příjmů stanoví řadu materiálních a formálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně. Jednou z nich je vypracování a předložení formalizovaného projektu výzkumu a vývoje, jehož konkrétní povinné náležitosti stanoví zákon o daních z příjmů (viz rozsudek kasačního soudu č. j. 6 Afs 60/2014 – 56 nebo rozsudky ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017 – 56, či ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018 – 113). Trvání na požadavcích pro splnění formálních náležitostí projektu výzkumu a vývoje současně představuje „jeden z nástrojů proti zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj, a to především s ohledem na jeho atraktivitu pro daňové subjekty, spočívající v daňovém zvýhodnění skrze ‚druhý‘ odpočet výdajů od základu daně“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2021, č. j. 1 Afs 163/2021 – 52).“ V témže rozsudku Nejvyšší správní soud dospěl k tomuto závěru: „Jestliže je projekt výzkumu a vývoje prospektivním dokumentem (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 Afs 60/2014 – 56), je třeba trvat na tom, aby bylo předem určeno, kteří zaměstnanci a s jakou kvalifikací se budou na výzkumu a vývoji podílet.“ (podtržení přidáno Městským soudem v Praze)

41. Z výše citovaných judikatorních závěrů je zřejmé, že správce daně ani žalovaný nikterak nepochybili, jestliže se v daňovém řízení zaměřili též na posouzení otázky, zda žalobcův Projekt VaV 2015 obsahuje formální náležitost stanovenou v § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Tento postup finančních orgánů, stejně jako nepřiznání nárokovaného odpočtu na VaV žalobci na základě zjištění, že žalobce porušil zmíněné ustanovení zákona, neboť v předmětném projektu prokazatelně neuvedl jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, je zcela v souladu se zákonem a v žádném případě jej nelze označit za nepřiměřenou přísnost či za nepřípustný formalismus.

42. Nedostatek formální náležitosti žalobcova Projektu VaV 2015, v němž v rozporu s § 34c odst. 1 písm. e) ZDP nebyla uvedena jména všech osob, které odborně zajišťovaly řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, byl dostatečným důvodem pro vyloučení žalobcem uplatněného odpočtu na VaV ze základu daně v plné výši. Řečeno jinými slovy, vytčený nedostatek Projektu VaV 2015 měl bez dalšího za následek nemožnost uplatnit odpočet podle § 34 odst. 4 ZDP. Z výše citované judikatury Nejvyššího správního soudu zároveň vyplývá, že v takovém případě již nebylo povinností finančních orgánů zabývat se splněním ostatních zákonných podmínek pro odpočet výdajů na VaV. Pokud tak žalovaný v napadeném rozhodnutí přesto učinil, jednalo se o posouzení dílčích otázek nad rámec nosného důvodu, jenž vedl k vyloučení žalobcem uplatněného odpočtu na VaV ze základu daně ve zdaňovacím období roku 2015. Posouzení těchto dílčích otázek, jež se týkaly evidence mzdových výdajů, evidence kolagenázy a odpisu chladícího boxu, bylo ze strany žalovaného v podstatě podružné a nadbytečné, neboť výsledek řízení již nemohlo nijak ovlivnit.

43. Odkazuje–li žalobce v souvislosti s evidencí mzdových výdajů na jím předložený laboratorní deník, který podle něj dostatečným způsobem prokazuje, kteří konkrétní pracovníci, kteří se měli na Projektu VaV 2015 podílet, v kterou konkrétní dobu pracovali na konkrétní činnosti výzkumu a vývoje, je třeba připomenout, že žalobce správci daně po zahájení daňové kontroly předložil pouze tabulku mzdových nákladů střediska HLA, ze které rozhodně nebylo zřejmé, kdy a kým byly jednotlivé části projektu prováděny, přičemž jednatel žalobce na otázku správce daně, zda může předložit docházkový systém jednotlivých pracovníků, ze kterého by byla patrná jejich detailní náplň práce, při ústním jednání konaném dne 9. 4. 2019 odpověděl, že vše již předložili a jinou evidenci u pracovníků nevedli. Až následně v odpovědi na Výzvu 1 k prokázání skutečností předložil správci daně tabulky se zápisy s uvedením data, jména, činnosti a času od – do, kterou označil jako laboratorní deník. Správce daně tedy vyhodnotil tento důkazní prostředek jako nevěrohodný nejen na základě zjištěných nesrovnalostí v záznamech RNDr. M. a Ing. F. (viz Zpráva, str. 25–31), ale též s ohledem na předchozí sdělení žalobce, že kromě předložené tabulky mzdových nákladů jinou evidenci pracovní náplně u zaměstnanců participujících na Projektu VaV 2015 nevedl.

44. Materiální výstup Projektu VaV 2015 v podobě získaných patentů, jenž žalovaný v průběhu daňového řízení ničím nezpochybnil, nemá zhola žádnou vypovídací schopnost, pokud jde o prokázání toho, zda žalobce vedl oddělenou evidenci mzdových nákladů svých zaměstnanců podílejících se na Projektu VaV 2015.

45. V této souvislosti neobstojí ani žalobcův odkaz na bod 128 napadeného rozhodnutí. Žalobce, ať již záměrně či nevědomky, přehlíží zásadní skutkový rozdíl mezi Projektem VaV 2015, na kterém participoval celý tým jeho zaměstnanců (viz výše), a Projektem VaV 2016, který prováděla a odborně zajišťovala pouze jedna osoba, a to RNDr. M. M., což správce daně ani žalovaný nerozporoval. Žalobce ve spojení s Projektem VaV 2016 uplatňoval toliko mzdové výdaje vynaložené na práci RNDr. M. M. S přihlédnutím k těmto podstatným skutkovým odlišnostem není možné směšovat argumentaci finančních orgánů týkající se vedení oddělené evidence mzdových výdajů u obou těchto projektů.

