5 A 40/2023 – 167

Rubrum

Městský soud v Praze rozhodl v senátu složeném z předsedkyně senátu Mgr. Gabriely Bašné a soudců Mgr. Ondřeje Hrabce a Mgr. Kateřiny Kozákové v právní věci žalobce: proti žalovanému: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. sídlem Vídeňská 1083, Praha 4 zastoupen advokátem Mgr. Janem Dudákem, advokátem, sídlem Radlická 3185/1c, Praha 5 Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy sídlem Karmelitská 529/52, Praha 1 o žalobě na ochranu proti nečinnosti správního orgánu ze dne 12. 9. 2023, takto:

Výrok

I. Žalovaný je povinen vydat žalobci potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES financovaného z Národního programu obnovy dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění účinném do 31. 12. 2024, a to do 30 dní od právní moci tohoto rozsudku.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení o žalobě v celkové výši 43 954 Kč, do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jeho zástupce Mgr. Jana Dudáka, advokáta.

III. Žalobci se vrací přeplatek soudního poplatku ve výši 1 000 Kč z účtu Městského soudu v Praze ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jeho zástupce Mgr. Jana Dudáka, advokáta.

Odůvodnění

I. Základ sporu

1. Žalobce je veřejnou výzkumnou institucí dle zákona č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích, ve znění rozhodném (dále jen „zákon o veřejných výzkumných institucích“) a účastní se řešení projektů výzkumu a vývoje Programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES realizovaného v rámci Národního plánu obnovy (dále též „program EXCELES“). Žalobce uvedl, že je příjemcem prostředků EU v rámci projektu EXCELES, a rovněž tak je plátcem daně z přidané hodnoty (dále jen „DPH“).

2. Žalobce tedy dne 5. 6. 2023 požádal žalovaného o vydání potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění rozhodném (dále jen „zákon o DPH“), a to za účelem následného podání žádosti o vrácení daně podle § 81 odst. 2 zákona o DPH, jehož přílohou musí být právě sporné potvrzení.

3. Žalovaný sdělením ze dne 13. 7. 2023, č. j. MSMT–19056/2023–3 (dále jen „Sdělení“), žalobci odmítl potvrzení poskytnout dle § 155 odst. 3 zákona č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění rozhodném (dále jen „správní řád“), což odůvodnil poukazem na Národní plán obnovy, který je programem ČR a na jeho realizaci včetně projektů výzkumu a vývoje jsou poskytovány finanční prostředky ze státního rozpočtu a nikoli ze zdrojů EU; na podporu své argumentace odkázal i na odborné posouzení Ministerstva financí ze dne 12. 12. 2022, č. j. MF–32496/2022/1801–2.

4. Žalobce dne 27. 9. 2023 podal u Finančního úřadu pro hlavní město Prahu, územní pracoviště pro Prahu 4 dvě žádosti o vrácení DPH z prostředků ze zdrojů EU na podporu projektů výzkumu a vývoje.

II. Obsah žaloby, vyjádření žalovaného a následující podání

5. Soud stručně shrne žalobní námitky žalobce. Předně žalobce v podané žalobě v bodech 1., 2. identifikoval účastníky řízení a popsal skutkový stav, akcentoval, že je plátcem DPH a příjemcem prostředků ze zdrojů EU poskytnutých na podporu projektů výzkumu a vývoje, přičemž se účastní řešení projektů v programu EXCELES, který byl schválen usnesením vlády České republiky ze dne 13. 9. 2021, č. 796 za účelem využití Národního plánu obnovy – Facilita na podporu oživení a odolnost, zřízeného podle čl. 12 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 2021/241 ze dne 12. 2. 2021 (dále jen „Nařízení RRF“). Namítal, že nevydání potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES Sdělením je překážkou pro úspěšné uplatnění práva na vrácení daně, tj. toto se přímo dotýká jeho práv a majetkové sféry. Vysvětlil, že následkem nedoložení tohoto potvrzení by byla neúčinnost žádosti o vrácení daně, přičemž o neúčinnosti podání by nebylo vydáno ani žádné rozhodnutí, proti kterému by mohl žalobce jinak podat opravný prostředek.

6. V bodech 3. a 4. žaloby se žalobce vyjádřil k předmětu žaloby a obhajoval její přípustnost.

7. V bodě 5. žalobce nejprve namítal nepřezkoumatelnost odůvodnění Sdělení dle ustanovení § 68 odst. 3 správního řádu, jelikož je dle jeho názoru nepřesné, zavádějící, neboť pomíjí skutečnost, že zdrojem těchto prostředků je ve skutečnosti rozpočet EU.

8. Z procesní opatrnosti a v zájmu hospodárnosti se žalobce dále v žalobě vymezil i proti tvrzením, posouzení a závěrům uvedeným ve Sdělení žalovaným odkazovaném stanovisku Ministerstva financí, které označil za zjevně účelové s ohledem na nesprávné použití jazykového výkladu pojmů „rozpočet“ a „příjemce. Žalobce přistoupil k výkladu ustanovení § 81 odst. 2 zákona o DPH, v němž akcentoval, že záměrem zákonodárce bylo umožnit vrácení daně za podmínky, že daň nelze z prostředků EU uhradit, a to bez ohledu na skutečnost, z jakých zdrojů bude tato daň primárně uhrazena. Z čehož dovodil právo požádat o vrácení daně z nenávratné finanční pomoci (vč. zdrojů EU), která je poskytnuta na podporu výzkumu a vývoje, a to tehdy, pokud žalovaný při poskytnutí finanční pomoci stanoví podmínku, že z této pomoci nesmí být hrazena daň (DPH). Na podporu svého právního názoru o původu dotčených finančních prostředků odkázal i na smlouvy o poskytnutí účelové podpory ze dne 24. 6. 2022 a ze dne 31. 7. 2022 a ze dne 23. 6. 2022, jež byly uzavřeny na jednotlivé projekty spadající do programu EXCELES mezi ČR – žalovaným a Univerzitou Karlovou (příjemcem podpory) a poté s jednotlivými ústavy AV ČR dle ustanovení § 9 odst. 1 a 2 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon č. 130/2002 Sb.“), dle ustanovení § 14 odst. 2 a § 17 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „rozpočtová pravidla“) a v souladu s nařízením Komise (EU) č. 651/2014 ze dne 17. 6. 2014. Vyjádřil se i k rozpočtovým pravidlům považujícím prostředky poskytnuté ČR z rozpočtu EU za příjmy státního rozpočtu, které rozlišují mezi prostředky, jejichž zdrojem je státní rozpočet, a prostředky, jejichž zdrojem je rozpočet EU. Svůj názor, že původ dotčených finančních prostředků je ze zdrojů EU dokládal i programovými a dotačními dokumenty Národního plánu obnovu, Metodikou finančních toků. Současně upozornil na to, že EU stanovila pro RRF (Recovery and Resilience Facility) přímé řízení (srov. Nařízení RRF), a proto i Národní plán obnovy podléhá přímému řízení. Byl přesvědčen, že na zdroji prostředků (rozpočet EU) nemůže ničeho změnit ani „předfinancování“ ze státního rozpočtu, neboť zdrojem prostředků Národního plánu obnovy je rozpočet EU. S ohledem na shora vypočtené dokumenty (programové a dotační listiny, výzvu, pravidla publicity i smlouvy), z nichž vyplývá, že dotčené finanční prostředky mají původ v EU, namítal i porušení zásady legitimního očekávání ze strany žalovaného.

