55 Af 5/2023– 85

Rubrum

Krajský soud v Brně rozhodl v senátě složeném z předsedkyně Zuzany Bystřické a soudců Mariana Kokeše a Terezy Matuškové v právní věci žalobkyně: JOGA Luhačovice, s.r.o., IČO: 60697628 se sídlem Uherskobrodská 984, 763 26 Luhačovice zastoupena advokátem doc. JUDr. Ing. Radkem Jurčíkem, Ph.D. se sídlem Čápkova 47/44, 602 00 Brno proti žalovanému: Generální finanční ředitelství se sídlem Lazarská 15/7, 117 22 Praha o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 26. 4. 2023, č. j. 28450/23/7600–50500–501895, takto:

Výrok

I. Rozhodnutí žalovaného ze dne 26. 4. 2023, č. j. 28450/23/7600–50500–501895, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení částku 24 236 Kč, a to k rukám jejího zástupce do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. V nyní posuzovaném případě se soud zabýval porušením rozpočtové kázně, kterého se měla žalobkyně dopustit několika pochybeními v souvislosti s čerpáním dotací. Z úřední povinnosti soud hodnotil zejména otázku prekluze práva vyměřit odvod podle přímo použitelné unijní úpravy.

2. Ministerstvo životního prostředí ČR (dále jen „MŽP“) přiznalo žalobkyni rozhodnutím o poskytnutí dotace ze dne 7. 9. 2011 (dále jen „rozhodnutí o přiznání dotace“), ve znění rozhodnutí o poskytnutí dotace (změna) ze dne 26. 7. 2012 (dále jen „rozhodnutí o změně“), dotaci z Fondu soudržnosti v celkové výši 28 566 285,24 Kč. Dále rozhodnutím o poskytnutí podpory č. 08019884–SFŽP ze dne 5. 5. 2009 a smlouvou o poskytnutí podpory č. 08019884 ze dne 9. 9. 2011 (dále jen „Smlouva“), ve znění dodatku č. 1 ze dne 15. 8. 2012 (dále jen „dodatek Smlouvy“), byla žalobkyni přiznána dotace ze Státního fondu životního prostředí České republiky (dále jen „SFŽP“) v celkové výši 5 041 109,16 Kč. Peněžní prostředky z obou dotací poskytly správní orgány na vybudování projektu s názvem „Regionální kompostárna Slavičín“, reg. č. CZ.1.02/ 4.1.00/08.02670 (dále jen „Projekt“).

3. Dne 14. 3. 2017 zahájil Finanční úřad pro Zlínský kraj (dále jen „správce daně“) daňovou kontrolu v souvislosti s poskytnutím finančních prostředků na Projekt. Správce daně konstatoval porušení rozpočtové kázně a vydal platební výměry ze dne 17. 4. 2019, č. j. 924600/19/3300–31471–709493, kterým žalobkyni vyměřil odvod do SFŽP ve výši 1 981 736 Kč, a č. j. 924622/19/3300–31471–709493, kterým žalobkyni vyměřil odvod do Národního fondu ve výši 11 229 836 Kč (dále jen „platební výměry“). Důvodem pro vyměření odvodů měla být celkem čtyři pochybení žalobkyně, kterých se dopustila v souvislosti s čerpáním dotací na Projekt. Žalobkyně a) nesplnila v plné výši parametr výstavby kompostárny o celkové projektované kapacitě min. 25 tis. tun za rok; b) po dobu 5 let následného provozu neplnila kapacitu parametru kompostárny min. 25 tis. tun za rok, a nedodržela tak množství zpracovaného odpadu stanoveného rozhodnutím o poskytnutí dotace, a to v žádném roce; c) neplnila po dobu 5 let následného provozu množství separovaného a svezeného odpadu min. 18 tis. tun za rok, a nedodržela tak množství separovaného a svezeného odpadu stanoveného rozhodnutím o poskytnutí dotace, a to v žádném roce a d) nepředložila včas kompletní dokumentaci k závěrečnému vyhodnocení akce.

