č.j. 29Af 149/2018-61

Rubrum

Krajský soud v Brně rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Zuzany Bystřické a soudců JUDr. Faisala Husseiniho, Ph.D., a JUDr. Mariana Kokeše, Ph.D., ve věci žalobce: GEMAX s.r.o., IČO 46966153 sídlem Javůrek 8, 664 83 zastoupený advokátkou JUDr. Kristinou Škampovou sídlem Pellicova 8a, 602 00 Brno proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 10. 8. 2018, č. j. 35706/18/5200-11435-710862, takto:

Výrok

I. Žaloba se zamítá.

II. Žalobce nemá právo na náhradu nákladů řízení.

III. Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci a průběh správního řízení

1. Žalobce se podanou žalobou domáhá zrušení v záhlaví citovaného rozhodnutí, kterým žalovaný zamítl odvolání žalobce a potvrdil platební výměry Finančního úřadu pro Jihomoravský kraj (dále též „správní orgán prvního stupně“ či „správce daně“) ze dne 24. 5. 2016, č. j. 2509761/16/3005-52521-711223, č. j. 2510260/16/3005-52521-711223, a č. j. 2510452/16/3005-52521-711223, kterými správce daně ve smyslu zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v rozhodném znění (dále jen „zákon o daních z příjmů“) podle § 147 a § 143 odst. 1 a 3 č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“) doměřil žalobci daň z příjmů právnických osob (dále jen „DPPO“) v celkové výši 7 777 460 Kč a současně konstatoval povinnost žalobce zaplatit penále podle § 251 odst. 1 písm. a) daňového řádu v celkové výši 1 555 492 Kč.

2. Správce daně tak neuznal žalobci odpočet výdajů na výzkum a vývoj ve výši 16 534 872 Kč za zdaňovací období 2012, ve výši 10 135 803 Kč za zdaňovací období 2013 a ve výši 14 263 598 Kč za zdaňovací období 2014, neboť dle správce daně žalobce předložené důkazní prostředky nebyly způsobilé prokázat splnění formálních a věcných požadavků kladených na projekty výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 12. 2013, a dle § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů, ve znění účinném od 1. 1. 2014.

3. Žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí uvedl, že mezi formální zákonné požadavky patří povinnost poplatníka (žalobce) vypracovat písemný projekt, který obsahuje povinné náležitosti stanovené v § 34 odst. 5, resp. § 34c, zákona o daních z příjmů. Dalším požadavkem „formálního“ charakteru je dle § 34 odst. 4, resp. § 34b, zákona o daních z příjmů povinnost evidovat odděleně výdaje (náklady) na výzkum a vývoj od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka, přičemž tato oddělená evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti. Pokud nejsou splněny tyto výše uvedené podmínky, je dále nadbytečné se zabývat otázkou splnění požadavků věcných. Správce daně poukázal, že projekty výzkumu a vývoje obsahují jména osob odborně zajišťujících projekt bez uvedení jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k žalobci. V projektech je pouze u vedoucích pracovníků jednotlivých projektů uvedena kvalifikace – vzdělání a praxe, u ostatních členů vývojového týmu je uvedeno jen pracovní zařazení. Chybějící náležitosti projektů výzkumu a vývoje nelze dle žalovaného pominout a tento nedostatek bagatelizovat jako drobné formální pochybení. K tomu odkázal žalovaný na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 7. 2011, č. j. 8 Afs 13/2011-81 (všechna zde uvedená rozhodnutí správních soudů jsou dostupná na www.nssoud.cz). Uvedením jména a příjmení osob vývojového týmu, včetně jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k odvolateli, deklaruje poplatník v projektu výzkumu a vývoje, že se na realizaci projektu budou podílet pouze jeho zaměstnanci a nikoliv externí osoby. Neuvedení těchto informací pak představuje absenci povinné náležitosti stanovené zákonem, jež ve svém důsledku znamená nesplnění formálních požadavků na projekty výzkumu a vývoje a vede k neuznání odpočtu na výzkum a vývoj. V případě mzdových nákladů žalovaný považuje za podstatnou vadu předložených evidencí mzdových nákladů skutečnost, že do odpočtu na výzkum a vývoj byly u všech projektů zahrnuty kromě mzdových nákladů osob uvedených v jednotlivých projektech také mzdové náklady několika desítek dalších zaměstnanců, ačkoliv tito zaměstnanci nejsou v žádném projektu výzkumu a vývoje uvedeni. Zákonná úprava formálních náležitostí projektů výzkumu a vývoje výslovně požaduje uvést všechny osoby, jež budou odborně zajišťovat řešení projektu. Z předložené evidence mzdových nákladů nelze osvědčit za důkaz správnosti vedení oddělené evidence výdajů (nákladů) na výzkum a vývoj. U žádného z projektů nebylo prokázáno, že výdaje (náklady) uplatněné v rámci odpočtu na vývoj a výzkum, byly vynaloženy při realizaci projektů výzkumu a vývoje. Žalovaný tedy shodně se správcem daně konstatoval, že ani u jednoho ze sedmi projektů vývoje a výzkumu předkládaných jako podklady pro odpočet na dani, nebyly dostatečně splněny všechny obsahové náležitosti dokumentu stanovené v § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů pro projekty schválené do 31. 12. 2013, resp. § 34c zákona o daních z příjmů, ve znění účinném od 1. 1. 2014.