9. Namítal i nezákonnost Sdělení pro jeho nedostatečné odůvodnění a nesprávně zjištěný skutkový stav ohledně zdrojů finančních prostředků programu EXCELES. Postupem žalovaného tak bylo porušeno právo žalobce na spravedlivý proces, právo na legitimní očekávání, jakož i základní zásady činnosti správních orgánů. Sdělení označil za překvapivé, neboť jím předložené důkazy jednoznačně podporují závěr, že podmínky pro vydání potvrzení jsou splněny.

10. Žalobce v žalobě navrhoval soudu, aby Sdělení zrušil a vrátil věc žalovanému k dalšímu řízení, in eventum, aby soud určil, že zásah žalovaného spočívající ve Sdělení je nezákonný, a aby soud žalovanému zakázal, aby pokračoval v tomto nezákonném zásahu a v porušování žalobcova práva na vydání pozitivního potvrzení o původu finančních prostředků, a aby žalovanému přikázal takové potvrzení vydat.

11. Žalovaný v písemném vyjádření k žalobě ze dne 13. 11. 2023 odmítl veškeré žalobní námitky. Akcentoval, že Sdělení není ani rozhodnutí ve smyslu ustanovení § 65 a násl. s. ř. s. a ani nezákonným zásahem. Byl přesvědčen, že nevydáním žalobcem požadovaného potvrzení není dotčena možnost žalobce podat žádost o vrácení DPH, neboť předložení potvrzení je jen jednou z podmínek pro vrácení DPH. I v případě, že by žalobci bylo požadované potvrzení vydáno, tak by to bez dalšího neznamenalo, že bude mít úspěch v řízení o vrácení DPH. Dle žalovaného by se pak žalobce mohl případně domáhat soudní ochrany v řízení před správními soudy proti vyrozumění finančního úřadu o neúčinnosti žádosti o vrácení daně.

12. K dalším námitkám žalobce týkajícím se absence podstatných náležitostí Sdělení žalovaný uvedl, že na Sdělení, které není rozhodnutím nelze v plném rozsahu vztáhnout požadavky na odůvodnění rozhodnutí podle ustanovení § 68 odst. 3 správního řádu. Přesto je dle žalovaného ze Sdělení zřejmé, že žalovaný posoudil žádost žalobce a dospěl k závěru, že s ohledem na skutečnost, že předmětné finanční prostředky jsou poskytovány ze státního rozpočtu ČR, nelze žalobci vydat požadované potvrzení. Souhlasil se žalobcem, že stanovisko Ministerstva financí nebylo závazným podkladem pro posouzení žádosti, přesto, s ohledem na jeho odborný obsah mu žalovaný přikládal značný význam. Připomněl, že vycházel i z dalších podkladů. Dále podrobně vyvracel názory žalobce, že předmětné finanční prostředky mají původ ve zdrojích EU a předkládal argumenty pro své přesvědčení, že tyto mají původ ve státním rozpočtu ČR; zejména protože jsou ve státním rozpočtu alokovány jako prostředky žalovaného, v rámci rozpočtové kapitoly 333, a jsou určeny k pokrytí výdajů v programu EXCELES.

13. K žalobní námitce týkající se legitimního očekávání žalovaný uvedl, že mu není nic známo o tom, že by žalobcem označené dokumenty explicitně zmiňovaly rozpočet EU jako přímý zdroj předmětných finančních prostředků. Námitky týkající se možného rozporu ustanovení § 81 odst. 2 zákona o DPH s právem EU pak dle žalovaného nejsou předmětem aktuálního řízení, neboť tato otázka by měla být posuzována až v řízení o vrácení DPH.

14. Žalovaný upozornil, že není správcem daně, kterému by svědčila pravomoc a příslušnost k řešení této otázky.

15. Žalobce se poté k věci vyjádřil podáním dne 4. 1. 2024, ve kterém zdůraznil, že žalovaný je povinen vydat potvrzení v případě, že jsou pro to splněny zákonné podmínky, aniž by zkoumal, za jakým účelem jej žalobce o toto potvrzení žádá; zákonem není vyžadováno prokázání konkrétního účelu žádosti, rovněž není povinností v žádosti prokazovat splnění dalších podmínek dle ustanovení § 81 odst. 2 zákona o DPH. Doplnil, že navrhovaný postup ze strany žalovaného (nejprve požádat správce daně o vrácení DPH) považuje za nesouladný se základními principy a zásadami rychlého a hospodárného daňového řízení, neboť žalovaný jej v podstatě nutí, aby opakovaně každé čtvrtletí podával žádosti o vrácení DPH, které nemají šance na úspěch, a následně, aby podával opravné prostředky a žalobu proti každému z nevyhnutelných rozhodnutí o odmítnutí žádosti o vrácení daně. Postup žalovaného by tedy dle žalobce vytvořil opakující se vzor zbytečných soudních sporů, což se potvrdilo i v tomto případě, jelikož žalobce z důvodu procesní opatrnosti v případě Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. požádal správce daně o vrácení DPH dle § 81 zákona o DPH dne 27. 9. 2023, na což reagoval správce daně zasláním výzvy k odstranění vad podání, ve které byl vyzván k odstranění vad spočívajících v nedoložení potvrzení, které má vydat žalovaný.

16. Na tomto místě má soud za vhodné z důvodu přehlednosti a časové souslednosti dalších úkonů účastníků popsat následný procesní vývoj v řízení. Procesní vývoj v dané věci 17. Soud v dané věci již jednou rozhodl, a to usnesením ze dne 19. 1. 2024, č. j. 5 A 40/2023–74, v němž výrokem pod bodem I. odmítl žalobu proti rozhodnutí (tj. Sdělení); výrokem pod bodem II. odmítl i žalobu na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného, spočívajícím ve vydání Sdělení; výroky pod body III. až VI. bylo rozhodnuto o nákladech řízení a vrácení soudních poplatků. Unesení bylo ke kasační stížnosti žalobce ve výrocích II. a III. zrušeno rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 9. 2024, č. j. 9 Afs 49/2024–36, a vráceno zdejšímu soudu zpět (dále též „zrušující rozsudek 1“). Přičemž Nejvyšší správní soud v odůvodnění zrušujícího rozsudku 1 upozornil na paralelní soudní řízení vedené jiným ústavem Akademie věd ČR – Ústavem organické chemie a biochemie ve skutkově shodné věci, jenž je před zdejším soudem vedeno pod sp. zn. 6 A 75/2023 a kasační řízení, v němž bylo napadeno usnesení ze dne 17. 1. 2024, č. j. 6 A 75/2023–71, bylo vedeno před Nejvyšším správním soudem pod sp. zn 8 Afs 45/2024 (dále též „zrušující rozsudek osmého senátu“), kde již byl dne 3. 4. 2024 vydán rozsudek. Nejvyšší správní soud v odstavci [19] zrušujícího rozsudku 1 odkázal na rozsudek osmého senátu, v němž osmý senát dospěl k závěru, že potvrzení o původu finančních prostředků autoritativně nestanovuje ani nedeklaruje žádná práva a povinnosti, nejedná se proto o rozhodnutí dle § 9, § § 67 správního řádu, ani podle § 65 s. ř. s. Zároveň osmý senát blíže posoudil právní povahu potvrzení o původu finančních prostředků dle § 81 odst. 2 zákona o DPH a uvedl: „… že se jedná o úkon správního orgánu podle části čtvrté úkon správního orgánu podle části čtvrté správního řádu, čemuž ostatně odpovídá i postup žalovaného, který žádost stěžovatelky o vydání potvrzení vyřídil způsobem podle § 155 odst. 3 správního řádu, a sice ji uvědomil o skutečnosti, že potvrzení nelze vydat, jelikož prostředky pocházejí ze státního rozpočtu (viz odst. [16] rozsudku č. j. 8 Afs 45/2024–57).