4. Odvolací finanční ředitelství (dále jen „OFŘ“) odvolání žalobkyně proti platebním výměrům zamítlo rozhodnutím ze dne 14. 8. 2020, č. j. 27644/20/5000–10610–712507. Proti němu se žalobkyně bránila u zdejšího soudu žalobou (v řízení vedeném pod sp. zn. 30 Af 62/2020), kterou soud odmítl, neboť v průběhu řízení žalovaný nařídil přezkum dotčeného rozhodnutí a rozhodnutím ze dne 15. 8. 2022, č. j. 30471/22/5000–10611–712507 (dále jen „prvostupňové rozhodnutí“), OFŘ snížilo odvod do SFŽP z částky 1 981 736 Kč na částku 99 310 Kč a do Národního fondu z částky 11 229 836 Kč na částku 562 756 Kč. Podle OFŘ se žalobkyně nedopustila porušení závazku naplnění kapacity svezeného odpadu tak, jak původně zjistil správce daně [pochybení c)]. Změnilo proto přezkoumávané rozhodnutí a konstatovalo, že smluvní strany si pouze ujednaly, že žalobkyně zajistí splnění parametru výstavby kompostárny o celkové projektované kapacitě min. 25 tis. tun za rok, nikoliv že je žalobkyně povinna zpracovat odpad v určeném množství za každý rok. Podle zjištění správního orgánu však žalobkyně nesplnila závazek vybudovat kompostárnu o dané kapacitě, neboť povolená kapacita dle rozhodnutí Krajského úřadu Zlínského kraje ze dne 2. 10. 2012, č. j. 132/KUZL 58637/2012, byla 24 720 tun za rok. Stejně tak nedošlo k jejímu naplnění v následujících pěti letech po dobu udržitelnosti projektu. OFŘ souhlasilo se správcem daně také v tom, že žalobkyně porušila povinnost předložení požadovaných dokumentů ve stanoveném termínu. S ohledem na učiněná zjištění posoudilo rozdílně závažnost shledaných pochybení a uložené odvody snížilo.

5. Odvolání žalobkyně žalovaný napadeným rozhodnutím zamítl a potvrdil závěry prvostupňového rozhodnutí. Proti napadenému rozhodnutí podala žalobkyně Krajskému soudu v Brně nyní posuzovanou žalobu.

II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě

6. Žalobkyně nesouhlasí se závěrem finanční správy, že se dopustila porušení rozpočtové kázně v důsledku nevybudování kompostárny o kapacitě 25 tis. tun za rok, neplnění následného provozu kompostárny ve stanovené kapacitě a dalších vytýkaných pochybení. Domnívá se, že veškeré dotační podmínky splnila, resp. že některé podmínky stanovil poskytovatel nejednoznačně či nepřípustně retroaktivně. Kromě toho žalovaný nedostatečně posoudil některé rozhodné otázky. Navrhla provést důkazy „spisem žalovaného, výslechem účastníků, důkazy uplatněnými v odvolání, podklady obsaženými ve správních spisech, podmínky poskytnutí dotace rozhodnutí o poskytnutí podpory č. 08019884–SFŽP.“ 7. Žalobkyně závěrem navrhuje, aby soud zrušil napadené rozhodnutí, případně aby výši odvodu snížil.

III. Vyjádření žalovaného k žalobě, další podání ve věci a průběh řízení

8. Žalovaný poukázal na to, že žalobkyně akceptovala dotační podmínky včetně změny kapacity kompostárny. V dané věci došlo k řádnému zjištění skutkového stavu, napadené rozhodnutí dostálo požadavkům judikatury a dostatečně se vypořádalo se všemi rozhodnými otázkami i uplatněnými námitkami žalobkyně.

9. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu zamítl.

10. V průběhu řízení soud přípisem ze dne 10. 9. 2025 vyzval účastníky řízení, aby se vyjádřili k otázce prekluze práva vyměřit odvod, neboť předběžně dospěl k závěru, že ve vztahu k části vytýkaných pochybení došlo k marnému uplynutí prekluzivní lhůty.

