7 Afs 265/2025

Rubrum

ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Davida Hipšra, soudkyně Jiřiny Chmelové a soudce Milana Podhrázkého v právní věci žalobkyně: Výkrm Tagrea, s.r.o., se sídlem Karlov 196, Kutná Hora, zastoupena JUDr. Sylvií Sobolovou, Ph.D., advokátkou se sídlem Jungmannova 745/24, Praha 1, proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství, se sídlem Těšnov 65/17, Praha 1, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 1. 12. 2025, č. j. 5 A 93/2024-63, takto:

Výrok

I. Kasační stížnost s e z a m í t á .

II. Žádný z účastníků n e m á právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění

I. Vymezení věci

1. Ministerstvo zemědělství rozhodnutím ze dne 13. 3. 2024, č. j. MZE-16328/2024-14112, vydaným v přezkumném řízení podle § 165 odst. 2 zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, zrušilo s účinky ode dne jejího uzavření Dohodu o poskytnutí dotace z Programu rozvoje venkova České republiky ze dne 28. 8. 2018, kterou Státní zemědělský intervenční fond (dále jen „SZIF“) poskytl žalobkyni dotaci na projekt „Modernizace farem pro drůbež“ (dále též „dohoda“). Rozklad žalobkyně ministr zemědělství rozhodnutím ze dne 25. 7. 2024, č. j. MZE-51674/2024-11155, zamítl a prvostupňové rozhodnutí potvrdil.

2. Správní orgány dospěly k závěru, že dohoda byla uzavřena v rozporu s § 4c zákona č. 159/2006 Sb., o střetu zájmů, ve znění účinném v době jejího uzavření, a s čl. 61 nařízení Evropského parlamentu a Rady 2018/1046 ze dne 18. 7. 2018, kterým se stanoví finanční pravidla pro souhrnný rozpočet Unie (dále jen „finanční nařízení“). Podle jejich názoru Ing. Andrej Babiš (dále jen „A. B.“), který v rozhodné době vykonával funkci předsedy vlády, prostřednictvím svěřenských fondů AB private trust I a AB private trust II nepřímo ovládal společnost AGROFERT, a. s., jež byla jedinou společnicí žalobkyně. Žalobkyně proto nebyla způsobilou příjemkyní dotace.

3. Žalobkyně podala proti rozhodnutí ministra žalobu k Městskému soudu v Praze (dále jen „městský soud“), který ji v záhlaví uvedeným rozsudkem zamítl.

4. Městský soud se v napadeném rozsudku nejprve vyjádřil k otázce uplynutí prekluzivní lhůty pro zahájení přezkumného řízení představujícího stíhání nesrovnalosti dle nařízení Rady č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení 2988/95“). Za nesrovnalost je nutné považovat jakékoliv porušení unijního předpisu, které představuje i pouhou hrozbu poškození rozpočtu EU. Okamžikem vzniku nesrovnalosti bylo uzavření dohody, od něhož se počítá začátek běhu čtyřleté prekluzivní lhůty pro zahájení stíhání nesrovnalosti. Stíháním je nepochybně také řízení o přezkumu veřejnoprávní smlouvy. Prekluzivní lhůtu může v souladu s čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení 2988/95 přerušit úkon orgánu, jsou-li naplněny tyto podmínky: úkon musí 1) být vydán „příslušným orgánem“, 2) být „oznámen dané osobě “ a 3) „týkat se vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti “. V posuzované věci byl příslušným orgánem ke stíhání nesrovnalosti žalovaný. Úkon přerušující běh promlčecí lhůty mohl učinit také jiný orgán příslušný k vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. V posuzované věci jimi byla Komise a SZIF.

5. Dle městského soudu v posuzované věci proběhla dvě vyšetřování – auditní šetření Komise a kontrola plnění podmínek pro poskytnutí dotace ze strany SZIF. Úkonem přerušujícím prekluzivní lhůtu mohl být také úkon předcházející zahájení vyšetřování. Konkrétně tak šlo o sdělení SZIF ze dne 14. 9. 2020 o pozastavení administrace žádosti a o prověřování způsobilosti žalobkyně, jakož i o jednotlivé kroky auditního šetření, zejména formální sdělení Komise ze dne 23. 2. 2021. K datu zahájení přezkumného řízení proto tato lhůta neprekludovala.

6. Městský soud dále potvrdil závěry žalovaného, že označení v § 4c zákona o střetu zájmů „právní předpis upravující rozpočtová pravidla“ zahrnuje nejen zákon č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (dále jen „zákon o rozpočtových pravidlech“), ale také zákon č. 256/2000 Sb., o Státním zemědělském intervenčním fondu a o změně některých dalších zákonů (dále jen „zákon o SZIF“). Poznámku pod čarou k tomuto ustanovení, odkazující „pouze“ na zákon o rozpočtových pravidlech, nelze považovat za součást závazné právní normy a nemůže sloužit k závazné interpretaci tohoto ustanovení. V § 4c zákona o střetu zájmů je navíc užita formulace „rozpočtová pravidla“, což implikuje odkaz na každý zákon materiálně upravující rozpočtová pravidla, tedy i na zákon o SZIF. Městský soud dodal, že novelizace provedená zákonem č. 253/2023 Sb. vnesla do tohoto ustanovení formulaci výslovně odkazující na právní předpis upravující poskytování dotací. Novelizace tím pouze potvrdila již dříve zastávaný názor, což plyne i z důvodové zprávy.

7. Městský soud uvedl, že žalovaný vyložil pojmy „ovládání“ a „ovládající osoba“ ve smyslu § 74 odst. 1 a § 75 zákona č. 90/2012 Sb., o obchodních společnostech a družstvech (dále jen „ZOK“), úžeji než Ústavní soud v nálezu ze dne 11. 2. 2020, sp. zn. Pl. ÚS 4/17, č. 148/2020 Sb., a tedy ve prospěch žalobkyně. Potvrdil závěr žalovaného, že A. B. byl ovládající osobou. Zákaz § 4c zákona o střetu zájmů dopadá na obchodní společnosti, v nichž veřejný funkcionář nebo jím ovládaná osoba vlastní podíl alespoň 25 %. Ze správního spisu obsahujícího statuty obou svěřenských fondů bylo zřejmé, že jejich primárním účelem je ochrana zájmů A. B. Současně je v nich vyloučena změna účelu fondů. Nejedná-li svěřenský správce souladně s vymezeným účelem, mohl být odvolán. Protektory a svěřenskými správci jsou navíc osoby rodinně či pracovně navázané na A. B. Celkové nastavení fungování svěřenských fondů nelze posuzovat izolovaně dle jednotlivých pravidel. Svěřenští správci formálně naplňují znaky § 75 odst. 1 a 2 ZOK, faktický rozhodující vliv však zůstal A. B., který měl nadále přímý hospodářský zájem na prospěchu společností holdingu Agrofert. Domněnky ovládání dle § 75 ZOK, jež by svědčily o tom, že ovládajícími osobami byli svěřenští správci, byly dle městského soudu vyvráceny zjištěními o personálních vztazích a vnitřní struktuře svěřenských fondů. Rozhodující faktický vliv si v zásadních záležitostech ponechal A. B.

8. Městský soud souhlasně se žalovaným uvedl, že funkci předsedy vlády jako veřejného funkcionáře je třeba podřadit pod čl. 61 finančního nařízení. A. B. tak v době, kdy zastával funkci předsedy vlády, byl osobou, na niž toto ustanovení cílí. Existovalo tak jednání osoby, podílející se na plnění rozpočtu Unie, které mohlo být v rozporu s jejími zájmy. Předseda vlády, kterým byl v době uzavření dohody A. B., má totiž mimo jiné reálný vliv na tvorbu rozpočtu. Vláda navíc schvaluje vymezení dotačních programů, mj. právě pro tuto věc zásadní program rozvoje venkova. Ve zbytku soud odkázal na řádné a věcně správné rozhodnutí žalovaného, který se námitkou porušení čl. 61 finančního nařízení detailně zabýval.

9. Důvodem zrušení veřejnoprávní smlouvy bylo její uzavření v rozporu s právními předpisy. Primární odpovědnost za dodržení všech podmínek pro přiznání dotace leží výlučně na příjemci podpory. Žalobkyně nenabyla v dobré víře žádná práva hodná soudní ochrany. Neobdržela žádné konkrétní ujištění o bezvadnosti svého dotačního projektu, což sama připustila v žalobě. V případě uzavření veřejnoprávní smlouvy v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů nebyla jiná možnost než její zrušení s účinky k datu jejího uzavření (ex tunc). Obě správní rozhodnutí považoval městský soud za dostatečná a řádně odůvodněná.

II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného

10. Proti rozsudku městského soudu podala žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) kasační stížnost. Namítla, že mohla legitimně vycházet z toho, že výlučnou ovládající osobou společnosti Agrofert byl svěřenský správce Z. P., jemuž svědčily domněnky podle § 75 ZOK. Městský soud dle stěžovatelky zaměňuje pojem ovládání obchodní společnosti s benefitem, který může někomu nepřímo plynout z obchodní společnosti. Ve svém odůvodnění překračuje ustálený výklad pojmu ovládající osoba ve smyslu § 74 ZOK. Závěrem, že hospodářský zájem veřejného funkcionáře na úspěchu společností vložených do svěřenských fondů zakládá jejich ovládání, nepřípustně rozšířil zákonný pojem ovládající osoby a dotvořil právo. Neobsahoval-li zákon o střetu zájmů vlastní definici ovládání, bylo namístě tento pojem vykládat ve smyslu ZOK. Pokud městský soud vycházel z jiného pojetí ovládání, dostatečně nevysvětlil, z jaké právní normy je dovozuje. Měl-li být za ovládající osobu považován někdo jiný než svěřenský správce, bylo třeba vyvrátit uvedené domněnky a prokázat naplnění podmínek § 74 ZOK.