46. Žalobcův nesouhlas se závěrem žalovaného týkajícím se evidence kolagenázy neobsahuje žádné relevantní argumenty, jež by byly způsobilé správnost tohoto závěru žalovaného zpochybnit. Léčebný potenciál dvou komerčních produktů, k nimž ve výsledku vedl celý výzkumný Projekt VaV 2015, nevypovídá o evidenci kolagenázy naprosto nic. Žalobce dále v této souvislosti zcela nepřípadně zmiňuje údajné pochybení, které žalovaný shledal u mzdových nákladů. To však nijak nesouvisí s konkrétními závěry správce daně a žalovaného ohledně evidence kolagenázy popsanými v napadeném rozhodnutí. Jinak řečeno, žalobce neuplatnil v žalobě žádnou relevantní námitku proti tomu, že správce daně nepovažoval žalobcem dodatečně předloženou evidenci kolagenázy na „jiném skladu se samostatnou evidencí“ za věrohodný důkazní prostředek, neboť čísla dokladů (příjemky a výdejky) v této nově předložené evidenci neměla návaznost na předložený účetní deník, přičemž ani z dalších dokladů a písemností předložených v průběhu kontroly nevyplývalo, že by žalobce měl mít nějaký materiál uskladněný na „jiném skladu se samostatnou evidencí“. Právě s poukazem na tato zjištění správce daně, vůči nimž se žalobce v žalobě nijak nevymezil, žalovaný v napadeném rozhodnutí konstatoval, že žalobce žádnými věrohodnými důkazními prostředky neprokázal, že výdaje za materiál spotřebovaný při realizaci Projektu VaV 2015 uplatnil ve správné výši.

47. V podstatě to samé lze uvést i ohledně žalobcova nesouhlasu se závěrem žalovaného, jenž se týká odpisů chladícího boxu. Ani zde žalobce neuplatnil jedinou relevantní námitku zpochybňující konkrétní zjištění a závěry správce daně a potažmo též žalovaného a namísto toho argumentoval pouze údajným pochybením, které žalovaný shledal u mzdových nákladů. Shora rekapitulované odůvodnění napadeného rozhodnutí prokazuje nepravdivost žalobcova tvrzení, že žalovaný nerozlišoval věcnou stránku, nehodnotil jednotlivé nákladové skupiny zvlášť a veškeré náklady zahrnuté do odpočtu na VaV vyloučil en bloc toliko na základě tvrzeného parciálního pochybení žalobce, jež se mělo týkat mzdových nákladů. Proti konkrétním závěrům správce daně a žalovaného o neprokázání výhradního užívání chladicího boxu pro účely Projektu VaV 2015 a s tím souvisejícího odpisu zahrnutého do odpočtu na VaV žalobce v žalobě žádnou relevantní argumentaci nevznesl.

48. Žalovaný vydáním napadeného rozhodnutí nikterak neporušil cíl správy daní zakotvený v 1 odst. 2 daňového řádu. Vzhledem k tomu, že žalobce ve zdaňovacím období roku 2015 nesplnil zákonem stanovené podmínky pro uplatnění odpočtu na VaV, nemohl mu být tento odpočet uznán. Výsledek daňového řízení (ve vztahu k roku 2015), jenž spočívá v tom, že správce daně vyloučil žalobcem uplatněný odpočet na VaV ze základu daně v plné výši, tj. ve výši 8 179 765 Kč, byl tedy v souladu se zákonem a nelze jej interpretovat tak, že daň byla žalobci stanovena v nesprávné výši.

49. Závěrem soud uvádí, že v řízení, jež vyústilo ve vydání napadeného rozhodnutí, nedošlo ze strany správce daně ani žalovaného k porušení základních zásad daňového řízení, jimiž jsou zásada přiměřenosti, zásada volného hodnocení důkazů a zásada materiální pravdy. Žalobce ostatně v žalobě vůbec nespecifikoval, v čem porušení těchto jím zmiňovaných zásad spatřuje, a proto se nejedná o způsobilý žalobní bod ve smyslu § 71 odst. 1 písm. d) s.ř.s. Řízení před správním soudem je založeno na zásadě dispoziční, z níž vyplývá, že specifikace konkrétních důvodů nezákonnosti (případně nicotnosti) napadeného rozhodnutí je úkolem žalobce a nikoliv soudu, který není oprávněn k tomu, aby tyto důvody za žalobce sám vyhledával či domýšlel. Soud tedy nesmí nahrazovat projev vůle žalobce tím, že by za něj sám vyhledával vady napadeného správního aktu nebo spekulativně domýšlel další argumenty a vybíral z reality skutečnosti, které žalobu podporují. Pokud by takto postupoval, přestal by být nestranným rozhodčím sporu a de facto by přebíral funkci žalobcova advokáta, což s ohledem na rovné postavení účastníků soudního řízení nelze připustit.

50. Soud tedy neshledal žalobu důvodnou, a proto ji podle § 78 odst. 7 s.ř.s. prvním výrokem rozsudku zamítl.

51. Druhý výrok rozsudku o nákladech řízení má oporu v ustanovení § 60 odst. 1 s.ř.s., neboť žalobce nebyl ve věci úspěšný a žalovanému žádné důvodně vynaložené náklady v řízení nevznikly.