20. Kasační soud shrnul judikaturu rozšířeného senátu zdejšího soudu ve vztahu k vymezení rozdílů mezi tím, zda je individuální správní akt osvědčením nebo deklaratorním rozhodnutím. Dospěl k závěru, že informace o původu finančních prostředků je mezi účastníky sporná, nicméně se jedná o akt pohybující se z převážné části v rovině skutkové – nikoliv autoritativně potvrzuje informaci o zdroji financí. Potvrzení o původu finančních prostředků nezasahuje do práv a povinností stěžovatelky, k takovému zásahu dojde až v řízení o její žádosti podle § 81 zákona o DPH, kdy o nároku na vrácení daně rozhoduje až příslušný finanční úřad. Skutečnosti uvedené v potvrzení lze vyvrátit důkazem opaku. Potvrzení určuje původ finančních prostředků, avšak tak činí nezávazně a vyvratitelně (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 16. 11. 2010, č. j. 7 Aps 3/2008–98, č. 2206/2011 Sb. NSS, odst. [25] a tam citovanou judikaturu). Nejedná se tedy o normativní akt. Potvrzení o původu finančních prostředků podle § 81 zákona o DPH je dle názoru kasačního soudu osvědčením (viz. odst. [18] a [20] rozsudku č. j. 8 Afs 45/2024–57).

21. V nyní projednávané věci kasační soud neshledal důvod se od závěrů rozsudku č. j. 8 Afs 45/2024–57 odchýlit. Již výše uvedl, že se jedná o skutkově shodnou věc.“ Nejvyšší správní soud tedy ve zrušujícím rozsudku 1 ve shodě se zrušujícím rozsudkem osmého senátu shledal, že Sdělení je třeba považovat za osvědčení, které je podkladem pro podání žádosti o vrácení daně podle § 81 odst. 2 zákona o DPH. Konstatoval sice správnost právních závěrů pátého (potažmo i šestého) senátu zdejšího soudu v kasační stížnosti napadeném/ných usnesení, že proti nevydání povolení, resp. vydání negativního Sdělení (o nevydání předmětného potvrzení), nelze mít za správní rozhodnutí, proti němuž by bylo lze se bránit žalobou proti rozhodnutí dle § 65 a násl. s. ř. s., a rovněž tak jej nelze považovat za nezákonný zásah správních orgánů a brojit tak vůči němu žalobou podanou dle § 82 a násl. s. ř. s., nýbrž je nutno v tomto případě se ochrany domáhat prostřednictvím žaloby proti nečinnosti správního orgánu dle § 79 a násl. s. ř. s. (viz odstavce [23] až [26] zrušujícího rozsudku 1). Nicméně zdejšímu soudu (jak pátému, tak šestému senátu) bylo usnesení zrušeno, jelikož před vydáním daného usnesení nepřistoupil k poučení žalobce o nevhodně zvoleném žalobním typu a neumožnil mu (v případě závěru o přípustnosti žaloby na ochranu nečinnosti) jej změnit.

18. V mezidobí šestý senát zdejšího soudu vydal v pořadí druhé rozhodnutí ve své věci, když rozsudkem ze dne 26. 9. 2024, č. j. 6 A 75/2023–168, žalobu zamítl. Šestý senát měl za to, že pro vydání potvrzení dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH, které je podkladem pro podání žádosti o vrácení daně dle § 81 odst. 2 zákona o DPH, nebyly splněny zákonné podmínky, neboť původ finančních prostředků, ohledně nichž bylo potvrzení vyžadováno, nebyl ze zdrojů EU. Šestý senát totiž dospěl k názoru, že zdrojem dotčených prostředků programu EXCELES je státní rozpočet ČR. Ke kasační stížnosti žalobce Nejvyšší správní soud rozsudkem ze dne 23. 1. 2025, č. j. 1 Afs 262/2024–66 (dále též „zrušující rozsudek prvého senátu“), zrušil napadený rozsudek šestého senátu zdejšího soudu, jelikož dospěl v odstavci [19] k opačnému právnímu názoru při zjišťování původu dotčených finančních prostředků, a to že jejich zdrojem je EU, neboť: „z hlediska zjišťování původu finančních prostředků je nezbytné odlišovat pojmy „příjem“ či „příjemce“ finančních prostředků od pojmů „původ“ či „zdroj“ finančních prostředků. Žalovaný sice má pravdu v tom, že (přímým) příjemcem podpory vymezené v nařízení RRF a prováděcím rozhodnutí je členský stát, zde tedy ČR. Toto určení přímého příjemce finanční podpory však neznamená, že finanční prostředky poskytnuté EU na základě prováděcího rozhodnutí na plnění Národního plánu obnovy ztrácí svůj originální původ, který vyplývá z čl. 2 prováděcího rozhodnutí, podle něhož finanční příspěvek poskytuje EU. Právě rozpočet EU je tedy z hlediska skutkového zdrojem prostředků. Tím je dán unijní původ finančních prostředků poskytovaných v rámci programu EXCELES, jenž je jedním z programů spadajících pod Národní plán obnovy.“ (podtržení přidáno soudem). Tento právní názor následně podrobně vysvětlil, konkrétně v odstavci [20] poukazem na to, že dotčené finanční prostředky představují účelově vázanou finanční pomoc určenou k realizaci konkrétních cílů stanovených právem EU a dále na to, že v případě neoprávněného čerpání prostředků by byla v konečném důsledku poškozena EU a její rozpočet, nikoliv rozpočet ČR. Vyjádření účastníků po vrácení věci Nejvyšším správním soudem pátému senátu zdejšího soudu 19. Žalovaný ve vyjádření ze dne 21. 11. 2024 nerozporoval, že žalobce měl dle právního názoru Nejvyššího správního soudu v dané věci využít obranu prostřednictvím žaloby na ochranu proti nečinnosti správního orgánu; nicméně upozornil, že teprve dne 18. 11. 2024 mu bylo ze strany žalobce doručeno opatření proti (v žalobě) tvrzené nečinnosti žalovaného; dosud však toto opatření nebylo vyřízeno. Doplnil, že v mezidobí šestý senát zdejšího soudu ve skutkově shodné věci vedené pod sp. zn. 6 A 75/2023 dne 26. 9. 2024 vydal rozsudek, v němž žalobu žalobce zamítl s odůvodněním, že dotčené finanční prostředky mají zdroj ve státním rozpočtu.