11. Městský soud vycházel z nesprávného názoru, že svěřenští správci naplňují znaky ovládání pouze formálně, přičemž faktický rozhodující vliv měl A. B., který byl v okamžiku uzavření dohody veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Městský soud však neprokázal žádný konkrétní projev faktického ovládání stěžovatelky. Neověřil, zda předchozí vazby A. B. se správci svěřenských fondů přetrvaly do okamžiku uzavření dohody, či nikoliv. Žalovaný svá rozhodnutí neopíral o aspekty rozhodné pro posouzení ovládání společnosti Agrofert. Neprovedl žádné dokazování. Stěžovatelka je objektivně nemohla rozporovat. Městský soud tím stěžovatelce upřel právo na řádný přezkum správních rozhodnutí a právo na spravedlivý proces. Napadený rozsudek je částečně nepřezkoumatelný. Není z něj zřejmé, z čeho městský soud dovodil koncept nepřímého faktického ovládání. Nedůvodně konstatoval, že způsob správy majetku vloženého do svěřenských fondů umožnil A. B. fakticky ovládat společnost Agrofert. Stěžovatelka připouští, že výklad pojmu ovládání má určitou oporu v rozsudku NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98, č. 4707/2025 Sb. NSS, Vodňanská drůbež. Ani tento rozsudek však městský soud nezbavoval povinnosti vymezit znaky veřejnoprávního ovládání, odlišit je od ovládání podle ZOK a označit právní základ takového výkladu, včetně případné konkrétní normy unijního práva.

12. Napadený rozsudek je vnitřně rozporný. Městský soud připouští, že svěřenský fond mohl být vhodným nástrojem pro vyhovění požadavkům zákona o střetu zájmů. Na druhou stranu tuto variantu vylučuje, neboť dle něj si faktický rozhodující vliv zachoval A. B. Městský soud nijak nevysvětlil, proč by mělo obsazení svěřenských fondů osobami, které dříve pracovaly pro Agrofert, implikovat i po založení fondů jakoukoliv závislost na A. B. Je logické, že A. B. s cílem zachovat budoucnost Agrofertu vybíral z osob znalých jeho vnitřního fungování. Existence rodinného protektora je legitimní s ohledem na ochranu zájmů rodiny A. B. Městský soud dospěl k nepřezkoumatelnému závěru o faktickém ovládání A. B. na základě souhrnu pravidel fungování svěřenských fondů, aniž by označil konkrétní aspekty rozhodné pro splnění podmínek tohoto konceptu.

13. Stěžovatelka neshledala důvod, proč by účelem svěřenského fondu nemohla být správa svěřeného majetku nezávislá na jeho zakladateli. Požadavek na nezávislou správu byl vtělen do článku 6.2 statutu svěřenských fondů, podle nějž zakladatel nemůže zasahovat do správy fondů ani ovlivňovat jejich správce.

14. Stěžovatelka nesouhlasí se závěrem v bodě 67 napadeného rozsudku, dle něhož mohl A. B. prodat Agrofert jiné osobě a nemusel vkládat majetek do svěřenských fondů. Je notorietou, že prodej tak rozsáhlé podnikatelské skupiny s aktivy přesahujícími 214 miliard korun může trvat i několik let. V legisvakanční lhůtě zákona o střetu zájmů taková varianta nebyla splnitelná. K tvrzení městského soudu, že se Agrofert nemusel ucházet o dotace, stěžovatelka uvádí, že by se jednalo o zásah do postavení jednotlivých společností v hospodářské soutěži a dalších souvisejících oblastech. Městský soud neprokázal, že má A. B. vliv na rozhodování členů představenstva, a vykonává tak faktický rozhodující vliv nad společností Agrofert.

15. Městský soud se podle stěžovatelky nesprávně vypořádal s pravomocným rozhodnutím Krajského úřadu Středočeského kraje ze dne 26. 9. 2019. Krajský úřad sice posuzoval znak ovládání v souvislosti s § 4a zákona o střetu zájmů, nikoliv přímo s poskytováním dotací podle § 4c tohoto zákona, dospěl však k závěru, že tento znak naplněn nebyl.

16. Stěžovatelka dále považuje závěr městského soudu, že dohodu bylo nutné zrušit s účinky k datu jejího uzavření, za nezákonný a částečně nepřezkoumatelný. Městský soud nerespektoval zásady správního řízení, konkrétně ochranu práv nabytých v dobré víře a zásadu proporcionality. V napadeném rozsudku uvedl, že stěžovatelka nenabyla v dobré víře žádná práva hodná soudní ochrany. Vycházel přitom z premisy, že za splnění dotačních podmínek odpovídá žadatelka a že uzavření dohody mohlo být podmíněno veřejnou funkcí A. B. Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů však není dle stěžovatelky dotační podmínkou, za jejíž splnění by byla odpovědná. Zajištění souladu s tímto ustanovením leží na poskytovateli dotace. Stěžovatelce tak nemuselo být dáno žádné ujištění o splnění těchto podmínek. Stěžovatelka dodala, že o bezvadnosti projektu z hlediska věcného zaměření a realizace nebylo sporu. Stěžovatelka v žádosti o dotaci neuvedla nepravdivé informace a následně řádně realizovala projekt v dobré víře. Výsledek přezkumného řízení je citelným zásahem do jejího legitimního očekávání. Zásah je o to tíživější, že konkurenční společnosti nadále čerpají dotace, zatímco jí byla na základě nepodložených spekulací odňata.

17. Nepřezkoumatelný je také závěr městského soudu, že SZIF uzavřel dohodu o poskytnutí dotace v důsledku veřejné funkce A. B. Podmínky programu rozvoje venkova byly stanoveny v době, kdy A. B. nebyl veřejným funkcionářem. Ze správního spisu plyne, že stěžovatelčin projekt byl doporučen k podpoře dne 13. 11. 2017, tj. v době, kdy A. B. nebyl členem vlády ani jejím předsedou. Projekt tak nešlo spojovat s domnělou podporou A. B. Přihlášené dotační projekty byly hodnoceny dle objektivních kritérií, zpětně ověřitelných městským soudem. Stěžovatelka nemohla předvídat, jak se změní výklad správních orgánů v průběhu řízení. Legitimně vycházela z toho, že pojem ovládání je svým významem totožný s pojmem obsaženým v ZOK. Dle stěžovatelky nešlo poměřovat újmu vzniklou jí zrušením dohody a újmu na českých veřejných rozpočtech, neboť u přezkumu správních aktů přiznávajících finanční prostředky prakticky vždy platí, že jejich zrušení bude mít příznivý vliv na veřejné rozpočty.

18. Napadený rozsudek trpí nezákonností a nepřezkoumatelností, jelikož městský soud potvrdil závěr žalovaného o zrušení dohody s účinky ex tunc, přestože shledal, že stěžovatelka neposkytla SZIF neúplné či nesprávné údaje. Městský soud nezohlednil skutečnost, že žalovaný nutnost takového zrušení dohody dovodil z domnělé nesprávnosti a neúplnosti údajů poskytnutých SZIF.

19. Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů dle stěžovatelky nedopadá na dotace poskytované SZIF. Argumentace městského soudu, že pod „právní předpis upravující rozpočtová pravidla“ lze zahrnout rovněž zákon o SZIF, neobstojí. Poskytování dotací souvisí s otázkou veřejných rozpočtů pouze nepřímo. Odkázala na judikaturu NSS, dle níž pod peněžní prostředky státního rozpočtu nespadají peněžní prostředky vyplácené SZIF. Dle stěžovatelky má zákaz ve výše citovaném ustanovení dopadat pouze na dotace poskytované dle právního předpisu upravujícího rozpočtová pravidla. Posouzení žalovaného vycházelo z domnělé provázanosti předpisů o rozpočtových pravidlech se smyslem zákona o střetu zájmů. Dle stěžovatelky SZIF nehospodaří jen s prostředky, které byly přerozděleny dle zákona o rozpočtových pravidlech. Městský soud se proto nijak nevypořádal s uplatněnou žalobní argumentací. Odůvodnění naopak vystavěl na jiném důvodu, který stěžovatelka netvrdila. Tím zasáhl do práva na vícestupňový přezkum správního rozhodnutí, resp. práva na spravedlivý proces.

20. Ke smyslu a účelu § 4c zákona o střetu zájmů stěžovatelka poukázala na to, že poskytovatelem dotací dle zákona o rozpočtových pravidlech jsou zejména ústřední orgány státní správy, jejichž organizační vazba na členy vlády je užší, než je tomu u státních fondů. Slovní spojení „právní předpis upravující rozpočtová pravidla“ zákonodárce opakovaně použil ve vztahu k zákonu o rozpočtových pravidlech, nikoliv ve vztahu k jiným zákonům. Zákon o střetu zájmů je nutno vykládat restriktivně, přičemž nelze dospět k závěru, že by šlo „rozpočtová pravidla“ vykládat jako „poskytování dotací “. Stěžovatelka se neztotožnila ani s eurokonformním výkladem zákona o střetu zájmů provedeným městským soudem. Použitelnost § 4c tohoto zákona na dotace poskytované dle zákona o SZIF nelze dovodit ani z judikatury NSS zmiňované soudem.

21. Stěžovatelka tvrdí, že není ani „účastníkem finančních operací“ ani „jinou osobou podílející se na plnění rozpočtu“ ve smyslu čl. 61 finančního nařízení. Toto ustanovení na ni vůbec nedopadá, nemohla ho ani porušit. Ustanovení mohl porušit SZIF, avšak žalovaný nijak netvrdil, že by některá z úředních osob SZIF jednala rozporně s tímto ustanovením a byla jakkoliv ovlivněna zájmy A. B. Městský soud neprovedl stěžovatelkou navrhované důkazy.

22. Městský soud se nijak nevypořádal s námitkou, že dle § 165 odst. 2 správního řádu je možné veřejnoprávní smlouvu zrušit jen z důvodu protiprávního jednání bezprostředně souvisejícího s procesem jejího uzavírání. Městský soud přezkoumatelně neodůvodnil, jak by mělo dojít k porušení čl. 61 finančního nařízení ze strany A. B. Ten totiž neučinil žádný krok nutný k uzavření dohody. Soud se nijak nezabýval tím, zda mohl mít A. B. dostatečně významný vliv na rozhodnutí SZIF. Předseda vlády nemá možnost zasahovat do průběhu administrace konkrétních žádostí o dotace. Ty jsou vyhodnocovány dle předem stanovených hodnotících kritérií. Žalovaný ani městský soud se nezabývali tím, jakým konkrétním jednáním A. B. mělo být porušeno finanční nařízení. Nezabývali se ani tím, zda si mohla být stěžovatelka vědoma jednání, v němž spatřují porušení čl. 61 finančního nařízení. S ohledem na judikaturu Soudního dvora Evropské unie (dále jen „SD EU“) a navazující rozsudek NSS ze dne 27. 2. 2024, č. j. 10 Afs 136/2022-93, stěžovatelka poukazuje na to, že i v případě objektivní odpovědnosti příjemce dotace je třeba zohledňovat rovněž subjektivní prvek ve vztahu k jednání porušujícímu právo, zde konkrétně čl. 61 finančního nařízení.