II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě

4. Ve včas podané žalobě žalobce navrhl krajskému soudu, aby rozhodnutí žalovaného zrušil.

5. Žalobce v žalobě uplatňuje tři okruhy námitek – procesní pochybení žalovaného, námitky proti posouzení formálních požadavků a námitky proto posouzení věcných požadavků projektů výzkumu a vývoje.

6. V první řadě žalobce tvrdí, že žalovaný nepostupoval v odvolacím řízení dle § 7 daňového řádu, tedy bez zbytečných průtahů – tímto nezákonným jednáním značně vzrostlo požadované penále. Dále měl dle žalobce žalovaný porušit § 115 odst. 2 daňového řádu, když žalobci neumožnil vyjádřit se před vydáním napadeného rozhodnutí ke změně právního názoru. Správní orgán prvního stupně totiž dovozoval neoprávněnost odpočtu na výzkum a vývoj z nesplnění věcných podmínek, žalovaný postavil své zamítavé rozhodnutí na právním názoru, že nebyly splněny formální podmínky pro uplatnění odpočtu, tedy nebyly naplněny formální požadavky projektů na výzkum a vývoj.

7. Ve druhém okruhu námitek pak žalobce polemizuje s jednotlivými závěry správce daně, týkajícími se nesplnění formální podmínky pro možnost odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu DPPO v podobě povinnosti vytvořit před zahájením výzkumu a vývoje projekt, splňující náležitosti dle § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů.

8. K výtce žalovaného, že projekty neobsahují jména všech osob, které se na projektu podílely, žalobce uvádí, že je tento postup zcela pochopitelný, protože ve fázi přípravy projektu je jisté pouze to, kdo povede teoretický výzkum. Teprve poté, co bude teoretické řešení problému vymyšleno, je zřejmé, jak bude prototyp vyroben, a tedy jaké dělnické profese jsou pro výrobu prototypu třeba. Nelze tedy dopředu požadovat, aby v projektu byl uveden celý realizační tým, když ve fázi přípravy projektu není okruh všech nezbytných pracovníků znám. Ostatně ani text § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů nepožaduje uvedení jmen všech osob. Slovo „všech“ bylo do zákonného textu dáno až novelou účinnou k 1. 1. 2014. Navíc v obou zněních zákonné úpravy je požadováno „uvedení jmen osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu“. Z toho vyplývá, že zákonodárce nepožaduje, aby v projektu byl uveden celý realizační tým, který se na vývoji a výrobě prototypu podílí, ale pouze uvedení odborníků, kteří prototyp vyprojektují. Výroba prototypu je pak ponechána dalším zaměstnancům v dělnických profesích. Požadavek žalovaného na uvedení všech osob, které se na projektu podílely, je tak nad rámec formálních požadavků uvedených v zákoně o daních z příjmů.

9. Žalovaný žalobci dále vytýká, že není zřejmé, v jaké formě pracovněprávního vztahu jsou členové výzkumného týmu k žalobci. Žalobce k tomu namítá, že správce daně ve zprávě o daňové kontrole jednoznačně identifikoval tyto osoby jako zaměstnance a výslovné neuvedení formy pracovněprávního vztahu u každého jednoho člena vývojového týmu nepovažoval za formální pochybení. Správní orgán prvního stupně na základě předložených důkazů seznal a výslovně ve zprávě o daňové kontrole uvedl, že všichni členové vývojového týmu jsou v zaměstnaneckém poměru s žalobcem. Vzhledem k tomu, že žalovaný neprováděl nové dokazování, pak nemohl dojít k odlišnému skutkovému zjištění, než učinil správce daně v rámci daňové kontroly. Vytýkané formální pochybení tedy nekoresponduje s provedeným dokazování a neodpovídá zjištěnému skutkovému stavu. Žalobce dodává, že formální správnost projektů a oprávněnost uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj byla za každé zdaňovací období ověřena daňovým poradcem.

10. Třetí, poslední, okruh námitek směřuje proti nesprávnému posouzení věcných požadavků na odpočet výdajů na výzkum a vývoj. Žalobce uvádí, že údajné nesplnění těchto věcných požadavků bylo hlavním důvodem pro vydání dodatečných platebních výměrů. Před projednáním zprávy o daňové kontrole žalobce požadoval odborné posouzení nezávislým znalcem, na což správce daně nijak nereagoval. Proto žalobce nechal pro odvolací řízení vypracovat znalecké posudky nezávislým znalcem zapsaným v seznamu soudních znalců. Znalec se ke každému ze sedmi projektů vyjádřil tak, že dle definice § 2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků ve znění pozdějších předpisů lze konstatovat, že se v podmínkách jedná o projekt výzkumu a vývoje a rovněž lze v souvislosti s řešeným projektem jednoznačně hovořit o vyjasnění technické nejistoty. Je tak jednoznačně postaveno najisto, že správce daně pochybil, když na základě svých nedostatečných odborných znalostí a zkušeností nepovažoval projekty žalobce za projekty splňující věcné požadavky pro uplatnění odpočtu výdajů na výzkum a vývoj. Podobný názor patrně zastal též žalovaný, když se posouzení splnění věcných požadavků vyhnul akcentem na údajné nesplnění formální požadavků projektů.