11. Na uvedený přípis reagoval žalovaný sdělením záměru uspokojit žalobkyni postupem podle § 62 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“). Soud proto usnesením ze dne 22. 10. 2025, č. j. 55 Af 5/2023–62, stanovil žalovanému v souladu s jeho návrhem lhůtu pro uspokojení žalobkyně zrušením napadeného rozhodnutí v přezkumném řízení. Žalovaný však 6. 10. 2025 soudu sdělil, že od svého záměru uspokojit žalobkyni upustil, a navrhl, aby soud přerušil řízení do rozhodnutí Soudního dvora EU o předběžných otázkách položených ve věci vedené pod sp. zn. C–539/24, Mikroregion Porta Bohemica. Žalobkyně na výzvu soudu, ani na následná podání žalovaného nijak nereagovala.

12. Krajský soud usnesením ze dne 20. 10. 2025, č. j. 55 Af 5/2023–72, přerušil řízení do rozhodnutí Soudního dvora EU o předběžných otázkách položených ve věci vedené pod sp. zn. C–539/24, Mikroregion Porta Bohemica.

13. Po rozhodnutí Soudního dvora EU v citované věci (rozsudkem ze dne 27. 11. 2025, který bude dále označován jako „rozsudek Mikroregion Porta Bohemica“) krajský soud usnesením ze dne 12. 1. 2026, č. j. 55 Af 5/2023–74, vyslovil, že v řízení se pokračuje, a vyzval účastníky řízení, aby se vyjádřili k obsahu rozsudku Soudního dvora.

14. Žalovaný soudu sdělil, že nehodlá žalobkyni uspokojit podle § 62 s. ř. s. a navrhuje, aby o věci uvážil soud. Žalobkyně shrnula skutkové okolnosti věci a navrhla, aby soud napadené rozhodnutí zrušil, neboť k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně došlo po uplynutí absolutní promlčecí lhůty.

IV. Posouzení věci

15. Žaloba byla podána včas (§ 72 s. ř. s.), osobou k tomu oprávněnou (§ 65 odst. 1 s. ř. s.) a je přípustná (§ 65, § 68 a § 70 s. ř. s.).

16. Zdejší soud napadené rozhodnutí přezkoumal v mezích uplatněných žalobních bodů (§ 75 odst. 2 s. ř. s.) podle skutkového a právního stavu ke dni rozhodování žalovaného (§ 75 odst. 1 s. ř. s.), zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž je povinen přihlédnout z úřední povinnosti, a bez nařízení jednání (§ 51 odst. 1 a 2 s. ř. s.) dospěl k závěru, že napadené rozhodnutí trpí vadami podle § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s.

17. Žaloba je důvodná.

18. Krajský soud před věcným posouzením žalobních námitek z úřední povinnosti zkoumal, zda v daném případě nedošlo k prekluzi práva vyměřit žalobkyni odvod. Dospěl přitom k závěru, že ve vztahu k pochybením a) a d) [viz bod 3 tohoto rozsudku] došlo k prekluzi práva vyměřit odvod.

19. Úvodem je třeba podotknout, že společným jmenovatelem obou poskytnutých dotací – jak z Fondu soudržnosti (rozhodnutím o přiznání dotace ve znění rozhodnutí o změně), tak ze SFŽP (Smlouvou ve znění dodatku Smlouvy ve spojení s rozhodnutím ze dne 5. 5. 2009) – je jejich poskytnutí v rámci Operačního programu životní prostředí, v rámci něhož se alokují finanční prostředky z unijních fondů. Při nakládání s finančními prostředky poskytnutými na Projekt žalobkyně se proto aplikuje unijní úprava. Nařízení Evropské unie jsou obecně za splnění všech podmínek přímo použitelnými právními předpisy, které vyvolávají právní účinky a mají aplikační přednost před vnitrostátními normami. Nařízení je podle čl. 288 druhého pododstavce Smlouvy o fungování Evropské unie přímo aplikovatelným právním předpisem, který má obecnou působnost, je závazné a přímo použitelné ve všech členských státech, a musí mu tedy ustoupit taková ustanovení vnitrostátního právního předpisu, která jsou s ním v rozporu. Jak uvedl Soudní dvůr EU (dále jen „SDEU“) v rozsudku ze dne 9. 3. 1978, ve věci C–106/77, Simmenthal, bodu 14 „…[p]římá použitelnost znamená, že pravidla práva Společenství musí působit plně a jednotným způsobem účinky ve všech členských státech od svého vstupu v platnost a po celou dobu své platnosti“. Nařízení je tak bezprostředním zdrojem práv a povinností pro všechny, kterých se týká, ať se jedná o členské státy nebo o jednotlivce.