23. Podle stěžovatelky městský soud nesprávně vycházel z toho, že běh prekluzivní lhůty pro zahájení přezkumného řízení stanovené nařízením 2988/95 se přerušil úkony SZIF. Konkrétně se mělo jednat o úkony spočívající ve sdělení SZIF o pozastavení administrace žádosti o dotaci a další kroky auditního šetření, včetně formálního sdělení Komise ze dne 23. 2. 2021. Tyto úkony dle stěžovatelky neodpovídají čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení 2988/95. Dle něj se lhůta přerušuje „každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti.“ Způsobilým k přerušení prekluzivní lhůty je dle nařízení 2988/95 takový úkon, který je vydán „příslušným orgánem“, je „oznámen dané osobě“ a týká se „vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti“.

24. Ohledně sdělení SZIF stěžovatelka namítá, že byť jí byl tento úkon oznámen, nebyly splněny další dvě z právě uvedených podmínek. Sdělení totiž učinil SZIF, nikoliv žalovaný jakožto orgán příslušný pro vedení přezkumného řízení. SZIF nemá pravomoc vést řízení o nesrovnalosti ani činit jakékoliv úkony vyšetřování nebo stíhání. Dle stěžovatelčiných slov by byl v takovém případě „soudcem ve vlastní věci“. SZIF měl v následném přezkumném řízení stejné procesní postavení jako stěžovatelka. V tomto smyslu lze vykládat městským soudem odkazovaný rozsudek SD EU ze dne 11. 6. 2015, ve věci C-52/14, Pfeifer & Langen II. Sdělení SZIF se svým obsahem nijak netýkalo vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Pouze stěžovatelku informovalo o tom, že dotace nebude vyplacena ve stanovených termínech.

25. Tím spíše nelze za úkony přerušující prekluzivní lhůtu označit kroky auditního šetření Komise, ani formální sdělení ze dne 23. 2. 2021, na které odkazuje městský soud. Tyto úkony nebyly stěžovatelce do konce prekluzivní lhůty oznámeny dle čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení 2988/95.

26. S poukazem na usnesení SD EU ze dne 28. 6. 2022, ve věci C-728/21, OF proti Instituto de Financiamento da Agricultura e Pescas IP, bod 19, stěžovatelka doplnila, že za úkon přerušující běh prekluzivní lhůty nelze považovat jakýkoliv úkon „kontroly obecné povahy ze strany vnitrostátní správy bez souvislosti s podezřením na nesrovnalosti týkající se dostatečně přesně vymezených operací“. Výklad SD EU označuje za spíše restriktivní. Jinak by docházelo k oslabování účelu této lhůty, kterým je jednak posílení právní jistoty příjemců podpory a také motivace správních orgánů ke včasnému odhalování nesrovnalostí.

27. Žalovaný se plně ztotožnil s napadeným rozsudkem. Nad rámec jeho odůvodnění uvedl, že ČR využila možnost stanovit delší lhůtu pro zahájení řízení o stíhání nesrovnalosti dle čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95. Odmítl názor, že úkony SZIF nejsou způsobilé přerušit běh promlčecí lhůty, jsou-li příjemci řádně oznámeny. Odpovědnost za administraci dotace, včetně případného postihu, nese SZIF, poskytující dotace. Vede řízení a provádí úkony ve věci vyšetřování a posuzování nesrovnalostí. Tyto úkony přerušují běh promlčecí doby dle výše uvedeného článku nařízení. Žalovaný nemá kontakt s příjemci dotace ani možnost bez podnětu zjistit vznik nesrovnalosti.

28. Námitky ohledně skutečného ovlivňování nastavení dotačních podmínek jsou právně irrelevantní, neboť vycházejí z nesprávného výkladu zákona o střetu zájmů. Ustanovení § 4c odst. 1 tohoto zákona plní ochrannou funkci. Postačuje tak formální naplnění podmínek zákazu – status veřejného funkcionáře a ovládání společnosti v rozhodném rozsahu. Není potřeba předložit důkaz o ovlivňování dotačního procesu. Rovněž judikatura NSS považuje aplikaci § 4c zákona o střetu zájmů na dotace poskytované SZIF za zřejmou skutečnost. Skutečnost, že A. B. ovládá společnosti skupiny Agrofert, byla již opakovaně potvrzena správními soudy. Svěřenské fondy byly nastaveny tak, aby A. B. mohl nadále vykonávat rozhodující vliv dle § 74 ZOK prostřednictvím svěřenských správců. A. B. mohl svěřenského správce odvolat, porušil-li pravidla správy, a zároveň se mohl kdykoliv stát dalším svěřenským správcem.

29. Bylo-li v průběhu řízení prokázáno, že stěžovatelka při podání žádosti nesplňovala zákonné podmínky způsobilosti, neboť porušila zákaz dle § 4c zákona o střetu zájmů, platí, že překážka pro poskytnutí dotace existovala v den uzavření dohody. Jediný způsob nápravy této nezákonnosti bylo zrušení dohody s účinky ex tunc. V opačném případě (s účinky ex nunc) by došlo k legitimizaci plnění na základě právního aktu, který od počátku neměl vzniknout. To by odporovalo podstatě přezkumného řízení, kterou je náprava nezákonných rozhodnutí. Postup žalovaného plně odpovídá § 99 odst. 3 in fine správního řádu. Žalovaný se dostatečně zabýval existencí důvodů k přezkumu, právními účinky zrušení dohody a rovněž tím, že stěžovatelka neobdržela žádné ujištění, že je dotační projekt bezvadný. Ostatně za uvedení pravdivých údajů v žádosti o dotaci je odpovědný výlučně žadatel.

III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem

30. Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3, 4 s. ř. s.).

31. Kasační stížnost není důvodná.

32. Úvodem Nejvyšší správní soud předesílá, že již rozhodoval v obdobných věcech dalších společností náležejících do skupiny Agrofert, v nichž na základě obdobných skutkových okolností posuzoval totožné právní otázky. Jedná se zejména o rozsudek ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98, č. 4707/2025 Sb. NSS, ve věci Vodňanská drůbež, a. s. (ústavní stížnost proti tomuto rozsudku Ústavní soud odmítl usnesením ze dne 17. 12. 2025, sp. zn. IV. ÚS 3359/25), a dále o rozsudky ze dne 25. 9. 2025, č. j. 6 Afs 83/2025-72, ze dne 31. 10. 2025, č. j. 5 Afs 140/2025-79, a ze dne 27. 11. 2025, č. j. 6 Afs 82/2025-75. Nejvyšší správní soud pro úplnost uvádí, že o skutkově podobných případech rozhodoval rovněž v dalších věcech, a to v rozsudcích ze dne 15. 1. 2025, č. j. 10 Afs 157/2024-62, č. 4655/2025 Sb. NSS, ze dne 22. 1. 2025, č. j. 10 Afs 218/2024-67, ze dne 23. 1. 2025, č. j. 4 Afs 161/2024-62, ze dne 7. 2. 2025, č. j. 4 Afs 162/2024-60, ze dne 25. 3. 2025, č. j. 7 Afs 172/2024-66, ze dne 11. 4. 2025, č. j. 9 Afs 165/2024-78, ze dne 12. 8. 2025, č. j. 10 Afs 217/2024-70, ze dne 25. 9. 2025, č. j. 4 Afs 86/2025-58, ze dne 7. 10. 2025, č. j. 4 Afs 85/2025-58, a ze dne 20. 10. 2025, č. j. 3 Afs 180/2024-88.

33. Na uvedenou judikaturu navázal Nejvyšší správní soud rozsudkem ze dne 29. 4. 2026, č. j. 8 Afs 169/2025-70. Rozsudek napadený kasační stížností v řízení vedeném pod sp. zn. 8 Afs 169/2025 a rozsudek napadený v nyní projednávané věci se v rozhodných částech odůvodnění téměř neliší. Stěžovatelky byly navíc v obou řízeních zastoupeny stejnou advokátkou a jejich kasační stížnosti obsahují prakticky totožnou argumentaci. Nejvyšší správní soud proto při posouzení nynější věci v podstatné míře vyšel ze závěrů rozsudku č. j. 8 Afs 169/2025-70, neboť neshledal důvod se od nich odchýlit.

34. Nejvyšší správní soud se nejprve věnoval námitce nepřezkoumatelnosti, jde ostatně o vadu, k níž musí přihlížet i bez námitky, tedy z úřední povinnosti (§ 109 odst. 4 s. ř. s.). Rozhodnutí krajského (městského) soudu musí být srozumitelné a musí být opřeno o dostatek důvodů, z nichž je patrné, jak soud rozhodoval a proč nepovažoval žalobní argumentaci za důvodnou. Nesplňuje-li napadený rozsudek judikaturou stanovené požadavky na jeho odůvodnění, je nutné jej pokládat za nepřezkoumatelný pro nedostatek důvodů. Není však povinností soudu podrobně reagovat na každý vznesený argument. Podstatné je, aby reagoval na stěžejní námitky (rozsudek NSS ze dne 24. 4. 2014, č. j. 7 Afs 85/2013-33), přičemž může pro stručnost odkázat na část odůvodnění správního orgánu, s nímž se ztotožní, aniž by byl povinen opakovat jinými slovy totéž (rozsudek NSS ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005-130, č. 1350/2007 Sb. NSS).

35. V posuzované věci se městský soud dostatečně věnoval vzneseným žalobním námitkám a vypořádal stěžejní část žalobní argumentace. Srozumitelně stěžovatelce objasnil, proč nepovažoval její námitky za důvodné. Napadený rozsudek plně dostál podmínkám přezkoumatelnosti. K dílčím námitkám nepřezkoumatelnosti se Nejvyšší správní soud vyjádří dále v odůvodnění.