20. Žalobce ve vyjádření ze dne 25. 11. 2024 jednak potvrdil, že podal k žalovanému opatření proti nečinnosti v dané věci, dále setrval na svém právním názoru o původu dotčených finančních prostředků ve zdrojích EU, zopakoval a blíže rozvedl zejména žalobní námitky týkající se původu finančních prostředků a porušení zásady legitimního očekávání, a rovněž tak navrhl změnu žalobního petitu tak, aby soud uložil žalovanému ve lhůtě nejpozději do 30 dnů od právní moci rozsudku, vydat pozitivní potvrzení, že finanční prostředky pro projekty žalobce v programu EXCELES mají původ ve zdrojích EU dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH.

21. Žalovaný v podání ze dne 2. 12. 2024 uvedl, že žalovaný nevyhověl žalobcem uplatněnému opatření proti nečinnosti usnesením ministra žalovaného ze dne 27. 11. 2024, č. j. MSMT–20739/2024–2.

22. Žalobce v podání ze dne 12. 12. 2024 soudu potvrdil nevyhovění svého opatření proti nečinnosti ze strany žalovaného a setrval na svém právním názoru ohledně zdrojů dotčených finančních prostředků. A v podání ze dne 14. 2. 2025 soud informoval o rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 1. 2025, č. j. 1 Afs 262/2024–66, jímž bylo zrušeno v pořadí druhé rozhodnutí šestého senátu ze dne 26. 9. 2024, č. j. 6 A 75/2023–168.

23. Pátý senát zdejšího soudu tedy usnesením ze dne 4. 2. 2025, č. j. 5 A 40/2023–139, v právní moci dne 6. 2. 2025, připustil k návrhu žalobce změnu žalobního petitu navrženou v podání ze dne 25. 11. 2024.

III. Ústní jednání ve věci

24. Na ústním jednání dne 19. 3. 2025 právní zástupce žalobce odkázal na žalobu a veškerá svá podání v soudním řízení, zejména na předcházející judikaturní průběh s akcentem na zrušující rozsudek prvého senátu, v němž byla autoritativně vyřešena otázka pro rozhodnutí v dané věci podstatná, a to že program EXCELES je financován ze zdrojů EU, tudíž problematika předfinancování programu ze státního rozpočtu je v dané věci zcela irelevantní, jelikož se jinými slovy řečeno jedná jen o vnitrostátní postup přeskupení finančních prostředků, bez vlivu na určení jeho zdroje.

25. Žalovaný odkázal na svá vyjádření ve věci, nesouhlasil s přípustností tzv. nečinnostní žaloby v dané věci, jelikož žalobce nevyužil § 79 odst. 1 s. ř. s. a neuplatnil před podáním žaloby opatření na ochranu před nečinností správního orgánu. Připustil, že takovéto opatření žalobce u žalovaného podal, ale stalo se tak opožděně, až dne 25. 11. 2024, tj. po podání žaloby. Taktéž namítal, že s ohledem skutečnost, že v mezidobí došlo ke zrušení § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH novelou č. 461/2024 Sb., nelze se již domáhat nároku na potvrzení dle neplatného § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH ve věci podanou žalobou.

26. Soud předně konstatoval, že k důkazu nebude provádět listiny, které měly k dispozici oba účastníci a o nichž nebylo mezi nimi sporu. K důkazu však soud přečetl listiny předložené žalobcem, jenž soud nenalezl v listinách předložených žalovaným a při rozhodnutí z jejich obsahu soud vycházel. Konkrétně tedy soud k důkazu přečetl výpis z webové stránky Ares k osobě žalobce a z níž je zřejmé, že žalobce je plátcem DPH (registrace platná od 1. 6. 2005); dále k důkazu přečetl žalobcem navržené důkazy, a to podstatný obsah usnesení vlády ČR č. 796 ze dne 13. 9. 2021, jímž byl v bodě I. schválen „Program podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES (dále jen „Program“) obsažený v části II.I materiálu čj. 966/21 v souladu s § 5 odst. 2 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu a vývoje), ve znění pozdějších předpisů, s tím, že financování Programu bude zajištěno podle výše disponibilních prostředků schválených pro tuto komponentu na úrovni Evropské komise a vyčleněných ve státním rozpočtu České republiky pro financování komponenty 5.1 Národního plánu obnovy České republiky jako prostředků hrazených z fondů Evropské unie“; podstatný obsah usnesení vlády ČR č. 467 ze dne 17. 5. 2021, jímž byl v bodě I. schválen „materiál „Národní plán obnovy“ obsažený v části IV. materiálu čj. 503/21“ a v části III. bod 3. bylo uloženo mj. i „jednotlivým vlastníkům komponent zajistit činnosti obsažené v příloze č. 2 tohoto usnesení“; v příloze č. 2 tohoto usnesení vlády pak byl obsažen detailní popis rozdělení činností a odpovědnosti vlastníka komponenty při implementaci; z webových stránek https://planobnovy.gov.cz/hlavni–pilire/vyzkum–vyvoj–a–inovace/#hlavni–komponenty, soud přečetl, že mezi hlavní komponenty Národního plánu obnovy pro výzkum, vývoj a inovaci patří pod bodem „5.1 Excelentní výzkum a vývoj ve zdravotnictví“; dále soud z k důkazu přečetl preambuli Smlouvy o poskytnutí účelové podpory na řešení projektu výzkumu, vývoje a inovací č. LX22NPO5102 uzavřenou mezi žalovaným (v postavení poskytovatele podpory) a Univerzitou Karlovou (příjemcem podpory) dne 24. 6. 2022 a preambuli Smlouvy o poskytnutí účelové podpory na řešení projektu výzkumu, vývoje a inovací č. LX22NPO5103 dne 23. 6. 2022, uzavřenou mezi žalovaným jakožto poskytovatelem podpory a žalobcem na straně příjemce, z nichž vyplynulo, že tyto smlouvy byly uzavírány mimo jiné dle § 9 odst. 1, 2 zákona o podpoře výzkumu; soud přečetl ze Smlouvy o účasti na řešení projektu uzavřenou mezi Univerzitou Karlovou (příjemce) a na druhé straně s žalobcem a Ústavem organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. (což je žalobce ve věci vedené před zdejším soudem pod sp. zn. 6 A 75/2023) v postavení „dalších účastníků“ text čl. II. bod 2., kde je uvedeno: „Účelem této Smlouvy je realizace projektu Národní ústav pro výzkum rakoviny – NÚVR, anglicky National Institute for Cancer Research – NICR, kód projektu: LX22NPO5102 (dále jen „NÚVR“ nebo „NICR“ nebo „Projekt“) v rámci Národního plánu obnovy, Programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES. Poskytovatelem prostředků na realizaci Projektu je Ministerstvo školství, mládeže, a tělovýchovy (dále také „MŠMT“ nebo „Poskytovatel“) v rámci Programu EXCELES, který je programem podpory výzkumu, vývoje a inovací definovaným v zákoně č. 130/2002 Sb.1, který je určen na podporu projektů výzkumu, vývoje a inovací vymezených tamtéž2. Na řešení projektů bude poskytována účelová podpora3.“; dále soud k důkazu přečetl Zadávací dokumentaci pro veřejnou soutěž ve VaVal: Program EXCELES (podpora excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví) ze dne 8. 12. 2021, kde je v čl.