11. Žalobce je tak přesvědčen, že žalovaný pochybil, když nevzal v úvahu žalobcem předložené důkazy – znalecké posudky, a nevypořádal se věcně s hlavní odvolací námitkou (reagující na hlavní důvod správce daně ve zprávě o daňové kontrole) ohledně nesprávného zjištění skutkového stavu – existence ocenitelného prvku novosti a překonání technické nejistoty. K tomu žalobce odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 6. 2018, č. j. 5 Afs 209/2017-44, kde soud potvrdil, už v dřívějších rozsudcích zdůrazňovanou, nutnost ustanovení nezávislého znalce, který sám bude posuzovat dostatečnost předložených materiálů a přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Správce daně nedisponuje takovými odbornými znalostmi, aby sám dokázal posoudit případný ocenitelný prvek novosti a odstranění technické nejistoty. Žalobce dále dodává, že obdobně se vyjádřil Nejvyšší správní soud i v rozsudku ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 24/2014-119, publikovaném pod č. 3273/2015 Sb. NSS, kterým zrušil rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové – pobočka v Pardubicích ze dne 22. 1. 2014, č. j. 52 Af 30/2013-105, ze kterého správce daně hojně cituje při odůvodňování svého názoru ohledně absence ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Žalobce uzavírá, že jestliže žalovaný aproboval nesprávný postup správce daně v otázce nedostatku věcných požadavků projektů, zatížil tak i napadené rozhodnutí nezákonností.

III. Vyjádření žalovaného k žalobě a replika žalobce

12. Žalovaný ve svém vyjádření k žalobě setrvává na svém stanovisku ohledně správnosti postupu i právních závěrů přijatých v žalobou napadeném rozhodnutí a odkazuje na jeho odůvodnění.

13. Žalovaný dodává, že k žádné změně právního názoru z jeho strany nedošlo. K závěru o nesplnění i formálních podmínek dospěl již správce daně, což řádně uvedl a zdůvodnil ve zprávě o daňové kontrole ze dne 17. 5. 2016, č. j. 387232/16/3012-60561-711500. Žalobce zcela rezignoval na skutečnost, že projekty výzkumu a vývoje a oddělená evidence vykazovaly vady a nedostatky, které ve svém důsledku znamenají nesplnění formálních požadavků kladených zákonem a vedou k vyloučení nároku na odpočet, a své námitky v průběhu daňové kontroly i v odvolání směřoval výhradně do oblasti věcných požadavků.

14. Žalovaný má za to, že žalobou napadené rozhodnutí a dodatečné platební výměry netrpí nezákonnostmi, neboť v daném případě bylo postupováno zcela v souladu se zákonem. Tato rozhodnutí považuje žalovaný za plně přezkoumatelná. Žalovaný proto navrhuje, aby soud žalobu zamítl.

15. V reakci na vyjádření žalovaného byla soudu doručena replika žalobce, v níž žalobce v zásadě setrval na argumentaci vyjádřené v žalobě. K tomu dodal, že přestože lhůta pro vyřízení odvolání není v daňovém řádu nijak specifikována, Ministerstvo financí v rámci dodržování zásady „dobré správy“ určilo lhůty pro jednotlivá daňová řízení pokynem MF-5, pod č. j. MF- 21968/2015/39, účinným od 1. 2. 2016. V tomto pokynu se v čl. I. bod 1. písm. a) uvádí, že o odvolání má být rozhodnuto ve lhůtě 6 měsíců. Pokud žalovaný měl na základě své žádosti prodlouženou lhůtu pro vyřízení odvolání, tato lhůta byla prodloužena pouze do 31. 5. 2017. Napadené rozhodnutí bylo vydáno až 13. 8. 2018, tedy až 18 měsíců po skončení prodloužené lhůty. Takový postup je v zásadním rozporu s § 7 daňového řádu ve spojení s výše uvedeným pokynem MF-5, který za lhůtu „bez zbytečných průtahů“ považuje lhůtu 6 měsíců. Dále žalobce dodal, že žalovaný mlčením přechází argument ohledně rozdílného znění zákona v rozhodné době, kdy požadavek na uvedení jmen všech osob se do § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů dostal až s novelou účinnou k 1. 1. 2014. V obou zněních zákona je navíc požadováno uvedení osob, které odborně zajišťují řešení projektu, z čehož vyplývá, že zákonodárce nepožaduje, aby v projektu byl uveden celý realizační tým, který se na výrobě prototypu podílí, ale pouze uvedení odborného realizačního týmu, který řídí realizaci projektu a výrobu prototypu. Co se týče výtky ohledně neuvedení formy pracovněprávního vztahu, tak žalobce připomíná, že správce daně se v rámci kontrolní činnosti seznámil s tím, že všechny osoby zapojené do projektů výzkumu a vývoje jsou zaměstnanci žalobce, a to z jiných listin než z projektů, akceptoval tento fakt a ve zprávě o kontrole všechny tyto osoby jako zaměstnance označuje; přístup žalovaného pak je nadmíru formalistický, když neuvedením konkrétní formy pracovněprávního vztahu nedošlo ze strany správce daně k žádnému informačnímu deficitu. Žalobce je rovněž přesvědčen, že žalovaný se měl zabývat též otázkou, zda projekty skutečně byly, po věcné stránce, projekty výzkumu a vývoje a zda skutečně nesly ocenitelné prvky novosti a překonání technické nejistoty, což správce daně zpochybnil, avšak znalec v předložených znaleckých posudcích potvrdil, a to zejména za situace, kdy tento argument byl hlavním odvolacím důvodem žalobce.