36. Nelze přehlédnout, že i nynější kasační stížnost obsahuje značné množství kasačních námitek. Stěžovatelka se pokouší zpochybnit téměř každý závěr městského soudu. Není však povinností NSS, aby reagoval na každý jednotlivý stěžovatelčin argument (nález Ústavního soudu ze dne 15. 1. 2008, sp. zn. IV. ÚS 1903/07, bod 14, nebo rozsudek NSS ze dne 25. 2. 2015, č. j. 6 As 153/2014-108). Úkolem soudu je vypořádat se s obsahem a smyslem kasační argumentace (rozsudek NSS ze dne 3. 4. 2014, č. j. 7 As 126/2013-19). Navíc, jak plyne již z výše uvedeného shrnutí nedávné judikatury, Nejvyšší správní soud se v těchto věcech, týkajících se jiných součástí holdingu Agrofert, již vypořádal se všemi podstatnými otázkami, které nyní tato stěžovatelka vznáší. Nejvyšší správní soud v nyní posuzované věci neshledal důvod odchýlit se od již vyřčených závěrů.

37. Pro větší srozumitelnost předesílá, že se k jednotlivým kasačním okruhům vyjádřil v jiném pořadí, než v jakém je vymezila stěžovatelka v kasační stížnosti. Kritériem byla zejména jejich důležitost pro posuzovanou věc a vzájemná podmíněná návaznost. III. a) Právo zahájit přezkumné řízení nebylo prekludováno

38. Nejvyšší správní soud přistoupil k vypořádání prvního okruhu námitek vztahujícího se k otázce uplynutí prekluzivní lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 pro zahájení přezkumného řízení ve věci veřejnoprávní smlouvy. Byť stěžovatelka tyto námitky ponechala na samotný závěr kasační stížnosti, Nejvyšší správní soud považuje za nezbytné se jimi zabývat nejprve, jelikož k případné prekluzi by byl povinen přihlédnout i ex offo. Prekludovanému (zaniklému) právu totiž nelze poskytovat ochranu (přiměřeně k tomu nález Ústavního soudu ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, bod 27).

39. Úvodem je třeba vymezit právní rámec pro posouzení otázky uplynutí prekluzivní lhůty pro zahájení přezkumného řízení. Podle čl. 1 odst. 2 nařízení 2988/95 se „nesrovnalostí “ rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje.

40. Klíčový čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 zní takto: Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

41. Dle čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95 si členské státy ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

42. Česká republika tuto možnost stanovit delší lhůtu pro zahájení řízení využila v § 11a odst. 1 zákona o SZIF, dle něhož SZIF poskytl stěžovatelce dotaci. Ten stanoví: V případě neoprávněné platby dotace kryté zcela nebo zčásti prostředky z rozpočtu Evropské unie postupuje Fond podle přímo použitelného předpisu Evropské unie a podle tohoto zákona. Řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení. Odstavec 2 téhož ustanovení poté uvádí: V případě neoprávněné platby dotace poskytnuté výhradně z národních zdrojů postupuje Fond podle tohoto zákona. Řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení. Tímto zákonem je tak stanovena prekluzivní lhůta 10 let pro zahájení řízení o vrácení neoprávněné platby dotace.

43. Je třeba vyjasnit, že ačkoli výše citované nařízení označuje lhůty jako „promlčecí“, ze znění čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95, jakož i z jeho teleologického výkladu je třeba dovodit, že tyto lhůty mají povahu lhůty prekluzivní (rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, č. 4333/2022 Sb. NSS, bod 28, nebo také stanovisko generálního advokáta Manuela Campos Sánchez-Bordony ze dne 8. 9. 2016, ve věci C-584/15, Glencore Céréales France, body 24 až 26).

44. Pojem stíhání užitý ve výše citovaném článku zahrnuje nejen sankční řízení ve smyslu čl. 5 nařízení 2988/95, nýbrž i řízení o správním opatření v podobě odnětí neoprávněné výhody ve smyslu čl. 4 téhož nařízení, které nemá povahu sankce (rozsudek SD EU ze dne 3. 9. 2015, ve věci C-383/14, Sodiaal International, bod 33). Nejvyšší správní soud souhlasí se závěrem městského soudu, že za nesrovnalost ve smyslu čl. 1 nařízení 2988/95 je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či mohl být porušen unijní předpis ohrožující rozpočet EU (shodně také rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, bod 25).

45. Shodně s městským soudem Nejvyšší správní soud potvrzuje, že za toto stíhání lze považovat rovněž přezkumné řízení veřejnoprávní smlouvy. Zrušením veřejnoprávní smlouvy totiž stěžovatelka ztratila nárok na vyplacení již přiznané dotace v důsledku existence nesrovnalosti (porušení zákona o střetu zájmů), která by mohla potenciálně vést k poškození unijního rozpočtu. Okamžikem vzniku nesrovnalosti bylo uzavření dohody, od něhož začala běžet prekluzivní lhůta pro zahájení řízení o stíhání nesrovnalosti. Přezkumné řízení u veřejnoprávní smlouvy tak lze materiálně považovat za řízení směřující k uložení opatření či správní sankce ve smyslu čl. 4 a 5 nařízení 2988/95 (rozsudky SD EU ze dne 29. 1. 2009, ve spojených věcech C-278/07 až C-280/07, Josef Vosding Schlacht-, Kühl-und Zerlegebetrieb a další, bod 22, ze dne 17. 9. 2014, ve věci C-341/13, Cruz & Companhia, bod 45, či Pfeifer & Langen II, bod 23).

46. Nejvyšší správní soud si je vědom, že SD EU se nedávno zabýval třemi předběžnými otázkami týkajícími se výkladu čl. 3 odst. 1 a 3 nařízení 2988/95, které mu předložil zdejší soud usnesením ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024-52. Nejvyšší správní soud zde zpochybnil soulad § 44a zákona o rozpočtových pravidlech upravujícího desetiletou prekluzivní lhůtu pro vyměření odvodu a penále s unijním právem. SD EU svou odpověď poskytl v rozsudku ze dne 27. 11. 2025, ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica. Ten následně Nejvyšší správní soud zohlednil v navazujícím rozsudku ze dne 31. 3. 2026, č. j. 10 Afs 82/2024-133. Pro kontext lze doplnit, že v obdobných dřívějších věcech (viz zejména věci vymezené v bodě 32 tohoto rozsudku) Nejvyšší správní soud kvůli položení předběžných otázek neshledal důvod k přerušení řízení, jelikož konstatoval, že čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení nesrovnalosti by byla dodržena nehledě na to, zda by se na daný případ vztahovala lhůta uvedená v § 11a zákona o SZIF, či nikoliv (v podrobnostech Nejvyšší správní soud odkazuje například na rozsudek č. j. 1 Afs 59/2025-98, body 48 až 51).

47. SD EU v tomto rozsudku konstatoval, že prekluzivní lhůty zakotvené v čl. 3 nařízení 2988/95 se vztahují na nesrovnalosti, které mohou poškodit finanční zájmy Unie (Mikroregion Porta Bohemica, bod 35). Na jednotlivé předběžné otázky odpověděl následovně: zaprvé, čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení č. 2988/95 musejí být vykládány v tom smyslu, že „členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty“. Zadruhé, že čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že „brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila“. Zatřetí uvedl, že „promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.“

48. Byť se závěry SD EU týkaly výkladu čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce a odst. 3 nařízení 2988/95 konkrétně ve vztahu k § 44a zákona o rozpočtových pravidlech, lze z nich v obecné rovině vycházet, zejména v otázce aplikace prekluzivních lhůt v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 na nesrovnalosti, kterými je dotčeno financování projektů z unijních zdrojů. Již výše Nejvyšší správní soud zmínil, že ČR tímto ustanovením využila možnost stanovit delší (desetiletou) prekluzivní lhůtu, oproti čtyřleté lhůtě stanovené nařízením 2988/95. Toto ustanovení však stanovuje lhůtu pro zahájení řízení o vrácení dotace, jak plyne z jeho druhé věty: Řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení. Výslovně však nestanovuje prekluzivní lhůtu pro zahájení takových řízení o nesrovnalosti, která nevedou ke vrácení dotace, jelikož k samotnému vyplacení dotace ještě nedošlo, jako tomu bylo v nynější věci (rozsudek č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 48). Z důvodu přednosti unijního práva je tak pro nynější případ rozhodná právě čtyřletá prekluzivní lhůta dle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce citovaného nařízení, a nikoliv lhůta dle § 11a zákona o SZIF, a to i z hlediska dále popsané otázky úkonů přerušujících tuto prekluzivní lhůtu. Ostatně Nejvyšší správní soud také v dalších věcech, zejména v těch citovaných v bodě 32 tohoto rozsudku, vycházel ze stejného časového rámce uzavření dohody o poskytnutí dotace, přičemž ve všech těchto případech aplikoval právě lhůtu citovaného unijního předpisu. Vypořádání souvisejících námitek se Nejvyšší správní soud věnoval dále v odůvodnění.

49. Jak ale plyne z již uvedeného, Nejvyšší správní soud v dřívějších obdobných věcech neshledal důvod pro přerušení řízení a vyčkání na odpověď SD EU, jelikož rozhodnou otázkou bylo, které úkony příslušného orgánu týkající se vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení 2988/95 mohou přerušit čtyřletou prekluzivní lhůtu dle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce téhož nařízení. Těmto otázkám se SD EU blíže věnoval například v rozsudku ze dne 8. 5. 2024, ve věci C-734/22, Republik Österreich. Uvedl zde, že za úkon přerušující běh prekluzivní lhůty pro zahájení stíhání lze považovat také „dopis informující příjemce podpory spolufinancované z EZFRV o protiprávní povaze této podpory“ (bod 41). Dále v závěru uvedl, že se tento článek vztahuje také na mimosoudní úkony, „jako je zpráva o auditu, platební výměr, upomínka nebo výzva k zaplacení, pokud tyto úkony umožňují jejich příjemci, aby se s dostatečnou přesností seznámil s operacemi, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti “ (bod 43).