20. Při posuzování otázky prekluze práva uložit odvod tak krajský soud nevycházel pouze z úpravy obsažené v zákoně č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla) [dále jen „rozpočtová pravidla“], ale předně z přímo použitelných evropských předpisů, konkrétně nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“).

21. Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 [p]romlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

22. Podle odst. 3 téhož ustanovení [č]lenské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

23. Podle § 44a odst. 9 věty poslední rozpočtových pravidel, ve znění účinném do 19. 2. 2015, [o]dvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.

24. Jak se podává ze správního spisu (např. ze stanoviska OFŘ ze dne 4. 11. 2022, č. j. 41203/22/5000–10611–712507) i z napadeného rozhodnutí, správní orgány vycházely z právní úpravy obsažené v rozpočtových pravidlech. Shora citované lhůty dle nařízení č. 2988/95, které mají aplikační přednost před lhůtou obsaženou v rozpočtových pravidlech (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023–85), nevzaly v úvahu.

25. Krajský soud upozorňuje, že podle rozsudku Mikroregion Porta Bohemica se v případě existence nesrovnalosti u projektu spolufinancovaného z unijních zdrojů uplatní pravidla promlčení dle nařízení č. 2988/95 i při nakládání s vnitrostátními finančními prostředky.

26. Krajský soud se zabýval nejdříve lhůtou pro zahájení řízení a poté hodnotil, zda správní orgány rozhodly před uplynutím maximálních prekluzivních lhůt. Na tomto místě rovněž připomíná, že i když unijní předpisy označují shora uvedené lhůty jako promlčecí, svou povahou jde o lhůty prekluzivní (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021–66, nebo ze dne 9. 8. 2018, č. j. 9 Afs 280/2017–57, a Městského soudu v Praze ze dne 14. 2. 2024, č. j. 18 A 26/2022–87).

27. Pokud jde o promlčecí lhůtu pro zahájení řízení, z výše citovaného čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 vyplývá, že správní orgány mohou zahájit řízení o vrácení poskytnuté dotace do čtyř let od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti; odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. Takováto kratší lhůta v nyní projednávané věci stanovena není. Stejně tak český zákonodárce nestanovil ani lhůtu delší podle odst. 3 téhož ustanovení, proto byl správce daně povinen zahájit řízení o odvodu do čtyř let od vzniku nesrovnalosti.

28. Co se týče pochybení a), které spočívá v nesplnění vybudování kompostárny o kapacitě 25 tisíc tun odpadu ročně, okamžik porušení této podmínky nastal nejpozději ke dni 1. 11. 2012, tedy den po uplynutí termínu, do kterého měla žalobkyně vybudovat zařízení splňující stanovené parametry (do 31. 10. 2012). Žalovaný sice v napadeném rozhodnutí za rozhodný označil den kolaudace kompostárny 4. 10. 2012 a za okamžik porušení rozpočtové kázně označil následující den (5. 10. 2012). Krajský soud má však za to, že nesrovnalost vznikla až po marném uplynutí termínu, do kterého měla žalobkyně vybudovat kompostárnu o určitých parametrech. Do tohoto okamžiku ještě mohla nedostatky kompostárny odstranit, aniž by došlo k nesrovnalosti. Ke dni 1. 11. 2012 tedy došlo ke vzniku nesrovnalosti ve smyslu nařízení č. 2988/95. Od něj se pak začala odvíjet čtyřletá lhůta pro zahájení řízení o vyměření odvodu, případně pro zahájení jiných kontrolních postupů prověřujících toto konkrétní pochybení. Tato lhůta marně uplynula dne 1. 11. 2016, neboť správce daně zahájil daňovou kontrolu až dne 14. 3. 2017. V okamžiku zahájení daňové kontroly tedy bylo právo státu požadovat zpět po žalobkyni dotační prostředky dotčené shledaným pochybením již prekludováno podle přímo použitelné unijní úpravy.