IV. Posouzení věci soudem

16. Krajský soud, za splnění podmínek dle § 51 odst. 1 s. ř. s. bez nařízení jednání, přezkoumal v mezích žalobních bodů (§ 75 odst. 2 s. ř. s.) napadené rozhodnutí žalovaného, jakož i předcházející rozhodnutí správního orgánu prvního stupně (správce daně), včetně řízení předcházejících jejich vydání, a dospěl k závěru, že žaloba není důvodná (§ 78 odst. 7 s. ř. s.).

17. Předně se soud zabýval žalobní námitkou, že žalovaný nepostupoval v souladu s § 7 a § 115 odst. 2 daňového řádu. Bylo by totiž předčasné zabývat se právním posouzením věci samé, pokud by bylo napadené rozhodnutí nezákonné pro podstatné porušení ustanovení o řízení před správním orgánem.

18. Dle § 7 daňového řádu má správce daně postupovat bez zbytečných odkladů, a tak, aby nikomu nevznikaly zbytečné náklady. Samotná skutečnost, že odvolací řízení trvalo téměř dva roky, i s ohledem na interní pokyn Ministerstva financí, nezakládá nezákonnost napadeného rozhodnutí. Žalobce měl možnost se proti nečinnosti žalovaného bránit nástroji uvedenými v § 38 daňového řádu, případně i žalobou na ochranu proti nečinnosti. Žádný z nástrojů obrany proti nečinnosti však žalobce nevyužil. Dle § 109 odst. 5 daňového řádu nemá odvolání odkladný účinek, pokud tedy žalobce doměřenou daň neuhradil, nelze, přísně vzato, klást žalovanému za vinu, že vzrostly náklady žalobce o navýšené penále z doměřených daní.

19. Dle ustanovení § 115 odst. 2 daňového řádu platí, že „[p]rovádí-li odvolací orgán v rámci odvolacího řízení dokazování, seznámí před vydáním rozhodnutí o odvolání odvolatele se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, které je prokazují, a umožní mu, aby se k nim ve stanovené lhůtě vyjádřil, popřípadě navrhl provedení dalších důkazních prostředků. Obdobně postupuje odvolací orgán i v případě, kdy dospěje k odlišnému právnímu názoru, než správce daně prvního stupně, a tato změna by ovlivnila rozhodnutí v neprospěch odvolatele.“ V nyní posuzovaném případě žalovaný neprováděl nové dokazování – vycházel pouze ze zjištění správního orgánu prvního stupně. Z předloženého správního spisu je patrné, že správní orgán prvního stupně vytýkal žalobci formální i věcná pochybení projektů výzkumu a vývoje, soud má tedy za to, že pokud žalovaný zamítl odvolání s odkazem na formální pochybení, tak nedospěl k odlišnému právnímu názoru než správce daně.

20. Obě námitky proti postupu žalovaného v odvolacím řízení má proto soud za nedůvodné.

21. Podstatu nyní projednávané věci tvoří polemika žalobce se závěry žalovaného a správce daně, kterými neshledali žalobce způsobilého k uplatnění odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu daně ve zdaňovacím období 2012, 2013 a 2014 z důvodu nenaplnění formálních náležitostí i věcných požadavků pro možnost uplatnění tohoto odečtu ve smyslu § 34 odst. 4 a 5, resp. § 34a až § 34c, zákona o daních z příjmů.

22. Podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů účinného do 31. 12. 2013 „[o]d základů daně lze odečíst 100 % výdajů (nákladů), které poplatník vynaložil v daném zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, při realizaci projektů výzkumu a vývoje, které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části a na certifikaci výsledků dosažených prostřednictvím projektů výzkumu a vývoje. Pokud vynaložené výdaje (náklady) souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje pouze zčásti, je možné od základů daně odečíst pouze tuto jejich část. Výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Tento odpočet nelze uplatnit na služby, licenční poplatky (§ 19 odst. 7) a nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob s výjimkou výdajů (nákladů) vynaložených za účelem certifikace výsledků výzkumu a vývoje, a dále na ty výdaje (náklady), na které již byla i jen zčásti poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.“ Od 1. 1. 2014 jsou pravidla pro uplatňování položky odčitatelné od základu daně ve formě odpočtu na podporu vědy a výzkumu obsažena v § 34 odst. 4 a 5 a § 34a až 34e zákona o daních z příjmů, kdy právní úprava citovaného ustanovení byla převzata mj. do § 34a a § 34b zákona o daních z příjmů.

23. Podle § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů účinného od 1. 1. 2014 platí, že „[v]ýdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které a) poplatník vynaložil ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje při realizaci projektu výzkumu a vývoje na 1. experimentální či teoretické práce, 2. projekční a konstrukční práce, 3. výpočty, 4. návrhy technologií, 5. výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části související s realizací projektu výzkumu a vývoje, b) jsou výdaji (náklady) na dosažení zajištění a udržení příjmů a c) jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).“ 24. Dle § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů účinného do 31. 12. 2013 „[p]rojektem výzkumu a vývoje, na jehož realizaci může být uplatněn odpočet podle odstavce 4, se rozumí písemný dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji a který obsahuje zejména základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou obchodní firma nebo název poplatníka, jeho sídlo a identifikační číslo, bylo-li přiděleno, popřípadě jméno a příjmení poplatníka, je-li poplatník fyzickou osobou, místo jeho trvalého pobytu a místo podnikání, dobu řešení projektu (datum zahájení a datum ukončení řešení projektu), cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu, jména a příjmení osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, datum, místo, jméno a příjmení oprávněné osoby, která projekt schválila před zahájením jeho řešení; oprávněnou osobou se rozumí poplatník, je-li fyzickou osobou, nebo osoba vykonávající funkci statutárního orgánu poplatníka anebo osoba, která je členem statutárního orgánu poplatníka.“ 25. Podle § 34c odst. 1 zákona o daních z příjmů účinného od 1. 1. 2014 do 31. 3. 2019 platilo, že „[p]rojektem výzkumu a vývoje se rozumí dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a který obsahuje a) základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou 1. obchodní firma nebo název a adresa sídla poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů právnických osob, 2. jméno, adresa sídla podnikatele a adresa místa trvalého pobytu poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů fyzických osob, 3. daňové identifikační číslo, pokud bylo přiděleno, b) dobu řešení projektu, kterou je doba ode dne zahájení do dne ukončení řešení projektu, c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, d) předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu, e) jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, g) den a místo schválení projektu, h) jméno a podpis odpovědné osoby za projekt výzkumu a vývoje.“ 26. K otázce povahy náležitostí projektu výzkumu a vývoje z pohledu nezbytnosti jejich bezpodmínečného naplnění pro účely možnosti odečtu nákladů na výzkum a vývoj od základu daně se již správní soudy opakovaně vyjadřovaly. V rozsudku ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014-56, Nejvyšší správní soud uvedl, že „[s]plnění podmínky existence písemného projektu splňujícího náležitosti § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů (v současném znění § 34c tohoto zákona), zpracovaného před zahájením výzkumných či vývojových prací, je výchozím předpokladem pro uplatnění odečitatelné položky výzkumu a vývoje a současně jedním z nástrojů zabránění zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj, a to především s ohledem na jeho atraktivitu pro daňové subjekty. Jinak řečeno, § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů vyžaduje pro odečet od základu daně splnění jasně stanovených podmínek (srov. rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 26. srpna 2013, č. j. 31 Af 80/2012 - 25). Projekt výzkumu a vývoje slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt v budoucnu správci daně prokáže nárok na uplatnění odpočtu nákladů na výzkum a vývoj. Zákonnou podmínkou vyplývající z povahy věci (z latinského proiectum – plán, návrh, rozvrh budoucí činnosti) je, aby byl vypracován před zahájením řešení projektu, aby šlo o dokument prospektivní. Rozhodně tedy není úkolem správce daně a správních soudců, aby sami aktivně a teprve dodatečně propojovali jinak nesouvisející dokumenty a dovozovali z nich formální a obsahové náležitosti projektu, v dané situaci například, komu patří nečitelné podpisy s využitím teprve dodatečně předložené vnitropodnikové směrnice. To ostatně koresponduje i s výše uvedeným charakterem odpočtu nákladů na výzkum a vývoj (de facto dvojí odečet nákladů ze základu daně), který implikuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti.“ (srov. též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016-20)

27. Nejvyšší správní soud tak aproboval názor Krajského soudu v Hradci Králové, vyjádřený již dříve v rozsudku ze dne 26. 8. 2013, č. j. 31 Af 80/2012-25, zabývajícím se taktéž vlivem nedodržení náležitostí projektu výzkumu a vývoje na oprávněnost odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu DPPO. V rozsudku č. j. 31 Af 80/2012-25 pak Krajský soud v Hradci Králové také uvedl, že „ust. § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů vyžaduje pro uznání položky odčitatelné od základu daně splnění taxativně vymezených podmínek. Pokud tedy projekt, který musí být vypracován před zahájením jeho řešení, má obsahovat určité náležitosti, nelze jejich případnou absenci nahrazovat v odvolacím řízení, které nesporně probíhá se značným časovým odstupem od okamžiku, kdy měl být písemný dokument se všemi náležitostmi vyhotoven“.