50. Podstatné v nynější věci je, že mezi stranami není sporné, že k nesrovnalosti mělo dojít uzavřením veřejnoprávní smlouvy dne 28. 8. 2018. Přezkumné řízení žalovaný zahájil dne 17. 7. 2023, tedy více než 4 roky po vzniku nesrovnalosti. Pro věc je stěžejní, zda došlo, případně jakými konkrétními úkony, k přerušení běhu čtyřleté prekluzivní lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95.

51. K tomu, aby byl určitý úkon způsobilý přerušit prekluzivní lhůtu, bylo ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 potřeba kumulativní splnění tří podmínek: 1) musí být vydán „příslušným orgánem“, 2) musí být „oznámen dané osobě“ a 3) musí se týkat „vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti“.

52. Stěžovatelka ve vztahu k prvnímu úkonu, tedy sdělení SZIF ze dne 14. 9. 2020, namítala nesplnění první a třetí podmínky. Tím spíše nemohly dle ní prekluzivní lhůtu přerušit kroky auditního šetření Komise, ani její formální sdělení ze dne 23. 2. 2021, ty totiž údajně stěžovatelce nebyly do konce prekluzivní lhůty oznámeny, čímž nebyla splněna druhá podmínka.

53. Ohledně námitky, že SZIF nemá pravomoc vést řízení o nesrovnalosti ani činit jakékoliv úkony vyšetřování nebo stíhání, Nejvyšší správní soud uvádí, že již opakovaně dospěl k závěru, že jej lze považovat za „příslušný orgán“ ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce. Městský soud v tomto ohledu správně vycházel z rozsudku SD EU ve věci Pfeifer & Langen II, dle jehož bodu 33 se pod pojmem „příslušný orgán“ ve smyslu tohoto ustanovení rozumí orgán, který je podle vnitrostátního práva příslušný učinit dotčené úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání, přičemž tento orgán může být jiný než orgán, který přiznává nebo vymáhá částky neoprávněně získané na úkor finančních zájmů Unie.

54. Nejvyšší správní soud konstantně judikuje, že SZIF lze považovat za příslušný orgán ve smyslu výše uvedené unijní úpravy (rozsudky č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 55, č. j. 5 Afs 140/2025-79, bod 52, nebo č. j. 6 Afs 82/2025-75, bod 44). SZIF tedy byl oprávněn k vyšetřování nebo vedení řízení o nesrovnalosti. K podpoře tohoto tvrzení NSS odkazuje na jeho oprávnění zakotvená v § 12a odst. 1 zákona o SZIF (ve znění účinném od 1. 1. 2023 jde o odstavec 2). SZIF je oprávněn provádět kontrolu a) správnosti a úplnosti údajů uvedených v žádostech podávaných Fondu, b) plnění povinností a podmínek vyplývajících z vydaných rozhodnutí a uzavřených smluv a dohod podle § 1 odst. 2, c) správnosti informací poskytovaných Fondu podle tohoto zákona, zákona o zemědělství a nařízení vlády vydaných k jejich provedení, d) plnění povinností vyplývajících z přímo použitelného předpisu Evropské unie, pokud zvláštní právní předpis nestanoví jinak, e) plnění kritérií způsobilosti, víceletých podmínek a povinností podle příslušného opatření, vyplývajících z tohoto zákona a ze zákona o zemědělství nebo f) dvojího financování. Nejvyšší správní soud proto nepřisvědčuje stěžovatelce, že by úkon přerušující prekluzivní lhůtu mohl provést pouze orgán příslušný k vedení přezkumného řízení, tedy přímo žalovaný.

55. Nelze souhlasit ani s námitkou, že v případě sdělení SZIF nebyla splněna třetí podmínka. SD EU v rozsudku ve věci Pfeifer & Langen II. uvedl, že aby bylo možné úkon kvalifikovat jako úkon týkající se vyšetřování nebo stíhání, „musí dostatečně přesně vymezit operace, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti“ (bod 47). Napadený rozsudek vycházel z kontroly plnění podmínek pro poskytnutí dotace, kterou SZIF zahájil dne 18. 5. 2020. Samotné zahájení této kontroly však městský soud nepovažoval za úkon přerušující běh lhůty; takový účinek spojil až s navazujícím sdělením SZIF ze dne 14. 9. 2020. Nejvyšší správní soud s tímto posouzením souhlasí a shodně s městským soudem konstatuje, že úkonem týkajícím se vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti bylo právě oznámení SZIF o pozastavení administrace projektu ze dne 14. 9. 2020. SZIF zde stěžovatelce totiž konkrétně sdělil, že administrace projektu a platba dotace nebudou provedeny v předpokládaných termínech. Důvodem bylo prověřování způsobilosti příjemce dotace ve smyslu Nařízení Komise (EU) 809/2014, čl. 48 (správní kontroly) spojené s probíhajícím auditem EK-DG AGRI ke střetu zájmů. Je zjevné, že SZIF stěžovatelku tímto úkonem upozorňoval na nesrovnalost spočívající ve střetu zájmů, která byla předmětem šetření Komise.

56. Sdělení SZIF ze dne 14. 9. 2020 bylo dle Nejvyššího správního soudu způsobilé přerušit běh prekluzivní lhůty. SZIF nesrovnalost ve sdělení dostatečně specifikoval, přičemž se jednalo o úkon související s podezřením na konkrétní nesrovnalost. Stěžovatelce muselo být zřejmé, že se jednalo o střet zájmů A. B., který byl v té době veřejným funkcionářem. Ode dne provedení tohoto úkonu proto započala běžet nová čtyřletá prekluzivní lhůta (viz výše citovaný čl. 3 odst. 1 třetí pododstavec nařízení 2988/95), před jejímž uplynutím žalovaný usnesením ze dne 17. 7. 2023 zahájil stíhání v podobě přezkumného řízení. K zahájení přezkumného řízení tak nedošlo po uplynutí prekluzivní lhůty. Nejvyšší správní soud doplňuje, že právní jistotu stěžovatelky chránila maximální osmiletá prekluzivní lhůta upravená v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení 2988/95 (k tomu blíže například rozsudky ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 29, a č. j. 2 Afs 7/2025-45, bod 35, které byly vydány v době po rozhodnutí ve věci Mikroregion Porta Bohemica a věcně na něj navazují).

57. Pro úplnost Nejvyšší správní soud krátce zareaguje na dílčí kasační námitku, týkající se restriktivního výkladu SD EU (usnesení C-728/21, bod 19) ohledně vymezení úkonů přerušujících běh prekluzivní lhůty, s cílem posílit právní jistotu příjemců podpory a motivovat správní orgány ke včasnému odhalování nesrovnalostí. Nejvyšší správní soud i s vědomím tohoto restriktivnějšího pohledu SD EU setrvale judikuje, že výše konkrétně popsané úkony jsou způsobilé přerušit běh prekluzivní lhůty (rozsudky č. j. 1 Afs 59/2025-98 či č. j. 5 Afs 140/2025-79). Nejvyšší správní soud proto zdůrazňuje, že v nynější věci v žádném případě nedošlo k oslabení účelu této lhůty. Nejvyšší správní soud konečně nepovažuje za nutné samostatně posuzovat, zda přerušující účinek měly také jednotlivé úkony auditního šetření Komise, včetně formálního sdělení ze dne 23. 2. 2021. Závěr o včasnosti zahájení přezkumného řízení obstojí již na základě sdělení SZIF ze dne 14. 9. 2020, které bylo stěžovatelce oznámeno a samo splňovalo podmínky čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95.

58. Nejvyšší správní soud proto shrnuje, že v posuzované věci neprekludovalo právo žalovaného na zahájení přezkumného řízení, jelikož běh prekluzivní lhůty byl ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce přerušen již úkony SZIF, jejichž učiněním začala běžet nová čtyřletá prekluzivní lhůta. III. b) Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů je použitelné i na poskytování dotací dle zákona o SZIF

59. Poté co Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že nedošlo k prekluzi práva na zahájení přezkumného řízení, posoudil další okruh námitek týkající se použitelnosti § 4c zákona o střetu zájmů na poskytování dotací dle zákona o SZIF. Vzhledem k avizované logické posloupnosti zodpovězení jednotlivých otázek se Nejvyšší správní soud věnoval tomuto okruhu námitek, byť je v kasační stížnosti vymezen jako třetí v pořadí. Bez kladného zodpovězení otázky, zda se na nynější případ aplikuje § 4c zákona o střetu zájmů, by totiž nebylo důvodné zabývat se dalšími námitkami.

60. Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů ve znění účinném v době uzavření dohody znělo: Je zakázáno poskytnout dotaci podle právního předpisu upravujícího rozpočtová pravidla nebo investiční pobídku podle právního předpisu upravujícího investiční pobídky obchodní společnosti, ve které veřejný funkcionář uvedený v § 2 odst. 1 písm. c) nebo jím ovládaná osoba vlastní podíl představující alespoň 25 % účasti společníka v obchodní společnosti (znění účinné do 31. 12. 2023).

61. Dle § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů se veřejným funkcionářem rozumí člen vlády nebo vedoucí jiného ústředního správního úřadu, v jehož čele není člen vlády.

62. Toto ustanovení dle stěžovatelky nedopadá na poskytování dotací od SZIF, pouze na poskytování dotací dle zákona o rozpočtových pravidlech. Nesouhlasí s městským soudem, že zákon o SZIF lze označit za „právní předpis upravující rozpočtová pravidla“, a považuje jeho závěr za nezákonný a nepřezkoumatelný.

63. Nejdříve je vhodné připomenout samotný účel § 4c zákona o střetu zájmů, který je postaven na ochraně veřejných rozpočtů (zájmů), nehledě na to, dle jakého zákona jsou veřejné prostředky, v tomto případě dotace, vynakládány. Ustanovení má současně bránit vzniku situací, kdy by mohlo dojít k nežádoucímu střetu zájmů veřejného funkcionáře dle § 2 odst. 1 písm. c) téhož zákona s jeho soukromými zájmy (nález Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 4/17, či rozsudky NSS č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 62, a č. j. 5 Afs 140/2025-79, bod 59).