1. Úvod uvedeno: „Tato zadávací dokumentace (dále též ZD) zpracovaná podle zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací), ve znění pozdějších předpisů, je souborem podkladů a informací nezbytných pro zpracování a podání návrhu projektu do první veřejné soutěže ve výzkumu, vývoji a inovacích Programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES1 (dále jen „program EXCELES“), který byl schválen usnesením vlády České republiky dne 13. září 2021 č.

796. Zadávací dokumentace obsahuje i podmínky řešení2 projektů, poskytování a užití podpory, kritéria a způsob hodnocení v programu EXCELES. Podmínkou účasti v první veřejné soutěži ve výzkumu, vývoji a inovacích (dále jen „veřejná soutěž“) programu EXCELES je splnění všech náležitostí definovaných v této zadávací dokumentaci. Každý uchazeč musí zejména podat žádost o podporu v programu EXCELES formou návrhu projektu zpracovaného podle této zadávací dokumentace a doručit jej poskytovateli do veřejné soutěže v soutěžní lhůtě.“; a z Metodického pokynu finančních toků pro Národní plán obnovy na období 2021–2026 Ministerstva průmyslu a obchodu s účinností od 11. 5. 2022 je v části nazvané Úvod v bodech 1) až 7) popsáno, že tento Metodický pokyn tvoří základní rámec finančního řízení peněžních prostředků z Nástroje pro oživení a odolnost (RRF), byl vypracován v souladu s právními předpisy EU a ČR, v kapitole 3 nazvané Předfinancování prostředků ze státního rozpočtu je uvedeno, že hlavní zásadou při využívání peněžních prostředků z rozpočtu EU je oddělení linie řídící/vedoucí/koordinační, platební, certifikační a auditní, je zde diagram, který podrobně znázorňuje finanční toky od Evropské komise na účet cizích prostředků mimo státní rozpočet pod správou MPO, poté státní rozpočet finanční prostředky rozúčtuje mezi jednotlivé příjemce; v kapitole 5 nazvané Správa účtu cizích prostředků je v bodě 4) uvedeno že příjmy jsou převody finančních prostředků z EK.

27. Účastníci po provedeném dokazování již další návrhy na doplnění dokazování neuvedli a neuplatnili ani žádné námitky proti provedenému dokazování.

IV. Posouzení žaloby

28. Městský soud se předně zabýval přípustností podané žaloby. Soud má z nesporných tvrzení účastníků i z listin jimi doložených v průběhu soudního řízení žalobu za přípustnou, jelikož dne 18. 11. 2024 bylo žalovanému doručeno žalobcovo opatření proti tvrzené nečinnosti žalovaného, kterému ministr žalovaného nevyhověl usnesením ze dne 27. 11. 2024, č. j. MSMT–20739/2024–2. Je sice pravdou, že žalovaný na ústním jednání sporoval přípustnost dané nečinnostní žaloby, neboť prostředek na ochranu proti nečinnosti byl v dané věci žalobcem podán opožděně, až po podání žaloby jako takové k soudu. V této souvislosti však soud odkazuje na nález Ústavního soudu ze dne 24. 8. 2021 sp. zn. IV. ÚS 3523/20, v němž bylo uvedeno následující: „je třeba upřednostnit ústavně konformní výklad § 79 odst. 1 s. ř. s. spočívající v tom, že překážka věcného projednání nečinnostní žaloby v podobě absence bezvýsledného vyčerpání prostředku ochrany proti nečinnosti před správním orgánem je překážkou odstranitelnou. Správní soud tudíž musí přihlížet k tomu, že v průběhu řízení nastal stav bezvýsledného vyčerpání prostředku ochrany ve smyslu § 79 s. ř. s., byť tu takový stav nebyl v době podání žaloby. […] v případě, že se žalobci nabízí tento prostředek, který nebyl dosud ani podán, musí soud žalobce na tuto skutečnost upozornit, poskytnout mu lhůtu k podání takového prostředku, a doloží–li v této lhůtě žalobce soudu, že prostředek podal, musí soud vyčkat, zda bude či nebude bezvýsledně vyčerpán.“ Tudíž, jinými slovy řečeno, nevyčerpal–li žalobce prostředky k ochraně proti nečinnosti před správními orgány (§ 79 odst. 1 s. ř. s.) před podáním žaloby na ochranu proti nečinnosti, byť z důvodu, že byl veden nesprávným právním názorem, že je v dané věci nutno podat jiný žalobní typ (např. žalobu proti rozhodnutí či na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu), musí jej soud vždy poučit nejen o správném žalobním typu, nýbrž ve světle citovaného nálezu Ústavního soudu rovněž o nezbytnosti splnit podmínku řízení žaloby na ochranu proti nečinnosti (tj. podat opatření proti nečinnosti k příslušnému správnímu orgánu) a zároveň umožnit žalobci v dodatečné lhůtě tuto překážku odstranit. Soud opakuje, že v nyní posuzované věci je z nesporných tvrzení účastníků i ze soudu doložených listin oběma účastníky zcela zjevné, že prostředek ochrany proti nečinnosti na úrovni státní správy byl žalobcem podán a žalovaný o něm usnesením ze dne 27. 11. 2024, č. j. MSMT–20739/2024–2, negativně rozhodl. Lze proto uzavřít, že žalobce naplnil zákonnou podmínku pro podání žaloby na ochranu proti nečinnosti, když bezvýsledně vyčerpal veškeré prostředky ochrany proti nečinnosti ve smyslu § 79 odst. 1 s. ř. s., a je přitom zcela irelevantní, zdali se tak stalo až po podání žaloby k soudu.

29. Dle § 81 odst. 1 s. ř. s. „Soud rozhoduje na základě skutkového stavu zjištěného ke dni svého rozhodnutí.“ 30. Podle § 81 odst. 2 zákona o DPH ve znění účinném do 31. 12. 2024: „Nárok na vrácení daně má rovněž osoba, která takovou daň zaplatila a která požádá o vrácení daně zaplacené z prostředků nenávratné zahraniční pomoci nebo z prostředků ze zdrojů Evropské unie poskytnutých na podporu projektů výzkumu a vývoje, pokud podle pravidel poskytovatele prostředků nemohou být tyto prostředky použity na úhradu daně.“ 31. Podle § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH ve znění účinném do 31. 12. 2024: „Žádost o vrácení daně musí být doložena potvrzením o původu finančních prostředků a o tom, že nakoupené zboží nebo poskytnutá služba je součástí některého programu nenávratné zahraniční pomoci, které vydá Ministerstvo financí nebo osoba Ministerstvem financí k vystavení takového potvrzení oprávněná.“ 32. Podle § 81 odst. 2 s. ř. s. „Je–li návrh důvodný, soud uloží rozsudkem správnímu orgánu povinnost vydat rozhodnutí nebo osvědčení a stanoví k tomu přiměřenou lhůtu, ne však delší, než kterou určuje zvláštní zákon.“ 33. Důvodová zpráva k zákonu o DPH ze dne 6. 11. 2003 k ustanovení § 81 zákona o DPH uvádí, následující: „Podle § 81 je nadále umožněno vrátit daň za zdanitelná plnění uskutečněná plátcem, který tato plnění hradí z prostředků zahraniční pomoci. Tímto institutem je realizován závazek České republiky neuplatňovat v takových případech nepřímé daně. Daň bude vrácena v souladu s mezinárodními smlouvami podle odstavce 1. V podstatě se bude jednat o vrácení daně za předvstupní programy (např. PHARE, SAPARD apod.) a projekty vyplývající z dvoustranných mezinárodních smluv.“ 34. Dle shora uvedené právní úpravy je tedy oprávněným subjektem k podání žádosti na vrácení daně dle § 81 odst. 2 zákona o DPH osoba, která daň zaplatila a požádá o vrácení daně zaplacené z prostředků ze zdrojů EU poskytnutých na podporu projektů výzkumu a vývoje podle zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací) [dále též „zákon o podpoře výzkumu“], pokud z těchto prostředků nemohla být daň uhrazena. Žádost o vrácení daně přitom musí být doložena daňovým dokladem nebo dokladem o prodeji zboží nebo poskytnutí služby. Tyto doklady musí být vystaveny plátcem daně. Taktéž mezi obligatorní přílohy žádosti náleží doklad o zaplacení daně a potvrzení o původu finančních prostředků o tom, že nakoupené zboží nebo poskytnutá služba je součástí některého z programů nenávratné zahraniční pomoci. Toto potvrzení vydává Ministerstvo financí nebo osoba, která je Ministerstvem financí k vystavení takového potvrzení oprávněná.