28. V rozsudku ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018-113, Nejvyšší správní soud opětovně zdůraznil, že „projekt výzkumu a vývoje musí být uceleným dokumentem obsahujícím zákonem předepsané náležitosti. Ačkoliv stěžovatelka ne zcela souhlasí s podmínkou naplnění formální stránky projektu, jedná se o zákonem stanovenou povinnost sloužící proti zneužívání poskytovaného daňového zvýhodnění v podobě daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Pro všechny daňové subjekty platí stejné zákonem výslovně stanovené (formální) podmínky pro uplatnění odpočtu. V případě důvodných pochybností správce daně, což absence formálních náležitostí zajisté je, zůstává na daňovém subjektu povinnost pochybnosti vyvrátit.“ 29. Pohledem těchto judikaturních závěrů krajský soud posoudil žalobní námitku, že žalobce splnil podmínku řádného vypracování projektů výzkumu a vývoje jako podmínku pro uplatnění odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu DPPO, a dospěl k závěru, že tato námitka žalobce není důvodná. Soud s poukazem na výše citovanou judikaturu nemůže souhlasit s námitkou žalobce, že o formě pracovněprávních vztahů osob podílejících se na řešení projektů se seznámil správce daně z jiných listin předložených žalobcem a že přístup žalovaného je nadmíru formalistický, když neuvedením konkrétní formy pracovněprávního vztahu nedošlo ze strany správce daně k žádnému informačnímu deficitu. Jak již bylo řečeno, v rozsudku ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014-56, Nejvyšší správní soud výslovně uvádí, že „[r]ozhodně tedy není úkolem správce daně a správních soudců, aby sami aktivně a teprve dodatečně propojovali jinak nesouvisející dokumenty a dovozovali z nich formální a obsahové náležitosti projektu.“. Nestačí tedy poukaz na interní směrnice žalobce, kde je navíc pouze uvedena příloha podpisových vzorů zaměstnanců, jimž je povoleno pracovat na vývojových projektech (viz bod 58 napadeného rozhodnutí). Na uvedení formy pracovněprávního vztahu a kvalifikace osob, které se odborně podílejí na řešení projektu, je nutné trvat. Právě touto náležitostí projektu je předem deklarováno, že se na projektu budou podílet vlastní kvalifikovaní pracovníci žalobce. Smyslem poskytnutí výhody daňovému subjektu spočívající ve dvojím uplatnění nákladů vynaložených na činnosti výzkumu a vývoje je podpora zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (vědecké ústavy), tak také podnikatelskými subjekty. Úmyslem zákonodárce je tedy podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti. Není-li daňový subjekt schopen zajistit celý výzkumný a vývojový proces z vlastních (ať již materiálních či pracovních) zdrojů, nemůže využívat daňové zvýhodnění právě u těch činností, které sám nezajišťuje. Smyslem úpravy je stimulovat tyto osoby v investování tzv. rizikového kapitálu do výzkumu a vývoje, tedy vytváření podmínek pro výzkum a vývoj uvnitř podniku (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018-41, publikovaný pod č. 3810/2018 Sb. NSS).

30. Důvod pro takto striktní přístup při hodnocení náležitostí projektů výzkumu a vývoje je ten, že zákonodárce prostřednictvím § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů stanovil daňovým subjektům, věnujícím se výzkumu a vývoji ve smyslu § 2 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, určité beneficium v podobě možnosti de facto dvojího uplatnění odečtení nákladů na výzkum a vývoj. První v podobě účinných výdajů pro účely zjištění základu daně a druhý v podobě odečtení těchto výdajů od již zjištěného základu daně. Z fiskálního pohledu se tak jedná o jisté daňové zvýhodnění určitých daňových subjektů, které tak mají možnost snížit svou daňovou povinnost prostřednictvím veřejných finančních prostředků. V takové situaci pak stát zcela oprávněně bude mít zájem na striktním dohledu nad nakládáním s těmito prostředky, stejně jako bude oprávněn nastavit striktní podmínky pro možnost využití takových prostředků, a to z důvodu rizika jejich možného zneužití.

31. Jestliže tedy zákon o daních z příjmů stanoví určité náležitosti projektu výzkumu a vývoje, jako podmínku pro možnost uplatnění beneficia v podobě odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu DPPO, jsou pak představitelé moci výkonné oprávněni dodržování podmínek pro uplatnění tohoto beneficia mnohem striktněji než v případě, kdy stát zasahuje do vlastnického práva daňových subjektů prostřednictvím stanovení daňových povinností.