64. Dle Nejvyššího správního soudu se městský soud řádně vypořádal s podstatou stěžovatelčiny argumentace. Napadený rozsudek není v této otázce nepřezkoumatelný. Kasační soud shodně s městským soudem potvrzuje, že pojem právní předpis upravující rozpočtová pravidla užitý v § 4c zákona o střetu zájmů zahrnuje nejen zákon o rozpočtových pravidlech, který je výslovně uveden v poznámce pod čarou k tomuto ustanovení, ale rovněž další předpisy, včetně zákona o SZIF. Městský soud v bodě 47 napadeného rozsudku správně poznamenal, že poznámka pod čarou není součástí závazné právní normy. Jejím hlavním účelem je zpřehlednění orientace v právním předpisu, nemůže však vést k restriktivnějšímu výkladu jinak obecnějšího ustanovení (například nálezy Ústavního soudu ze dne 30. 11. 1999, sp. zn. II. ÚS 485/98, či ze dne 2. 2. 2000, sp. zn. I. ÚS 22/99). Ze samotného zákonného textu (bez zohlednění poznámky pod čarou) tento restriktivní výklad (tj. že by se uvedené ustanovení vztahovalo výhradně na poskytování dotací dle rozpočtových pravidel) nelze dovodit. Lze proto uzavřít, že zákaz střetu zájmů dle výše citovaného ustanovení je třeba vztáhnout také na poskytování nenárokových dotací dle zákona o SZIF. Jedná se totiž o zákon, který materiálně upravuje rozpočtová pravidla. Konkrétně rozpočtová pravidla SZIF, resp. jeho financování a využívání finančních prostředků skrze poskytování dotací.

65. Za nedůvodnou považuje Nejvyšší správní soud rovněž stěžovatelčinu argumentaci, že poskytovateli dotací dle zákona o rozpočtových pravidlech jsou typicky orgány ústřední státní správy s užší organizační vazbou na členy vlády než u státních fondů. Nejvyšší správní soud již dříve dospěl k závěru, že vyplácení dotací skrze státní fondy podléhá stejným pravidlům jako vyplácení dotací jednotlivými ministerstvy. Účelem zákazu střetu zájmů je prevence poskytnutí dotace osobě, která je ovládaná členem vlády, resp. veřejným funkcionářem, k čemuž může běžně dojít i při poskytování dotací dle zákona o SZIF. Není proto logické, aby se při zohledňování střetu zájmů postupovalo rozdílně v závislosti na zákoně, dle něhož se příslušná dotace poskytuje. Podstatné je, že vždy půjde o prostředky ze státního či unijního rozpočtu. Výklad městského soudu, opakovaně potvrzený kasačním soudem, nelze označit za rozšiřující ani jakkoliv rozporný s nálezem sp. zn. Pl. ÚS 4/17.

66. Stěžovatelce nelze dát za pravdu, že by městský soud vystavěl svou argumentaci na zcela jiných důvodech než správní orgány, a že by tak zasáhl do jejího práva na spravedlivý proces. Zmíněné důvody aplikovatelnosti § 4c zákona o střetu zájmů na posuzovanou věc jsou obsaženy v prvostupňovém správním rozhodnutí, obsahujícím citace ze stanoviska Komise vydaného v rámci auditního šetření. Stejně tak v napadeném rozhodnutí žalovaný uvedl, že jsou správní orgány vázány smyslem a účelem zákona o střetu zájmů, které nesvědčí o tom, že by se zákaz dle citovaného ustanovení vztahoval pouze na zákon o rozpočtových pravidlech. Správní rozhodnutí je třeba posuzovat jako jeden celek. Jsou z nich zcela zřejmé závěry o použitelnosti § 4c zákona o střetu zájmů mimo jiné také na poskytování dotací dle zákona o SZIF.

67. Nesouhlasila-li stěžovatelka s úvahami městského soudu o eurokonformním výkladu § 4c zákona o střetu zájmů v bodech 50 až 53 napadeného rozsudku, Nejvyšší správní soud podotýká, že těmito argumenty městský soud pouze podpořil dříve vyslovené argumenty, které by obstály již samy o sobě. Městský soud tak nijak nevybočil z mezí zákonného rozhodnutí, připomněl-li unijní rozměr národní úpravy střetu zájmů, na který poukazoval také Ústavní soud zejména v bodech 103 a 104 nálezu sp. zn. Pl. ÚS 4/17. Zásadní je povinnost zamezit zneužívání svěřené moci veřejným funkcionářům k prosazování vlastních zájmů na úkor veřejných národních či unijních zájmů (rozsudky č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 66, nebo č. j. 5 Afs 140/2025-79, bod 62).

68. Ve zkratce Nejvyšší správní soud potvrzuje, že § 4c zákona o střetu zájmu je plně použitelný také na poskytování dotací dle dalších zákonů, odlišných od zákona o rozpočtových pravidlech, v nyní posuzované věci konkrétně podle zákona o SZIF. III. c) Ovládající osobou společnosti Agrofert byl v době uzavření veřejnoprávní smlouvy A. B.

69. Stěžovatelka městskému soudu dále vyčítá, že překročil ustálený výklad pojmu ovládající osoba dle § 74 ZOK a že neprokázal žádný konkrétní projev faktického ovládání společnosti Agrofert ze strany A. B., který v době uzavření dohody zastával funkci předsedy vlády. Nepodařilo se mu dle stěžovatelky vyvrátit zákonné domněnky ovládání dle § 75 ZOK ze strany svěřenských správců, vybraných do svých funkcí A. B. Domáhá se, aby pojmu ovládání byl v jejím případě přiřazen stejný význam jako v ZOK.

70. Koncept ovládání je obecně upraven v § 74 odst. 1 ZOK, dle něhož je ovládající osobou (…) osoba, která může v obchodní korporaci přímo či nepřímo uplatňovat rozhodující vliv. Ovládanou osobou je obchodní korporace ovládaná ovládající osobou.

71. Nejvyšší správní soud konstantně judikuje, že veřejný funkcionář je ovládající osobou ve smyslu § 4c zákona o střetu zájmů, může-li v obchodní korporaci vykonávat přímo či nepřímo rozhodující vliv (rozsudek č. j. 1 Afs 59/2025-98, v bodě 78). Nepřímý vliv lze přitom vykonávat rovněž skrze svěřenské fondy, do nichž je vložena majetková účast tohoto funkcionáře na ovládané osobě. To platí v případě, kdy si „veřejný funkcionář zachová možnost tyto svěřenské fondy přímo či nepřímo řídit“. Městský soud v bodě 63 napadeného rozsudku shrnul hlavní zjištění žalovaného poukazující na faktické ovládání společnosti Agrofert ze strany A. B. a plně se s nimi ztotožnil. Nejvyšší správní soud v souladu s těmito závěry a názorem městského soudu potvrzuje, že A. B. prostřednictvím svých fondů zvolil uspořádání a správu svého majetku, které mu umožňovaly získávat veškerý zisk z majetku v nich uloženého, ale také fakticky nepřímo ovládat Agrofert. Ze zjištění městského soudu totiž mimo jiné vyplynulo, že A. B. mohl v určitých případech odvolat svěřenského správce a jmenovat a odvolat rodinného protektora či ostatní protektory. Tím mohl zasahovat do usnášeníschopnosti a rozhodování rady protektorů. Nelze odhlédnout ani od skutečnosti, že A. B. obsadil rozhodující pozice ve svěřenských fondech výlučně osobami, s nimiž dlouhodobě spolupracoval nebo na něm byly jiným způsobem závislé.

72. Nejvyšší správní soud nesouzní ani se stěžovatelčinou argumentací, že městský soud nepřípustně dotvářel právo rozšířením pojmu ovládání o prvek majetkového prospěchu. Výklad tohoto pojmu učinil v souladu s dřívější judikaturou NSS a Ústavního soudu, včetně zohlednění závěrů Komise. Nejvyšší správní soud uvádí, že nynější věc se v této otázce nijak neliší od dříve posuzovaných případů. Městský soud proto správně konstatoval, že zjištění ohledně faktického ovládání ze strany A. B. nelze považovat za hypotetická či potenciální. Srozumitelně objasnil, jak mohl skrze kombinaci jednotlivých skutečností dospět k závěru o existenci faktického ovládání společnosti Agrofert ze strany A. B. prostřednictvím svěřenských fondů. Stěžovatelka se proto mýlí, tvrdí-li, že městský soud neprokázal žádný konkrétní projev faktického ovládání A. B. Nejvyšší správní soud však opět zdůrazňuje, že je nezbytné brát v úvahu všechny předestřené okolnosti svědčící o naplnění pojmu ovládání v jejich souhrnu (rozsudky č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 82, nebo č. j. 6 Afs 83/2025-72, bod 73). Nejvyšší správní soud tudíž nepřisvědčil stěžovatelčině námitce o částečné nepřezkoumatelnosti a vnitřní rozpornosti napadeného rozsudku. Naopak jej považuje za vnitřně konzistentní a přezkoumatelný rovněž v této konkrétní otázce.

73. Dílčí námitkou stěžovatelka vytýkala městskému soudu, že nevyvrátil zákonné domněnky ovládání dle § 75 ZOK, který uvádí: (1) Má se za to, že ovládající osobou je osoba, která může jmenovat nebo odvolat většinu osob, které jsou členy statutárního orgánu obchodní korporace nebo osobami v obdobném postavení nebo členy kontrolního orgánu obchodní korporace, jejímž je společníkem, nebo může toto jmenování nebo odvolání prosadit. (2) Má se za to, že osobou ovládající je ten, kdo nakládá s podílem na hlasovacích právech představujícím alespoň 40 % všech hlasů v obchodní korporaci, ledaže stejným nebo vyšším podílem nakládá jiná osoba nebo jiné osoby jednající ve shodě. (3) Má se za to, že osoby jednající ve shodě, které společně nakládají podílem na hlasovacích právech představujícím alespoň 40 % všech hlasů v obchodní korporaci, jsou osobami ovládajícími, ledaže stejným nebo vyšším podílem nakládá jiná osoba nebo jiné osoby jednající ve shodě. (4) Má se za to, že osobou ovládající nebo osobami ovládajícími je také ten, kdo sám nebo společně s osobami jednajícími s ním ve shodě nakládá s podílem na hlasovacích právech představujícím alespoň 30 % všech hlasů v obchodní korporaci a tento podíl představoval na posledních 3 po sobě jdoucích jednáních nejvyššího orgánu této osoby více než polovinu hlasovacích práv přítomných osob.