35. V dané věci je po skutkové stránce mezi účastníky nesporné, že žalobce je veřejnou výzkumnou institucí dle § 2 odst. 2 zákona č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích, ve znění do 31. 12. 2023; rovněž tak je plátcem DPH (registrace platná od 1. 6. 2005); a účastní se projektů Programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví EXCELES, který byl schválen usnesením vlády ČR č. 796 ze dne 13. 9. 2021 za účelem využití Národního plánu obnovy zřízeného dle nařízení RRF.

36. Co se týče žalobcem realizovaného programu EXCELES, tento spadá mezi implementační nástroje hlavního komponentu pod označením 5.

1. Excelentní výzkum a vývoj ve zdravotnictví Národního plánu obnovy, což bylo schváleno usnesení vlády ČR č 796 ze dne 13. 9. 2021. Program EXCELES se dle svého zaměření řadí k programům „podpory výzkumu, vývoje a inovací soubor věcných, časových a finančních podmínek pro činnosti potřebné k dosažení cílů aplikovaného výzkumu, vývoje a inovací, vyhlášených poskytovatelem ve veřejné soutěži ve výzkumu, vývoji a inovacích nebo v zadání veřejné zakázky na jednotlivé projekty [písmeno i)] v rámci programu“ dle § 2 odst. 2 písm. g) bod 1 zákona o podpoře výzkumu. Žalovaný, jakožto vlastník komponenty pod označením 5. 1., nese při implementaci programu odpovědnost za realizaci daného programu, a to v souladu s čl. III. bod 3 usnesení vlády ČR č. 467, ze dne 17. 5. 2021, jehož příloha č. 2 obsahuje rozčlenění jednotlivých povinností a činností spojených s realizací v rámci projektů, resp. programů. Žalovanému tedy svědčí postavení poskytovatele podpory dle § 2 odst. 2 písm. a) zákona o podpoře výzkumu, v němž je definován pojem poskytovatele tak, že se jím pro účely citovaného zákona rozumí: „… organizační složka státu nebo územní samosprávný celek, který rozhoduje o poskytnutí podpory a který tuto podporu poskytuje“. Proto žalovaný v postavení poskytovatele podpory uzavřel s Univerzitou Karlovou (příjemcem podpory) dne 24. 6. 2022 Smlouvu o poskytnutí účelové podpory na řešení projektu výzkumu, vývoje a inovací č. LX22NPO5102 a dne 23. 6. 2022 Smlouvu o poskytnutí účelové podpory na řešení projektu výzkumu, vývoje a inovací č. LX22NPO5103 uzavřenou mezi žalovaným jakožto poskytovatelem podpory a žalobcem na straně příjemce. Z preambule obou smluv jednoznačně vyplývá, že tyto jsou uzavírány mimo jiné dle § 9 odst. 1, 2 zákona o podpoře výzkumu. V ustanovení § 9 odst. 1 věta prvá a druhá zákona o podpoře výzkumu je stanoveno, že: „Poskytovatel uzavře s příjemcem účelové podpory na projekt podle § 3 odst. 2 smlouvu o poskytnutí podpory, která musí mít písemnou formu. Smlouva se uzavírá na dobu řešení projektu a následující období potřebné pro vyhodnocení výsledků řešení projektu, včetně finančního vypořádání poskytnuté podpory podle rozpočtových pravidel.“; dále jsou v tomto odstavci vypočteny podstatné náležitosti dotčených smluv a v odst. 2 téhož zákona je stanoveno, že nedílnou součástí smlouvy je schválený návrh projektu.

37. Z rozhodnutí Ministerstva financí ze dne 2. 11. 2009, č. j. 49/72857/2009–491, i z dopisu náměstka pro řízení sekce Daně a cla ze dne 12. 12. 2022, č. j.: MF–32496/2022/1801–2, má soud za prokázané, že Ministerstvo financí dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH k vydání potvrzení ze zdrojů EU, kde podle pravidel nemohou být poskytnuté finanční prostředky na úhradu daně a o tom, že nakoupené zboží či poskytnutá služba je součástí některého programu či projektu financovaného ze zdrojů EU, oprávnilo právě žalovaného.

38. Žalobce žalovanému žádost o vydání potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES financovaného z Národního programu obnovy ze dne 5. 6. 2023 podal, žalovaný však vyžadované potvrzení nevydal, jelikož dospěl k názoru, že Národní plán obnovy je program České republiky a na jednotlivá opatření realizovaná v jeho rámci, která naplňují jeho cíle a milníky, tj. i na projekty výzkumu a vývoje v programu EXCELES, jsou poskytovány finanční prostředky ze státního rozpočtu ČR a nikoli ze zdrojů EU, což žalovaný uvedl v odůvodnění ve Sdělení ze dne 13. 7. 2023.

39. Soud připomíná, že ve zrušujícím rozsudku prvního senátu již bylo postaveno na jisto, že v případě finančních prostředků programu EXCELES je dán jejich unijní původ, tudíž došlo k vyvrácení základního argumentu žalovaného, který jej vedl k nesprávnému rozhodnutí o nevydání potvrzení žalobci. V tomto zrušujícím rozsudku první senát mimo jiné v bodech [21] až [25] konkrétně reagoval na argumentaci žalovaného a podrobně vysvětlil, proč je třeba sporné finanční prostředky považovat za prostředky z unijních zdrojů: „

21. ČR tak přijaté prostředky z EU dále přerozděluje na individuální projekty souladné s cíli a milníky definovanými Národním plánem obnovy, který pouze rozpracovává cíle podle nařízení RRF. I v případě Nástroje pro oživení a odolnost se obdobně jako např. u strukturálních fondů uplatňují standardní principy programového financování EU, tj. zejména účelová vázanost prostředků na vyhlášený program a jeho podmínky (resp. jeho cíle), řízení a kontrola využití prostředků ze strany EU (včetně možnosti financování pozastavit či dokonce zrušit) a právě hrazení ze zdrojů EU. Současně je podstatné, že v tomto případě dochází výlučně k čerpání prostředků ze zdrojů EU, ze státního rozpočtu probíhá pouze předfinancování programů, které posléze EU plně kompenzuje.