29. Poněkud komplikovanější je otázka určení počátku běhu promlčecí lhůty pro zahájení stíhání ve vztahu k pochybení b), které spočívá v nesplnění kapacity kompostárny (min. 25 tis. tun za rok) po dobu 5 let následného provozu (udržitelnosti projektu) od ukončení akce.

30. Podle čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 u pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. Pokud pochybení žalobkyně spočívalo v tom, že po dobu udržitelnosti projektu neprovozovala zařízení o stanovené kapacitě a v průběhu doby udržitelnosti nezvýšila kapacitu kompostárny tak, aby odpovídala stanoveným požadavkům, neskončila tato nesrovnalost dříve než udržitelnost projektu. K ukončení realizace akce došlo dle napadeného rozhodnutí dne 4. 10. 2012 (dnem vydání kolaudačního souhlasu). Dle zprávy o daňové kontrole však kolaudační souhlas s užíváním stavby nabyl právní moci až dne 9. 10. 2012. Podle krajského soudu by tak měla pětiletá doba udržitelnosti projektu začít plynout až dne 9. 10. 2012. Doba udržitelnosti projektu skončila dne 9. 10. 2017 a tímto dnem skončila také nesrovnalost. Lhůta pro zahájení řízení tak uplynula dnem 9. 10. 2021. Jelikož k zahájení daňové kontroly došlo dne 14. 3. 2017, stalo se tak v rámci prekluzivní lhůty pro zahájení řízení.

31. Obdobně jako u pochybení a) je třeba určit běh lhůty u zjištění d), podle kterého žalobkyně nepředložila včas kompletní dokumentaci k závěrečnému vyhodnocení akce. Termín pro předložení příslušné dokumentace stanovil poskytovatel k 31. 1. 2013. V případě prostředků poskytnutých z Fondu soudržnosti stanovily dotační podmínky navíc desetidenní liberační lhůtu. K nesrovnalosti, resp. k porušení rozpočtové kázně, tak došlo ke dni 1. 2. 2013 a ke dni 12. 2. 2013 (k tomu podrobněji viz odst. 40 na str. 16 napadeného rozhodnutí). Od těchto okamžiků pak počala běžet čtyřletá lhůta pro zahájení stíhání tohoto pochybení. Promlčecí lhůta tak měla uplynout dnem 1. 2. 2017 a dnem 12. 2. 2017.

32. Nicméně krajský soud musel hodnotit také otázku případného přerušení lhůty pro zahájení řízení (stíhání) dle čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95. Úkonem přerušujícím prekluzivní lhůtu ve smyslu uvedeného ustanovení by mohla být kontrola ze strany SFŽP. K jejímu zahájení došlo již dne 4. 5. 2012 (viz Protokol o výsledku veřejnosprávní kontroly na místě ze dne 2. 11. 2013, č. j. SFZP 198251/2012), tedy ještě před vznikem nesrovnalosti, resp. pochybení a) a d), a na shora uvedené závěry proto zahájení této kontroly nemohlo mít vliv.