74. V souladu s dřívější judikaturou NSS uvádí, že úprava ovládání v ZOK míří především do sféry soukromého práva. Konkrétně úprava vyvratitelných domněnek v § 75 ZOK slouží spíše jako ochrana společníků než jako definice ovládající a ovládané osoby z pohledu zákona o střetu zájmů. Dle Nejvyššího správního soudu se navíc jedná toliko o pomocná kritéria. Není tak vyloučeno ovládání v jiných případech a formách, jako je například právě ovládání ze strany zakladatele či obmyšleného svěřenského fondu. Již výše Nejvyšší správní soud uvedl, že v nynější věci byl závěr o ovládání založen na existenci nepřímého faktického vlivu A. B. na společnost Agrofert. Proto je třeba považovat stěžovatelčin požadavek, aby městský soud vyvracel zákonné domněnky ovládání, za mimoběžný (rozsudky č. j. 5 Afs 140/2025-79, bod 76, nebo č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 85).

75. V kontextu již uvedeného nemůže obstát ani kasační argumentace, že městský soud nevysvětlil, proč by mělo obsazení pozic ve svěřenských fondech blízkými osobami či dřívějšími spolupracovníky A. B. implikovat jakoukoliv závislost na A. B., který údajně tyto osoby vybíral z důvodu jejich znalosti vnitřního fungování společnosti. NSS mimo jiné v rozsudku č. j. 1 Afs 59/2025-98 objasnil, že tato skutečnost by sama o sobě nebyla dostačující pro vyslovení existence rozhodujícího vlivu. Jak bylo nicméně řečeno výše, tyto skutečnosti nebyly posuzovány izolovaně, ale ve svém celkovém souhrnu.

76. K námitce vnitřní rozpornosti napadeného rozsudku, jelikož městský soud prý na jednu stranu připouští vhodnost nástroje svěřenského fondu pro vyhovění požadavkům zákona o střetu zájmů a na stranu druhou tuto možnost popírá, jelikož si A. B. ponechal rozhodující vliv, NSS uvádí, že bylo na A. B., jako veřejném funkcionáři, aby eliminoval veškeré své aktivity potenciálně zakládající střet zájmů. V odůvodnění městského soudu NSS neshledal jakýkoliv vnitřní rozpor. Je z něj zcela zřejmé, že možnost vložení majetku do svěřenského fondu považoval obecně za možné řešení nastalého střetu zájmů. Avšak konkrétní způsob, který zvolil A. B., tedy že fungování svěřenského fondu nastavil tak, že si ponechal faktické ovládání společnosti ve svých rukou, již požadavkům zákona o střetu zájmů neodpovídá. Ovládal-li nadále fakticky společnost Agrofert, nebyly osoby s majetkovou účastí nad 25 % způsobilými žadateli o nenárokové dotace. Na dílčí námitku, že stěžovatelka a další podobné společnosti byly poškozeny v hospodářské soutěži oproti ostatním konkurentům, NSS opakuje, že bylo odpovědností A. B. odstranit střet zájmů, a tím umožnit společnostem žádat o nenárokové dotace (rozsudek č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 89). K námitce rozhodnutí Krajského úřadu Středočeského kraje NSS uvádí, že ačkoli § 4a i § 4c zákona o střetu zájmů pracují s pojmem ovládání, krajský úřad závazně neposuzoval tuto otázku pro nynější řízení. Rozhodoval pouze o přestupku podle § 4a, nikoli o způsobilosti stěžovatelky k přijetí dotace podle § 4c. Jeho rozhodnutí proto nebylo pro nynější věc závazné ani rozhodující. III. d) Dohoda o poskytnutí dotace byla správně zrušena s účinky ex tunc

77. Stěžovatelka dále vyčítá městskému soudu, že nerespektoval zásadu ochrany práv nabytých v dobré víře a zásadu proporcionality, dospěl-li k závěru, že dohoda měla být zrušena s účinky ex tunc. Podmínka v § 4c zákona o střetu zájmů dle ní není dotační podmínkou a zajištění souladu s tímto ustanovením je na poskytovateli dotace. Ona za její splnění údajně nemohla nést odpovědnost. Dále považuje za nepřezkoumatelný závěr městského soudu, že uzavření dohody o poskytnutí dotace mělo přímou souvislost s výkonem veřejné funkce A. B. Stěžovatelčin projekt byl doporučen k podpoře dříve, než se A. B. stal členem vlády či jejím předsedou. Stěžovatelka tak nemohla předvídat změnu postoje správních orgánů a legitimně očekávala, že splňuje podmínky pro poskytnutí dotace.

78. Přezkoumání souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy upravuje § 165 správního řádu. Podle jeho odstavce 7 se pro tyto účely obdobně použijí ustanovení správního řádu (není-li v odst. 1 až 6 stanoveno jinak) upravující přezkumné řízení. Podle § 94 odst. 4 správního řádu platí: Jestliže po zahájení přezkumného řízení správní orgán dojde k závěru, že ačkoli rozhodnutí bylo vydáno v rozporu s právním předpisem, byla by újma, která by jeho zrušením nebo změnou vznikla některému účastníkovi, který nabyl práva z rozhodnutí v dobré víře, ve zjevném nepoměru k újmě, která vznikla jinému účastníkovi nebo veřejnému zájmu, řízení zastaví. Odstavec 5 tohoto ustanovení stanoví: Při rozhodování v přezkumném řízení je správní orgán povinen šetřit práva nabytá v dobré víře, zejména mění-li rozhodnutí, které bylo vydáno v rozporu s právními předpisy (§ 97 odst. 3), nebo určuje-li, od kdy nastávají účinky rozhodnutí vydaného v přezkumném řízení (§ 99).

79. Pro stanovení účinků rozhodnutí vydaného v přezkumném řízení je dále podstatné ustanovení § 99 správního řádu, podle jehož odst. 3 platí: Pokud se ruší nebo mění rozhodnutí, jímž bylo přiznáno právo, a neodůvodňují-li okolnosti případu jiné řešení, určí správní orgán, že účinky rozhodnutí v přezkumném řízení nastávají ode dne jeho právní moci nebo předběžné vykonatelnosti; bylo-li však přezkoumávané rozhodnutí vydáno na základě nesprávných či neúplných údajů uvedených žadatelem, určí správní orgán, že účinky rozhodnutí v přezkumném řízení nastávají ode dne právní moci nebo předběžné vykonatelnosti přezkoumávaného rozhodnutí.

80. Nejvyšší správní soud shodně s městským soudem potvrzuje, že okolnosti posuzované věci svědčí o tom, že dohoda, resp. veřejnoprávní smlouva o poskytnutí dotace, byla správně zrušena s účinky ex tunc – tedy již k datu uzavření dohody. Byla totiž uzavřena v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. Je nutné vycházet ze skutečnosti, že stěžovatelka již v době jejího uzavření nebyla způsobilou žadatelkou o dotace.

81. Tvrdí-li stěžovatelka, že nemohla být odpovědná za nesplnění podmínek stanovených v § 4c zákona o střetu zájmů, kasační soud zdůrazňuje, že za splnění všech podmínek, včetně dodržení podmínek zákazu střetu zájmů, odpovídá výlučně příjemce dotace. Totéž stěžovatelce podrobně vysvětlil městský soud v bodech 84 až 87 napadeného rozsudku s příslušnými odkazy na použitelnou judikaturu. Není proto nezbytné znovu zde opakovat tam uvedené judikatorní závěry.

82. Nejvyšší správní soud v souladu s judikaturou uvedenou v bodě 32 tohoto rozsudku konstatuje, že bylo na stěžovatelce, aby zajistila splnění podmínky v § 4c zákona o střetu zájmů, a to v celém průběhu administrace projektu. Dohoda byla uzavřena v rozporu se zákonem o střetu zájmů. Plyne to zejména z kap. 4 Pravidel, kterými se stanovují podmínky pro poskytování dotace na projekty z programu rozvoje venkova. Této povinnosti však stěžovatelka nedostála. Již v době uzavření dohody nebyla způsobilou žadatelkou o dotaci. Podstatné pro posouzení souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy tak je, že střet zájmů založený výkonem funkce předsedy vlády existoval v době uzavření této dohody, nikoliv v době podání stěžovatelčiny žádosti o dotaci nebo v době doporučení k podpoře (rozsudek č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 96).

83. K námitce nezohlednění zásady ochrany práv nabytých v dobré víře městským soudem Nejvyšší správní soud uvádí, že stěžovatelka ve skutečnosti z uzavřené dohody žádná práva v dobré víře nenabyla. Již při jejím uzavření si totiž mohla, resp. měla být vědoma existence střetu zájmů a s tím související nezpůsobilosti k přijetí dotace. Proto, i když v žádosti neuvedla žádné nepravdivé údaje (jak zdůrazňovala v kasační stížnosti), je nutné jí přičíst k tíži, že v řízení o poskytnutí dotace nezohlednila, že její mateřská společnost byla v době uzavření dohody ovládána veřejným funkcionářem. Nejvyšší správní soud potvrzuje, že stěžovatelka formálně nabyla právo na poskytnutí dotace. SZIF s ní totiž skutečně uzavřel veřejnoprávní smlouvu, a to i přes zákaz vyslovený v § 4c zákona o střetu zájmů. Nelze však stěžovatelce přiznat založení domněnky poctivosti a dobré víry. Skutečnost, že městský soud potvrdil závěr žalovaného, že dohoda měla být zrušena ex tunc i přes to, že stěžovatelka neuvedla žádné nepravdivé údaje, nemůže v kontextu výše uvedeného založit nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku. Stěžovatelka mylně tvrdí, že žalovaný dovodil nutnost zrušení dohody ex tunc z nesprávnosti a neúplnosti poskytnutých údajů. Toto tvrzení nemá oporu v napadeném rozhodnutí žalovaného. Z jeho posledního odstavce na str. 8 a prvního odstavce na straně následující plyne, že klíčovým důvodem pro zrušení s účinky ex tunc byla skutečnost, že stěžovatelka nebyla způsobilým příjemcem dotace z důvodu porušení § 4c zákona o střetu zájmů. Žalovaný, mimo již výše uvedené, pouze konstatoval, že okolnosti případu odůvodňují takový postup a naplnění § 99 odst. 3 in fine správního řádu.