32. Soud nemůže přisvědčit námitce žalobce, že žalovaný nemohl dojít k závěru, že nejde o zaměstnance žalobce, když neprováděl nové dokazování. Žalovaný netvrdí, že nejde o zaměstnance žalobce, jen vytýká žalobci neuvedení formy pracovněprávního vztahu v písemných projektech výzkumu a vývoje. Tato skutečnost vyplývá přímo z písemných dokumentů projektů, které jsou součástí správního spisu, tudíž jde o provedené listinné důkazy.

33. Soud souhlasí s námitkou žalobce, že projekt zcela určitě nemusí obsahovat jména všech osob, které se na projektu podílely a tento požadavek tak jde nad rámec formálních zákonných požadavků. Znění § 34c odst. 1 písm. e) zákona o daních z příjmů účinné od 1. 1. 2014 požaduje uvedení jmen všech osob, které odborně zajišťují nebo budou zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi. Nelze tvrdit, že každý technický pracovník podílející se např. na konstrukci prototypu projektu zajišťuje odborné řešení projektu. Nicméně je zapotřebí, aby žalobce správci daně prokázal, že osoby neuvedené v projektové dokumentaci se dle formálních požadavků na uplatňování odečtení nákladů na vědu a výzkum, účastnily na řešení projektu (např. pracovními smlouvami, dohodami o provedení práce či měsíčními výkazy práce), pokud na ně vykázané výdeje zahrnuje žalobce do odpočtu podle § 34b zákona o daních z příjmů. V tomto smyslu vykazoval postup žalobce deficity, jak vyplývá např. ze strany 76 zprávy o daňové kontrole, popř. z napadeného rozhodnutí. Soud pak dodává, že i kdyby v uvedených souvislostech shledal dílčí nesprávnost rozhodnutí žalovaného, pak i další nedostatky na straně žalobce by odůvodňovaly vydání rozhodnutí žalovaného (popř. dodatečných platebních výměrů). Zde lze odkázat např. na zmíněné neuvedení konkrétní formy pracovněprávního vztahu, popř. na skutečnost, která vedla žalovaného k jeho závěrům, a kterou žalobce ani nenapadá, a to sice nedodržení požadavku vedení oddělené evidence výdajů na vědu a výzkum, což samo o sobě mohlo odůvodňovat vydání dodatečných platebních výměrů a napadeného rozhodnutí. V tomto kontextu tak je irelevantní poukaz na rozdílné znění příslušné právní úpravy před a po 1. 1. 2014, když § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů ve znění účinném do 31. 12. 2013 sice výslovně nevyžadoval uvedení „všech“ osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu; tato podmínka byla v zákoně o daních z příjmů explicitně vyjádřena až od 1. 1. 2014 v § 34c odst. 1 písm. e), (nicméně i tak by dle názoru zdejšího soudu bylo možné takový požadavek dovodit i dříve).

34. Výtku ohledně dalšího formálního nedostatku, a to nesplnění požadavku na vedení oddělené evidence výdajů na výzkum a vývoj, žalobce nijak nerozporuje. Krajský soud může napadené rozhodnutí přezkoumat toliko v mezích žalobních bodů, s výjimkou pochybení, k nimž je krajský soud povinen přihlédnout z úřední povinnosti. Jak judikoval již i Ústavní soud ve svém nálezu ze dne 12. 1. 2016, sp. zn. II. ÚS 2732/15, dostupném na http://nalus.usoud.cz, „[s]oud není oprávněn (a tím méně povinen) za žalobce domýšlet či dotvářet příliš obecné žalobní námitky z vlastní iniciativy (srov. též Blažek, T., Jirásek, J., Molek, P., Pospíšil, P., Sochorová, V., Šebek, P.: Soudní řád správní - online komentář. 3. aktualizace. Praha: C. H. Beck, 2014). Takový postup soudu by popíral uplatnění dispoziční zásady ve správním soudnictví a zasahoval by do principu rovnosti účastníků řízení (čl. 96 odst. 1 Ústavy, čl. 37 odst. 3 Listiny § 36 odst. 1 soudního řádu správního). Odepřel by totiž žalovanému právo vyjádřit se ke skutkovým a právním otázkám, které vzal soud za určující pro své zrušující rozhodnutí.“ Obdobně srov. závěry přijaté v rozsudcích Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 4. 2020, č. j. 1 Afs 479/2019-30, a ze dne 20. 8. 2020, č. j. 1 Afs 336/2019-32, v nichž Nejvyšší správní soud vytkl krajskému soudu, že napadené rozhodnutí přezkoumal „mimo rámec vznesených žalobních bodů v rozporu s § 75 odst. 2 s. ř. s. Nebyl přitom oprávněn sám vyhledávat možné nezákonnosti napadeného správního rozhodnutí a v jejich mezích poté posuzovat zákonnost tohoto správního aktu. Důvody, pro které bylo rozhodnutí stěžovatele zrušeno, nepředstavovaly ani výjimku z dispoziční zásady; nejednalo se tedy o důvody, ke kterým musí správní soudy přihlížet z úřední povinnosti (a případně tedy i nad rámec žalobních bodů).“ Krajský soud proto nemůže přezkoumat napadené rozhodnutí v rozsahu všech žalovaným tvrzených nesplnění formálních náležitostí pro možnost uplatnění odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu daně ze strany žalobce.