33. K přerušení lhůty pro zahájení řízení však podle judikatury SDEU může dojít také vyhotovením a oznámením zprávy o kontrole dotčenému subjektu, pokud v ní dojde k dostatečnému vymezení nesrovnalosti (viz rozsudky ze dne 21. 12. 2011, ve věci C–465/10, Ministre de l’Intérieur, bod 62, a ze dne 11. 6. 2015, ve věci C–52/14, Pfeifer & Langen). Ve vztahu ke zjištění d), tedy nedoložení kompletní dokumentace k závěrečnému vyhodnocení akce ve stanoveném termínu, protokol o kontrole skutečně obsahuje identifikaci této nesrovnalosti. Oznámením kontrolních závěrů žalobkyni tak mohlo dojít k přerušení prekluzivní lhůty. Kontrolní protokol je datován dnem 2. 11. 2013. Podepsaný oprávněnými úředními osobami je až ke dni 2. 6. 2014 s tím, že žalobkyně odmítla jeho podpis dne 18. 6. 2014. Nejpozději dne 18. 6. 2014 tak byla žalobkyně seznámena s výsledkem kontrolního zjištění, v němž SFŽP identifikoval pochybení d) spočívající v nedoložení veškeré dokumentace k vyhodnocení projektu ve stanoveném termínu (viz kontrolní zjištění č. 4 dle Protokolu o výsledku veřejnosprávní kontroly). Tímto úkonem došlo k přerušení čtyřleté promlčecí lhůty pro zahájení stíhání ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95. Od tohoto okamžiku běžela lhůta pro zahájení řízení znovu a uplynula až dnem 18. 6. 2018. K zahájení daňové kontroly došlo tudíž v rámci této lhůty.

34. Krajský soud dále u pochybení b) a d) zkoumal, zda správní orgány rozhodly v rámci maximální lhůty pro uložení sankce (v širším slova smyslu). Z čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 vyplývá, že tato lhůta činí maximálně dvojnásobek lhůty pro zahájení stíhání, tedy dle unijní úpravy 8 let. Úpravu obsaženou v rozpočtových pravidlech nelze aplikovat, neboť je v rozporu s nařízením č. 2988/95. Dle závěrů rozsudku Mikroregion Porta Bohemica: 1) Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty. 2) Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila.

35. Pro posouzení uplynutí prekluzivní lhůty v daném případě je rovněž rozhodující, že maximální lhůta dle nařízení č. 2988/95 se nestaví podle § 41 s. ř. s. (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021–66).

36. Krajský soud tedy aplikoval na věc osmiletou maximální promlčecí lhůtu dle nařízení č. 2988/95. Dospěl přitom k závěru, že ke dni vydání napadeného rozhodnutí dosud neuplynula maximální prekluzivní lhůta ve vztahu k pochybení b). Jak bylo již uvedeno, tato nesrovnalost skončila dnem 9. 10. 2017. Lhůta pro uložení odvodu tudíž uplynula dnem 9. 10. 2025. V této části proto rozhodnutí žalovaného není nezákonné, neboť k vyměření odvodu došlo v rámci maximální promlčecí lhůty ve smyslu nařízení č. 2988/95.

37. Ve vztahu k pochybení d) došlo k nesrovnalosti (porušení rozpočtové kázně) částečně dnem 1. 2. 2013 a částečně dnem 12. 2. 2013. Osmiletá lhůta pro uložení odvodu dle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 tak uplynula dnem 1. 2. 2021 a dnem 12. 2. 2021. Napadené rozhodnutím bylo žalobkyni doručeno dne 27. 4. 2023, tedy po uplynutí prekluzivní lhůty.

38. Lze tedy uzavřít, že ve vztahu k pochybení a) a d) vyměřily správní orgány žalobkyni odvod po uplynutí prekluzivní lhůty.

39. S ohledem na částečnou zákonnost napadeného rozhodnutí se krajský soud zabýval otázkou jeho dělitelnosti. V případě, že by bylo napadené rozhodnutí dělitelné, mohl by jej soud zrušit pouze ve vztahu k prekludované části odvodu. Povinnost zrušit správní rozhodnutí pouze v nezákonné části, je–li to možné, je zcela v souladu se zásadou procesní ekonomie, neboť nevede ke zbytečnému pokračování správního řízení v části, kterou soud shledal v souladu se zákonem (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 9. 2022, č. j. 4 Afs 306/2020–70, bod 42).