22. Je–li klíčovou argumentací žalovaného, že finanční prostředky pro program EXCELES jsou rozepsány ve státním rozpočtu, resp. jeho příslušné kapitole, a dále ve státním závěrečném účtu či závěrečném účtu kapitoly, je nezbytné uvést, že toto rozepsání neznamená, že původ těchto prostředků je v ČR. Nejvyšší správní soud upozorňuje na znění § 6 odst. 2 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), podle něhož pro účely tohoto zákona se příspěvky a dotace poskytnuté ze zahraničí (dále jen "prostředky poskytnuté ze zahraničí") organizačním složkám státu použité v běžném rozpočtovém roce považují za příjmy státního rozpočtu. Za prostředky poskytnuté ze zahraničí se považují i prostředky poskytnuté České republice z rozpočtu Evropské unie a přijaté organizačními složkami státu z Národního fondu. Toto ustanovení vzhledem k unijnímu původu prostředků stanovuje pouze právní fikci („považují se“) toho, že jde v případě pomoci z EU o příjem státního rozpočtu. Právní skutečnost existence příjmu státního rozpočtu ze zdrojů EU je v citovaném ustanovení fingována právě proto, že reálným zdrojem prostředků nadále zůstává EU (právní fikce se přitom použije pouze pro účely výše uvedeného zákona, nikoliv tedy pro účely zákona o DPH). I rozpočtová pravidla tak vyjadřují, že rozepsání finančních prostředků ze zdrojů EU ve státním rozpočtu, popř. ve státním závěrečném účtu nemění jejich originální zdroj (z hlediska skutkového se pro účely zákona o DPH nemění původ těchto prostředků). Nejvyšší správní soud proto konstatuje, že unijní původ posuzovaných finančních prostředků zůstává zachován i v případě nepřímého financování projektů přes jejich rozepsání ve státním rozpočtu (a tedy posléze i ve státním závěrečném účtu či závěrečném účtu rozpočtové kapitoly). Pokud žalovaný pracuje s tvrzením, že přímým příjemcem prostředků je ČR, nikoli žadatelé o podporu konkrétního projektu, je nezbytné odkázat jej přímo na dokumentaci schváleného Národního plánu obnovy (Národní plán obnovy: Plán pro oživení a odolnost České republiky, Praha, září 2021, s. 70, 75, 79 atd., obdobně též Metodický pokyn finančních toků pro Národní plán obnovy na období 2021–2026, oba dostupné z: https://planobnovy.gov.cz/o–npo/ke–stazeni/), která za „konečné příjemce“ prostředků z Nástroje pro oživení a odolnost označuje až individuální adresáty žádající o podporu projektů, jako je stěžovatel. Tím je zjevné, že sama ČR, jejíž organizační složkou je žalovaný, uznává, že úspěšné žadatele o podporu v programech spadajících pod Národní plán obnovy lze chápat jako nepřímé, resp. konečné příjemce podpory ze zdrojů EU. Toto označení konečných příjemců není nikterak překvapivé vzhledem k výše uvedeným skutečnostem vztahujícím se k trvajícímu řízení prostředků ze strany EU (primárně až zpětné úhrady financí na základě vykázání splněných cílů) i možnosti kontroly jejich spotřebovávání za účelem ochrany finančních zájmů EU. V závěrečném účtu kapitoly MŠMT za rok 2022 (dostupné z: https://msmt.gov.cz/vzdelavani/skolstvi–v–cr/ekonomika–skolstvi/statni–zaverecny–ucet–msmt–za–rok–2022, s. 80) pak je uvedeno, že „(p)rostředky na realizaci NPO budou České republice poskytnuty z Evropské unie prostřednictvím Nástroje pro oživení a odolnost (Recovery and Resilience Facility) a to v průběhu let 2021–2026. MŠMT má z NPO v gesci tři komponenty s celkovou alokací 23 mld. Kč. Z pilíře 3 Vzdělávání a trh práce to jsou 3.1 Inovace ve vzdělávání v kontextu digitalizace a 3.2 Adaptace kapacity a zaměření školních programů. V pilíři 5 Výzkum, vývoj a inovace se jedná o komponentu 5.1 Program podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES.“ Městský soud v odůvodnění svého rozhodnutí (tj. rozsudek ze dne 26. 9. 2024, č. j. 6 A 75/2023–168) uvedl, že nebýt nástroje RRF, tak by Česká republika neměla prostředky pro realizaci Národního plánu obnovy, jehož součástí je program EXCELES. Není tedy pochyb o tom, že i městský soud si byl vědom, odkud z hlediska skutkového stavu finanční prostředky pochází, nicméně se nesprávně domníval, že určením členského státu jako přímého příjemce těchto prostředků došlo ke změně původu těchto prostředků (ke změně skutkového stavu ohledně původu finančních prostředků). Skutečnost, že přímým příjemcem prostředků je podle prováděcího rozhodnutí ČR, však významná pro vlastní materiální posouzení původu, resp. zdroje prostředků není. Ani skutečnost, že Česká republika poskytuje výdaje ze svého státního rozpočtu, a poté až následně žádá Komisi o platbu z nástroje RRF, není podstatná. Podle Nejvyššího správního soudu bez ohledu na to, kdy jsou finanční prostředky čerpány, případně kým jsou „předfinancovány“, se jedná materiálně o finanční prostředky ze zdrojů EU.

40. Soud shrnuje, že v dané věci byl žalovaný veden nesprávným právním názorem ohledně původu finančních prostředků programu EXCELES, na jehož základě tedy v rozporu s § 81 odst. 4 písm. c) zákona DPH žalobci nevydal žádostí ze dne 5. 6. 2023 požadované potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES. Jelikož je třeba ve světle zrušujícího rozsudku 1 Sdělení považovat za osvědčení, které je podkladem pro podání žádosti o vrácení daně podle § 81 odst. 2 zákona o DPH, bylo konstatováno, že žalobce je oprávněn se domáhat svých práv na vydání potvrzení prostřednictvím tzv. nečinnostní žalobě. Žalobce tomuto požadavku dostál prostřednictvím návrhu na změnu žalobního petitu v dané věci, což soud usnesením ze dne 4. 2. 2025, č. j. 5 A 40/2023–139, připustil. Žalobce poté bezvýsledně u žalovaného uplatnil opatření proti nečinnosti, neboť opatření nebylo usnesením ministra žalovaného ze dne 27. 11. 2024, č. j. MSMT–20739/2024–2, vyhověno.

41. K námitce žalovaného vznesené na ústním jednání, v níž sporoval možnost žalobce domáhat se nároku na potvrzení o původu finančních prostředků dle neplatného § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH, jelikož v mezidobí došlo ke zrušení citovaného zákonného ustanovení novelou č. 461/2024 Sb., soud uvádí, že čl. II. bod 1. novely č. 461/2024 Sb., stanoví, že: „[P]ro daňové povinnosti u daně z přidané hodnoty vzniklé přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, jakož i pro práva a povinnosti s nimi související se použije zákon č. 235/2004 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.“ Z uvedeného je tak zřejmé, že byť daná novela § 81 odst. 4 písm. c) zákona o DPH zrušila, přesto je třeba na řízení zahájená přede dnem nabytí její účinnosti, tj. do dne 31. 12. 2024, když novela nabyla účinnosti ke dni 1. 1. 2025, aplikovat předchozí znění zákona o DPH. Námitku žalobce proto soud shledal nedůvodnou.