35. Nadto soud dodává, že již správce daně uvedl pochybnosti o řádném (splňující požadavek přehlednosti a prokazatelnosti) vedení oddělené evidence (např. str. 76). Žalobce však neprokázal řádně vedení oddělené evidence a i v odvolání se omezil na námitky spočívající ve věcném posouzení projektu, ačkoliv i správní orgán prvního stupně shledal formální pochybení projektů. Je to ale právě žalobce, kdo měl prokázat splnění této formální náležitosti.

36. Otázkou rozložení důkazního břemene mezi daňový subjekt a správce daně se ve své judikatuře již opakovaně zabýval Nejvyšší správní soud. Jeho judikaturu lze shrnout tak, že dle výše citovaných ustanovení je daňový subjekt povinen prokazovat všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v přiznání nebo k jejichž průkazu byl správcem daně vyzván. Daňový subjekt prokazuje svá tvrzení především svým účetnictvím a jinými povinnými záznamy. Správce daně může vyjádřit pochybnosti ohledně věrohodnosti, průkaznosti, správnosti či úplnosti účetnictví a jiných povinných záznamů. Správce daně nemá povinnost prokázat, že údaje o určitém účetním případu jsou v účetnictví daňového subjektu zaznamenány v rozporu se skutečností, je však povinen prokázat, že o souladu se skutečností existují natolik vážné a důvodné pochyby, že činí účetnictví nevěrohodným, neúplným, neprůkazným nebo nesprávným. Správce daně je povinen identifikovat konkrétní skutečnosti, na základě nichž hodnotí předložené účetnictví jako nevěrohodné, neúplné, neprůkazné či nesprávné. Pokud správce daně unese své důkazní břemeno ve vztahu k výše popsaným skutečnostem, je na daňovém subjektu, aby prokázal pravdivost svých tvrzení a průkaznost, věrohodnost a správnost účetnictví a jiných povinných záznamů ve vztahu k předmětnému účetnímu případu, popř. aby svá tvrzení korigoval. Daňový subjekt bude tyto skutečnosti prokazovat zpravidla jinými důkazními prostředky než vlastním účetnictvím a evidencemi (srov. např. rozsudek ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007-119, ze dne 22. 10. 2008, č. j. 9 Afs 30/2008-86, ze dne 18. 1. 2012, č. j. 1 Afs 75/2011-62, nebo ze dne 12. 2. 2015, č. j. 9 Afs 152/2013-49).

37. Soud nepřisvědčil ani námitce žalobce, že žalovaný se měl zabývat též otázkou, zda projekty skutečně byly, po věcné stránce, projekty výzkumu a vývoje a zda skutečně nesly ocenitelné prvky novosti a překonání technické nejistoty, což správce daně zpochybnil, avšak znalec v předložených znaleckých posudcích potvrdil, a to zejména za situace, kdy tento argument byl hlavním odvolacím důvodem žalobce. I v případě, že by žalovaný přisvědčil všem námitkám žalobce ohledně nesprávného posouzení věcných požadavků projektu výzkumu a vývoje, nic by to neměnilo na závěru, že nebyly naplněny formální požadavky projektů. Provádění dalších důkazů by tak bylo nadbytečné.

38. I v žalobě směřují další námitky žalobce proti nesprávnému posouzení věcných požadavků na odpočet výdajů na výzkum a vývoj. Žalobce argumentuje prvky novosti a odstraňování technické nejistoty obsažených v projektech vývoje a výzkumu, čímž tyto projekty splňují definici výzkumu a vývoje dle § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů a pokynu D-288 a dále polemizuje s důkazy (ne)provedenými správcem daně a žalovaným k této otázce a jejich hodnocením. Žalobce však neprokázal formálně bezchybné zhotovení projektu výzkumu a vývoje, čímž nenaplnil základní požadavek zákonodárce na přiznání odpočtu na dani z příjmů. Soud se proto také těmito námitkami žalobce dále nezabýval, neboť s ohledem na výše uvedené jejich vyhodnocení nemohlo na rozhodnutí soudu nic změnit (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016-20).

VI. Závěr a náklady řízení

39. Krajský soud proto na základě výše uvedeného žalobu dle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl, neboť není důvodná.

40. O náhradě nákladů řízení krajský soud rozhodl podle § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Žalobce ve věci úspěch neměl (žaloba byla jako nedůvodná zamítnuta), a nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému správnímu orgánu, kterému by jinak jakožto úspěšnému účastníku řízení právo na náhradu nákladů řízení příslušelo, náklady řízení nad rámec jeho běžné administrativní činnosti nevznikly, pročež mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.