84. Připustil-li by Nejvyšší správní soud, že v době uzavření smlouvy ještě nebyl výklad § 4c zákona o střetu zájmů zcela vyjasněn, a stěžovatelka tedy mohla být v nejistotě, zda jí uzavřená dohoda není nezákonná, tato nejistota by sama o sobě mohla stěží založit dobrou víru, která by mohla převážit fakt, že šlo o dohodu uzavřenou nezákonně, a veřejný zájem na ochraně veřejných rozpočtů (viz podrobně body 93 až 96 rozsudku městského soudu). Tato výkladová nejistota, které se nyní stěžovatelka dovolává, by tak nic nezměnila na závěru ohledně toho, kdy nastaly účinky zrušení veřejnoprávní smlouvy v přezkumném řízení. Nelze tak přisvědčit stěžovatelce, že by městský soud jakkoliv pochybil při poměřování stěžovatelčiných práv s veřejným zájmem ve smyslu § 94 odst. 4 správního řádu. Veřejný zájem městský soud v posuzované věci shledal zejména v zájmu na ochraně veřejných rozpočtů (českého i unijního). Správně také pojal veřejný zájem v jeho nejširším smyslu, čímž přihlédl k celkovému kontextu případu, tedy že totožná situace nastala také v dalších dotačních řízeních spojených se společností Agrofert.

85. Podpůrně bylo možné rovněž zohlednit absolutní výši finančních prostředků, k jejichž vyplacení nedošlo kvůli pozastavení administrace jednotlivých žádostí. Částka převyšující 581 milionů korun by měla dopad do národních zájmů ČR. NSS souzní také s názorem městského soudu, že zjištěný střet zájmů A. B. mohl vyvolat legitimní pochybnosti, zda SZIF neuzavřel dohodu se stěžovatelkou pouze kvůli postavení A. B. jakožto veřejného funkcionáře (body 94 a 95 napadeného rozsudku). V době uzavření dohody (dne 28. 8. 2018) totiž A. B. již vykonával funkci předsedy vlády. Pokud by tomu tak skutečně bylo, není přípustné, aby z toho měly prospěch společnosti zprostředkovaně ovládané veřejným funkcionářem na úkor ostatních subjektů žádajících o nenárokové dotace. III. e) Ustanovení čl. 61 finančního nařízení bylo porušeno

86. V posledním okruhu kasačních námitek stěžovatelka tvrdí, že na ni nedopadá čl. 61 finančního nařízení a není „účastníkem finančních operací“ ani „jinou osobou podléhající plnění rozpočtu“ ve smyslu tohoto článku. Nemohla jej tak porušit. Městský soud pochybil tím, že odmítl provést stěžovatelkou navržené důkazy s cílem vyvrátit, že úřední osoby SZIF mohly být ovlivněny zájmy A. B. Městský soud dle stěžovatelky dostatečně neodůvodnil, jakým konkrétním jednáním měl A. B. porušit toto unijní ustanovení. Předseda vlády dle ní nemá možnost zasahovat do administrace žádostí o dotace.

87. Nejvyšší správní soud při posouzení této námitky postupuje stejně jako ve svých dřívějších rozsudcích č. j. 6 Afs 83/2025-72 a č. j. 5 Afs 140/2025-79. V nich nejprve v bodě 82 (shodné číslo v obou rozsudcích) podotkl, že pro zrušení dohody žalovaným postačovalo prokázat její uzavření v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. Následně se nicméně v jejich bodech 83 až 85, respektive 82 až 84, ztotožnil s posouzením porušení čl. 61 finančního nařízení, jak je provedl městský soud v rozsudcích, jež Nejvyšší správní soud přezkoumával. I v nynější věci proto kasační soud k této otázce především odkazuje na podrobné závěry městského soudu v bodech 75 až 77 jeho rozsudku, které považuje za dostatečné a souladné s právě uvedenými rozsudky, jejichž právní závěry připomene v následujících třech bodech.

88. I v nynějším případě je tak třeba připomenout, že osoba zastávající funkci předsedy vlády spadá do okruhu osob, na které se vztahuje čl. 61 finančního nařízení. Jde totiž o jinou osobu, včetně vnitrostátních orgánů na všech úrovních, podílející se na plnění rozpočtu v přímém, nepřímém a sdíleném řízení, včetně přípravy na tuto činnost, na auditu nebo na kontrole (čl. 61 odst. 1 finančního nařízení). Tento článek se tak vztahuje na kohokoliv, kdo by mohl ovlivnit rozhodovací proces včetně vnitrostátních, regionálních a místních orgánů, zaměstnanců nebo členů těchto orgánů a členů vlády, a to v rozsahu, v jakém provádí některý z výše uvedených kroků při plnění unijního rozpočtu. Předseda vlády je bezpochyby takovou jinou osobou, která má významný podíl na činnostech dle čl. 61 finančního nařízení. Řídí vrcholný státní orgán podílející se mimo jiné na schvalování dotačních programů. Nelze zpochybňovat, že právě vláda je tím orgánem, který vytyčuje hlavní strategie dotační politiky. Vliv předsedy vlády na tyto aktivity nelze přehlížet. Městský soud nebyl povinen prokazovat konkrétní případy ovlivňování některých osob, jak požadovala stěžovatelka. Vzhledem ke všem popsaným okolnostem případu bylo zcela mimoběžné zohledňovat subjektivní prvek objektivní odpovědnosti stěžovatelky, resp. zjišťovat, zda si stěžovatelka byla vědoma porušení práva (čl. 61 finančního nařízení). Je zřejmé, že společnosti patřící pod Agrofert (nepřímo ovládaný A. B.) se ucházely o dotace, což bylo objektivně vnímatelné jako střet zájmů, a tedy porušení čl. 61 finančního nařízení.

89. Zásadní je čl. 61 odst. 3 finančního nařízení, stanovující, že ke střetu zájmů dochází, je-li (...) z důvodů hospodářského zájmu nebo z důvodů jiného přímého či nepřímého osobního zájmu ohrožen nestranný a objektivní výkon funkcí účastníka finančních operací nebo jiné osoby podle odstavce 1. Za střet zájmů lze označit také objektivní okolnosti ovlivňující důvěru v nezávislost a nestrannost osoby nebo subjektu. To platí rovněž za situace, kdy ke střetu zájmů vůbec nedojde či pokud osoba nezíská žádný prospěch. Nastavená pravidla proti vzniku střetu zájmů mají předcházet i jen pochybnostem, které by mohla mít rozumná, informovaná, objektivní a poctivě jednající osoba ohledně chování osoby podílející se na plnění rozpočtu, zde předsedy vlády (Pokyny k zabránění střetu zájmů a jeho řešení podle finančního nařízení, bod 3.2.3). Rozhodující přitom není, zda ona sama „porušila“ nebo „neporušila“ toto ustanovení, ale zda osoba, která ji ovládá, je ve střetu zájmů, kvůli čemuž omezení z toho plynoucí dopadají i na osoby jí ovládané, včetně stěžovatelky. SZIF a žalovaný mají při svém rozhodování o dotacích poskytovaných osobám ovládaným osobou ve střetu zájmů povinnost zohlednit skutečnost, že objektivně došlo k situaci dle čl. 61 finančního nařízení. Stěžovatelčina argumentace, že ona sama „neporušila“ čl. 61 finančního nařízení, se tudíž míjí s argumentací žalovaného a městského soudu. Ten v bodě 76 svého rozsudku uvedl: „Soud shodně s žalovaným shledal, že v posuzované věci objektivně mohlo dojít ke střetu soukromého zájmu se zájmem veřejným u téže osoby naplňující charakteristiku osob Finančního nařízení. Postačuje přitom, existuje-li potenciální možnost jednání na straně osoby podílející se na plnění rozpočtu Unie, které by mohlo uvést její zájmy do střetu se zájmy Unie. Touto osobou byl Ing. A. B., který byl ke dni uzavření Dohody předsedou vlády.“

90. Nelze se tedy ztotožnit s tvrzením stěžovatelky, že na ni čl. 61 finančního nařízení neměl dopadat, protože byl určen jiným osobám než jí. Již v bodě 84 rozsudku č. j. 5 Afs 140/2025-79 NSS jasně vysvětlil, že důsledky tohoto nařízení dopadají na všechny společnosti skupiny Agrofert, mezi něž patří i nynější stěžovatelka: „Situace, v níž předseda vlády Ing. Andrej Babiš nepřímo (prostřednictvím svěřenských fondů) ovládal společnost AGROFERT, a.s., přičemž společnosti skupiny AGROFERT se ucházely o dotace spolufinancované z prostředků strukturálních a investičních fondů Evropské unie a těmto společnostem byly dotace v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů přiznávány, tedy představovala situaci objektivně vnímatelnou jako střet zájmů, a tedy porušení čl. 61 nařízení č. 2018/1046.“ Obdobná konstrukce, že povinnost či zákaz je stanovena jedné osobě, ovšem důsledky dopadají i na jiné osoby, není ostatně v právním řádu nijak neobvyklá. Typickým příkladem je zákaz obsažený v § 11 odst. 5 zákona č. 65/2017 Sb., o ochraně zdraví před škodlivými účinky návykových látek (Zakazuje se prodávat nebo podávat alkoholický nápoj osobě mladší 18 let.), který je adresován těm, kdo by nezletilcům takové nápoje podávali, ovšem jeho důsledky zjevně pociťují i sami nezletilci, jakkoliv jim samým není uložen výslovný zákonný zákaz požívat alkoholické nápoje.

IV. Závěr a náklady řízení

91. S ohledem na výše uvedené důvody Nejvyšší správní soud kasační stížnost jako nedůvodnou zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).

92. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle úspěchu ve věci v souladu s § 60 odst. 1, větou první, s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému, jemuž by jinak právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti příslušelo, v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly (§ 60 odst. 7 s. ř. s.). P o u č e n í : Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné. V Brně dne 17. září 2026 David Hipšr předseda senátu