42. V případě žaloby požadující vydání osvědčení soud upozorňuje, že je nelze vydat ve smyslu § 155 odst. 3 zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, nejsou totiž přezkoumatelné soudem. Proto se lze domáhat jedině vydání osvědčení o konkrétním obsahu. Podstata nečinnosti zde proto nespočívá v absenci reakce správního orgánu, ale v nevydání požadovaného osvědčení v situaci, kdy na to má adresát právní nárok. Soud tedy musí posoudit nejen vlastní nečinnost správního orgánu, ale i skutečnost, zda má žalobce nárok na vydání osvědčení o určitém obsahu. Soud následně buď přikáže osvědčení vydat, nebo žalobu zamítne (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 5. 2010, č. j. 2 Ans 1/2009–71, č. 2114/2010 Sb. NSS, a ze dne 22. 1. 2010, č. j. 5 Ans 4/2009–63). V nyní posuzované věci tak soud musel posoudit, zda měl žalovaný povinnost vydat osvědčení a pokud ano, jakého obsahu.

43. V dané věci soud dospěl k závěru, že se žalovaný tím, že dosud k žádosti žalobce ze dne 5. 6. 2023 nevydal požadované potvrzení o původu finančních prostředků, stal nečinným. A s ohledem na shora uvedené právní posouzení věci, má soud za to, že otázka původu finančních prostředků byla v nyní posuzované věci jednoznačně rozhodnuta tak, že jejich unijní původ je dán, a proto soud rozhodl ve výroku pod bodem I. nejen o povinnosti vydat sporné osvědčení, nýbrž i o jeho obsahu.

44. Ohledně lhůty, ve které má žalovaný rozhodnout, soud v tomto případě, tj. při uložení povinosti vydat osvědčení, přihlédl analogicky jak k délce zákonné lhůty stanovené pro vydání rozhodnutí, rovněž tak k dosavadní délce správního řízení (trvajícího více než dva roky), a v potaz vzal i skutečnost, že od konce ledna 2025 žalovaný věděl o závazném právním názoru Nejvyššího správního soudu o unijním původu finančních prostředků programu EXCELES, považuje tudíž lhůtu 30 dní za přiměřenou.

V. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

45. Z výše uvedených důvodů shledal soud návrh žalobce důvodným, a proto ve výroku pod bodem I. tohoto rozsudku uložil žalobci povinnost vydat osvědčení, k čemuž mu stanovil přiměřenou lhůtu dle § 81 odst. 2 s. ř. s.

46. Výrok o náhradě nákladů řízení žalobce je odůvodněn § 60 odst. 1 s. ř. s. Úspěšný žalobce má proti žalovanému právo na náhradu nákladů řízení, jež sestávají ze zaplaceného soudního poplatku za žalobu ve výši 2 000 Kč a za podanou kasační stížnost k NSS ve výši 5 000 Kč, dále má žalobce právo na náhradu nákladů zastoupení advokátem. Jejich výši soud určil v souladu s vyhláškou Ministerstva spravedlnosti č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění účinném do 31. 12. 2024, jež jsou tvořeny odměnou za 6 úkonů právní služby po 3 100 Kč za převzetí a přípravu zastoupení, za sepis žaloby; písemné podání ze dne 4. 1. 2024; kasační stížnost ze dne 5. 2. 2024; písemné podání ze dne 25. 11. 2024 a ze dne 12. 12. 2024 [§ 7 bod 5., § 9 odst. 4 písm. d), § 11 odst. 1 písm. a), d)], paušální náhradou hotových výdajů ve výši 300 Kč za každý z těchto úkonů (§ 13 odst. 4), a částkou DPH ve výši 4 284 Kč. Dále soud za poskytování právních služeb právnímu zástupci žalobce přiznal náhradu nákladů řízení dle advokátního tarifu účinného ode dne 1. 1. 2025, jenž jsou tvořeny odměnou za dva úkony právní služby po 4 620 Kč, a to za písemné podání ze dne 14. 2. 2025 a za účast na ústním jednání dne 12. 3. 2025; dále paušální náhradou hotových výdajů ve výši 450 Kč za každý z těchto úkonů (§ 13 odst. 4), částkou DPH ve výši 2 130 Kč. Celkem je tak žalovaný povinen nahradit žalobci částku ve výši 43 954 Kč v přiměřené 30denní lhůty k rukám jeho zástupce (§ 149 odst. 1 zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, ve spojení s § 64 s. ř. s.). Soud konstatuje, že za uplatněný úkon žalobce spočívající v nahlížení do spisu 14. 12. 2023, nepřiznal žalobci náhradu nákladů řízení, jelikož tento není vypočten mezi úkony právní služby v § 11 advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024; soud dodává, že úkon prostudování spisu je sice možno uplatnit dle § 11 odst. 1 písm. f) advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024, avšak jen při skončení vyšetřování, což se v daném soudním řízení nestalo.

47. Výrok pod bodem III. o vrácení přeplatku na soudním poplatku je dán tím, že soud § 9 odst. 1 zákona č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích, vyzval žalobce usnesením ze dne 6. 11. 2024, č. j. 5 A 40/2023–110, k úhradě soudního poplatku stanoveného dle položky 18 bod 2 písm. a) Sazebníku soudních poplatků v částce 3 000 Kč, což žalobce dne 18. 11. 2024 učinil. Soud však zjistil, že žalobci byla nesprávně účtována položka 18 bod 2 a) Sazebníku soudních poplatků, která stanoví soudní poplatek ve výši 3 000 Kč v případě žalob proti rozhodnutí správního orgánu, což však není tento případ. Žalobce totiž k soudu podal žalobu na ochranu před nečinností správního orgánu, jež pojmově spadá pod položku 18 bod 2 d) Sazebníku soudních poplatků, kde je soudní poplatek nižší, toliko ve výši 2 000 Kč. Žalobce tím, že uhradil soudní poplatek v nesprávně předepsané výši, zaplatil soudu o 1 000 Kč více, než bylo jeho zákonnou povinností.

48. Podle § 10 odst. 1 zákona o soudních poplatcích soud vrátí z účtu soudu poplatek, jestliže jej zaplatil ten, kdo k tomu nebyl povinen. Bylo–li na poplatku zaplaceno více, než činila poplatková povinnost, vrátí soud přeplatek. Z účtu soudu vrátí soud obdobně i poplatek, popřípadě přeplatek na poplatku zaplaceném kolkovou známkou. Poplatek ani přeplatek na poplatku se nevrací, nepřevyšuje–li částku 50 Kč, s výjimkou uvedenou v odstavci 2.

49. Vzhledem k tomu, že žalobce zaplatil soudní poplatek vyšší, než byla jeho zákonem stanovená povinnost, rozhodl soud o vrácení zaplaceného soudního přeplatku ve výši 1 000 Kč žalobci.