40. Částečně zrušit napadené rozhodnutí je možné v rozsahu jen některých výroků, případně i v rozsahu jen některých prvostupňových rozhodnutí – při přezkumu daňových rozhodnutí totiž kasační soud již dovodil, že dokonce v případě, kdy je zamítnuto několik odvolání proti platebním výměrům jedním výrokem, je „možné prostřednictvím čísel jednacích jednotlivých rozhodnutí správce daně jednoznačně vymezit, která část výroku rozhodnutí žalovaného se zrušuje, respektive která rozhodnutí správce daně se zrušují“ (rozsudek ze dne 20. 9. 2022, č. j. 4 Afs 306/2020–70, bod 42).

41. Nicméně v nyní posuzovaném případě došlo platebními výměry, a v návaznosti na ně i prvostupňovým rozhodnutím, k vyměření odvodu samostatnými výroky do Národního fondu a do SFŽP. Každý tento výrok však obsahuje souhrnnou částku odvodu za všechna pochybení [zjištění a), b) a d)] dohromady, proto krajský soud nemůže zrušit napadené rozhodnutí jen v části týkající se pochybení a) a d), u kterých ke dni vydání napadeného rozhodnutí prekluzivní lhůta marně uplynula. Musel proto přistoupit ke zrušení celého napadeného rozhodnutí.

42. Soud závěrem konstatuje, že vyměření odvodu po uplynutí prekluzivní lhůty je vadou řízení před správním orgánem mající vliv na zákonnost rozhodnutí ve věci samé a tato vada řízení je podřaditelná pod § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s. (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 10. 2014, č. j. 9 Afs 76/2014–51). Prekluze možnosti uložit žalobkyni odvod za porušení rozpočtové kázně ve vztahu k pochybení a) a d) je tedy důvodem, pro který soud přistoupil ke zrušení napadeného rozhodnutí.

43. S ohledem na to, že žalovaný již nemůže vyměřit odvod ani ve vztahu k pochybení b), nezabýval se soud žalobními námitkami, kterými žalobkyně zpochybňovala, zda vůbec porušila rozpočtovou kázeň. Ze stejných důvodů by bylo nadbytečné provádět v této věci navržené důkazy. Nadto obsahem správního spisu soud dokazování neprovádí.

V. Závěr a náklady řízení

44. Z výše uvedených důvodů soud dle § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s. zrušil rozhodnutí žalovaného pro vady řízení a věc mu vrátil k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). V něm bude žalovaný vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§ 78 odst. 5 s. ř. s.).

45. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl na základě § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví–li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl.

46. Žalobkyně dosáhla v řízení plného úspěchu, má proto právo na náhradu nákladů řízení vůči žalovanému. Ty se skládají ze zaplaceného soudního poplatku za žalobu ve výši 3 000 Kč a odměny za zastoupení advokátem. Odměna advokáta a náhrada hotových výdajů byla stanovena podle § 35 odst. 2 s. ř. s. a vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif). V daném případě se jednalo o dva úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení, podání žaloby), za něž zástupci za každý náleží odměna ve výši 3 100 Kč a režijní paušál ve výši 300 Kč [§ 7, § 9 odst. 4 písm. d), § 11 odst. 1 písm. a), d), § 13 odst. 1, 4 advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024], a jeden úkon právní služby (vyjádření k rozsudku Mikroregion Porta Bohemica), za nějž zástupci náleží odměna ve výši 10 300 Kč a režijní paušál ve výši 450 Kč [§ 7, § 10b odst. 5 písm. a), § 11 odst. 1 písm. d), § 13 odst. 1, 4 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025], tedy celkem 17 550 Kč. Advokát doložil, že je plátcem daně z přidané hodnoty, proto soud přiznal žalobkyni i náhradu za daň z přidané hodnoty ve výši 21 % z částky 17 550 Kč, tedy 3 686 Kč. Celkem tak byla žalobkyni vůči žalovanému přiznána náhrada nákladů ve výši 24 236 Kč. K jejímu zaplacení soud určil přiměřenou lhůtu.

Poučení

I. Vymezení věci II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě III. Vyjádření žalovaného k žalobě, další podání ve věci a průběh řízení IV. Posouzení věci V. Závěr a náklady řízení